浙江省SARS冠状病毒分离与系统进化树分析

从浙江省3例SARS患者中收集含漱液标本,经处理后接种Vero、RD、VeroE6和Hep-2细胞进行病毒分离,培养3d后在Vero和RD细胞中可观察到细胞病变。从细胞培养上清中提取病毒核酸,用SARS冠状病毒特异性引物进行RT-PCR,并经测序证实从3份临床样本中分离到2株SARS冠状病毒株。对其中1株病毒的基因组进行了全序列测定并作系统进化树分析显示浙汀省SARS冠状病毒株与新加坡2774株和台湾TW1株最为接近。     

浙江省SARS冠状病毒分离与系统进化树分析

从浙江省3例SARS患者中收集含漱液标本,经处理后接种Vero、RD、VeroE6和Hep-2细胞进行病毒分离,培养3d后在Vero和RD细胞中可观察到细胞病变.从细胞培养上清中提取病毒核酸,用SARS冠状病毒特异性引物进行RT-PCR,并经测序证实从3份临床样本中分离到2株SARS冠状病毒株.对其中1株病毒的基因组进行了全序列测定并作系统进化树分析显示浙江省SARS冠状病毒株与新加坡2774株和台湾TW1株最为接近.     

逆转录套式PCR检测粪便样本中的SARS冠状病毒

为了观察SARS冠状病毒在SARS患者粪便中的存在规律,建立了检测SARS冠状病毒RNA的逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法,并应用该方法检测了241份SARS患者粪便样本。部分PCR产物应用测序技术进行验证。RT-PCR的灵敏度为10^-10稀释度的病毒原液(原液为10^8TCID50／ml)。241份粪便样本的总体检出率为24．1％(58／241),其中发病后的前10d和20d的检出率均为50．0％。随着发病时间的延长,阳性检出率呈下降趋势。应用RT-PCR从粪便中检测SARS冠状病毒是可行的,在发病50d以后仍有17．0％左右的阳性检出率,提示SARS恢复期患者具有排毒的可能性,给后续的卫生防疫措施提供了一定的参考数据。     

SARS冠状病毒感染Lewis大鼠模型的建立

目的通过观察SARS-CoV感染Lewis大鼠后,病理学、免疫学以及病毒的复制与外排情况变化,探讨其能否作为有效的SARS动物模型。方法SARS病毒感染9只Lewis大鼠,在感染后不同时间安乐死动物,应用光镜对动物的各脏器进行病理观察研究;用病毒分离和RT-PCR方法检测病毒外排与复制的情况;用ELISA法检测动物产生特异性抗体情况。结果在SARS-CoV感染Lewis大鼠后,肺组织出现一定的与人类SARS疾病相似的病理改变,在动物体内可检测到活病毒或病毒核酸,并可检测到特异性IgG抗体的存在。结论Lewis大鼠出现了特异的免疫反应及特征性病理改变,可做为灵长类SARS动物模型的有益补充用于SARS发病机理及疫苗的研发等。     

中缅树鼩自然感染六种病毒的血清流行病学

中缅树鼩作为一种新型实验动物,在医学生物学上,尤其是病毒学方面的应用受到越来越多的重视.实验动物自身病毒感染会影响动物健康和干扰实验结果,甚至危害实验人员生命安全.所以,实验动物病毒检测一直是动物质量控制的重要部分.中缅树鼩研究迄今缺乏清晰的病毒自然感染资料.为调查中缅树鼩的病毒感染状况,采集野生俘获和人工繁殖的中缅树鼩血清样本272份,全部血清样本通过ELISA方法对乙型肝炎病毒(HBV)表面抗原,丙型肝炎病毒(HCV)总抗体,以及戊型肝炎病毒(HEV)、腺病毒(ADV)、单纯疱疹病毒1型(HSV-1)和2型(HSV-2)的IgG抗体进行了检测.结果表明,ELISA初筛HBV表面抗原有3份阳性样本,但通过乙型肝炎两对半定量检测进一步确认为阴性:抗HCV抗体和抗HEV、ADV、HSV-1 IgO抗体检测均为阴性;抗HSV-2 IgG检测有1份阳性样本.提示仪抗原或抗体血清学指标检测树鼩肝炎结果并不能反应个体携带病毒的状态,应该再进行病毒学指标确认.同时建议中缅树嗣繁殖群应进行HSV-2的筛选,以便杜绝和控制该病毒的感染.     

