籽粒苋苹果酸酶基因克隆及分析

NAD/NADP-苹果酸酶(NAD-ME/NADP-ME)是C4植物光合途径的关键酶。采用RT-PCR技术对籽粒苋NAD-ME基因进行克隆,获得了籽粒苋NAD-ME基因的cDNA序列。结果表明,该序列开放可读框长度为1 872 bp,编码623个氨基酸;多序列比对和进化树分析表明,该基因核苷酸序列与其他植物已报道的NAD-ME/NADP-ME基因的核苷酸序列一致性高达75.1%~80.6%,其氨基酸序列与其他植物的NAD-ME/NADP-ME蛋白一致性为73.2%~80.3%。对推断氨基酸序列的蛋白保守区、疏水性/亲水性、潜在跨膜片段、信号肽、蛋白固有无序化和蛋白二级结构分析表明,该蛋白具有苹果酸酶的保守区、兼具亲水性和疏水性,并且含有无序结构域,可能是一种跨膜的非分泌性蛋白。     

转高粱C4型NADP-ME基因水稻植株的光合生理特征

NADP-苹果酸酶(NADP-ME)是C4型植物C4光合途径的一个分离得到了编码高梁(Sorghum vuklgare L.)C4型NADP-ME的全长cDNA.该cDNA全长为2 139 bp,其开放可读框为1 911bp,共编码636个氨基酸和一个终止密码子(GenBank登录号为AY274836).利用农杆菌介导的转化系统将其转入水稻品种"农垦58".经Southern杂交、Northern杂交和酶活性检测表明,高粱C4型NADP-ME可以在水稻中有效表达,酶活性可被提高1～7倍.对转基因水稻进行光合生理检测表明,转NADP-ME基因水稻CO2交换特征没有明显改变,但是在中午强光条件下光抑制加剧.     

转高粱C4型NADP-ME基因水稻植株的光合生理特征

NADP-苹果酸酶(NADP-ME)是C4型植物C4光合途径的一个关键酶。利用RT-PCR结合筛选cDNA文库技术,分离得到了编码高粱(SorghumvulgareL.)C4型NADP-ME的全长cDNA。该cDNA全长为2139bp,其开放可读框为1911bp,共编码636个氨基酸和一个终止密码子(GenBank登陆号为AY274836)。利用农杆菌介导的转化系统将其转入水稻品种“农垦58”。经Southern杂交、Northern杂交和酶活性检测表明,高粱C4型NADP-ME可以在水稻中有效表达,酶活性可被提高1~7倍。对转基因水稻进行光合生理检测表明,转NADP-ME基因水稻CO2交换特征没有明显改变,但是在中午强光条件下光抑制加剧。     

C型凝集素

C型凝集素（C-type lectin）代表一个识别碳水化合物配体依赖于钙离子（Ca2＋）参与的糖原结合蛋白家族,含有一个或多个一级结构和二级结构同源的碳水化合物识别结构域。随着研究的深入,越来越多的C型凝集素能够识别体内的非糖类的配体,包括蛋白质和脂类等。这些C型凝集素在维持机体稳态、免疫防御以及免疫监视等重要生理病理过程中发挥着重要作用。就C型凝集素的结构、分类和在免疫系统中的功能作一介绍。     

基于生物信息学方法预测人线粒体转录终止因子3蛋白的结构与功能

目的:基于生物信息学预测人线粒体转录终止因子3(hMTERF3)蛋白的结构与功能。方法:利用GenBank、Uniprot、ExPASy、SWISS-PROT数据库资源和不同的生物信息学软件对hMTERF3蛋白进行系统研究,包括hMTERF3的理化性质、跨膜区和信号肽、二级结构功能域、亚细胞定位、蛋白质的功能分类预测、同源蛋白质多重序列比对、系统发育树构建、三级结构同源建模。结果:软件预测hMTERF3蛋白的相对分子质量为47.97×103,等电点为8.60,不具信号肽和跨膜区;二级结构分析显示主要为螺旋和无规则卷曲,包含6个MTERF基序,三级结构预测结果与二级结构预测结果相符;亚细胞定位分析结果显示该蛋白定位于人线粒体;功能分类预测其为转运和结合蛋白,参与基因转录调控;同源蛋白质多重序列比对和进化分析显示,hMTERF3蛋白与大鼠、小鼠等哺乳动物的MTERF3蛋白具有高度同源性,在系统发育树上聚为一类。结论:hMTERF3蛋白的生物信息学分析为进一步开展对该蛋白的结构和功能的实验研究提供了理论依据。     

生物信息学对番茄LeNHX1基因的研究

应用生物信息学的方法和工具对番茄LeNHX1蛋白质的理化性质、跨膜区域、疏水性/亲水性、二级结构、结构功能域、功能分类和同源性进行分析.结果表明此蛋白为疏水性稳定蛋白,包含一个保守的氨氯吡嗪咪结合位点LFFIYVLPPI区域,相对分子量为59.0 kD,等电点为6.60,存在10个跨膜区域,蛋白质二级结构中的主要构成元件是α-螺旋和不规则卷曲,功能分类和蛋白质同源性分析表明番茄LeNHX1属于液泡膜Na+/H+反向转运蛋白.     

不同植物防御素的生物信息学分析

采用生物信息学的方法和工具对已在GenBank上注册的花生、鹰嘴豆、合欢、车前草、沙梨、辣椒等植物的防御素的核酸和氨基酸序列作了分析,并对其组成成分、翻译后修饰、导肽、跨膜结构域、疏水性,亲水性、蛋白质二级结构和功能结构域进行预测和推断的结果表明：此类蛋白可能是一具有信号肽的分泌型蛋白,α-螺旋和不规则卷曲是蛋白质二级结构中量最大的结构元件,β-转角和延伸链散布于整个蛋白质中,包含一个gamma-thionin功能结构域。     

人转录因子AP4的生物信息学分析

[目的]预测分析人转录因子激活增强子结合蛋白4(activating enhancer binding protein 4,AP4)的性质、结构和功能。[方法]采用生物信息学方法对人AP4蛋白的理化性质、物种间同源性、信号肽与跨膜区、亲水性、蛋白亚细胞定位、蛋白质二/三级结构、三级结构可靠性、蛋白质相互作用等方面进行预测和分析。[结果]人AP4蛋白全长338个氨基酸,理论等电点5.63,相对分子质量38.73 kDa。AP4在进化上较为保守,不含信号肽与跨膜区,属于亲水性蛋白质,94.1%可信度定位于细胞核。二级结构含10个α螺旋区,占全部氨基酸的54.14%,5个β折叠区,占7.99%,其余37.87%的氨基酸处于无规卷曲状态。三维建模结果可靠。预测到10个与AP4存在相互作用的蛋白。[结论]系统预测分析了人AP4蛋白的性质、结构和功能。