基于CiteSpace文献计量法的基因组学研究文献可视化图谱分析

本研究从文献计量学角度对比中外基因组学领域的研究情况,为我国该领域研究提供参考。通过检索Web of Science核心合集及CNKI数据库中于1985年1月1日至2016年4月30日国内外发表的基因组学相关文献,利用文献计量可视化软件Cite Space 4.0.R5 SE对文献进行发文量分析、作者合作网络分析、研究机构合作网络分析、国家合作网络分析、关键词共现分析及文献共被引分析。国内外基因组学研究的发文量总体呈现上升趋势。发文量最多的三个国家依次为美国、英国和中国。美国在基因组学领域已形成了颇具规模的核心机构,我国基因组学的主要研究机构为中科院。中外文文献发文量最多的研究者分别为刘家强、Zhang。国外各研究机构间、作者间的合作关系强于国内。文献中突现和共现的关键词主要有药物基因组学、功能基因组学、比较基因组学、蛋白质组学等。文献共被引分析中,中心性最高的文献为(Yang,2007),被引频次最高的文献为(Lander,2001),突现值最高的文献为(Altschul,1997)。通过文献计量分析和可视化分析可见,我国在基因组学方面的发文量较多,但研究者之间、研究机构之间的合作较少,因此我国在加强基因组学研究力度的同时,还应鼓励各研究机构间的合作与交流,紧紧把握该领域研究的前沿与热点,以促进我国基因组学研究向更多元化、更深层化的方向迈进。     

基于文献可视化分析的近30年肠道菌群研究趋势及展望

目的全面分析近30年国内外肠道菌群相关研究的发展现状、研究热点及前沿动态,为本领域研究方向提供可视化分析数据。方法以中国知网、Web of Science为来源数据库,检索肠道菌群相关文献,应用CiteSpace(5.5.R2)软件对作者、机构、关键词和被引文献进行共现分析、聚类分析和可视化表达,并对关键词进行突显分析。结果共纳入中文文献912篇,英文文献10 249篇。近30年肠道菌群相关研究年发文量整体呈上升趋势,中文文献发文量明显低于英文文献发文量;英文文献国家总体发文量中,美国排名第一,影响力也最高,中国发文量排名第二,但影响力较低。国外核心研究人员为Rob Knight、Patrice D Cani,国内核心研究人员有王军、赵立平,中文文献发文量较高的作者是段金廒、谭周进、余倩;国外主要机构有哥本哈根大学、法国农业科学研究院等,国内的主要研究机构是中国科学院,其英文文献发文量排名第一;中文文献发文量较多的是中医药类大学。主要研究内容涉及菌群结构、肠道菌群与疾病的关系以及菌群检测技术3个方面。近年来,肠道菌群相关研究多围绕与疾病的相关性及新技术、新方法展开。比较中英文热点关键词,英文关键词丰富,涉及生理、病理各个方面,其中肠道菌群与免疫相关研究成果颇丰。结论作为生物医学领域的研究热点,近30年来肠道菌群研究领域取得了突出的成果,提升肠道菌群检测技术、关注肠道菌群研究成果的应用价值是未来本领域研究的关键。     

基于Citespace的红豆杉研究文献计量学和可视化分析

为了掌握红豆杉研究领域的热点问题及发展趋势，将2010年1月1日～2022年10月31日CNKI数据库中1604篇文献作为原始数据，通过Citespace可视化软件及文献计量学方法，对红豆杉领域年度发文量、研究机构、主要发文作者、关键词进行分析，得出以下结论：红豆杉研究自2010年开始经历了3个阶段，即快速发展期、快速衰退期、稳定减少期。明溪县林业局、云南省林业科学院、东北林业大学森林植物生态学教育部重点实验室和中国林业科学研究院资源昆虫研究所是主要的研究机构，在该领域占据重要地位，各机构位置分散，缺乏密切合作，因此机构的跨区域交流仍需加强。欧建德、刘彤、吴志庄、张恺恺、陈段芬为探究红豆杉做出突出贡献，发文质量较高。生态保护与医用价值仍将是红豆杉研究领域的热点问题，观赏价值、经济价值与食用价值的开发可能会成为该领域未来的关注重点。     

