MALDI-TOF质谱法检测单核苷酸多态性

随着基因数据的增加 ,使全面深入了解个体和群体间基因组的变异或多态性已成为可能。单核苷酸多态性 (ｓｉｎｇｌｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ,ＳＮＰ)指ＤＮＡ序列中单个核苷酸的变异引起的多态 ,它占已知多态性的80 %。据估计 ,人类基因组中每 1 0 0 0个核苷酸就有一个ＳＮＰ ,人类 30亿碱基中共有 30 0万以上的ＳＮＰ ,其中约有 2 0万存在于编码区 ,称作ｃＳＮＰ(ｃｏｄｉｎｇＳＮＰ)。ＳＮＰ研究具有重要意义 :第一 ,存在于蛋白质编码区的ｃＳＮＰ可能与人类遗传疾病有关 ,对这些ＳＮＰ等位基因的检测有助于找到致…     

单核苷酸多态性的检测及其在医药领域的应用

单核苷酸多态性 (ｓｉｎｇｌｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｐｏｌｙ ｍｏｒｐｈｉｓｍ ,ＳＮＰ)是人类基因组作图的第三代多态性标记 ,它是指ＤＮＡ序列中单个核苷酸的差异 ,与限制性片段长度多态 (ＲＦＬＰ)、短串联重复序列 (ＳＴＲ)相比 ,ＳＮＰ更丰富地存在于基因组中 ,据估计在人类基因组中每千个核苷酸就有一个以上的ＳＮＰ ,其中有 2 0万存在于编码区 ,称作ｃＳＮＰ(ｃｏｄｉｎｇＳＮＰ) [1] 。而ＳＮＰ之所以引起几乎整个生命科学领域的重视 ,不仅因为它是一种理想的做图标记 ,更在于它可以成为研究基因组多态性和识别、定位疾病相关基因…     

斜纹夜蛾核型多角体病毒p74基因的克隆和序列分析

用ＡｃＮＰＶｐ７４基因３’端的１．４ｋｂ片段,通过Ｓｏｕｔｈｅｒｎｂｌｏｔｔｉｎｇ将ＳｐｌｔＮＰＶ的ｐ７４基因定位于ＸｈｏＩ（４．９ｋｂ）、ＥｃｏＲＩ（４．４ｋｂ）、ＢａｍＨＩ（３．０ｋｂ）片段上。进一步用ＥｘｏⅢ和构建亚克隆测序法,对长２５４５ｂｐ的ｐ７４基因进行,其中１９７４ｂｐ的编码编码６５８个氨基酸,蛋白分子量约７５．８７ｋＤ,其编码蛋白与ＡｃＭＮＰＶ和ＣｆＭＮＰＶｐ７４蛋白的氨基酸序列同     

中国棉铃虫核型多角体病毒DNA聚合酶基因的克隆和序列分析

应用谷实夜蛾核型多角体病毒（ＨｚＳＮＰＶ）ＤＮＡ聚合酶基因ＨｉｎｄⅢ／ＰｓｔⅠ３５９６ｂｐ片段作探针,经Ｓｏｕｒｔｈｅｒｎｂｌｏｔ杂交,克隆了中国棉铃虫核型多角体病毒（ＨａＳＮＰＶ）完整的ＤＮＡ聚合酶基因,大小约为３．４ｋｂ。限制性内切酶分析表明,ＨａＳＮＰＶＤＮＡ聚合酶基因限制性内切酶图谱与ＨｚＳＮＰＶ相似。用双脱氧链终止法测定该基因部分核苷酸序列（８０５ｂｐ）,推导出编码区２０６ａ。序列同源性比较显示,ＨａＳＮＰＶＤＮＡ聚合酶与ＨｚＳＮＰＶ之间具有高度的同源性;与ＬｄＭＮＰＶ、ＡｃＭＮＰＶ、ＢｍＳＮＰＶ、ＣｆＭＮＰＶ和ＯｐＭＮＰＶ也具有一定的同源性     

