黄牛、水牛体内人肉孢子虫18 rRNA基因研究及虫种鉴定

本文对自然感染的水牛源的人肉孢子虫以及黄牛源人肉孢子虫DNA的18S rRNA基因的PCR扩增产物进行了测序。对所获的863 bp的18S rRNA基因分析比较表明，二者有较高的同源性，因此认为二者可能同是一种肉孢子虫——人肉孢子虫(Sarcocystis hominis Railliet and Lucet，1891)。由此推断，不仅黄牛可作为人肉孢子虫的中间宿主，水牛也可作为人肉孢子虫的中间宿主。     

枯氏住肉孢子虫在黄牛与水牛之间的交叉感染研究

试验选用7日龄黑白花奶牛4头和4—5月龄水牛4头。用从犬获得的水牛源孢子囊人工感染2头奶牛和2头水牛,用黄牛源孢子囊人工感染1头水牛,2头奶牛和1头水牛不感染留作对照。在试验期间,1头感染奶牛和1头对照奶牛因急性肠炎死亡,2头感染水牛因急性住肉孢子虫病死亡,从感染奶牛和感染水牛的内脏器官查出裂殖体。1头感染奶牛、1头感染水牛和2头对照牛在第98—115天剖检,从感染水牛源孢子囊的1头奶牛和感染黄牛源孢子囊的1头水牛肌肉查出大量包囊,1头对照奶牛和1头对照水牛均未查出任何虫体。对奶牛和水牛肌肉包囊超薄切片的电镜观察显示,所有包囊的超微结构均与文献对枯氏住肉孢子虫的报道一致。这一试验性研究证明:水牛与黄牛同是枯氏住肉孢于虫的中间宿主。     

蜜蜂及熊蜂微孢子虫rRNA基因研究

核糖体RNA(rRNA)是一种理想的进化计时器,已广泛地应用于研究微生物的系统发育和进化关系。蜜蜂和熊蜂都被微孢子虫感染,关于蜜蜂和熊蜂微孢子虫rRNA基因研究主要有rRNA基因序列的测定分析、二级结构的研究和用rRNA基因检测诊断微孢子虫等。这些对蜜蜂和熊蜂微孢子虫系统发育的研究和微孢子虫的防治等具有重要的推动作用。     

蓖麻蚕18S rRNA基因3′末端的顺序特征

本文测定了蓖麻蚕18S rRNA基因(rDNA) 3′末端及其外侧的DNA顺序。将这一顺序与家蚕、果蝇、大鼠 18S rDNA 3′末端顺序以及大肠杆菌16 S rDNA 3′末端顺序作了比较,发现它们间有惊人的同源性。不仅如此,这些基因的3′末端所形成的茎环结构也十分相似,在3′末端还有保守的EcoRI切点。这些研究结果对了解18S rRNA 3′末端在蛋白质合成中的功能及在rRNA前体加工成熟中的作用;对于了解rRNA基因的进化打下了基础。     

基于18S rRNA基因部分序列探讨四种蛙类多盘科吸虫分类地位

分析了寄生于蛙类膀胱的4种多盘虫科Polystomatidae吸虫:石林双睾吸虫Diplorchis shilinensis、锯腿树蛙多盘吸虫Polystoma carvirostris和分别寄生于昭觉林蛙Rana chaochiaoensis、华西雨蛙Hyla a.annectans的2未定种的分类地位,并利用18S rRNA基因部分序列进行了系统发育重建.结果表明:4种多盘科吸虫为多盘虫属Polystoma和双睾虫属Diplorchis的4个分类单元,其中2未定种为多盘虫属未记录种;肠管、生殖系统、后吸器、大钩和生殖棘等为多盘虫属属内种定种的可靠性状.基于18S rRNA基因序列,4种多盘科吸虫呈现以下进化关系:1)寄生于昭觉林蛙和华西雨蛙的多盘虫属2未定种进入欧非混合进化支;2)锯腿树蛙多盘吸虫位于多盘虫属进化支的最基部;3)石林双睾吸虫进入澳洲进化支.     

