肝癌患者体内乙型肝炎病毒基因组BCP/Pre C区基因突变多样性分析

为研究肝癌患者组织样本中HBV DNA核心启动子区(BCP区)和前C区(Pre C区)的基因突变多样性及其突变规律。收集第四军医大学附属西京医院2015年收治的192例HBV阳性的肝癌患者组织样本,PCR扩增HBV BCP/Pre C区DNA片段并进行测序分析,从测序失败的样本中随机抽取21例,采用构建单克隆文库后测序的方法进行分析。结果显示37.89%(72/190)的HBV阳性肝癌患者体内HBV病毒因呈现多种突变株混合感染的特点而导致PCR产物直接测序失败,经单克隆测序揭示,每一例失败样本的HBV DNA准种池中至少有2~11种突变株共同存在;突变株中缺失突变和插入突变的发生率高达80.95%;其它突变形式按照频率从高到低分别为A1762T/G1764A双突变90.48%,G1756C/T1803A/Δ(1 757~1 765)/Δ(1 824~1 832)四联突变80.95%,T1753C/A1762T/G1764A三联突变57.14%,A1762T/G1764A/G1896A三联突变42.86%,G1756C/Δ(1 757~1 765)双突变28.57%,T1753C/A1762T/G1764A/G1896A四联突变23.81%。由此可见,肝癌患者体内HBV病毒具有BCP/Pre C区DNA突变的多样性,这些缺失与插入突变是导致序列移码与PCR产物测序失败的直接原因。研究结果为HBV持续感染及基因突变检测、相关机制研究和个体化防治奠定了基础。     

肝癌患者体内乙型肝炎病毒基因组BCP/Pre C区基因突变多样性分析北大核心CSCD

为研究肝癌患者组织样本中HBV DNA核心启动子区(BCP区)和前C区(Pre C区)的基因突变多样性及其突变规律。收集第四军医大学附属西京医院2015年收治的192例HBV阳性的肝癌患者组织样本,PCR扩增HBV BCP/Pre C区DNA片段并进行测序分析,从测序失败的样本中随机抽取21例,采用构建单克隆文库后测序的方法进行分析。结果显示37.89%(72/190)的HBV阳性肝癌患者体内HBV病毒因呈现多种突变株混合感染的特点而导致PCR产物直接测序失败,经单克隆测序揭示,每一例失败样本的HBV DNA准种池中至少有2~11种突变株共同存在;突变株中缺失突变和插入突变的发生率高达80.95%;其它突变形式按照频率从高到低分别为A1762T/G1764A双突变90.48%,G1756C/T1803A/Δ(1 757~1 765)/Δ(1 824~1 832)四联突变80.95%,T1753C/A1762T/G1764A三联突变57.14%,A1762T/G1764A/G1896A三联突变42.86%,G1756C/Δ(1 757~1 765)双突变28.57%,T1753C/A1762T/G1764A/G1896A四联突变23.81%。由此可见,肝癌患者体内HBV病毒具有BCP/Pre C区DNA突变的多样性,这些缺失与插入突变是导致序列移码与PCR产物测序失败的直接原因。研究结果为HBV持续感染及基因突变检测、相关机制研究和个体化防治奠定了基础。     

原发性肝癌患者乙型肝炎病毒前C区联合基本核心启动子变异的分析

目的:研究原发性肝癌患者乙型肝炎病毒前C区联合基本核心启动子变异情况及与基因型的关系.方法:收集乙型肝病毒感染者血清132份,HBV DNA均阳性,用半巢式聚合酶链反应扩增HBV前C及c基因部分片段,产物纯化后直接测序,检测前C A1896联合BCP T1762/A1764变异.用S基因PCR-RFLP方法确定HBV基因型.结果:乙型肝炎病毒前C区联合基本核心启动子变异在原发性肝癌组的阳性率为41.18%(14/34),显著高于慢性肝病组的11.22%(11/98)(P<0.01).前CA1896联合BCP T1762/A1764变异在B基因型检出率与C基因型相比,差异无显著性(P>0.05).结论:乙型肝炎病毒前C区联合基本核心启动子变异与原发性肝癌关系密切,与基因型无相关性.     

