DNA测序仪应用性相关指标初探

DNA测序仪是目前法医DNA检验技术的重要检验仪器,目前尚无文献有关DNA测序仪应用性能指标的报道。本文根据以往的实验经验和现有的文献资料,针对自主研制的DNA测序仪提出了几个判定仪器应用性能的指标,以期为DNA测序仪的整体性能测试,后续研发和扩大生产提供可参考的建议。     

适合本科教学的"DNA的粗提与鉴定"实验

对高中生物学实验“DNA的粗提与鉴定”做了一些改进,主要有：1）选用洋葱鳞茎作为实验材料;2）增加了离心机、移液器等基因工程常用实验仪器;3）DNA的鉴定改用琼脂糖凝胶电泳法。探索出一套适合本科生的实验技术体系。     

细菌DNA的一种大量提取方法

本文介绍了一种大量提取细菌DNA的方法。该法是用60℃裂解菌体,以氯仿-苯酚去除蛋白,用Rnase去除RNA,用1倍体积95%乙醇沉淀DNA,省略了异丙醇沉淀步骤。而且该方法操作方便,对仪器要求不高。该法改进结果是:可稳定地得到50—60%的DNA回收率。可用于革兰氏阴性和阳性细菌的DNA提取。有些菌株用Marmur法和Zaslott法提取,DNA回收率在10%以下,采用本法仍能得到50%的回收率。每次提取的DNA量在毫克数量级。特别适合用于Tm法测定DNA G+C mol%含量所需DNA样品的制备。     

高等植物细胞质雄性不育分子机理的研究进展

从线粒体DNA、叶绿体DNA和线粒体质粒DNA方面较详细地阐述了高等植物细胞质雄性不育的分子机理及最新进展;探讨了细胞核DNA和细胞质DNA之间的相互关系。     

衰老过程中大白鼠脾细胞的DNA单链断裂与重接能力的变化

 DNA被紫外线损伤后,由DNA切除修复酶切除嘧啶二聚体,随之以另一条正常的DNA链为模板修复合成DNA片段,最后由DNA连接酶将新合成的DNA片与原有的DNA链连接。本文用荧光法测定DNA修复过程中DNA单链的断裂及重接能力与衰老的关系。结果表明,不同年龄大鼠脾细胞均具有修复DNA单链断裂的能力,DNA单链断裂重接的能力与年龄有相关性,断乳鼠及青年鼠的脾细胞当保温至30min时,即开始了DNA链的重接,保温90min后则恢复到原有水平;而老年鼠脾细胞保温至90min时才开始DNA链的重接,保温150min,尚未恢复到原有水平。还发现,断乳鼠及老年鼠脾细胞的单链DNA含量高于青年鼠。     

快速提取大葱细胞DNA的方法

经匀浆－差速离心－裂解－纯化等骤,可获得纯度较高的胸质DNA,DNA产率1－2ug/g^-1(FW).此法比传统的方法用材少,对仪器的要求不高,成本低,提取时间短,每人每天提取24个样品,适合大量样品分析。     

DNA数据之洪流

在下一代DNA测序平台的惊人产量和能力面前，研究人员倍感困惑。他们将如何处理由这些巨大仪器产生的数据洪流呢？     

动物细胞DNA多聚酶

该书分十部分:一、引言;二、动物细胞中DNA多聚酶的增殖;三、αDNA多聚酶;四、βDNA多聚酶;五、r及σDNA多聚酶;六、动物细胞DNA多聚酶在细胞DNA复制中的作用七、动物细胞DNA多聚酶在细胞DNA修复中的作用;八、DNA合成的精确性;九、动物细胞DNA多聚酶的生物学;十、展望.     

