用序列比对设计的茎环结构探针检测金黄色葡萄球菌

基于金黄色葡萄球菌16S rRNA基因序列,采用序列比对设计了一种茎环结构的寡聚核苷酸探针。探针的环序列即为金黄色葡萄球菌16S rRNA基因序列的其中一个片段,同其他菌种的16S rRNA基因序列误配2个以上的核苷酸,因此能高度专一、灵敏的检测金黄色葡萄球菌16S rRNA。根据分子信标技术和酶联免疫分析的原理,评估一个实验方法,即利用能构象转换的、固定化的茎环结构探针酶联检测靶核酸。由于探针的特异性加强,这个检测系统能有效的排除假阳性即不会出现误配一个核苷酸的情况。采用微量浓度测定分析,最低下限可检测出大约4ng的金葡球菌16SrRNA。这种方法的灵敏度比其他常规检测方法高出了至少一个数量级。     

金黄色葡萄球菌的快速检测方法

金黄色葡萄球菌是引起食物中毒常见的病原菌之一,其传统检测方法(选择性培养、生化鉴定)步骤多,操作复杂,耗时长、灵敏性不高。近年来以抗原抗体反应为基础的免疫学方法和以DNA为基础的分子生物学技术以其快速性、准确性已经成为微生物检测方法的发展方向。     

基于万古霉素建立荧光酶联免疫吸附法检测金黄色葡萄球菌

以猪IgG作为捕获抗体固定金黄色葡萄球菌,修饰有万古霉素的量子点荧光微球作为"检测抗体",建立荧光酶联免疫吸附法检测金黄色葡萄球菌。文中制备了平均粒径为100 nm的量子点荧光微球并与万古霉素偶联;摸索了反应最佳盐离子浓度为0.01 mol/L,反应最佳pH为6.0。在该实验条件下,金黄色葡萄球菌的检测灵敏度为104 CFU/m L,与其他致病菌无交叉反应。以上结果表明,该方法可用于快速检测金黄色葡萄球菌,为金黄色葡萄球菌的临床监控和食品检测提供参考。     

金黄色葡萄球菌肠毒素B的主要检测研究方法

金黄色葡萄球菌是自然界中一种普遍存在的菌株,其分泌产生的肠毒素是一组结构相关,毒力相近的单肽链毒性蛋白质,主要包括A、B、Cs、D、E等血清型,广泛存在于蛋白含量较高的物质中。本文着重总结了当前对于金黄色葡萄球菌肠毒素的主要检测方法的研究进展,并对几种技术进行比较。     

实验动物金黄色葡萄球菌LAMP检测方法的建立

目的建立一种能够应用于实验动物金黄色葡萄球菌检测及鉴定的环介导等温扩增（loop-mediatedisothermal amplification,LAMP）方法。方法本研究针对金黄色葡萄球菌特异的nuc基因设计4条引物,对反应条件进行优化。结果通过优化,该方法 60℃、40 min、Mg2＋浓度8 mmol/L、dNTP浓度2.0 mmol/L、甜菜碱浓度0.8mmol/L时,对金黄色葡萄球菌检测限为2 cfu,且与其它常见实验动物致病菌无交叉反应。反应结果可通过添加荧光染料SYBR green I直接肉眼观察。结论本研究建立的金黄色葡萄球菌LAMP方法具有快速、灵敏、操作简单、设备要求低的特点,适用于基层、大批量样本、快速检测的要求。     

金黄色葡萄球菌反向线性杂交探针检测方法的建立

目的建立一种检测金黄色葡萄球菌的简单、快速、灵敏、准确的方法。方法根据金黄色葡萄球菌的耐热核酸酶nuc基因,设计一对通用引物及两条特异性探针,用生物素标记通用引物的5＇端,将两条特异性探针固定于硝酸纤维膜上,使PCR产物与探针杂交。结果建立的反向线性杂交探针方法,其检测限为2 ng/μL,检测特异性和准确性均为100%。结论建立的反向线性杂交检测方法具有较高的敏感性和特异性,可用于实验动物金黄色葡萄球菌的快速检测。     

