整合代谢组学和生物信息学策略在解析中药系统复杂性中的应用

中药在化学组成方面的复杂性决定了其作用方式和作用过程的复杂性。传统研究方法缺乏系统性,使得一系列制约中药现代化发展的关键问题一直未能得到很好的解决,包括中药化学物质组表征、中药作用机制、中药方剂配伍规律以及中药毒性机制等中药系统复杂性问题。代谢组学作为一门全新的组学技术,秉承了从机体全局系统出发来考量机体内源性小分子物质与外源性干预物质（如药物）的相互作用的理念,与在中医药理论指导下的中药作用原理思路一致。近年来,人们尝试将整合代谢组学技术和生物信息学策略用于解开上述中药关键问题,并已取得了一定的成果。但其在理论挖掘、策略设计、方法开发和实践拓展诸多方面都有很多具体的工作需要进一步推进。对整合代谢组学和生物信息学策略在解析中药系统复杂性中的应用进行综述。     

菌物药雷丸的本草学考证

对雷丸的分类、产地、名称、炮制方法、药用剂型、功效主治和方剂等做了较详细的本草学考证。     

应用DNA芯片数据挖掘复杂疾病相关基因的集成决策方法

DNA芯片技术的迅速发展, 可同时检测成千上万个基因的表达谱数据, 为生命科学家们从一个全新的角度阐明生命的本质提供了可能性. 目前, 基因表达谱分析的工作大多集中在对癌症等疾病分类、疾病亚型识别等方面, 而从这些基因表达谱信息中挖掘反映疾病本质特征的相关基因, 是一项在后基因组时代更具挑战意义的科学研究, 基因挖掘由于缺少理想的数据挖掘技术而被忽视. 我们提出了一种新颖的特征基因挖掘的集成决策方法, 目的在于解决三个重要的生物学问题: 生物学分类及疾病分型、复杂疾病相关基因深度挖掘和目标驱使的基因网络构建. 我们成功地将此集成决策方法应用于一套结肠癌DNA表达谱数据, 结果显示这一新颖的特征基因挖掘技术在应用DNA芯片数据分析、挖掘复杂疾病相关基因等方面具有很高的价值.     

姜黄在理血方剂中的配伍规律及系统药理机制分析

姜黄可以有效治疗各种疾病,本研究使用广义规则归纳(GRI)算法分析了《中药方剂大词典》中含姜黄的理血方剂配伍规律.通过利用生物信息学数据挖掘技术和MTT、Elisa和Western blotting实验验证了姜黄关键配方的系统药理机制.发现"姜黄-川芎-当归"配方可以代表姜黄在理血方剂中的关键组方.PPI网络和KEGG...     

基于机器学习的蛋白质相互作用文献挖掘方法研究进展

蛋白质相互作用是生物体内一类极其重要的分子活动.自动挖掘、整合生物文献中的蛋白质相互作用有助于生物学的研究,获得了人们的广泛关注,成为生物文献挖掘领域的重要任务之一.目前,基于机器学习的蛋白质相互作用挖掘方法已经取得了很大进步,对该领域的进展进行归纳总结将有助于方法的进一步优化和应用.本文在对机器学习方法构建流程介绍的基础上,进一步从机器学习的分类器、学习特征、方法评估以及挖掘系统4个方面对蛋白质相互作用文献挖掘进行系统总结,并探讨了其发展前景.     

特征肠道菌群在中医方证中的研究现状及意义

基于微生态学与中医学的一致性,以及中医证型及方剂治疗与肠道菌群密切相关,进一步研究特定肠道菌群与中医方证的关系对中医药现代化具有重要意义。本文论述了肠道菌群与疾病、中医证型及方剂疗效的相关性研究现状,认为同一疾病不同的中医证型具有不同的肠道菌群变化特征,明显富集或降低的肠道菌群与证型密切相关,甚至有望成为诊断的生物标记物。方剂能调控特定的肠道菌群,肠道菌群在一定程度上能反映方剂的疗效,借助肠道菌群的特征变化理解方剂疗效机制,有望辅助方剂的临床运用与选择。因而,深化肠道菌群在中医方证的研究是促进中医药现代化的新兴发展方向。     

