HOXA10直接调控人子宫内膜间质细胞中p/CAF启动子的活性

目的：筛选与鉴定转录因子同源框蛋白（HOX）A10下游靶基因。方法：用Ad-HOXA10重组腺病毒感染人子宫内膜间质细胞,通过染色体免疫共沉淀（ChIP）方法,筛选HOXA10的下游靶基因;采用萤光素酶报告基因实验结合腺病毒介导的HOXA10过表达和小干扰RNA介导的基因沉默实验,分析HOXA10对下游靶基因的转录调控作用。结果：ChIP-PCR筛选并鉴定p/CAF（p300/CBP相关因子）为HOXA10直接作用的靶基因;过表达HOXA10抑制p/CAF启动子活性达60%;基因沉默内源性HOXA10的表达可以激活p/CAF启动子活性超过2倍以上。结论：p/CAF是HOXA10新的靶基因,HOXA10可能通过调节p/CAF的表达来调控子宫内膜的发育。     

牛α—s1酪蛋白基因3’端的克隆鉴定及序列分析

文用牛α—sl酪蛋白基因cDNA为探针,筛选了以EMBL3为载体构建的牛基因组文库2×10 5pfu,得到一个阳性克隆。分别以牛α—sl酪蛋白基因cDNA全长、终止符前后序列为探针鉴定了该克隆,制作了较为详细的限制酶谱,亚克隆了相应片段,并对含有终止符和poly A加成信号的有关亚克隆进行了序列分析,结果表明：该克隆含有牛α—sl酪蛋白基因终止符下游3．5kb及上游10．2kb片段,与现有的该基因的资料相比较,限制酶谱存在部分差异,DNA序列有多处点突变,并有少量缺失。点突变在内含子和外显子均有发生,这是限制酶图谱差异的原因。     

新生隐球菌转录共激活因子MBF1基因的鉴定与敲除

目的构建新生隐球菌转录共激活因子MBF1基因缺陷菌株。方法采用套叠PCR方法 ,构建含有抗性基因NEO以及靶基因上下游同源DNA片段的基因敲除框,通过基因枪将重组片段转化入新生隐球菌,应用PCR筛选和DNA序列测序方法对基因突变株进行鉴定与验证。结果成功构建了新生隐球菌基因突变株mbf1裣。结论通过基因突变株mbf1裣的构建,为深入研究新生隐球菌转录辅助因子Mbf1的功能机制奠定基础。     

猪垂体中猪生长激素基因的克隆和部分序列分析

从猪垂体中提取出DNA,以EMBL3噬菌体作裁体,构建了染色体基因文库。用全长的猪生长激素(pGH)cDNA作探针,经原位杂交,筛选出5个阳性克隆。提取其中一个阳性克隆的DNA,通过斑点杂交,酶解和Southern印迹,表明它含有全长猪生长激素基园,将sma Ⅰ酶解后soufhem印迹为阳性的两个片段进行了亚克隆,对其中含有猪生长激素基因sma Ⅰ位点上游序列的片段进行了部分序列分析,并和已发表的相应序列进行了比较。     

人血清白蛋白基因的打靶研究

为获得整合有人血清白蛋白(HSA)基因的猪胎儿成纤维细胞克隆,从猪基因组文库中杂交筛选得到猪血清白蛋白(PSA)基因全序列35kb并克隆了人血清白蛋白cDNA序列,扩增猪血清白蛋白基因5′调控序列7.2kb片段及第一内含子至第四内含子2.8kb的片段;构建了含有neo及tk正负筛选标记基因的人血清白蛋白基因打靶载体,并验证了neo基因的有效性。将线性化的打靶载体通过电击转染的方法整合到猪胎儿成纤维细胞基因组中,利用G418及GANC进行细胞克隆的抗药性筛选,PCR及Southern blot鉴定抗药性细胞克隆,最终获得3个发生同源重组的细胞克隆。这为下一步进行体细胞核移植制备生产人血清白蛋白转基因猪奠定了基础。     

