临床蛋白质组学———蛋白质组学在临床研究中的应用

临床蛋白质组学是将蛋白质组学技术应用于临床医学研究,它主要围绕疾病的预防、早期诊断和治疗等方面开展研究,其中,恶性肿瘤是临床蛋白质组学研究的一个重点研究对象.由于肿瘤生物标志物对早期诊断具有重要价值,所以临床蛋白质组学的主要目标之一是寻找合适的肿瘤生物标志物,多分子生物标志物已成为寻找肿瘤生物标志物的一个研究趋势.简要介绍了临床蛋白质组学的基本概念,实验设计,临床样本收集与预处理以及蛋白质组学技术在临床研究中的应用与进展.     

免疫蛋白质组学与胃癌

免疫蛋白质组学是蛋白质组学一个相对新颖的概念,该方法在鉴定特异性抗原或抗体方面具有敏感、快速,且节省试剂的优点。近年来,对不同幽门螺杆菌菌株及幽门螺杆菌感染所致的不同胃部病变之间的研究成为胃癌免疫蛋白质组学的主要研究策略,该方法将为胃癌的临床诊治提供重要的肿瘤标志物。本文就有关免疫蛋白质组学在胃癌方面的研究作一综述。     

癌细胞分泌蛋白质组富集与鉴定策略研究进展

分泌蛋白质中包含细胞因子、生长因子和激素等具有重要功能的生物活性分子,广泛参与细胞信号传导,细胞增殖、分化和凋亡的调控等多项重要生命过程。因此,从分泌体系中发掘生物标志物和治疗靶标,是癌症蛋白质组研究的一个重要方向。传统的分泌蛋白质体系主要包括血浆、尿液、脑脊液和组织间隙液等,这些系统的一个主要特点是其所包含的蛋白质浓度范围跨度很大,对蛋白质组分离和鉴定提出巨大挑战。而收集肿瘤细胞在无血清体系中培养时所分泌的蛋白质,开展蛋白质组研究,则可以避开常规分泌系统中大量高丰度蛋白质的干扰,获得肿瘤特异性的细胞分泌蛋白谱。近年来,随着蛋白质组学技术的发展和质谱仪的进步,癌细胞分泌蛋白质组学的研究进展很快。我们系统回顾了癌细胞分泌蛋白质组富集方法和鉴定策略的发展,概括了癌细胞分泌蛋白质组研究现状和规模,为该领域的进一步研究奠定基础。     

血清分泌蛋白质组学在肿瘤中的研究进展

随着人类基因组测序计划的结束,对基因表达产物的分析已经成为研究热点,而有关蛋白质的技术亦得到了不断地发展与完善。血清分泌蛋白质组在肿瘤中起着重要作用,目前已经有不少分泌蛋白作为肿瘤标志物用于临床检测和预后判断。现对血清分泌蛋白质组在肿瘤领域的研究方法及研究进展进行了综述。     

蛋白质组学在感染性疾病研究中的应用

蛋白质组学在人类疾病研究中的应用 ,主要是通过比较分析正常组织细胞与异常组织细胞、同一疾病在不同的发展时期细胞内整体蛋白质的表达差异 ,对差异表达的蛋白质进行鉴定、定量、表征 ,寻找与疾病相关的新的标志物 ,为人类疾病研究提供新的手段和依据 ,蛋白质组学在感染性疾病研究中的应用就是其中的一个方面。1 .蛋白质组学在感染性疾病研究中的应用蛋白质组学在人类感染性疾病研究中的应用主要是对引起感染性疾病的致病源的整体蛋白质进行研究 ,同时结合血清学 ,对其进行分析 ,鉴定出与疾病相关的新的标志物 ,为感染性疾病的诊断、治疗…     

蛋白质组学新技术及其在肿瘤标志物探索性研究中的应用

作为基因组研究的延伸,蛋白质组学已成为世界生命科学领域的一个极其活跃的部分,是功能基因组时代或后基因组时代的核心。近年来发展起来的几种蛋白质组学新技术克服了传统蛋白质组学技术的不足,有力推进了肿瘤标志物的探索性研究。尽管如此,我们仍应该强调对实验结果的验证,这一点在探索性研究中尤其重要,力求使结果更精确、可靠和有效。     

