乌龟遗传多样性的RAPD分析

运用RAPD技术对乌龟的遗传多样性进行了分析。用20个随机引物对24个个体的基因组DNA进行了PCR扩增,一共扩增出3288条DNA片段,平均每个个体扩增出137条带。在检测到的137个位点中,多态位点数为119个,占869%,标记的分子量在0.2kb-3kb之间。个体间最大的遗传距离为0467,个体间最小的遗传距离为0168。24个个体的平均遗传距离为0324+00631。表明乌龟的遗传多样性水平较高。采用类平均聚类法(NJTREE)构建了24个个体相互关系的分支图。24个个体被分为几个类群,显示种内遗传差异较大,可能存在不同种群。本研究为乌龟的种质保护、合理开发利用以及选择育种提供了新的分析参数。       

珍稀濒危植物天目木兰（Magnolia amoena）遗传多样性的RAPD分析

运用随机扩增多态DNA(RAPD)技术,对天目木兰(Magnolia amoena)居群的遗传多样性进行了研究．从40个10-mer随机引物中筛选出14个能得到清晰、稳定扩增带的引物进行扩增,14个引物共检测了94个位点,其中多态性位点为23,占24．4％,计算了12个居群之间的遗传相似度和遗传距离,并运用UPGMA法进行了聚类分析,结果显示相同严地个体间(居群内)的遗传距离较小,遗传多样性水平很低;不同产地个体间(居群间)遗传距离较大,遗传多样性水平较前者高,即天目木兰个体间遗传多样性水平与它的地理分布有关,天目木兰总体较低的遗传多样性是导致它濒危的原因之一。     

白鲢和鳙鱼的随机扩增多态DNA分析

根据鱼类外周血细胞都有核的特点,采用从冷冻和低渗双重处理分离的细胞核提取基因组DNA.以此法获得的白鲢和鳙鱼的基因组DNA为模板,和Operon公司生产的OPN和OPM两个组共40个随机引物,对这两种鱼进行了随机扩增多态DNA(RAPD)分析;确定了对这两种鱼基因组相关区域可进行随机PCR扩增的有效引物,特别是哪些可产生种群内或群体的RAPD遗传标记,即可产生个体特异性和群体特异性RAPD带谱的引物.讨论了RAPD遗传分子标记在鱼类遗传,特别是遗传多样性研究,和鱼类种质资源评估和管理中的应用前景问题.     

Nature:骨髓微环境发生突变可导致造血干细胞异常

正白血病骨髓微环境中支持血液发育的某些DNA突变可以驱动周围造血干细胞形成白血病,来自艾默里大学温希普癌症研究所和亚特兰大儿童健康中心的研究人员在国际学术期刊Nature上公布了他们的最新研究进展。许多致癌突变都作用于细胞自身,让细胞自身生长更快。相比之下,努南综合征小鼠模型上可以观察到间接的邻近细胞效应,努南综合征是一种能够增加白血病患     

缢蛏遗传多样性的RAPD分析

用RAPD(Random amplified polymorphic DNA)技术对大连的养殖缢蛏(Sinonovaeula constrict)群体35个个体的遗传多样性进行了分析。结果表明,14个随机引物,平均每个引物扩增出6条带;共检测到的86个位点,其中多态位点数为43个(占50.0%);个体间遗传距离在0.1503～0.3768之间,平均遗传距离为0.2107;16号和25号缢蛏个体聚类成一大类,另33个缢蛏个体聚成一大类。     

纵纹腹小鸮DNA指纹谱探针的筛选和初步应用

以人工合成的微卫星序列 (GTG) 5,(GT) 8,(CAC) 5和人源小卫星 33 1 5作引物 ,扩增纵纹腹小的基因组DNA ,产生多态性DNA片段 ,回收了 8个表现个体特异性的片段。当用小的基因组总DNA探针与它们杂交时 ,其中 2个表现阳性 ,说明PCR方法扩增出的高变异产物含有重复序列。用含重复序列的个体特异性PCR产物作探针 ,与无关个体小基因组DNA的HaeⅢ酶切产物进行DNA印迹 ,获得了变异性较高的DNA指纹图谱。且通过对京白鸡家系分析表明 ,用小基因组DNA的PCR产物分离制备的探针所获得的DNA指纹图带能够稳定的遗传。因此 ,高变异的PCR产物可以有效地用作DNA指纹探针。     

