五种提取马尾松基因组DNA方法的比较

对于含有大量多糖如酚、酯、萜等其它二次代谢产物的松科和杉科等针叶植物,要从其组织中提取高质量的基因组DNA一般都比较困难。本文以马尾松(Pinus massoniana)针叶为材料,分别采取了简易提取法、高盐沉淀法、CTAB沉淀法、Ziegenhagen法和QIAGEN公司DNeasy Plant Mini Kits 5种方法提取基因组DNA;并通过琼脂糖凝胶电泳、限制性内切酶处理和RAPD 3种方法对所提取的DNA样品进行检测,将它们在DNA的产量、质量和耗时、耗费等方面的优缺点进行定量总结,以便在实际工作中根据不同的实验目的选取最合适的方法,并根据分子生态学研究工作的实际特点确定了CTAB沉淀法为最佳方法。     

一种粗糙脉孢霉基因组DNA的快速制备方法

粗糙脉孢霉基因组ＤＮＡ的制备方法一般很费工费时。ＷｅｎｄｌａｎｄＪＡ等人发展了一种丝状真菌的ＤＮＡ提取方法 ,应用在裂褶菌取得了良好的效果[1] 。本文基于该方法制备粗糙脉孢霉基因组ＤＮＡ也取得了成功 ,应用ＰＣＲ从基因组扩增出了一个与无机焦磷酸酶有同源性的基因。1　材料与方法1 1　菌种 :粗糙脉孢霉 (Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａｃｒａｓｓａ)菌种 490 7ｐｒｄ - 4 ,ｂｄＡ ,来自ＦｕｎｇａｌＧｅｎｅｔｉｃｓｓｔｏｃｋｃｅｎｔｅｒ,ＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＫａｎｓａｓＭｅｄｉｃａｌＣｅｎｔｅｒ,Ｋａｎｓａｓ ,ＵＳＡ。1 2…     

水稻（Oryza sativa L.）核基因组存在叶绿体psbA基因的同源 …

序列比较说明、重复ＤＮＡ顺序ｐＲＲＤ９＾＊与水稻叶绿体基因组中编码ＱＢ蛋白的ｐｓｂＡ基因存在高度的同源。用ｐＲＢＤ９亚克隆片段ｐＲＲＤ９Ｒ和片段ｐＲＲＤ９Ｌ对水稻的叶绿体和核ＤＮＡ进行Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交分析,揭示了ｐｓｂＡ基因同源片段在某个进化时期由叶绿体基因组转移到水稻核基因组,而且两者在水稻进化过程中的变异程度存在明显的差异。     

普通小麦三个基因组之间的遗传关系及原位杂交分析

以普通小麦（Ｔｒｉｔｉｃｕｍ ａｅｓｔｉｖｕｍＬ．）的３个可能的二倍体供体种（乌拉尔图小麦（Ｔ．ｕｒａｒｔｕＴｈｕｍ．）拟斯卑尔脱山羊草（ＡｅｇｉｌｏｐｓｓｐｅｌｔｏｉｄｅｓＴａｕｓｃｈ）和粗山羊草（Ａｅ．ｔａｕｓｃｈｉｉＣｏｓｓ．）的基因组ＤＮＡ为研究对象,通过它们之间的相互杂交,比较杂交强度以及泳道中带纹的不同,并结合部分ＤＮＡ重复序列在基因组间含量差异的数据,得出结论：Ａ＾ｕ和Ｄ基因组的关系     

利用微波炉快速制备酵母质粒和基因组DNA PCR模板

制备基因组ＤＮＡＰＣＲ模板一般都比较费工费时 ,研究人员尝试用微波炉提取真核生物基因组ＤＮＡ ,然后做ＰＣＲ扩增取得了较好的效果[1 ,2 ] 。本文描述了一个利用微波炉快速制备酵母质粒和基因组ＤＮＡＰＣＲ模板的程序 ,具有良好的重复性。1　材料与方法1.1　材料酿酒酵母菌种 1ｃ163 6ｄａｒｇ11,ｕｒａ 3为比利时ＯｒｉａｎｅＳｏｅｔｅｎｓ馈赠。酵母载体ｐＹＸ13 3从美国康乃尔大学曹维国处获得 ,并由此构建了粗糙脉孢霉ａｒｇ 13ｃＤＮＡ的酵母表达载体ｐＹＸＡ5。培养基为ＳＤ或ＹＰＤ固体培养基。1.2　酵母质粒提取[3]取 1.5ｍｌ…     

RAPD分析用的犁DNA提取方法

ＲＡＰＤ分析用的梨ＤＮＡ提取方法胡春根郝玉邓秀新史永忠（华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室,武汉４３００７０）ＤＮＡＥｘｔｒａｃｔｉｏｎＭｅｔｈｏｄｆｏｒＲＡＰＤＡｎａｌｙｓｉｓｉｎＰｅａｒｓＨＵＣｈｕｎｇｅｎＨＡＯＹｕＤＥＮＧＸｉｕｘｉｎＳＨＩ...     

