DNA定序方面 革命性进步

DNA定序将永远不会是老样子了。加利福尼亚工学院的一个小组研制的新的自动仪器,现在由“应用生物系统”(Applied Biosystems)进行商品化生产,使之能将测定DNA序列的速度比现行方法快16倍。测定组成DNA四个碱基的序列是分子生物学研究的重要工作之一。测定过程时间长、费力、需要放射性同位素。新的仪器将大大降低试验测定DNA序列的费用。为此在新仪器的制造上共投资90000美元。研究费用是不会阻碍大多数研究小组工作的。它的费用只有第一台DNA合成器的2倍。这种DNA合成器是许多分子生物学实验室的标准设备。大学争相提出购买这种基因装置。     

一种简易显微摄影仪

作者从结构、制造、成本和使用诸方面比较了国外目前已有的几类显微摄影仪,制作了一种新型的简易仪器。其特点是比一般常见仪器省去了结构复杂,费用昂贵的倒T形观象器,将DF型照相机机壳用一个特制的接筒与显微镜相接即可。经实际使用表明,这种摄影仪操作简便,可连     

目视色度仪的试制

设计和试制了一台2°视域的目视三色色度仪。本仪器基于 Guild 型色度仪原理,并作了若干改进。三种原色借助于滤色片产生,经一旋转的菱形棱镜混合,光谱色由光栅型单色仪产生。本仪器已用于13名汉族男青年光谱色度坐标的测定,结果准确并可重复。     

基因芯片技术及应用研究进展

采用高速打印或光刻合成技术可在硅片、玻璃或尼龙膜上制造ＤＮＡ微阵列。样品ＤＮＡ／ＲＮＡ通过ＰＣＲ扩增、体外转录等技术掺入荧光标记分子,与微阵列杂交后通过荧光扫描仪器扫描及计算机分析即可获得样品中大量基因序列及表达的信息。该技术可应用于高通量基因表达平行分析、大规模基因发现及序列分析、基因多态性分析和基因组研究等 。     

黑龙江省的卫矛是橡胶植物

一.引言在1930年,苏联植物学家Г.Г.波塞教授(Воссэ)曾指出在卫矛的各个器官中,特别是根皮中,含有固塔胶(гутта,或叫硬橡胶).如所周知,固塔胶对于电线,特别是海底电线来讲,乃是最绝缘的材料,因为固塔胶最忍盐水.由固塔胶还能制出各种医用仪器及其他等等.自从在卫矛植物体内发现固塔胶以后,近年来,已广泛的公认它乃是制造橡皮带的珍贵原料.在苏联,已建立了新的生产部门,并且已停止杜促胶进口.     

一株Ⅱ型甲烷氧化菌中甲烷单加氧酶基因和16S rDNA的分析

[目的]利用分子生物学方法对-株甲烷氧化菌Methylosinus trichosporium IMV 3011中的16S rDNA和溶解性甲烷单加氧酶基因序列进行分析并探索其进化分类地位.[方法]利用基因数据库已有的基因序列信息,设计PCR扩增引物和基因测序引物,对溶解性甲烷单加氧酶基因和16s rDNA进行扩增和测序,并进行溶解性甲烷单加氧酶的6个基因和氨基酸序列与同类菌株的相应序列进行联配分析.[结果]获得了全长为5319 bp甲烷单加氧酶基因序列和长度为1290 bp的16S rDNA序列.该菌株与Methylosinus trichosporium OB3b中相对应基因的同一性是99.0%～82.7%,MMOX氨基酸序列的同一性为99.4%～81.8%,相似性为99.8%～89.2%.基于以上分析表明MMOX组分有很高的序列保守性,特别是在活性中心区域.[结论]菌株IMV3011属于甲基弯菌属,最近似的菌株是Methylosinus trichosporium OB3b.     

日本研制生物工程用新仪器设备动态

生物工程需要特殊的仪器和设备。目前日本许多企业,包括与生物工程无关的厂家也都竞相从事有关产品与设备的研究开发。精工电子工业公司已开发成功能自动分析DNA的“DNA碱基序列自动解析系统=DNA序列仪”,它不仅能自动分析DNA的碱基序列,而且还有一个特征,     

用序列比对设计的茎环结构探针检测金黄色葡萄球菌

基于金黄色葡萄球菌16S rRNA基因序列,采用序列比对设计了一种茎环结构的寡聚核苷酸探针。探针的环序列即为金黄色葡萄球菌16S rRNA基因序列的其中一个片段,同其他菌种的16S rRNA基因序列误配2个以上的核苷酸,因此能高度专一、灵敏的检测金黄色葡萄球菌16S rRNA。根据分子信标技术和酶联免疫分析的原理,评估一个实验方法,即利用能构象转换的、固定化的茎环结构探针酶联检测靶核酸。由于探针的特异性加强,这个检测系统能有效的排除假阳性即不会出现误配一个核苷酸的情况。采用微量浓度测定分析,最低下限可检测出大约4ng的金葡球菌16SrRNA。这种方法的灵敏度比其他常规检测方法高出了至少一个数量级。     