滇金丝猴的随机扩增多态DNA与遗传多样性分析

对6只笼养滇金丝猴(Rhinopithecus bieti)进行了随机扩增多态DNA(RAPD)及遗传多样性分析.用45个10bp随机短引物对每只滇金丝猴的基因组DNA进行了扩增,平均每个个体观察到的RAPD标记约为130个左右,单个引物获得的标记在1～7个之间.80%的RAPD标记表现为无多态的单型性.个体间的遗传距离为0.052,表明笼养滇金丝猴群体的遗传多样性很低.此研究结果与在蛋白多态研究中得到的一致.贫乏的遗传多样性一方面使目前处于濒危境地的滇金丝猴生存情况更加危险,同时其本身也可能是造成目前滇金丝猴濒危的原因之一.另外,通过成对的遗传距离分析,构建了这一群滇金丝猴的谱系关系图,提出了让遗传距离较远的个体间进行交配的笼养繁育计划.     

恒河猴群微卫星DNA多态性的分析

目的　确立一种对恒河猴群个体的遗传物质进行准确可靠、快速简便的遗传检测方法。方法　利用聚合酶链反应 (PCR)扩增技术对 2 0只恒河猴群个体间进行了DNA多态性的分析。结果　筛选出 9个微卫星DNA位点具有显著多态性 ,4个微卫星DNA位点没有多态性 ,还有 2个位点等位基因数目较少。结论　利用这些多态性微卫星位点建立一种对恒河猴群个体进行有效、准备可靠、快捷简便的遗传背景监测方法。     

使用SSR和mtVNTR分子标记识别扬子鳄个体

扬子鳄是中国特有的濒危物种,为有效避免种群衰退,最大限度地保持该物种现有的遗传多样性,有必要对种群的个体进行个体识别研究,以便重建遗传谱系,指导现有繁育工作。应用SSR(Simple sequence repeats)与mtVNTR(Variable number tandem repeats on mitochondrial DNA)两种分子标记对扬子鳄39个个体进行了个体识别分析,结果显示：8个SSR座位的累计个体识别率与累计父权排除率分别达0．9968、0．7697,mtVNTR的个体识别率为0．9146,联合SSR与mtVNTR两种分子标记的累计个体识别率理论值达0．9997,并在实际分析中将39个扬子鳄个体完全区分开,其区分能力较RAPD(Random amplified polymorphic DNA)、AFLP(Amplified fragment length polymorphism)及mtDNA控制区5’端序列分析等分子标记要高。此外,SSR和mtvNTR还可对某些低频等位基因及其携带个体做有效的筛查,这对今后进行大量扬子鳄个体的分子标记识别和群体的遗传谱系建立等工作将具有一定实际意义[动物学报51(3)：501—506,2005]。     

北京汉族群体39个短串联重复序列基因座多态性及其遗传关系

本文首次对北京地区汉族人群的13个CODIS(Combined DNA index system)和26个非CODIS系统STR基因座的遗传多态性进行了研究,建立了北京地区汉族人群39个STR基因座的群体遗传多态性数据库并对其法医学应用价值进行了评价。39个STR基因座的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡且各基因座之间均不存在连锁现象,个体鉴别力(Power of discrimination, DP)在0.7740~0.9818之间,期望杂合度(Expected heterozygosity, He)在0.6000~0.9350之间,多态性信息含量(Polymorphism information content, PIC)在0.5317~0.9047之间,非父排除率(Power of exclusion, PE)在0.2909~0.8673之间,累积个体鉴别力(Cumulative probability of discrimination, CDP)为0.999999999999999999999999999999999999999964971,累积非父排除率(Cumulative probability of exclusion, CPE)为0.999999999973878。另外,结合已公开报道的国内其他11个群体相应基因座的遗传资料,根据等位基因频率计算遗传距离,构建了系统发生树。本研究可为中国法医DNA数据库和群体遗传学数据库提供重要的基础数据,对北京地区汉族人群开展法医学个体识别、亲权鉴定和遗传学研究具有重要的意义。     

