应用噬菌体展示随机肽库淘筛mAb 5H5识别的抗原表位

本文利用噬菌体随机9肽库探索汉滩病毒（HTNV）核衣壳蛋白（NP）B细胞抗原表位。以抗HTNV NP单克隆抗体(mAb）5H5作为筛选分子,生物淘洗噬菌体递呈的随机9肽库。阳性克隆经夹心ELISA、竞争ELISA鉴定后,随机挑取10个克隆,DNA测序,与HTNV76－118株S基因进行同源性分析。结果显示筛选到的噬菌体能特异地与5H5结合,这种结合可被天然抗原所抑制。10个克隆的氨基酸序列相同,均为VRDAEEQYE,与76－118株NP氨基端的aa25-33一致。证实了该线性表位是mAb 5H5识别的表位,噬菌体肽库有助于病毒抗原表位的确定。     

蛋白质起始的DNA病毒复制机制

DNA聚合酶在DNA合成过程中需要的引物包括RNA引物、DNA自我引物和蛋白质引物3种类型。新DNA链(如冈崎片段)的复制多是在DNA模板上合成一段RNA引物,细小病毒利用其基因组末端的反向末端重复序列(ITRs)自我折叠成DNA引物,而一些DNA、RNA病毒及真菌质粒起始复制反应的引物则是蛋白质。以感染原核生物的噬菌体Phi29和真核DNA病毒腺病毒为例,从复制过程所涉及的蛋白质、对复制原点的识别、复制起始反应、新链的延伸、复制终止过程等方面详细阐述DNA病毒由蛋白质引发的复制机制,并对已商品化的Phi29 DNA聚合酶产品多重置换扩增及单细胞测序等的应用以及基于噬菌体Phi29蛋白质起始的最小复制系统体外扩增异源DNA等最新的应用研究作相关总结介绍。     

从随机噬菌体肽库中筛选抗草鱼出血病病毒多肽的研究

从随机噬菌体九肽表位库中筛选出抑制草鱼出血病病毒（ＧｒａｓＣａｒｐＨｅｍｏｒｈａｇｅＶｉｒｕｓ,ＧＣＨＶ８７３）感染的多肽分子。采用完整、生物素化的草鱼出血病病毒颗粒作为受体,与以融合蛋白形式在丝状噬菌体ｆＵＳＥ５的外壳蛋白Ⅲ的Ｎ端表达的随机九肽库作用。经三轮体外亲和筛选（Ｂｉｏｐａｎｎｉｎｇ）及ＥＬＩＳＡ法检测后,从肽库中筛选出１６个与病毒高亲和力结合的噬菌体克隆,其中六个阳性克隆能有效地抑制病毒在ＣＩＫ细胞中的复制,并使病毒的半数组织培养感染剂量（ＴＣＩＤ５０）下降五个数量级。表明噬菌体肽库技术完全能够应用于抗病毒研究,为研制抗病毒短肽制剂打基础。     

含口蹄疫病毒IRES RNA病毒样颗粒表达载体的构建

利用PCR技术扩增大肠杆菌MS2噬菌体的外壳蛋白和成熟酶蛋白基因,将其克隆到pET32a中构建中间载体pET32a-CP。将FMDV的内部核糖体结合位点（IRES）保守序列连接到中间载体噬菌体基因的下游,构建原核表达载体pCPES。将重组质粒pCPES转化宿主菌BL21(DE3),1 mmol/L IPTG诱导表达。蔗糖密度梯度离心纯化表达产物。透射电镜观察到直径大约26 nm的圆形病毒样颗粒。检测病毒样颗粒的稳定性并进行RT-PCR鉴定。结果表明该病毒样颗粒含口蹄疫病毒IRES RNA序列,并且稳定性良好,本研究构建的病毒样颗粒可以作为RNA病毒检测时的标准品和质控品使用。     

