昆明盐矿古老岩盐沉积中可培养细菌多样性研究

为了了解昆明盐矿古老岩盐沉积中可培养细菌的多样性,用MBA和ISP2分离和培养了昆明盐矿卤水和盐晶中的细菌44株。发现盐晶中的可培养好氧细胞数量(3·1×103~3·7×106CFU/g)远远高于卤水中的数量(1·3~6·3×103CFU/L)。分离所得纯培养物的16SrDNA序列系统发育分析结果表明,44株菌可分为4大类群34个不同的分类单元(16SrDNA序列相似性大于97%为同一分类单元)。24株属于厚壁菌门(Firmicutes,54·6%),2株属于变形菌门α亚群(α-Proterbacteria,4·6%),4株属于变形菌门γ亚群(γ-Proterbacteria,9·1%),14株属于放线细菌门(Actinobacteria,31·7%)。卤水和盐晶中的优势菌都是Bacillus属菌(26·1%和59·9%)。据16SrDNA序列相似性分析发现7株菌为可能的新种或属。此外,还筛选到7株抗菌活性菌株。研究表明,昆明盐矿古老岩盐沉积中,不仅含有较为丰富的微生物物种多样性,并且存在许多未被认识的新物种和生物活性菌株,为古老岩盐沉积中微生物的深入研究奠定了基础。     

云南江城和黑井盐矿沉积物未培养放线菌多样性比较

类群特异性引物的应用使得研究者可以对感兴趣的微生物类群进行针对性研究.围绕云南江城和黑井两个地区的3个盐矿样点沉积物中放线菌的多样性和群落组成,我们通过放线菌特异性引物对总DNA进行16S rRNA基因扩增,经过克隆文库构建,利用酶切并选择其中不同带型的133个克隆的16S rRNA基因插入片段进行测序.系统发育分析和统计学结果表明,两地放线菌16S rRNA基因克隆广泛分布于整个放线菌门,同时发现部分序列可能属于放线菌的新类群.分析结果还预示,江城和黑井两地盐矿虽处云南不同地域含盐区,但两地未培养放线菌物种多样性和系统发育关系均较为相似.     

一平浪盐矿古老岩盐沉积中可培养细菌的系统发育多样性研究

运用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析对云南省一平浪盐矿古老岩盐沉积中可培养细菌的多样性进行了研究。用补充0.5~3.5mol/L NaCl的MBA和ISP2琼脂培养基从卤水、岩盐和盐土样品中分离到38株细菌,用细菌通用引物进行16S rRNA基因扩增和序列测定,用相关软件进行序列相似性搜索、比对和系统发育分析。结果表明,38个分离菌株可分为31个物种,属于4个大的系统发育类群(Proteobacteria,Bacteroidetes,Firmicutes,Actinobacteria)、17个科、24个属。多数菌株属于Proteobacteria门(18株,47.3%;Gamma-Proteobacteria,31.5%;Alpha-Proteobacteria,15.8%)和Firmicutes门(13株,34.2%)。这些分离菌株中,至少有3个菌株可能代表3个不同属的3个新物种:Y3、Y15和Y25分别代表Idiomarina属、Salinicoccus属和Saccharospirillum属的新物种;而菌株Y21有可能代表Staphylococcaceae科的一个新属。从以上结果可以看出,一平浪盐矿古老岩盐沉积中存在较为丰富的微生物物种多样性和系统发育多样性,并且潜藏着新的微生物资源。     

