峨眉山藏酋猴mtDNA控制区序列变异及种群遗传多样性

为更有效地保护藏酋猴Macaca thibetana野生种群,本文测定了来自峨眉山藏酋猴8个亚群体的47个样品mtDNA控制区5'端505 bp的序列,发现了27个变异位点(5.74%),定义了4种单倍型,其单倍型多样性(h)为0.236±0.079、核苷酸多样性(π)为0.00902±0.00354,单倍型之间的序列差异平均为0.623%,平均核苷酸差异(K)为4.274,单倍型序列之间变异较大,种群中的核苷酸多样性较高;将峨眉山的藏酋猴看成一个种群与同为四川地区的马边群体及安徽的黄山群体的相应序列进行比较,结果显示峨眉山藏酋猴种群mtDNA控制区序列与马边群体间的差异性较小,而与黄山群体间的差异性较大。分子方差分析(AMOVA)表明,90.04%的遗传变异发生在种群之间,仅有9.96%的变异发生在种群内。进一步分析表明,藏酋猴各地理种群间均不同程度地存在着一定的遗传分化(Fst=0.9004,P<0.05),种群间基因交流较贫乏(Nm<1)。基于最大似然法和邻接法构建的系统发生树均支持四川地区的藏酋猴种群和安徽黄山种群分别聚为不同的类群,支持将它们归入各自的管理单元;而本研究中的四川地区藏酋猴在系统发生树上也分为2个亚支,但这2个亚支并未与地理分布成完全的对应关系,应归为一个管理单元加以保护。     

黄山短尾猴mtDNA控制区序列变异及种群的遗传多样性

短尾猴属灵长目(Primates)猴科(Cercopithecidae)猕猴属(Macaca),是我国特有的国家二级保护动物。为了更有效地保护其野生种群,本文研究了黄山短尾猴种群内的遗传多样性,并对黄山短尾猴与四川短尾猴种群间的遗传差异进行了分析。共测定了黄山短尾猴7个群体中的30个样本的mtDNA控制区5′端493bp的序列,只发现了7个变异位点,定义了3种单倍型,单倍型序列之间缺乏变异,种群中的核苷酸多样性很低(0.006);3种单倍型相应地将黄山种群分为了3个亚群,不同亚群之间呈现出一定的片断化分布,从分子水平上初步揭示了短尾猴黄山种群的遗传多样性。与四川短尾猴的相应序列比较,黄山短尾猴控制区序列存在很大差异,共有59个变异位点,而且存在大片段的碱基插入/缺失,有78%的遗传变异发生在两个种群之间,两个种群间的核苷酸歧异度已达8.21%。进一步分析表明,黄山短尾猴与四川短尾猴之间存在着极显著的遗传分化(FST=0.399,P<0.001),基于最大似然法和邻接法构建的系统发生树均将两者聚为不同的类群,支持将它们归入各自的管理单元。     

利用微卫星标记分析山东地方鸡品种的遗传多样性

微卫星是近几年来应用较多的一种分子标记,可有效地进行基因鉴定与系谱分析,并可估算群体间的遗传距离。通过选用5个微卫星标记,检测了山东省5个地方鸡种：日照麻鸡、寿光鸡、莱芜黑鸡、济宁百日鸡、鲁西斗鸡以及一个外来鸡种——安卡黄鸡和一个外省地方鸡种——广西黄鸡共7个鸡种的遗传多样性。根据测试结果计算了每个等位基因的频率,以基因频率为基础分析了品种内的遗传变异和品种间的DA遗传距离,并讨论了微卫星多态性在应用于群体遗传变异及亲缘关系等方面的意义。结果表明：共检测到40个等位基因,其中等位基因数最多的位点为。ADL0136(10个);等位基因数最低的位点为ADL0146(5个);而且每个位点的等位基因分布并不均匀,都有一种或几种优势基因存在。在7个品种中,杂合度最低的为寿光鸡,杂合度值为0．3327,因为此鸡种多年来一直由寿光市慈伦种鸡场进行纯繁保种,未与其他鸡种杂交,因此杂合度最小;其他鸡种杂合度也都低于0．4,据分析可能是由于日照麻鸡、济宁百日鸡群体较小;莱芜黑鸡是正在选育的一个品种,个体间遗传关系也不远;安卡黄鸡和广西黄鸡自从引人嘉明公司后,群体近交现象普遍,因此各鸡种杂合度都偏低。由此可见,通过对杂合度的计算,微卫星可以较好地反应群体内的变异。各品种PIC值的变动范围从0．6196(寿光鸡)到0．7027(莱芜黑鸡),PIC值的大小与杂合度的高低体现了较高的一致性。对DA遗传距离的计算表明：日照麻鸡与济宁百日鸡的距离最近,而鲁西斗鸡与其他鸡种距离均较远。用UPGMA法进行聚类分析,结果7个鸡种被聚为3类：山东的4个地方鸡种寿光鸡、日照麻鸡、莱芜黑鸡与济宁百日鸡聚为一类;安卡黄鸡和广西黄鸡聚在一起;鲁西斗鸡独自为一类。这与几个鸡种的分化与选育历史是一致的,因此聚类图能够比较正确地反映7个品种之间的亲缘关系。     

