介形纲丽足目和速足目及相关类群18S rDNA分子系统发育的研究

文中分析现生介形类 (Ostracoda) 4目 2 1科 2 9属的 18SrDNA部分序列 ,采用最大似然法 (ML)、邻接法 (NJ)和最大简约法 (MP) ,尝试构建介形类的分子系统树 ;结合介形类的形态特征和化石记录 ,主要对速足目(Podocopida)、丽足目 (Myodocopida)及其超科级分类阶元的系统发生关系进行探讨。 3种分析方法均支持形态学上Podocopida ,Myodocopida和海萤超科 (Cypridinacea)的界定 ;但对Podocopida目土菱介超科 (Bairdiacea)的系统地位提出质疑 ,该类群可能不是单系发生的自然类群。上述分析显示 ,Podocopida,Myodocopida,Platycopida和Halo cypridina组成一个单系群 ;介形类在目、超科、科和属的水平上可能发生过多次辐射分化     

基于28S rDNA D1-D2基因片段与16S rDNA部分序列联合分析的叶肢介系统发育研究

叶肢介(Conchostraca)的系统发育问题一直是甲壳动物研究中颇具争议的一个课题.本研究测定了我国2种叶肢介(Eocyzicus mongolianus,Eoc yzicus orientalis)的28S rDNA D1-D2区基因序列和16S rDNA E-G区序列,并与GenBank中的20种叶肢介序列一起...     

全长rDNA簇在蝽类昆虫生命树构建中的应用前景(昆虫纲,半翅目)

在昆虫纲中,生命树计划正在以目级阶元中的分类单元为单位逐步推进.针对这一大的背景,以及高级阶元和种级阶元分子系统学研究间脱节现状,提出以rDNA簇为一组分子标记、并且在未来高级阶元系统发育研究中将目前选取少量代表类群的做法改为将尽量多的物种包含到一棵系统发育树中的建议.其中首先简要介绍了rDNA簇的结构及其中各分子标记在分子系统学研究中的应用价值,随后以蝽类昆虫为例,有针对性地总结了rDNA簇中不同基因序列已有数据的丰富程度及其在分子系统学研究中的应用情况.首次给出了蝽类昆虫28S rRNA近全长序列的二级结构模型.基于对18S rRNA和28S rRNA二级结构研究所积累的认识,强调了18S rDNA和28S rDNA内部不同区段之间变异模式和应用价值的差异,论证了未来在生命树构建中深化对rDNA簇中各基因进行联合应用的合理性和可行性.     

18S rDNA的研究进展及其在膜翅目昆虫分子系统学中的应用

本文综述了18S rDNA的研究进展,主要包括了18S rDNA的结构研究,18S rDNA的网络资源利用和18S rDNA在膜翅目昆虫中的应用。     

尼氏单极虫(粘体门,双壳目)重描述及基于18S rDNA系统地位分析

采用常规细胞学方法与18S rDNA序列比较的方法,对采自于重庆市嘉陵江段的粘孢子虫,尼氏单极虫Thelohanellus nikolskii进行了形态学和分子生物学的研究,此为首次在我国长江流域检获尼氏单极虫。本文在补充了尼氏单极虫中国种群18S rDNA序列信息的分析、比较基础上,探讨了该虫与相邻种属的系统关系,佐证了其分类学位置。     

武汉单极虫(粘体门,双壳目)的重描述及基于18S rDNA序列系统发育分析

通过光镜、扫描电镜和18S rDNA序列对比,对寄生于异育银鲫Carassius auratus gibelio体表的粘孢子虫进行了形态学和分子生物学研究,鉴定其为武汉单极虫Thelohanellus wuhanensis,并发现了形态学新特征:膜状鞘的起始位置不同,且仅包围孢子后部;壳瓣底部内侧具“V”形褶皱;一片壳瓣前端有突起结构;缝脊直,突出明显;测得极丝全长为158.5 ～179.2 (170.7 ±5.7) μm.经18S rDNA序列对比,与T.wuhanensis[HQ613410]的相似率为99.87％.系统发育分析表明,单极虫与碘泡虫具有非常近的亲缘关系,将单极虫属与碘泡虫属二者归属于碘泡科的分类方法更合理.     

