基于荧光定量PCR扩增反应的SNP测定法

建立一种利用荧光定量PCR扩增反应进行单核苷酸多态性(SNP)快速测定的方法.以人β肾上腺素受体2基因中的Arg16Gly为研究对象,利用荧光染料SYBRGreenⅠ标记定量PCR产物,通过PCR生长曲线和融解曲线分析结果进行SNP分型.为提高SNP测定的特异性,分别在野生型和突变型等位基因的特异性引物3′端倒数第3个碱基位置,引入了一个人为错配碱基,使引物的错误延伸率显著降低,大大提高了SNP分析的准确性.通过DNA测序验证荧光定量PCR对β肾上腺素受体2基因中Arg16Gly分型结果的准确率.实验结果表明,所建立的方法操作简便,结果准确,适合进行大规模样品的SNP检测工作.     

四步法消除SYBR GreenⅠ实时定量RT-PCR中引物二聚体的影响

为建立一种新的SYBRgreenⅠ实时定量RT PCR方法 ,使之能够有效消除引物二聚体 (PDs)对实时定量结果的影响 .对RT PCR特异性扩增产物和PDs分别进行了凝胶电泳检测和熔解曲线分析 .依据PDs和扩增产物的熔解温度 (Tm)特点 ,在通用的三步法的延伸步骤之后 ,增加一个短暂的 (5s)恒温和荧光检测步骤 ,使这个步骤的温度高于PDs的Tm,但低于扩增产物的Tm,简称该法为四步法 .PDs的Tm 通常高于 72℃ ,但低于扩增产物的Tm .将四步法第四步的温度设置在高于PDs的Tm ,但低于扩增产物的Tm 时 ,四步法能够有效地消除PDs的影响 .对三步法和四步法SYBRgreenⅠ实时定量RT PCR进行了比较 ,发现三步法根本不能用于RNA的实时定量 ,而四步法能够实现包括低丰度RNA在内的RNA的定量 .选择Tm 值尽可能小的引物 ,使PDs与扩增产物Tm 值之间有足够的差距 ,将更有利于四步法的应用 ,并可成功地用于低丰度RNA的准确定量     

荧光定量PCR监测五氯酚对好氧颗粒污泥和活性污泥中氨氧化细菌数量的影响

通过特异引物扩增环境中氨氧化细菌16S rDNAV2保守区域,将该片段克隆到T-easy载体上,PCR产物经测序和定量PCR扩增体系鉴定,证实PCR扩增产物为氨氧化细菌16S rDNA保守序列,以含该序列的重组质粒作为定量PCR监测氨氧化细菌数量的DNA标准品。用荧光定量PCR技术比较了五氯酚(PCP)对好氧颗粒污泥和活性污泥中氨氧化细菌数量的影响。结果表明,不加PCP的反应器中,好氧颗粒污泥和活性污泥中氨氧化细菌的数量分别为4.28×107±5.44×106cells/(g干污泥)和2.51×109±8.61×108cells/(g干污泥)。随着PCP浓度的增加(0~50mg/L),PCP对氨氧化细菌数量的影响不大(P>0.05),而且,污泥中氨氧化细菌的数量与氨氮的去除率无直接的正相关关系(P>0.05),PCP主要是抑制氨氧化细菌的代谢活性导致污泥氨氮去除效率降低。     

焦磷酸显色法检测PCR产物及酶活性

聚合酶链反应（polymerase chain reaction, PCR）是分子生物学领域的一项具有划时代意义的技术,但定量PCR产物或测定能生成焦磷酸的酶活性仍需要新技术的发展。本文提供了一种PCR产物定性及定量检测方法(Color PCR kit)及其用途;该方法通过焦磷酸(pyrophosphate,PPi)显色测定PCR的副产物PPi。利用试剂盒中的试剂与PPi反应,最终生成物为甲暨（formazan）,呈红色。根据显色现象(红色)判断PCR的阳性结果,由目测实现PCR的定性检测;或通过测定490 nm 处的吸光度值定量检测PCR过程中生成的副产物PPi的含量,定量检测PCR 产物的生成量;目测情况下Color PCR kit可检测到2.5 ng水平的PCR产物,用紫外分光光度计可检测到低限为1 pg;Color PCR kit法比琼脂糖凝胶电泳检测法（低限为4 ng）灵敏。Color PCR kit还可用于连接酶和转移酶活性的测定。     

