中国分离巴泰病毒基因组全编码区序列测定和分析

采用RT-PCR和TAIL-PCR方法,首次对我国分离的巴泰病毒(YN92-4株)基因组的全编码区进行序列测定和分析。结果显示,YN92-4株病毒基因组由S、M、L三个片段组成,长度分别为947、4 371、6 860个核苷酸。其中,S片段基因编码由234个氨基酸残基组成的核衣壳蛋白和由102个氨基酸残基组成的非结构蛋白,M片段基因编码由1 435个氨基酸残基组成的前体蛋白,L片段基因编码由2 239个氨基酸残基组成的RNA聚合酶。与国外其它地区的巴泰病毒分离株进行基因组全编码区序列比较后发现,YN92-4株与日本牛血清分离株(ON-7/B/01株)在S、M片段核苷酸(氨基酸)的同源性最高,分别为97.7%(100%)和95.7%(98%);由于本研究首次开展对巴泰病毒L基因片段核苷酸序列的研究,因此国际基因库尚无可参考的序列信息,本研究比较了我国分离的巴泰病毒与同一血清组的代表病毒Bunyamwera病毒L片段的核苷酸和氨基酸序列同源性,分别为73.5%和81.6%。系统进化分析显示,YN92-4株基因组与其它巴泰病毒分离株在各自分支下形成独立分支。本研究提示我国分离的巴泰病毒YN92-4株未发生基因重配(...     

汉滩病毒M和S基因不同拼接方式嵌合基因免疫效果的研究

本文在前期工作的基础上,构建了汉滩病毒76-118株M基因G2片段与S基因5'端0.7Kb片段的嵌合基因真核表达载体pcDNA3.1-G2S0.7及pcDNA3.1-S0.7G2;用该质粒免疫BALB/c小鼠,结果表明两种质粒免疫小鼠可同时诱导产生抗汉滩病毒核蛋白(NP)及糖蛋白(GP)特异性的抗体,且前者刺激产生的抗体效价明显高于后者.淋巴细胞增殖实验表明,pcDNA3.1-G2S0.7组免疫小鼠脾细胞时NP及GP的增殖指数均明显高于空载体对照组,而pcDNA3.1-S0.7G2组未检测到其淋巴细胞有明显的增殖.这说明汉滩病毒M基因G2片段及S基因0.7Kb片段的嵌合基因既可刺激机体产生特异的抗汉滩病毒体液免疫应答,也可刺激机体产生特异的细胞免疫应答.不同拼接方式对嵌合基因免疫效果有很大影响,嵌合基因G2S0.7这种拼接方式明显优于S0.7G2.     

汉坦病毒结构蛋白表位研究进展

汉坦病毒主要引起人类的两种疾病:肾综合征出血热和汉坦病毒肺综合征,汉坦病毒基因组由L、M、和S三个片段组成,分别编码病毒的RNA聚合酶、囊膜糖蛋白G1、G2和核衣壳蛋白NP。本文综述了核衣壳蛋白、囊膜蛋白G1和G2的B细胞表位和CTL表位的研究进展。     

流行性出血热病毒R22株cDNA克隆及其特异性鉴定

用家鼠型流行性出血热病毒R22株RNA,经polyA接尾,以Oligo-dT做引物,合成cDNA。用pUC18为载体转染E.coli Mc1061,建立cDNA克隆。再经菌落杂交,选择病毒特异性的5个阳性克隆制成缺口翻译探针,与病毒RNA3个片段进行反杂交,确定RNA片段的特异性。结果表明,3个克隆为中(M)片段的cDNA,另两个分别为大(L)和小(S)片段cDNA。核苷酸序列分析证明,克隆的DNA中含病毒特异的核苷酸序列。     