安徽定远盐矿可培养嗜盐微生物多样性

【背景】嗜盐微生物多生活于高盐环境,具有独特的生理代谢特征,是一类重要的极端环境微生物资源。【目的】为更好地认识我国陆相盐矿的嗜盐微生物多样性组成,更好地开发利用嗜盐微生物资源积累丰富的微生物菌种。【方法】对安徽定远盐矿盐芯样品进行嗜盐微生物的纯培养分离,并对所分离菌株进行基于16SrRNA基因的测序和序列相似性分析,并对所分离菌株进行物种多样性分析。在此基础上,对代表菌株进行菌落形态和耐盐度及酶活测定。【结果】通过纯培养共分离获得了嗜盐微生物264株,其中嗜盐古菌150株,占56.8%;嗜盐细菌114株,占43.2%。嗜盐古菌物种分别来自于Halorubrum、 Halopenitus、 Haloterrigena、 Natrinema、 Natronoarchaeum和Natronomonas等6个属;嗜盐细菌物种分别来自于Pseudomonas、Aliifodinibius、Halobacillus、Halomonas和Halospina等5个属。通过代表菌株的酶活平板检测,发现产胞外蛋白酶菌株1株,酯酶1株,淀粉酶2株;能液化明胶菌株2株。在物种多样性组成方面,发现嗜盐古菌的物种多样性指数高于嗜盐细菌。【结论】本研究对我国安徽定远陆相盐矿的可培养嗜盐微生物多样性进行探究,积累了丰富的嗜盐微生物菌株资源。     

云南大围山四种苔藓植物内生真菌多样性

摘要:【目的】通过对云南大围山四种常见苔藓植物提灯藓(Mnium sp.)、地钱(Marchantia polymorpha)、金发藓(Polytrichum commune)和塔藓(Hylocomium splendens)内生真菌多样性的研究,丰富不同环境苔藓植物内生真菌多样性特征及其群落结构特点,为内生真菌在水生植物向陆生过渡过程中可能的生态学功能研究打 下基础。【方法】采用可培养方法分离内生真菌,结合形态学特征和分子生物学数据对所分离的菌株进行鉴定,研究其多样性。【结果】从4种植物的630个组织块中共分离得到内生真菌900株,内生真菌的分离频率和定殖率分别在1.17－1.77和96.88%－100%之间,与其他非极端环境苔藓植物内生真菌的分离频率和定殖率相近,却普遍高于已报道的极端环境苔藓植物内生真菌的分离频率和定殖率。经鉴定,这些内生真菌分属于57个分类单元,其中炭角菌属(Xylaria)、炭疽菌属(Colletotrichum)、青霉属( Penicillium)和木霉属(Trichoderma)是大围山四种苔藓植物的优势内生真菌属,但各植物的优势种各不相同,部分内生真菌显示出一定的宿主或组织专一性。四种苔藓植物内生真菌的多样性指数和相似性系数分别在1.80－3.22和0.409－0.613之间,也普遍高于已报道的极端环境苔藓植物内生真菌的多样性指数和相似性系数。【结论】 我们的研究表明,大围山苔藓植物内生真菌的多样性及丰度与相似环境中苔藓植物和维管植物的相似,但却普遍高于极端环境苔藓植物的内生真菌。因此,除宿主植物外,环境条件也是影响植物内生真菌多样性和丰度的一个重要因素。     

南京小龙山钾矿区植物根际可培养细菌的遗传多样性分析

摘要:【目的】矿区优势植物可培养细菌生物多样性研究将有助于了解植物根际细菌与矿物,植物根系相互作用及对矿物风化和土壤形成的重要影响。【方法】采用纯培养法分离南京小龙山废钾矿区野生植物野塘蒿,千金子和栽培植物甘薯根内与根周围土壤的可培养细菌, 通过16S rDNA限制性酶切多态性分析(amplified rDNA restriction analysis, ARDRA)和16S rDNA序列分析研究了可培养细菌的多样性。【结果】分离纯化到60株具不同菌落形态的可培养细菌, 在60%相似水平上可分为18个OTU. 19株代表菌株分别属于3个门, 10个科, 11个属。多数菌株属于变形菌门(α-proteobacteria, 4株, 21.1%; β-proteobacteria, 2株, 10.5%; γ-proteobacteria, 6株, 31.6%)。假单胞菌属(Pseudomonas), 泛菌属(Pantoea)和根瘤菌属(Rhizobium)为优势种群。【结论】小龙山废矿区优势植物根围具有丰富的微生物种群多样性。     