四川裂腹鱼乌江种群mtDNA控制区序列的遗传多样性分析

采用PCR扩增和直接测序法分析了四川裂腹鱼乌江种群32个个体mtDNA控制区的序列差异和遗传多样性.在该种群mtDNA控制区长度为464 bp的同源序列中,共计有9个变异位点,占总位点数的1.94%.32个个体共定义了9种单倍型,单倍型间平均遗传距离(P)为0.0060,单倍型多样度(Hd)为0.768.核苷酸多样性(π)为0.00324,平均核苷酸差异数(K)为1.500.用单倍型间遗传距离构建的NJ分子系统树聚为两个分支.结果提示四川裂腹鱼乌江种群遗传多样性匮乏,保护四川裂腹鱼乌江种群刻不容缓.     

利用微卫星标记分析四川8个地方鸡品种遗传多样性

通过选用30个多态性较好的微卫星标记,检测了四川省8个地方鸡品种：峨嵋黑鸡、泸宁鸡、旧院黑鸡、米易鸡、石棉草科鸡、凉山崖鹰鸡、兴文乌骨鸡、沐川乌骨鸡的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度（H）、多态信息含量（PIC）和群体间的DA遗传距离。结果表明：30个微卫星位点中有24个微卫星位点在8个鸡群体中的多态信息含量均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于各鸡品种的遗传多样性和系统发生关系的分析。各鸡种的杂合度都较高,平均杂合度范围是0.629~0.681,最高的是泸宁鸡（0.681）,最低的是旧院黑鸡（0.629）。据分析可能是由于交通闭塞,形成了家禽品种的多种多型,而且杂合度的高低与PIC值的大小体现了较高的一致性。对DA遗传距离的计算表明：用UPGMA法进行聚类分析,结果8个鸡品种被聚为3类：Ⅰ类：峨嵋黑鸡、米易鸡、泸宁鸡、旧院黑鸡聚为一类。米易鸡、泸宁鸡先聚在一起,然后又与峨嵋黑鸡在较近的距离聚在一起,然后再与旧院黑鸡聚在一起;Ⅱ类：石棉草科鸡、兴文乌骨鸡、沐川乌骨鸡聚为一类。兴文乌骨鸡、沐川乌骨鸡在较近的距离聚在一起,然后又与石棉草科鸡在较近的距离聚在一起;Ⅲ类：凉山崖鹰鸡独自聚为一类。这与几个鸡品种的来源、分化、选育历史及地理分布是一致的。     

太湖流域粳稻地方品种遗传多样性研究

太湖流域稻作历史悠久,是我国粳稻高产地区之一。但育成品种的遗传基础日趋狭窄,将会给农业生产带来潜在风险。为了有效利用地方水稻资源以扩大改良品种的遗传基础,作者通过调查19个农艺性状,对823个太湖流域粳稻地方品种的遗传多样性进行了研究。结果表明:15个数量性状的变异系数(CV)范围在4.6%(结实率)和33.7%(单株产量)之间。颖壳色、稃尖色、芒型和粒型4个质量性状分别有10、6、5、4种表现型。19个农艺性状的多样性指数(H′)变化范围在0.757(粒型)和1.930(每穗实粒数)之间,平均为1.540。9月10日以后抽穗的品种比9月10日及其以前抽穗的品种具有更丰富的表型变异。主成分分析表明,株高、单株有效穗、每穗总粒数、每穗实粒数、着粒密度、千粒重、单株产量和穗颈长等8个性状是解释太湖流域粳稻地方品种多样性的重要性状。     