基于18S rRNA基因序列的我国马梨形虫分类学地位分析

为从分子水平上阐明我国马梨形虫的种属分类特征。根据GenBank中登录的马梨形虫18SrRNA基因序列,在其高变区设计引物。PCR扩增获得大小分别为913bp、451bp的目的片段。将该片段克隆至pMD-18T载体后进行序列测定,并和GenBank上登录的其他地方株梨形虫18SrRNA基因序列进行同一性分析并构建系统发生树。分析显示,之前被称作马巴贝斯虫的虫种和泰勒虫虫种有着更密切的亲缘关系,在进化发育过程中处于同一种系,而与巴贝斯虫为明显的2个分支。我国驽巴贝斯虫肇源株与西班牙分离株(AY534883.1)仅有较小差异,其同源性高达91.8%。马泰勒虫肇源株与西班牙分离株(DQ287951.1,AY150064.2)同源性均高于91.4%。以上分析显示我国马梨形虫地方株和西班牙地方株亲缘关系最近,而与其他地方株差异相对较大。因此我国肇源株马梨形虫和西班牙地方株同属于Atbara8。     

基于18S rRNA基因序列的直翅目主要类群系统发育关系研究

基于78种直翅目昆虫的18S rRNA基因全序列构建了直翅目各主要类群间的系统发育关系。本研究的结果支持直翅目的单系性,但不支持蝗亚目和螽亚目各自的单系性;直翅目下除蜢总科和蝗总科外各总科的划分多数与Otte系统相一致;蜢总科的单系性得不到支持;蝗总科的剑角蝗科、斑腿蝗科、斑翅蝗科、网翅蝗科和槌角蝗科5科均不是单系群,各物种间的遗传距离差异不大,应合并为一科,即蝗科;本研究支持将Otte系统中蚱总科和螽蟖总科下各亚科级阶元提升为科级阶元;18S rRNA基因全序列可以作为划分科级阶元的工具,当位于同一分支上互成姐妹群的类群间的遗传距离超过1%时,这几个类群属于不同的科;但由于其在进化上的保守性,18S rRNA基因只能用于纲目等高级阶元间关系的研究,而由其获得的总科以下阶元间的关系并不可靠。     

用S1核酸酶作图法测定蓖麻蚕18S rRNA基因的5′端位置

测定基因5′端位置是研究基因转录调控的一个重要前提。本文将蓖麻蚕18S rRNA基因DNA的5′端用~(32)P标记,然后与18S rRNA杂交,再用S1核酸酶水解掉非杂交区的DNA和RNA。分析放射自显影的结果,测出18S rRNA基因5′端的位置。在18S rRNA基因的BglⅡ_2位点向EcoRⅠ,方向延伸约220bp处,从这一结果,可知道蓖麻蚕rRNA基因的转录方向是5′EcoRⅠ_2→BglⅡ_23′。     

16S rRNA基因检测在细菌学中的应用

16S rRNA普遍存在于原核单细胞生物体内,利用体外扩增16S rRAN基因,借助各种检测手段或序列分析,可用于各种细菌、螺旋体、支原体、衣原体和立克次体种系发生的分析和种属鉴定。在种系发生学研究中,16S rRNA基因几乎是“金标准”;在用于鉴定方面,某些情况下虽然尚需要其他方法的配合,但是就单一检测方法的准确性和检测效率来看,针对16S rRNA的细菌鉴定方法仍然是最好的方法之一。     

薄片牡蛎的核型及18S-28S核糖体rRNA基因的染色体定位

以薄片牡蛎(Dendostrea folium)成体鳃组织为材料制备有丝分裂中期染色体标本,对其染色体核型进行了分析,并运用荧光原位杂交技术(FISH)将18S-28S核糖体RNA基因定位于中期染色体上。FISH探针是通过PCR扩增介于18S-28S rRNA基因之间的ITS和5.8S rRNA基因序列,并在PCR扩增过程中掺入了Biotin-11-dUTP进行生物素标记。结果显示,薄片牡蛎的单倍染色体数目为n=10,全部为中部着丝粒染色体。与大多数已知巨蛎属牡蛎的染色体核型相似。ITS探针在薄片牡蛎中期分裂体相上产生两簇FISH信号,分别杂交于2号染色体短臂的近端粒区域。本研究首次报道了薄片牡蛎的中期染色体核型以及18S-28S核糖体RNA基因在染色体上的定位。     