斜纹夜蛾核多角体病毒基因组全序列分析

已完成斜纹夜蛾核多角体病毒 (Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａｌｉｔｕｒａｍｕｌｔｉｃａｐｓｉｄｎｕｃｌｅｏｐｏｌｙｈｅｄｒｏｖｉｒｕｓ,ＳｐｌｔＭＮＰＶ)基因组全序列测定。ＳｐｌｔＭＮＰＶ基因组全长 1 39341ｂｐ ,碱基组成中Ｇ Ｃ含量为 42 .7% ,与已发表的Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａｅｘｉｇｕａｍｕｌｔｉｃａｐｓｉｄｎｕｃｌｅｏｐｏｌｙｈｅｄｒｏｖｉｒｕｓ (ＳｅＭＮＰＶ) (44 % )和Ｂｏｍｂｙｘｍｏｒｉｎｕｃｌｅｏｐｏｌｙｈｅｄｒｏｖｉｒｕｓ (ＢｍＮＰＶ) (40 % )相似 ,而与Ｌｙｍａｎｔｒｉａｄｉｓｐａｒｍｕｌｔｉ ｃａｐｓｉ…     

家蚕核型多角体病毒gp64基因的克隆和全序列测定

：Ｂｍ ＮＰＶ ｇｐ６４ 基因在杆状病毒分子生物学和杆状病毒表达系统研究中具有重要的作用,以ＡｃＭＮＰＶ ｇｐ６４ 基因为探针,杂交显示Ｂｍ ＮＰＶ ｇｐ６４ 基因定位于其基因组Ｂａｍ ＨＩ酶切的４ ．２ｋｂ 和７－４ｋｂ 片段上,克隆阳性片段,重组质粒分别命名为ｐＺＤＢＭ４２ 和ｐＺＤＢＭ７４ 。对重组质粒进一步杂交,将片断更精确定位于０－４５ｋｂ 片段、０－７５ｋｂ 片断上和１－１５ｋｂ 片断上,将三个片断ＤＮＡ 进行序列分析,结果表明：Ｂｍ ＮＰＶ 的ｇｐ６４ 基因的开放阅读框（ＯＲＦ） 有１５３０ 核苷酸,编码５０９ 个氨基酸。序列同源性比较显示,Ｂｍ ＮＰＶ ｇｐ６４ 基因和ＡｃＭＮＰＶｇｐ６４ 基因的核苷酸序列同源性达８４－３ ％ ,氨基酸序列同源性达９４－７ ％ 。Ｂｍ ＮＰＶ ｇｐ６４ 基因Ｃ 端的信号肽序列和Ｎ 端的锚定序列对于Ｂｍ ＮＰＶ 表达系统的改进具有重要的意义。     

茶尺蠖核型多角体病毒多角体蛋白基因核苷酸序列及其在Baculoviridae中的地位(英文)

茶尺蠖核型多角体病毒（ＥｏＳＮＰＶ）基因组的ｐｏｌｈ和ｅｇｔ基因区约１４．２ｋｂ的酶切图谱被构建．ｅｇｔ基因位于ｐｏｌｈ基因上游约４．８ｋｂ处,但转录方向与ｐｏｌｈ基因相反．ＥｃｏＲⅤ－Ｌ片段ｐｏｌｈ基因及其旁侧的１１２５核苷酸序列被测定．ｐｏｌｈ基因编码区长７３８核苷酸,可编码２４６氨基酸的多肽．起始密码子ＡＴＧ上游是一个富含ＡＴ（ＡＴ占７１．２％）的启动子区,在－５２核苷酸处有杆状病毒晚期基因启动子转录起始基序ＡＴＡＡＧ．在终止密码子下游２０８核苷酸有一个ｐｏｌｙ（Ａ）信号,ＡＡＴＡＡＡ．但ＥｏＳＮＰＶｐｏｌｈ基因起始密码子ＡＴＧ相邻核苷酸序列为ＧＴＡＡＴＧＴ,其－３是个Ｇ,这与已知的１６种其它杆状病毒ｐｏｌｈ基因－３位置均是Ａ不相同．在分析了ＥｏＳＮＰＶ和ＨａＳＮＰＶ多角体蛋白基因核苷酸序列的基础上,通过ＭＡＬＩＧＮ程序,比较了目前已发表的２６种杆状病毒包涵体蛋白的序列,ＥｏＳＮＰＶ与黄杉毒蛾核型多角体病毒（ＯｐＳＮＰＶ）的同源性为最高,核苷酸序列的同源性为８３．０％,氨基酸序列达９４．７％;与其它２０种鳞翅目ＮＰＶ的同源性也很高,核苷酸序列同源性为７２．６％～８１．９％,氨基酸序列为８３．７％～９３     

