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相似文献
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1.
程敏  张静  曹鹏博  周钢桥 《遗传》2022,(2):153-173
肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,简称肝癌)是一种常见的恶性肿瘤。缺氧是肝癌等实体肿瘤的一个重要特征,同时也是诱导肿瘤恶性进展的重要因素。然而,肝癌缺氧相关的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的鉴定及其在临床生存预后等方面的价值仍未得到系统的研究。本研究旨在通过肝癌转录组的整合分析鉴定肝癌缺氧相关的lncRNA,并评估其在肝癌预后中的价值。基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)计划的肝癌转录组数据的整合分析,初步鉴定到233个缺氧相关的候选lncRNA。进一步筛选具有预后价值的候选者,基于其中12个缺氧相关lncRNA(AC012676.1、PRR7-AS1、AC020915.2、AC008622.2、AC026401.3、MAPKAPK5-AS1、MYG1-AS1、AC015908.3、AC009275.1、MIR210HG、CYTOR和SNHG3)建立了肝癌预后风险模型。Cox比例风险回归分析显示,基于该模型计算的缺氧风险评分作为肝癌患者新的独立预后预测指标,优于传统的临床病理因...  相似文献   

2.
目的:探讨Toll样受体(TLR)基因启动子单核苷酸多态性(SNP)与结直肠癌临床预后的关系。方法:收集我院2006年1月到2010年1月收治的结直肠癌患者200例,通过PCR扩增外周血DNA,经过查找数据库发现TLR4基因启动子区域有rs137853920、ss77136219多态位点,对所有患者随访5年,比较不同手术方式、美国癌症联合委员会(AJCC)分期、分化程度患者的总生存时间(OS)率和疾病无进展时间(PFT)率,分析基因型频率以及单倍体频率对患者生存影响。结果:200例患者生存时间在4~60个月,中位生存时间为54个月,OS率和PFT率在不同手术方式、癌症AJCC分期、分化程度患者间差异均具有统计学意义(P0.05);对生存资料进行多因素的Cox回归分析,结果显示rs137853920基因多态位点基因型AA、AG、GG具有较好的预后(P0.05),而ss77136219基因多态位点基因型GG、GA、AA具有较差预后(P0.05)。rs137853920、ss77136219多态位点共有四个单倍体型分别为AA、AG、GA、GG,频率分别为26.3%、21.7%、38.5%、21.6%,经过Cox多因素分析AG型患者具有较好预后(P0.05),而GG型患者具有较差预后(P0.05)。结论:TLR4基因启动子SNP可以作为结直肠癌临床预后的特异指标。  相似文献   

3.
结直肠癌(colorectal cancer,CRC)是全球范围内最常见的消化道恶性肿瘤之一,鉴于基因的异常表达在CRC发病机制中的关键作用,本研究旨在开发一种多基因预后风险预测模型以对CRC患者的生存结果进行分层和预测。在3个独立的转录组数据集中鉴定人类CRC肿瘤组织样本和正常结直肠组织样本之间的显著差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs);基于219个重叠的DEGs,通过单因素Cox回归分析鉴定出31个具有预后价值的基因;采用LASSO Cox回归分析构建一个由13个基因组成的预后模型,其预后预测效果通过KM(Kaplan-Meier)生存分析和时间依赖性ROC分析在验证集中得到验证。多因素Cox回归分析表明,基于该模型的风险评分可以作为CRC患者生存结局[包括总生存期(overall survival,OS)、无病生存期(disease free survival,DFS)和疾病特异性生存期(disease special survival,DSS)]的独立预测因子。功能分析表明,该模型与CRC患者的免疫状态和化疗反应密切相关。此外,...  相似文献   

4.
目的:探讨影响肝细胞癌患者根治性术后预后相关因素。方法:回顾性分析2004年1月1日至2009年12月31日245例我院行根治性切除术的肝细胞癌患者,采用Kaplan-Meier法和Cox比例风险模型分析临床资料、手术过程、病理特征与预后的关系。结果:多因素分析结果显示术前AFP水平、术中出血量、TNM分期是影响无进展生存时间和总生存时间的独立风险因素。术前AFP水平越高、术中出血量越大、TNM分期越晚则患者无进展生存时间及总生存时间明显缩短。此外,患者出现肿瘤组织局部坏死、门静脉癌栓,则总生存时间明显缩短。结论:术前AFP水平、术中出血量、TNM分期是外科根治性切除术后肝细胞癌患者复发及死亡的相关因素,对于临床医师判断预后及延长术后生存时间具有重要的临床意义。  相似文献   