苔藓动物18S rRNA基因的分子系统发生初探

本文对我国沿海较为常见的8种唇口目苔藓动物的18SrRNA基因进行了PCR扩增和序列测定。结合已知的其它苔藓动物（包括内肛动物和外肛动物）以及腕足动物和帚虫的相应序列,运用分子系统学方法,研究苔藓动物门的系统发生关系,结果表明,外肛动物和内肛动物构成苔藓动物分子系统树中的二大平行支;本文测定的大室膜孔苔虫与Giribet等测定的膜孔苔虫在系统树中的位置间隔较远。结果也支持外肛动物包含被唇纲和裸唇纲两大类群的形态划分,而关于裸唇纲特别是唇口目内部的系统发生关系。分子数据的分析结果和形态分类之间的分歧有待于进一步研究。     

Bacterial,archaeal and eukaryotic diversity in Arctic sediment as revealed by 16S rRNA and 18S rRNA gene clone libraries analysis

We studied the microbial diversity in the sediment from the Kongsfjorden, Svalbard, Arctic, in the summer of 2005 based on the analysis of 16S rRNA and 18S rRNA gene clone libraries. The sequences of the cloned 16S rRNA and 18S rRNA gene inserts were used to determine the species identity or closest relatives by comparison with sequences of known species. Compared to the other samples acquired in Arctic and Antarctic, which are different from that of ours, the microbial diversity in our sediment is much higher. The bacterial sequences were grouped into 11 major lineages of the domain Bacteria: Proteobacteria (include α-, β-, γ-, δ-, and ε-Proteobacteria); Bacteroidetes; Fusobacteria; Firmicutes; Chloroflexi; Chlamydiae; Acidobacteria; Actinobacteria; Planctomycetes; Verrucomicrobiae and Lentisphaerae. Crenarchaeota were dominant in the archaeal clones containing inserts. In addition, six groups from eukaryotes including Cercozoa, Fungi, Telonema, Stramenopiles, Alveolata, and Metazoa were identified. Remarkably, the novel group Lentisphaerae was reported in Arctic sediment at the first time. Our study suggested that Arctic sediment as a unique habitat may contain substantial microbial diversity and novel species will be discovered.     

基于18S rRNA基因序列分析唇口目苔藓动物主要类群的系统发生关系

对隶属于3亚目、5次目、20科、23属共25个种类的唇口目(裸唇纲)苔藓虫18S rRNA基因部分序列进行了序列测定.结合从GenBank中获得的该类群其它7个种类的18S rRNA基因同源序列,以序列分析软件对其序列组成和变异进行了比较分析;同时,以羽苔虫(被唇纲)和管孔苔虫(窄唇纲)为外类群,以邻接法和最大简约法重建了它们的系统发生树,分析了该目主要类群系统发生关系.序列分析结果显示:经比对后序列长度为884 bp,其中保守位点241个,可变位点643个,简约信息位点357个;A,T,C和G 4碱基平均含量分别为23.8%、22.8%、24.4%和28.9%.分子系统树表明:本研究所有有囊类构成1个单系群,其中檐胞次目的几种苔虫位于皮壳次目内部;无囊类形成1个多系群,其中的亚目级(新唇口亚目)和次目级分类阶元(枝室次目、假软壁次目和隐壁次目)也都为多系发生,这些结果与前人的分子系统学研究结果大体一致,而与传统的形态分类体系间存在明显的冲突.     

三线闭壳龟18SrRNA基因序列的测定

用分子遗传标记进行物种鉴别准确可靠,本文应用18SrRNA序列测定研究中药材三线闭壳龟的进化与种类鉴定.应用PCR直接测序技术测定三线闭壳龟肌肉18srRNA基因部分核苷酸序列.结果表明,所测序列为678bp,其中GC占多数(54.1%).讨论了DNA测序技术在龟鳖类等中药材鉴定方面的应用.     

从12S rRNA基因序列研究中国蛙科24种的进化关系

测定了中国蛙科动物24种和蟾蜍科的中华大蟾蜍线粒体12S rRNA基因长约400bp片段的序列。采用邻接法,对其数据的系统发生分析表明24种可分成3个支系：第一个支系包括棘腹蛙、合江棘蛙、棘胸蛙、大头蛙、虎纹蛙、倭蛙、泽陆蛙共７种,其中３种棘蛙组成一个单系;第二个支系由３种湍蛙,即戴云湍蛙、华南湍蛙和武夷湍蛙组成,应属于湍蛙亚科;第三支系包含余下的１４种蛙,其中５种林蛙和４种臭蛙分别组成一个单系;２种侧褶蛙先聚合后,再与弹琴水蛙聚合,２种粗上先聚合在一起,再与由林蛙组成的单系群聚合。第三支系首先与第二支系相聚,然后它们与第一支系形成姐妹群,即由蛙亚科的７个物种组成的第一支系,不与蛙亚科另１４个物种组成的第三支系直接聚合,表明第一支系的物种可能不属于蛙亚科。此外,分子证据提示把陆蛙属、大头蛙属、虎纹蛙属、棘棘属、臭蛙属、粗皮蛙属和侧褶蛙属从原来的蛙属分出有其合理性。、     