大肠杆菌来源的人乳头瘤病毒11型病毒样颗粒的制备及其免疫原性

摘要：【目的】 利用大肠杆菌表达系统制备人乳头瘤病毒11型病毒样颗粒（HPV11 VLPs）,并对其免疫原性和所诱导中和抗体的型交叉反应性进行研究。 【方法】 在大肠杆菌ER2566中非融合表达HPV11-L1蛋白,并通过离子交换层析,疏水相互作用层析其进行纯化。纯化后的HPV11-L1经体外组装形成病毒样颗粒,通过动态光散射,透射电镜检测其形态,并通过多种HPV型别假病毒中和实验评价HPV11 VLPs的免疫原性及型交叉反应性。 【结果】 HPV11-L1蛋白在大肠杆菌中可以以可溶形式表达。经过硫酸铵沉     

云南个旧锡矿区可培养细菌多样性及其重金属抗性

摘要:【目的】揭示个旧锡矿区尾矿库和矿坑土壤中可培养细菌的多样性;发掘一批锡矿区土壤细菌菌株并对其Pb2+、Cd2+耐受性进行评价。【方法】采用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析对样品中可培养细菌多样性进行研究,平板法评价代表菌株对Pb2+、Cd2+的耐受性。【结果】使用2种培养基从尾矿库和矿坑土壤中分离到214 株细菌,对其中107株代表菌株的16S rRNA基因序列系统发育分析结果显示,菌株分属细菌域的5个门、12个目、25个科、42个属;其中变形菌门(Proteobacteria)是优势类群,占总菌株数的69.2%;假单胞菌属(Pseudomonas)菌株是优势物种,占24.8%;2株菌代表了2个潜在新类群。对105株代表性菌株的重金属耐受性研究表明,耐受浓度1000 mg/LPb2+或Cd2+的菌株分别占73.3%和8.6%,菌株对Pb2+的耐受性明显好于Cd2+;分离自锡尾矿库的菌株耐受不同浓度Pb2 +和Cd2 +菌株比例明显高于矿坑来源的菌株;分离自锡尾矿区的2 株菌(DT47-2A 和DT50-1)对1000 mg/L浓度Pb2+和Cd2+均具耐受性。【结论】个旧锡矿区土壤可培养细菌具有丰富的多样性,而且蕴含着不少潜在新类群;该环境中含有大量Pb2+、Cd2+耐受菌株,并对Pb2+、Cd2+具有较强的抗性或适应性。     

波罗的海放线菌的多样性

摘要:【目的】为了探索海洋放线菌的多样性,为发现新的药物先导化合物提供新菌源,我们分析了波罗的海的放线菌多样性及生物活性。【方法】采集100 份底泥样品,用7 种培养基分离放线菌809 株;去掉相同菌株后,选择280 株代表菌进行了初步分类鉴定;采用琼脂扩散法,检测了它们对5 种细菌、真菌的抗菌活性;用API ZYM system 测定了21 种酶的活性。【结果】用海藻糖-脯氨酸培养基和HV 培养基分离的放线菌中,稀有放线菌占60% 和63% ;波罗的海的放线菌有15 个属,其中3 个属是首次从海洋中分离     

坛紫菜养殖周期中的藻际微生物多样性

摘要:【目的】坛紫菜是我国江浙海区栽培地主要经济藻类。观察紫菜养殖过程中藻际微生物的群落特点及变化,研究藻际环境中的微生物因素在紫菜栽培中的作用,为保证紫菜健康生长及病害防治提供理论与实验基础。【方法】采用传统纯培方法和PCR-DGGE 技术分离归类坛紫菜养殖周期中的藻际微生物,并利用16SrDNA (细菌)和18S rDNA(真菌)序列测定及在线BLAST比对鉴定到属,比较分析不同生长阶段、不同养殖海区及养殖过程的坛紫菜藻际微生物的多样性特点。【结果】在坛紫菜养殖过程中总共分离到467株细 菌,共41个属。分类结果显示藻际细菌归属于变形菌门(Alphaproteobacteria和Gammaproteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes),优势菌群为α-变形菌纲和γ-变形菌纲。分离到55株真菌,共15个属。分类结果显示绝大多数真菌归属于子囊菌门(Ascomycota),仅1株归属于担子菌门(Basidiomycota)伞菌纲(Agaricomycetes)。细菌多样性大于真菌。坛紫菜藻际细菌有19个特异菌属,对照海水细菌有13个特异菌属;从丝状体中分离到大部分真菌和放线菌,坛紫菜养殖丝状体和不同叶状体养殖阶段的藻际微生物类别差异明显。在分离的坛紫菜藻际微生物中发现了与引起细菌性红烂病的海科贝特菌(Cobetia marina)、引起白斑病的紫菜茎点菌(Phoma porphyrae)高度相似的菌株,以及与典型的腐霉如镰孢霉菌(Fusarium sp.)和曲霉(Aspergillus sp.)高度相似的菌株。【结论】坛紫菜养殖过程中藻际微生物的多样性受到紫菜生长形态、养殖时间及养殖环境等因素的影响。在藻际微生物中发现与紫菜致病菌高度相似的微生物,作为潜在致病微生物应得到重视。     