5.
李丽希  黄钢 《生物信息学》2022,20(3):218-226
对肺腺癌自噬相关基因进行生物信息学分析,结合多基因预后标志和临床参数构建能够预测肺腺癌患者预后的模型。首先,对TCGA肺腺癌数据中的938个自噬相关基因进行差异分析,获得了82个差异自噬相关基因,使用单因素Cox比例风险回归模型从差异自噬相关基因中筛选出候选基因,通过 lasso回归进一步筛选出预后相关基因,分别是ARNTL2、NAPSA、ATG9B、CAPN12、MAP1LC3C和KRT81。通过多因素Cox回归分析以构建风险评分模型,根据最优cutoff值将患者分为高低风险组,生存曲线显示高低风险组之间生存差异显著,ROC曲线显示风险评分的预测能力良好,并在内、外验证集中得到验证。同时对传统的临床因素进行单因素和多因素Cox回归分析,结果显示Stage、复发和风险评分能够独立预测预后,结合这三个独立的预后参数以构建列线图模型,使用一致性指数、校准曲线评估列线图的预测能力,结果显示预测结果与实际结果之间具有良好的一致性。通过与Stage和风险评分的比较发现,列线图的预测能力表现最佳。基于肺腺癌相关的自噬基因和临床参数构建了一个列线图模型来预测肺腺癌患者的预后生存,这可能为临床医生提供了一种可靠的预后评估工具。  相似文献   

6.
《遗传》2020,(8)
肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,简称肝癌)是最常见的恶性肿瘤之一。DNA甲基化的异常是恶性肿瘤的特征之一,并被发现在肝癌等肿瘤的发生发展中发挥重要作用。为了能为肝癌患者提供新的临床预后预测标志物,本研究首先采用整合组学分析策略在全基因组范围内鉴定与肝癌患者预后相关的DNA甲基化驱动的差异表达基因;然后,采用LASSO (least absolute shrinkage and selection operator)分析建立了10个最优基因组合的预后预测模型。Cox比例风险回归分析显示,在校正临床特征参数后,此预测模型高风险评分与患者不良预后显著相关,表明该模型具有潜在的独立预后价值。受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线分析显示该风险评分模型在预测患者短期和长期预后方面优于其他已被报道的肝癌预后预测模型。基因集富集分析(gene set enrichment analysis, GSEA)表明,高风险评分与细胞周期和DNA损伤修复通路相关。以上结果表明,本研究构建了一个基于10个DNA甲基化驱动基因的预后风险评分模型,该模型可作为肝癌患者的潜在预后生物标志物,有助于肝癌患者的生存预后评估和治疗策略的指导。  相似文献   

7.
结肠癌是一种常见的发生于结肠部位的消化道恶性肿瘤,它好发于直肠与乙状结肠交界处,恶性程度高,侵袭性强,病情发展快。本研究利用铁死亡相关基因对结肠癌进行分型且对不同分型在生存时间及临床表型方面的差异进行评估,为探索该疾病的发病机制和个性化治疗提供思路。首先,从TCGA-GDC官网下载结肠癌患者的表达数据,通过查找文献检索到60个铁死亡相关基因,筛选有显著差异表达的铁死亡相关基因对结肠癌患者进行无监督聚类分型,同时比较各个分子亚型之间在生存时间和临床特征方面的差异;运用单因素Cox分析法筛选出与预后相关性较高的基因并构建Lasso回归模型,根据回归模型对患者的风险评分将患者分为高风险组和低风险组,比较两组间生存时间的差异并确定风险评分与其他临床特征之间的关联。通过单因素独立预后分析和多因素独立预后分析,筛选出影响结肠癌预后的独立因素。通过无监督聚类将样本分为两种分子亚型,两组间的生存时间差异不显著,不同分子亚型在肿瘤分期这个临床特征间存在一定的差异。使用5个与预后显著相关的基因(FDFT1、HMGCR、CARS1、AKR1C1、ALOX12)构建了Lasso回归模型,根据Lasso回归模型...  相似文献   

