民猪的SM-DRB基因的PCR-RFLP多态性分析

采用克隆测序和PCR—RFLP相结合的方法,对民猪的SLA—DRB基因的整个编码区进行了扫描和多态性分析．结果表明该基因的第2外显子是整个基因的高变区,突变率达到5．6％,其中80％为有效突变,但没有发现新的等位基因;PCR-RFLP结果表明外显子1用内切酶Alu Ⅰ酶切可获得3种基因型;外显子2用内切酶TaqⅠ酶切可获得3种基因型：外显子3用内切酶BcnⅠ酶切可获得3种基因型：外显子4用内切酶MboⅠ酶切可获得2种基因型：外显子5用内切酶HinlⅠ酶切可获得3种基因型．Hardy-Weinberg平衡分析表明民猪在Alu Ⅰ和HinlⅠ处于平衡状态（P〉0．05）．在TaqⅠ、BcnⅠ和MboⅠ处于不平衡状态．     

五指山、二花脸和皮特兰猪的SLA-DRB基因外显子2 PCR-RFLP及PCR-SSCP多态性分析

采用PCR-RFLP法和PCR-SSCP法对17头五指山猪、28头二花脸猪以及28头皮特兰猪SLA-DRB外显子2进行分型。采用PCR-RFLP技术分型,结果显示：限制酶MspⅠ酶切可分出1种RFLP带,即M：143bp／102bp;限制酶RsaⅠ酶切可分出4种RFLP带,分别为A：141bp／93bp／11bp,B：111bp／69bp／54bp／11bp,C：180bp／54bp／11bp以及D：93bp／48bp／39bp／54bp／11bp。检测发现,五指山猪有2种RFLP带型：AA和BB,二花脸猪有3种RFLP带型：AA、BB和AB,皮特兰猪有3种RFLP带型：AA、CC和BD。比较五指山猪、二花脸猪与皮特兰猪,发现3个品种都是以A带为主,分别占到0．69、0．73和0．82,品种之间差别不显著。采用PCR—SSCP技术共分出7种标记带型,分别为αα、αδ、、ββ、γγ、αγ、δδ,βε,其中五指山猪有3种带型,分别为αα、αδ和ββ,二花脸猪有3种带型,分别为αα、γγ和αγ,而皮特兰则出现5种带型,分别为αα、δδ、αδ、βε和ββ。在3个品种猪中均存在α带,且其频率在各自品种中均最高,在五指山猪和皮特兰猪中δ带出现的频率次之,相应的在这两个猪种中杂合型αδ带型出现的频率则最高。Hardy-Weinberg平衡分析表明,二花脸猪SLA—DRB基因外显子2的RFLP带型达到平衡状态,其SSCP带型也达到平衡状态,五指山猪SLA—DRB基因外显子2的RFLP带型以及SSCP带型均未达平衡状态,皮特兰猪SLA—DRB基因外显子2的RFLP及SSCP带型大部分未达平衡状态。     

猪MyoG基因的PCR-RFLP多态性分析

以杜洛克、长白、大约克、南昌白、二花脸、梅山猪、玉山黑猪、乐平花猪、金华两头乌及上高两头乌等中外10个猪种共计561头猪为研究材料,采用3对引物（PCR1、PCR2、PCR3）分别扩增猪肌细胞生成素（MyoG）基因的不同区域,扩增产物经限制性核酸内切酶MspⅠ酶切后发现：（1）在PCR1 MspⅠ-RFLP位点上,外来品种杜洛克、长白、大约克及培育品种南昌白中极大多数个体表现为AA型,个别为BB型;而6个中国地方猪种除乐平花猪外均以BB型居多。（2）在PCR2 MspⅠ-RFLP位点上,6个中国地方猪种除一头玉山黑猪表现为MN型外,其余均为MM型;而外来品种以NN型占大多数,培育品种南昌白更趋向于外来品种。（3）在PCR3 MspⅠ-RFLP位点上,所有猪种均可得到扩增产物,但无MspⅠ酶切位点。（4）在梅山猪及与其亲缘关系较近的二花脸猪中,没有发现Soumillion等(1997)报道的梅山猪特异性MspⅠ多态性酶切位点。     