中国烟草曲叶病毒广西株的初步研究

双生病毒 (Ｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ)是一种具有孪生颗粒形态的单链环状ＤＮＡ植物病毒[1] 。根据基因组结构特征及传播介体 ,双生病毒可分为三个亚组[1] :亚组Ⅰ双生病毒全部为叶蝉传播的单组份基因组病毒 ,基因组大小在 2 .6～ 2 .8ｋｂ之间 ,其代表病毒是玉米条纹病毒 (ＭＳＶ) ;亚组Ⅱ双生病毒是单组份基因组病毒 ,基因组大小在 2 .7～ 3.0ｋｂ之间 ;亚组Ⅲ双生病毒全部为粉虱 (Ｂｅｍｉｓｉａｔａｂａｃｉ)传播 ,基因组大小为 2 .5～ 2 .8ｋｂ ,除番茄曲叶病毒ＴＬＣＶ ＡＵＳ[2 ] 等几个病毒为单组份基因组外 ,大多数亚组Ⅲ双生病病毒…     

中国棉铃虫核型多角体病毒不同基因型的虫体克隆

首次利用虫体克隆技术,对野生型中国棉铃虫核型多角体病毒（ＨａＳＮＰＶＷ）的不同基因型进行了分离纯化。以较低浓度的ＨａＳＮＰＶＷ感染三龄初中国棉铃虫幼虫,病毒致死幼虫单虫收集,分别提取相应的病毒核酸,进行限制性内切酶分析,得到了ＨａＳＮＰＶ的七个不同基因型（ＨａＳＮＰＶＧ１至Ｇ７）,其ＥｃｏＲＩ酶切图谱均不相同。用ＢａｍＨＩ酶切分析,七个基因型的酶切图谱只在一个片段上有显著区别：Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４ＤＮＡ的ＢａｍＨＩｈ片段大小是３．３０ｋｂ,Ｇ５、Ｇ６的这一片段的大小为３．５ｋｂ,而Ｇ７的这一片段为２．７ｋｂ。结果表明,野生型ＨａＳＮＰＶ至少包含七个不同的基因型。     

粘虫核型多角体病毒凋亡抑制基因的定位,序列和启动子结构

以ＡｃＮＰＶ凋亡抑制基因ｐ３５为探针,与ＬｓＮＰＶＤＮＡ的限制性片段和ＬｓＮＰＶＤＮＡＥｃｏＲＶ片段杂交,发现ＥｃｏＲＶ５．５ｋｂ片段有强烈的杂交信号。将此片段亚克隆后,测定了１２４４ｂｐ序列,发现一个完整的ＯＲＦ,推导的３０２个氨基酸与ＡｃＮＰＶｐ３５蛋白有７０．４％的氨基酸同源性,证明所测ＯＲＦ为ＬｓＮＰＶ的ｐ３５基因。结构分析发现其５′端有早期基因启动子元件ＧＣ、ＡＣＧＴ和ＴＡＴＡｂｏｘ。有２２ｂｐ的顺向重复序列,包括由两个重叠的ＴＡＴＡｂｏｘ和上下游两个ＡＣＧＴｍｏｔｉｆ组成的两套启动子元件,这些结构特征与ＡｃＮＰＶ的凋亡抑制基因十分相似。     

