Construction of Rice DNA Finger Print by SRFA

ＲＡＰＤ用于生物鉴定具有快速、简便、经济等优点。但是,由于该法所用引物通常为９～１０个寡聚核苷酸,与ＰＣＲ使用特异引物相比,其Ｔｍ值相对较低,扩增反应易受外界条件影响,重复性较差。ＳＲＦＡ技术采用设计有限制内切酶位点的人工合成接头与引物互补,弥补了ＲＡＰＤ法的上述不足。Ｆｉｇ．１为ＳＲＦＡ的技术路线。为提高连接效率,在同一试管内,用ＰｓｔＩ酶解基因组ＤＮＡ,并与人工接头连结,制备ＳＲＦＡ扩增的模板。合成与接头序列相应的引物。对南方５个野生稻品种和籼、粳稻各一个栽培品种进行ＳＲＦＡ扩增。Ｆｉｇ．２表示：每种材料均能获得约１０条以上的扩增条带。条带的大小在４００２０００ｂｐ之间。栽培稻品种中出现多态性片段：用引物１可得一条（１．３ｋｂ）片段,用引物２可得２条（１．１ｋｂ、０．７ｋｂ）片段。与ＦＡＰＤ法相比,ＳＲＦＡ法增加２０％的多态性。栽培稻与野生稻之间在多态性上没有差异,说明两者亲缘关系非常接近。五种野生稻的图谱可分为两类：江西、湖南、广西的与籼稻相近,广东、云南的与粳稻相近。当然,这还有待其它方面的研究来验证。接头的设计要求避免自身连结,与目的片段连结后不能再被ＰｓｔＩ切开。引物包括不变序列和选择序列两部     

杂交水稻汕优63杂种纯度的RAPD鉴定

使用纯度低或真实性差的杂交种子会给农业生产造成极大损失。然而杂交种子的纯度无法单纯从种子形态上鉴别。本文首次采用RAPD特异扩增谱带做为分子标记对水稻杂交种纯度进行了鉴定。汕优63杂交水稻种子由中国水稻研究所从某制种单位随机取样获得。珍汕97A不育系和明恢63恢复系等品种由于中国水稻研究所提供。在做形态观察的同时,分别取上述三种材料叶片制备DNA作为初始模板DNA。对300个RAPD随机引物,经过三次多态性初筛复筛,发现随机引物P18可发稳定地扩增出一条来源于父本明恢63的0．8kb的特异条带。用P18引物对100株汕优63杂交单株进行RAPD扩增,其中83个获得了0．8kb特异条带（Fig.1upper)。分子交杂证明其结果是可靠的（Fig,1Lower)。以RAPD扩增结果为依据,对这100株材料进行植株形态比较,发现那17个不能扩增出特异条带的单株均为假杂种。说明该制种单位汕优63的假种率为17％。大大超过部的有关规定。应对其原因和后果进行追究。用P18引物对18种分别为汕粳及其中间型的常用稻种进行PAPD扩增鉴定。除明恢63的亲本－圭630和中间型Pecos,Aus373具有0．8kb的特异条带（Fig.2）以外,其余均没有。是否明恢63与这两个中间型有起源关系,尚有待进一步验证。但至少说明：PAPD扩增可用于鉴定水稻品种田间串粉造成的假杂种。理论上,两个不同品种的杂交F1代的PAPD扩增谱带应为两种类型：与双亲同型和互补型。远大实际上,由于PAPD引物对不同DNA自然的竞争扩增效应等因素影响,常常使扩增量少的一些DNA片段在电泳谱带上表现不出来,而表现为单一亲本型谱带。这是引物P18之所以只有一条父本型条带的。多数情况下,这种单一新本型谱带也可以作为鉴定杂种纯 依据,但是要参照诸如形态特征等其它指标,区分具有同样大小（假定存在0．8kb的其怂u）特异条带的假杂种。本实验室正在继续筛选来源于母本的单一亲本型或互补型谱带的随机引物,立图建立起仅用PAPD扩增检测即可确诊的简便方法。     

小麦胞质突变型雄性不育系85EA与其保持系线粒体DNA的比较研究

８５ＥＡ是通过电子束辐照获得的胞质突变型小麦不育要用ＲＦＬＰ和ＲＡＰＤ技术对８５ＥＡ及春保持系的线粒体ＤＮＡ进行了比较研究。ＲＦＬＰ分析表明８５ＥＡ线粒体基因组中ｃｏｘⅡ基因的位置结构与保持系发生了变化；ＲＡＰＤ分析中引物ＯＰＤ－１５扩增产物在不育系和保持系间有明显差异，不育系的扩增产物比保持系多１条分子量为０．６ｋｂ的特展览 要带，用Ｔ－ｅａｓｙ ｖｅｃｔｏｒ克隆该不育系特异条带并命名为ＯＰＤ－     