基因外显子连接序列与相应内含子序列的相互作用

剪接后的内含子与相应mRNA序列的相互作用在基因表达调控过程中起着非常重要的作用。基于27个物种的核糖核蛋白基因序列,采用Smith—Waterman局域比对方法得到外显子连接序列与相应内含子序列的最佳匹配片段,分析了外显子连接序列上的匹配频率分布和匹配片段的序列特征。发现一些低等真核生物EJC结合区域的匹配频率明显低于其它区域,所有物种EJC结合区域的序列构成呈现出相对低的结构序。最佳匹配片段的平均长度和配对率分布与siRNA和miRNA的结合特征相同。推测EJC和内含子在与外显子序列结合的过程中存在相互竞争和相互协作的关系,内含子中部序列在基因表达调控过程中起着重要的作用。     

兔出血症病毒（RHDV）WHNRH株的分离鉴定及基因组全序列的测定与分析

从发病长毛兔中分离鉴定了兔病毒性出血症病毒WHNRH株。参考GenBank中已登录的RHDV毒株序列对RHDV WHNRH分离株进行了全基因组序列测定与分析。设计5对扩增区段相互重叠的RHDV特异性引物,扩增除5′和3′末端以外的序列,采用设计锚引物的5′RACE方法以及针对RHDV 3′末端的polyA结构设计引物获得了RHDV WHNRH株的5′和3′末端序列。胶回收各PCR产物,连接pMD 18-T克隆载体,测得RHDV WHNRH分离株的基因组全长为7437nt(不包括polyA),与GenBank公布的全部共6株RHDV全基因序列进行同源性比较分析,同源性在89.0%~97.1%之间,ORF1同源性为89.0%~97.1%,编码氨基酸序列的同源性为95.2%~98.7%;ORF2的核酸苷序列同源性为92.1%~97.7%,编码氨基酸序列的同源性为94.1%~96.6%。     

多浆旱生植物霸王Actin基因片段的克隆及序列分析

根据其他植物Actin基因的保守序列设计一对简并性引物,以霸王叶片总RNA为模板,采用RT-PCR的方法扩增出Actin基因片段并克隆到PUCm-T载体.阳性克隆经PCR鉴定后进行测序,序列分析结果表明:该片段长598bp,编码198个氨基酸;所得序列与GenBank中注册的Actin基因序列的同源性均在82%以上,与其他肌动蛋白的氨基酸序列的同源性达91%以上.     

国外动态

20 0 5年世界微排列生物芯片市场预测微排列是在1980年期间被发明的,它们只是现在投入了重要的使用。微排列在测定人类基因组功能的过程中是关键的,因为在一个阵列上能够放置万个点。不同的DNA碎片能被固定到每个点上。在一个微排列的点上能够平行进行数万个试验。这意味着使以前使用数百台仪器,花费许多年的任务,现在仅需一台仪器,花费几个星期的研究时间就能完成工作,加速发现过程许多倍。据贸易通信公司(BusinessCommunicationsCompany)的最新研究《骤增的微排列生物芯片贸易》显示:微排列、排列仪、扫描仪和显微流体的世界市场在2 0 …     

著名华裔科学家吴瑞教授的学术成就与贡献

吴瑞教授在ＤＮＡ生物化学和分子生物学的许多领域中做出了杰出的贡献。最重要的一项是他发展了测定ＤＮＡ核苷酸序列的第一个方法。为了使核酸序列分析成为可能,吴瑞教授在１９６８年独创性地设计了一种崭新的引物－延伸策略,并于１９７１年成功地测定了λ噬菌体两个粘...     

广东麻鸭DHBV全基因克隆及新读码框的发现

选取3份DHBV阳性广东麻鸭血清提取DHBVDNA,设计一对扩增DHBV全基因序列引物Q1和Q2,扩增并克隆DHBV全基因序列,测序并运用相关计算机软件及方法分析获得的全基因序列。结果表明,广东麻鸭DH-BV全长为3027bp。提交GenBank后获得的收录号分别为:AY433937、AY521226、AY521227(来自1号血清);AY392760、AY536371(分别来自2、3号血清)。AY521227的PreS/SORF出现了单碱基突变,在PreC/CORF之前发现一个新的ORF,暂命名为HORF,HORF也同时存在于GenBank中储存的另外8个DHBV全基因序列中。系统发育分析表明,广东麻鸭DHBV在分化程度上是目前储存于GenBank中的DHBV全序列中最高的。成功克隆了广东麻鸭DHBV全基因序列,序列分析为进一步研究广东麻鸭DHBV提供了有益的信息。     