非洲猪瘟病毒多样性

非洲猪瘟(African swine fever,ASF)是由非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)引起猪的一种急性、高度致死性传染病.该病在全世界多个地方流行,导致该病流行的原因之一是缺乏有效的预防及治疗药物、疫苗等.尽管ASFV基因总的突变率相对其基因组来说较低,但是,与其它病毒相比,其基因突变总数则相当巨大.研究发现ASFV的多个基因具有高突变率的特性,表现为基因多样性,此外,由于该病毒为核质大DNA病毒,编码大量蛋白,其抗原也表现为多样性.本文总结了 ASFV基因多样性和抗原多样性,分析其发生原理并综述了最新研究成果,以期为研究ASFV病毒遗传演化、开发疫苗及指导疫情防控提供思路.     

西藏曲拉和云南乳饼中酵母菌的鉴定及其生物多样性

【目的】探讨西藏曲拉和云南乳饼中酵母菌的生物多样性及其分布特征,为我国传统乳制品中酵母菌资源的利用提供基础数据。【方法】从西藏和云南分别采集的5份曲拉样品和8份乳饼样品中分离出41株酵母菌,利用26SrDNAD1/D2区域序列分析对这些菌株进行了分类鉴定。【结果】曲拉和乳饼样品中酵母菌的总数分别在106-107cfu/g和102-106cfu/g之间,曲拉样品的酵母菌平均数比乳饼样品中的高34倍。共鉴定出10属12种,其中西藏曲拉的优势菌株为发酵毕赤氏酵母(Pichia fermentans)和酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae);云南乳饼的优势菌株为类筒假丝酵母(Candida zeylanoides)和喜仙人掌毕赤氏酵母(Pichia cactophila)。毕赤氏酵母属(Pichia)是曲拉和乳饼的共同优势属。【结论】西藏曲拉和云南乳饼中的酵母菌都具有丰富的生物多样性,但其差异性很大。     

云南黑井古盐矿可培养极端嗜盐古菌初步研究*

从云南禄丰县黑井古镇古盐矿采集30多个盐土样品,用6种极端嗜盐古菌的培养基进行分离,共挑选出425株嗜盐菌。经过盐浓度耐受等实验筛选并去除可能重复菌株后共有79株极端嗜盐菌,选出15株进行了16S rRNA基因序列测定,结果显示,其中11株为极端嗜盐古菌。对这11株菌进行初步系统发育分析发现,它们广泛分布在极端嗜盐古菌科至少4个不同属中,其中16S rRNA基因和已有效发表种间的序列相似性在97％以上的有6株,分布在Halorubrum,Natronococcus,Natrialba,Halalkalicoccus4个属中;序列相似性低于97％的有5株：菌株YIM-ARC 0032,YIM-ARC 0036,YIM-ARC 0037,YIM-ARC 0050,它们的分类地位有待进一步确定。实验初步显示出了云南黑井盐矿极端嗜盐古菌的多样性和丰富度,值得深入研究。     

病毒样颗粒疫苗的研究进展

病毒样颗粒(VLPs)由病毒结构蛋白组装而成,形态上与真正病毒粒子相似,大小介于15~400 nm之间,因缺乏病毒基因组而不能自主复制,相比单独的抗原蛋白和多肽,VLPs表现出与天然病毒更相似的构象表位,因此具有更强的免疫原性和生物学     

