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MALDI-TOF质谱法检测单核苷酸多态性 总被引:11,自引:0,他引:11
随着基因数据的增加 ,使全面深入了解个体和群体间基因组的变异或多态性已成为可能。单核苷酸多态性 (singlenucleotidepolymorphism ,SNP)指DNA序列中单个核苷酸的变异引起的多态 ,它占已知多态性的80 %。据估计 ,人类基因组中每 1 0 0 0个核苷酸就有一个SNP ,人类 30亿碱基中共有 30 0万以上的SNP ,其中约有 2 0万存在于编码区 ,称作cSNP(codingSNP)。SNP研究具有重要意义 :第一 ,存在于蛋白质编码区的cSNP可能与人类遗传疾病有关 ,对这些SNP等位基因的检测有助于找到致… 相似文献
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单核苷酸多态性的检测及其在医药领域的应用 总被引:6,自引:0,他引:6
单核苷酸多态性 (singlenucleotidepoly morphism ,SNP)是人类基因组作图的第三代多态性标记 ,它是指DNA序列中单个核苷酸的差异 ,与限制性片段长度多态 (RFLP)、短串联重复序列 (STR)相比 ,SNP更丰富地存在于基因组中 ,据估计在人类基因组中每千个核苷酸就有一个以上的SNP ,其中有 2 0万存在于编码区 ,称作cSNP(codingSNP) [1] 。而SNP之所以引起几乎整个生命科学领域的重视 ,不仅因为它是一种理想的做图标记 ,更在于它可以成为研究基因组多态性和识别、定位疾病相关基因… 相似文献
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用AcNPVp74基因3’端的1.4kb片段,通过Southernblotting将SpltNPV的p74基因定位于XhoI(4.9kb)、EcoRI(4.4kb)、BamHI(3.0kb)片段上。进一步用ExoⅢ和构建亚克隆测序法,对长2545bp的p74基因进行,其中1974bp的编码编码658个氨基酸,蛋白分子量约75.87kD,其编码蛋白与AcMNPV和CfMNPVp74蛋白的氨基酸序列同 相似文献
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中国棉铃虫核型多角体病毒DNA聚合酶基因的克隆和序列分析 总被引:4,自引:0,他引:4
应用谷实夜蛾核型多角体病毒(HzSNPV)DNA聚合酶基因HindⅢ/PstⅠ3596bp片段作探针,经Sourthernblot杂交,克隆了中国棉铃虫核型多角体病毒(HaSNPV)完整的DNA聚合酶基因,大小约为3.4kb。限制性内切酶分析表明,HaSNPVDNA聚合酶基因限制性内切酶图谱与HzSNPV相似。用双脱氧链终止法测定该基因部分核苷酸序列(805bp),推导出编码区206a。序列同源性比较显示,HaSNPVDNA聚合酶与HzSNPV之间具有高度的同源性;与LdMNPV、AcMNPV、BmSNPV、CfMNPV和OpMNPV也具有一定的同源性 相似文献
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斜纹夜蛾核多角体病毒基因组全序列分析 总被引:1,自引:0,他引:1
已完成斜纹夜蛾核多角体病毒 (Spodopteralituramulticapsidnucleopolyhedrovirus,SpltMNPV)基因组全序列测定。SpltMNPV基因组全长 1 39341bp ,碱基组成中G C含量为 42 .7% ,与已发表的Spodopteraexiguamulticapsidnucleopolyhedrovirus (SeMNPV) (44 % )和Bombyxmorinucleopolyhedrovirus (BmNPV) (40 % )相似 ,而与Lymantriadisparmulti capsi… 相似文献
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家蚕核型多角体病毒gp64基因的克隆和全序列测定 总被引:2,自引:0,他引:2