基于蛋白质组学技术的新型冠状病毒肺炎研究进展

新型冠状病毒肺炎（coronavirus disease 2019,COVID-19）是一种由严重急性呼吸综合征冠状病毒2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)引发的传染病。此种病毒传染性强、传播速度快,对全球人民的身体健康和生命安全造成严重威胁。蛋白质组学技术以其高通量、高灵敏度的特点,在疾病生物标志物的发现、分子机制研究及治疗靶点研究中扮演着重要角色,并被广泛应用于COVID-19的研究中。本文介绍了SARS-CoV-2的基因组结构及病毒感染过程,总结了目前常用的基于质谱的蛋白质组学研究技术,重点综述了蛋白质组学技术在COVID-19生物标志物的发现、分子机制研究和药物治疗靶标研究中的应用进展,最后展望了蛋白质组学的未来发展方向,以期能够有助于推动蛋白质组学技术在COVID-19精准诊断和治疗中的发展。     

污染胁迫下的蚯蚓蛋白质组学研究进展

随着蛋白质组学的发展和每年有大量环境污染物进入土壤环境中,污染胁迫模式动物的相关生物标志物受到日益关注。蚯蚓,作为土壤中最大的无脊椎动物,是研究和评价土壤生态污染良好的模式动物。研究蚯蚓的蛋白质组学,对于寻找环境生态污染相关生物标志物和阐明生态毒理学机制有着十分重要的现实意义。目前已知的污染胁迫下蚯蚓蛋白质组学研究,提供了几个特定污染物胁迫蚯蚓的蛋白表达谱。这些蛋白涉及许多生物学过程,例如信号传导、糖酵解、能量代谢、分子伴侣和转录调节,提示了相关污染物可能的生态毒理学机制,有望成为潜在的生物标志物,用于有毒污染物的监测,但其特异性需要进一步试验的验证。对蚯蚓受污染胁迫的蛋白质组表达谱及潜在生物标志物进行简要综述。     

蛋白质组学及其在肿瘤研究中的应用

简要介绍了蛋白质组学的概念、研究方法及其在肿瘤研究中的应用.蛋白质组学研究直接定位于蛋白质水平,从整体、动态、定量的角度去研究基因的功能,是后基因组计划的一个重要组成部分.恶性肿瘤是一种多基因参与的复杂疾病,从蛋白质整体水平上研究恶性肿瘤将有助于进一步揭示恶性肿瘤的发病机制,发现恶肿瘤特异性的标志物及其药物治疗的靶标.     

基因组学与表观遗传学在肿瘤标志物研究中的应用

肿瘤标志物是一类能反映肿瘤存在与生长状态的生化物质,它们在肿瘤的早期筛查、辅助诊断、预后判断、疗效评价、复发和转移监测中具有重要意义. 随着细胞与分子生物学领域的发展,人类基因组计划大量研究成果的涌现,人们对肿瘤的发生和发展机理有了越来越清楚的认识,肿瘤标志物的研究也得到了极大的拓展与更新,特别是基因组学和表观遗传学的进展大大促进了新型肿瘤标志物的发现. 文章就肿瘤标志物发展历程,常用肿瘤标志物的种类和临床应用进行介绍,分析了现有肿瘤标志物的局限性,重点阐述了新型肿瘤标志物,如多种表观遗传学标志物及循环核酸的研究及应用. 同时,对肿瘤标志物的研究前景提出了一些观点.     

非酒精性脂肪性肝病蛋白质组学研究进展

非酒精性脂肪性肝病(nonalcoholic fatty liver disease,NAFLD)是一种常见慢性肝脏疾病,其发病率呈逐年上升趋势,但发病机制尚未明确,诊疗手段仍不完善.蛋白质组学(proteomics)的出现使NAFLD研究有了进一步的发展,相关研究已达21个.目前,蛋白质组学技术可以研究疾病相关的分子改变,从而寻找新的生物标志物和治疗靶标.在此,对蛋白质组学在NAFLD诊断及分期、发病机制和其他相关领域研究进展作一个较为全面的综述.首先,对研究中遇到的研究对象、样本种类、实验方法和标志物特征选择进行经验性总结.其次,除了介绍如何运用蛋白质组学研究病因、危险因素和重要分子在NAFLD发病机制中的作用,还介绍NAFLD发病机制的亚细胞蛋白质组学、修饰蛋白质组学以及蛋白质组学与转录组学相结合的研究实例.此外,对差异蛋白质的分析策略和价值作了重点阐述,收集到一些有望成为NAFLD治疗靶标的候选分子.最后,结合新技术展望研究新空间,以期能够有助于推动蛋白质组学在寻找新的疾病标志物、探索疾病分子机制和治疗靶标中开辟新的途径.     