探讨rDNA ITS区作为果蝇Drosophila nasuta分子系统发育研究的价值

测定了果蝇ｎａｓｕｔａ亚群７个分类元和外群Ｄ．ｉｍｍｉｇｒａｎｓ的核糖体基因转录间隔区（ＩＴＳ,ｉｎｔｅｒａｎｓｃｒｉｂｅｄ ｓｐａｃｅｒ）,包括５．８ＳｒＤＮＡ和２ＳｒＤＮＡ长约１．１ｋｂ的ＤＮＡ片段序列。结果表明：Ｄ．ｐａｌｌｉｄｉｆｒｏｎｓ、Ｔａｘｏｎ Ｉ、Ｔａｘｏｎ Ｊ享有共同的序列;Ｄ．ａｌｂｏｍｉｃａｎｓ则与Ｄ．ｓ．ｎｅｏｎａｓｕｔａ共享１个序列。序列之间存在少量的插入缺失和碱基替代。     

粘虫核型多角体病毒多角体蛋白基因结构和序列的研究

测定了粘虫核型多角体病毒（Ｌｅｕｃａｎｉａｓｅｐａｒａｔａｎｕｃｌｅａｒｐｏｌｙｈｅｄｒｏｓｉｓｖｉｒｕｓ,ＬｓＮＰＶ）两个ＥｃｏＲＶ片段的共１２０１ｂｐ序列,发现了一个７１４ｂｐ的开放阅读框（ＯＲＦ）,根据其与多种ＮＰＶ多角体蛋白基因（ｏｃｕ）同源性的比较和５＇端典型的１４ｂｐ保守序列,说明此ＯＲＦ即为ＬｓＮＰＶ的ｏｃｕ基因。根据核苷酸序列预测的多角体蛋白有２４６个氨基酸,其中酸性和碱性氨基酸数相等,疏水氨基酸含量很高,氨基酸组成中以谷氨酸（Ｇｌｕ）含量最高,谷氨酰胺和半胱氨酸含量最低。编码区碱基同源性与ＭｂＮＰＶ最高,为９７．０％;氨基酸同源性与ＭｂＮＰＶ最高,为９７．５％。密码子偏爱选用以第三个碱基为嘧啶的密码子。二级结构分析表明,α－螺旋（Ｈ）和β－折叠（Ｓ）相等,β－转角含量是Ｈ和Ｓ含量之和。     

杆状病毒DNA解旋酶

ＤＮＡ解旋酶 (ｈｅｌｉｃａｓｅ)是ＤＮＡ复制过程中一类重要的酶 ,负责打开ＤＮＡ双链 ,并参与新生链的合成 ,在ＤＮＡ修复和重组过程中都发挥着必不可少的作用。杆状病毒ＤＮＡ解旋酶除了参与ＤＮＡ复制外 ,对于晚期基因的转录、关闭宿主蛋白质合成及决定杆状病毒宿主域方面都有重要的作用。1.杆状病毒解旋酶的结构目前已有 5种杆状病毒的ＤＮＡ解旋酶基因得到克隆并测序 ,分别是苜蓿银纹夜蛾核多角体病毒(ＡｃＭＮＰＶ) ,黄杉毒蛾核多角体病毒 (ＯｐＭＮＰＶ) ,家蚕核多角体病毒 (ＢｍＮＰＶ) ,甜菜夜蛾核多角体病毒(ＳｅＭＮＰＶ)及粉…     