利用生物条形码技术对蓝舌病毒VP7蛋白进行微量检测

目的：建立高灵敏检测蓝舌病毒VP7蛋白的生物条形码检测方法。方法：制备VP7蛋白的多抗及特异DNA链标记的金纳米颗粒探针（NP）和VP7蛋白单抗标记的磁性微球探针（MMP）,形成MMP-VP7蛋白-NP三明治复合物后,再利用去杂交将NP探针上标记的DNA链释放出来,通过PCR或芯片检测方法鉴定释放的DNA链,确定VP7蛋白的存在。结果：建立了蓝舌病毒VP7蛋白的生物条形码检测体系,检测灵敏度可达10fg/mL,为常规ELISA检测的106倍。结论：为发展高灵敏度的蓝舌病毒生物条形码检测试剂盒鉴定了基础。     

RNA噬菌体病毒样颗粒包装机制及其应用研究进展

RNA噬菌体是一类结构简单的较小病毒,病毒衣壳为T=3的20面体对称结构,由180拷贝的衣壳蛋白亚基组成,其基因组为正义单链RNA,约含有3500个核苷酸,具有mRNA的作用,编码4种蛋白:病毒衣壳蛋白,成熟酶蛋白,复制酶亚基和裂解蛋白.这些噬菌体最初从大肠埃希菌属中分离出,尽管后来在柄杆菌属和假单胞菌属中也被陆续发现,但迄今为止,对大肠埃希菌噬菌体的研究最为广泛和透彻,根据血清学和生化性质的不同,此类噬菌体可被分成4个类群.     

新疆两种土地利用方式下土壤病毒的群落组成与功能特征

病毒作为食物网的重要组成部分,在生态系统中发挥着重要的功能。病毒能够影响宿主的死亡率、群落结构和进化,以及营养元素循环。但由于技术方法的限制,对土壤病毒的群落组成和功能特征还知之甚少。为探索不同土地利用方式下土壤病毒组特征,采集了新疆棉花地和荒漠土壤样品。通过宏病毒组学分析发现,棉花地土壤和荒漠土壤分别注释到20个和15个病毒科,单链DNA（ssDNA）病毒占优势,其中微小噬菌体科（Microviridae）占比最高。仅在棉花地土壤中检测到花椰菜花叶病毒科（Caulimoviridae）、逆转录病毒科（Retroviridae）、裸露病毒科（Nudiviridae）、多分DNA病毒科（Polydnaviridae）、杆状病毒科（Baculoviridae）和囊泡病毒科（Ascoviridae）,其中大部分病毒属于植物病毒和昆虫病毒。本研究推测与土地利用方式相关的人为活动、土壤理化性质以及动植物的差异可能影响土壤病毒的群落组成。通过Virsorter共注释到1824条病毒contigs,主要为微小噬菌体科。进一步利用SEED数据库对病毒功能进行注释,发现两个土壤病毒组注释到的主要功能类似;在SEED level 2水平上,均以"Phage capsid proteins"和"Phage packaging machinery"占比最高。本研究可为进一步探索土壤病毒生态功能和土壤食物网提供数据支持。     

禽流感病毒核蛋白在噬菌体表面的展示

利用PCR技术,扩增禽流感病毒（AIV）核蛋白基因片段,将其克隆至pR质粒的T4噬菌体SOC基因C末端获得重组质粒pR—np,以此重组载体转化大肠杆菌Escherichia coli2（E2）,用溶菌酶缺陷噬菌体T4-zl感染重组E2菌,重组载体与缺陷噬菌体T4-zl基因发生同源重组,将np基因整合到噬菌体基因组中,用PCR方法筛选重组噬菌体并命名为T4-zl—np。经Western blot免疫电镜与ELISA检测证实,T4-zl-np表达的NP融合蛋白具有免疫学活性。结果表明,AIV核蛋白成功地在T4噬菌体表面展示,为禽流感防治奠定了基础。     