反向斑点杂交法检测HBV基本核心启动子区A1762T／G1764A突变的实验研究

目的建立一种基于尼龙膜的反向斑点杂交法,用于检测乙型肝炎病毒（HBV）基本核心启动子区（BCP）A1762T／G1764A突变。方法根据我国HBV主要流行的基因型为B和C,从GenBank上查出4种HBVBCP序列。利用在线工具ClustalW进行比对,针对该突变位点设计引物和检测探针。探针经合成和修饰后点在带正电的尼龙膜上。将反向斑点杂交法结合地高辛检测试剂盒用于检测A1762T／G1764A突变,以测序法确定该区域序列的标本为检测对象。结果反向斑点杂交法分别检测5例A1762／G1764病毒株、2例T1762／G1764病毒株、5例A1762／A1764病毒株和4例T1762／A1764病毒株,结果与测序完全相同。结论应用本方法可以快速、准确地HBV相关的热点突变。     

我国常见乙型肝炎病毒基因型与基本核心启动子及前C区突变关系的初步研究

收集81份HBV DNA阳性血清标本,经PCR扩增和序列测定确定其中有50份属于基因型C,31份属于基因型B;C基因型的基本核心启动子BCP T1762/A1764的突变率(38%)明显高于B基因型(12.9%,P<0.05);前C区A1896的突变在B、C两基因型间无显著性差异,B基因型为9.7%,C基因型为12%,P>0.05;HBeAg的表达与否与BCP双突变或前C区A1896突变均无明显相关性。经定量PCR检测证明,HBeAg阳性组中的HBV DNA含量明显高于抗-HBe阳性组,P<0.05。组内BCP双突变株和野生株及前C1896突变株和野生株的HBV DNA含量无显著性差异。     

野生型及突变型乙型肝炎病毒X基因在pGEX-6P-2系统中的克隆、表达、纯化及免疫鉴定

构建野生型和A1762T/G1764A双突变型乙型肝炎病毒(HBV)X基因原核表达系统,为深入研究HBV X基因及其双突变后对HBV慢性感染者病情发展和肿瘤发生的作用奠定基础。从慢性乙型肝炎患者血清中抽提HBV基因组DNA,经PCR扩增和基因测序,证实并获得野生型及A1762T∕G1764A双突变型HBV X基因。应用TA克隆及亚克隆技术将2基因分别插入pGEX-6P-2载体,构建pGEX-6P-2-hbvxw(野生型)及pGEX-6P-2-hb-vxm(A1762T∕G1764A突变型)重组表达载体;转化入宿主菌进行诱导表达;包涵体复性后,GSTrap FF蛋白纯化柱纯化带有GST标签的野生型和A1762T∕G1764A突变型HBV x抗原(HBxAg);应用SDS-PAGE、Westernblot和ELISA方法对表达的野生型和突变型HBxAg进行鉴定。结果SDS-PAGE证实本研究构建的2个表达系统均能高效表达目的蛋白;复性、纯化后野生型和突变型GST-HBxAg分别达到4.88mg/mL和5.07mg/mL;Western blot鉴定证实所纯化的野生型和突变型HBxAg均能被特异性的单克隆抗体所识别;ELISA方法检测显示2种抗原都能成功包被于微量滴定板上并与乙肝患者血清反应。证实本研究成功地构建了野生型和A1762T∕G1764A突变型HBxAg表达系统,为进一步研究A1762T∕G1764A基因突变对肿瘤发生学和慢性HBV感染者疾病进展的作用和分子机制奠定了基础。     

乙型肝炎病毒变异与肝细胞癌发生关系

乙型肝炎病毒（hepatitisBvirus,HBV）基因组复制时,以病毒前基因组RNA作为模板合成子代病毒DNA,催化该过程的逆转录酶缺乏校对功能,所以HBV易出现变异。近年来,各国学者通过比较肝细胞癌（hepatocellular carcinoma,HCC）患者和非HCC患者的HBV基因序列,发现HBV基本核心启动子区的A1762T／G1764A变异或T1753V变异、增强子Ⅰ区的G1053A或G1229A变异、前S蛋白的F141L变异、前s2区基因缺失变异和x基因的截短变异,分别是HCC的易患因素,而前c区常见的G1896A变异,与HCC的发生无关。增强子Ⅱ区的C1653T变异在c基因HBV感染中可能与发生HCC有关,而在A基因型可能无关。     

