志贺菌CRISPR的检测及其与耐药的关系

【目的】检测志贺菌成簇规律间隔的短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR),并分析其与志贺菌耐药的关系。【方法】根据CRISPR DB数据库公布的志贺菌确定的CRISPR结构序列CRISPR-S2、CRISPR-S4和可能的CRISPR结构序列CRISPR-S1、CRISPR-S3设计四对引物,对60株志贺菌进行PCR扩增。采用CRISPR Finder分析CRISPR,采用改良K-B药敏纸片法检测志贺菌耐药情况,并分析CRISPR-S4与耐药的关系。【结果】确定的CRISPR结构的总阳性率为95%,四个CRISPR位点组成12种CRISPR谱型(A-L),除K型外均含确定的CRISPR结构,新发现1种重复序列和12种间隔序列。60株志贺菌的多重耐药率为53.33%。CRISPR-S4阳性菌株与阴性菌株之间,耐药的分布差异无统计学意义,但多重耐药菌株和耐TE菌株CRISPR-S4的重复序列多为R4.1,其3’末端缺失碱基AC;多重耐药菌株CRISPR-S4的间隔序列多为Sp5.1、Sp6.1和Sp7。【结论】CRISPR在志贺菌中广泛分布。CRISPR重复序列的变异和间隔序列的多样性可能与志贺菌耐药有关。     

实时荧光定量PCR法与常规细菌鉴定法检测肠道致病菌的比较

目的比较实时荧光定量PCR法与常规细菌鉴定法检测肠道致病菌中沙门菌与志贺菌的结果并分析总结。方法对江苏盛泽医院2010年到2014年就诊的腹泻患者4 662例的粪便标本同时进行实时荧光定量PCR法与常规细菌鉴定法检测,对其结果进行统计学分析,并对所有实时荧光定量PCR检测阳性标本进行常规细菌鉴定法检测,对所有结果进行分析与总结。结果实时荧光定量PCR法检测沙门菌阳性85株,阳性率为1.82%;志贺菌阳性192株,阳性率为4.12%;常规细菌鉴定法检测沙门菌阳性81株,阳性率为1.74%;志贺菌阳性184株,阳性率为3.95%,两种方法比较差异无统计学意义(P0.05)。对实时荧光定量PCR检测阳性标本进行常规细菌鉴定法检测,阳性率为100%。结论实时荧光定量PCR法检测沙门菌与志贺菌结果可靠,检测时间短,更能满足临床诊断肠道疾病的需求。     

分离自腹泻成人志贺菌的血清分群及耐药性分析

目的 调查志贺菌在成人腹泻患者中的主要血清群和耐药性,为临床治疗和预防提供依据.方法 对2008年1月至2012年10月浙江萧山医院临床分离自腹泻成人志贺菌菌株,进行生化鉴定、血清学分群和抗生素敏感性试验,所有数据用WHONET 5.6软件进行回顾性分析.结果 共检出125株志贺菌,其中66(52.8％)株为宋内志贺菌,58(46.4％)株为福氏志贺菌;氨苄西林耐药率最高达95.9％,复方新诺明耐药率达79.8％,头孢噻肟为48.6％,未检出头孢哌酮/舒巴坦、哌拉西林/他唑巴坦、亚胺培南和美罗培南耐药株,福氏志贺菌对环丙沙星和左旋氧氟沙星耐药率为87.0％和57.1％,而宋内志贺菌未检出氟喹诺酮类耐药株;福氏志贺菌和宋内志贺菌耐药率在哌拉西林、头孢他啶、头孢噻肟、头孢吡肟、复方新诺明和氟喹诺酮间差异有统计学意义(P＜0.01).结论 萧山地区成人志贺菌感染以宋内和福氏两种血清群为主,青霉素类和复方新诺明耐药率太高已不适合临床使用,含酶抑制剂抗生素是治疗志贺菌感染的首选药物.     

