结核分枝杆菌基因组学与基因组进化

在后基因组时代,特别是在新的测序理论和设备大发展的背景下,一些重大传染性致病微生物基因组序列正在被逐一测定,并且随后的基因功能注释,蛋白质三维结构重建等工作也正在开展,以期对致病微生物的生物学特性、诊断策略和治疗方法等有突破性的认识.作为对人类健康一直存在严重威胁的结核分枝杆菌,其基因组在进化中所发生的各种遗传事件对其生物学性质、致病能力和抗药性等各方面有重要作用.本文旨在阐述结核分枝杆菌的起源及其基因组特征,论述其基因组进化的研究进展.     

国内信息

人类基因组序列“工作框架图”绘制完毕2 0 0 0年 6月 2 6是人类生命科学史上一个重要里程碑。这一天 ,美、日、德、法、英、中六国科学家同时宣布人类基因组序列“工作框架图”绘制完毕。这一成果昭示人类对自身的了解迈入新阶段 ,并被认为是自达尔文时代以来生物学领域最重大的事件 ,同时也被认为是人类历史上最重要的科研工程。“工作框架图”不仅覆盖了 97%的基因组 ,而且将 85%基因组序列组装起来。人类基因组计划共有美、日、德等六国参与 ,中国是其中唯一的发展中国家。我国科学家从去年起承担了人类基因组 1%的测序任务 ,不到半年的…     

医学真菌基因组学的研究进展

酿酒酵母基因组测序的完成是基因组学史的一个里程碑,其重要性已远远超出酵母本身,促进了人类及其他生物基因组学的发展.但迄今为止,真菌基因组学的发展仍落后于细菌,而医学真菌基因组的研究则更为滞后,这与真菌基因组对真核生物和人类医学所做的贡献不相匹配.近年来,随着免疫受损人群的增长,相关致病真菌得以重视,其基因组学的研究取得一定进展.目前有超过30种的真菌基因组测序正在进行或已完成,其中包括致病真菌的主要代表菌种[1],现概述如下.     

四倍体野生稻快速驯化: 启动人类新农业文明

通过人工选择优良遗传变异,将野生植物驯化为栽培作物,以满足人类对食物的需求,是人类发展历史中的重要事件,推动了人类文明的持续发展。随着世界人口持续增加,耕地面积不断减少,灾害性天气频发,全球粮食安全问题日趋严峻。基于作物驯化的分子机理及重要农艺性状的遗传基础,结合高通量基因组测序和高效基因组编辑技术,从头驯化野生植物,...     

甲型流感病毒基因组进化事件检测软件的实现

目的 流感病毒通过跨宿主迁移和基因组重配作用等进化事件引起抗原转换是造成流感大流行的主要原因;传统上利用系统发生树通过进化分析检测这些事件,而进化分析过程复杂并且算法参数较难设定.方法 作者曾提出了一种利用基因型谱检测甲型流感病毒基因组进化事件的新方法,弥补了进化分析的这些缺陷.在本文中,利用C++ Builder开发工具在Windows平台上实现了基因型谱分析方法.结果 利用甲型流感病毒进化事件检测软件,可以快速的检测跨宿主迁移和基因组重配作用等甲型流感病毒基因组进化事件.结论 甲型流感病毒进化事件检测软件可以作为流感病毒疫情监测控制中进化分析的辅助工具,无论在病毒基因组进化的基础研究和疾控实践中都将具有很强的应用价值.     

1%人类基因组DNA元件解译,基因组结构的传统认识受到挑战:变人类基因组“天书”为 “ 百科全书”的重要一步

继“人类基因组计划”后生命科学领域最大的国际合作计划之一——“DNA元件百科全书”计划(Encyclopedia of DNAElements,ENCODE)日前发表了一系列重要文章报告了其示范期完成的1%人类基因组的解码情况.这些成果由来自11个国家的35个小组合作完成,挑战了人们对于人类基因组的传统认识,即人类基因组不是由孤立的基因和大量“无用DNA片段”组成的,基因组本身就是一个复杂的网络系统,有着多层次的精细调控规则.ENCODE计划示范期(1%人类基因组解码)的成果为进一步解译人类基因组这部“天书”开辟了道路,刷新了我们关于基因的概念,成为人类生物学研究史中又一座里程碑.同时,大量的“非编码RNA基因”仍旧是生命科学天空中的“一朵乌云”,其未知的功能尚待探索.     

我国人类后基因组研究的上、中、下游合作战略初探

人类基因组计划是人类有史以来最伟大的认识自身的世纪工程,预计在２００３年至２００５年可以全部完成。摆在我们面前的一个重要问题是在目前和将来如何将这一计划获知的人类基因序列转变为对人类自身认识的知识,如何对这些基因加以利用,使之能够造福于人类的健康。因此,人类后基因组计划应该现在就摆在议事日程上,而不应等到全部基因组计划完成以后。我国应实施的战略是加强上、中、下游合作,在基因克隆和测序的同时开...     

医学真菌基因组学研究进展(上)

近年来,一系列重要医学致病真菌全基因组数据陆续被公布,使人类对这些致病菌的认识提高到全新水平.本文在回溯医学真菌基因组学和基因组测序技术发展历程、综述其发展现状及应用的基础上,再分别介绍重要医学真菌全基因组测序的进展.     