一种新的基于适体和酶切保护分析的超灵敏蛋白质检测方法

以凝血酶适体(aptamer)为例,利用适体和核酸外切酶特性,通过定量PCR扩增建立一种高灵敏的蛋白质检测方法.首先合成3段寡核苷酸序列即凝血酶适体探针,上游连接子和下游连接子.将适体探针与凝血酶温育结合后,再加入核酸外切酶I降解未能结合的探针.接着将保护下来的探针与连接子杂交、连接和对连接产物进行定量PCR .分别建立连接产物标准品浓度与Ct 值的标准曲线和凝血酶浓度与连接产物浓度的标准曲线,通过定量PCR对凝血酶进行定量.结果显示,基于适体的外切酶保护凝血酶检测方法灵敏度较高,连接产物标准品浓度的对数值和Ct 值之间的方程为y =- 2 95x + 33 6 5 (R2 =0. 990 ,P <0 .0 1) ;凝血酶浓度和连接产物浓度对数值之间的方程为y =0 94x - 0 . 2 9(R2 =0 . 998,P <0 . 0 1) ,还对可能影响检测的有关参数举行了探讨.     

实时荧光定量PCR的研究进展及应用

实时定量PCR(real-time PCR)的应用范围非常广泛,包括mRNA表达的研究、DNA拷贝数的检测、单核苷酸多态性(SNPs)的测定等。由于传统的PCR技术不能准确定量,使其在实际应用方面受到很大限制,因此,对PCR产物进行准确定量,尤其是病毒性病原的动态监控,成为迫切需要。     

标准品制备方法对FQ-PCR定量基因表达水平的影响

实时荧光定量PCR (FQ-PCR)标准曲线法准确定量基因表达的关键在于标准品与待检样本的扩增效率是否一致. 为检测DNA标准品与样本cDNA扩增效率的一致性,探讨定量用标准品的最佳制备方法,本研究以脂肪酸结合蛋白5(Fabp5)、过氧化物酶体增殖活化受体α (Ppar-α)及β肌动蛋白（β-Actin）的3个基因为对象,分别采用质粒纯化法、PCR产物直接纯化法、PCR产物凝胶回收法制备DNA标准品,10倍梯度稀释后用FQ PCR制作标准曲线. 并以10倍梯度稀释的样本cDNA标准曲线的参数为对照,进行比较分析. 结果表明,不同方法制备的DNA标准品的扩增效率差异较大,并且与cDNA的扩增效率不一致,不能对cDNA样本进行准确定量. 另外,虽然目的基因在cDNA样本中的拷贝未知,不能对基因表达水平进行绝对定量,但因不同cDNA样本的同一基因的扩增效率一致, 可对基因的表达进行准确的相对定量.     

SYBR green实时荧光定量PCR检测微小RNA21的方法建立及在食管鳞癌中的应用

目的:建立SYBR green实时荧光定量PCR检测微小RNA miR-21的技术平台及应用。方法:设计微小RNA21和U6的的颈环结构反转录引物和PCR扩增引物,以U6为内参利用SYBR green实时荧光定量PCR法检测小鼠各器官中的微小RNA21的含量。提取16例食管鳞癌患者的肿瘤组织及其近旁组织中的总RNA,检测其微小RNA21表达水平。结果:SYBR green实时荧光定量PCR检测U6和微小RNA21含量的熔解曲线单一,PCR产物特异。在Balb/c小鼠的4种器官中,肝脏、脾脏、肾脏分别为脑组织的8.71、5.38、3.47倍。16对食管鳞癌患者的样本中,14例微小RNA21的拷贝数高于其近旁组织约10.58倍(p0.01)。结论:此研究成功建立了SYBR green荧光定量PCR法检测小鼠和人微小RNA-21含量的技术平台,为进一步阐述miR-21在食管鳞癌的发生中的作用提供了新方向。     

极端嗜盐菌 16S rDNA的PCR扩增

四株嗜盐菌Haloarcula vallismortis(EM201)、Haloferax denitrificans(EM303)、A_5和B_2已通过一对特定引物用PCR技术从总DNA中扩增出各自的16SrDNA片段,分子大小在1.47kd左右.DNA杂交也表明这些PCR产物具有嗜盐菌的同源性.     