垃圾填埋场中厌氧真菌18S rDNA的PCR扩增及鉴定

采用机械破壁法直接从来自 7个不同地区的垃圾填埋场滤液样本中提取真菌DNA ,应用真菌通用引物NS1和NS8扩增 18SrDNA(约 180 0bp) ,多聚酶链式反应 (PCR)产物的琼脂糖凝胶电泳结果表明所有的样本均得到了扩增 ;以PCR产物作为模板 ,采用厌氧真菌Chytridiomycetes科的专用引物Chyt 719和Chyt 15 5 3进行二次PCR扩增 (约 85.7bp) ,该阳性扩增产物克隆和测序结果首次表明在食草动物瘤胃中存在的厌氧真菌Chytridiomycetes也存在于垃圾填埋场中 ,且为Neocallimastix属     

利用分子标记18S rDNA对天牛高阶元进化关系的研究

【目的】构建天牛总科高阶元的进化关系,为解决天牛各亚科之间进化关系和归属提供依据。【方法】本研究采用18S rDNA(V4、V7区)分子标记,分析和测定了49种天牛基因序列,并结合GenBank数据库中3科2亚科21种天牛的18S rDNA基因序列,采用邻近法(Neighbor Jointing,NJ)、贝叶斯推论法(Bayesian Inference,BI)和最大似然法(Maximum Likelihood),对天牛总科3科6亚科的70种天牛基因序列构建进化树,探讨天牛高阶元类群的进化关系。【结果】研究表明:序列分析比对后得到序列为703 bp,碱基A、T、C、G的含量分别为21.1%、26.3%、23.6%和28.9%;变异位点(Variable sites)98个占全部位点的13.9%,简约信息位点(Parsimony informative sites)45个占全部位点的6.4%;转换(Transition)/颠换(Transversion)的平均值R值为2.79,转换大于颠换。进化树结果显示沟胫天牛亚科Lamiinae、天牛亚科Cerambycinae、锯天牛亚科Prioninae和瘦天牛科Disteniidae为单系性进化群,这与传统形态学分类结果相似。【结论】本研究成功构建了天牛总科高阶元的系统发育树,研究证明18S rDNA(V4、V7区)是探讨天牛高级阶元分类有效的分子标记。     

黄颡单尾虫(粘体门,双壳目)的重描述及基于28S rDNA和ITS-5.8S序列的系统地位分析

采用形态分类学方法与以28S rDNA和ITS-5.8S序列为基础的分子系统学研究方法,对采自嘉陵江重庆市磁器口江段的黄颡单尾虫Unicauda pelteobagrusMa,1998进行了形态学和分子生物学的研究。基于28S rDNA数据探讨了黄颡单尾虫以及单尾虫属与相邻种属粘孢子虫间的系统地位;基于5.8S rDNA数据比较分析了粘孢子虫的系统地位。补充了黄颡单尾虫重庆种群形态学信息和28S rDNA、ITS-5.8S rDNA序列的分子信息。     

基于18S rDNA的蝗总科分子系统发育关系研究及分类系统探讨

将自测的我国直翅目蝗总科7科7种和从GenBank中下载的17种直翅目昆虫的18S rDNA序列片段进行了同源性比较,用似然比检验的方法对序列比对结果进行了碱基替代模型的选择,以蚱总科的Paratettix cucullatus和蜢总科的Stiphra robusta作外群,用NJ、MP、ML和贝叶斯法构建了分子系统树。在获得的1 849 bp的序列中,有205个变异位点,74个简约信息位点; A、T、C和G的碱基平均含量分别为23.9%、24.3%、23.8%和28.0%,碱基组成基本上无偏异。分子系统树表明：所研究的内群聚为4支,锥头蝗科、瘤锥蝗科、斑腿蝗科、网翅蝗科、槌角蝗科和剑角蝗科都不是单系。建议将蝗总科分为4科,即锥头蝗科、大腹蝗科、癞蝗科和蝗科。     

A REEXAMINATION OF THE SYSTEMATICS OF THE ACROCHAETIALES (RHODOPHYTA) USING LARGE-SUBUNIT RDNA SEQUENCE DATA

The taxonomic history of the red algal order Acrochaetiales is chaotic. There is no consensus in the literature as to how many genera should be recognized or in the assignment of the over 400 species to these genera. Morphological and anatomical studies have provided a suite of possible characters to delineate genera within this order, but there have been major discrepancies in the assessment and use of these features. The phylogenetic placement of the Acrochaetiales has also been the focus of debate. Once thought to be the most ancestral florideophyte lineage, recent molecular systematic studies have illustrated that this order is a derived lineage closely related to the Nemaliales and Palmariales. Phylogenies using sequences of the small-subunit (SSU) rDNA have strongly supported two very divergent lineages within a possibly polyphyletic Acrochaetiales. The relationships between these two groups and among other closely related rhodophyte orders were not resolved. We have generated large-subunit (LSU) rDNA sequence data for representatives of the Acrochaetiales and related taxa. Distance and parsimony phylogenies based on LSU and combined SSU and LSU data will be presented. The increased phylogenetic signal afforded by this approach will shed light on previous conundrums in the systematics of this group.     