云南3个盐矿真菌活性菌株的筛选

采用滤纸片法和胞外酶定性筛选培养基对云南3个盐矿(乔后盐矿、一平浪盐矿和昆明盐矿)真菌进行抗菌活性筛选和产胞外酶筛选,并通过显微形态特征的观察对活性菌株进行鉴定,同时对活性较好的菌株进行NaCl的耐受实验。结果筛选到有抗菌活性的菌株51株,其中有26株对白假丝酵母(Candida albicans)有抗菌活性;产胞外酶活性的菌株有67株,产纤维素酶、蛋白酶和淀粉酶的菌株各有58株、41株和26株。活性菌株的优势属均为青霉属Penicillium。活性菌株对NaCl有不同程度的耐受性。     

云南腾冲热海三热泉细菌多样性的研究

应用变性梯度凝胶电泳(DGGE)对云南腾冲热海3个高温热泉中菌藻席和泉底沉积物的细菌多样性进行了初步研究。直接从环境样品中提取总DNA,用两套细菌通用引物进行PCR扩增,分别得到包含V8和V9高变区的16SrDNA片段,进行DGGE分析。结果表明：菌藻席和泉底沉积物中不仅物种组成差异较大,而且都存在丰富的细菌多样性;一些关键的生态因子,如氧气、温度等会对群落中微生物的物种组成有很大影响。     

南明河城区河段细菌多样性与环境因子的关系

摘要:【目的】了解南明河城区河段细菌群落结构及多样性变化,探讨城区河段环境因子对细菌群落结构的影响。【方法】应用对细菌16S rDNA V4区的高通量测序技术,分析和比较了南明河流经城区的5个样点的细菌群落多样性;然后采用冗余分析(RDA)探讨了水体环境因子与细菌多样性的关系。【结果】南明河贵阳区段细菌多样性指数( Shannon-Wiener 指数)分析结果显示,多样性指数平均达7.5,乌当桥采样点的细菌多样性＞水口寺采样点＞五眼桥采样＞花溪大桥采样点＞冠洲桥采样点。序列比对结果显示,南明河内细菌除了部分分类地位不明确的菌群和稀有菌群外,其余分布于11个门包含327个属的细菌,优势菌门为变形菌门(Proteobacterice,66.1%±3.30%),其中γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria,54.76%±4.86%)为优势亚群,假单胞菌属(Pseudomonas,16.92%±0.02%)为优势菌属;RDA结果表明不同菌群受不同环境因子的影响 不同,菌属群落Ⅳ和环境中总氮、总磷显著正相关。【结论】高通量测序分析能获得更为全面的细菌群落多样性信息。河流经过城区后环境因子发生较大变化,影响河流细菌群落结构改变。这为研究河流城市区段的细菌结构多样性及与环境因子的关系提供了新的科学数据。     

454焦磷酸测序分析几种哺乳动物粪便细菌多样性

摘要:【目的】分析比较几种哺乳动物粪便细菌群落多样性,了解粪便细菌多样性与动物进化和食物的关系。【方法】采集6 种哺乳动物粪便样品;提取总DNA;PCR扩增,获得16S rDNA V3标签片段;用454焦磷酸测序技术进行高通量测序;主要基于QIIME平台分析比较粪便细菌多样性。【结果】分析发现,厚壁菌门和拟杆菌门广泛存在于各样品中,并且占绝对优势。α多样性分析发现,杂食性的长臂猿、黑猩猩和川金丝猴的多样性最高,其次是肉食性的东北虎,来自熊科杂食性的亚洲黑熊和大熊猫的多样性最低。β 多样性分析发现,白眉长臂猿、黑猩猩、川金丝猴几种灵长目动物粪便的菌群相似,而大熊猫菌、黑熊、孟加拉虎几种食肉目动物粪便细菌群相似但食肉动物孟加拉虎主要又因含梭杆菌门而区别于其他动物。【结论】动物粪便细菌优势类群明显;同种动物重复样本的相似性最高,各种动物多样性存在差异,但几种灵长类动物粪便细菌多样性更丰富;动物粪便细菌的组成和动物的进化及食物相关。本研究为哺乳动物粪便菌资源及后续研究提供了借鉴。