关于DNA复制的引物和DNA聚合酶

DNA复制是由DNA聚合酶催化的,反应需要四种脱氧核苷三磷酸和引物-模板;在引物的3′-羟基上,按模板的指令逐个添加脱氧核苷酸,生成碱基序列与模板互补的新DNA。复制时,DNA双链先打开,形成复制叉,随着复制叉的移动完成复制过程。双链DNA的复制是半不连续的,即先导链是连续合成滞后链则为不连续合成;后者先生成若干短片段(冈崎片段),再连在一起。 DNA复制在基因组的加倍、DNA重组以及修复DNA所受损伤等方面都对生命有决定性的作用。     

微弱发光分析技术应用实例(二)

微弱发光测量仪是根据微弱发光分析技术研制的测量样品微弱发光的仪器.BPCL型微弱发光测量仪具有多种重要功能,可满足生物、医学、化学等领域研究与应用的需要.简要介绍微弱发光测量仪在DNA氧化损伤规律的研究中的应用实例.说明了这种技术和仪器的先进性与实用性.     

DNA双链区的切割导致碱变性超螺旋质粒pBR322的分子内结节

为进一步研究碱变性超螺旋DNA(Ⅳ型DNA;DNA Ⅳ)的结构,对碱变性质粒pBR322进行了酶学分析并利用原子力显微镜(AFM)对新形成的DNA结构进行了观察和比较．在所有已检测的限制酶中只有PstⅠ可以切割质粒pBR322的Ⅳ型DNA分子,说明在这种变性的DNA分子中仍存在少数完整的限制酶识别位点．与碱变性DNA分子的闭合环状结构相反,AFM成像的结果显示PstⅠ处理后的DNA Ⅳ分子均为开放结构,同时这种分子包含明显的DNA结节．与DNA Ⅳ分子相比,这种DNA分子的表观长度缩短了大约11%．有意思的是,大肠杆菌拓扑异构酶Ⅳ(一种Ⅱ型拓扑异构酶)也可以在pBR322 DNA Ⅳ分子中引入分子内结节,而这种结节DNA分子仍然保持闭合状态．AFM的结果表明上述两种结节的DNA分子在表观长度及结节结构的尺寸上均比较相似．这些发现证实,在碱变性的超螺旋DNA分子中仍然保留着一些长度较短的、含有特异性碱基配对的DNA双链区,而在这些区域内的DNA双链断裂可以导致DNA结节．     

《科学》：新型单分子DNA测序仪研制成功

科学网消息：美国Helicos BioSciences公司研究人员近日称,他们开发出了一种新型的测序设备——单分子DNA测序仪（single-molecule DNA sequencers）。该仪器能够“阅读”单分子DNA的单个碱基。相关研究文章发表在4月4日的《科学》（Science）上。     

自动测序仪的发明者--记科学家胡德

DNA自动测序仪的发明实现了DNA测序的自动化,从而大大促进了基因测序的进程．对于人类基因组计划的实施具有极大的推动作用,今天DNA自动测序仪G成为分子生物学研究中不可缺少的仪器,对于生命科学的蓬勃发展做出了巨大贡献。简要介绍自动测序仪的发明者胡德教授的生平,了解这位科学家的贡献和测序仪的发明过程。     

一种快速提取葱属植物 DNA 的方法

目的：针对分子育种工作的繁琐性及葱属植物次生代谢物较多的特点,研究一种利用普通试剂及简单仪器高效快速提取葱属植物DNA的方法。方法：对碱处理法稍加改进,在碱性环境中高温裂解细胞,将释放的DNA保存在Tris缓冲液中,用PCR检测提取质量并分析DNA的保存时间。结果：与用试剂盒提取的DNA相比,扩增产物无显著差异,利用此方法提取DNA并分析了13个洋葱品种的细胞质雄性不育类型;保存时间分析显示,DNA在常温下只能保存5d,在4℃或-20℃可至少保存2个月。结论：该方法方便快速、成本低、适于田间操作,得到的DNA可满足分子生物学实验的基本要求,可用于以PCR为基础的分子标记辅助育种。     

