一种测定癌基因c-Ha-ras点突变的简易方法——PCR-RFLP法

利用多聚酶DNA链延伸反应与限制性内切酶酶解片段长度多态性分析相结合,可简单、迅速、准确地对胃癌组织及细胞株DNA中癌基因c-Ha-ras第12位密码子是否存在点突变进行测定。这个方法是使用非同位素方法对单拷贝基因点突变进行检测的首次报道。     

错配碱基PCR-RFLP检测K-ras癌基因点突变

错配碱基套式PCR-RFLP检测K-ras癌基因第12位密码子点突变,并与一步法PCR-RFLP作比较.结果显示套式PCR-RFLP可检测出500细胞中的一个突变细胞,比一步法PCR-RFLP分析的敏感性提高了100倍.利用该方法检测纤维支气管镜收集的标本中的突变细胞,结果发现9例肺腺癌中有5例发生了K-ras癌基因第12位密码子点突变.提示该方法可行,值得推广应用.     

电化学发光PCR方法检测结肠癌中K-ras癌基因点突变

发展了一种可用于快速检测K-ras癌基因点突变的电化学发光PCR(ECL-PCR)分析方法,该法采用三联吡啶钌标记的上游引物和生物素标记的下游引物对目的片段进行PCR扩增;随后,采用限制性内切酶MvaI对扩增产物进行酶切,由于突变导致酶切位点的丢失,所以只有野生型样品能被切断;通过生物素与链霉亲和素包被的磁珠连接,将生物素标记的DNA片段收集到反应池中进行电化学发光检测。采用该法对20例结肠癌组织中的K-ras癌基因第12位密码子进行点突变分析,得出其中有9例存在点突变,点突变率为45%。该方法操作简便、安全、快速、灵敏,可用于快速检测K-ras癌基因点突变。     

应用寡聚核苷酸检测c-Ha-ras癌基因点突变

人工合成的寡聚核苷酸探针能够准确地检测出克隆的c-Ha-ras癌基因第12位密码子是否发生点突变。将多聚酶DNA链延伸反应(PCR)与寡聚核苷酸探针结合起来测定组织或细胞株中的单拷贝基因c-Ha-ras第12位密码子的点突变,获得满意的结果。此方法的建立,有助于肿瘤的早期诊断、分型等方面的研究。     

西藏小型猪SLA-DQA基因外显子2的PCR-RFLP多态性分析

目的分析西藏小型猪SLA-DQA基因第2外显子不同酶切位点的基因型多态性以及等位基因的多态性,检验这些酶切位点上的基因频率是否达到Hardy-Weiberg平衡态。方法采用EcoRⅠ和AluⅠ两种限制性内切酶对西藏小型猪SLA-DQA目的基因的第1和第2内含子部分序列以及完整的外显子2进行PCR-RFLP分析。结果经EcoRⅠ酶切后,以纯合子BB基因型居多,BB、AB、AA基因型频率分布为45.000%、31.667%和23.333%,其中B为优势等位基因（60.833%）;经AluⅠ酶切后,MN基因型频率（50.000%）分别高于MM型（30.000%）和NN型（20.000%）,     

RT-PCR和酶切方法区分猪瘟疫苗毒与野毒的研究*

建立了套式RT-PCR与限制性内切酶酶切相结合的区别猪瘟兔化弱毒疫苗株与猪瘟病毒田间分离株的诊断方法。通过对猪瘟兔化弱毒疫苗株与猪瘟石门株E2基因主要抗原编码区序列进行限制性内切酶酶切位点分析,分别找出猪瘟兔化弱毒疫苗株与猪瘟石门株各自独有的限制性内切酶酶切位点,结果二者分别有10和16个独有的限制性内切酶的酶切位点;分别对17株猪瘟病毒E2基因主要抗原编码区序列进行这26个限制性内切酶酶切位点分析,结果表明有3个限制性内切酶(HgaI、Hin8I及Hsp92I)     

链霉素耐药结核分支杆菌rpsL基因分析

结核分支杆菌（Mycobacterium tuberculosis.TB)的rpsL基因突变往往与链霉素（Streptomycin.SM)耐药变异有关。选择了77例TB临床分离株,应用BACTEC460快速培养系统进行常规药敏实验,同时针对rpsL基因进行聚合酶链反应（PCR）,对PCR产物进行单链构型多态性（SSCP）分析,MboⅡ酶切后的限制性片段长度分析（RFLP）和序列测定分析。常规药敏实验显示：有20株为SM敏感,57株为耐药。SSCP显示：34株的rpsL基因为野生型,43株为突变型。与常规药敏相比SSCP的特异性与阳性预期值分别为95％和98％。RFLP显示：81.4%的突变类型使其失去MboⅡ酶切位点。序列测定显示：失去MboⅡ酶切位点的突变为rpsL基因43位密码子存有单碱基突变（AAG→AGG）。实验结果表明,TB对SM耐药变异与rpsL基因突变相关,其中第43位密码子的突变是最常见的原因。     