小麦D^2型与K型,V型,T型细胞质雄性不育系线粒体DNA的RAPD比较分析

采用ＲＡＰＤ方法比较新育成的小麦（ＴｒｉｔｉｃｕｍａｅｓｔｉｖｕｍＬ．）Ｄ２型不育系ｍｓＤ２ＣＡ８０５７与Ｋ型、Ｖ型和Ｔ型细胞质雄性不育系的线粒体ＤＮＡ（ｍｔＤＮＡ）。结果表明,ｍｓＤ２ＣＡ８０５７的ｍｔＤＮＡ不同于其它３种类型不育系,而其它类型不育系的ｍｔＤＮＡ彼此也各不相同。这一结果从分子水平上为鉴定该Ｄ２不育系的不育类型提供了证据。实验还发现在胞质来源相同而核背景不同的Ｔ型不育系间存在线粒体基因组多态性,这是关于小麦中Ｔ型不育系ｍｔＤＮＡ在常规回交转育过程中发生变异的直接证据。这种变异在很大程度上可能是受不同核背景影响的结果。     

快速克隆RAPD片段方法的研究

ＲＡＰＤ (ＲａｎｄｏｍＡｍｐｌｉｆｉｅｄＰｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍＤＮＡ ,ＲＡＰＤ)标记是由Ｗｉｌｌｉａｍｓ等于 1 990年提出的 ,一种检测ＤＮＡ多态性的方法 ,由于该方法中所选用引物的碱基是随机的 ,所用引物可达成百上千 ,所检测到的是生物体的整个基因组 ,既能检测有功能的基因编码区 ,又能检测到重复序列区 ,用同一套引物可对多个群体或物种进行分析 ,其所用引物的随机性和其所检测的结果具有更为可靠的统计性和更好的代表性 ,使ＲＡＰＤ标记在重要基因的标记、定位、系统进化、群体多样性和遗传演化等方面得到了广泛的应用。但…     

山羊草属五个基本基因组系统发育的RAPD分析

利用ＲＡＰＤ技术,从ＯＰＥ、ＯＰＦ、ＯＰＧ、ＯＰＵ、ＯＰＸ、ＯＰＹ和ＯＰＺ共７组随机引物中筛选出２８个能产生基因组特异带的稳定引物,对山羊草属（ＡｅｇｉｌｏｐｓＬ．）的５个基本基因组及普通小麦“中国春”的ＤＮＡ进行随机扩增,根据扩增的４８８条ＤＮＡ片段绘制出系统发育图。普通小麦ＡＢＤ基因组与Ｓ基因组亲缘关系最近,Ｃ与Ｕ基因组具有比较近的亲缘关系,Ｄ基因组与其它基因组的亲缘关系比较远     

用RAPD和AFLP的方法对中国卤虫（Autemia）种及亲缘关系的研究

利用ＲＡＰＤ（随机扩增多态ＤＮＡ）和ＡＦＬＰ（扩增片段长度多态性）技术对不同种及种群卤虫的关系进行分析。１０１个随机引物对４种卤虫Ａ．ｆｒａｎｃｉｓｃａｎａ、Ａ．ｕｒｍｉａｎａ、Ａ．ｓｉｎｉｃａ和Ａ．ｐａｒｔｈｅｎｏｇｅｎｅｔｉｃａ基因组ＤＮＡ进行扩增,平均每个种获得７５１条带,其中４５８条带为多态性标记,每个引物提供平均７．４个标记信息,聚类结果表明Ａ．ｓｉｎｉｃａ是不同于其他旧大陆两性生殖卤虫     

苛求芽孢杆菌基因组DNA提取方法的比较

目的:比较不同方法提取苛求芽孢杆菌基因组DNA的差异。方法:用经典CTAB提取法、改进CTAB法(溶菌酶处理结合CTAB提取法)、UniQ柱吸附提取法制备苛求芽孢杆菌基因组DNA,比较产物完整性和用于PCR扩增的有效性。结果:三种方法制备基因组DNA纯度接近,但改进CTAB法产率最高,UniQ法产率最低。经典CTAB法和UniQ法提取基因组DNA易降解。三种方法所得基因组DNA用于PCR扩增效率接近。结论:溶菌酶裂解结合CTAB提取更适合制备苛求芽孢杆菌基因组DNA。     