黑琴鸡北方亚种mtDNA D-loop遗传多样性初步研究

黑琴鸡(Tetrao tetrix)为国家Ⅱ级保护动物,但近年来种群数量不断减少。因此,了解不同种群的遗传变异情况,可为制定保护管理策略提供依据,以便恢复野外种群的数量。本文测定加格达奇(42个个体)和呼伦贝尔市扎兰屯(76个个体)两个黑琴鸡种群的共118个个体的mtDNA D-loop 序列,共发现25个变异位点,定义了33个单倍型,整体的平均核苷酸差异数(K)为2.608,核苷酸多样性(π)为0.228%,种群的遗传多样性偏低,两个种群有一定的基因交流,N_m为14.63,群体间无显著的遗传分化。Tajima's D和Fu&Li's D的估算结果表明,这两个黑琴鸡种群相对于中性的歧异度并没有明显的偏离(P>0.1),两个种群可能未经过大规模的种群扩张过程。     

浙江省地方鸡种的遗传多样性研究

测定了浙江省5个地方鸡种及来航鸡（对照）线粒体D－环区的部分序列（539bp）,构建了鸡种的分子系统树。在所测序列中共有24个变异位点,变异率为4．45％。结果显示,浙江省地方鸡种分为两支,有两个母系来源,一支为仙居鸡,它和外来品种来航鸡关系较近,有共同的母系祖先。另一支为灵昆鸡、白银耳鸡、乌骨鸡和萧山鸡,它们有着共同的母系祖先,其中灵昆鸡,白银耳鸡、乌骨鸡较近,萧山鸡与此3种鸡关系较远。     

中国胭脂鱼线粒体控制区遗传多样性分析

利用PCR技术扩增了采自长江宜昌江段和清江的8尾中国胭脂鱼线粒体DNA控制区全序列,研究发现该种具有脊椎动物线粒体控制区的一般结构,在获得的958bp的碱基序列中,共检测出32个多态性核苷酸变异位点,多态位点比例为0.033。核苷酸的变异位点除一个为缺失外,其余全部为碱基转换。变异位点主要集中在55-365bp高变异区,而其他区域突变稀少,个体的变异在0-1.36%之间,表现出较大的个体多态性差异。中国胭脂鱼的线粒体控制区的变异远大于美国胭脂鱼（Moxostoma robustum)的0.016。     

谷子地方品种和育成品种的遗传多样性研究

对河南、河北和山东等地的482份谷子地方品种和近30年培育的谷子品种的11个形态性状和农艺性状进行种植观察,研究两类品种的遗传多样性。与地方品种相比,育成品种形态性状的多样性指数大多低于地方品种,育成品种的株高比地方品种显著降低,稳重、穗粒重和出谷率等性状显著提高。地方品种的广泛变异类型是现代谷子育种的重要遗传资源。     

贵州黄牛mtDNA D-loop 遗传多样性研究

对贵州4个地方黄牛品种共计82个个体的线粒体DNA D-loop区全序列910 bp进行分析,检测到31种单倍型,其核苷酸多态位点65个,约占所测核苷酸总长的7.14%,其中有62个转换,2个颠换,1个转换/颠换共存。贵州4个黄牛品种mtDNA D-loop区核苷酸多样度（π值）为2.16%～2.61%,单倍型多样度（H）为0.695～0.909,表明贵州黄牛mtDNA遗传多样性比较丰富。根据单倍型构建了贵州4个黄牛品种的NJ分子系统树。聚类表明,贵州黄牛有普通牛和瘤牛2大母系起源,其影响较为均一。并探讨了用核苷酸多样度π值的大小来衡量黄牛群体遗传分化程度的可行性。      

藏羚羊mtDNA D-Loop区遗传多样性研究

该研究采用非损伤性DNA基因分型技术,对可可西里地区10个藏羚羊（Pantholops hodgsonii）个体的mtDNA非编码区部分片段（444~446bp）进行了序列分析,结果显示A、T%含量（61.8%）明显高于G、C%含量（38.2%）,共发现10种单倍型,包括48个多态位点,其中转换位点44个、颠换位点1个、插入位点1个、缺失位点2个。单倍型间平均遗传距离为0.031,单倍型多态性（h）为1.000,核苷酸多态性（π）为2.96%。说明藏羚羊线粒体控制区存在着丰富变异,最后从藏羚羊的生态习性及地理分布两方面对这一结果进行了分析探讨。      