RT-PCR和酶切方法区分猪瘟疫苗毒与野毒的研究

建立了套式RT-PCR与限制性内切酶酶切相结合的区别猪瘟兔化弱毒疫苗株与猪瘟病毒田间分离株的诊断方法。通过对猪瘟兔化弱毒疫苗株与猪瘟石门株E2基因主要抗原编码区序列进行限制性内切酶酶切位点分析,分别找出猪瘟兔化弱毒疫苗株与猪瘟石门株各自独有的限制性内切酶酶切位点,结果二者分别有10和16个独有的限制性内切酶的酶切位点;分别对17株猪瘟病毒E2基因主要抗原编码区序列进行这26个限制性内切酶酶切位点分析,结果表明有3个限制性内切酶（HgaI、Hin8I及Hsp92I）的酶切位点在HCLV株序列是独有的;利用HgaI限制性内切酶分别对HCLV、HCVSM及5株不同基因群的猪瘟病毒田间分离株进行酶切鉴定,结果只有HCLV株能够被HgaI酶切成2个片段,而其它的毒株则不能被切开。同时测定了套式RT-PCR方法的敏感性及特异性,结果其敏感性可达到0．2MLD,而对BDV以及BVDV均不能特异扩增。本方法的建立无疑对猪瘟在我国的控制和消灭具有重要的意义。     

K-ras基因突变及表达与胰腺癌的关系

目的:探讨K-ras基因突变及蛋白表达对胰腺癌的诊断价值。方法:采用突变等位基因特异性扩增(PCR-MASA)检测31例胰腺癌和22例非胰腺癌石蜡包埋组织中K-ras基因12密码子点突变情况,并通过免疫组化法检测其K-ras蛋白的表达。结果:胰腺癌患者K-ras基因12密码子点突变率为80.6%(25/31),K-ras蛋白表达阳性率为87.1%(27/31);而非胰腺癌患者K-ras基因12密码子点突变率为27.3%(6/22),K-ras蛋白表达阳性率31.8%(7/22)。胰腺癌患者K-ras基因突变率及K-ras蛋白表达阳性率均明显高于非胰腺癌患者(P均0.05)。K-ras基因突变与其蛋白表达呈正相关(r=0.542,P0.05),而与胰腺癌患者的性别、年龄、肿瘤部位、肿瘤大小、临床分期及分化程度等临床病理特征均无显著相关性(P均0.05)。结论:胰腺癌K-ras基因突变的发生率升高,且K-ras蛋白表达异常上调,二者可能有助于胰腺癌的诊断。     

γ射线诱发大鼠胚胎细胞转化与N－ras的激活

以γ射线诱发转化的大鼠胚胎细胞(REC:myc:γ33)的DNA构建粘粒基因库,用总基因库DNA转染NIH/3T3细胞,产生转化灶的DNA作二轮转染,二轮转化的NIH/3T3细胞内有大鼠REC:myc:γ33DNA中具转化活性的N-ras基因,用不对称PCR和DNA序列分析法证明,REC:myc:γ33细胞中鼠N-ras的活化是由于第61位密码子的A→G点突变.NIH/3T3转化灶中鼠N-ras也有同样点突变,但NIH/3T3细胞的内源性N-ras基因则无此突变.     

胃癌和癌旁组织癌基因c-Ha-ras第12位密码点突变测定的研究

 <正> 胃癌是我国发病率、死亡率最高的肿瘤之一,癌基因c-Ha-ras第12位密码子的点突变(鸟嘌呤突变为胸腺嘧啶)是其激活的重要方式之一,这一突变使c-Ha-ras的产物p21蛋白第12位氨基酸从正常的甘氨酸变为胃癌中的缬氨酸~[1-4]。点突变的测定可成为临床医生判断术后患者预后的有用指标,为拟定更有效的治疗方案提供帮助。据有关资料统计,点突变阳性及阴性患者的术后生存期分别为11.3±4.5个月和>29±8.1个月,两组间有显著差异     

