庚型肝炎病毒抑制人类免疫缺陷病毒感染及其机制

庚型肝炎病毒(HGV/GBV-C)是10年前发现的单正链RNA病毒,属黄病毒科,病毒基因组RNA长约9.4kb),含1个开放读码框架,编码2 900左右的氨基酸.     

丙型肝炎病毒NS2-3蛋白酶基因在Sf9昆虫细胞中的表达

丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)为单股正链RNA病毒,其基因组长约9.5kb,5'端和3'端各有一个长约345bp和60bp的非编码区,编码区含一个大开放读码框架,编码3 010aa～3 033aa残基的多蛋白前体.     

丙型肝炎病毒中国株非结构蛋白2～3部分基因cDNA克隆序列分析及表达

丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus,HCV)是输血后和许多社区获得性非甲非乙肝炎的主要致 病因子.HCV为单股正链RNA病毒,其基因组长约9.5Kb,编码区含一个大开放读码框架, 编码3010-3033氨基酸残基的多蛋白前体,经宿主蛋白酶和病毒蛋白酶加工成具有生物 学功 能的成熟蛋白.HCV各区域的分布顺序是:C-E1-E2-p7-NS2-NS3-NS4A-NS4B-NS5A- NS5 B[1].本文我们应用RT-PCR方法从HCV患者血清中扩增编码病毒蛋白酶的非结构蛋 白(NS2-NS3)部分基因,对其核苷酸序列进行了分析,并在大肠杆菌中获得了良好表达.     

肝癌患者体内乙型肝炎病毒基因组的突变

乙型肝炎病毒(HBV)属于嗜肝DNA病毒科,其基因组有3．2kb,含4个重叠的开放阅读框架(ORF),编码核心蛋白、e蛋白、X蛋白、聚合酶以及HBV表面抗原(HBsAg)。为研究HBV的基因突变与肝细胞癌(HCC)发生的关系,本文对来自HCC病人不同基因型的HBV进行测序,研究其X、前C、前S和S区突变情况。     

通过新基因计算机识别与实验确认对NCBI人类基因数据库一些模式参考序列错误的分析与纠正

采用生物信息学分析与实验确认相结合的技术路线,通过所识别的基因在非冗余数据库比对发现了网上公布的计算机注释人类基因组编码序列存在各种类型的多处错误,包括cDNA水平的一个或一段碱基插入、缺失或突变,或是这些错误的不同排列组合,其中以错误插入为多,往往导致编码氨基酸的移码突变。最先举证了NCBIGENOME Annotation Project预测人类新基因的下列错误类型：(1)开放读码框架(0RF)中错误插入一个碱基造成编码氨基酸移码;(2)错误拼接;(3)开放读框中错误插入一个或一段碱基造成该读框提前终止。只编码N-端氨基酸的cDNA序列而不完整;(4)只有编码c一端氨基酸序列的cDNA而不完整;(5)只是正确基因0RF中间的一段编码蛋白cDNA序列而不完整,缺N-端与C-端氨基酸序列,并且将不完整蛋白氨基酸序列的第一个非起始码氨基酸错误地预测为起始码氨基酸,如将L错误地预测为M;(6)开放读框中错误插入一个或一段碱基造成前面出现不该有的终止码,因而编码蛋白缺开头部分氨基酸;(7)可能将污染基因组序列当作完整基因cDNA序列对待而预测出所谓单一外显子基因。即便真是基因,也只是较长单一外显子mRNA中有一小0RF,而0RF起始码上游同一相位确实存在终止码,无其他特点符合基因条件;(8)所预测基因只有0RF,而0RF两端没有任何EST证据,可据此0RF拼接出受EST和人类基因组双重支持的完整基因cDNA(开放读框上游同一相位有终止码),预示所预测0RF参考序列可能不正确;(9)有EST实验证据支持存在基因的人类基因组序列范围内又被预测出一条相似但更小的蛋白编码基因,因而新预测基因有可能是错误的。     

丁型肝炎病毒抗原的表达纯化和抗原性分析

丁型肝炎病毒(Hepatitis D virus,HDV)是一种缺陷负链RNA病毒,其表面被乙肝病毒抗原(HBsAg)所包裹,内为丁型肝炎抗原(HDAg)及其基因组RNA.HDV基因组中有多个开放读码框架(ORF),其中只有抗基因组RNA链上的一个ORF编码的蛋白与HDAg相关[1,2].     