中国花生地方品种与育成品种的遗传多样性

以中国花生小核心种质中涉及来源于中国本土的145份地方品种和67份育成品种为材料,应用SSR技术从206对SSR引物中筛选出25对扩增效果好的多态性引物进行检测,并对其进行遗传多样性分析比较.结果表明:(1)地方品种与育成品种各具有特殊带型及各自独特的遗传特性.相似系数和多态性信息量均表明,地方品种的多样性比育成品种丰富,其中:地方品种之间的相似系数为0.57～0.99,平均0.795,多态性信息量0.530 0;育成品种之间的相似系数0.63～0.99,平均0.810,多态性信息量0.463 3.地方品种与育成品种之间的平均相似系数为0.794,变异范围0.56～0.99.(2)对不同生态区来源的分析表明,除黄河流域外其他各生态区地方品种的观测等位基因数和遗传多样性指数(分别为2.740 7～3.518 5和0.816 4～0.879 4)均比育成品种的对应值(分别为1.7012～2.145 6和0.4829～0.802 2)大,并以长江流域生态区地方品种的观测等位基因数和遗传多样性指数最大,分别为3.518 5和0.879 4.(3)聚类分析结果表明,花生核心种质中,中国本土资源分为3个品种群,即地方品种密枝亚种群、地方品种疏枝亚种群和育成品种群,与花生的亚种分类一致.(4)通过遗传多样性分析,鉴定出一批遗传差异较大的材料,其中zhh1398与zhh0041的遗传差异最大,相似系数为0.56,为花生品种的遗传改良及作图群体的构建奠定了基础.     

广东省地方鸡线粒体遗传多样性与母系起源

系统评估地方鸡的遗传变异水平并追溯其母系起源, 可为保护利用优质家禽种质资源库提供科学依据。本研究测定了广东省和邻省共12个地方鸡品种的线粒体DNA D-loop序列, 分析品种间的遗传距离与系统关系, 并构建单倍型系统发生树和中介网络图。360份样品共检测到60个突变位点, 均为转换。定义了85种单倍型, 归属于单倍型类群A、B、C和E, 在12个鸡品种中均有分布, 其中B是优势单倍型类群(187个, 51.94%), E次之(76个, 21.11%)。B02 和C01是优势单倍型(85个, 23.61%; 48个, 13.33%), 为12个鸡品种共有; E03位居第三(35个, 9.72%), 杏花鸡、黄郎鸡和宁都三黄鸡未见此单倍型。杏花鸡集中分布在单倍型类群B, 惠阳胡须鸡和中山沙栏鸡则主要分布在单倍型类群E; 怀乡鸡的单倍型数量最多, 中山沙栏鸡的最少。广东地方鸡品种间遗传距离为0.012-0.015, 单倍型多样性0.805 ± 0.047至0.949 ± 0.026, 核苷酸多样性0.0102 ± 0.0017至0.0138 ± 0.0009。邻接树和中介网络图将85种单倍型划分为进化枝A、B、C和E, 广东省与邻省地方鸡单倍型的地理分布模式相似。中性检验显示广东地方鸡未经历明显的群体历史扩张。结果表明广东地方鸡处于较好的保护状态, 遗传多样性水平较高, 品种的形成受到邻省和北方家鸡的影响, 东南亚红原鸡对广东地方鸡也有重要的遗传贡献。     

天津和唐山小豆地方品种遗传多样性分析

利用SSR分子标记对唐山红小豆、天津红小豆的96个品种（按品种地地理来源划分为14个品种群）进行遗传多样性分析,表明197对引物中共有89对的扩增谱带清晰稳定,共扩增出285条带,多态性条带百分率（PPB）达100%,经Popgene32软件分析,遵化品种资源的遗传多样性的水平最高[PPB=85.39%,I（信息指数）=0.567],其次为玉田和迁安的品种资源,而在天津红小豆资源中,除静海县（排位第5）外,遗传多样性水平相对较小,其中宁河的遗传多样性水平最低（PPB=22.47%,I=0.1575）。聚类分析表明,96个品种可分为三个组群,唐山红小豆组群中包含了天津静海小豆;天津红小豆中的大港品种资源单独为一组群;其它天津红小豆为第二大组群。本研究可为地方品种的保存及杂交组配提供参考。     