优雅蝈螽转录组和基因组浅层测序结果中SSR位点鉴定、特征及分布规律

优雅蝈螽Gampsocleis gratiosa是一种在我国具有悠久人工饲养历史的鸣虫。简单重复序列(Simple sequence repeats,SSR)非常适用于种群遗传研究。本文运用MISA软件分别在优雅蝈螽转录组和基因组浅层测序结果中发现15 042和40 611个SSR位点。转录组中,双碱基型最为丰富5 444个(36.19%),其次为单碱基型4 785个(31.81%)和三碱基型4 273个(28.41%),而四碱基型514(5.83%)和五碱基型26(0.33%)极少,没有发现六碱基型。基因组浅层测序结果中,以三碱基型(38.89%)和四碱基型(38.43%)最为丰富,单碱基型(10.34%)和双碱基型(11.72%)次之,五碱基型(0.54%)和六碱基型(0.08%)最少。基因组浅层测序结果中SSR位点的密度为876.20个/Mb,约为转录组143.06个/Mb的6倍。利用primer 3_2.2.3搜索发现优雅蝈螽转录组和基因组浅层测序结果中侧翼序列满足设计引物条件的完整型SSR位点数分别为9 969个(70.18%)和21 437个(67.75%)。本研究加深了对优雅蝈螽基因组的认识和了解,并为下一步大量开发和筛选高质量微卫星标记提供数据支持。     

棉铃虫（Heliothisspp）核型多角体病毒四个分离株的比较研究

本文从形态结构、生物活性、结构多肽、核酸限制性内切酶图谱和核酸同源性等方面对棉铃虫核型多角体病毒四个分离株（两个ＳＮＰＶ分离株：ＨａＳ、ＨｚＳ,和两个ＭＮＰＶ分离株：ＨａＭ１、ＨａＭ２）进行了比较研究。它们对中国棉铃虫二龄末三龄初幼虫的ＬＤ５０佰依次为３６１、３８７、２６３３、３５６０ＰＩＢｓ／克饲料,当感染剂过为５×ｌ０３ＰＩＢｓ／克饲料时,其ＬＴ５０值依次为４．６、４．９、６．４和６．６天。两个ＳＮＰＶ分离株的生物活性显著高于两个ＭＮＰＶ分离株。经ＳＤＳ－ＰＡＧＥ分析,四个分离株多角体蛋白均为一条带,两个ＭＮＰＶ分离株结构多肽均具有相同的迁移率,两个ＳＮＰＶ分离株的结构多肽图谱也颇相似,但ＳＮＰＶ与ＭＮＰＶ分离株之间带型相差较大。各分离株基出组经ＢａｍＨＩ、ＥｃｏＲＩ、ＨｉｎｄⅢ和ＸｂａＩ消化后,得到的内切酶图谱表现为两个ＮＭＰＶ分离株一致,两个ＳＮＰＶ分离株也很相似,而ＳＮＰＶ与ＭＮＰＶ分离株之间相差很大。严格条件杂交结果表明：两个ＳＮＰＶ分离株的基因组有较高的同源性,而ＳＮＰＶ与ＭＮＰＶ基因组之间的同源性极低。     

鸟枪法测序获得果蝇基因组测序成功

美国科学家宣布他们已完成了果蝇Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ基因组的破译工作。他们破译了占编码区 97%的 12 0 0 0 00 0 0个碱基。该基因组附加区的 6 0 0 0 0 0 0 0个碱基则因尚未具备测定技术而未破译 ,他们说其中几乎不含有基因。他们所用的是一种有争议的测序法 ,即鸟枪测序法 ,该法遭到许多科学家的批评 ,但现在正是这个技术获得了成功 ,其结果甚至超越了最乐观的预见。鸟枪法测序就好象做拼板游戏。研究者将果蝇的基因组随机地切成小片 ,然后测定每一个ＤＮＡ小片段的核苷酸序列 ,他们称这些小片段是“测序工厂”…     

黑木耳电泳核型分析

采用等高锁状均质电场（ＣＨＥＦ）凝胶电泳技术,对黑木耳（Ａｕｒｉｃｕｌａｒｉａ　ａｕｒｉｃｕｌａ）电泳核型进行分析,以酿酒酵母（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ　ｃｅｒｉｖｉｓｉａｅ）菌株ＹＰＨ７５５和祭酒裂殖酵母（Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ　ｐｏｍｂｅ）菌株ＡＳ２．２１４的染色体ＤＮＡ大小作为分子量标记,估计黑木耳基因组中至少包含９条ＤＮＡ分子量在８５０ｋｂ至５８００ｋｂ之间的染色体,多数染色体ＤＮＡ分子量在１０００ｋｂ至３４００ｋｂ之间,基因组大小在２２Ｍｂ以上。     