中国科学家在野生蝙蝠体内发现“SARS病毒”

据《科学》杂志在线报道,在2002年至2003年冬季暴发的SARS曾造成全球700多人死亡,并且导致8000多人被传染。研究发现,在中国南方动物市场上贩卖的一种与黄鼠狼类似的动物——果子狸可能与SARS的最初发病有关。然而研究人员怀疑,果子狸仅仅是SARS传播中的一个环节,但并不是SARS病毒的真正宿主,这是由于在生活于养殖场或野外的果子狸体内并没有发现SARS病毒。为了找到SARS病毒的真正宿主,中国香港大学(HKU)的微生物学家袁国勇(Kwok-yung Yuen)和同事对猴子、啮齿动物以及生活在香港郊区的几种蝙蝠进行了采样分析。在中国蹄鼻蝠的…     

严重急性呼吸综合征(SARS)患者不同组织中冠状病毒的分离和鉴定

严重急性呼吸综合征(SARS)自2002年11月在中国广东爆发后,已迅速蔓延成为全球性传染疾患。为了了解SARS冠状病毒的特征,对先前SARS冠状病毒PCR检测呈阳性的来自广东的3份尸检肺组织标本、2份尸检脾组织标本：来自北京的2份咽拭子标本和1份血清标本,利用10种不同的细胞系分离病毒。结果显示,上述标本在感染细胞后,分别可在293、Vero—E6、Vero、RD和HeLa细胞系中产生细胞病变(CPE)。不同标本在上述细胞系中致CPE的能力不同,但CPE出现的时间和病变形态学特征无显著性差异。以恢复期SARS病人血清为抗体,用间接免疫荧光法对感染后细胞培养的检测,冠状病毒RT-_PCR对感染后细胞RNA的检测,初步证明分离的病毒为冠状病毒。结果再次证明冠状病毒为SARS的病原,它具有较广泛的器官分布和细胞感染能力。血清中SARS冠状病毒的分离,高度提示在SARS发病过程中存在有病毒血症。     

SARS-CoV动物模型研究之中国现状

目的综合对比SARS-CoV感染的恒河猴、布氏田鼠及Lewis大鼠的病理学、免疫学以及病毒的复制与外排情况的变化,来探讨此三种动物在建立SARS模型上的特点。方法SARS病毒感染8只恒河猴、9只Lewis大鼠和20只布氏田鼠,在感染后不同时间安乐死动物,应用光镜对动物的各脏器进行病理观察研究;用病毒分离和RT-PCR方法检测病毒外排与复制的情况;用ELISA法检测动物产生特异性抗体情况。结果在SARS-CoV感染恒河猴、Lewis大鼠和布氏田鼠后,肺组织均出现一定的与人类SARS疾病相似的病理改变,在动物体内均可检测到活病毒或病毒核酸,并可检测到特异性IgG抗体的存在。在病死率上布氏田鼠最高;在病毒的复制与外排方面恒河猴的检出率最高,持续时间最长;在抗体产生情况上恒河猴与Lewis大鼠基本相似;在病理变化上恒河猴病变最重且最为复杂,与人类SARS疾病的病理变化最为接近。结论布氏田鼠,Lewis大鼠,特别是恒河猴动物模型可以用于SARS发病机制、疫苗和药物的研发,恒河猴动物模型是目前研究SARS疾病最理想的动物模型。     