汉坦病毒汉滩型特殊新亚型的发现

应用RT－PCR扩增了皖南山区分离株AH09的M和S片段全基因,克隆于T载体,纯化后测定序列。结果AH09株M片段的全基因序列共3625个核苷酸,编码1135个氨基酸;S片段的全基因序列共1724个核苷酸,编码430个氨基酸。M和S片段全基因核苷酸和氨基酸与汉坦病毒各型株的代表株和HTN型毒株的同源性比较表明,AH09株分枝与HTN型接近,与其它各型病毒则相距较远,故确定为HTN型毒株,但AH09株与HTN型毒株的M和S片段全基因序列有差异,其差异分别高达23．6％和20．4％,经种系发生分析,AH09株是迄今为止所发现的HTN型病毒中差异最大的新基因亚型病毒株,AH09株病毒M片段的氨基酸与HTN型相差13．5％至14．8％,而S片段仅相差7％－8．1％,说明AH09毒株的变异主要发生在M片段。而ORF和3‘端的NCR区核苷酸序列分析比较说明,病毒的变异更主要集中在该片段的3‘端的NCR区。     

我国痘苗病毒疫苗株(天坛)25kb核苷酸序列及其与非疫苗株(WR)差异的比较

本文就我国痘苗病毒疫苗株(天坛株TT)基因组的Hind Ⅲ-L、J、I、N、M片段及部分K、F、A片段,共24765bp的核苷酸序列,采用Sanger的双脱氧末端链终止法进行了测定。其中L片段全长4123bp,J片段全长5010bp,I片段全长6498bp,M片段全长2221bP,N片段全长1567bp。总体上AT较为丰富(65.6％),其中A、T、C、G各占32.9％,32.7％,17.4％,17.0％。 TT诛的核苷酸序列与已发表的非疫苗株(WR株)基因组中相同区段的核苷酸序列进行了对比。结果表明,在所分析的序列中,两株病毒在核苷酸水平上有0.42％的差异;其中2/3为同-Py(T或C)或Pu(A或G)间的转换,而且位于病毒基因组中央区域的核苷酸序列的变异小于侧翼区,核苷酸的变异基本上没有造成开放读码框架(ORF)数量和编码容量的改变。     

汉滩病毒M和S基因不同拼接方式嵌合基因免疫效果的研究

本文在前期工作的基础上,构建了汉滩病毒76－118株M基因G2片段与S基因5'端0.7Kb片段的嵌合基因真核表达载体pcDNA3.1-G2S0.7及pcDNA3.1-S0．7G2;用该质粒免疫BALB/c小鼠,结果表明两种质粒免疫小鼠可同时诱导产生抗滩滩病核蛋白（NP)及糖蛋白（GP）特异性的抗体,且前者刺激产生的抗体效价明显高于后者。淋巴细胞增殖实验表明,pcDNA3.1-G2S0.7组免疫小鼠脾细胞时NP及GP的增殖指数均明显高于空载体对照组,而pcDNA3.1-S0．7G2组未检测到其淋巴细胞有明显的增殖。这说明汉滩病毒M基因G2片段及S基因0.7Kb片段的嵌合基因既可刺激机体产生特异的抗汉滩病毒体液免疫应答,也可刺激机体产生特异的细胞免疫应答。不同拼接方式对嵌合基因免疫效果有很大影响,嵌合基因G2S0．7这种拼接方式明显优于S0．7G2。     

肾综合征出血热疫苗候选毒株A16株的分子特性

为研究肾综合征出血热疫苗候选毒株A16株的分子基础,应用RT－PCR方法扩增并测定了A16株的M和S片段的序列,结果A16株M片段的全基因序列共3615个核苷酸,编码1133个氨基酸。S片段的全基因序列共1770个核苷酸,编码429个氨基酸。A16株M片段核苷酸全基因序列及其的氨基酸与HTN型毒株同源率为75.5%-90.3%和85.9%-97.1%,即A16与HTN同型毒株间的差异高达9.7%-24.3%和2.9%-14.1%,而与SEO型的同源率比较,核苷酸和氨基酸分别仅为70.2%-70.8%和73.4%-76.7%.S片段的序列同源率与M片段的结果相类似,即核苷酸和氨基酸的同源率与HTN型毒株分别为76.0%－905和92.1%-97.7%,与SEO型为67.0%-67.7%和81.7%-82.6%。结果显示,A16株虽然属于HTN型,但该毒株为HTN型病毒的新亚型病毒株。     

