小麦种子基因的表达序列标签分析

以授粉后12 d的小麦(Triticum aestivum L.)种子为材料,构建起cDNA文库.从中随机挑选10 000个克隆,利用Biomek 2000核酸工作站制成高密度cDNA阵列.然后分别以未受精子房、胚和胚乳中提取的RNA为模板,反转录合成探针与膜杂交,进行差示筛选.根据筛选结果,选取800个在胚、胚乳或胚和胚乳中表达的克隆进行表达序列标签(EST)分析,鉴定出216个不同的基因序列.其中24个ESTs属于已知的小麦基因;122个ESTs为推测的小麦新基因,它们编码的产物与种子贮藏蛋白或与生化代谢、发育等其他的生物学过程有关;70个ESTs的序列特征尚未确定.本研究为研究种子发育和小麦品质改良等提供了基础资料.     

白粉病菌诱导的小麦表达序列标签(EST)研究

白粉病是我国小麦的主要病害之一.尝试用表达序列标签(expressed sequence tags, EST)技术,研究了经白粉病菌诱导后的小麦基因表达.从构建的普通cDNA文库中随机挑取约1 500个阳性克隆并进行测序, 获不重复ESTs序列387条.不重复序列均获GenBank的存储号.其中49.4%的序列与已知基因同源,196条序列功能未知, 84条序列为新ESTs.将不重复序列制备成高密度点阵膜,用差示杂交法筛选到几个抗病相关序列.     

白粉病菌诱导的小麦表达序列标签(EST)研究(英)

白粉病是我国小麦的主要病害之一。尝试用表达序列标签 (expressedsequencetags,EST)技术 ,研究了经白粉病菌诱导后的小麦基因表达。从构建的普通cDNA文库中随机挑取约 15 0 0个阳性克隆并进行测序 ,获不重复ESTs序列 387条。不重复序列均获GenBank的存储号。其中 4 9.4 %的序列与已知基因同源 ,196条序列功能未知 ,84条序列为新ESTs。将不重复序列制备成高密度点阵膜 ,用差示杂交法筛选到几个抗病相关序列。     

日本七鳃鳗(Lampetra japonica)口腔腺表达序列标签(EST)分析

以日本七鳃鳗口腔腺为材料,构建库容量为2.1×106pfu/mL的cDNA文库。通过对文库中克隆子的序列测定和生物信息学初步分析,得到1323条有效EST序列。经BlastX及BlastN软件进行同源对比分析,653条(49.36%)EST可在蛋白质或核苷酸水平上找到同源序列,其中328条与七鳃鳗科物种同源。同源序列功能分类大致分为11类,与蛋白质合成有关的蛋白所占比例最大。1323条EST进行片段重叠群分析(contig analysis)获得包括547条序列在内的162组片段重叠群并确定了8条全长cDNA。日本七鳃鳗口腔腺cDNA文库以及EST文库的成功构建,为研究日本七鳃鳗口腔腺的功能基因和蛋白质组学奠定了基础。     

白粉病菌诱导的小麦表达序列标签（EST）研究

白粉病是我国小麦的主要病害之一,尝试用表达序列标签（expressed sequence tage,EST）技术,研究了经白粉病菌诱导后的小麦基因表达。从构建的普通cDNA库中随机挑取约1500个阳性克隆并进行测序,获不重复ESTs序列387条,不重复序列均获GenBank的存储号,其中49.4%的序列与已知基因同源,196条序列功能未知,84条序列为新ESTs。将不重复序列制备成高密度点阵膜,用差示杂交法筛选到几个抗病相关序列。     

表达序列标签及其应用

表达序列标签（EST）在基因组作图,克隆基因,新基因的识别,蛋白质组研究等许多方面具有重要的用途。本介绍了EST的制备方法,以及构建均一化cDNA库的方法,并介绍了EST在以上各方面的应用。     

大片吸虫成虫cDNA表达文库的构建及其表达序列标签初步分析

为发现潜在的抗大片吸虫病的候选疫苗分子,控制大片形吸虫病,本研究以大片吸虫成虫为材料,应用SMARTTcDNA文库构建技术,构建了以表达载体λTriplEx2为基础的大片吸虫成虫cDNA表达文库。经测定,库容量为1·08×106PFU/ml ,重组率为96·6 %,扩增后的文库滴度为2·41×109PFU/ml ,插入片段平均大小约为1 000 bp;经大肠杆菌BM25·8质粒化后,从文库中随机挑选40个重组克隆测序,获得32条有效ESTs ;经BLASTX和BLASTn程序检索和分析,发现有9条ESTs代表已知基因, 16条ESTs相似性较低或无匹配,列为新基因。9条已知基因代表了半胱氨酸蛋白酶、卵壳蛋白、钙连接蛋白等三类功能蛋白,其余新基因也暗示与信号传导、蛋白合成、免疫刺激等基因相关,具有潜在的研究价值[动物学报51 (5) : 879 -883 , 2005]。     