8.
目的:探讨乙肝相关性肝癌组织Bcl-2相关转录因子-1(BCLAF1)、组蛋白甲基化酶SET结构域分支型1(SETDB1)表达与临床病理特征和术后预后的关系。方法:选择2018年1至2020年6月南方医科大学珠江医院和高州市人民医院收治的127例行根治性手术切除的乙肝相关性肝癌患者,取手术切除的癌组织和旁组织,采用免疫组化法检测BCLAF1、SETDB1表达,分析BCLAF1、SETDB1表达与临床病理特征的关系。术后随访3年,Kaplan-Meier生存曲线分析BCLAF1、SETDB1不同表达患者生存差异,多因素Cox回归分析影响乙肝相关性肝癌患者预后的因素。结果:癌组织BCLAF1、SETDB1阳性表达率高于癌旁组织(P<0.05)。低分化、TNM分期Ⅲa期、门脉侵犯、淋巴结转移患者癌组织中BCLAF1、SETDB1阳性表达率高于中高分化、TNM分期Ⅰ~Ⅱ期、无门脉侵犯、无淋巴结转移患者癌组织(P<0.05)。BCLAF1阳性表达、SETDB1阳性表达乙肝相关肝癌患者3年总生存(OS)率低于BCLAF1阴性表达、SETDB1阴性表达乙肝相关肝癌患者(P<0.05...  相似文献   

9.
目的:评价Survivin和COX-2在胰腺癌中的表达与预后的关系.方法:采用免疫组化二步法检测63例手术切除的原发性胰腺癌组织及11例癌旁非肿瘤胰腺组织中Survivin和COX-2的表达情况.应用spearman相关分析Survivin与COX-2表达的相关性.用Kaplan-Meier法分析生存曲线,多变量Cox比例风险回归模型筛选影响患者生存的独立预后因素.结果:Survivin、COX-2蛋白在胰腺腺癌中的表达呈正相关(r=0.613,P=0.000).Survivin阻性表达患者中位生存时间(9个月)明显小于阴性表达者中位生存时间(21个月),P=0.000; COX-2阳性表达患者中位生存时间(10个月)也明显小于阴性表达者生存时间(大于36个月),P=0.000; Survivin阴性/COX-2阴性组患者(9例)中位生存时间(大于36个月)及1年累计生存率为88.9%,均明显高于单一阳性表达或均阳性表达组.多因素分析(Cox模型)显示分化程度(P=0.002)、临床分期(P=0.000)及Survivin过表达(P=0.005)为影响胰腺癌预后的独立因素.结论:Survivin、COX-2蛋白在胰腺癌组织中表达上调且呈正相关,二者在胰腺癌的发生发展中可能具有协同作用,有望作为靶点用于胰腺癌的靶向治疗.患者的分化程度、临床分期及Survivin的表达水平是胰腺癌患者手术后生存的独立危险因素.  相似文献   

10.
目的:分析术前外周血中性粒细胞/淋巴细胞比值(NLR)与肾癌临床病理特征及预后的关系。方法:回顾性分析2007年1月~2011年12月在哈尔滨医科大学附属第一医院泌尿外科接受根治性手术且病理证实为非转移肾癌患者的临床病例及随访资料。根据ROC曲线确定NLR最佳截点,并以此截点将患者分为高NLR组和低NLR组。分析两组间临床病理特征的差异。应用Kaplan-Meier法、Log-rank法进行单因素生存分析,应用Cox风险回归模型进行多因素生存分析。结果:460例患者中,男性306例,女性154例,中位年龄56岁。NLR平均值为2.34±1.77,中位值为2.45。根据ROC曲线分析,当NLR为2.5时,曲线下面积(AUC=0.628,p0.001)最大。以此截点将患者分为高NLR(≥2.5)组154例,低NLR(2.5)组306例。两组间年龄、Fuhrman分期、T分期上差异具有统计学意义(p0.05)。单因素生存分析显示Fuhrman、T分期、NLR值是肾癌预后因素,Cox多因素回归分析显示T分期、NLR值是肾癌的独立预后因素。结论:术前外周血中性粒细胞/淋巴细胞比值(NLR)是肾癌患者预后不良的独立危险因素。  相似文献   

11.
Shen H  Li Y  Liao Y  Zhang T  Liu Q  Du J 《PloS one》2012,7(3):e34264
Ionized calcium was involved in various cellular signal pathways,and regulates many cellular processes, including those relevant to tumorigenesis. We hypothesis that imbalance of calcium homeostasis is correlated with development of lung carcinomas. We collected the clinical data of 1084 patients with non small cell lung cancer (NSCLC) treated in Shandong Provincial Hospital, Shandong University. Logistic regression was used to determine the association between calcium levels and clinical characteristics, and COX regression and Kaplan-Meier model were applied to analyze risk factors on overall survival. Blood electrolytes were tested before treatment; and nearly 16% patients with NSCLC were complained with decreased blood calcium, which is more frequent than that in other electrolytes. Further, Multivariate logistic regression analysis disclosed that there were significant correlation between blood calcium decrease and moderate and poor differentiation (P = 0.012, OR = 1.926 (1.203–4.219)), squamous cell carcinoma (P = 0.024, OR = 1.968(1.094–3.540)), and bone metastasis (P = 0.032, OR = 0.396(0.235–0.669)). In multivariate COX regression analysis, advanced lymph node stage and decreased blood calcium were significantly and independent, unfavorable prognostic factors (P<0.001). Finally, the Kaplan-Meier Survival curve revealed that blood calcium decrease was associated with shorter survival (Log-rank; χ2 = 26.172,P<0.001). Our finding indicates that lower blood calcium levels are associated with a higher risk of unfavorable prognosis and bone metastasis of NSCLC.  相似文献   