乙肝病毒BCP区突变（A1762T/G1764A）对乙肝病毒复制的影响研究

通过构建乙型肝炎病毒（Hepatitis B virus, HBV）单倍体分子，阐明HBV基本核心启动子突变（A1762T/+G1764A,BCP）对HBV复制的影响。本研究收集了HBeAg阴性的慢乙肝患者，将其中两例BCP突变的序列通过重叠PCR克隆到HBV1.3倍体的复制质粒；构建环状的HBV单倍体分子，转染Huh7.0细胞后，通过ELISA、实时荧光定量PCR等分析BCP突变对病毒复制的影响；通过荧光素酶实验分析BCP突变对HBV preC mRNA转录的影响。55例HBeAg阴性的慢乙肝患者中有30例带有A1762T/G1764A的突变；克隆带有BCP突变的临床序列到HBV 1.3倍体转染细胞后，上清中HBeAg为阴性，表面抗原降低10%(P>0.05)；构建的HBV单倍体环化后形成闭合环状的cccDNA分子，转染细胞后，结果表明BCP突变后，HBeAg下降55.48%(P<0.05)，表面抗原无显著性差异（P>0.05），细胞内病毒颗粒中DNA水平为野生型的3.18倍，上清中HBV DNA为野生型的1.36倍；BCP突变后preC mRNA水平降低81.05...     

63例慢性乙肝e抗原阴性HBV基因多态性检测结果报告

用地高辛标记引物酶显色法,检测了63例e抗原阴性慢性肝炎HBV基因多态性。结果突变率为53.9%(34/63)。前C/C区1896位突变率最高为49.2%(31/63),1814位38.1%(24/63);BCP区1762位、1764位均为39.7%(25/63),552位突变率为14.3%(9/63)。该检测方法灵敏度高,简便易行。严格控制杂交温度及显色温度是检测操作的关键。     

河南省乙型肝炎病毒分型特征及小S蛋白主要亲水区变异特点分析

为了解河南省乙型肝炎(乙肝)HBV基因型分布及其主蛋白抗原主要亲水区(MHR)氨基酸(aa)位点变异情况。本研究采集河南省2012年HBV流行病学调查的部分HBsAg和HBeAg阳性的血清样本,提取HBV DNA并进行序列扩增,测序得到s基因序列,利用Mega6.0软件比较分析。共得到HBVS基因序列50条,基因型分布B型为16.0%(8/50)、C型为84.0%(42/50)。血清型分布中,adrq+为HBV主要流行血清型,流行率为84.0%。S基因MHR aa位点变异中,T126变异率最高,为14.0%。HBV MHR变异株总流行率为24.0%(12/50),其中B型的突变率为37.5%(3/8),C型的突变率为21.4%(9/42)。河南省乙肝基因型分布以C型为主,B型次之。血清型主要为adrq+为主,adw2次之。HBV MHR aa位点存在变异,应在今后的计划免疫和HBIG治疗中给予重视。     

山东省潍坊市慢性乙型肝炎患者HBVP区基因耐药突变检测及相关因素分析

探讨慢性乙型肝炎(Chronic hepatitis B,CHB)患者多聚酶基因逆转录保守区(P区)位点突变情况。选择212例行核苷(酸)类似物抗病毒治疗的CHB患者,采用PCR产物直接测序法检测HBV P基因区耐药变异位点,同时检测其HBV基因型。结果表明,HBV的P基因区突变位点有173、180、18l、184、204、236和250,主要的耐药位点为204和180,分别占35.8%和23.5%。180位点在不同年龄组之间比较均有显著差异,204位点在30岁以下组与41~50岁组、51~60岁组间比较有显著差异(P0.05,P0.01);180位点联合204位点突变率为66.6%,l81位点联合236位点突变率为23.3%;HBV C基因型患者年龄明显大于B基因型患者(P0.01)。M204V/I多以联合L180M突变的形式存在,突变率与年龄有关,HBV基因型和HBV P区耐药位点的检测对CHB患者的治疗和病情预后具有重要的临床意义。     

河南省乙型肝炎病毒分型特征及小S蛋白主要亲水区变异特点分析北大核心CSCD

为了解河南省乙型肝炎(乙肝)HBV基因型分布及其主蛋白抗原主要亲水区(MHR)氨基酸(aa)位点变异情况。本研究采集河南省2012年HBV流行病学调查的部分HBsAg和HBeAg阳性的血清样本,提取HBV DNA并进行序列扩增,测序得到s基因序列,利用Mega6.0软件比较分析。共得到HBVS基因序列50条,基因型分布B型为16.0%(8/50)、C型为84.0%(42/50)。血清型分布中,adrq+为HBV主要流行血清型,流行率为84.0%。S基因MHR aa位点变异中,T126变异率最高,为14.0%。HBV MHR变异株总流行率为24.0%(12/50),其中B型的突变率为37.5%(3/8),C型的突变率为21.4%(9/42)。河南省乙肝基因型分布以C型为主,B型次之。血清型主要为adrq+为主,adw2次之。HBV MHR aa位点存在变异,应在今后的计划免疫和HBIG治疗中给予重视。     