戊型肝炎病毒ORF2编码多肽抗原的表达及其特性研究

迄今所发现的唯一的戊型肝炎病毒（HEV）中和表位定位于开放读码框架2（ORF2）编码蛋白的第578和第607氨基酸（aa）之间的区域。将对应此区域的基因片段通过一段柔性的甘氨酸铰链与乙型肝炎病毒（HBV）表面抗原（HBsAg）基因的3′端相连,构建成HBV/HEV融合基因。该融合基因在毕赤酵母细胞内的表达产物物为分子量约29kDa的融合蛋白,具有组装成嵌合病毒样颗粒（VLP）的能力。此嵌合VLP具有与HBsAgVLP相似的特性且保留了天然HBV/HEV双重抗原性。对此嵌合VLP特性的初步研究提示其可能具有HBV/HEV双价重组疫苗的潜在应用前景。     

丙型肝炎病毒中国株非结构蛋白2~3部分基因cDNA克隆序列分析及表达

丙型肝炎病毒 (ＨｅｐａｔｉｔｉｓＣｖｉｒｕｓ,ＨＣＶ)是输血后和许多社区获得性非甲非乙肝炎的主要致病因子。ＨＣＶ为单股正链ＲＮＡ病毒 ,其基因组长约 9.5Ｋｂ ,编码区含一个大开放读码框架 ,编码 30 1 0 30 33氨基酸残基的多蛋白前体 ,经宿主蛋白酶和病毒蛋白酶加工成具有生物学功能的成熟蛋白。ＨＣＶ各区域的分布顺序是 :Ｃ Ｅ1 Ｅ2 ｐ7 ＮＳ2 ＮＳ3 ＮＳ4Ａ ＮＳ4Ｂ ＮＳ5Ａ ＮＳ5Ｂ[1] 。本文我们应用ＲＴ ＰＣＲ方法从ＨＣＶ患者血清中扩增编码病毒蛋白酶的非结构蛋白 (ＮＳ2 ＮＳ3)部分基因 ,对其核苷酸序列进行了分析 ,…     

痘苗病毒天坛株基因组旁侧区结构及开放读码框架的分析

本分析了我国痘苗病毒天坛株基因组两端的ＨｉｎｄⅢ－Ｃ和－Ｂ片段所编码的多肽,并与其他痘苗病毒株和正痘病毒进行了比较。结果表明,天坛株基因组ＨｉｎｄⅢ－Ｃ和－Ｂ片段共有４６个主要的开放读码框架（ＯＲＦｓ）,其中一个ＯＲＦ属于痘苗病毒基因组中第一次的与天花病毒相似的基因编码区。此外,天坛株基因组丝氨酸蛋白酶抑制剂Ⅱ的编码区由于移码变异而分成两个不同ＯＲＦｓ。民其他痘苗病毒株相比,天坛株基因组有多个Ｏ     

单纯疱疹病毒UL41基因研究进展

ＵＬ４１基因是单纯冷饮疹病毒基因组长独特区中的４１号开放读码框架，其编码蛋白具有关闭宿主细胞合成代谢的功能，这个关闭功能是由两个时期作用的结果，即早期和晚期关闭。本着重介绍了每个时期作用的机理及影响因素，以期在探索肿瘤基因治疗方面获得某些有益的启示。     

斜纹夜蛾核型多角体病毒BamHI—J片段序列分析

报道了斜纹夜蛾核型多角体病毒（SpltMNPV)BamHI-J片段的序列结构。该片段定位于SpltMNPV基因组25.8-29.9图单位（msp unit）,包括4个完整的开放读码框,几丁质酶基因（chiA）的3′端部分序列和一个同源区（hr）的部分序列。4个完整的读码框包括lef-8基因,杆状病毒J结构域蛋白基因（baculovirus J domain protein gene,bjdp),ORF570和ORF165。序列分离表明：ORF570与毒蛾核型多角体病毒（Lymantria dispar MNPV）的解旋酶－2基因有31％的氨基酸同源性。ORF165为SpltMNPV特有。J结构域蛋白在其他杆状病毒基因组中尚未见报道,其氨基酸序列N端存在J结构域,推断该蛋白质具有与DnaJ蛋白类似特征。lef-8基因编码的氨基酸与已报道的杆状病毒基因组中的lef-8基因编码的氨基酸具有高的同源性,且其C端具有与其他杆状病毒LEF－8类似的保守序列CIKICGIHGQKG。     

乙型肝炎病毒X蛋白(HBx):一种多功能的病毒调节因子

乙型肝炎病毒(HBV)的慢性感染是导致肝细胞癌(HCC)的主要危险因子。X蛋白(HBx)被认为在肝细胞癌的发生发展中起重要作用。X基因是HBV基因组最小的开放读码框,它编码的X蛋白含154个氨基酸,分子量约为16．5kD。HBx是一种多功能的病毒调节因子,通过调节细胞和病毒的转录活性、信号传导途径、基因毒性压力反应、蛋白质降解等,直接或间接地影响HBV的复制和增殖。HBx亦可影响细胞周期调控、细胞凋亡,从而可能在慢性活动性肝炎和肝硬化的病程中起到起始肿瘤形成的作用。     

禽减蛋综合征病毒AAV-2株全基因组文库的构建及核苷酸序列分析

对禽减蛋综合征病毒 (Eggdropsyndromevirus :EDSV -76 )中国分离株AAV 2的基因组进行了部分限制性内切酶物理图谱的分析 ,构建了完整的基因文库 ,并在此基础上完成了包括末端结构在内共 32 838个碱基对的全基因组核苷酸序列测定 ,数据分析表明 :AAV-2株与其他腺病毒相比 ,在基因组结构及开放读码框架 (ORF)的分布等方面差异较大 ,该病毒株基因组中没有明显的E1区、E3区和E4区样结构 ,其中位于基因组两端的 2个长度分别为 1 .1和 8.3kb的片段与其他腺病毒基因组无任何同源性 ,此外 ,AAV-2株基因组中缺失编码E1A ,pV和pIX等腺病毒共有的编码早、晚期蛋白的ORFs.上述结果首次在分子水平上证实了EDSV -76作为禽Ⅲ群腺病毒唯一代表株与其他禽腺病毒的差别 ,将有助于禽腺病毒乃至所有腺病毒的研究 .     