SARS动物模型的研究

利用分离的SARS CoV毒株BJ 0 1,经滴鼻等途径感染大鼠、豚鼠、黑线仓鼠、白化仓鼠和雏鸡等 5个种属的动物 ,筛选对SARS易感的小动物。在此基础上 ,选择食蟹猴和恒河猴进行SARS的人工感染实验 ,评价其作为SARS动物模型的可能性。结果表明 ,大鼠、豚鼠、黑线仓鼠、白化仓鼠和雏鸡等动物对SARS均不易感 ,感染后未观察到任何的临床及病理学改变 ,不过从感染 2周后的大鼠和豚鼠的肺和咽等组织样本中检测到了的特异的核酸 ,提示SARS CoV能够在这两种动物的体内复制。从感染猴子的分泌物和脏器中分离出了病毒 ,证明SARS CoV也能够在猴子体内复制。临床和病理组织学检查结果显示 ,SARS病毒接种食蟹猴和恒河猴后 ,可以引起所有实验猴发生间质性肺炎 ,其病理学改变与人类感染SARS病毒后肺部病变近似 ,但病变的严重程度比较人类的轻得多 ,除此之外无任何其它的明显的临床表现及组织病理学改变 ,按照动物模型的指标判断食蟹猴和恒河猴并不是SARS的理想动物模型 ,不过在目前尚没有更理想的动物模型情况下 ,以间质性肺炎为病理学检查指标 ,恒河猴和食蟹猴可以作为评价抗SARS药物和疫苗的模型动物     

SARS冠状病毒分离培养和鉴定的实验研究

建立严重急性呼吸综合征(SARS)冠状病毒分离、培养方法,为SARS冠状病毒动物模型的建立提供实验依据,并根据病毒在体内存活的时间确定检测指标。选用已鉴定为SARS冠状病毒的毒株,经过鼻腔接种感染恒河猴。定期采集咽拭子标本,分离血清或血浆,用Vero细胞进行病毒培养、分离。结果显示,在SARS冠状病毒感染恒河猴后2、5、7天,可以从拭子中分离到病毒,5～15天可在猴肺、脾、肝、肾和淋巴组织中分离到病毒,并用免疫荧光法和RT-PCR方法进行了确定。首次实验证实了SARS冠状病毒可在恒河猴体内复制。SARS病毒的成功分离是SARS冠状病毒动物模型建立的主要依据,在进行疫苗安全性和药效评价等工作中,病毒分离可作为药物筛选、疫苗评价的重要指标。     

SARS灵长类动物模型

Greenough TC等人2005年8月在美国病理学杂志上报道了普通绒猴(Callithrixjacchus)感染SARS-CoV的试验结果。两组绒猴通过气管内感染含SARS-CoV的细胞培养物后,在第2、4、7天,动物出现了病理形态学改变和病毒复制。所有的动物都出现了多灶性单核细胞性间质性肺炎,多数动物伴有多核合体细胞、水肿、支气管炎。通过免疫组化的方法在肺泡巨噬细胞和I型上皮细胞中检测到了SARS病毒抗原。感染动物尸检中,在支气管淋巴结和心肌中都检测到了病毒RNA,并有炎性改变。多数动物还出现了肝炎,以多灶性淋巴细胞性感染为主,伴有个别肝细胞的坏死…     

呼吸道感染住院患儿Merkel细胞多瘤病毒检测及临床研究

目的:了解北京地区Merkel细胞多瘤病毒(MCPyV)在呼吸道感染住院儿童中的流行情况和临床特点。方法:采集北京友谊医院儿科呼吸道感染住院患儿的鼻咽抽吸物样本200份,并收集相应的患儿临床资料,采用TaqMan real-time PCR方法检测MCPyV LTAg基因,并经测序确认;MCPyV阳性样本同时检测常见的人呼吸道病毒混合感染情况。结果:200份标本中共检出MCPyV阳性6例,检出率3%;感染儿童年龄从6月到5岁,其中年龄≤3岁的占83.3%(5/6)。诊断包括支气管肺炎和急性支气管炎,临床表现包括发热、咳嗽、喘息。6例阳性样本均与其他呼吸道病毒混合感染,A型流感病毒和呼吸道合胞病毒混合感染最常见,6例阳性样本MCPyV载量均低于10拷贝/μL。结论:real-time PCR方法检测呼吸道感染住院患儿中MCPyV的感染率为3%,6例MCPyV阳性样本均与其他呼吸道病毒混合感染且MCPyV载量较低,不能认为MCPyV是儿童呼吸道感染的病因。     