樟属植物ITS序列多态性分析

对樟科樟属(Cinnamomum Schaeffer) 17个代表样本的核糖体DNA内转录间隔区(nrDNA ITS)进行克隆测序。对获得的87条不同ITS序列的长度变异、GC含量、5.8S区二级结构的稳定性、遗传距离、进化模式以及系统发育关系进行了相关分析。研究结果显示, ITS序列在樟属植物内存在明显的多态性, 87条序列中的22条序列被鉴定为假基因序列, 其余65条序列为功能基因序列; 假基因序列采用中性进化模式, 变异明显大于功能序列。ITS序列在樟属植物中出现一致性进化不完全和假基因现象也可能发生在樟科其它类群中, 这可能是导致樟科植物ITS序列直接测序方式成功率低的重要原因。     

稻属单拷贝核基因TPI序列分析及其在疣粒野生稻鉴定中的应用

通过对稻属(Oryza L.)及其近缘属等18个禾本科植物单拷贝核基因TPI序列进行扩增和测序,分析其系统进化关系及序列差异,并设计鉴定疣粒野生稻(O.granulata)特异的分子标记.序列分析表明,栽培稻间TPI基因序列碱基变异少,野生稻相对变异丰富,其中疣粒野生稻变异尤为明显,根据疣粒野生稻的TPI基因序列特异位点设计引物,利用这一分子标记对疣粒野生稻进行准确鉴定.     

一株重组乙型肝炎病毒的全基因克隆和序列分析

通过血清学和PCR方法对广西地区乙型肝炎病毒感染者样本进行检测,发现一株乙型肝炎病毒基因序列与其余病毒差异较大,利用PCR的方法,扩增出该株病毒的全长cDNA序列,并将其克隆到T载体,进行序列测定,结果显示基因全长为3 215bp,血清型为adr.将测定序列与网上公布的标准基因序列进行比对分析,发现该株病毒全基因组序列进化分析结果与C型基因比较接近,而对其全基因组进行分析时发现1 630bp～2 880bp间基因起源与和C型基因最为接近,而其余基因序列则与A型基因更接近,提示这是一株C型和A型重组的乙型肝炎病毒,首次在国内发现这种类型的基因重组病毒,丰富了我国乙型肝炎病毒研究内容,并对基因型别研究和病毒进化研究提供了参考.     

广东麻鸭DHBV全基因克隆及新读码框的发现

选取3份DHBV阳性广东麻鸭血清提取DHBV DNA,设计一对扩增DHBV全基因序列引物Q1和Q2,扩增并克隆DHBV全基因序列,测序并运用相关计算机软件及方法分析获得的全基因序列.结果表明,广东麻鸭DH-BV全长为3027bp.提交GenBank后获得的收录号分别为AY433937、AY521226、AY521227(来自1号血清);AY392760、AY536371(分别来自2、3号血清).AY521227的PreS/S ORF出现了单碱基突变,在PreC/CORF之前发现一个新的ORF,暂命名为HORF,HORF也同时存在于GenBank中储存的另外8个DHBV全基因序列中.系统发育分析表明,广东麻鸭DHBV在分化程度上是目前储存于GenBank中的DHBV全序列中最高的.成功克隆了广东麻鸭DHBV全基因序列,序列分析为进一步研究广东麻鸭DHBV提供了有益的信息.     

石松类和蕨类植物研究进展: 兼论国产类群的科级分类系统

综述了石松类和蕨类植物系统发育的最新研究成果。目前研究表明传统的蕨类植物概念(包括石松类和蕨类)需要修订, 一个关于蕨类植物的分类系统也已经发表。中国的植物多样性很丰富, 包括了世界上石松类和蕨类植物主要类群的代表。我们利用rbcL基因序列(包括国产蕨类63科中的62科179属184种)构建了系统发育树。基于rbcL序列分析所获得的石松类和蕨类各主要类群间的系统演化关系同以往对各个特定类群开展的较为密集的类群取样和多性状分析(形态学＋分子序列证据)的结果基本一致。在参考Smith等人系统的基础上, 我们尝试性地对中国石松类和蕨类植物进行了科级水平上的系统发育重排。     

人和大鼠自噬相关新基因WIPI- 3 的电子克隆和序列分析

目的：人和大鼠WIPI-3基因的电子克隆和序列分析。方法：综合运用基因电子拼接和比较基因组分析等生物信息学手段进行新基因的电子克隆和注释。通过拼接CR593190、NM 019613和BC00097 cDNA序列获得人WIPI-3 cDNA全长序列,通过拼接EST序列CB727439、CB737031、BF557312、BG663387和预测的CDS获得大鼠WIPI3基因的cDNA序列。结果：成功克隆了人和大鼠自噬相关新基因WIPI-3的cDNA,上述两个新基因序列均得到了人类基因组序列和EST序列的双重支持,另外经RT-PCR验证电子克隆的基因序列也是正确的,而且序列均已被GenBank收录,其编号分别为：AM182326和NM-001039587。其中,人WIPI-3基因修正了目前基因库中注释的WIPI-3序列,而大鼠基因则是国际上首次克隆,井被确定为参考序列。结论：基因电子拼接结合种属同源基因比较分析,可大大提高电子克隆的精确性,这种方法可有效用于新基因的克隆和注释。