病毒φX174基因组的核苷酸频率分析

本文对噬菌体ΦX174基因组的核苷酸频率进行了细致的分析。蛋白质编码基因中核苷酸在各密码位点上的分布是不随机的,且其分布模式在各基因间非常相似,可能是该基因组的特点。本文提出1个基于位点×碱基3×4表的统计量,可以揭示编码区存在额外信息这一事实,也可甩于判定1个未确定读码框架是否是基因。二联体偏差分析发现二联体组合是非随机的,且其特点在基因间具有相似性,在3个位点上也没有明显差异,说明在DNA序列的组成变化和分子替代过程中,DNA水平上的约束起着很重要的作用。     

乙型肝炎病毒表面抗原基因在大肠杆菌中的表达

通过次级克隆我们组建了乳糖操纵子启动基因控制下的乙型肝炎病毒表面抗原(HBsAg)基因片段和乙型肝炎病毒(HBV)基因组两种表达质粒,能在大肠杆菌中合成β-半乳糖苷酶乙型肝炎病毒表面抗原杂合蛋白,可被放射免疫分析和蛋白凝胶电泳所检测。     

斜纹夜蛾核多角体病毒（SpltNPV）基因组EcoRI—G片段的序列分析

斜纹夜蛾核多角体病毒 (SpltNPV)基因组EcoRI G片段全长 745 0bp ,包括 7个开放读码框 :vp39、lef 4、cg30、p91、vp33、tlp2 0、AcMNPVORF81同源基因和一个同源区 (hr)。基因组排列比较分析发现 ,这些基因在基因组中的排列 ,在所有已知序列的杆状病毒中都比较保守     

含preS2的乙肝表面抗原基因的表达

HBV是一个含有部分单链区的环状双链DNA病毒,由表面抗原蛋白与脂构成的表面外壳和含核心抗原蛋白与病毒基因组的核心组成。编码病毒外壳蛋白即表面抗原的编码区是个大的开放读码区,它可分为S基因、preS2区和preS1区三部分,有三个相应的、彼此位相相同的翻译起始密码子ATG,分别编码分子量为24K和27K的主要S蛋白,     

HBVX蛋白与基因调控和肿瘤形成的关系

乙型肝炎病毒Ｘ蛋白是乙型肝炎病毒基因组的四个开读框架之一,Ｘ－ＯＲＦ编码一分子量约为１７ｋＤ,约含有１５４个氨基酸的蛋白质。实验证实ＰＸ是一种反式作用因子,能与细胞内多种与转录、基因调节有关的因子结合,广泛激活病毒和细胞的启动子,参与基因调控,与ＨＢＶ慢性感染后所形成的肝细胞肿瘤密切相关。ＰＸ本身不具有直接结合双链ＤＮＡ的能力,它主要是通过蛋白与蛋白间的相互作用来行使功能,其中包括直接与一般转录因     

腺病毒4型E3区核苷酸序列测定及其基因结构与功能分析

本文将Ａｄ４基因组相当于７３．３－８９．２基因图谱单位的ＤＮＡ片段进行了序列测定及基因结构分析,它包括了Ａｄ４Ｅ３区全基因及该区两侧的部分序列。序列分析表明,Ａｄ４ Ｅ３区从ＴＡＴＡＡ ｂｏｘ起至该区基因结束共４７７８ｂｐ,编码１１个大于６ｋＤ的开放读码框架。对Ａｄ４ Ｅ３区ＯＲＦ分析结果表明,Ａｄ４ Ｅ３区编码的１９．３ｋ,１５ｋ,１０．４ｋ蛋白,分别与Ａｄ２ Ｅ３区的ｇｐ１９ｋ,１４．ｋ和１０     

鸭乙型肝炎病毒基因组结构及其编码蛋白的研究进展

鸭乙型肝炎病毒(DHBV)属于禽嗜肝病毒属、嗜肝DNA病毒科病毒,与人乙型肝炎病毒(HBV)具有相同的复制方式及相似的基因结构、抗原结构。DHBV基因组是闭合环状不完全双链DNA,3个主要ORF-PreS/S、ORF-PreC/C、ORF-P位于负链,编码L蛋白、S蛋白、C蛋白和P蛋白。本文通过对DHBV基因组结构特征及其编码病毒重要蛋白的基本特性、结构特点与功能进行全面阐释,旨在对DHBV的深入研究提供重要参考和以DHBV人工感染建立的动物模型研究HBV提供重要理论依据。