SLAⅠ类基因研究新进展

SLAⅠ类基因编码细胞表面高度多态的糖蛋白, 负责将内源性抗原肽递呈给T细胞, 激发特异的免疫反应。文章介绍了近年来SLAⅠ类基因分子结构、组织中的表达、表达调节、基因分型、多态性及进化研究的新进展, 重点介绍了SLAⅠ类基因分型方法及多态性研究。SLAⅠ类基因分型方法主要包括血清学法、DNA序列测定、PCR-SSP、PCR-SSOP、微卫星法, 其中PCR-SSP法快速简便, 在SLAⅠ类基因分型研究中应用广泛。文章对SLAⅠ类基因在基因功能、肽疫苗、异种移植等方面的研究和应用前景进行了讨论。     

SLA的分型与检测

传统的强调抗原多态性的SLA分型方法主要是血清学、细胞学和生物化学的方法,随着分子生物学技术发展,各具特点的SLA分型技术不断涌现,如PCR-RFLP法、PCR-SSCP法、微卫星（MS）法、DNA序列的测定等,本文基于强调SLA的抗原多态性的分型和强调抗原保守性的功能学上的新分型技术（如SLA超型和超基序）进行了详细探讨,比较了各类方法的优缺点,指明了未来SLA分型的发展趋势。此外本文还指出了现行参考教材血清学SLA单倍型的编写错误以及重点强调了SLAⅡ-DQB基因的准确分型技术必须借鉴于克隆测序。Abstract：Traditionally the cluster of swine leukocyte antigen(SLA) was typed by serological, cytological and biochemical methods. Many special molecular typing methods have been developed with the progress of molecular biological technology, such as PCR-RFLP, PCR-SSCP , MS and DNA sequencing. Here we discussed the advantages and disadvantages of each method based on the polymorphic and conservative (from the functional aspect, such as supertype and supermotif) characteristics of SLA, and illustrated the development of typing for SLA in the future. In addition, we pointed out the editorial mistakes about the serological haplotye of SLA in reference book and emphasized that the accurate polymorphism of SLA-DQB gene must be based on the cloning sequencing.     

病毒的分类与命名进展概况

早在60年代,业已知道感染脊椎动物、无脊椎动物、植物和细菌的病毒约数百种,但这些病原体的分类与命名处于混乱状况。1966年,在莫斯科举行的国际微生物学代表会议上,成立了国际病毒命名委员会(International Committee on Nomenclatureof Viruses,简称ICNV),其目的是寻求一个各种病毒通用的分类系统,该委员会是在病毒应如何分类与命名的激烈争论中诞生,同时也在各种意见极为分歧的争论中获得发展。1971年,由wildy整理并发表了“ICNV第一次报告——病毒的分类与命名”,描述并承认43个病毒属和组的名称,还确定了两个病毒科:乳多空病毒科(Papovavi-     

SLA—DQB和DRB的生物信息学分析

对Genbank中猪的白细胞抗原（SLA）Ⅱ类抗原基因DQB及DRB序列进行了SNP及氨基酸序列多态性分析,并对SLA—DQB及DRB分子进行了蛋白质序列模式分析（Prostie motif search）。结果表明：β1功能区存在较大的变异,特别是位于抗原肽结合槽的氨基酸位点中,其变异程度更大。SLA—DQB及DRB蛋白质序列中,主要存在8种类型的蛋白质序列模式位点,其中3种类型的磷酸化位点存在蛋白模序的改变,都位于β1功能区（前94个氨基酸）,且多数位点突变频率较高。     