斑马鱼Gfi1.1基因的克隆及其体外转录

目的:克隆斑马鱼Gfi1.1基因的全长cDNA,运用T7 RNA聚合酶对含有Gfi1.1基因的ORF区进行体外转录,在体外合成5端带有帽子结构的Gfi1.1 mRNA分子,为后续研究斑马鱼Gfi1.1基因的功能打下基础。方法:应用RT-PCR从斑马鱼组织中扩增出Gfi1.1 cDNA片段,经回收纯化与pGM-T载体连接并转化感受态细菌DH-5α,通过蓝白筛选酶切鉴定阳性菌落,小量提取质粒,Nde I限制性内切酶线性化pGM-T-Gfi1.1质粒,运用T7 RNA聚合酶对Gfi1.1基因进行体外转录及加帽。经凝胶电泳对目的片段进行鉴定。结果:RT-PCR扩增获得约1.2 kb的DNA片段,DNA序列分析的结果与GenBank上的序列(NM_001020776)一致,酶切线性化及体外转录加帽pGM-T-Gfi1.1,凝胶电泳鉴定RNA分子大小与预期完全一致。结论:成功克隆斑马鱼Gfi1.1基因并体外转录及加帽pGM-T-Gfi1.1。     

利用锌指基序的保守性从人脑组织分离新的C_2H_2型锌指蛋白基因表达序列

本文利用锌指基序的保守性设计引物,在低严谨条件下扩增人基因组总DNA,获得8个长度呈梯度的PCR扩增产物电泳条带。取其中第2和第3电泳条带,回收DNA片段并将它们克隆,经测序和查新比较,共获得60个含有锌指蛋白基因基序的单一的序列,其中23个为新的锌指蛋白基因DNA片段。以它们为探针,杂交筛选人脑组织cDNA文库,得到初筛cD-NA克隆44个。对其中28个初筛cDNA克隆进行复筛之后,得到20个cDNA单克隆。对这些阳性克隆进行测序,读出18个含有锌指蛋白基因基序的序列,国际联网查新之后,证明其中16个是新的锌指蛋白基因片段。这些新的锌指蛋白基因片段为今后克隆有意义的全长锌指蛋白cDNA提供了重要的实验材料。     

小鼠XBP1基因RNA干扰慢病毒载体的构建及筛选

目的:构建小鼠XBP1基因RNA干扰(RNA interference,RNAi)慢病毒载体,筛选具有较好干扰效率的小鼠XBP1 siRNA靶序列.方法:针对小鼠XBP1基因特异性序列,设计4个RNAi靶序列及1个阴性对照序列,合成含有正义和反义Oligo DNA的互补DNA序列,退火形成双链DNA,并克隆到经Age Ⅰ和EcoR Ⅰ酶切后的pGCL-GFP载体连接产生短发卡RNA(shRNA)慢病毒载体,PCR筛选阳性克隆,DNA测序鉴定.由病毒包装系统进行包装,经滴度测定后感染NIH3T3细胞,应用Real-time PCR鉴定干扰效率.结果:PCR鉴定与DNA测序证实合成的寡核苷酸链插入正确,293T细胞测定病毒滴度为1×108TU/ml.Real-timePCR证实XBP1-siRNA-3靶点的干扰效率最高,其干扰效率达到95%以上.结论:成功构建并筛选了小鼠XBP1基因RNAi慢病毒载体,为研究XBP1在巨噬细胞免疫功能调控中的作用奠定了基础.     

海藻糖合酶产生菌筛选、鉴定及目的基因克隆

目的:为筛选出一株产海藻糖合酶的菌株,并以此菌的全DNA为模板,克隆出产海藻糖合酶的目的基因片段。方法:实验过程中采用了常规筛选菌种、快速提取细菌全基因、显微镜观察菌种、热启动PCR技术、电泳纯化回收基因片段、EcoRⅠ和HindⅢ双酶切鉴定目的基因片段等方法。结果:在电镜下可观察到有芽孢、杆菌;菌株16S rRNA基因扩增产物共计1490个碱基;PCR方法扩增出阳性克隆大约1700bp的基因片段。结论:通过生理、形态、结构特征分析及16S rRNA基因全序列比较得出结论:筛选到一株短小芽孢杆菌;PCR扩增出阳性克隆片段,全长1722bp,为实验所要的编码海藻糖合酶的基因片段。     