DNA连接酶同工酶的研究进展

DNA连接酶是生物体内重要的酶,其所催化的反应在DNA的复制和修复过程中起重要作用. DNA连接酶分为两大类：一类是利用ATP的能量催化两个核苷酸链之间形成磷酸二酯键的依赖ATP的DNA连接酶,另一类是利用NAD⁺的能量催化两个核苷酸链之间形成磷酸二酯键的依赖NAD^＋的DNA连接酶.研究发现,细菌的DNA连接酶都是依赖NAD^＋的, 且有非常相似的序列和相近的分子质量,其酶分子分为两个功能区：N端区与NAD^＋结合形成酶-腺苷酸中间物;C端区催化两条DNA链的连接.所有真核生物的DNA连接酶都是利用ATP提供能量,且一种真核生物含有多种DNA连接酶,不同的DNA连接酶催化不同的DNA修复和复制过程：DNA连接酶Ⅰ的作用是将岗畸片段连接起来形成完整的DNA链以及进行碱基切除修复(BER);DNA连接酶Ⅲ主要是在DNA修复中起作用,即催化单核苷酸碱基切除修复.DNA连接酶Ⅱ可能是DNA连接酶Ⅲ的一个片段.     

DNA对电穿孔转染效率的影响研究

以外源红细胞生成素eDNA的表达产物为指标,研究了运载DNA和重组表达质粒的构象对电穿孔转染CHO细胞的效率的影响。结果250μg/ml的运载DNA可使外源基因表达水平提高3倍;线性化质粒DNA比超螺旋DNA更适合于用电穿孔方法获得永久表达。这一结果提示,运载DNA的存在和质粒DNA的线性化对提高电穿孔转染CHO细胞的效率是必需的。     

序言

<正>基因组不稳定是人体衰老、细胞癌变及其他一些疾病发生的根本原因之一。DNA代谢异常和DNA损伤应答缺陷是导致基因组不稳定的两个主要原因。DNA代谢包括DNA复制、重组和修复,它们是细胞最基本的生命活动。同时,通过亿万年的进化,细胞已进化出一套严格的DNA复制应急及损伤应答调控系统,以维持DNA序列及基因组信息的完整性。因此,阐明DNA代谢与DNA损伤应答的分子机制,不仅有重大的理论意义,也有     

DNA对电穿孔转染效率的影响

以外源红细胞生成素cDNA的表达产物为指标,研究了运载DNA和重组表达质粒的构象对电穿孔转染CHO细胞的效率的影响.结果250mg/L的运载DNA可使外源基因表达水平提高3倍;线性化质粒DNA比超螺旋DNA更适合于用电穿孔方法获得永久表达.这一结果提示,运载DNA的存在和质粒DNA的线性化对提高电穿孔转染CHO细胞的效率是必须的.     

对中国黄牛毛囊DNA六种提取方法的研究

本研究的目的是寻求一种简便、高效和对黄牛没有创伤的DNA提取方法,从而为黄牛基因组DNA的制备提供最优可行方案。本研究以中国黄牛毛囊作为DNA的提取材料,设计了离心柱法、磁珠法、SDS法、CTAB法、碱裂解法和煮沸法等6种DNA提取方法,然后分别对提取的DNA样本进行了分光光度计鉴定、PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳。发现在这6种方法中,耗时最短且成本最低的是煮沸法;DNA纯度、浓度和完整度最理想的是CTAB法;而磁珠法可实现大规模高通量提取,能减少实验者的手动工作量,并且适用于基因测序各种常规操作。以此得出,适用于基因测序的6种黄牛毛囊DNA提取方法中最优的是磁珠法。本研究对中国黄牛毛囊DNA的6种提取方法进行了总结和分析,为今后提取毛囊DNA的研究提供了借鉴和参考。     

DNA计算机的分子生物学研究进展

DNA(脱氧核糖核酸)计算机研究是一个新领域。从字面上看,它既包含DNA研究也包含计算机的研究,因而也包含DNA技术与计算机技术如何交融的研究。1994年,Adleman在Science上报道了首例DNA计算的研究结果;2001年,Benenson等在Nature报道了一种由DNA分子和相应的酶分子构成的、有图灵机功能的可程序试管型DNA计算机,标志着DNA计算机研究的重大进展。DNA计算机最大的特点是超大规模的并行运算能力和潜在的巨大的数据储存能力。目前DNA计算机研究已涉及许多领域,包括生物学、数学、物理、化学、计算机科学和自动化工程等具体应用,是计算概念上的一次革命。DNA计算机的研究大大促进了DNA分子操作技术尤其是在纳米尺度下操作DNA分子的研究速度。从DNA计算机的基本原理、应用形式、与基因组学研究的重要关系等方面总结和评述了相关研究进展。