DNA条形码技术在青海海东地区小型兽类鉴定中的应用

为弥补传统形态分类方法的不足,探究应用DNA条形码技术进行分子生物学鉴定的可行性,本研究用DNA条形码技术检测了青海省海东地区3目6科14属18种110只小型兽类的COI基因部分序列。分析所测COI基因序列可知:种内遗传距离≤3%,种间遗传距离5-10%,属间遗传距离12-19%,种间遗传距离显著大于种内遗传距离。NJ树显示同种个体聚为有很高支持度的单一分支。有6个个体(4只黄胸鼠、2只小家鼠)在现场鉴定中被误定为其他种类。研究结果表明使用条形码技术能纠正形态学鉴定中的错误,也说明动物线粒体COI基因是一个有效的DNA条形码标准基因。     

利用线粒体DNA控制区序列分析细鳞鲑种群的遗传结构

细鳞鲑(Brachymystaxlenok)是我国重要的经济鱼类,由于过度捕捞、环境污染及其他因素的影响,其种群已处于濒危状态。研究细鳞鲑种群的遗传结构对于探讨这一物种的形成与演化及其有效保护等问题具有十分重要的意义。本文测定了我国东部水系的细鳞鲑7个种群71个个体的线粒体DNA控制区序列片段(835bp),发现43个变异位点,共计15个单倍型。AMOVA分析结果表明,不同的地理区域之间存在显著的遗传分化(63.55%),而区域内和种群内的遗传变异分别只有24.17%和12.28%。采用邻接法(NJ)构建分子系统树,结果表明,单倍型被分成3个与各自的地理区域相对应的族群,各地理区域之间没有共享的单倍型。细鳞鲑的这种独特的遗传结构与其进化历史(例如地理隔离造成基因流的长期中断)和生物学特性(例如有限的散布能力和基因交换能力)有密切的关系。根据上述研究结果,我们建议对这3个遗传分化显著的地理区域加以保护,并按照不同的水系来保护种群,避免不同区域的种群之间发生基因交流。     

圈养及野生藏酋猴子代遗传多样性差异分析

为评价圈养及野生藏酋猴Macaca thibetana子代遗传多样性的差异,本研究利用藏酋猴线粒体控制区(mt DNA D-loop)全长序列,对四川省金阳地区野生亲本及子一代、马边地区野生亲本及圈养繁殖子一代共102只个体开展了遗传结构变异分析。结果显示,藏酋猴mt DNA D-loop的序列长度为1 091 bp,包括115个变异位点,66个单倍型,其中,马边种群亲本与子一代共享2个单倍型,金阳种群亲本与子一代共享1个单倍型。马边种群2个世代个体的核苷酸多态性分别为0.004 77和0.004 09;而金阳种群2个世代个体的核苷酸多态性分别为0.002 30和0.002 78,子一代与亲本的遗传多样性差异无统计学意义,均处于较低水平。马边和金阳地区子一代与亲本之间的遗传距离分别为0.024 09和0.002 55,表明圈养和野生条件下的子一代与亲本间均未出现明显的遗传分化。根据D-loop全长序列所构建的邻接(NJ)树显示,金阳或马边地区的不同世代个体在NJ树上互相交叉,未形成独有的进化支,说明无论自然条件下的随机交配还是圈养繁育的人为选择压力均没有对藏酋猴种群的遗传结构造成大的影响。本研究首次利用mt DNA D-loop全长序列分析藏酋猴野外与圈养繁殖的亲本与子一代间的遗传差异,为藏酋猴实验动物遗传控制标准化提供数据支持。     