嘧肽霉素影响烟草花叶病毒RNA蓄积量的研究

嘧肽霉素是新报道的由土壤中分离筛选出来的不吸水链霉菌辽宁变种(Streptomyces achygroscopicus var.liaoningensis)产生的,其有效成分是胞嘧啶核苷肽类化合物,已获得农药临时登记,该药剂对烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)等多种病毒病害具有很好的防治效果。定量竞争PCR(Quantitative competitive PCR,QCPCR)是一种定量检测细胞因子较为精确的方法,其实质是待测核酸(DNA或RNA)与内参模板一起竞争参与PCR反应,并通过电泳将扩增产物在凝胶上明显的分开,从而进一步进行定性或定量分析。     

文昌鱼性腺差减cDNA文库的构建

本研究以日本文昌鱼(Branchiostoma japonicum)性腺cDNA为材料,应用抑制性差减杂交技术构建文昌鱼雌雄性腺的差减cDNA文库.正向差减杂交以卵巢为试验方、精巢为驱动方,反向差减杂交以精巢为试验方、卵巢为驱动方,将所获差减cDNA片段克隆插入质粒表达载体,转化大肠杆菌DH5α,最后获得的正、反向差减文库分别含459、243个重组子.PCR 扩增鉴定正、反向差减cDNA文库的插入片段,其中90%左右的克隆皆能扩增出有效产物,插入片段范围为200-600 bp,符合差减文库PCR产物片段的大小.随机选取30个阳性克隆测序分析,得到26有效基因片段,进一步从中选取16个序列,用实时定量PCR对文库质量进行验证,结果表明所建文库能够达到富集雌雄性腺差异表达基因的目的.文昌鱼性腺差减文库的构建,为进一步分离、鉴定性腺分化和发育相关基因奠定了基础[动物学报 54(3):482-48 8,2008].     

三氯乙烷污染地地下水中Dehalobacter属细菌定量与多样性分析

[目的]对某公司6个以1,1,1-三氯乙烷(1,1,1-Trichloroethane,1,1,1-TCA)为主要污染物的地下水样品中的降解微生物Dehalobacter spp.(Dhb)进行相对定量和多样性分析.[方法]采用气相色谱法测定6个样品中1,1,1-TCA、1,1-二氯乙烷(1,1-DCA)和氯乙烷(CA)的浓度;通过定量PCR法分别测定6个样品中Dhb占总菌的百分比;以16S rRNA基因通用引物和Dhb特异性引物扩增获得的PCR产物构建了6个样品的Dhb特异性克隆文库,所得序列与GenBank中的最相似序列构建系统发育树.[结果]6个样品中均有1,1-DCA和(或)CA的检出,推测此6处地下水中1,1,1-TCA可能存在生物降解.定量PCR结果表明,6个样品中Dhb丰度差异较大.6个Dhb特异性克隆文库获得41条序列,序列比对结果表明,与它们最相似的已知分类地位的序列全部属于Dhb属.这些序列按99％的相似性被划分成7个可操作性分类单元(OTU).其中24条序列属于OTU1,该OTU的序列与已知能阵解1,1,1-TCA的Dehalobacter sp.str.TCA1的16S rRNA基因序列相似性达98％;文库中的3个OTU与GenBank中16S rRNA基因序列同源性最高仅为95％-96％.[结论]该污染场地地下水中存在多样性较丰富的降解微生物Dehalobacter属细菌,它们可能与现场的1,1,1-TCA生物降解有关.     

基于16S rRNA基因检测双歧杆菌的方法

本文综述了基于16S rRNA序列(16S rDNA)检测、鉴定双歧杆菌的方法。包括基因探针法、荧光原位杂交法、PCR扩特异性片段法、多重PCR法、荧光定量PCR法和PCR-DGGE/TGGE法等。     

日本脑炎病毒E基因与流感病毒HA基因的串联表达及应用

根据GenBank公布的日本脑炎病毒(Japanese Encephalitis Virus,JEV)SA14-14-2株的核酸序列和人流感病毒的血凝素基因(ha)序列,设计一对特异性引物,用PCR方法扩增编码JEV囊膜蛋白主要抗原域基因,其中含ha基因主要核苷酸序列.将PCR产物定向克隆入原核表达载体pET-32a(+),构建原核表达载体pET-EHA.阳性质粒转化BL21(DE3)宿主菌,经IPTG诱导获得表达,重组蛋白以包涵体的形式存在.Western-blot分析表明表达产物具有良好的免疫学活性.利用纯化的表达产物与流感病毒血凝素单抗及乳胶建立了诊断日本脑炎病毒抗体水平的乳胶凝集试验.结果表明乳胶凝集方法具有简便快速、敏感性高、特异性强、价格低廉、可现场检测等优点,是一种适合基层兽医单位用于日本脑炎病毒抗体水平检测的新方法.     