RAPD分析氮离子注入甜菊种子后的幼苗基因组DNA变异

应用ＲＡＰＤ 技术检测经低能氮离子注入甜菊纯系种子引起的幼苗基因组ＤＮＡ 变异。筛选出ＯＰＪ系列中的１５ 种引物对实验及对照基因组ＤＮＡ 进行了ＰＣＲ 扩增,共获扩增片段１０３ 条,分子量在０．３ － ３ｋｂ 之间,其中５ 种引物ＯＰＪ－ １ ,７ ,９,１１ ,１２ 扩增出差异片段１２ 条。结果表明,低能氮离子注入甜菊种子可引起体内基因组ＤＮＡ 发生突变;ＲＡＰＤ 技术是检测基因组ＤＮＡ 发生诱变的一种简便、有效方法。本文同时探讨了离子强度和Ｔａｇ ＤＮＡ 聚合酶用量对甜菊ＲＡＰＤ 分析结果的影响,以及氮离子注入诱变效应的可能机制。     

中国棉花枯萎菌生理小种的RAPD分析

利用随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）分子标记方法对我国棉花枯萎菌３个生理小种（３、７、８号）进行遗传多样性分析,以筛选出的１０个随机引物对采自我国１１个省（自治区）的２６个代表菌株及国外３个不同生理小种对照菌株进行ＲＡＰＤ－ＰＣＲ扩增,共产生了１４０个ＲＡＰＤ分子标记,其中８７．８％具有多态性。通过聚类分析确定了供试小种间的亲缘关系,并寻找到了我国３、７、８号小种的特异条带,为确立我国棉花枯萎菌生     

RAPD应用于蕈菌研究中的条件优化探讨

在进行鹅膏菌属蕈菌遗传多样性的ＲＡＰＤ分析时,对ＲＡＰＤ分析过程中的ＤＮＡ提取方法、ＤＮＡ纯度、模板ＤＮＡ和ｄＮＴＰ浓度、循环次数、ＤＮＡ不同来源等影响因素进行了大量的实验探索,结果表明：ＤＮＡ不同提取方法具有相同的扩增产物,ＤＮＡ模板中的ＲＮＡ对扩增产物无影响,模板浓度在一个相当大的范围内（５０～４００μｇ）不影响扩增结果．ｄＮＴＰ浓度达０．７５ｍｍｏｌ／Ｌ时无带谱出现,引物浓度达１μｍｏｌ／Ｌ时出现非特异性带谱,从菌丝体和子实体中提取的ＤＮＡ可获得一致的扩增产物．扩增循环４０～４５周期条件下扩增效果较好,本实验证明了ＲＡＰＤ产物具有很好的重复性,建立了适合蕈菌ＲＡＰＤ分析的ＰＣＲ程序及条件,为ＲＡＰＤ应用于蕈菌的遗传研究打下了良好的基础．     

巴马小型猪群体遗传结构的随机扩增多态DNA分析

目的分析巴马小型猪的群体遗传结构。方法应用经过筛选的 ３１条引物对巴马小型猪个体基因组ＤＮＡ进行ＲＡＰＤ扩增,利用从ｉｎｔｅｒｎｅｔ网上下载的软件ＲＡＰＤ ｉｓｔａｎｃｅ Ｐａｃｋａｇｅ ｖｅｒ－ｓｉｏｎ１．０４软件对实验结果进行分析,计算不同个体间的相似系数。结果经ＲＡＰＤ反应,共扩增出２７５条带,其中多态性带８５条,多态性带频率在０～６６．７％之间,平均为２７．７％。不同个体猪拥有的ＲＡＰＤ条带具有差异,但拥有相同条带个体猪比率较高。该群体猪的相似系数（Ｆ）为０．９２８（０．７８～０．９７）,平均等位基因频率（ｑ）为０．７３２,最低平均杂合率（Ｈ）为０．２８６。结论巴马小型猪个体具有较好的遗传一致性和遗传稳定性。     