巴西固氮螺菌ntrBC基因的克隆与核苷酸序列分析

以EMBL3为载体,构建了巴西固氮螺菌(Azospirillum brasilense)Yu62的基因文库.以巴西固氮螺菌Yu62中PCR扩增出的450bp DNA 片断作为探针,对该基因文库进行筛选,得到了10个阳性克隆(EA1—EA10),其中含有两种不同类型的克隆,分别以EA4和EA9为代表.对EA4的杂交分析发现目的基因位于2.9kb EcoRI片段上.DNA序列分析结果表明该片段含有完整的ntrC编码区,其编码产物由480个氨基酸组成.分子量为53469;ntrC上游是完整的ntrB编码区,其编码产物由400个氨基酸组成,分子量为43487.对相应的NtrC和NtrB氨基酸序列进行同源性分析,说明巴西固氮螺菌与根瘤菌的亲缘关系较与其它自生固氮菌的更为接近.     

应用基因芯片筛选慢性乙型肝炎相关差异性基因

目的：应用基因芯片技术筛选不同病毒载量的慢乙肝病人及健康人差异性表达的基因。方法：选用含有48000位点的人类表达谱cDNA基因芯片,筛选4例慢乙肝病人与2例健康人外周血差异性表达的基因。结果：与健康人相比,慢乙肝患者有838个差异表达的基因,其中高表达的基因有150个,低表达的基因有688个。结论：用表达谱基因芯片可有效地研究高、低病毒载量的慢乙肝患者间,以及它们与健康人之间基因表达的差异,通过进一步分析有望筛选出与慢性乙型肝炎相关的新基因靶点。     

Direct regulation of beta3-integrin subunit gene expression by HOXA10 in endometrial cells

Estrogen and progesterone regulate HOXA10 expression in the endometrium, where HOXA10 is necessary for implantation. The integrins are also involved in early embryo-endometrial interactions. Here we show that HOXA10 directly regulates beta3-integrin subunit expression in the endometrium, likely mediating the effect of sex steroids on beta3-integrin expression. beta3-Integrin expression was decreased in endometrium shown to have low HOXA10 expression. beta3-Integrin mRNA levels were increased in endometrial adenocarcinoma cells (Ishikawa) transfected with pcDNA3.1/HOXA10, and decreased in cells treated with HOXA10 antisense. Seven consensus HOXA10 binding sites were identified 5' of the beta3-integrin gene. Direct binding of HOXA10 protein to four sites was demonstrated by EMSA. Reporter gene expression increased in BT-20 cells cotransfected with pcDNA3.1/ HOXA10 and pGL3-promoter vector containing region F (encompassing all seven HOXA10 consensus sites). A 41-bp segment (Region A) showed highest affinity binding to HOXA10 protein. Increased reporter expression, equal in magnitude to that obtained with Region F, was obtained with Region A. HOXA10 protein binding within Region A was localized by deoxyribonuclease I footprinting. beta3-Integrin expression was directly up-regulated by HOXA10 through a 41-bp 5'-regulatory element. Sex steroids regulate the expression of endometrial beta3-integrin through a pathway involving HOXA10.     

Elucidation, quantitative refinement, and in vivo utilization of the HOXA13 DNA binding site

Mutations in Hoxa13 cause malformations of the appendicular skeleton and genitourinary tract, including digit loss, syndactyly, and hypospadias. To determine the molecular basis for these defects, the DNA sequences bound by HOXA13 were empirically determined, revealing a novel high affinity binding site. Correlating the utilization of this high affinity binding site with genes exhibiting perturbed expression in Hoxa13 mutant limbs, we identified that HOXA13 suppresses the expression of the BMP antagonist, Sostdc1. In the absence of HOXA13 function, Sostdc1 is ectopically expressed in the distal limb, causing reduced expression of BMP-activated genes and decreased SMAD phosphorylation. Limb chromatin immunoprecipitation revealed HOXA13 binding at its high affinity site in two conserved Sostdc1 regulatory sites in vivo. In vitro, HOXA13 represses gene expression through the Sostdc1 high affinity binding sites in a dosage-dependent manner. Together, these findings confirm that the high affinity HOXA13 binding site deduced by quantitative analyses is used in vivo to facilitate HOXA13 target gene regulation, providing a critical advance toward understanding the molecular basis for defects associated with the loss of HOXA13 function.