西藏小型猪SLA-DQA基因外显子2的PCR-RFLP多态性分析

目的分析西藏小型猪SLA-DQA基因第2外显子不同酶切位点的基因型多态性以及等位基因的多态性,检验这些酶切位点上的基因频率是否达到Hardy-Weiberg平衡态。方法采用EcoRⅠ和AluⅠ两种限制性内切酶对西藏小型猪SLA-DQA目的基因的第1和第2内含子部分序列以及完整的外显子2进行PCR-RFLP分析。结果经EcoRⅠ酶切后,以纯合子BB基因型居多,BB、AB、AA基因型频率分布为45.000%、31.667%和23.333%,其中B为优势等位基因（60.833%）;经AluⅠ酶切后,MN基因型频率（50.000%）分别高于MM型（30.000%）和NN型（20.000%）,     

小梅山、中梅山及大约克猪的SLA-DQB基因外显子2 PCR-RFLP多态性分析

采用限制性内切核酸酶Rsa I对中国地方猪种小梅山,中梅山及国外猪种大约克SLA－DQB基因外显子2的273bp扩增产物进行多态性分析,小梅山猪酶切后出现两种基因型：246bp/27bp(AA),132bp/84bp/30bp/27bp(BB),中梅山猪中出现4种基因型：246bp/27bp(AA),132bp/84bp/30bp/27bp(BB),132bp/114bp/27bp(CC),246bp/143bp84bp/30bp/27bp(AB),大约克猪中出现5 基因型;246bp/27bp(AA),142bp/84bp/30bp/27bp(BB),132bp/114bp/27bp(CC);246bp/132bp/84bp/30bp/27bp(AB).273bp/246bp/27bp(AD),分析发现,SLA－DQB基因外显子2的11,94和124位碱基表现出多态性并在3个猪种中检测到A,B,C和D4个等位基因,χ^2适应性检验结果表明,小梅山,中梅山及大约克SLA－DQB基因外显子2在Rsa I酶切位点 Hardy-Weinberg平衡状态。     

西藏小型猪H-FABP基因的PCR-RFLP研究

目的研究西藏小型猪心脏脂肪酸结合蛋白（H-FABP）基因5’-上游区和第二内含子内的遗传变异。方法应用PCR-RFLP技术测定30头西藏小型猪H-FABP的基因型。结果（1）在5’-上游区的Hinf I-RFLP位点上,西藏小型猪表现出多态性,等位基因h的频率为0．80;（2）在在第二内含子内的Hae Ⅲ-RFLP位点上,西藏小型猪均为DD纯合子;（3）在第二内含子内的Hinf I＊-RFLP位点上,除一头猪表现为bb基因型外,其余猪都表现为BB基因型,等位基因B的频率为0．97;（4）除Hae Ⅲ-RFLP位点外,在其余位点上西藏小型猪均处于Hardy-weinberg不平衡状态。（5）在Hinf I-RFLP中,西藏小型猪表现为中度多态性（0．25〈PIC〈0．5）,而在其他位点的RFLP中表现为低度多态（PIC〈0．25）。结论可以利用西藏小型猪H-FABP基因5’-上游区的多态遗传标记来分析其与肌内脂肪的关系。     

Myf-6基因在不同猪种中的PCR-RFLP遗传多态性及其遗传效应分析

作为生肌调节因子家族的一个成员,Myf-6基因在肌形成的过程中发挥着重要的作用。实验采用PCR-RFLP技术分析了Myf-6基因在12个中外猪种及部分杂交群体中的分布情况,并分析了Myf-6基因对肌纤维、胴体品质、胴体等级性状和肉质性状的遗传效应。结果表明：Myf-6基因内含子1内的Ava I酶切位点多态性不丰富,多数中国地方猪种群体中A等位基因已经完全固定,B等位基因仅以较低的频率存在于外种猪或含外种猪血缘的杂交群体中。尽管没有检测到BB纯合个体,但AB杂合子的平均瘦肉率为50.344 %,极显著地高于AA纯合子的45.875 %(P<0.01)。AB杂合子的眼肌面积为27.097 cm2,极显著地大于AA纯合子的22.572 cm2(P<0.01)。AB杂合子的皮脂率（39.889 %）极显著地低于AA纯合子（44.503 %）(P<0.01)。上述结果说明本次试验群体中的B等位基因具有增加胴体瘦肉率和眼肌面积,降低胴体脂肪含量从而改善胴体品质的遗传效应。此外,Myf-6基因对肌纤维生长性状、FOM肉脂仪测定的胴体等级性状以及肉质性状等都没有显著影响(P>0.05)。     