应用逆转录酶链反应对我国流行性出血热病毒分型

针对我国流行性出血热病毒的S片段核蛋白 (NP)编码基因保守核苷酸序列 ,合成了一对引物 ,扩增出编码核蛋白的 5 90bp碱基。扩增的II型产物存在限制性内切酶PstI的酶切位点 ,而I型产物不存在。因此 ,用酶切扩增产物的方法达到病毒分型的目的。试验提取 8份鼠脑传代毒种 ,1份细胞培养物和 2 5份病人血清中的出血热病毒RNA ,同时做 6份正常人血清对照 ,经逆转录PCR酶切分型。试验结果同间接免疫荧光技术 (IFA)分型结果相一致 ,可特异地对我国流行性出血热病毒进行分型。     

一株牛源阿卡斑病毒的分离鉴定

阿卡斑病毒(Akabane virus,AKV)是能引起牛、绵羊、山羊流产、早产、新生胎儿畸形的虫媒性RNA病毒。为了解家畜虫媒病毒在我国西南边境地区的分布和流行情况,本研究对中缅边境西盟县的52份牛抗凝血和140份血清(牛70份、羊70份)中的蓝舌病病毒(Bluetongue virus,BTV)、鹿流行性出血热病毒(Epizootic hemorrhagic disease virus,EHDV)、AKV等虫媒病毒进行检测与分离,通过ELISA及qRT-PCR方法检测病毒,通过核酸阳性抗凝血接种BHK细胞传代以分离病毒,通过设计特异性引物,扩增分离毒株S基因721bp片段及M基因816bp片段,通过克隆测序及中和试验以鉴定病毒,最终从38号牛的抗凝血中分离到一株AKV,TCID50为10-3.5/0.1mL,经比对,分离株S片段与日本KS-2/Mo/06毒株亲缘关系最近,核苷酸同源性为97.66%,M片段与中国DHL10M110毒株亲缘关系最近,核苷酸同源性为96.56%。本研究首次报告了从云南边境地区牛群中分离到AKV,证实了西南边境存在AKV的流行,为AKV在我国的流行病学和边境地区疫病风险防控提供了重要参考及有力依据。     

发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒微复制子的建立

发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒(SFTSV)是我国新发现的一种布尼亚病毒,可引起人类严重发热伴血小板减少综合征。我们利用RNA聚合酶Ⅰ体系,分别构建SFTSV三个片段L、M、S微复制子,研究其非编码区调控功能。将报告基因绿色荧光蛋白(GFP)或荧光素酶(Luciferase)分别插入SFTSV三个片段5′和3′非编码区之间,所形成的嵌合cDNA反向插入含RNA聚合酶I的表达载体pHH21中,获得SFTSV微复制子重组质粒L-GFP-pHH21、M-GFP-pHH21、S-GFP-pHH21、L-Luc-pHH21、M-Luc-pHH21和S-Luc-pHH21,分别与成功表达SFTSV聚合酶蛋白(L蛋白)和结构蛋白(N蛋白)的质粒VR1012-L和VR-1012-NP共同转染293T细胞,24～48h后观察GFP表达情况或检测萤光素酶表达量。L、M、S片段GFP微复制子均可观察到特异性绿色荧光。荧光素酶定量结果显示其在不同节段非编码区中的表达量不同,提示SFTSV三个节段的非编码区启动微复制子转录和复制的强度不同。     

汉滩病毒84Fli株DNA疫苗诱导小鼠免疫应答的初步研究

为了加强我国病毒性出血热的防治,本研究将汉滩病毒84Fli株核蛋白S和糖蛋白M编码片段分别克隆至pcDNA3.0载体,构建了pcDNA3/84S和pcDNA3/84M重组质粒,等量混合采用肌肉注射途径免疫C57BL/6小鼠,免疫3次,每次间隔2周,同时与双价出血热病毒灭活疫苗进行对比。ELISA及免疫荧光(IFA)分别检测小鼠血清中汉滩病毒核蛋白及糖蛋白特异性抗体,流式细胞仪和ELISPOT方法分析小鼠免疫后的细胞免疫水平。微量中和试验检测小鼠血清抗体的的中和活性。结果显示,DNA疫苗免疫组C57BL/6小鼠在初次免疫2周后即能检测到汉滩病毒核蛋白与糖蛋白的特异性抗体,与灭活疫苗组相比,重组质粒诱导的抗体滴度高,产生时间早,产生的抗体具有中和活性;同时可诱导产生特异性细胞免疫应答。研究表明,汉滩病毒pcDNA3/84S和pcDNA3/84M重组质粒能有效刺激小鼠产生特异性体液免疫和细胞免疫应答。     