烧结法在介形类化石分析中的应用

烧结法是一种常规介形类分析方法,适应于坚硬岩石样品,尤其是碳酸盐岩样品的分析处理,通过试验,本文对烧结法分析介形虫的操作步骤和技术要领作了总结。     

营属(Themeda Forsskal)及其有关属的分类与考证

对菅属（ThemedaForsskal）的命名与合法性历史进行了考订,确定合法的属并列出了异名录;鉴于原AnthistiriaLinn．f.属较庞杂,属的概念（范畴）有较大变化,本文采用P．Forsskal及E．Hackel和W．D．Clayton的Themeda属的范畴,对已发表的原归用于Anthistiria和Themeda等属的种（双名）逐一作了考订,以明确它们的隶属关系并转隶于10个不同的局;对Themedan属自P．Forsskal（1775）建立以来的系统分类研究状况作简短的回顾,并对所存在的问题作了简述．     

棉铃虫18S核糖体RNA基因的序列分析及其分子系统学

克隆并分析了鳞翅目棉铃虫Helicoverpa armigera (Hübner)18S核糖体RNA基因(18S rDNA)的全序列,将该序列与鞘翅目、膜翅目、同翅目、双翅目、捻翅目和弹尾目各一种昆虫的同源保守区进行了比较。序列分析结果显示：鳞翅目和双翅目昆虫在18S rDNA结构上彼此较为相似,捻翅目昆虫的18S rDNA分子结构表现出与其它目昆虫有较大的差异,但相对与弹尾目昆虫的18S rDNA较为接近。该结果支持了有关捻翅目属于一个独立的目级分类阶元的论点。     

半咸水介形虫tanella opima Chen的种群动态研究

上海芦潮港潮间带1982—1983年季节性沉积物样品中半咸水介形虫Tanella opima的种群动态调查表明,该种为多年生类型,其种群年龄和性比结构均具明显的季节性变化。繁殖活动受水温控制;4—10月产卵,水温不低于16℃;5—10月孵化,水温在20℃以上,种群在温暖季节(5—10月)由7个未成熟龄期的幼虫和成虫所组成,性比以雌性占优势;在寒冷季节(11—4月)则缺失前3个龄期的幼虫,性比以雄性为主。种群中最初2个龄期幼虫在母体壳内成长,这很可能是造成死种群和化石群中极少发现它们的原因。     

菊科植物的系统分类与区系地理的初步探讨

本文论述了菊科系统分类与区系地理特点。作者将菊科区分为二亚科、5超族、12族,同时将菊科世界区系分4大区、27亚区加以讨论。     

瓦韦属植物的系统学研究

根据瓦韦属植物根状茎上的鳞片及隔丝的形状、结构、颜色,参考叶片的形状、质地及根状茎、叶柄的横切面等特征,把瓦韦属植物划分为6个组,分别为瓦韦组Sect．Lepisorus、扭瓦韦组Sect．Pleioomma S．L. Yu、革质叶组Sect．Sclerophyllon S．L. Yu、大叶瓦韦组Sect．MacrophyllonS．L.Yu、纸质叶组Sect．Pachyphyllon S．L.Yu和薄叶组Sect．Hymenophyton Ching。     

蜈蚣衣科SSU rDNA中I型内含子的初步研究

本文结合来自GenBank中的地衣型真菌SSU rDNA中Ⅰ型内含子的相关信息,对取自蜈蚣衣属(Physcia)两个种——斑面蜈蚣衣(Physcia aipolia)、蜈蚣衣(Physcia stellaris),和黑蜈蚣衣属(Phaeophyscia)一个种——毛边黑蜈蚣衣(Phaeophyscia hispidula)共10个样品的SSU rDNA中Ⅰ型内含子的分布模式进行了研究。结果表明,在这些地衣型真菌的SSU rDNA中具有多个Ⅰ型内含子;而内含子插入位点的分布并不具有种的特异性和地理特异性。这种分布模式暗示这些Ⅰ型内含子仍然处于“插入-删除”的平衡状态,而且在此过程中,有性生殖可能比基因的水平转移发挥了更重要的作用。     

核基因序列在昆虫分子系统学上的应用

核基因中含有更加丰富的生物学信息,运用核基因序列或将核基因序列与线粒体基因序列相结合研究昆虫的系统发育正成为分子系统学领域的一种发展趋势.核糖体基因中18S rDNA、28S rDNA、ITS已在昆虫分子系统学中得到了广泛的应用.与核糖体基因相比,虽然编码蛋白的核基因应用于昆虫分子系统学的种类不少,但大部分都是应用于双翅目和鳞翅目昆虫的分子系统学研究中,能够成功地普遍用于多个目昆虫的系统学研究的核基因并不多.本文简要介绍了应用于昆虫分子系统学的核中核糖体基因和编码蛋白的核基因,并分析了核基因序列在分子系统学应用上的局限性和应用前景.