TNF-α基因多态性及其与奶牛乳房炎的相关性分析

以417头中国荷斯坦奶牛为研究对象,根据体细胞评分(Somatic cell score,SCS)的大小将该奶牛群体划分为感染牛群(100头)和健康牛群(317头)。通过PCR-RFLP和CRS-RFLP方法检测了肿瘤坏死因子α(Tumor necrosis factor-alpha,TNF-α)基因在荷斯坦奶牛群体中的多态性,并分析这些多态位点和奶牛乳房炎的相关性。研究发现了3个单核苷酸多态位点(Single-nucleotide polymorphism,SNP):第2外显子39bp处G→A的突变;第4外显子293bp处C→T的突变;5′侧翼区(5′-flanking region,5′UTR)C→G的突变。这3个突变位点分别是DraⅠ、AfaⅠ和DdeⅠ限制性内切酶的酶切多态位点,其中DraⅠ为创造酶切位点。经过基因型分析与χ2检验表明:3个酶切多态位点在荷斯坦奶牛群中均未达到Hardy-Weinberg平衡状态。运用SPSS13.0软件,采用最小二乘拟合线性模型分析3个酶切多态位点与SCS的关系,结果表明:AA基因型个体在DraⅠ酶切位点中的SCS显著大于BB及AB基因型个体(P0.05),BB基因型表现出乳房炎抗性。AfaⅠ酶切位点中BB基因型个体的SCS显著大于AA及AB基因型个体(P0.05),AA基因型表现出乳房炎抗性。DdeⅠ酶切位点中,AB基因型个体的SCS显著低于AA基因型个体(P0.05),AB基因型为优良基因型。因此BB、AA、AB基因型分别为DraⅠ、AfaⅠ、DdeⅠ酶切位点中的优良基因型,可作为分子标记应用于奶牛乳房炎抗性筛选。     

民猪的SLA-DRB基因的PCR-RFLP多态性分析

采用克隆测序和PCR-RFLP相结合的方法,对民猪的SLA-DRB基因的整个编码区进行了扫描和多态性分析.结果表明该基因的第2外显子是整个基因的高变区,突变率达到5.6%,其中80%为有效突变,但没有发现新的等位基因;PCR-RFLP结果表明外显子1用内切酶Alu Ⅰ酶切可获得3种基因型;外显子2用内切酶Taq Ⅰ酶切可获得3种基因型;外显子3用内切酶Bcn Ⅰ酶切可获得3种基因型;外显子4用内切酶Mbo Ⅰ酶切可获得2种基因型;外显子5用内切酶Hin1 Ⅰ酶切可获得3种基因型.Hardy-Weinberg平衡分析表明民猪在Alu Ⅰ和Hin1 Ⅰ处于平衡状态(P＞0.05),在Taq Ⅰ、Bcn Ⅰ和Mbo Ⅰ处于不平衡状态.     

PCR-RFLP和PCR-SSCP方法对弱精子症精子mtATPase6基因突变的检测

为了检测弱精子症精子mtATPase6基因突变,采用PCR方法扩增了17例弱精子症mtDNA8602～9416区域815bp目的片段,用MspI和HaeⅢ限制性内切酶酶切,分别用琼脂糖凝胶电泳、聚丙烯酰胺凝胶电泳和单链构像多态性(SSCP)筛查突变。筛选出3例突变标本,经测序确认突变位点和突变性质。结果显示17例标本全部扩增出mtDNA8602～9416的815bp目的片段,PCR产物经MspI限制性内切酶酶切后电泳结果与剑桥序列预期酶切图谱相一致。PCR产物经HaeⅢ酶切,聚丙烯酰胺凝胶电泳图谱上出现泳动带的异常,在17例弱精子症中共筛选出2例酶切片段异常标本。PCR-HaeⅢ酶切产物的SSCP电泳图谱分析结果显示,在PCR-RFLP(HaeⅢ)电泳图谱正常的15例弱精子症标本中筛选出1例异常。两种方法在弱精子症精子标本中筛选出mtATPase6基因突变3例(3/17,17.7%)。3例测序结果发现A8701G、C8943T、C8964T、T8966C、G9053A、C9060A、C9075T、A9120G、C9296T共9个点突变,其中A8701G、T8966C、G9053A三个突变为错义突变,其余均为同义突变。上述结果提示,弱精子症精子mtATPase6基因存在较高突变率;PCR-RFLP和PCR-SSCP能简单、快速、灵敏地筛选mtATPase6基因突变。     