SARS冠状病毒感染恒河猴的病毒、血清学检测研究

[目的]对感染SARS-CoV的恒河猴进行病毒、血清学等指标检测及研究,确定模型动物成功感染,并为SARS发病机制,疫苗评价,药物筛选确定参考指标。[方法]SARSCo-V经鼻腔接种8只恒河猴,在感染的第1天开始到5、7、10、15、20、30和60天分别安乐死时,不同时间取咽拭子、血液和脏器,进行病毒分离,RT-PCR检测和抗体测定。[结果]用巢式RT-PCR在感染后每天提取的咽拭子标本中检测SARS-CoV的RNA,以细胞培养冠状病毒为阳性对照,以正常恒河猴咽拭子为阴性对照,在8只动物病毒接种第5天开始可检测到大小为797bp的目的条带,阳性检出最长可持续到第15天。进一步用病毒分离实验对PCR结果进行确证,8只动物中的5只恒河猴接种5天的咽拭子标本中,经Vero细胞培养,细胞产生了典型细胞病变(CPE),提示SARS冠状病毒能感染恒河猴并有病毒的复制和排毒。IFA方法证实为SRAS-CoV抗原存在。SARS-CoV感染恒河猴后,可以检测出免疫反应。在SARS冠状病毒接种前和接种后第5、8、11、15、19、23、26、30、34、每隔4-7天以及安乐死时采血,制备血清测定抗体,8只恒河猴接种病毒前均血清中SARS冠状病毒特异性抗体IgG为阴性,10天后安乐处死的5只感染猴在11-15天开始,至安乐死时,均为阳性。IgG阳性的5只恒河猴均有一定的中和抗体产生,且对SARS病毒感染细胞有一定的保护性。感染SARS病毒猴后与正常猴比较,其细胞杀伤效应明显增强。感染SARS-CoV的恒河猴不仅出现与SARS患者类似的临床和病理学改变,也在一定时期内排毒,出现特异免疫反应,这些指标均可作为药物筛选、疫苗评价等方面的重要参数。     

实验动物和公园动物中SARS病原来源调查初报

目的　调查SARS冠状病毒的动物来源。方法　用冠状病毒通用引物的反转录巢式PCR方法对采集的动物呼吸道分泌物或咽拭子标本进行检测 ,用血清学方法 (EIASA)对动物血清进行检测 ,确定阳性的初筛动物。结果　分别从各实验动物猴、犬饲养场、广州动物园共采集拭子标本 84份 ,包括的动物品种有猴、犬、小灵猫、果子狸、狒狒、巨蜥、滑鼠蛇、巴西龟、孔雀、鸭子、鸽子等 ,PCR方法检测 ,未检出SARS冠状病毒 ;另抽取 16个单位 3 73只小鼠和 9个单位 198只大鼠的血清 ,用ELISA方法检查 ,有 52只鼠检出鼠冠状病毒抗体。实验动物SARS冠状病毒的追溯研究是从根本上防治SARS病的重要环节之一。     