荧光量子点探针及其标记技术

量子点作为一种新型荧光标记物,与有机染料和荧光蛋白质相比,它们具有可调谐且宽的吸收光谱,激发可产生多重荧光颜色、强荧光信号、抗光漂白能力强等独特的光学特性,使其广泛应用在生物和医学领域。该文就量子点探针的表面修饰和功能化及其标记技术的研究进展进行了阐述。     

金黄色葡萄球菌肠毒素

金黄色葡萄球菌是一种重要的病原体,它产生多种类型的毒素,从而引起各种类型的疾病。金黄色葡萄球菌肠毒素(Staphylococcal enterotoxins,SEs),是一组血清学上互不相同的热稳定肠毒素,有10个血清型。由于食入了被SEs污染的食品而主要引起肠胃炎,此外,SEs还是一种强的超抗原,它可以刺激非特异性T细胞增殖。SEs各型之间有着相似的结构和功能。     

基于量子点的荧光共振能量转移探针的应用

量子点因其独特的光学性质,以及可与有机分子所形成的偶联物的特殊性质,在光学生物标记,由其是荧光共振能量转移(Fluorescence resonance energy transfer,FRET)探针的合成与应用等领域具有广泛的应用前景,并因其实时、准确、灵敏的检测优势,在生物及医学领域始终被热切关注。该文以量子点的优势为基础,分别介绍了用于检测核酸、蛋白酶、生物反应及细胞状态的量子点-FRET探针的研究机理研究进展及应用优势。并对量子点-FRET探针的存在问题及研究方向进行了展望,为进一步进行该领域的研究提供理论支撑。     

基于16S rDNA序列的Wolbachia的检测及分型

Wolbachia是广泛分布于节肢动物体内的一类共生细菌。采用16S rDNA特异片段的PCR-RFLP方法对烟粉虱Bemisia tabaci （Gennadius）不同生物型及米蛾Corcyra cephalonica （Stainton）共生菌Wolbachia进行了检测与分型分析。基于wsp基因对烟粉虱共生菌B组Wolbachia以及米蛾共生菌Wolbachia进行了系统树分析,并对相应的Wolbachia16S rDNA特异片段进行了克隆、测序以及序列比对。结果表明:16S rDNA的特异片段经NheⅠ酶切后RFLP图谱可有效检测与鉴别Wolbachia。烟粉虱共生菌Wolbachia的16S rDNA特异片段经VspⅠ酶切后可得到预期RFLP图谱,而米蛾共生菌B组Wolbachia （基于wsp序列分析为B组）则产生不同的RFLP图谱。序列分析表明,Nauru型烟粉虱体内B组Wolbachia的16S rDNA片段序列与已知B组Wolbachia对应序列（DQ278884）同源性为100%;米蛾体内B组Wolbachia 16S rDNA特异片段有碱基变异,并存在于VspⅠ识别位点内,这是导致VspⅠ酶切后RFLP图谱不同的原因。结果提示,B组Wolbachia 16S rDNA特异片段经VspⅠ酶切的RFLP图谱存在多态性。本研究结果可为今后Wolbachia的检测与分型提供借鉴。     

基于16S rDNA的系统发育分析在微生物进化关系中的应用

系统发育树的构建是现代生命科学研究中的重要技术,是分析未知菌种与其他菌种的亲缘关系,为进一步了解生物的进化关系的重要依据。对系统发育树的构建进行了详细的介绍。并对其在微生物进化研究中的具体应用进行了阐述。     

菌株F12-11-1-2的16S rDNA序列分析及其生理生化性质研究

菌株F12-11-1-2是一株从中国东海浙江海域200m的海泥中分离得到的,具有抗稻瘟霉(Pyricularia oryzae)活性。通过对菌株的形态、培养特征、生理生化特征的研究以及16S rDNA序列分析,结果表明它是一株适应了海洋环境的芽孢杆菌属(Bacillus)的枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)。     