激光捕获显微切割技术结合^18O标记定量蛋白质组技术在胃癌标志物筛查中的应用研究

建立一种更加精确地分离鉴定胃癌特异肿瘤标志物的定量蛋白质组学技术.首先采用激光捕获显微切割技术(LCM)纯化胃腺癌细胞及胃黏膜良性上皮细胞,将裂解的样本总蛋白经过1D SDS-PAGE预分离,然后采用17O/16O分别标记两种样本酶切后的多肽混合物.结合纳升级液相色谱(Nano-HPLC-MS/MS)定量地鉴定胃癌细胞和胃黏膜良性上皮细胞的差异表达蛋白.共筛选出78个差异表达蛋白,其中42个蛋白质在胃癌组织中表达上调,36个蛋白质下调.Western blot技术验证了其中几个差异蛋白(moesin,periostin,annexin A2,annexin A4)的表达,与蛋白质组学研究的结果一致.LOM技术结合18O稳定同位素标记的定量蛋白质组学技术,为研究胃癌发生机制、筛选胃癌的分子标志物提供了新的思路,亦为诸如胃癌等复杂体系蛋白质的分离鉴定提供了新的技术选择.     

蛋白质组学技术在恶性肿瘤研究中应用的新进展

人类基因组计划的完成使人类进入后基因组时代,蛋白质组学有了飞速的发展。作为基因的产物,蛋白质在人类的生命活动中扮演了重要的角色,21种不同的氨基酸可以根据遗传基因组合成数量庞大的蛋白质,而且又由于蛋白质的翻译后修饰使得蛋白质在表型上千变万化。不同的蛋白质在人体内具有相应的功能,而就现今发病人数不断增加,发病年龄越发年轻的肿瘤而言,蛋白质在其发生发展、侵袭以及转移等生物学特为中也起到了至关重要的作用。随着蛋白质组学的理论和技术的不断发展,该理论和技术已经被广泛应用于研究恶性肿瘤的发生和发展机制、侵袭和转移机制、各种生物标志物和药物作用靶点及赖药机制等方面的研究,发现了不少与之相关的差异性表达蛋白质。本文主要对蛋白质组学技术在恶性肿瘤研究中应用的最新进展进行了综述。     

蛋白质芯片在肿瘤血清标识物发现中的应用

蛋白质芯片是一种新型的高通量蛋白质组学技术,由于其具有高通量、微型化、可平行快速分析等优点,因此在肿瘤血清标识物发现研究方面具有广泛的应用前景。本文综述了蛋白质芯片的基本原理、类型及其在肿瘤血清标记物发现研究中的应用,将蛋白质芯片技术与传统的肿瘤标志物发现技术进行了比较,并对蛋白质芯片技术在肿瘤标识物发现研究上的进一步应用进行了展望。     

蛋白质组学在结核分枝杆菌研究中的应用

蛋白质组学是在基因组学基础上发展起来的新兴学科, 其基本技术包括样品制备、蛋白质分离和蛋白质鉴定分析, 其中的核心技术是双向凝胶电泳技术(2-Dimensional Electrophoresis, 2-DE)和质谱技术(Mass Spectrometry, MS)。近年来, 蛋白质组学技术已应用于结核分枝杆菌的研究领域。应用蛋白质组学技术分离、鉴定、检测结核分枝杆菌致病株的全菌蛋白及分泌蛋白, 分析其蛋白组成, 可深入解析结核分枝杆菌的致病机理和耐药机制。通过对结核分枝杆菌致病株抗原的分析, 为研制预防结核病的新型疫苗拓展了空间。通过对结核分枝杆菌临床分离株的蛋白组成分析还发现了一些有意义的结核病早期诊断标志物。蛋白质组学技术还应用于寻找新的药物靶标, 在研制和筛选新的抗结核药物等方面展示了一些有价值的研究成果, 为更好地开展结核病的预防、早期诊断及治疗打下了基础。     