采用RAPD和ISSR标记探讨中国疣粒野生稻的遗传多样性

用随机扩增多态ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）和ｉｎｔｅｒ－简单重复序列（ＩＳＳＲ０标记对分别来自中国海南和云南２０个居群的疣料野生稻（Ｏｒｙａｚ ｇｒａｎｕｌａｔａ （Ｎｅｅｓ ｅｔ Ａｒｎ． ｅｘ Ｗａｔｔ．））混合样品,以及海南（Ｍ５）和云南（Ｍ２７）２个居群各２０个植株的遗传多生进行了检测。在混合取样的居群中,２０个ＲＡＰＤ引物和１２个ＩＳＳＲ引物分别扩增出２０９个１２２条带,多态条带比率９ＰＰＢ）分别     

用PCR扩增和克隆鸡传染性贫血病毒全基因组DNA

根据已发表的序列,分别在鸡贫血病毒（ＣＡＶ）环形基因组ＤＮＡ（全长２．３ｋｂ）的ＥｃｏＲＩ位点和ＢａｍＨＩ位点的两侧选择适当序列合成两对引物,用ＰＣＲ技术,从斑点杂交检测到病毒核酸的ＣＡＶ感染的ＭＤＣＣＲＰ１细胞基因组ＤＮＡ中,分别扩增出包含ＥｃｏＲＩ和ＢａｍＨＩ分割开的病毒基因组两部分（１．５ｋｂ和０．８ｋｂ）约１．５ｋｂ和约１．２５ｋｂ的两个片段。再将其中相应序列拼接克隆进ｐＵＣ１８载体,获得包含ＣＡＶ全基因组序列ＤＮＡ片段的克隆质粒ｐＣＡＶ２．４。酶切分析表明,该质粒具有预期的ＢａｍＨＩ位点、ＰｓｔＩ位点、ＨｉｎｄⅢ位点,而预期的ＥｃｏＲＩ位点消失。重组质粒插入ＤＮＡ片段的两端序列分析表明,质粒ｐＣＡＶ２．４是包含ＣＡＶ全基因组序列的重组质粒,插入ＤＮＡ片段序列中的ＥｃｏＲＩ位点序列发生了一个碱基突变。     

应用RAPD技术分析奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼的基因多态性(英文)

以随机扩增多态ＤＮＡ技术（ＲＡＰＤ）分析了奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼两个养殖群体的群体内及群体间遗传关系,并探讨了该技术在种群鉴定中的应用。ＲＡＰＤ引物筛选结果表明,所测试的２０个随机引物中（Ｔａｂｌｅ　１）,除一个引物未扩增出任何片段外,其余１９个引物均扩增出１～１１个大小不等的片段,长度大部分在５００～３０００ｂｐ之间,共扩增出２２０个片段,平均每个引物产生５．５个片段。两群体间共有片段７０条,大部分引物的扩增产物具有种间多态性,种群间相似系数为０．７２７。以筛选的引物对两种群不同个体（Ｆｉｇ．１,Ｔａｂｌｅ２）及种群混合样品（Ｆｉｇ．２,Ｔａｂｌｅ３）进行ＲＡＰＤ分析。结果表明,不同引物在扩增图谱上表现很大差异。奥利亚罗非鱼不同个体间表现为一致的扩增图谱,种内相似系数达１０００,显示了其种群内遗传变异的缺乏;尼罗罗非鱼种内相似系数为０．８２７,个体间存在不同程度的多态性;两个种群间的相似系数分别为０．７６７和０．７４２,表明种间有较高的同源性,遗传距离为０．２３５,略低于国外的报道、此外,两个养殖群体间的扩增图谱比较也暗示了遗传渐渗现象的存在。实验表明,ＲＡＰＤ标记可以作为一种可靠的遗传标记,用于不同鱼     

中国棉花枯萎菌生理小种的RAPD分析*

利用随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）分子标记方法对我国棉花枯萎菌３个生理小种（３、７、８号）进行遗传多样性分析,以筛选出的１０个随机引物对采自我国１１个省（自治区）的２６个代表菌株及国外３个不同生理小种对照菌株进行ＲＡＰＤ－ＰＣＲ增,共产生了１４０个ＲＡＰＤ分子标记,其中８７．８％具有多态性。通过聚类分析确定了供试小种间的亲缘关系,并寻找到了我国３、７、８号小种的特异条带,为确立我国棉花枯萎菌生理小种在国际上的分类地位提供了可靠的分子证据。     

鹅膏菌属真菌RAPD分析及亲缘关系的研究

本文对采自湖南莽山的２６种鹅膏菌属（Ａｍａｎｉｔａ）真菌进行了随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）分析,４０个随机引物中筛选出扩增效果较好的６个引物,每个引物能产生１～１０条ＤＮＡ条带,获得的ＲＡＰＤ谱带清晰并呈现多态性ＯＰＧ１５、ＯＰＨ０４两个引物扩增的ＲＡＰＤ谱带能将２６种鹅膏菌完全区分开来,通过６个引物的ＲＡＰＤ分析获得的平均相似性系数表明种与种之间的相关系数在２０－６０％之间,平均链锁聚类分析     