家蚕母性基因的表达序列标签分析

为了研究家蚕Bombyx mori卵中储存的母性遗传信息,以未受精的肾脏型和正常型蚕卵为材料构建了cDNA文库,并对其随机测序,共获得391条表达序列标签(EST)序列,经拼接后得到374条非重复序列。生物信息学分析发现,172个非重复序列与国际数据库GenBank和silkbase中的已知基因具有较高的相似性。除3个已知母性基因外,其余主要与DNA复制、能量代谢、信号转导、转录、蛋白质结构以及胚胎发育中个体形成等相关。该结果可为进一步研究家蚕胚胎早期发育的调控提供基础数据。     

小麦抗白粉病侵染初期的表达序列标签分析

以抗白粉病品系“百农 32 17×Mardler”　BC5F4为材料 ,构建了一个白粉病菌接种初期的抑制消减杂交cDNA文库 ,测序获得 76 0条ESTs。与GenBank序列进行BLASTx分析 ,获功能已知ESTs 2 71条。通过分析抗病相关基因 ,推测G蛋白介导的信号传导途径、SA信号传递系统、MAP相关信号传递系统等参与了小麦抗白粉病过程。SAR基因在抗病相关ESTs中的种类与数量最多。数据显示苯丙烷代谢途径、细胞壁结构修饰作用、细胞保卫机制参与了抗病过程。未知功能ESTs与GenBank序列进行BLASTn分析 ,其中许多与病原菌、非病原菌诱导cDNA文库来源的ESTs同源 ;新ESTs占全部ESTs的 16 6 %。     

表达序列标签数据库搜索鉴定小鼠UBAP1基因及其数字化表达分析

UBAP1(ubiquitin associated protein 1)基因是最近克隆的一个定位于人类染色体9p21-22鼻咽癌杂合性丢失高频区的泛肽相关蛋白家族新成员.为了深入研究UBAP1基因的功能,利用计算机对表达序列标签(expressed sequence tag, EST)、UniGene等数据库进行综合搜索分析,结合cDNA克隆测序的方法, 成功地获得了UBAP1基因在小鼠中的同源基因.小鼠UBAP1基因cDNA全长为2 676 bp,编码一个由441个氨基酸组成的蛋白质,在其蛋白质C端只有一个泛肽相关功能域（UBA domain）.与人UBAP1基因相比,两者编码的氨基酸序列有89%相同.基于EST的数字化表达分析显示UBAP1基因在小鼠正常组织中广泛高表达.     

Identification and Validation of Single Nucleotide Polymorphisms in Poplar Using Publicly Expressed Sequence Tags

By using assembled expressed sequence tags （ESTs） from 14 different eDNA libraries that contain 84 132 sequences reads, 556 Populus candidate single nucleotide polymorphisms （SNPs） were identified. Because traces were not available from dbEST （http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/index.html）, stringent filters were used to identify reliable candidate SNPs. Sequences analysis indicated that the main types of substitutions among candidate SNPs were A/G and T/C transitions, which accounted for 22.0% and 30.8%, respectively. One hundred and ten candidate SNPs were tested. As a result, 38 candidate SNPs were confirmed by directed sequencing of PCR products amplified from six different individuals. Thirteen new SNPs in intron regions were found and multiple SNPs were found to be located in both intron and exon regions of four contigs. Heterozygosis was found in all 47 candidate sites and five SNP sites were heterozygous in all six samples. This is the first report of SNP identification in a tree species which reveals that assembled ESTs from multiple libraries of the public database may provide a rich source of comparative sequences for an SNP search in the poplar genome.     