多因素癌症诊断分类模型的建立和应用

随着基因组学、蛋白质组学技术的运用,对癌症相关分子标志物的筛选,以及基于多个分子标志物的诊断分类模型,成为近年来研究癌症诊断问题的热门途径。本文介绍了如何从基因芯片和质谱等数据库中筛选有诊断作用的分子标志物,以及构建高敏感性、高特异性诊断分类模型的技术路线;并根据在各类肿瘤中的研究实例,分析各分类算法的特点。     

定量蛋白质组学在动物睾丸蛋白研究中的应用进展

蛋白质组学是后基因时代重要的研究领域之一。而定量蛋白质组学是蛋白质组学研究的主要方法之一,可以反映蛋白质的动态本质。睾丸作为雄性动物重要的生殖器官,具有产生精子和分泌雄激素的功能。因此,应用蛋白质组学方法来探索睾丸中蛋白质的组成具有重要意义。就定量蛋白质组学的概念、研究技术手段及其在动物睾丸发育、疾病和各种应激条件下等方面的应用进行综述,旨在为睾丸蛋白质的进一步研究提供参考。     

蛋白质组学及其在肿瘤研究中的应用

简要介绍了蛋白质组学的概念、研究方法及其在肿瘤研究中的应用.蛋白质组学研究直接定位于蛋白质水平，从整体、动态、定量的角度去研究基因的功能，是后基因组计划的一个重要组成部分.恶性肿瘤是一种多基因参与的复杂疾病，从蛋白质整体水平上研究恶性肿瘤将有助于进一步揭示恶性肿瘤的发病机制，发现恶性肿瘤特异性的标志物及其药物治疗的靶标.     

激光捕获显微切割技术结合18O标记定量蛋白质组技术在胃癌标志物筛查中的应用研究

建立一种更加精确地分离鉴定胃癌特异肿瘤标志物的定量蛋白质组学技术．首先采用激光捕获显微切割技术(LCM)纯化胃腺癌细胞及胃黏膜良性上皮细胞,将裂解的样本总蛋白经过1D SDS-PAGE预分离,然后采用¹⁸O/¹⁶O分别标记两种样本酶切后的多肽混合物．结合纳升级液相色谱(Nano-HPLC-MS/MS)定量地鉴定胃癌细胞和胃黏膜良性上皮细胞的差异表达蛋白．共筛选出78个差异表达蛋白,其中42个蛋白质在胃癌组织中表达上调,36个蛋白质下调．Western blot 技术验证了其中几个差异蛋白(moesin, periostin, annexin A2, annexin A4)的表达,与蛋白质组学研究的结果一致．LCM技术结合¹⁸O稳定同位素标记的定量蛋白质组学技术,为研究胃癌发生机制、筛选胃癌的分子标志物提供了新的思路,亦为诸如胃癌等复杂体系蛋白质的分离鉴定提供了新的技术选择．     

蛋白质组学在病毒学研究中的应用

病毒入侵宿主细胞后,导致宿主产生一系列复杂的变化。探索病毒-宿主的相互作用为预防和治疗病毒感染的研究提供重要线索。近年来,以质谱（Mass spectrometry, MS）为核心的蛋白质组学已经为病毒学的发展做出了巨大贡献。新型冠状病毒（SARS-CoV-2）、猴痘病毒（Monkeypox virus, MPXV）以及其它病毒的出现,使得对病毒蛋白质的分子功能及感染后宿主蛋白质组的深入探索更加迫切。本文综述了应用不同蛋白质组学方法来阐明病毒蛋白质的组成、病毒-宿主蛋白质相互作用、宿主蛋白质组的改变以及感染诱导的翻译后调控方面的现状。并讨论蛋白质组学与其他组学联用的策略,总结了蛋白质组学的限制和优势,为寻找病毒感染生物标志物、抗病毒药物靶点提供新的思路。