蓝舌病毒血清5型毒株S7基因编码区的分子克隆与序列分析

目的:对蓝舌病毒(BTV)血清5型毒株(BTV-5)的S7基因编码区(ORF)进行克隆和序列分析。方法:用TRIzol LS试剂提取病毒总RNA,经反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增BTV-5型毒株S7基因的编码区,将扩增片段克隆到pGEM-T Easy载体上,对阳性克隆进行核苷酸序列测定;采用DNAStar和DNASIS v2.5软件对环状病毒属不同种群的S7基因ORF序列及其推导的氨基酸序列进行同源性及系统进化树分析。结果:克隆的基因片段长1050bp,为S7基因开放性读码框的全长序列,编码349个氨基酸残基;与环状病毒属不同血清型毒株比较,核酸序列同源性范围为42.2%～96.6%,推导的氨基酸序列同源性范围为40.4%～99.7%。结论:蓝舌病毒与非洲马瘟病毒、鹿流行性出血热病毒分属于不同种群,群内不同血清型的S7基因ORF序列及其推导的氨基酸序列显示出很高的同源性,而不同种群之间的同源性很低。     

水稻黑条矮缩病毒第七号片段的cDNA克隆及其在大肠杆菌中的表达

运用RT-PCR技术,根据玉米粗缩病毒S6的末端序列设计引物,从玉米粗缩病感病材料中克隆得到一条2.2kb长的cDNA片段,序列分析表明,该片段全长2193bp,含两个开放阅读框,分别编码41.0kD和36.3kD的多肽。序列分析结果表明,该cDNA片段及其编码产物与水稻黑条矮缩病毒S7的cDNA序列及编码产物存在最高的相似性,推测该cDNA片段为水稻黑条矮缩病毒的S7片段,而不是玉米粗缩病毒的S6。分别将该片段的两个阅读框克隆到原核表达载体pET21d及pGEXKG中,经IPTG诱导后,两种蛋白均得到了高效的表达。表达产物回收后制备并得到了高效价的抗血清。     

肾综合征出血热疫苗候选毒株A16株的分子特性

为研究肾综合征出血热疫苗候选毒株A16株的分子基础,应用RT-PCR方法扩增并测定了A16株的M和S片段的序列,结果A16株M片段的全基因序列共3 615个核苷酸,编码1 133个氨基酸.S片段的全基因序列共1770个核苷酸,编码429个氨基酸.A16株M片段核苷酸全基因序列及其推导的氨基酸与HTN型毒株同源率为75.5%～90.3%和85.9%～97.1%,即A16与HTN同型毒株间的差异高达9.7%～24.3%和2.9%～14.1%,而与SEO型的同源率比较,核苷酸和氨基酸分别仅为70.2%～70.8%和73.4%～76.7%.S片段的序列同源率与M片段的结果相类似,即核苷酸和氨基酸的同源率与HTN型毒株分别为76.0%～90%和92.1%～97.7%,与SEO型为67.0%～67.7%和81.7%～82.6%.结果显示,A16株虽然属于HTN型,但该毒株为HTN型病毒的新亚型病毒株.     

汉滩病毒膜蛋白重组腺病毒的构建表达及免疫效果研究

探讨利用腺病毒载体作为汉滩病毒基因工程疫苗载体的可行性。通过PCR扩增,得到完整的汉滩病毒76-118株M片段编码区,将该片段克隆入质粒pAdTrackCMV的CMV启动子下游,得到阳性克隆pAdTrackCMV—M。Pmel线性化的阳性克隆与腺病毒骨架载体pAdEasy—1共转化大肠杆菌BJ5183,经同源重组后得到重组病毒pAdEasy—M。pAdEasy—M经PacI线性化后,脂质体介导转染293细胞,经Western—blot检测表明,G1、G2基因在293细胞中得到表达。重组病毒免疫BALB／c小鼠,产生了具有一定中和活性的抗体。该研究为进一步研制以腺病毒为活载体的工程疫苗奠定了基础。     

