关于Transcriptome/transcriptomics,metabolomics/metabonomics中文译名和定义的商榷北大核心CSCD

当今,生命科学进入了空前的“大数据”时代。生命科学研究模式亦正在发生重大转变,其主要标志就是生命科学正从“微观”（实验科学）向“宏观”（整合生物科学）的方向发展,自上世纪90年代开始出现的各种组（-ome）、组学（-omics）以及系统生物学（systems biology）就是最好的证明。按照遗传信息传递的方向性,基本的组学无外乎有基因组学（genomics）、     

大发现时代的“生命组学”(代序)

自然科学史表明,当人类对某一领域的认知积累到一定程度时,常常会出现一位甚至数位科学大家,促使一系列重大发现纷至沓来,相关学科因而进入"大发现时代".数学、地理学、物理学、化学都曾出现过"大发现时代".而生命科学的"大发现时代"自16世纪以来层出不穷、持续不断.随着分子生物学50余年日新月异的发展,当代生命科学的"大发现时代"临近再次爆发,而最终"点燃"此次爆发的极大可能就是"生命组学".20世纪末,基因组学书写了"生命天书",蛋白质组学随即解读这部伟大天书,RNA组学、糖组学、代谢组学等也相继蓬勃兴起.简言之,"组学"以其特立独行的认识论、方法论,一经问世便迅速成为推动并主导生命科学再度迈入大发现时代的强劲引擎.集多种组学之大成的"生命组学"研究模式已现端倪,大发现时代将如影随形.     

生命科学信息工程设施以及在中国的实现

以组学数据为代表的生命科学数据呈指数增长.与高能物理、气象、地质、地理和环境科学等其他数据密集型学科一样,现代生命科学已经进入了高度信息化的时代——第四范式时代.国家跨组学信息工程大设施(China Information Engineering Infrastructure for Pan-Omics Studies,CIEIPOS)已经成为推动中国生命科学进一步发展、并使海量数据转化成知识与应用的必不可少的国家生命科学基础设施.本文介绍国内外生物数据收集、管理与利用的现状,提出建设CIEIPOS生物信息"集散地"的重要性与迫切性,阐述实现数据整合、搜索与可视化的挑战与可能方案.CIEIPOS的另外一个重要功能是支持对组学数据的管理、分析、挖掘与利用,这使得CIEIPOS不同于传统的国际生物信息中心,如美国国家生物信息技术中心(National Center for Biotechnology Information)与欧洲生物信息学研究所(European Bioinformatics Institute).本文以质谱平台产出的高通量蛋白质组数据为例,说明组学数据分析的复杂性.通过对跨组学数据在不同时空的模拟分析,进一步说明CIEIPOS的实际应用对计算机硬件与网络的要求.     

《科学》:人类干细胞衰老机理研究获重要成果

<正>表观遗传组学分析显示,早衰症干细胞的异染色质发生了显著的结构退行性变化,主要表现为着丝粒和端粒附近的H3K9me3"山脉"(mountains)的缺失。近日Science杂志在线发表了北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬实验室、中科院生物物理所刘光慧实验室、以及Salk研究所Juan Carlos Izpisua Belmonte实验室在干细胞衰老机理方面的一项突破性的研究成果。该研究结合多能干细胞定向分化技术、基因组靶向编     

活性污泥微生物群落宏组学研究进展

活性污泥是全球最常用的废水生物处理人工生态系统,微生物是驱动其污染净化能力的关键。活性污泥微生物群落所有物种与基因(简称"微生物组")的研究先后经历了"显微镜观察和纯菌培养分离"(1915)、"PCR扩增-测序"(1994)和"高通量测序-宏组学分析"(2006)三个重要阶段的发展变迁。相应地,我们对活性污泥微生物组的认知经历了从最早对微型动物(如钟虫和轮虫)及其他微生物的形貌观察和纯种培养鉴定到今天对整个微生物组的全局多样性认识的飞跃。近13年来,基于高通量测序的宏组学方法被广泛应用于揭示活性污泥微生物群落组成结构和功能,我们现在充分意识到活性污泥微生物组蕴藏着大量不可培养新物种和基因多样性,驱动着各类污染物的降解与转化。目前,特异性分子标记基因的扩增子测序技术已经被广泛应用于揭示城市和工业废水处理活性污泥微生物组和典型功能种群(如硝化细菌和聚磷菌)的时空多样性和群落构建机制,进而为未来实现活性污泥微生物组功能的精准调控奠定理论基础。宏基因组学研究在群落、种群和个体基因组水平全面解析了活性污泥微生物组驱动的碳、氮、磷元素循环过程,以及有机微污染物的生物降解和转化机理。将来活性污泥微生物组学研究需要在"标准化的组学分析方法和绝对定量""高通量培养组学""高通量功能基因组学"和"多组学方法的结合及多种方法并用"4个方面取得实现精准生态基因组学所需的技术突破,以最大限度发掘活性污泥微生物组在污水处理与资源回收领域的生态学与工程学价值。     

《生命科学》投稿须知

<正>《生命科学》是由国家自然科学基金委员会生命科学部、中国科学院生命科学与生物技术局、中国科学院生命科学和医学学部和中国科学院上海生命科学研究院共同主办的综合性学术期刊。本刊宗旨是以评述、综述、研究简讯(动态)等形式报道生命科学研究的发展趋势、学术动态和研究成果,以促进学术交流。欢迎踊跃投稿。1投稿范围细胞生物学与发育生物学、免疫学、遗传学、生物化学与分子生物学、生物医学工程学、药物学与药理学、动物学、植物学、微生物学、林学、农学、生态学、生物物理学、神经科学、畜牧兽医学与水产学、生理学与病理学、预防医     

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《生命科学》中国科技核心期刊投稿须知

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