猪脂肪组织表达序列标签(ESTs)大规模测序及分析

利用大规模DNA序列测定的方法,对猪脂肪组织进行了表达序列标签(Expressed Sequence Tag,EST)序列测定,获得高质量EST共7790个,并对此进行了初步分析。使用STACK-PACK软件进行聚类分析,得到4354个基因聚类,包括3609个单拷贝基因和745个多拷贝基因;将候选基因序列用BlastN与nr库进行比较(e=1e-10),从4354个候选基因中得到2712个已知基因,其中单基因为1987个,多拷贝基因为725(3694克隆)个;未知功能基因和新EST有2109个克隆。根据BlastN结果,利用基因组文库添加序号(GenBank Accession No．)为索引,构建了猪脂肪组织已知功能基因表达谱。从基因表达谱可以看出,在猪脂肪组织中参与代谢的基因所占比例最高,在某些方面也显示了脂肪组织旺盛的代谢活性。同时发现在猪脂肪组织中主组织相容性抗原(Major Histocompatibility Complex,MHC)或与MHC相关的基因表达丰度很高。其中单拷贝基因181个,多拷贝基因44个,共计257个克隆,占细胞机体防御(cell and organism defense)总数的44．9％。占总已知基因数的5.4％。提取出全部与MHC相关的EST序列(257个克隆),发现所有EST的部分序列(长约200个碱基),几乎分布在每一个已知猪BAC的所有编码序列上。据此推测,构成MHC的这些EST序列中,有一段长约200个碱基(200bp)的碱基序列高度保守,MHC基因中每一段编码序列都包含有这一段序列。这些MHC序列虽然在不同的BAC上其蛋白的域不同,但均为高度保守区域,并且都与免疫功能密切相关。猪脂肪中如此大量表达的MHC部分保守序列,由于与免疫功能高度相关,在MHC基因的传递过程中,可以反复复制,并能够稳定遗传。     

一个鼻咽癌相关EST的鉴定及其全长cDNA序列分析

鼻咽癌是我国南方及东南亚地区常见的恶性肿瘤之一.通过对鼻咽癌染色体高频率杂合性丢失区域3p21的表达序列标签(expressedsequencetag,EST)进行同源性比较分析,运用逆转录聚合酶链式反应的方法,筛选到一个在41.18%(14/34)的鼻咽癌活检组织及20.0%(1/5)的鼻咽癌细胞系中表达下调的ESTBG772301;并用Northern杂交方法,检测了该EST在多种正常成人组织中的表达状况及其所代表基因的转录本大小.在此基础上,对该EST来源的cDNA克隆(IMAGE:4839190)进行直接测序,获得了一个全长为2377bp的新cDNA序列;经生物信息学分析,发现它与已知基因序列无明显同源性,属于一个新基因,定位于染色体3p21.3,被命名为鼻咽癌表达下调基因(NPCEDRG,GenBank登录号:AF538150).其编码的蛋白质含169个氨基酸,与一个已报道的在进化上相对保守、功能未知的人类蛋白Nicolin1(简称NICN1)N端170个氨基酸残基的序列同源性为97%,但缺少NICN1蛋白C端43个氨基酸残基,可能是nicolin1基因不同剪接本的编码产物.     

Analysis of Expressed Sequence Tags from Skeletal Muscle-specific cDNA Library of Chinese Native Xiang Pig

A Longissimus Dorsi muscle cDNA library of Xiang Pig was constructed, and 131 randomly isolated clones were sequenced in this study. The results of bioinformatics analysis showed that 131 ESTs represented 109 unique clones sequences, of which 99 showed homology to previously identified genes in humans or other mammals, 3 matched other uncharacterized expressed sequence tags (ESTs), and 7 showed no significant matches to sequences already present in DNA databases. No protein matches were found for 10 ESTs. Functional analysis of the ESTs showed that a considerable proportion of them encoded proteins involved in gene/protein expression (45.46%). Other classes included genes involved in metabolism (10.10%), cell structure/motility (10.10%), cell/organism defense (5.05%), cell signaling/communication (2.02%), and cell division (0.0%). Unclassified genes constituted the remaining 27.27%. This study reported the results of the first gene expression profile analysis of Chinese native Xiang Pig skeletal muscle cells, thereby greatly facilitating the functional study of candidate genes involved in muscle growth as well as in the improvement of meat quality in domestic pigs.     

中国地方品种香猪的肌肉特异组织表达序列标签(ESTs)的

通过构建香猪肌肉组织cDNA文库,并在文库中随机挑选克隆进行测序的方法,获得了131个香猪肌肉EST序列.在这131个EST序列所代表的109个单一克隆中,有99个为人类及其他物种的同源序列,3个为已知的猪的ESTs,7个为未知ESTs.对这10个已知、未知ESTs进行开放阅读框预测并进行B1ast分析,没有找到高度同源的氨基酸序列.对上述EST所对应的基因功能分析结果表明,除去27.27%的EST未能分类外,克隆到的EST大多来自与基因/蛋白的表达调控相关的基因(占45.46%).来自具有其他功能的基因的EST依次是细胞代谢占10.10%、细胞结构/迁移占10.10%、细胞/机体防御占5.05%和细胞信号/传导占2.02%.没有发现和细胞分裂相关的已知功能基因.本研究结果为中国地方品种香猪提供了第一个骨骼肌的基因表达谱,为今后寻找猪肌肉生长和肉用品质的候选基因奠定了基础.