汉坦病毒K24株M和S片段基因的结构特征

为研究汉坦病毒K24株M和S片段基因的结构特征,从病毒感染细胞提取细胞总RNA,经35个循环的一次性PCR得到了与理论值相符合产物,将RT－PCR产物直接克隆T载体,要K24毒株M片段的全基因序列共3653个核苷酸,四种核苷酸的酶切和PCR鉴定正确的克隆通过柱纯化后进行序列测定,结果比较分别为A30.44%,T30.14%,G20.72%,C18.70%,GC含量为39.42%,AT含量为60.58%,编码1133个氨基酸。S片段的全基因序列共1772个核苷酸,四种核苷酸的比例分别为A31.30%,G26.05%,T22.79%,C19.77%,GC含量为45.81%,AT含量为54.19%,共编码429个氨基酸。K24株M片段核苷酸全基因和 在酸与HTN型毒株同源率分别为70.7%－71.2%和75.9%-76.9%,与SEO型为95.2%-99.2%和95.9%-99.4%。S片段与HTN76－118和SEO SR－11病毒的比较,核苷酸同源率分别为74.0%和95.6%,氨基酸同源率为83.3%和97.9%,与M片段的结果相类似。M片段氨基酸与SEO型10个毒株存在4个氨基酸替代。应用DNASTAR软件的系统发生分析方法分别绘出了基于M片段核苷酸及氨基酸的系统发生树。     

汉坦病毒K24株M和S片段基因的结构特征

为研究汉坦病毒K24株M和S片段基因的结构特征,从病毒感染细胞提取细胞总RNA,经35个循环的一次性PCR得到了与理论值相符合产物,将RT-PCR产物直接克隆T载体,经K24毒株M片段的全基因序列共3 653个核苷酸,四种核苷酸的酶切和PCR鉴定正确的克隆通过柱纯化后进行序列测定,结果比例分别为A 30.44%,T30.14%,G20.72%,C 18.70%,GC含量为39.42%,AT含量为60.58%,编码1 133个氨基酸.S片段的全基因序列共1 772个核苷酸,四种核苷酸的比例分别为A31.30%,G26.05%,T22.79%,C19.77%,GC含量为45.81%,AT含量为54.19%,共编码429个氨基酸.K24株M片段核苷酸全基因和氨基酸与HTN型毒株同源率分别为70.7%～71.2%和75.9%～76.9%,与SEO型为95.2%～99.2%和95.9%～99.4%.S片段与HTN 76～118和SEO SR-11病毒的比较,核苷酸同源率分别为74.0%和95.6%,氨基酸同源率为83.3%和97.9%,与M片段的结果相类似.M片段氨基酸与SEO型10个毒株存在4个氨基酸替代.应用DNASTAR软件的系统发生分析方法分别绘出了基于M片段核苷酸及推导氨基酸的系统发生树.     

阿卡斑病毒云南分离株全基因组序列特征研究

为阐明分离自云南省的蚊媒阿卡斑病毒(Akabane virus,AKV)DHL10M110株(简称云南株)的分子生物学特征,采用RT-PCR和核苷酸序列测定方法,对云南株进行全基因组序列测定和分析。结果获得了云南株全基因组核苷酸序列,该病毒株的L、M和S基因核苷酸序列全长分别为6 869bp、4 309bp和856bp,其中开放读码框(Open reading frame,ORF)核苷酸序列依次为6 756bp、4 206bp和702bp,并分别编码2252、1402和234个氨基酸。这三个基因片段ORF的系统进化分析表明,云南株L基因与AKV标准株OBE-1(日本)和AKVS-7/SKR/2010株(韩国)处于同一进化分支;在M和S基因进化树中,云南株与日本、韩国和台湾地区的AKV流行株亲缘关系较近,但云南株单独处于一个小的进化分支。同源性分析表明,云南株L、M和S片段ORF与OBE-1株的核苷酸(氨基酸)同源性分别为92.6%(98%)、88.5%(94%)和96.4%(99.1%)。云南株与OBE-1株的L、M和S片段分别有45、84和2个氨基酸位点的差异。此外,无论L、M和S基因核苷酸序列的同源性或系统进化分析均表明,云南株与肯尼亚和澳大利亚AKV分离株进化关系较远,同源性较低。本研究进一步通过病毒全基因组序列分析证实DHL10M110病毒株为AKV,属亚洲进化群,但与日本和韩国株相比仍有一定差异,云南株地域特征明显。这是首次在中国大陆地区测定到该病毒的全基因组序列。