甘肃省瓜州县一起由埃可病毒30引致的无菌性脑炎疫情病原学分析

对2015年6~8月发生在中国甘肃省瓜州县一起病毒性脑炎疫情进行病原学诊断及其分子特征研究。采集74例病例样本132份(脑脊液14份,咽拭子25份,血清66份以及粪便27份)。对血清与脑脊液标本经ELISA IgM检测初步排除乙脑病毒、单纯疱疹病毒、流行性腮腺炎病毒和腺病毒感染之后,采用实时荧光PCR法对所有标本进行人类肠道病毒核酸检测,阳性者使用HEp-2和RD细胞进行病毒分离,并对分离株进行全长VP1区核苷酸序列测定及其分子特征分析。结果发现:132份标本中人类肠道病毒核酸检测阳性72份,71份分子定型结果为埃克病毒30(E-30);从29例病例的46份样本分离到E-30;甘肃瓜州E-30的全长VP1区核苷酸序列的同源性高达99.2%~100.0%,进化树图显示其与中国2011年以后的E-30分离株属同一个分支。E-30是引起本次甘肃省瓜州县局部地区病毒性脑炎暴发的病原,且属于中国正在流行的ECHO30进化分支中近期流行簇。     

新疆部分地区动物Nipah病毒和Hendra病毒感染的调查

拟建立一步法实时RT-PCR检测Nipah病毒(Nipah virus,NiV)、Hendra病毒(Hendra virus,HeV)的方法,对采集自中国新疆部分地区动物外周血样本进行NiV和HeV检测,以获得我国新疆地区的NiV和HeV的病毒流行病学资料.采用NiV和HeV一步法实时RT-PCR检测方法,对2007年9-12月采集的新疆伊犁河谷地区以及巴音布鲁克草原放养的500匹马、100匹驴和160只犬外周血单个核细胞RNA进行NiV和HeV N基因片段检测.结果:对采集的动物血样本进行NiV和HeV核酸检测,成功进行了一步法实时RT-PCR反应,没有发现阳性样本.初步流行病学研究提示我国新疆部分地区天然牧场放养的动物中可能不存在NiV和HeV感染,该地区出现NiV和HeV爆发的可能性较小.     

基于宏基因组学的猪群样本病毒探测方法的建立

极其多样的病毒广泛存在于我们周围的环境和动物体内,其中很多病毒是人类所未知的,而发现未知病毒常常受制于病毒常规检测技术的局限性.[目的]构建未知病毒检测技术平台.[方法]应用病毒宏基因组学的理念,结合新型分子诊断技术,首先利用过滤和核酸酶处理去除样品宿主核酸干扰,然后随机PCR扩增潜在的病毒宏基因组,最后通过大规模测序及序列分析获取病毒核酸信息.[结果]利用此技术我们对猪瘟病毒(CSFV)细胞培养物和猪圆环病毒2型(PCV2)感染猪病料进行了分析,分别检测到序列总长度1680 bp,占基因组13.7％的CSFV序列和序列总长度834 bp,占基因组47.2％的PCV2序列;利用此检测技术平台研究一未知病原细胞培养物,通过测序和序列分析,结果显示56条序列中有26条为副流感病毒5型(PIV5)同源序列,覆盖了其基因组全长的16.4％;此外,应用本研究建立的方法结合新一代高通量测序,我们在混合的7份病原未知的病猪组织样品中检测到了1.1％的病毒序列,包括CSFV、PCV2、猪细环病毒(TTSuV)、猪bocavirus (PBoV)和人腺病毒6型(Ad6)等的部分基因序列.[结论]本研究建立的基于病毒宏基因组学的未知病毒的检测方法突破了传统病毒研究方法的缺陷,对于猪群样本中病毒的检测具有较高的敏感性,有望为新发、突发感染性疾病的诊断和监测提供技术支持.     