苏姜猪及其杂交后代HSL基因PCR-RFLP分析

以苏姜猪、二元杂交猪（长白猪×苏姜猪、大白猪×苏姜猪）为研究对象,分别为60头,分析了HSL基因外显子Ⅰ区域PCR-RFLP多态性。结果表明,苏姜猪及其杂交后代群体中HSL基因外显子I中存在Bsa H I酶切片段长度多态性,均检测到AA、AB和BB基因型。苏姜猪群体中A等位基因占优势,频率为73.34%;杂交猪中B等位基因占优势,频率分别为56.66%和65.00%。研究结果丰富了苏姜猪的分子生物学研究,为苏姜猪的合理开发利用提供了依据。     

IGF2基因PCR-RFLP多态性与脂肪沉积相关性状的关联分析

胰岛素样生长因子 2在胎儿生长发育、肿瘤细胞增殖、肌肉生长等方面具有重要的调控作用 ,是影响猪瘦肉量的主要候选基因。采用PCR RFLP技术 ,分析了IGF2基因第 8内含子部分片段在猪资源家系群体中的NciⅠ酶切片段多态性分布。IGF2基因该片段具有两个NciⅠ酶切位点 (切点位于第 8内含子 ,分别记录为位点A和位点B) ,两位点在资源家系中均具有多态性。IGF2基因B位点酶切未突变个体均比酶切突变的个体背膘薄 18 2 8% (P<0 0 1) ,肥肉率低 2 2 4 3% (P <0 0 1) ,瘦肉率高 8 71% (P <0 0 1) ,位点A具有相同的影响趋势。在该研究群体中 ,IGF2基因发挥作用的方式主要为加性效应 ,可作为猪提高瘦肉率的候选基因     

不同品种猪HSL基因5''''-UTR和外显子Ⅰ片段的克隆测序及多态性分析

激素敏感脂肪酶(Hormone-sensitive lipase,HSL)是负责分解脂肪组织中甘油三酯释放游离脂肪酸的关键和限速酶,也是影响动物脂肪沉积的关键酶.将HSL基因作为影响猪脂肪代谢和沉积相关性状的候选基因,对不同品种猪HSL基因5’-UTR和外显子Ⅰ片段进行了克隆测序并开展多态性与性状间的关系研究.序列比较发现,在测定的HSL基因靠近起始密码子(ATG)的419 bp中,杜洛克、梅山猪、大白猪和平序列完全一致,与长白猪序列比较,在-13～-12 bp位置存在GC→CG的碱基变异;梅山猪(3个体)、通城猪(3个体)、长白猪(3个体)、大白猪(3个体)HSL基因外显子Ⅰ的442 bp位置有G→A碱基间的变异,G→A的转换改变了限制性内切酶BsaHⅠ酶识别位点,且导致了编码氨基酸Val→Ile的替换.经PCR-RFLP分析,HSL基因外显子Ⅰ BsaHⅠ位点多态性有AA、AG和GG 3种基因型.”大白×梅山”F2代资源家系BsaHⅠ点不同基因型个体背膘厚、肌内脂肪等性状协方差统计分析发现,AG基因型和GG基因型在眼肌面积上存在显著差异.     