:Bm NPV gp64 基因在杆状病毒分子生物学和杆状病毒表达系统研究中具有重要的作用,以AcMNPV gp64 基因为探针,杂交显示Bm NPV gp64 基因定位于其基因组Bam HI酶切的4 .2kb 和7-4kb 片段上,克隆阳性片段,重组质粒分别命名为pZDBM42 和pZDBM74 。对重组质粒进一步杂交,将片断更精确定位于0-45kb 片段、0-75kb 片断上和1-15kb 片断上,将三个片断DNA 进行序列分析,结果表明:Bm NPV 的gp64 基因的开放阅读框(ORF) 有1530 核苷酸,编码509 个氨基酸。序列同源性比较显示,Bm NPV gp64 基因和AcMNPVgp64 基因的核苷酸序列同源性达84-3 % ,氨基酸序列同源性达94-7 % 。Bm NPV gp64 基因C 端的信号肽序列和N 端的锚定序列对于Bm NPV 表达系统的改进具有重要的意义。 相似文献
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茶尺蠖核型多角体病毒(EoSNPV)基因组的polh和egt基因区约14.2kb的酶切图谱被构建.egt基因位于polh基因上游约4.8kb处,但转录方向与polh基因相反.EcoRⅤ-L片段polh基因及其旁侧的1125核苷酸序列被测定.polh基因编码区长738核苷酸,可编码246氨基酸的多肽.起始密码子ATG上游是一个富含AT(AT占71.2%)的启动子区,在-52核苷酸处有杆状病毒晚期基因启动子转录起始基序ATAAG.在终止密码子下游208核苷酸有一个poly(A)信号,AATAAA.但EoSNPVpolh基因起始密码子ATG相邻核苷酸序列为GTAATGT,其-3是个G,这与已知的16种其它杆状病毒polh基因-3位置均是A不相同.在分析了EoSNPV和HaSNPV多角体蛋白基因核苷酸序列的基础上,通过MALIGN程序,比较了目前已发表的26种杆状病毒包涵体蛋白的序列,EoSNPV与黄杉毒蛾核型多角体病毒(OpSNPV)的同源性为最高,核苷酸序列的同源性为83.0%,氨基酸序列达94.7%;与其它20种鳞翅目NPV的同源性也很高,核苷酸序列同源性为72.6%~81.9%,氨基酸序列为83.7%~93 相似文献
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双生病毒 (Geminivirus)是一种具有孪生颗粒形态的单链环状DNA植物病毒[1] 。根据基因组结构特征及传播介体 ,双生病毒可分为三个亚组[1] :亚组Ⅰ双生病毒全部为叶蝉传播的单组份基因组病毒 ,基因组大小在 2 .6~ 2 .8kb之间 ,其代表病毒是玉米条纹病毒 (MSV) ;亚组Ⅱ双生病毒是单组份基因组病毒 ,基因组大小在 2 .7~ 3.0kb之间 ;亚组Ⅲ双生病毒全部为粉虱 (Bemisiatabaci)传播 ,基因组大小为 2 .5~ 2 .8kb ,除番茄曲叶病毒TLCV AUS[2 ] 等几个病毒为单组份基因组外 ,大多数亚组Ⅲ双生病病毒… 相似文献
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中国棉铃虫核型多角体病毒不同基因型的虫体克隆 总被引:12,自引:3,他引:12
首次利用虫体克隆技术,对野生型中国棉铃虫核型多角体病毒(HaSNPVW)的不同基因型进行了分离纯化。以较低浓度的HaSNPVW感染三龄初中国棉铃虫幼虫,病毒致死幼虫单虫收集,分别提取相应的病毒核酸,进行限制性内切酶分析,得到了HaSNPV的七个不同基因型(HaSNPVG1至G7),其EcoRI酶切图谱均不相同。用BamHI酶切分析,七个基因型的酶切图谱只在一个片段上有显著区别:G1、G2、G3、G4DNA的BamHIh片段大小是3.30kb,G5、G6的这一片段的大小为3.5kb,而G7的这一片段为2.7kb。结果表明,野生型HaSNPV至少包含七个不同的基因型。 相似文献
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以AcNPV凋亡抑制基因p35为探针,与LsNPVDNA的限制性片段和LsNPVDNAEcoRV片段杂交,发现EcoRV5.5kb片段有强烈的杂交信号。将此片段亚克隆后,测定了1244bp序列,发现一个完整的ORF,推导的302个氨基酸与AcNPVp35蛋白有70.4%的氨基酸同源性,证明所测ORF为LsNPV的p35基因。结构分析发现其5′端有早期基因启动子元件GC、ACGT和TATAbox。有22bp的顺向重复序列,包括由两个重叠的TATAbox和上下游两个ACGTmotif组成的两套启动子元件,这些结构特征与AcNPV的凋亡抑制基因十分相似。 相似文献
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探讨rDNA ITS区作为果蝇Drosophila nasuta分子系统发育研究的价值 总被引:3,自引:0,他引:3