应用RAPD技术对不同基因组组合生物型遗传多态性的研究(英文)

利用ＲＡＰＤ技术对不同基因组合的鱼类进行了基因组指纹图谱构建,在ＤＮＡ水平上对基因组成分进行了分析,探讨了其遗传多态性。ＲＡＰＤ结果发现,在２６个随机引物扩增的产物中,平均每个个体观察到约１４２个ＲＡＰＤ标记,单个引物获得的标记平均为５．４。其中４个引物扩增的图谱可将不同的生物型区分开：Ｓ－２６引物的扩增图谱（Ｆｉｇ．１）可将红鲫（ＲＡ）与其它组合区分开,还可将鲤鲫杂种一倍体（ＣＡ）与鲫鲤杂种三倍体（ＣＡＡ）和人工复合三倍体鲤（ＣＣＡ）区分开;Ｓ－８引物（Ｆｉｇ．２）可区分开红鲤（ＲＣ）和镜鲤（ＭＣ）;Ｓ－４５引物（Ｆｉｇ．３）可区分开ＲＣ和ＣＡ;Ｓ－２２引物则可区分开ＣＡＡ和ＣＣＡ。六种生物型均存在基因组特异性的图谱即各自独特的“诊断性”图谱,作者由此建立了详细的分子标记检索表（Ｔａｂｌｅ１）。通过对ＲＡＰＤ图谱的量化分析,利用ＵＰＧＭＡ构建了不同生物型的遗传关系树图;反映了鲤鲫及各种组合生物型之间的遗传相似关系：ＲＣ和ＭＣ属同一种系,聚为一族;ＣＡＡ和ＣＡ基因组类型相同,聚为一族;ＣＣＡ虽自成一体,但可与ＣＡＡ和ＣＡ聚为一族;而ＲＡ与其它组合遗传距离较远,自成一族。ＲＡＰＤ的结果也表明各种生物型内个体间     

中国棉花枯萎菌生理小种的RAPD分析

利用随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）分子标记方法对我国棉花枯萎菌３个生理小种（３、７、８号）进行遗传多样性分析,以筛选出的１０个随机引物对采自我国１１个省（自治区）的２６个代表菌株及国外３个不同生理小种对照菌株进行ＲＡＰＤ－ＰＣＲ增,共产生了１４０个ＲＡＰＤ分子标记,其中８７．８％具有多态性。通过聚类分析确定了供试小种间的亲缘关系,并寻找到了我国３、７、８号小种的特异条带,为确立我国棉花枯萎菌生理小种在国际上的分类地位提供了可靠的分子证据。     

苍术DNA分离及RAPD遗传多样性分析

用新鲜的或－７５℃保存的苍术〔Ａｔｒａｃｔｙｌｏｄｅｓｌａｎｃｅａ（Ｔｈｕｎｂ．）ＤＣ．〕叶片提取ＤＮＡ,产量分别为４０ｎｇ／ｍｇ鲜重和１０ｎｇ／ｍｇ鲜重左右,分离出的ＤＮＡ的ＯＤ２６０／ＯＤ２８０值均大于１９,可用于ＲＡＰＤ试验。用８种引物对苍术４个居群的ＤＮＡ进行扩增,单个１０碱基的引物扩增出的ＲＡＰＤ标记在１～１５之间,多态位点百分率南苍术为４７５０％,北苍术为４５４０％,遗传相似度值南苍术为０８５,北苍术为０８７。结果表明,南苍术的遗传多样性略高于北苍术。     

鹅膏菌属真菌RAPD分析及亲缘关系的研究

本文对采自湖南莽山的２６种鹅膏菌属（Ａｍａｎｉｔａ）真菌进行了随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）分析,４０个随机引物中筛选出扩增效果较好的６个引物,每个引物能产生１～１０条ＤＮＡ条带,获得的ＲＡＰＤ谱带清晰并呈现多态性ＯＰＧ１５、ＯＰＨ０４两个引物扩增的ＲＡＰＤ谱带能将２６种鹅膏菌完全区分开来,通过６个引物的ＲＡＰＤ分析获得的平均相似性系数表明种与种之间的相关系数在２０－６０％之间,平均链锁聚类分析可将２６种鹅膏菌分为二大类,且一些具菌环和苞状菌托的种类聚在一起,与形态分类基本相吻合。     