构巢曲霉菌基因组中的数量可变重复序列的组成和分布

利用已经公布的构巢曲霉菌基因组测序结果,对该真菌已测序基因组(30．1Mb)中的数量可变重复(VNTR)序列进行了较为系统、全面地分析。结果表明,在已经公布的基因组序列中,共有4837个以1—6个核苷酸为基序的VNTR序列(长度大于15bp,匹配值大于80％),其碱基总数占整个基因组碱基数的0．31％,平均6．2kb碱基中分布有一个大于15bp的VNTR。其中数量最多的五碱基VNTR。数量达到1386个,其次为六碱基VNTR(1228个),三碱基VNTR(1199个),这3种VNTR总数达3813个,占VNTR总数的78．8％。数量最少的是二碱基VNTR,只有144个。在9541个开放阅读框架(ORF)中的VNTR总数为1683个,共分布于1356个0RF中。其中只有1个VNTR的ORF为1117个。与其他生物内VNTR的分布类似,在基因编码区中,以三碱基VNTR和六碱基VNTR占绝对优势,在阅读框架中的VNTR中分别占到58．0％和52．9％。编码区的三碱基、六碱基VNTR分别为该菌基因组中相应VNTR总数的约44．4％和38．6％。由于编码区的碱基数占基因组碱基数的59．3％,所以这两种长度的VNTR在编码区中的密度略低于基因组中的平均密度。在编码区上下游300bp调控区,除在编码区数量较多的三碱基VNTR和六碱基VNTR外,其他各种长度的VNTR的比例都超过了10％。可见300bp的上下游调控区域是单碱基、二碱基、四碱基、五碱基VNTR的富集区。在上游区域中,单碱基、二碱基和四碱基VNTR的比例比下游区域中多,五碱基VNTR的数量则基本一致。     

重组人GM—CSF基因在昆虫细胞中的表达

利用苜蓿夜蛾核型多角体病毒（ＡｃＮＰＶ）带β－Ｇａｌａｃｔｏｓｉｄａｓｅ基因标记的非融合蛋白基因转移载体ｐＢｌｕｅＢａｃ将人粒细胞巨噬细胞集落刺激因子（ｈＧＭ－ＣＳＦ）基因成功地插入病毒ＡｃＮＰＶ的基因组中．ｈＧＭ－ＣＳＦ基因在感染重组病毒的草地夜蛾（Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ）培养细胞Ｓｆ９中得到表达,感染后的Ｓｆ９细胞培养液能刺激人骨髓细胞在体外形成典型的集落,表达水平可达２．７×１０５５ＣＦＵ／ｍｌ。以ｈＧＭ－ＣＳＦ单抗所作的ＷｅｓｔｅｒｎＢｌｏｔｔｉｎｇ表明,表达的ｈＧＭ－ＣＳＦ对是３种糖基化程度不同的产物,分子量分别约为１５ｋｄ,１８ｋｄ和２０ｋｄ。     

微生物蛋白质组学研究进展

微生物基因组研究作为人类基因组计划的一部分 ,对人类基因组计划及微生物学 ,甚至整个生命科学都产生巨大的影响[1] 。人类基因组测序已经取得突破性进展 ,现已绘制完毕人类基因组的工作草图 ,人类基因组计划即将提前完成。目前已采用ＤＮＡ ＲＮＡ芯片和基因表达序列分析 (ｓｅｒｉａｌａｎａｌｙｓｉｓｏｆｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ,ＳＡＧＥ)来研究基因组的功能[2 ,3 ] 。但随着对基因组研究的深入 ,人们认识到单纯从基因组信息并不可能完全揭示生命的奥秘。因为蛋白质是生物功能的体现者 ,这使我们不得不考虑基因编码的蛋白质有什…