间接核酸杂交方法的建立

建立了一种新的核酸杂交手段一间接核酸杂交方法,其突出的优点是用一种共同的核酸标记物就可检查不同的基因组或不同的基因。我们重组乙型肝炎病毒或EB病毒的核酸片段于噬菌体M_(13)mp8载体,以此重组的单链DNA为第一夹心层,用~(32)P标记的双链噬菌体DNA作为共同探针,检查乙型肝炎病毒和EB病毒的核酸,获得满意的结果。应用该法进行细胞内的原位杂交,检查细胞内存在的EB病毒基因效果亦佳。     

人类免疫缺陷病毒(HIV-1)整合酶抑制剂筛选及其活性测定

整合酶作用的病毒DNA整合进宿主DNA的过程是反转录病毒在宿主细胞中增殖的关键步骤.由于在正常人类细胞中不存在相似的功能蛋白,其抑制剂对人体的副作用可能很小,相对于经典AIDS治疗药物的毒副作用,整合酶抑制剂理论上要具有优势.在线性七肽库中筛选与整合酶有特异结合作用的噬菌体展示肽,选取TPSHSSR和HPERATL 2条肽,它们可以竞争性地抑制展示相应肽段的噬菌体与整合酶的结合,同时它们对整合酶的整合活性也有一定程度的抑制,半数抑制率分别为IC50=(54.56±5.18)μmol/L,IC50=(28.29±1.32)μmol/L.这些多肽可用于治疗艾滋病新药的开发应用及整合酶结构及作用机制的研究.     

特异结合人禽流感病毒H5N1的scFv分子性能鉴定

目的从人源化噬菌体抗体库（human single fold scFv libraries I＋J）中筛选到能高亲和性、特异结合人禽流感病毒H5N1的单链抗体,为建立H5N1快速筛查试剂和人源化治疗单抗奠定基础。方法以H5N1病毒的血凝素（hemagglutitin,HA）蛋白和核蛋白（nucleoprotein,NP）为目的蛋白,对上述单抗噬菌体文库以亲和性为原理进行筛选,经过3轮筛选富集后,随机挑选了96个噬菌体克隆扩增培养,ELISA法挑选能特异性、高亲和性结合目的蛋白的噬菌体克隆,并换用HB2151宿主菌对阳性单链抗体克隆进行可溶性表达,ELISA法鉴定可溶性单链抗体的结合活性,PCR扩增阳性克隆的轻、重链基因片段,并对阳性单链抗体分子测序和序列分析。结果经过3轮筛选,分别从96个噬菌体克隆中挑选到了两株能特异结合NP蛋白、3株能特异结合HA蛋白的单链抗体,PCR扩增都得到了长为300、302和935bp的轻链、重链和轻链-连接片段-重链的基因片段,测序结果分析发现上述5条单链抗体片段在轻链的47、49、50、51、53、54、56、96、97、98和99位的氨基酸组成不同,而特异结合NP蛋白的单链在重链区域氨基酸组成完全相同,而特异结合HA蛋白的单链在重链的44、47、85、86、87、88和89位氨基酸组成不同。结论从噬菌体抗体库中筛选到的特异结合HA和NP蛋白的单链抗体片段,可为进一步研发H5N1快速筛选试剂和人源性治疗抗体奠定基础,也可为鉴定HA和NP蛋白中的抗原决定簇提供结构信息。     

高危型人乳头瘤病 E2蛋白功能研究进展

高危型人乳头瘤病毒(Human papillomavirus,HPV)是诱发宫颈癌,肛门癌,外阴癌及部分头颈癌等多种肿瘤的主要原因。在病毒生命周期过程中,HPV E2蛋白通过与病毒自身及宿主基因组DNA及蛋白相作用,在病毒基因转录调控、病毒DNA的复制和维持中起到关键作用,其还对宿主细胞转录、RNA加工、凋亡、泛素化及胞内转运等多种活动产生影响,为病毒增殖创造有利的宿主细胞环境,并在HPV致病过程中发挥重要作用。为了解E2蛋白的各种功能及其与病毒和宿主DNA和蛋白作用情况、HPV病毒生活史、HPV病毒致病和致癌机制的研究均有着重要的意义。细致描述E2蛋白的功能可以帮助我们寻找病毒相关疾病治疗的新方法。本文以HPV16为重点,对高危型HPV E2蛋白结构、功能和活性相关研究的进展进行了综述。     