基于VOSviewer与CiteSpace的肠道菌群与高脂血症相关性研究图谱分析

目的 应用VOSviewer与CiteSpace软件分析1991—2022年肠道菌群与高脂血症相关性研究的现况与热点。方法计算机检索中国知网（CNKI）、万方（Wanfang）、维普（VIP）、 Web of Science(WOS)数据库1991年1月1日至2022年4月30日肠道菌群与高脂血症相关性研究的文献。应用VOSviewer 1.6.18及CiteSpace 5.8.R3软件对纳入文献的发文国家、机构、作者和本研究领域的热点和前沿方向进行统计分析。结果 纳入文献共1 321篇，其中中文636篇，英文685篇。纳入文献发文量呈现逐年上升趋势。中国发文量位居世界首位，高中介中心性国家主要集中在欧美地区。中国科学院为该研究领域的核心机构，其发文量及中介中心性均为世界第一。该领域中脂质代谢、益生菌、代谢综合征、obesity（肥胖）、insulin resistance（胰岛素抵抗）等成为研究的热点。关键词时间线分析发现胰岛素抵抗、益生菌、inflammation是最新的研究前沿。结论 通过对肠道菌群与高脂血症相关性研究热点和新兴趋势进行可视化分析，为以后肠道菌群及高脂血症的研究提...     

基于Citespace的雷公藤近十年研究现状可视化分析

目的：归纳总结雷公藤研究现状及预测其发展趋势。方法：通过中国知网（CNKI）和Web of Science核心集数据库检索雷公藤的相关文献,运用CiteSpace 5.7.R5W软件进行文献计量学分析,从文献的发文机构、发文国家（地区）、作者、关键词等方面进行可视化展现和分析。结果：经过筛选共纳入与医药卫生科技或农业科技研究相关的中文文献1626篇,英文文献831篇。雷公藤中、英文文献发文量前12位的发文机构均为国内机构,南京中医药大学和中国科学院分别是中、英文文献发文最多的机构,机构间合作发文关系紧密;中国是英文文献发文量最多的国家,与其他发文量高的国家（地区）存在广泛合作关系;作者分析显示刘建群和GAO W分别是雷公藤中、英文文献发文最多的作者;关键词分析显示雷公藤的研究主要集中在类风湿性关节炎、肾病、毒性、抗癌、作用机制方面,其中抗类风湿性关节炎、肝肾毒性和抗癌是国内外文献报道的焦点。结论：治疗自身免疫性疾病和毒性依然是雷公藤研究的主线,探寻作用通路及靶点、解析其作用机制、拓展新型适应症（抗癌）是未来研究的热点。雷公藤的研究尚处于发展上升期,该研究为更好地掌握雷公藤的研究热点和判...     

放线菌及其代谢产物研究进展——基于CiteSpace可视化分析

【目的】探究放线菌及其代谢产物的研究现状和发展趋势。【方法】本文利用CiteSpace软件对Web of Science数据库中收录的2001-2021年间与放线菌及其代谢产物研究相关文献进行了可视化分析。【结果】中国在放线菌代谢产物研究领域发文量位居全球第一,发文量最大的研究机构为中国科学院。【结论】该研究领域趋向多学科融合化,主要涉及药理与药剂学、化学等多个学科,目前该研究领域所涉及的学科主要集中于生物化学与分子生物学。而在研究内容方面,研究者多侧重于放线菌代谢产物的生物合成,此外,放线菌种质资源挖掘也成为目前研究者关注的热点内容。     