DNA甲基化与miRNA相互调节与动脉粥样硬化

动脉粥样硬化是一类严重危害人类健康的心血管疾病,其发病机制一直是研究的热点.随着近年表观遗传学研究的深入,特别是人类表观基因组计划(Human Epigenome Project, HEP)的实施,以及国际人类表观基因组协会(Human Epigenome Con-sortium, HEC)的成立,DNA甲基化和miRNA在动脉粥样硬化中的调控作用机制被逐渐认识.它们不仅能够作为独立因子在动脉粥样硬化的发生发展过程发挥作用,而且最新研究发现,它们可以相互形成交叉网络调控,但其具体过程尚未阐明. 本文拟就DNA甲基化、miRNA在动脉粥样硬化发生发展中相互作用的最新研究进行综述.     

人类基因组中心粒测序、组装及评价的关键技术

正人类基因组是测序和组装的质量标杆,但是迄今未能完成(以Ns占位)组装泛中心粒(中心粒及其邻近异染色质区域,centromericpericentromeric heterochromatin regions)。泛中心粒由大尺度重复序列构成。长期难以组装大尺度重复序列,是基因组学及生物信息学领域的关键技术挑战之一。最新版人类参考基因组GRCh38中心粒序列并不是真实的线性序列,而是采用图论模拟方法模拟的,参见国际人类参考基因组(GRCh)小组于2017     

优秀的基因组数据库管理软件——ACEDB

ACEDB作为一个优秀的基因组数据库管理系统,已被用作包括从细菌、真菌、寄生虫、植物、昆虫、动物到人类等许多生物的基因组数据库.ACEDB基因组数据库管理系统在许多生物类数据库中都得到应用     

基于Web的基因组浏览器研究现状

测序技术的发展促使人类基因组测序成本急剧降低,测序速度迅速增加,对这些数据的分析和可视化已成为生命科学领域最重要的课题之一.基因组浏览器技术在基因序列分析,遗传密码解读,复杂疾病研究等方面具有重要意义.本文综述了9种主要的基因组浏览器技术,并从可视化内容、可视化形式、软件系统架构等角度分析了它们的特点.最后,探讨了基因组浏览器发展所面临的挑战.     

动态

国际人类基因组大会在柏林召开人类基因组草图绘制完成一年后 ,以基因组研究的未来走向及其在医药领域的发展应用为主题 ,2 0 0 4年国际人类基因组大会 4月 4日在柏林召开。与会科学家说 ,当前人类已经步入“后基因组时代”。国际人类基因组组织主席、日本学者佳之说 ,基因学     

国家人类基因组南方研究中心简介

1998年10月,国家人类基因组南方研究中心在上海浦东张江高科技园区正式成立．中心是在科技部、上海市和浦东新区支持下,由上海地区相关领域科研单位共同发起组建的一家为实现国家人类基因组计划,开展有关人类基因组研究和应用开发的新型科研机构,是国家在该领域的重要发展基地．中心面向国际基因组学研究的科学前沿,面向我国生物医药发展的重大需求,积极参与人类基因组测序和基因识别的国际竞争与合作,开展有我国特色的医学基因组学研究中心还通过技术转让等方式积极促进成果转化,推进中国基因组产业的发展．     

生物技术的那一片云

今年是人类基因组工作草图诞生10周年,也是深圳华大基因研究院完成人类基因组1%计划的周年,回首过去,以深圳华大基因研究院（BGI）为代表的科研机构在基因研究领域取得了飞跃性的发展。然而随着测序技术和计算生物学的发展,基因测序成本不断下降,测序速度日益提高。     

首期基因组作图接近尾声

人类和小鼠基因组全面作图工作进展顺利。且主要由于自动化的快速发展,该研究进程大大超过了预期目标。 基因组作图的一期目标是确定出人类基因组上的5000个遗传标记及小鼠基因组上的6000个遗传标记。目前,巴黎Genethon公司Jean wissenbach/s研究组已经定位出人类基因组上的3300个标记,而美国麻省理工大学(MIT)Eric Lander/s研究小组已定位出小鼠基因组上的4200多个标记。如果保持当前     

LINE-1在肿瘤早期诊断和治疗中的研究与应用

长散布元件-1(long interspersed elements-1,LINE-1)约占人类基因组的17％,是人类基因组中唯一具有自主转座能力的转座子.LINE-1可通过逆转录转座过程插入到新的基因位点上,从而会导致基因组的不稳定.因而机体对LINE-1的复制和转座有着严格的限制,在正常体细胞中几乎检测不到LINE...     

人类分子遗传学（原书第三版）（Human Molecular Genetics3）（含光盘）

人类基因组计划于2003年发表了人类基因组序列的“完成”版，这是人类科学史上的一个里程碑。根据人类基因组许多新的发现，英国Tom Strachan和Andrew P．Read两位教授对其编著的《人类分子遗传学》第三版进行了全新的修订。     

人乳头状瘤病毒(HPV)基因整合与宫颈病变

HPV基因整合是启动宫颈癌发生的一个重要事件,高危性人乳头状瘤病毒(high risk human papillomavirus,hr-HPV)基因组整合率和宫颈病变程度密切相关,可能是宫颈癌发生发展过程中的重要标志.HPV基因整合机制研究、整合位点的发现、相关整合通路的探索,对于宫颈癌的精准治疗和预后的判断有着重大的...     

长柄扁桃叶绿体基因组比较

蔷薇科桃属植物长柄扁桃Amygdalus pedunculata Pall.是我国重点发展的12种木本油料作物之一。将自然生长在陕西省榆林市毛乌素沙地的长柄扁桃进行高通量测序、组装得到了GenBank登录号为MG602257的长柄扁桃叶绿体基因组。与NCBI中其他两个长柄扁桃叶绿体基因组 (MG869261和KY101153) 进行序列比对发现：长柄扁桃叶绿体基因组均呈现典型的4分区域结构;基因组序列GC含量均是36.8%;总长度MG602257相似文献