SARS冠状病毒实时荧光RT-PCR定量检测

为建立一种快速、准确、特异的SARS病毒RNA定量检测方法,根据复合探针荧光定量分析原理,对SARS病毒核酸进行实时荧光定量RT-PCR检测.借助计算机辅助,对SARS病毒基因靶序列以及检测引物和探针进行了优化筛选;利用体外转录SARS病毒RNA靶序列,对RT-PCR反应的镁离子浓度参数进行了优化;比较Trizol法、磁珠法、Qiagen法、煮沸法等4种方法提取RNA的检测效果,建立了样本处理方法;通过对构建的体外转录靶序列模型的检测,对本方法的灵敏度、特异性、定量线性关系、精确度等进行了评价,并通过对42例临床标本的检测对本方法的检测效果进行了评估. 通过克隆SARS病毒核酸靶序列并进行体外转录,获得了长度约1.2 kb的体外转录RNA靶序列;经优化,荧光RT-PCR反应液中的Mg²⁺浓度以4.0 mmol/L为最好;RNA提取方法采用磁珠法效果较好;本方法的检测灵敏度最低可达5个拷贝的体外转录RNA分子,特异性100%,C_t值的CV值小于5%.对临床确诊的42份SARS病人血清和漱口水标本的检测结果表明,该方法的检出率为79%,与荧光抗体检测法的符合率为70%.上述结果表明,该方法建立的荧光定量RT-PCR技术能够快速准确、特异、敏感地对SARS病毒核酸进行定量分析,为临床SARS冠状病毒RNA的检测提供了新的,更为有效的检测方法.     

寨卡病毒感染者血液、尿液和唾液中IgA抗体水平初步研究

为研究寨卡病毒(ZIKV)感染者血清、尿液和唾液样本中特异性IgA抗体水平,进一步了解ZIKV感染免疫机制,本研究重组表达制备寨卡病毒NS1蛋白,对其浓度、纯度进行鉴定,初步评估了NS1蛋白抗原性,并建立间接酶联免疫(Indirect-ELISA)方法,检测患者临床血清、尿液和唾液样本中的寨卡特异性IgA抗体。利用健康人群血清、尿液和唾液标本,评估检测方法的特异性,并确定以阴性对照的均值加3倍标准差作为判定检测结果的阈值,特异性为100%。对经病毒核酸检测所确诊病例的33份血清样本、4份尿液样本和3份唾液样本进行检测。选择3份具有较高IgA抗体水平的血清,通过2倍系列稀释的方法评价了血清样本中特异性IgA抗体的滴度,可有效检出经3 200倍以上稀释的血清样本中的IgA抗体。重复性检测实验显示板间变异系数为(3.0±0.8)%,板内变异系数为(2.7±1.0)%。寨卡患者血清、尿液和唾液样本中的特异性IgA抗体的检出率分别为75.8%(25/33)、100%(4/4)和33.3%(1/3),提示IgA抗体在3种体液标本中均具有显著的存在,具有充当体外诊断指标的意义。同时尿液、唾液标本中特异性IgA抗体的存在,提示潜在的粘膜免疫效应,有助于增强对病毒体内播散和体外传播的理解,也初步提示了寨卡病毒NS1蛋白可用于相关免疫学诊断试剂的研发。     

牛传染性鼻气管炎可视化LAMP检测方法的建立和应用

根据牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)gB基因保守序列(GenBank Accession No. DQ006857.1),利用Primer ExplorerV4软件设计3对LAMP引物,通过反应体系的优化、敏感性试验和特异性试验,建立IBRV的LAMP检测方法,并对393份临床样本进行了检测应用。结果显示,建立的IBRV LAMP方法在65℃、50 min条件下可扩增出LAMP特征性梯状条带,并可通过颜色变化判定结果。该方法可以检测到10copies/μL的质粒DNA,与nested-PCR方法的敏感性相当,比PCR方法敏感1000倍,且与牛病毒性腹泻病毒、猪伪狂犬病毒、水泡口炎病毒等均无交叉反应。应用该方法检测301份鼻腔拭子和92份血清样本,阳性率分别为87.6%和58.8%,表明鼻腔棉拭子更适用于IBRV的临床检测。文中建立的IBRV LAMP方法具有可视化、快速、特异、灵敏性强的优势,适合基层和现场对临床样本进行快速检测,为IBR的防控提供了技术支撑。