2014年大连市伤寒沙门菌耐药及 分子分型研究

摘要：目的 了解大连市伤寒沙门菌耐药性及分子分型特点,建立沙门菌分子特征本底信息,为今后防治工作提供科学依据。方法 采用微量肉汤稀释法对46株伤寒沙门菌进行8种抗生素敏感试验;运用脉冲场凝胶电泳（PFGE）方法对46株伤寒沙门菌进行分子分型及聚类分析。结果 46株伤寒沙门菌对萘啶酸（NAL）100%敏感,对氯霉素（CHL）和甲氧苄啶/磺胺甲噁唑（TMP/SMZ）耐药率为4.35%,对庆大霉素（GEN）耐药率为47.83%,发现多重耐药株1株;BioNumerics分析结果显示,46株伤寒沙门菌共产生30种PFGE带型,有7株表现为同一PFGE型别。结论 大连地区存在耐庆大霉素的伤寒沙门菌;PFGE结果表明这些菌株存在遗传多态性,并有优势菌株的存在。     

set1／set2毒力基因分型在F2a菌痢暴发流行病学调查中的意义

目的将set1/set2 毒力基因分型用于F2a 志贺氏菌痢暴发中的同源性分析,评价其在菌痢流行病学调查中的意义。方法在现场流行病学调查的基础上,用聚合酶链分析(PCR) 方法检测43 株F2a 志贺氏菌的set1/set2 毒力基因,进行基因分型和同源性鉴定。结果43 株F2a 菌株分为3 种基因型,即1 株set1( - )/set2( ) ;3 株set1( )/set2( - ) ;39 株set1( )/set2( ) 。结论set1/set2 基因分型对F2a 菌痢暴发流行中的同源性鉴定具有重要意义。     

产超广谱β-内酰胺酶大肠埃希菌Ⅰ类整合子检测与耐药性关系

目的了解I类整合子在产ESBLs和非产ESBLs大肠埃希菌中分布状况,分析I类整合子在细菌多重耐药中的作用。方法用PCR方法扩增I类整合酶基因,经电泳后检测扩增产物。用2χ检验进行统计学分析,P<0.05为差异有显著性。结果105株大肠埃希菌检出I类整合子46株,检出率为43.8%。I类整合子在产ESBLs菌的检出率为53.4%,明显高于非产ESBLs菌(31.9%),2χ检验,P<0.01。I类整合子阳性菌株多重耐药率为68.8%(33/48),明显高于阴性菌株(33.3%),P<0.05。I类整合子阳性菌株和产ESBLs菌均对青霉素类、喹诺酮类、磺胺类抗生素表现出较高的耐药率。所有菌株均对亚胺培南敏感。结论I类整合子携带与产ESBLs菌株耐药有关,I类整合子阳性菌株对多种抗生素的耐药率大于整合子阴性菌株。     

用MLVA技术和多重PCR对犬种布氏菌基因分型

目的：对犬种布氏菌的遗传关系进行不同分子分型方法的对比研究,为犬布病分子流行病溯源提供有效方法。方法：采用多重PCR和多位点可变数量串联重复序列分析（MLVA）方法对24株犬种布氏菌的遗传关系进行比较研究。结果：多重PCR只鉴定出1株犬种布氏菌,其余23株均鉴定为猪种鲁氏菌,但不能鉴定型别;MLVA方法对已鉴定为猪种的布氏菌仍可再细分为型,87%（20/23）为猪3型,13%（3/20）为猪1型。结论：MLVA可以对布氏菌种（生物型）进行基因分型鉴定,可以作为传统表型鉴定方法的补充。     