多浪羊MHC-DRB3基因座的PCR-RFLP多态性分析

主要组织相容性复合体（MHC）是由紧密连锁的高度多态的基因位点所组成的染色体上的一个遗传区域,它在动物机体的免疫系统中发挥着非常重要的作用。应用PCR-RFLP技术首次对多浪羊的MHC-DRB3的外显子2进行分子遗传多态性检测与分析。结果显示,多浪羊MHC-DRB3基因的外显子2在TaqⅠ、PstⅠ和HaeⅢ酶切位点存在多态,其酶切位点分别由2、2和6种共显性等位基因控制。综合3种酶切结果,本实验研究在多浪羊中检测到了DRB3基因的24种等位基因。 Abstract:MHC is a chromosomal region consisting of a group of closely linked loci which are highly polymorphic,and plays a central role in the immune system.The restrictive polymorphism of MHC-DRB3 exon2 in Dolang sheep was Analyzed by PCR-RFLPs.The results revealed extensive polymorphisms 2,2 and 6 RFLP types of PCR products were found with enzymes TaqⅠ,PstⅠ and HaeⅢ respectively.Considering all restrictive pattern,24 alleles for DRB3 locus were found in Dolang sheep.     

山西猪种及其杂种群体H-FABP基因的PCR-RFLP研究

利用PCR－RFLP技术对马身猪、山西白猪及其杂种群体共286头猪的心脏脂肪酸结合蛋白（H-FABP）基因5′－上游区（HinfⅠ-RFLP）和第二内含子内（HinfⅠ*-RFLP和Hae Ⅲ-RFLP）的遗传变异进行了研究。结果表明：（1）在Hae Ⅲ-RFLP位点上,马身猪均为DD纯合子,而其他猪群在此位点上均存在变异,马身猪的杂种群体在该位点上只有两种基因型（DD、Dd）;（2）在5′－上游区的HinfⅠ-RFLP位点上,杜洛克猪×山西白猪的杂种群体只有HH基因型,而其他群体都表现出多态性,马身猪等位基因h的频率为0.9727;（3）在第二内含子内的HinfⅠ*-RFLP位点上,马身猪表现出两种基因型（BB、Bb）,等位基因B的频率为0.9667;（4）在HinfⅠ*-RFLP和Hae Ⅲ-RFLP位点上,所有猪群均处于Hardy –Weinberg 平衡状态。     

山西马身猪及其杂交后代H-FABP基因的PCR-RFLP检测

运用PCR-RFLP法检测马身猪及其杂交后代H-FABP基因多态性。结果表明,马身猪在Hinf Ⅰ-RFLP位点上有HH和Hh两种基因型,在HaeⅢ-RFLP位点上只有DD基因型,在HinfⅠ*-RFLP位点上有BB和Bb两种基因型,等位基因以h、D、B占优势,其频率分别为0．958、1．000和0．968。其杂交后代在HaeⅢ-RFLP位点上只检测到两种基因型DD和Dd。     

不同猪种E.coli F18受体基因的多态性

采用PCR—RFLP技术检测了大约克、长白、杜洛克、宁乡、沙子岭和大围子6个品种共867头猪的E.coli F18受体(ECF18R)基因座的遗传变异。结果表明：Hin6 Ⅰ-RFLP位点上,大约克、长白、杜洛克3个外来猪种均存在多态,且以敏感型(GG型和AG型)居多,平均占94％,3个外来猪种的G等位基因频率平均为0．76,AA抗性型个体占少数,平均为6％,猪群中M307处G→A的突变频率并不高。宁乡、沙子岭和大围子3个本地猪种的所有检测样品都表现为GG型,在该位点上均不存在G→A的突变。各猪种ECF18受体基因座的PCR—RFLP基因型分布X^2检验结果表明,每个外来猪种ECF18受体基因座的PCR—RFLP基因型分布与3个本地猪种的相比均差异显著或极显著,3个本地猪种间的ECF18受体基因座的PCR—RFLP基因型分布完全一致。外来猪种间只有长白与杜洛克各基因型的分布差异显著,其余均不显著。     

HLA－DRB1基因位点多态性的PCR－RFLP分析

设计并建立一套适合国内应用的改良ＰＣＲ－ＲＦＬＲ方法,分５组特异性扩增ＤＮＡ样品,随后进行酶切定型分析,准确检测了编码ＤＲ抗原特异性的ＨＬＡ－ＤＲＢ１基因位点的多态性,该法采用分组扩增,不发生与其它ＤＲＢ位点等位基因的交叉扩增,不仅适合纯合子的区分而且可以清楚准确地检测杂合子样品,已报道过的ＤＲＢ１位点编码的特异性组合都可以通过这个方法得到准确分析。所使用的Ⅱ类限制性内切酶均价格便宜、易购。