中药光谱分析研究进展

中药可治疗不同病症,充分体现中医辩证论治。为实现安全、可靠且有效的中药质量标准及评价体系,中药分析尤为重要。作为一准确、灵敏和高效的分析工具,光谱分析技术可在中药检测分析中发挥重要作用。本文介绍中药的光谱分析概况,主要阐述红外光谱、拉曼光谱法对中药的分析研究;并进一步提出了开展方剂光谱学研究,立足中医药理,以光谱分析技术为工具,分析方剂成分,揭示单味中药汤剂与其方剂配伍之间的关系,以及方剂配伍规律与药效间的相关性。论文介绍了作者所在的项目组近期在中药光谱分析的相关工作,并对中药光谱分析的发展作了展望。     

蛋白质相互作用信息的文本挖掘研究进展

蛋白质相互作用是生命活动中一种极其重要的生物分子关系, 对此领域的研究不仅具有理论意义, 还具有较强的应用价值. 近年来, 随着研究的深入, 各种蛋白质相互作用的生物医学文献激增, 挖掘其中的蛋白质相互作用关系成为人们面临的一大挑战. 当前, 已提出了多种文本挖掘方法, 对分散于生物医学文献中的蛋白质相互作用信息进行结构化或半结构化处理. 对这些工作进行分析, 总结出基于生物文本挖掘蛋白质相互作用信息的一般流程, 从蛋白质命名实体的识别、蛋白质相互作用关系的提取和蛋白质相互作用注释信息的提取3个子任务进行阐述, 同时介绍了生物文本挖掘领域的评测会议和一些挖掘蛋白质相互作用相关信息的工具. 最后, 对该领域存在的一些重要问题进行分析, 并预测了未来可能的发展方向, 以期对该领域相关研究提供一定的参考.     

微生物基因组挖掘的方法和研究策略

随着高通量技术的快速发展,基因组挖掘在新型天然产物研发过程中变得越来越重要,大量丰富多样的基因组挖掘方法和分析工具更有助于结构新颖化合物的发现。本研究综述了基因组挖掘的方法和研究策略,重点关注不同的基因组挖掘方法和研究策略在次级代谢产物分析中的应用,为促进新型天然产物的研发提供参考意见。     

中药抗老方剂汇编

为了从祖国医学遗产中发掘有关抗老延年的方剂以供试用推广,我们从1958年10月下旬展开了中药的选方工作。由于对中医知识毫无基础,在工作之始深感无从下手。当即访问了中国医学科学院药用植物系,从而了解到选方的过程,并看到了他们印制的“方剂汇编”,虽然其内容全是有关中风、瘤肿的方剂,但在编排     

Investigation of the mechanism of temperature sensitivity of the electroreceptors of ampullae of lorenzini

In experiments on Black Sea skates (Raja clavata), the potential of the receptor epithelium of the ampullae of Lorenzini and spike activity of single nerve fibers connected to them were investigated during electrical and temperature stimulation. Usually the potential within the canal was between 0 and –2 mV, and the input resistance of the ampulla 250–400 k. Heating of the region of the receptor epithelium was accompanied by a negative wave of potential, an increase in input resistance, and inhibition of spike activity. With worsening of the animal's condition the transepithelial potential became positive (up to +10 mV) but the input resistance of the ampulla during stimulation with a positive current was nonlinear in some cases: a regenerative spike of positive polarity appeared in the channel. During heating, the spike response was sometimes reversed in sign. It is suggested that fluctuations of the transepithelial potential and spike responses to temperature stimulation reflect changes in the potential difference on the basal membrane of the receptor cells, which is described by a relationship of the Nernst's or Goldman's equation type.I. P. Pavlov Institute of Physiology, Academy of Sciences of the USSR, Leningrad. I. M. Sechenov, Institute of Evolutionary Physiology and Biochemistry, Academy of Sciences of the USSR, Leningrad. Pacific Institute of Oceanology, Far Eastern Scientific Center, Academy of Sciences of the USSR, Vladivostok. Translated from Neirofiziologiya, Vol. 12, No. 1, pp. 67–74, January–February, 1980.     

Principles of organization and evolution of systems of regulation of functions

Evolution of living organisms is closely connected with evolution of structure of the system of regulations and its mechanisms. The functional ground of regulations is chemical signalization. As early as in unicellular organisms there is a set of signal mechanisms providing their life activity and orientation in space and time. Subsequent evolution of ways of chemical signalization followed the way of development of delivery pathways of chemical signal and development of mechanisms of its regulation. The mechanism of chemical regulation of the signal interaction is discussed by the example of the specialized system of transduction of signal from neuron to neuron, of effect of hormone on the epithelial cell and modulation of this effect. These mechanisms are considered as the most important ways of the fine and precise adaptation of chemical signalization underlying functioning of physiological systems and organs of the living organism