乙型肝炎病毒逆转录酶区基因序列准种与变异特点

乙型肝炎病毒(Hepatitis B Virus,HBV)P基因编码产物从功能上分为末端蛋白(1～178aa)、间隔区(179～336aa)、逆转录酶区(337～682aa)和RNA酶H区(683～816aa),各区有相应的生物学功能;逆转录酶区包含S基因主蛋白编码区.近年来的研究提出HBV感染者体内存在有准种[1,2]的假说.我们以逆转录酶区序列为研究靶区域,应用聚合酶链反应(PCR)技术扩增慢性乙型肝炎患者血清中的靶基因序列,随机选择克隆测序,比较其结果,证明了HBV准种特点的存在,并发现多种基因突变形式.     

乙型肝炎病毒RT 区变异及其与基因型分布的关系

目的:探讨大样本乙型肝炎病毒(HBV)感染患者RT区耐药位点变异的流行情况,及各耐药位点变异与HBV基因型的关系。方法:采用P区测序法对1117例慢性乙型肝炎患者的血清病毒进行P区测序、进化树分型。结果:RT区耐药位点变异发生率与基因型关系密切,在基因型C患者中的变异发生率远远高于基因型B患者(P=0.000)。Rt180、rtM204V、rtM204I、rt181、rt213位点变异均与基因型C有关(P<0.05)。主要的三种变异类型rt180+rtM204V、rtM204I、rt180+rtM204I间基因型分布存在显著差异(P=0.003)。不同HBeAg状态下,耐药变异的发生有显著差异(P=0.020),特别是rt181和rt236位点变异。结论:HBV基因型影响RT区耐药变异发生率及变异类型,且耐药变异发生率也与HBeAg状态有关。     

BRCA1 基因启动子区SNPs 与散发性乳腺癌易感性的相关研究

目的:探讨BRCA1基因启动子区rs11655505、rs73625095位点单核苷酸多态性与散发性乳腺癌易感性的关系。方法:采用ASA-PCR方法对200例乳腺癌患者(均经病理确诊)及200例正常女性BRCA1基因启动子区rs11655505(A/G)、rs73625095(A/G)位点单核苷酸多态性(SNP)进行分析,并将其PCR产物进行测序。结果:乳腺癌患者BRCA1基因启动子区rs11655505位点的A/G基因型频率为75%,显著高于正常人的40%;A/A基因型频率为7%,G/G基因型频率为18%,分别低于正常人的30%、30%。此位点的A或G等位基因在乳腺癌病例组及对照组中均无差别(x2=2.427,P=0.119);rs73625095位点的A/G基因型频率为68%,显著高于正常人的15%;G/G基因型频率为32%,低于正常人的84%;乳腺癌病例组中BRCA1基因启动子区rs11655505、rs73625095位点的A/G基因型与淋巴结转移与否相比,差别均有统计学意义(x2=7.321,P=0.026、x2=4.782,P=0.029)。结论:BRCA1基因rs11655505位点、rs736...     

猪甲状腺激素应答Spot14基因编码区多态性与猪产脂能力的关联性

甲状腺激素应答Spot14(THRSP)是甲状腺激素诱导的核内蛋白质,对动物脂肪生成具有重要的调控作用.为了探明中国地方猪品种(脂肪型)和引入品种(瘦肉型)胴体脂肪沉积之差异的遗传机理,提取脂肪型猪(皖南花猪、绩溪黑猪、定远猪,n=228)和瘦肉型猪(长白猪、大白猪、杜洛克及其杂种猪,n=92)的耳组织DNA,检测THRSP基因编码区的单核苷酸多态性(SNP),分析其变异对mRNA折叠和蛋白质二级结构的影响以及在群体中的分布规律,研究其变异与猪产脂能力之间的关联性.结果发现,猪THRSP基因编码区的核苷酸序列与人和牛的同源性分别为86%和88%,存在2个SNPs位点(G123A和A308G)分别位于距CDS起点的123 bp和308 bp处,其中G123A为同义突变,而A308G导致THRSP蛋白质103位的赖氨酸变为精氨酸,引起了酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点由TKEE转变为TREE,并产生了2种类型的mRNA折叠和蛋白质二级结构,脂肪型猪群中123G和308A的频率分别为0.975 9和0.589 9,瘦肉型猪群的123G和308A频率分别为0.657 7和0.815 2,脂肪型猪123G308A和123G308G配子的总频率达到0.975 9,而瘦肉型猪的123A308A和123G308A配子的总频率为0.815 3.实验提示,THRSP基因编码区的G123A和A308G位点多态性与猪脂肪生成能力密切关联,对脂肪生成相关基因表达具有重要的调节作用.     