RAPD标记在紫菜遗传多样性检测和种质鉴定中的应用

用ＲＡＰＤ技术对４类紫菜（Ｐｏｒｐｈｙｒａ ｙｅｚｏｅｎｓｉｓ,Ｐ．ｈａｉｔａｎｅｎｓｉｓ,Ｐ．ｋａｔａｄｎｉ ｖａｒ．ｈｅｍｉｐｈｙｌｌａ和Ｐ．ｏｌｉｇｏｓｐｅｒｍａｔａｎｇｉａ）的１５个无性系丝状体进行了遗传多样履分析,从５０个ＯＰＥＲＯＮ引物中经过初筛,其中６个引物可以扩增出稳定的可重复的图谱。这６个引物共扩增出了６０条带,多态性比例达９７．１％。根据ＲＡＰＤ结果将这１５个无性了紫菜的ＤＮＡ     

从普通野生稻硅胶干燥的小量叶片中制备DNA用于RAPD分析和总DNA库的建立(英文)

普通野生稻（ Ｏｒｙｚａｒｕｆｉｐｏｇｏｎ Ｇｒｉｆｆ．）的基因资源对水稻的育种起着至关重要的作用。报道了从其硅胶干燥的小量叶片中制备ＤＮＡ的方法。用此方法制备的ＤＮＡ分子量大（４０～４５ ｋｂ） ,产率也较高（５０ ～２００ μｇ／ｇ） ,且成功地进行了ＲＡＰＤ扩增。用制备的４４ 个居群,１１６８ 个个体的总ＤＮＡ 建立了中国普通野生稻的总ＤＮＡ 库作长期冷冻保存,可用于基于ＰＣＲ 的ＤＮＡ水平上的各种目的的研究。根据实验结果,从在室温下贮存１ 周、３ 个月、６ 个月、１ 年的硅胶干燥的叶片中提取的ＤＮＡ 用于ＲＡＰＤ扩增所得的扩增产物没有差异;模板ＤＮＡ浓度在３ ．１ ～５０ ｎｇ 的范围内均得到很好的ＲＡＰＤ扩增结果。这说明了从硅胶干燥的叶片中提取的普通野生稻的ＤＮＡ 用于ＲＡＰＤ扩增的产物很稳定,将其用于群体遗传分析具有很好的可比性和可靠性。同时也讨论了模板ＤＮＡ的纯度和浓度对ＲＡＰＤ扩增的影响     

扩增条件对茶类植物RAPD带的影响

采用梯度分析的方法试验了模板ＤＮＡ、引物、镁离子、ｄＮＴＰ和Ｔａｑ酶的浓度对茶类植物进行ＲＡＰＤ分析中ＤＮＡ扩增结果的影响。实验表明这些条件的变化对扩增出来的ＲＡＰＤ带的数目和强弱会产生影响。经过比较分析,筛选出对于茶类植物进行ＲＡＰＤ分析较理想的扩增条件：２．０ｍｍｏｌ／ＬＭｇＣｌ２,２００ｕｍｏｌ／ＬｄＮＴＰ,１５ｎｇ引物／２０ｕｌ反应体积,４ｎｇ模板ＤＮＡ／ｕｌ反应体积,１ＵＴａｑ酶／２０ｕｌ反应体积。     

随机扩增多态DNA（RAPD）标记用于丁香品种遗传分析及品种分类

采用随机扩增多态ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）标记分析了１５个丁香品种的ＤＮＡ扩增产物。研究选用了１６个随机引物,共扩增出９６条带,其中５５条带为可重复性条带,有价值条带大小多在５１７ｂｐ至１６３６ｂｐ之间。这些标记足以区分这些丁香品种。欧丁香（Ｓｙｒｉｎｇａｖｕｌｇａｒｉｓ）与Ｓ．×ｈｙａｃｉｎｔｈｉｆｌｏｒａ间的相似系数为６１．５％,欧丁香与Ｓ．×ｐｒｅｓｔｏｎｉａｅ间的相似系数为４７．２％,Ｓ．×ｈｙａｃｉｎｔｈｉｆｌｏｒａ与Ｓ．×ｐｒｅｓｔｏｎｉａｅ间的相似系数为４３．６％。结果表明,欧丁香与Ｓ．×ｈｙａｃｉｎｔｈｉｆｌｏｒａ亲缘关系最近。应用ＲＡＰＤ资料分析讨论了一些品种的起源。ＲＡＰＤ技术为丁香品种分类鉴定提供了可靠方法。