适于涡虫基因组DNA快速制备的改良的CTAB法

提取得到高质量的DNA样品是进行分子生物学研究的必要前提。为了找到一种适用于提取涡虫基因组DNA的常规方法,我们以东亚三角头涡虫为材料,分别用改良的CTAB法、SDS法、SDS-蛋白酶K法对涡虫的基因组DNA进行了制备,并对3种方法制备的涡虫基因组DNA进行了检测与比较。根据比较结果,我们认为改良的CTAB法最适合于涡虫基因组DNA的快速制备,为涡虫的分子生物学研究打下了基础。     

三种提取柱状黄杆菌基因组DNA方法的比较

采用酚氯仿抽提法、CTAB法和SDS-蛋白酶K法分别对鱼类病原菌柱状黄杆菌提取基因组DNA。使用超微量紫外分光光度计和琼脂糖凝胶电泳检测所提取的基因组DNA的产量和质量,并用PCR扩增对DNA进行了评价。结果显示,3种方法均可提取到柱状黄杆菌的基因组DNA,并能有效扩增细菌16S rDNA序列,但CTAB法提取的DNA产量和质量最高,CTAB法可以作为柱状黄杆菌DNA提取以开展分子生物学研究的首选方法。     

几种中药DNA提取方法的比较研究

以丹参、绞股蓝、三七为材料,分别采取CTAB法和SDS法提取基因组DNA,并通过紫外分光光度法和琼脂糖凝胶电泳对所提取的DNA样品进行检测,将它们在DNA产量、质量等方面的优缺点进行总结。结果表明,CTAB法能从丹参、绞股蓝中提取高质量的DNA,而三七的DNA更适合用SDS法提取。     

顽拗植物龙眼基因组DNA提取方法的研究

为从顽拗植物龙眼(Dimocarpus longan Lour.)叶片中获得可供后续分子生物学操作的基因组DNA．针对其组织细胞内富含多酚、多糖、单宁及色素等物质的特点,采用改进的CTAB法和SDS法,即在核裂解之前先破碎细胞．将存在于细胞质中的次生物质去除后再裂解细胞桉．结合其它一些改进措施．提取到的DNA沉淀呈纯白色．极易溶解于TE中。两种改进方法的OD260和OD280比值分别达到1.82和1．73,其鲜叶基因组DNA产量分别为103ug/g和127ug／g：RAPD扩增条带清晰,丰富．完全满足后续分子生物学操作的要求,其中改良CTAB方法效果更为理想,与之埘比．传统的CTAB法和SDS法提取到的DNA沉淀呈浅黄色甚至红褐色,很难被TE溶解,其OD260和OD280比值均低于1．5,也得不到扩增产物。     

降香黄檀基因组DNA的提取方法研究

目的：建立适合降香黄檀基因组DNA的提取方法。方法：采用常规SDS法、常规CTAB法和改良CTAB法等3种方法提取降香黄檀叶片基因组DNA,经电泳、吸光度、酶切检测比较提取结果;对采用改良CTAB法提取的基因组DNA进行ISSR-PCR检测。结果：改良CTAB法通过增加洗涤样品步骤,有效去除了多糖和多酚类物质,提取的DNA质量好,无降解现象,无蛋白质、盐离子及RNA污染。结论：改良CTAB法是一种高效的提取方法,使用该方法所得DNA的质量完全能够满足相应的分子操作需要。     

野老鹳草DNA的提取方法及RAPD分析

目的：以野老鹳草（Geranium carolinianum L．）的茎、叶为材料,研究野老鹳草DNA的提取方法及RAPD的分析。方法：采用CATB法、高盐低pH法和SDS法分别提取野老鹳草的基因纽DNA,并对3种方法进行了一些改进。通过RAPD分析所提取的DNA,比较所用的提取方法。结果：比较DNA产量、质量等,确定了高盐低pH法较佳。结论：干燥的材料和新鲜的材料均可提取得到DNA,高盐低pH法提取的效果优于CTAB和SDS法。     

红豆杉属植物三种不同总DNA提取方法的分析比较

红豆杉属植物均为濒危物种,也是国家一级保护植物.以红豆杉属植物叶片为材料,利用三种不同的DNA提取方法提取总DNA,用分光光度计和琼脂糖凝胶电泳方法检测所得总DNA的得率和纯度,用PCR扩增的方法检测所得总DNA的质量,并对三种不同提取方法的结果进行了比较分析.结果表明:CTAB法提取的DNA纯度和得率均较高,可直接用...     

三种提取蓝猪耳总DNA方法的比较

针对蓝猪耳（Torenia fournieri L.）叶片中多糖、色素等物质严重干扰总DNA提取质量的问题,以蓝猪耳叶片为试验材料,分别采用高盐低pH值法、SDS法、CTAB法提取总DNA,并从样品电泳图谱、纯度、得率等方面对三种方法进行评价。结果表明,CTAB法提取总DNA的产率较高、纯度最好,是蓝猪耳总DNA提取的最佳方法。