基于CiteSpace的湿地恢复研究进展

由于人类活动、气候变化等影响,全球湿地退化不断加剧,关于湿地恢复的相关研究也越来越多,但缺乏系统的文献梳理,对研究领域的热点演变特征及发展趋势认识不足。基于文献计量学软件CiteSpace.5.5R2及中国知网(CNKI)和Web of Science核心数据库检索的文献数据,对湿地恢复领域的发文量、作者群、发文机构、文献共被引、高频关键词及突现等进行可视化分析。结果表明：(1)国内外关于湿地恢复研究的发文量总体上均呈现增长趋势,2008年之后发文量均显著提升,国内研究较国外晚了近10年,但发展迅速,国际影响力提升较快;(2)国外主要研究机构包括United States Geological Survey、Louisiana State University、University Florida、University Wisconsin等,均为美国机构,形成了以William JM-John WD、Zedler JB、Jos TA Verhoeven-Leon P M Lamers、Jeffrey WM等核心研究团队;国内以中国科学院、北京师范大学、中国林业科学研究院为主,形成了崔保...     

中国人类病毒传染病的研究进展及可视化分析

病毒性出血热、流感和病毒性肝炎等传染病的流行与暴发,提示着病毒性传染病一直是人类健康的威胁,各国都非常重视该领域的研究.为了解我国人类病毒传染病相关研究领域热点的分布、变化历程及发展趋势,以中国知网(CNKI)数据库为检索对象,应用CiteSpace可视化软件近对20年内该领域的发文量、作者、机构、关键词等进行分析.通过该方法最终检索出30875篇文献,分析发现该研究领域年发文量虽有所波动,但年均发文量在1500篇左右,说明该领域的研究处在平稳期阶段.由于病毒传染病研究具有极强的特殊性,所以我国的研究机构主要以中国疾病预防中心为主.同时发现近20年我国研究热点主要集中在肝炎、出血热、流感、人类免疫缺陷病毒(Human immuno-deficiency virus,HIV)、严重急性呼吸综合征(Severe acute respiratory syndrome,SARS)等方面,其中对肝炎、流感、HIV的研究热度一直持续至今,呈现出研究热点变化与社会发展需求紧密联合的现象.从研究内容变化的历程上分析,能预测我国未来病毒传染病研究领域将向疫情预防以及疾病攻克方面侧重.     

基于CiteSpace的应用益生菌治疗腹泻研究文献计量学分析

目的 探讨益生菌治疗腹泻研究的现状、热点与前沿趋势.方法 检索Web of Science(WOS)核心数据库2011至2021年应用益生菌治疗腹泻的相关文献,通过可视化软件CiteSpace对发文量、国家、机构、关键词等进行分析.结果 经过筛选共纳入1 456篇文献,年度发文量总体呈上升趋势.载文量最高的期刊为Ben...     

基于CiteSpace软件的丛枝菌根真菌近30年研究态势分析

丛枝菌根(arbuscular mycorrhizal,AM)真菌为植物专性共生真菌,可与大多数陆生植物共生,在植物养分吸收、抵御不良环境、维持生态平衡和植物多样性等方面具有重要作用。为了解AM真菌研究发展现状,本文运用CiteSpace软件,对1990–2020年Web of Science和CNKI数据库中的关键词、文献所属国家、机构、期刊、核心文献与作者进行可视化分析。结果表明,该领域发文量不断增长,其中美国发文量和中心度最高,中国发文量位居第二。国际研究机构中,西班牙高等学术研究委员会中心度最高,中国科学院发文量最高。通过对核心文献共被引和关键词突现及聚类分析发现,AM真菌研究领域不断拓展,研究深度不断增加。20世纪90年代开始,以新种描述、分类系统不断完善及培养技术改进为主;在各地菌种资源库逐步建立后,接种实验及效果评价相关研究逐渐增加;近年来环境变化的加剧使得重金属、干旱与盐胁迫以及植物修复等成为突现词。AM真菌共生的分子机理及与其他微生物的相互作用机制也成为当前研究热点。     

Recent advances in the study of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus replication and pathogenesis

It has now been over twenty years since a novel herpesviral genome was identified in Kaposi's sarcoma biopsies. Since then, the cumulative research effort by molecular biologists, virologists, clinicians, and epidemiologists alike has led to the extensive characterization of this tumor virus, Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus(KSHV; also known as human herpesvirus 8(HHV-8)), and its associated diseases. Here we review the current knowledge of KSHV biology and pathogenesis, with a particular emphasis on new and exciting advances in the field of epigenetics. We also discuss the development and practicality of various cell culture and animal model systems to study KSHV replication and pathogenesis.     