测定了果蝇nasuta亚群7个分类元和外群D.immigrans的核糖体基因转录间隔区(ITS,interanscribed spacer),包括5.8SrDNA和2SrDNA长约1.1kb的DNA片段序列。结果表明:D.pallidifrons、Taxon I、Taxon J享有共同的序列;D.albomicans则与D.s.neonasuta共享1个序列。序列之间存在少量的插入缺失和碱基替代。 相似文献
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测定了粘虫核型多角体病毒(Leucaniaseparatanuclearpolyhedrosisvirus,LsNPV)两个EcoRV片段的共1201bp序列,发现了一个714bp的开放阅读框(ORF),根据其与多种NPV多角体蛋白基因(ocu)同源性的比较和5'端典型的14bp保守序列,说明此ORF即为LsNPV的ocu基因。根据核苷酸序列预测的多角体蛋白有246个氨基酸,其中酸性和碱性氨基酸数相等,疏水氨基酸含量很高,氨基酸组成中以谷氨酸(Glu)含量最高,谷氨酰胺和半胱氨酸含量最低。编码区碱基同源性与MbNPV最高,为97.0%;氨基酸同源性与MbNPV最高,为97.5%。密码子偏爱选用以第三个碱基为嘧啶的密码子。二级结构分析表明,α-螺旋(H)和β-折叠(S)相等,β-转角含量是H和S含量之和。 相似文献
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杆状病毒DNA解旋酶 总被引:3,自引:0,他引:3
DNA解旋酶 (helicase)是DNA复制过程中一类重要的酶 ,负责打开DNA双链 ,并参与新生链的合成 ,在DNA修复和重组过程中都发挥着必不可少的作用。杆状病毒DNA解旋酶除了参与DNA复制外 ,对于晚期基因的转录、关闭宿主蛋白质合成及决定杆状病毒宿主域方面都有重要的作用。1.杆状病毒解旋酶的结构目前已有 5种杆状病毒的DNA解旋酶基因得到克隆并测序 ,分别是苜蓿银纹夜蛾核多角体病毒(AcMNPV) ,黄杉毒蛾核多角体病毒 (OpMNPV) ,家蚕核多角体病毒 (BmNPV) ,甜菜夜蛾核多角体病毒(SeMNPV)及粉… 相似文献
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优雅蝈螽Gampsocleis gratiosa是一种在我国具有悠久人工饲养历史的鸣虫。简单重复序列(Simple sequence repeats,SSR)非常适用于种群遗传研究。本文运用MISA软件分别在优雅蝈螽转录组和基因组浅层测序结果中发现15 042和40 611个SSR位点。转录组中,双碱基型最为丰富5 444个(36.19%),其次为单碱基型4 785个(31.81%)和三碱基型4 273个(28.41%),而四碱基型514(5.83%)和五碱基型26(0.33%)极少,没有发现六碱基型。基因组浅层测序结果中,以三碱基型(38.89%)和四碱基型(38.43%)最为丰富,单碱基型(10.34%)和双碱基型(11.72%)次之,五碱基型(0.54%)和六碱基型(0.08%)最少。基因组浅层测序结果中SSR位点的密度为876.20个/Mb,约为转录组143.06个/Mb的6倍。利用primer 3_2.2.3搜索发现优雅蝈螽转录组和基因组浅层测序结果中侧翼序列满足设计引物条件的完整型SSR位点数分别为9 969个(70.18%)和21 437个(67.75%)。本研究加深了对优雅蝈螽基因组的认识和了解,并为下一步大量开发和筛选高质量微卫星标记提供数据支持。 相似文献
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棉铃虫(Heliothisspp)核型多角体病毒四个分离株的比较研究 总被引:1,自引:0,他引:1
本文从形态结构、生物活性、结构多肽、核酸限制性内切酶图谱和核酸同源性等方面对棉铃虫核型多角体病毒四个分离株(两个SNPV分离株:HaS、HzS,和两个MNPV分离株:HaM1、HaM2)进行了比较研究。它们对中国棉铃虫二龄末三龄初幼虫的LD50佰依次为361、387、2633、3560PIBs/克饲料,当感染剂过为5×l03PIBs/克饲料时,其LT50值依次为4.6、4.9、6.4和6.6天。两个SNPV分离株的生物活性显著高于两个MNPV分离株。经SDS-PAGE分析,四个分离株多角体蛋白均为一条带,两个MNPV分离株结构多肽均具有相同的迁移率,两个SNPV分离株的结构多肽图谱也颇相似,但SNPV与MNPV分离株之间带型相差较大。各分离株基出组经BamHI、EcoRI、HindⅢ和XbaI消化后,得到的内切酶图谱表现为两个NMPV分离株一致,两个SNPV分离株也很相似,而SNPV与MNPV分离株之间相差很大。严格条件杂交结果表明:两个SNPV分离株的基因组有较高的同源性,而SNPV与MNPV基因组之间的同源性极低。 相似文献