Ｂ型烟粉虱抗噻虫嗪品系的遗传分化

采用扩增片段长度多态性(Amplified fragment len gth polymorphism, AFLP )技术, 研究了Ｂ型烟粉虱Bemisia tabaci 噻虫嗪 (thiamethoxam ) 抗性品系在DNA分子水平上的遗传分化。实验数据用STATISTICA (4.5版本) 软件进行分析, 遗传距离用UPGMA (非加权对组算术平均值聚类) 方法进行聚类。在聚类树中, 首先是抗性个体与敏感个体聚为2枝, 然后雌、雄个体聚为2枝, 说明抗性品系在DNA分子水平上已存在明显分化。另外, 利用Eco RⅠ+ACT/MseⅠ+CTG引物, 分别在全部抗性个体中扩增出了敏感个体所没有的特异性同一片段和在全部敏感个体中扩增出了抗性个体所没有的特异性同一片段, 经克隆、测序, 这2个片段分别是150 bp 和315 bp。此2个片段, 可作为烟粉虱抗噻虫嗪品系和敏感品系的分子标记而在抗性监测中得以应用。     

Nat Genet:科学家发现相同肿瘤中存在不同遗传复杂性的癌细胞

正近日,一项刊登于国际杂志Nature Genetics上的研究报告中,来自美国洛杉矶希达-西奈(Cedars-Sinai)医学院的研究人员通过研究在食管肿瘤的组织样本中鉴别出了2000多个基因突变,从而详细阐述了癌症的复杂性,本文研究表明,单一肿瘤的不同区域或许具有多种遗传模式。该研究能够帮助解释为何靶向特殊遗传缺陷反而难以有效治疗癌症,对患者肿瘤进行单一活组织检查的外科医生仅能够解析部分肿瘤的特性和其遗传突变,此外,癌细胞还会不断改变其遗传组成。Dechen Lin博士表示,一个     

伊洛河马口鱼遗传差异及其种群分化研究

研究利用细胞色素b(Cyt b)基因分析了采自于伊洛河的48个马口鱼(Opsariichthys bidens)个体间的遗传距离,并构建其系统发育关系。分析结果显示, 48个个体聚为两个支持率为100%的分支,分支间没有共享单倍型。每个分支的样本覆盖了所有的采样点,分支内个体间的平均遗传距离为0.2%,而分支间的遗传距离为3.1%。微卫星分析结果显示, 99.88%的遗传差异来自于种群内个体间,种群间的差异只占了0.12%,两个分支种群并没有发生显著的遗传分化(Fst=0.0012, P=1)。以δ13C和δ15N构建了两个分支的生态位,结果显示,伊洛河马口鱼的两个分支的营养生态位没有发生分离。基于线粒体Cyt b基因的遗传分歧,伊洛河马口鱼的两个分支可能代表不同的物种。但它们在种群遗传结构上并没有发生显著的种群分化,个体间亲缘关系树与系统发育树的分歧暗示种群间不存在生殖隔离,营养生态位也没有分离。研究结果并不符合隐存种的解释,伊洛河马口鱼两个分支间线粒体DNA的遗传差异可能源自于祖先种群或者种间杂交。     

东北梅花鹿野生种群分布与遗传变异的分子鉴定

梅花鹿东北亚种(Cervus nippon hortulorum)曾被认为已野外灭绝,近年来在黑龙江东南部和吉林东部临近边境地区发现少量分布,其生境隔离、面积狭小,破碎化严重。亟需对其种群的遗传变化,特别是遗传多样性和近交衰退等种群遗传信息开展进一步评价,增强保护与管理的针对性。本研究在大、小兴安岭和长白山设计9个重点研究区域,共收集673份疑似梅花鹿粪样样本。首先基于线粒体DNA Cyt b基因测序技术开展物种鉴定,并对鉴定为梅花鹿的阳性样本利用微卫星技术进行个体识别。结果证实,东北梅花鹿仅在老爷岭东部山脉有分布,106份梅花鹿粪便DNA中识别出33只个体(穆棱保护区20只,老爷岭保护区13只)。33个Cyt b基因序列共检测出6个变异位点和5个单倍型,单倍型多样性指数(Hd)为0.621,核苷酸多样性指数(Pi)为0.006 7;微卫星检出种群平均等位基因数(Na)7.1个,观测杂合度(Ho)0.604,期望杂合度(He)0.712,固定系数(Fis)0.152。结果表明,东北梅花鹿种群遗传多样性丰富,但也存在一定程度的杂合度不足和近亲繁殖;种群近期经历了瓶颈效应,未发生种群扩张;...     