副粘病毒附着蛋白在病毒融合过程中的作用

副粘病毒附着蛋白（AP）是病毒表面的一种主要糖蛋白,它能够诱导机体产生中和抗体。近年来的研究表明附着蛋白在病毒融合过程中的作用不公限于其对受体的识别和结合,它还促进融合蛋白（F）介导病毒与宿主细胞的融合。由此可见,副粘病毒具有其特有的融合机理,因此研究附着蛋白在病毒融合过程中的作用是揭示副粘病毒融合机理的前提,同时也会为新型抑制药物的研究提供思路。     

猪瘟病毒囊膜糖蛋白E0的RNA酶活性及其研究进展

猪瘟病毒（CSFV,Classicalswinefevervirus）属于黄病毒科瘟病毒属,同属的成员还有牛病毒性腹泻病毒（BVDV）和羊的边界病病毒（BDV）。猪瘟病毒是一种有囊膜的单股正链RNA病毒,基因组大小约12．3kb,含有一个大的ORF,此ORF编码一个大的多聚蛋白,经宿主和病毒编码蛋白酶的共同作用,在共同翻译中和／或翻译后,将此多聚蛋白加工成病毒的结构蛋白和非结构蛋白．猪瘟病毒基因组的5＇端编码病毒结构蛋白,即衣壳蛋白（C）和三个囊膜糖蛋白（E0、E1、E2）。其中E0和E2能够刺激机体产生中和抗体,并使猪获得免疫力[1,2]．意外发…     

应用噬菌体展示随机肽库淘筛mAb5H5识别的抗原表位

本文利用噬菌体随机9肽库探索汉滩病毒(HTNV)核衣壳蛋白(NP)B细胞抗原表位.以抗HTNV NP单克隆抗体(mAb)5H5作为筛选分子,生物淘洗噬菌体递呈的随机9肽库.阳性克隆经夹心ELISA、竞争ELISA鉴定后,随机挑取10个克隆,DNA测序,与HTNV 76～118株S基因进行同源性分析.结果显示筛选到的噬菌体能特异地与5H5结合,这种结合可被天然抗原所抑制.10个克隆的氨基酸序列相同,均为VRDAEEQYE,与76～118株NP氨基端的aa25～33一致.证实了该线性表位是mAb 5H5识别的表位,噬菌体肽库有助于病毒抗原表位的确定.     

洋山港宏病毒组分析揭示CRISPR-Cas系统病毒靶标序列的特异性

目的 为了探究CRISPR-Cas系统的靶标特点。方法 运用了包括BALST在内的多种生物信息学分析技术和方法对洋山港宏病毒组数据进行了分析。结果 洋山港宏病毒组数据集中共有25 391条双链DNA病毒序列，其中238条序列上的265个开放读码框（ORF）与134条规律间隔短回文重复（CRISPR）间隔序列产生了315个匹配。经注释后获得了128个ORF和135个匹配的功能信息，占比前5位的依次为终止酶（terminase）、衣壳蛋白（capsid protein）、门蛋白（portal protein）、肽酶（peptidase）和DNA甲基化转移酶（DNA methyltransferase）。匹配多在病毒特定功能基因的保守域或关键结构域中。这表明，CRISPR-Cas系统发挥免疫功能时表现出针对病毒特定基因、功能和结构域的靶标特异性。此外，属于Class 1门类下的Type＿I型系统的CRISPR-Cas间隔序列匹配数量远高于其他类型系统，占总数的89.0%。结论 本文的研究结果揭示了CRISPR-Cas系统的靶标偏好，增进了对其的认识，为更好地理解病毒-宿主免疫互作机制提供了新...     