武昌鱼肝线粒体DNA限制性内切酶酶解图谱与12SrRNA基因的初步定位

武昌鱼肝线粒体(mt)DNA经六种限制性内切酶BamHI,BgⅢ,BgⅡ,EcoRI,HindⅡHpall单酶完全酶解分別得到2,2,3,3,3和7个片段。用琼脂糖凝胶电泳测得各个酶解片段的长度和分子量,经计算该mtDNA长约16.6kb,分子量10.2×10~6道尔顿(dalton)。用七对限制酶双酶全酶解,构建出五种限制性内切酶图谱。以酵母线粒体15SrRNA基因为探针对武昌鱼肝mtDNA中的12SrRNA基因进行初步定位。     

双壳纲贝类18S rRNA基因序列变异及系统发生

双壳纲贝类栖息于环境多变的海域,是一个形态学和生态学都具有多样性的类群,清晰而可靠的进化关系对于养殖与相关种类的管理具重要意义。然而,目前对双壳类宏观分子系统学研究的报道较少。研究用18S rRNA基因(18S)分析了双壳类3个亚纲贝类的系统发育关系。从GenBank下载帘蛤目、海螂目、贻贝目、胡桃蛤目、蚶目、珍珠贝目6个目94个种类的18S全/部分序列107个,通过ClustalX软件进行序列比对, 用MEGA4.1软件和PHyML软件计算遗传距离, 构建系统发育树, 研究了双壳类18S变异规律及其在系统发生研究中的应用。结果显示18S有插入/缺失序列, 存在长度多态性。序列比对显示有5段约30 70bp的保守区, 4段约130 550bp的高变区。碱基组成平均为T:24.4%, C:23.6%, A:24.5%, G:27.5%。G+C含量为51.1%。在1796个比对位点中, 变异位点占31.7%, 简约信息位点占24.0%。目内科间遗传距离为0.003 0.043, 目间遗传距离为0.026 0.093。NJ树和ML树显示贻贝目、珍珠贝目、胡桃蛤目、蚶目和海螂目的缝栖蛤科先分别聚为支持率很高(BPN=94 100)的单系支, 后聚为一大支(BPN=100)。蛤蜊科与帘蛤目的其他科分离形成一置信度很高的单系支(BPN=93)。帘蛤科种类聚为置信度较低(BPN=60)的一支。海螂目、帘蛤目的种类没能完全聚到所属支系, 彼此嵌套,缝栖蛤科的种类从海螂目中分离出来。18S资料揭示帘蛤目的蛤蜊科、海螂目的缝栖蛤科已经进化为独立的支系。     

基于12S rRNA基因的鹳形目系统发生关系

采用分子系统学的方法探讨鹳形目5个科之间的系统发生关系.文中测出鹳形目鸟类7种mtDNA 12SrRNA基因全序列,并结合来自Genbank的鹳形目另外7个物种及原鸡的同源区序列,经Clustal W软件对位排列后共1 009位点,包含405个变异位点,其中多态性位点381个,260个简约信息位点.基于上述序列数据,以原鸡为外群,使用距离邻接法、最大简约法、最大似然法及贝叶斯法分别重建了鹳形目5科14种的系统发生树.重建的系统发生树显示,内群中的14个种聚合为4支:鹮科构成第一支,聚在系统树的基部;锤头鹳科与鲸头鹳科聚为一支;鹭科和鹳科各自聚成一支.在比较不同建树方法的结果并进行合意树分析后认为:在鹳形目的系统发生中,鹮科可能是最早分化出的一支;锤头鹳科与鲸头鹳科之间的亲缘关系最近,它们祖先与鹭科、鹳科之间的分歧在时间上可能非常接近.鹳形目5个科之间的系统关系可以表示为:(鹮科,(鹭科,鹳科,(锤头鹳科,鲸头鹳科))).