The structure, reproduction and taxonomy of Vidalia and Osmundaria (Rhodophyta, Rhodomelaceae)

Comprises species occurring mostly in subtidal habitats in tropical, subtropical and warm-temperate areas of the world. An analysis of the type species, V. spiralis (Sonder) Lamouroux ex J. Agardh, a species from Australia, establishes basic characters for distinguishing species in the genus. These characters are (1) branching patterns of thalli, (2) flat blades that may be spiralled on their axis, (3) width of the blade, (4) primary or secondary derivation of sterile and fertile branchlets and (5) position of sterile and fertile branchlets on the thalli. Application of the latter two characters provides an important basic method for separation of species into three major groups. Osmundaria , a genus known only in southern Australia, was studied in relation to Vidalia , and its separation from the Vidalia assemblage is not accepted. Species of Vidalia therefore are transferred to the older genus name, Osmundaria. Two new species, Osmundaria papenfussii and Osmundaria oliveae are described from Natal. Confusion in the usage of the epithet, Vidalia fimbriala Brown ex Turner has been clarified, and Vidalia gregaria Falkenberg, described as an epiphyte on Osmundaria pro/ifera Lamouroux, is revealed to be young branches of the host, Osmundaria prolifera.     

New or rare chromosome counts in Artemisia L. (Asteraceae, Anthemideae) and related genera from Kazakhstan

Fifteen chromosome counts of six Artemisia taxa and one species of each of the genera Brachanthemum, Hippolytia, Kaschgaria, Lepidolopsis and Turaniphytum are reported from Kazakhstan. Three of them are new reports, two are not consistent with previous counts and the remainder are confirmations of very scarce (one to four) earlier records. All the populations studied have the same basic chromosome number, x = 9, with ploidy levels ranging from 2x to 6x. Some correlations between ploidy level, morphological characters and distribution are noted.     

肝癌中HBV和HCV基因和抗原的分布及意义

采用原位分子杂交方法检测HCV RNA及HBV X基因;采用免疫组织化学方法研究HCV核心抗原,非结构区C33c抗原及HBxAg在肝细胞肝癌中的定位及分布.结果表明(1)HCV RNA、HBV X基因在肝细胞肝癌组织检出率分别为40%(55/136)和82%(112/136).HCV RNA定位于癌细胞的胞浆内,阳性细胞呈散在、灶状及弥漫分布三种形式;HBV X基因在肝癌细胞中的分布呈胞浆型、核型及核浆型,阳性细胞也呈上述三种分布形式;(2)HCV C33c抗原、核心抗原在肝细胞肝癌中的阳性率为81%(133/164)及86%(141/164).C33c抗原定位于癌细胞及肝细胞的胞浆内;核心抗原既定位于癌细胞核中,又可定位于胞浆中.C33c抗原阳性细胞以灶状分布为主;而核心抗原阳性细     

Selection with two alleles and complete dominance

For a plant selection model with frequency-independent viabilities, fertilities and selfing rates, it is shown that apart from global fixation, for certain parameter combinations a protected polymorphism and facultative fixation (either allele may become fixed according to initial frequencies) may both occur. Facultative fixation requires different selling rates for the dominant and recessive type. Protection of the polymorphism requires resource allocation for male and female function. In this connection the problem of purely genetically caused population extinction is discussed.
For general frequency dependence and regular segregation, the chances for establishment of a completely recessive gene are compared to those of a completely dominant gene. It is proven that the process of establishment of the recessive gene, despite a fitness advantage, may be considerably endangered by drift effects if random mating prevails. The recessive gene may reach the same effectivity in establishment as a dominant gene, only if the recessive homozygote mates exclusively with its own type during the period of establishment.