东亚特有植物合被韭和长梗合被韭遗传多样性的ISSR分析

合被韭(Allium tubiflorum)和长梗合被韭(A.neriniflorum)是葱属(Allium L.)植物中花被片合生的类群,是东亚特有植物的典型代表,也是研究第四纪气候变化对东亚温带落叶林地变迁影响的理想模式植物。该研究对合被韭16个居群154个个体和长梗合被韭14个居群133个个体采用ISSR分子标记,分析不同居群合被韭和长梗合被韭DNA水平的差异和分化,揭示2个种的遗传多样性水平和遗传结构,探讨片段化生境对居群遗传多样性和遗传分化的影响。结果表明:(1)2个类群在种级水平的遗传变异丰富,合被韭的多态位点百分率(PPB)为98.00%,Nei’s基因多样度指数(H)为0.264 8,Shannon多样性信息指数(Ho)为0.415 3;长梗合被韭PPB为95.56%,H为0.253 9,Ho为0.399 8,但居群水平遗传多样性较低,遗传分化系数(Gst)分别为0.421 8和0.430 1,变异百分率分别为38.95%和39.17%,遗传变异主要存在于居群内部。(2)结合本研究结果和前人的细胞学研究资料,认为合被韭和长梗合被韭的进化驱动力是杂交和多倍化;合被韭和长梗合被韭均以鳞茎兼行无性繁殖,克服了杂交和多倍化带来的育性降低和居群个体数量下降,保存其变异;复杂的遗传背景和多样化的繁育方式极可能是导致居群内遗传分化显著的重要因素。(3)根据已有系统发育资料和本研究UPGMA聚类显示,合被韭和长梗合被韭在种级水平具紧密亲缘关系,互为姊妹类群。研究推测,这两种的分布重叠区域——燕山山脉、太行山脉及邻近地区可能是其祖先分布区,且该区域居群遗传变异最为丰富,因此,燕山山脉、太行山脉及邻近地区可能是合被韭和长梗合被韭的分化中心和遗传多样性中心。     

半滑舌鳎雌性特异AFLP标记CseF783的克隆及其在遗传性别鉴定中的应用

半滑舌鳎性别控制和全雌育种等研究领域中迫切需要一种能够快速鉴定鱼类个体遗传性别的有效方法。文章采用AFLP技术, 利用选择性引物组合(E-ACT/M-CAA)从半滑舌鳎中筛选到一条雌性特异的AFLP标记。对该标记进行二次PCR扩增、琼脂糖凝胶回收、克隆、测序。分析表明, 序列全长为791 bp, 与GenBank中的序列无同源性。以该雌性特异AFLP标记DNA序列为模板, 设计了一对特异的PCR引物, 成功地将其转化为SCAR(Sequence characterized amplified regions)标记, 并在100尾已知性别的半滑舌鳎个体(雌雄各50尾)中进行验证, 结果表明, 该SCAR标记在所有雌性个体中均扩增得到一条长度为324 bp的DNA条带, 而在49尾雄性个体中均扩增不到该DNA条带(有1尾雄性个体例外), 证明该SCAR标记是雌性特异的, 并可用于半滑舌鳎个体遗传性别鉴定。随后, 利用该SCAR标记检测了3日龄半滑舌鳎幼苗, 结果表明, 雌性个体比例为41.7%。     

食蟹猴微卫星DNA标记遗传监测及多态性分析

目的研究国内食蟹猴种群的遗传背景特性,建立食蟹猴种群遗传质量监测方法。方法采用微卫星DNA遗传标记技术对50只食蟹猴种群个体进行遗传质量监测及DNA多态性分析。结果从100个微卫星DNA位点中筛选出20个多态性高的位点,其食蟹猴种群个体的等位基因数目为5-10条,个体间均呈现高度的多态性;其观察等位基因数（Na）为5.0～10.0,有效等位基因数（Ne）为4.6118～8.3404,基因多样性（H）为0.7832～0.8801和香隆信息指数（I）为1.5651～2.1592。结论本实验有效地分析了食蟹猴种群的遗传多态性,为今后筛选特异性微卫星位点来建立食蟹猴种群遗传质量监测方法提供了理论依据。