汉中市中心医院细菌性痢疾志贺菌16S rRNA序列分析、毒力基因与耐药检测

目的对汉中市中心医院细菌性痢疾患者分离的70株志贺菌进行16S rRNA序列分析、毒力基因与耐药检测。方法对2018年6月至2018年12月我院收治的细菌性痢疾患者进行病原菌分离鉴定,并进行16S rRNA遗传进化分析;PCR法检测其6种毒力基因;K-B法检测其对8种抗生素的敏感性。结果 16S rRNA测序结果显示,福氏志贺菌感染率为57.14%(40/70),宋内志贺菌感染率为42.86%(30/70)。16S rRNA系统进化分析结果显示,40株福氏志贺菌与参考菌株(NR_026331.1)同源性为95.2%～99.0%,30株宋内志贺菌与参考菌株(NR_104826.1)同源性为96.3%～99.9%。毒力基因检测结果表明,70株志贺菌均可以检测出6个相关毒力基因set1A、set1B、sen、Ial、ipaH、virA,毒力基因检出率最高的为ipaH,达到100.00%,其次为Ial、virA,均达到90.00%;其中福氏志贺菌set1A、set1B、Ial基因的检出率高于宋内志贺菌,sen和virA基因的检出率低于宋内志贺菌,二者ipaH基因的检出率都为100.00%。药敏试验结果表明,70株志贺菌耐药率最高的抗生素为氨苄西林,耐药率达到80.00%,其次为强力霉素,耐药率达到75.71%,耐药率最低的为头孢吡肟,耐药率为20.00%;其中40株福氏志贺菌耐药率最高的抗生素为强力霉素,其次为氨苄西林,最低的为头孢吡肟;30株宋内志贺菌耐药率最高的抗生素为氨苄西林,其次为哌拉西林,最低的为氧氟沙星。结论 2018年下半年汉中市中心医院从细菌性痢疾患者身上分离得到的志贺菌主要为福氏志贺菌与宋内志贺菌,毒力基因检测和耐药性试验结果显示分离菌株有较强致病性,提示对细菌性痢疾的监测、防控与治疗应进一步加强。     

多重聚合酶链反应与荚膜肿胀试验对肺炎链球菌血清分型的比较研究

为评估多重聚合酶链反应（PCR ）对肺炎链球菌血清分型的可行性,分别采用多重PCR和荚膜肿胀试验对568株肺炎链球菌进行血清分型,并对分型结果进行比较分析。结果显示,568株肺炎链球菌中,213株通过荚膜肿胀试验分出16个血清群,主要有血清群19（23．1％,131／568）、6（5．3％,30／568）、23（1．6％,9／568）、14（1．4％,8／568）、9（1．1％,6／568）、15（1．1％,6／568）等,分型率为37．5％（213／568）;356株通过多重PCR分出21个血清群,主要有血清群19（27．8％,158／568）、23（8．5％,48／568）、6（7．4％,42／568）、14（4．4％,25／568）、3（4．2％,24／568）、15（3．5％,20／568）等,分型率为62．7％（356／568）。荚膜肿胀试验鉴定出血清群4和18,但多重PCR未能鉴定;多重PCR鉴定出血清群5、12、35、16、17和22,但荚膜肿胀试验未能鉴定。多重PCR与荚膜肿胀试验对19F、19A血清型的鉴定无显著差异。结果提示,这2种方法对肺炎链球菌血清分型结果有差别,多重PCR的分型率高于荚膜肿胀试验。对来源复杂的标本进行肺炎链球菌血清分型,2种方法可相互补充,以提高分型率。     

志贺菌GyrA基因突变与耐药相关性研究

收集 1 1 4株志贺菌流行株 ,分别作血清分型和检查对喹诺酮类药物的敏感性 ;PCR扩增耐药相关的GyrA基因片段 ,作单链构象多态性 (single strandconformationpolymorphism ,SSCP)分析和序列测定 ;最终研究突变与喹诺酮类耐药的相关性。结果发现我国志贺菌流行株仍以福氏志贺菌为主 ,约占 98 2 % ;大多数福氏志贺菌株对环丙沙星、诺氟沙星高度敏感 ,敏感率分别为81 2 5 %和 74 1 % ;流行株GyrA基因耐药相关片段与野生菌株相比 ,部分菌株出现C( 2 4 8) T单位点突变或C( 2 4 8) T和A( 2 60 ) G双位点突变 ;卡方检验显示 ,C( 2 4 8) T单位点突变基础上增加A( 2 60 ) G点突变与环丙沙星、诺氟沙星耐药相关 ,故A( 2 60 ) G可作为耐药监测位点 ;另外 ,可用SSCP分析PCR扩增的GyrA基因耐药相关片断 ,作为GyrA基因耐药突变的粗筛方法。