甲烷氧化菌Methylomonas sp.GYJ3中甲烷单加氧酶基因与16S rRNA序列分析

甲烷氧化细菌中的关键酶系甲烷单加氧酶是一个含双核铁的多组份氧化酶,常温、常压下能够催化甲烷转化为甲醇。对甲烷氧化细菌Methylomonas sp.GYJ3中溶解性甲烷单加氧酶基因和16SrDNA进行了测序与分析。利用已知相关基因数据库信息,设计了PCR引物和测序引物,获得了满意的测序结果。全长的溶解性甲烷单加氧酶基因为5690bp,部分16S rDNA的序列长度为1280bp。与已发表的甲烷氧化细菌中甲烷单加氧酶进行了比较,结果表明MMOX组份中氨基酸序列的同一性为78%到99%,基因序列的同一性为71%到97%,6个组份中orfY片段的同一性相对较低。MMOX氨基酸序列的多序列联配表明,MMOX序列具有高度保守性,特别是在双核铁中心区域。16S rDNA进化分析显示Methylomonas sp.GYJ3与γ蛋白细菌是相关联的,基于MMOX氨基酸序列的进化分析证明,与Methylomonas sp.GYJ3最近似的菌株是Ⅰ型甲烷氧化细菌Methylomonas sp.KSWⅢ。综合分析表明,菌株GYJ3属于Ⅰ型甲烷氧化细菌Methylomonas sp.属。这个结果为Ⅰ型甲烷氧化细菌也能表达溶解性甲烷单加氧酶提供了新的证据。羟基化酶的理论等电点是6.28,理论分子量为248874.41Da。     

Phylogenetic Positions and Assignment of Swine and Ovine Corynebacterial Isolates Based on the 16S rDNA Sequence

The nucleotide sequences of the 16S ribosomal RNA gene (rDNA) of swine and ovine corynebacterial strains were determined. The sequences of the strains that identified as Corynebacterium pseudotuberculosis by their biochemical characteristics were homologous with each other. The phylogenetic position of C. pseudotuberculosis strains was closest to C. ulcerans and next closest to C. diphtheriae. The nucleotide sequence of another swine isolate, SC8, was similar to that of a recently proposed species, C. seminale, and a non-validated species, “C. glucuronolyticum,” with about 0.01 to 0.02 evolutionary distances. Analysis of the predicted secondary structure of the 16S rRNA molecule agreed with the close phylogenetic relationships between C. pseudotuberculosis and C. ulcerans and between C. seminale and strain SC8.     

蝗总科部分种类16S rDNA的分子系统发育关系

将自测的我国直翅目蝗总科8科8个种和从互联网GenBank中检索到相关物种的线粒体基因组：16S rDNA序列片段进行同源性比较,计算核苷酸使用频率,并构建分子系统树。在获得的480bp的序列中。A T约占70．7％,G C为29．3％,颠换取代(transversion)的速率大于或接近转换取代(transition)的速率,其中188个核苷酸位点存在变异。研究结果表明：在直翅目蝗总科有差异的188bp中,属内种间的碱基序列差异仅为1．5％,科内属间为3．5％～3．6％,科间差异为4．8％～15．8％,亚目间差异达到15．2％～25．6％。分子系统树表明：科内的属和属内的种均优先聚在一起;蝗总科8科的起源关系为：锥头蝗科→瘤锥蝗科→癞蝗科→斑翅蝗科→剑角蝗科→网翅蝗科和槌角蝗科→斑腿蝗科;锥头蝗科与瘤锥蝗科关系较近,是蝗总科内最原始的类群;槌角蝗科和网翅蝗科互为姐妹群,与最进化的斑腿蝗科关系较近;蚤蝼科为独立的一支,最先分出,似为一个亚目,与现用的分类系统有明显差别;哈螽科(螽嘶总科)和蟋蟀科聚在一起为剑瓣亚目(Ensifera),蚱科和蝗总科的8科组成短瓣亚目(Caehfera),同现用的分类系统。     