黄瓜花叶病毒亚组Ⅰ和Ⅱ分离物外壳蛋白基因的序列分析与比较

对我国分离的经生物学和血清学鉴定为黄瓜花叶病毒（ＣＭＶ）亚组Ⅰ和Ⅱ的各一分离物（ＧＢ、ＸＢ）的外壳蛋白（ＣＰ）基因进行了序列分析和比较。以提纯病毒ＲＮＡ为模板,进行逆转录及ＰＣＲ扩增,并通过常规基因克隆方法得到插入ＣＰ基因片段的重组克隆。对插入ＧＢ和ＸＢ两个分离物ＣＰ基因片段的重组克隆进行全序列测定,结果表明重组克隆序列长分别为７７７ｂｐ和７９２ｂｐ,均只含一个开放读框（ＯＲＦ）,长度为６５７ｎｔ,可编码２１８个氨基酸;两个分离物的ＣＰ基因核苷酸序列同源率为７７５％,氨基酸序列同源率为８２６％。与我国已报道的７个ＣＭＶ分离物的ＣＰ基因序列比较,分离物ＧＢ的同源率为９１３％～９７３％,分离物ＸＢ的同源率为７６６％～７８４％。与国际上已报道部分ＣＭＶ株系的ＣＰ基因序列相比较,分离物ＧＢ与亚组Ⅰ株系有更密切的亲缘关系,而分离物ＸＢ则与亚组Ⅱ株系的亲缘关系更密切。     

斑马鱼基因和蛋白质命名规则简介

本文简要介绍斑马鱼(Danio rerio)基因和蛋白质的命名规则,内容主要译自《ZFIN斑马鱼命名指南》中的相应部分(https://wiki.zfin.org/display/general/ZFIN+Zebrafish+Nomenclature+Guidelines),并对其组织与行文进行了整理,还更新了其中的示例。     

特超强毒型马立克病病毒囊膜糖蛋白Ⅰ基因序列及与其它致病型毒 …

特超强毒型６４８Ａ株马立克病病毒（ＭＤＶ）的囊膜糖蛋白Ｉ（ｇＩ）基因经ＰＣＲ扩增后克 进ｐＵＣ１８质粒载体,并对其ＯＲＦ完成了ＤＮＡ测序。与已发表的其它室致病型毒株的糖蛋白Ｉ的ＤＮＡ和氨基酸序列比较表明,６４８Ａ株的ｇＩ基因序列与超强毒ＲＢＩＢ株已发表的ＯＲＦ５’端７６１个碱基完全相同。查是在该基因中完整ＯＲＦ的１０６８个碱基中,６４８Ａ与强毒ＧＡ株间有８个碱基变异并导致７个氨基酸的变化,且这一变     

脊索动物嗅觉受体基因命名法的发展

嗅觉受体属于G蛋白偶联受体家族,在脊索动物的整个生命周期中都扮演着至关重要的角色。与其他多数基因家族不同,嗅觉受体家族是一个成员数量庞大的超基因家族,为它们合乎逻辑的命名可以更好地对该家族进行描述、分析和讨论,也可以为机器学习程序从庞大的嗅觉受体数据库自动构建相应的蛋白结构和功能知识库提供语义信息。由于脊索动物嗅觉受体演化速度很快、基因数量庞大、假基因比率高、在物种及染色体上分布差异巨大等多方面的原因,给嗅觉受体基因合理的命名较为困难。三十多年来,伴随着嗅觉受体研究领域的发展,嗅觉受体基因命名法也经历了多次迭代,在每个阶段都发挥着积极的作用。随着测序技术和生物信息学算法工具的发展,随之而来的是新注释的海量的嗅觉受体基因,这使已有的嗅觉受体基因命名法变得越来越难以适应大数据挖掘和知识工程的系统开发,因此迫切需要一个能满足当下需求的嗅觉受体基因命名法。     

Rh血型的基因、抗血清及表现型的命名

Rh血型的名称取自恒河猴学名Rhesusmacaque的前两个字母,因为在最初探索新血型物质的过程中发现,当把恒河猴的红细胞反复地注入家兔及豚鼠体内时,家兔和豚鼠的血清可使恒河猴的红细胞凝集,说明恒河猴的红细胞上含有某种抗原,遂命名为Rh抗原。以后又发现经免疫的家兔或豚鼠的血清还能使大部分人的红细胞凝集,表明这些人的红细胞上也含有Rh抗原,并称之为Rh阳性血型,还有一些人的红细胞不被这种抗血清所凝集,便称为Rh阴性血型,由Rh抗原所决定的这一血型系统就称为Rh血型。后来,随着对各种输血反应、新生儿溶血症以及血清学试验的研究进展,…     