HBV基因型、基本核心启动子区双突变和肝细胞癌发生及临床病理特征的关系

目的探讨乙型肝炎病毒(HBV)基因型、基本核心启动子(BCP)区双突变(简称BCP双突变)和肝硬化(LC)、肝细胞癌(HCC)发生的关联,分析BCP双突变和HCC临床病理特征的关系。方法随机收集233例慢性HBV感染者的血清,其中80例为慢性乙型肝炎(CHB)患者、75例为LC患者、78例为HCC患者,并系统整理患者的常规检查和病理等资料。采用实时荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)检测BCP双突,用特异性引物多重PCR扩增确定HBV基因型。用SPSS 11.0分析结果。结果 HBV基因型结果均为B和C型,分别在CHB和LC组,CHB和HCC组间分布差异有统计学意义(P<0.05),在LC和HCC组间分布差异无统计学意义(P>0.05),感染C基因型与LC和HCC发生相关(分别OR=2.73,95%CI=1.29～5.82;OR=2.00,95%CI=0.98～4.09)。BCP双突变也分别在CHB和LC组,CHB和HCC组间分布差异有统计学意义(P<0.05),在LC和HCC组间分布差异无统计学意义(P>0.05),双突变与LC和HCC发生相关(分别OR=1.91,95%CI=0.96～3.82;OR=2.05,95%CI=1.04～4.06)。BCP双突变和伴肝硬化的HCC相关(P<0.05)。结论感染HBV C基因型、BCP双突变可能均是LC和HCC发生的危险因素,BCP双突变可作为LC和HCC早期预警生物标记物。     

利用基因芯片分析拉米夫定治疗过程中HBV DNA的基因变异

依据乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus; HBV)聚合酶基因序列研制HBV基因芯片,此芯片可分析HBV的7个基因型、4种血清型和HBV聚合酶基因rtV173、rtL180、rtM204和rtV207位点的突变.利用此芯片对A、B两组共计45例拉米夫定治疗12个月的患者进行服药前和服药后3、6、9、12个月的动态检测,其中C基因型39例,且血清型均为adr;B基因型6例,其血清型均为adw.在完成全程检测的38例患者中,17例ALT升高的A组出现1例拉米夫定耐药变异株,而21例ALT正常的B组出现4例变异株,且所有变异株均为rtM204 V/rtL180M,其中2例野生株和变异株共存.rtM204V变异最早在服药6个月时出现,随后出现rtL180M变异.10份PCR产物测序分析表明,芯片检测结果与测序结果基本一致,仅在rtL173位点出现1例差异.进一步分析HBV DNA变异与HBV DNA含量、ALT水平和HBeAg血清转换率的相关性,初步结果表明变异株的出现与治疗过程中的DNA反弹呈正相关,而与起始HBV DNA水平、ALT值无关联.HBV基因芯片可初步用于HBV DNA 检测,可能是临床追踪评价抗病毒治疗效果的较好方法之一.     

慢性乙型肝炎患者血清HBV基因分型

为了解长春市慢性乙型肝炎患者血清中的乙型肝炎病毒(HBV)基因型情况及其与临床特点的相关性,应用型特异性引物进行巢式PCR方法对长春市69例慢性乙型肝炎患者血清HBV进行基因分型检测。在69例血清标本中,B型10例(占14.5%);C型41例(占59.4%);B C混合型8例(占11.6%);未分型的患者共10例(占14.5%)。C基因型患者的HBV-DNA定量、HBeAg阳性率明显高于B基因型患者(HBV-DNA:P<0.01;HBeAg:χ2=3.98,P<0.05),C基因型患者肝功检查指标谷丙转氨酶(ALT)和总胆红素(TB IL)均较B基因型患者高(P<0.01)。长春地区存在HBV B基因型、C基因型、B C混合基因型及未分型,C基因型为优势基因,引起的肝脏活动性炎症较B基因型明显。