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美国科学家宣布他们已完成了果蝇Drosophilamelanogaster基因组的破译工作。他们破译了占编码区 97%的 12 0 0 0 00 0 0个碱基。该基因组附加区的 6 0 0 0 0 0 0 0个碱基则因尚未具备测定技术而未破译 ,他们说其中几乎不含有基因。他们所用的是一种有争议的测序法 ,即鸟枪测序法 ,该法遭到许多科学家的批评 ,但现在正是这个技术获得了成功 ,其结果甚至超越了最乐观的预见。鸟枪法测序就好象做拼板游戏。研究者将果蝇的基因组随机地切成小片 ,然后测定每一个DNA小片段的核苷酸序列 ,他们称这些小片段是“测序工厂”… 相似文献
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构巢曲霉菌基因组中的数量可变重复序列的组成和分布 总被引:1,自引:0,他引:1
利用已经公布的构巢曲霉菌基因组测序结果,对该真菌已测序基因组(30.1Mb)中的数量可变重复(VNTR)序列进行了较为系统、全面地分析。结果表明,在已经公布的基因组序列中,共有4837个以1—6个核苷酸为基序的VNTR序列(长度大于15bp,匹配值大于80%),其碱基总数占整个基因组碱基数的0.31%,平均6.2kb碱基中分布有一个大于15bp的VNTR。其中数量最多的五碱基VNTR。数量达到1386个,其次为六碱基VNTR(1228个),三碱基VNTR(1199个),这3种VNTR总数达3813个,占VNTR总数的78.8%。数量最少的是二碱基VNTR,只有144个。在9541个开放阅读框架(ORF)中的VNTR总数为1683个,共分布于1356个0RF中。其中只有1个VNTR的ORF为1117个。与其他生物内VNTR的分布类似,在基因编码区中,以三碱基VNTR和六碱基VNTR占绝对优势,在阅读框架中的VNTR中分别占到58.0%和52.9%。编码区的三碱基、六碱基VNTR分别为该菌基因组中相应VNTR总数的约44.4%和38.6%。由于编码区的碱基数占基因组碱基数的59.3%,所以这两种长度的VNTR在编码区中的密度略低于基因组中的平均密度。在编码区上下游300bp调控区,除在编码区数量较多的三碱基VNTR和六碱基VNTR外,其他各种长度的VNTR的比例都超过了10%。可见300bp的上下游调控区域是单碱基、二碱基、四碱基、五碱基VNTR的富集区。在上游区域中,单碱基、二碱基和四碱基VNTR的比例比下游区域中多,五碱基VNTR的数量则基本一致。 相似文献
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重组人GM—CSF基因在昆虫细胞中的表达 总被引:1,自引:0,他引:1
利用苜蓿夜蛾核型多角体病毒(AcNPV)带β-Galactosidase基因标记的非融合蛋白基因转移载体pBlueBac将人粒细胞巨噬细胞集落刺激因子(hGM-CSF)基因成功地插入病毒AcNPV的基因组中.hGM-CSF基因在感染重组病毒的草地夜蛾(Spodopterafrugiperda)培养细胞Sf9中得到表达,感染后的Sf9细胞培养液能刺激人骨髓细胞在体外形成典型的集落,表达水平可达2.7×1055CFU/ml。以hGM-CSF单抗所作的WesternBlotting表明,表达的hGM-CSF对是3种糖基化程度不同的产物,分子量分别约为15kd,18kd和20kd。 相似文献
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微生物蛋白质组学研究进展 总被引:11,自引:0,他引:11
微生物基因组研究作为人类基因组计划的一部分 ,对人类基因组计划及微生物学 ,甚至整个生命科学都产生巨大的影响[1] 。人类基因组测序已经取得突破性进展 ,现已绘制完毕人类基因组的工作草图 ,人类基因组计划即将提前完成。目前已采用DNA RNA芯片和基因表达序列分析 (serialanalysisofgeneexpression ,SAGE)来研究基因组的功能[2 ,3 ] 。但随着对基因组研究的深入 ,人们认识到单纯从基因组信息并不可能完全揭示生命的奥秘。因为蛋白质是生物功能的体现者 ,这使我们不得不考虑基因编码的蛋白质有什… 相似文献