细胞色素P450基因的命名及其基因表达的调控

<正> 作者于1990年对细胞色素P450的分子特征和光谱特征、P450的多样性、诱导性及其分子机理、以及P450在昆虫的适应性和抗药性中的作用作了介绍。如前二文所述,在动物、植物、微生物等生物体内都存在着许多种不同的细胞色素P450(以下简称P450)。这些含血红素的蛋白能催化许多种不同亲脂底物的加单氧反应,其氧化产物可能成为无毒物质,     

关于栽培植物的命名问题

介绍了栽培植物命名规则,包括其分类等级和命名体系。简要介绍了《中国梅花品种图志》、《中国桂花品种图志》等著作的作者提出和遵循的关于栽培植物品种中文名命名的原则和意见,并对我国栽培植物品种中文名命名中存在的主要问题进行了简要评述。     

心肌肌钙蛋白Ⅰ临床应用进展

心肌肌钙蛋白I(Cardiac Troponin I,cTnI)作为诊断心肌损伤的血清标志物之一,同其它检测指标相比,具有出现时间早、诊断窗口期宽、特异性强、诊断阈值明确及检测快速等优点。由于心肌肌钙蛋白I为心肌细胞所特有,因此在心肌缺血性损伤、心肌非缺血性损害的诊断及骨骼肌损伤的鉴别诊断中得到了广泛应用。目前正逐渐取代包括CK-MB在内的其它血清酶检测指标而成为判断心肌损伤,特别是诊断急性心肌梗死(Acute Myocardial Infarction.AMI)的"金标准"。同时心肌肌钙蛋白I对心肌疾病的病情监测、疗效观察及预后评估都具有较高的临床应用价值。本文对cTnI的国内外临床应用研究进展进行综述。     

主要组织相容性复合体Ⅰ类分子抗原肽

被主要组织相容性复合体（MHC）Ⅰ类分子呈递在细胞表面的抗原肽大部分来源于细胞内新合成蛋白质的降解产物,抗原肽直接体现细胞内功能蛋白质的部分变化,蛋白酶体、氨肽酶和抗原转运体（TAP）参与调控抗原肽的生成。在MHC的组装、折叠过程中,抗原肽促进各亚基的结合和折叠进程;而在起始细胞的免疫应答过程中,抗原肽不仅诱导T细胞抗原受体的特异结合,更为重要的是延长MHC同T细胞抗原受体特异结合的作用时间。     

SSCP和HMA方法在马MHC-Ⅰ类分子基因多态性研究中的应用

文章使用SSCP和HMA两种基于聚丙烯酰胺凝胶电泳的方法对马MHC-Ⅰ类分子基因多态性进行了分析.在应用SSCP法进行分析时,尽管经过实验条件优化,仍未得到对MHC-Ⅰ基因理想的分离效果,提示该方法对分离多态性较高的基因有一定局限性.在对HMA法用参考标准DNA对影响DNA分子构象的温度和变性剂浓度等实验条件进行优化后,获得了对马MHC-Ⅰ类分子基因较好的分离效果.6、7、8、9和10号马的样本在相对应泳道上分别出现了6、5、6、5和7个条带.从凝胶中进行DNA条带回收后克隆测序的结果表明,这一方法可以有效地分离高度多态性的MHC-Ⅰ类分子基因.     

荷包猪SLA -2原核表达系的建立及表达研究

目的:建立荷包猪SLA -2原核表达系并研究SLA -2在pET - 32中的表达.方法:设计SLA -2胞外区的表达引物,亚克隆荷包猪SLA -2的胞外区,并转化入原核表达系统pET - 32进行表达,SDS - PAGE分析其表达产物的特性.结果:PCR结果显示,SLA -2胞外区亚克隆大小为840bp,酶切鉴定证实成功插入pET - 32表达载体,构建重组质粒pET - 32a(+)/SLA -2.SDS - PAGE显示,SLA -2基因导入宿主菌后成功表达,蛋白大小为51.4ku,与预期结果相符,蛋白相对表达含量达到了45%.结论:结果表明荷包猪SLA -2在pET - 32系统中成功表达,蛋白表达量符合要求,可用于下一步的结构和功能检测.     