浙江省薄皮甜瓜地方品种的表型遗传多样性

利用表型性状探讨了浙江省沿海地区27份薄皮甜瓜地方品种资源的遗传多样性。结果表明48个质量性状遗传多样性指数在0.17–1.98之间;33个数量性状的变异系数在4.56%–83.50%,表明其丰富的遗传多样性。形态学聚类分析表明,在相似系数0.30处可以将27个资源分成两大类,这与按生育期长短分类结果完全一致;亚类的划分与果实形状、种子形状、叶片颜色、果皮颜色、覆纹颜色等质量性状具有一定的相关性,但其划分依据相对独立。本研究结果进一步丰富了甜瓜的评价体系,并为今后优异基因资源的挖掘与利用提供重要依据。     

贵州柿地方品种表型性状遗传多样性分析

采用文献查阅、实地踏查和异地保存相结合的方法,对88份贵州地方柿资源的34个表型性状进行了研究,并用主成分分析和聚类分析的方法对贵州地方柿资源的遗传多样性和亲缘关系进行分析,为地方优良资源的开发利用奠定基础。结果表明:(1)88份贵州地方柿种质资源的数量性状和质量性状均具有较大的变异,呈现出丰富的多样性。(2)主成分分析获得了一个16因子模型,可解释81.41%试验数据,其中前6个主因子的方差累积贡献率达50.57%,对应的16个性状依次为:着色期果面油渍、叶先端形状、叶基部形状、柿蒂形状、萼片形状、果实颜色、果实纵沟、果顶形状、蒂洼、皮孔密度、叶横径、叶柄长、叶片颜色、单果重、可滴定酸含量、可溶性总糖含量、糖酸比,这些性状可作为评价贵州柿资源多样性的主要指标。(3)88份资源的Shannon遗传多样性指数平均值为1.57,遗传多样性在地区间差异明显,根据遗传多样性指数可初步推断贵州地方柿资源是由黔中、黔南和黔西区域向黔北和黔东区域演化。(4)Q型系统聚类分析显示,表型性状遗传距离最远为13.76,说明贵州柿资源的多样性丰富;88份资源被聚为6个类群,不同类群间表型性状差异较大,表明不同类群的亲缘关系较远,各类群或亚群可能具有相互独立的遗传背景。     

华东地区青冈种群的遗传多样性及遗传分化

采用垂直板型聚丙烯酰胺凝胶电泳测定了华东地区6个青冈(Cyclobalanopsis glauca(Thunb.)Oerst.)种群的遗传多样性和遗传分化程度以及基因流。青冈种和种群水平都维持有较高的遗传多样性,期望杂合度分别为0.2252和0.2126,观察杂合度分别为0.1661和0.1771。种群间的遗传分化程度较低,分化度仅为5.6％,种群间的遗传一致度和遗传距离的均值分别为0.9729和0.0276。种群间的分化时间为1.4～27万年。基因流分别为4.21和20.49。     

西南地区地方品种猪血液蛋白遗传多样性研究

本实验采用水平板淀粉凝胶电泳技术,研究滇南小耳猪、迪庆藏猪、明光小耳猪、福贡猪、越南野猪和贵州从江香猪共20个个体共计42个基因座位的蛋白质多态性,发现其基因型和基因频率大部分相似,只有Tf、Hp、EsD、Amy－1、CEs和6PGD等六个座位具有多态性;多态座位百分比和平均杂合度分别为P=0．0714,H=0．051。用UPGMA法分别对由基因频率所计算的标准遗传距离和欧氏几何距离 进行聚类分析,结果表明贵州从江香猪和其他几个云南猪品种（系）的距离最远。     

天津和唐山小豆地方品种遗传多样性分析

利用SSR分子标记对唐山、天津的96个红小豆品种(按品种地理来源划分为14个品种群)进行遗传多样性分析,结果表明,197对引物中共有89对的扩增谱带清晰稳定,共扩增出285条带,多态性条带百分率( PPB)达100％,经Popgene32软件分析,遵化品种资源的遗传多样性水平最高[PPB= 85.39％,I(信息指数)=0.567],其次为玉田和迁安的品种资源,而在天津红小豆资源中,除静海县(排位第5)外,遗传多样性水平相对较小,其中宁河的遗传多样性水平最低(PPB= 22.47％,I=0.1575).聚类分析表明,96个品种可分为三个组群,唐山红小豆组群中包含了天津静海小豆;天津红小豆中的大港品种资源单独为一组群;其他天津红小豆为第二大组群.本研究可为地方品种的保存及杂交组配提供参考.