13 039例乙型肝炎患者血清HBV DNA水平流行病学分析

目的 了解本地区近四年乙型肝炎患者HBV DNA阳性率与病毒载量分布特点。方法 采用荧光定量聚合酶链反应（PCR）检测2012年至2015年间13 039例HBsAg阳性患者HBV DNA载量,并进一步分析24例HBeAg阳性、31例HBeAg阴性初诊乙肝患者四年间接受正规治疗后HBV DNA变化趋势。结果 本地区近4年间血清HBV DNA阳性率依次为48.6%、46.18%、38.69%、37.66%,呈逐年下降趋势,差异具有统计学意义（P<0.01）;各年度病毒载量均值的对数值分别为（5.48±1.56）,（5.27±1.72）,（5.29±1.68）,（5.35±1.85）拷贝/mL。2013年、2014年、2015年分别与2012年相比,差异均有统计学意义（P<0.01、P<0.01、P<0.05）,而低病毒载量（即病毒拷贝数的对数值小于5拷贝/mL）患者比例2012年明显大于其它年份,2012年分别与2013年、2014年、2015年相比,差异具有统计学意义（P<0.01,P<0.01,P<0.05）;HBeAg阳性/阴性乙肝患者接受正规治疗后,其HBV DNA载量均呈逐年下降趋势,其中第一年下降显著（P<0.01）。结论 近4年本地区血清HBV DNA阳性率呈逐年下降趋势,且低病毒载量比例明显增加。     

小RNA噬菌体含有重叠基因

小ＲＮＡ噬菌体含有重叠基因聂剑初（北京师范大学生物学系１００８７５）像Ｒ１７（ＭＳＺ,ｆＺ）和ＱＳ这样极简单的大肠杆菌噬菌体是ＲＮＡ病毒。它们的外形都是规则的多面体,直径约２０ｎｍ。其基因组为单链（＋）ＲＮＡ,外壳含有１８０分子的壳蛋白（１４ｋｄ）和...     

狂犬病病毒和狂犬病

狂犬病病毒和狂犬病梁秀梅（内蒙呼伦贝尔大学０２１００８）于潜（内蒙呼伦贝尔盟教研室０２１００８）狂大病是狗、狼、猫、狐等动物之间的传染性疾病。人能得狂犬病,多数是因被疯犬咬伤或被染此病的猫抓伤所致。狂犬病病毒由狗的唾液或猫爪侵入人的身体,沿末梢神经而...     

人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)核心蛋白(p24)在大肠杆菌中的表达、纯化及鉴定

在大肠杆菌中,利用新构建的含Ｔ７噬菌体ｇ－１０核糖体结合位点（ＲＢＳ）,以及λ噬菌体ＰＲ启动子的新型原核表达载体,通过表达ｇａｇ－ｐｏｌ基因片段,获得了具有天然序列的人类免疫缺陷病毒１型（ＨＩＶ－１）核心蛋白ｐ２４（ＣＡ）的高效表达。克隆的ｇａｇ－ｐｏｌ基因片段在其阅读框架移位区域插入了４ｂｐ碱基,其表达的病毒蛋白酶在阅读框架上与ｇａｇ一致,从而实现了对ｇａｇ－ｐｏｌ融合蛋白的有效加工,产生成熟的核心蛋白ｐ２４及其它产物。重组ｐ２４以可溶形式存在,可以被抗ｐ２４的单克隆抗体特异识别。测定的Ｎ－端７个氨基酸序列与从病毒纯化的ｐ２４完全一致,在使用硫酸铵沉淀后,采用两步离子柱层析,可将重组蛋白纯化到９５％以上的纯度。ＥＬＩＳＡ分析表明,纯化的ｐ２４可以作为特异性很强的试剂而用于ＨＩＶ感染的诊断及病情的预后,并可用于ｐ２４的生化及结构分析。