一个由HSVⅠ诱导的类SR蛋白新基因的克隆

 根据mRNA差异显示分析 ,由单纯疱疹病毒 (HSV)Ⅰ型结合人成纤维细胞膜受体后 2h诱导产生的早期基因cDNA库中 ,分离到一个编码具有SR蛋白结构特征的新基因 ,该基因长 90 4bp .编码产生的蛋白含 12 1个氨基酸残基 ,分子量 14 9kD ,具有RS重复区和PPLP结构域 ,但不具备SR蛋白家族所特有的RNA识别区域 (RRM) .主要分布于细胞质内 ,仅在细胞膜相应受体与HSVⅠ结合后特异产生     

基因10型Ⅰ类新城疫病毒的生物学与基因组学特征

2013年在新城疫病毒(NDV)的流行病学调查中,从白鹭泄殖腔棉拭子分离到1株Ⅰ类新城疫病毒,命名为SD18/13。为了进一步了解该毒株的生物学特性与基因组学特性,进行了全基因测序、交叉血凝中和试验及动物实验。结果发现分离株SD18/13基因组全长为15 198bp,F蛋白裂解位点的氨基酸组成为112-ERQER/L-117,具有典型的低致病性新城疫病毒的分子特征。F基因的系统进化显示该毒株与法国分离株teal/France/100011/2010同源性最高,属于基因10型Ⅰ类新城疫病毒。交叉HI试验结果显示该毒株与疫苗株Lasota的抗原同源性为61%,与基因3型Ⅰ类新城疫病毒的抗原同源性为77%～86%。致病性实验发现,该病毒可以在SPF鸡体内较好地复制,在肝脏、腺胃、肠道、脾脏等器官均检出病毒,攻毒后48h各器官的病毒含量达到高峰,以肠道的病毒载量最高,但致病性较弱,在14d观察期内攻毒鸡无明显的临床症状;病理组织学检查发现脾脏淋巴细胞轻微坏死,肾脏充血淤血,肠道粘膜上皮细胞脱落,固有层淋巴细胞浸润增生,气管粘膜固有层轻微出血。SD18/13是我国首次检出的基因10型Ⅰ类新城疫病毒,关于其来源和分布有待于进一步监测和研究。     

蛋白质突变体的命名问题

近年来新的蛋白质突变体在文献中大量涌现。它们出现的速率已经到达对数期。但是,对不同实验室得到的有关蛋白质结构的数据进行比较时以及在汇编数据时缺少一种标准就容易产生问题。蛋白质突变体的适当命名不仅可以反映蛋白质的某些结构特点在决定蛋白     

产ESBLs肺炎克雷伯菌Ⅰ类整合子基因盒的研究

目的探讨整合子参与产ESBLs肺炎克雷伯菌多重耐药的分子机制。方法整合酶基因扩增法检测Ⅰ类整合子;整合子可变区扩增并测序。结果8株产ESBLs肺炎克雷伯菌中有7株Ⅰ类整合子检测阳性,其中4株耐药基因盒为dfrA12-orfF—aadA2,2株为dfrA17-aadA4／aadA5,I株为aadA2,1株未检测到耐药基因盒。结论整合子介导的耐药基因盒参与了产ESBLs肺炎克雷伯菌多重耐药的形成,应引起高度重视。     

Ⅰ型胶原基因启动子研究进展

Ⅰ型胶原由α1（Ⅰ）链（COL1A1）与α2（Ⅰ）链（COL1A2）组成,人COL1A1与COL1A2基因的启动子都已鉴定并克隆。调节转录的核因子有Sp1、NE－1、AP－1、CBF、NF－κB、C－myb、c-Krox、BFCOL1、Zf9、Sp3、Smads、TGP、Egr-1、TWIST与NP／NMP4等。在COL1A1和／或COL1A2基因启动子上已鉴定出TGFβ、糖皮质激素、TNFα、IFNγ与视黄酸等的应答元件。