日本血吸虫磷酸甘油酸变位酶SjPGAM基因的克隆、表达及功能分析

磷酸甘油酸变位酶(Phosphoglycerate mutas)是糖酵解过程中的一种重要酶,主要催化3-磷酸甘油酸转化为2-磷酸甘油酸.利用PCR技术从日本血吸虫19 d童虫中首次扩增到一个PGAM家族基因,序列分析表明该基因的完整编码框含753 bp,编码250个氨基酸,理论分子量28.26 kD,理论等电点7.01.同源性分析结果表明,该基因的氨基酸序列具有典型PGAM家族特征,推测为血吸虫的PGAM基因,命名为SjPGAM(GenBank Accession No.EU374631).实时定量PCR分析显示该基因在14d和19d童虫中的表达量明显高于其他发育阶段,42d雄虫中的表达量高于雌虫.构建了该基因的原核重组表达质粒pET-28a( )-PGAM,在大肠杆菌系统中成功获得了表达,重组蛋白以包涵体形式存在,Western blotting显示表达产物能被日本血吸虫成虫粗抗原免疫血清所识别.SjPGAM基因及其表达产物的获得,为探索PGAM基因家族在血吸虫能量代谢过程中碳水化合物转运、新陈代谢调节和生长发育提供了重要基础.     

实时荧光定量PCR技术在鱼类病害研究中的应用

实时荧光定量PCR技术是一种新的核酸定量技术,通过检测PCR产物中荧光信号强度达到定量的目的,与常规PCR相比,具有无污染、特异性强、检测灵敏、定量准确等特点,该技术在分子诊断、动植物检疫等方面得到了广泛的应用.目前水产养殖业处于飞速发展时期,其中鱼类的病害问题也日益突出,为了预防和控制鱼类病害,实时荧光定量PCR技术已逐渐应用于鱼类病害的研究中.该文将从实时荧光定量PCR的技术原理、主要类型以及实时荧光定量PCR技术在鱼类病害研究的应用研究作一综述.     

转拟南芥AtKup1基因高含钾量烟草获得

提取拟南芥幼根总RNA,进行RTPCR逆转录,产物测序,将其构建到含Km(带内含子)筛选标记的植物双元表达载体上,根癌农杆菌介导法将AtKup1基因导入烟草,对转化子进行PCR扩增、GUS染色、Southern杂交和AtKup1基因mRNA荧光定量PCR分析,并进行烟叶内在成分化验分析。PCR获得2100bp左右扩增产物,测序结果证实扩增产物序列与拟南芥AtKup1基因(GenbankNo:AF029876)一致;得到GUS染色阳性的AtKup1基因转化烟草材料29株。经PCR扩增、分子杂交检测证实AtKup1基因已整合到转基因烟草的基因组,荧光定量PCR分析可以在幼根中检测到AtKup1基因的mRNA转录。烟叶含钾量化验结果表明导入的AtKup1基因在转化材料中成功表达,使烟叶含钾量提高约45%。     

极端嗜盐菌16SrDNA的PCR扩增

四株嗜盐菌Haloarcula vallismortis(EM201)、Haloferax denitrificans(EM303)、A_5和B_2已通过一对特定引物用PCR技术从总DNA中扩增出各自的16SrDNA片段,分子大小在1.47kd左右.DNA杂交也表明这些PCR产物具有嗜盐菌的同源性.     

《PCR:临床诊断和研究》

《PCR:临床诊断和研究》(PCR:clinical diagnosties and research)由A.Rolfs等人,1992年斯普林格出版社出版,271页。该书有下列章节:1.PCR:原理及反应成分;2.最佳策略;3.PCR普通应用;4.影响PCR物质:抑制或强化;5.PCR:污染和虚假的解释结果;6.可经PCR检验的生物物质;7.用PCR从细胞和组织中离析DNA;8.用PCR从细胞和组织中离析RNA;9.逆转录/PCR;10.鉴别扩增PCR产物方法;11.限制片段分析;12.多种PCR;13.用PCR检测单个碱基变化;14.用PCR对基因组DNA进行非放射性、直接、固相测序;15.应用PCR分析未知顺序;16.PCR产物定量化;17.PCR克隆方法;18.用PCR进行定位诱变;19.原位聚合酶链反应;     

数字PCR在生物学检测中应用的研究进展

数字PCR (digital PCR, dPCR)是在普通PCR和定量PCR基础上发展的第三代PCR技术,通过有限稀释和泊松分布统计实现精确的绝对定量检测.相比于前两代PCR技术,dPCR能够实现DNA模板的绝对定量且对PCR抑制剂具有更强的耐受性.目前,该技术在致病菌和病毒、基因突变、甲基化DNA、转基因成分和食品掺...