利用PCR对PVX外壳蛋白基因进行同义密码子修饰

利用聚合酶链式反应 (PolymeraseChainReaction ,PCR)与限制性内切酶相结合的方法 ,设计 4条含有限制性酶切位点和相应突变的引物。以马铃薯X病毒 (PotatoVirusX ,PVX)外壳蛋白cp基因为模板 ,扩增出相应的片段 ,相应酶切后通过三片段连接构建到克隆载体pBlueKS( / - )上。随机挑选重组子测序表明 ,利用三片段拼接成功地在PVX外壳蛋白基因的不同部位产生了突变。实验结果说明利用三片段接可以大大提高筛选得到突变子的效率 ,从而节省人力、物力和时间。     

计算机在确定牛病毒性腹泻病毒基因组常用限制性内切酶位点中的应用

应用计算机测定71种限制性内切酶在牛病毒性腹泻病毒NADL株(BVDV NADL)基因组的cDNA核苷酸序列中酶切位点,结果表明其中S8种酶的酶切位点所在的核苷酸序列数,也表明了其中13种限制性内切酶在核苷酸序列中无酶切位点。这些结果有助于进一步研究BVDV InL株的cDNA基因库。     

利用错配碱基产生酶切位点快速检测禽类Mx蛋白基因单核苷酸改变

该方法针对无合适酶切位点的检测位点设计引物,应用于禽类Mx蛋白基因631位氨基酸位点的突变检测,利用错配碱基产生内切酶识别的酶切位点检测SNP,尝试一种操作简便结果可靠的检测单核苷酸多态性并能快速判定631位点氨基酸的方法.实验结果表明,利用这种方法产生的酶切位点能有效地对631位氨基酸位点进行分型,可以快速检测SNP.     

K-ras基因突变与结直肠癌临床病理特征的相关性研究

目的:探讨结直肠癌患者K-ras基因突变特点,并分析K-ras基因突变与结肠癌临床病理特征的相关性及其临床意义。方法:收集哈尔滨医科大学附属第一医院收治的500例结直肠癌患者的手术石蜡标本,采用突变扩增阻滞系统技术(amplification refractory mutation system,ARMS)检测K-ras基因第二外显子第12、13密码子的七种热点突变情况,分析其与结肠癌患者临床病理特征的相关性。结果:ARMS法检出K-ras基因突变213例,突变率为42.6%。K-ras基因突变与患者的年龄、性别、肿瘤发生的部位、肿瘤分化程度及有无淋巴结转移均无相关性(P0.05),而与肿瘤的组织学类型具有相关性(P0.05)。结论:(1)结直肠癌患者K-ras基因突变率较高,其中GLY12ASP位点突变率最高,GLY12ARG为稀有突变位点。(2)K-ras基因突变与结肠癌的组织学类型相关,可能用于结直肠癌患者治疗方案的选择。     

猪H-FABP基因多态片段的序列分析

利用PCR-RFLP方法在猪H-FABP基因内确定了3个变异酶切位点,分别为5′-上游区HinfI-RFLP、内含子2的HaeIII-RFLP和HinfI*-RFLP（HinfI和HinfI*代表不同区域的HinfI酶切反应）。对每个多态片段进行克隆测序分析,结果表明,5′-上游区HinfI-RFLP是由于1324位的碱基T→C的突变引起;在内含子2中,HaeIII-RFLP变异酶切位点在1811位,发生了C到G的突变;HinfI*-RFLP是由于1970位发生T→C的碱基替换。 Abstract:Three variant restriction sites of porcine H-FABP gene,including HinfI-RFLP in 5′-upsream,HaeIII-RFLP and HinfI*-RFLP in intron 2,were confirmed by PCR-RFLP method.The polymorphic fragments were cloned and sequenced.The results revealed a single nucleotide substitution of T→C at position 1324 for HinfI-RFLP,C→G at position 1811 for HaeIII-RFLP and T→C at position 1970 for HinfI*-RFLP,respectively.     

高灵敏度电化学发光PCR方法检测基因点突变研究

近年来发展了一种用于定量检测基因点突变的电化学发光PCR方法。该法采用三联吡啶钌标记的上游引物和生物素标记的下游引物对待测基因进行PCR扩增;随后,采用特定的限制性内切酶对扩增产物进行酶切,由于野生型样品和突变型样品间存在酶切位点的变化,其中只有一种基因型样品能被切断;通过生物素与链霉亲和素包被的磁珠连接,将生物素标记的DNA片段收集到样品池中;进行电化学发光检测,通过所得信号的有无可以判断其基因型。我们分别将该法用于Presenilin-1基因和H-ras癌基因的点突变检测,结果均可明显区分突变型样品和野生型样品。该法具有灵敏、快速、简便、安全等优点,是一种实用的基因点突变检测方法。