烟粉虱内共生菌16S rDNA的特性研究

对烟粉虱内共生菌16SrDNA的酶切结果及部分生物体16SrDNA的(G C)%分析结果表明:烟粉虱初生内共生菌的16SrDNA能够被EcoRI酶切成两个片段、而不能够分别被BamHI与SacI酶切;烟粉虱次生内共生菌的16SrDNA没有BamHI内切酶位点、而能够分别被EcoRI或Sac I酶切成大小不同的两个片段。(G C)mol%与菌的分类地位有关,同时还与菌的可培养能力有关。Proteobacteriaγ亚纲的烟粉虱初生内共生菌与α亚纲的Rickettsia、线粒体的16SrDNA相似,富含(A T)mol%,具低的(G C)mol%。而γ亚纲的次生内共生菌及大肠杆菌与β亚纲的mealybugs初生内共生菌的16SrDNA相似,富含(G C)mol%。说明初生内共生菌可能与烟粉虱同时发生,并且形成一种非常紧密的共生关系,次生内共生菌与烟粉虱关系松散一些,其特性近似于自由生活的细菌,更有可能获得纯培养体。16SrDNA的系统进化树表明,烟粉虱次生内共生菌属于Proteobacteriaγ-3亚纲,而初生内共生菌属于Proteobacteriaγ亚纲的另一分支。     

Molecular characterization of Serratia marcescens strains by RFLP and sequencing of PCR-amplified 16S rDNA and 16S-23S rDNA intergenic spacer

AIMS: To establish the specific DNA patterns in 16S rDNA and 16S-23S rDNA intergenic spacer (IGS) regions from different kinds of Serratia marcescens strains using polymerase chain reaction (PCR), restriction fragment length polymorphism (RFLP) and sequences analysis. METHODS AND RESULTS: Two pairs of primers based on the 16S rDNA and 16S-23S rDNA IGS were applied to amplify the rrn operons of two kinds of S. marcescens strains. About 1500 bp for 16S rDNA and four fragments of different sizes for 16S-23S rDNA IGS were obtained. PCR-amplified fragments were analysed by RFLP and sequence analysis. Two distinct restriction patterns revealing three to five bands between two kinds of strains were detected with each specific enzyme. According to the sequence analysis, two kinds of strains showed approximately 97% sequence homology of 16S rDNA. However, there was much difference in the sequences of IGS between the two kinds of strains. Intercistronic tRNA of strains H3010 and A3 demonstrated an order of tRNA of 5'-16S-tRNA(Ala)-tRNA(Ile)-23S-3', but strain B17 harboured the tRNA of 5'-16S-tRNA(Glu)-tRNA(Ile)-23S-3'. CONCLUSIONS: The method was specific, sensitive and accurate, providing a new technique for differentiating different strains from the same species. SIGNIFICANCE AND IMPACT OF THE STUDY: This paper provided the first molecular characterization of 16S rDNA and 16S-23S rDNA IGS from S. marcescens strains.     

16S rDNA用作荧光定量PCR靶基因快速检测铜绿假单胞菌

对20余种细菌16SrDNAs进行多序列比对与进化树分析,设计铜绿假单胞菌(Pseudomonasaeruginosa,PA)荧光定量PCR(fluorescencequantitativePCR,FQ-PCR)特异性引物。提取PA基因组DNA,以特异性引物扩增16SrDNA靶片段,并构建重组质粒pMDT-Pfr。将梯度稀释的pMDT-Pfr质粒作为模板,用于建立定量标准曲线。以SYBRGreenI荧光染料建立20μL反应体系,对不同浓度的PADNA样品进行FQ-PCR检测。同时,以金黄色葡萄球菌、伤寒杆菌、福氏志贺菌、变形杆菌、表皮葡萄球菌、大肠杆菌和结核杆菌的基因组DNA作阴性对照,验证FQ-PCR方法检测PA的特异性。结果显示,设计的FQ-PCR引物的靶向序列,仅对PA16SrDNA有高度同源性;FQ-PCR方法检测PA,其灵敏度达3.6pg/μL的基因组DNA或(2.1×103±3.1×102)拷贝/μL的16SrDNA基因,并且具有很强的特异性;从细菌DNA提取到FQ-PCR检测,可在2h左右完成PA鉴定。较传统的培养鉴定法而言,以16SrDNA作为FQ-PCR靶基因快速检测PA,具有很好的研究价值与应用前景。