12.
13.
摘要 目的:研究乳腺癌患者新辅助化疗(NAC)后达到腋窝淋巴结病理完全缓解(pathologic complete response of axillary,apCR)的远期生存以及影响远期生存的相关因素分析。方法:回顾性分析哈尔滨医科大学附属肿瘤医院乳腺外科624例乳腺癌患者的住院资料,采用Kaplan-Meier生存分析以及COX回归分析的统计学分析方法,分析乳腺癌患者新辅助化疗后腋窝状态与无病生存(DFS)和总生存(OS)的关系及影响apCR预后的因素。结果:apCR与非apCR患者比较DFS(P=0.013)和OS(P=0.037)差异具有统计学意义,apCR患者的预后与年龄、肿瘤大小、肿瘤受体状态、HER-2、ki67状态、分子分型等因素无相关性。结论:与非apCR患者相比,乳腺癌患者新辅助化疗后apCR患者预后更好,但apCR患者预后良好的因素仍需进一步临床试验分析。  相似文献   

14.
目的:分析放疗联合食管支架对晚期食道癌患者预后影响。方法:选取我院收治晚期食道癌患者90例,经西医诊断标准经病理学及CT检查确诊为晚期食道癌,根据治疗方法不同分为实验组(放疗联合食管支架术)与对照组(食管支架术)。比较患者肝、肾功能,及生存率。采用Cox分析法对患者预后与放疗的相关性分析。结果:两组患者半年、1年、3年、5年生存率相比较,实验组与对照组相比较,生存率升高,差异具有统计学意义(P0.05);经COX分析,食管癌患者的生存率与患者的淋巴结转移书、TNM分期以及是否放疗有关(P0.05);经COX分析后可见,是否有食管瘘、是否根治术、病理分型、TNM分期、是否放疗为影响食管癌患者生存的独立影响因素(P0.05)。结论:是否有食管瘘、是否根治术、病理分型、TNM分期、是否放疗是食管癌患者生存的独立影响因素。术后的放疗治疗对患者的生存有积极意义。  相似文献   

15.
We evaluated the relationship between breast cancer survival and deprivation using data from the Irish National Cancer Registry. Cause-specific survival was compared between five area-based socioeconomic deprivation strata using Cox regression. Patient and tumour characteristics and treatment were compared using modified Poisson regression with robust variance estimation. Based on 21356 patients diagnosed 1999–2008, age-standardized five-year survival averaged 80% in the least deprived and 75% in the most deprived stratum. Age-adjusted mortality risk was 33% higher in the most deprived group (hazard ratio 1.33, 95% CI 1.21–1.45, P<0.001). The most deprived groups were more likely to present with advanced stage, high grade or hormone receptor-negative cancer, symptomatically, or with significant comorbidity, and to be smokers or unmarried, and less likely to have breast-conserving surgery. Cox modelling suggested that the available data on patient, tumour and treatment factors could account for only about half of the survival disparity (adjusted hazard ratio 1.18, 95% CI 0.97–1.43, P = 0.093). Survival disparity did not diminish over time, compared with the period 1994–1998. Persistent survival disparities among Irish breast cancer patients suggest unequal use of or access to services and highlight the need for further research to understand and remove the behavioural or other barriers involved.  相似文献   

16.
目的:探讨铁死亡相关的长链非编码RNAs(LncRNAs)在甲状腺癌中的预后价值并构建预后风险模型。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载甲状腺癌的转录本数据和临床数据,铁死亡相关的基因数据集是从铁死亡数据库(http://www.zhounan.org/ferrdb/)下载的259个基因集。得到铁死亡相关LncRNAs,与患者临床信息合并后,通过单因素Cox回归分析和Kaplan-Meier生存分析两种方法得到与甲状腺癌预后相关的铁死亡LncRNAs,通过R的survival包构建COX模型以此来建立最佳预后风险模型并予以验证。结果:获得30个铁死亡相关的LncRNAs,多因素cox分析得到10个与甲状腺癌预后相关的铁死亡LncRNAs,包括AL136366.1、AL162231.2、CRNDE、AC004918.3、LINC02471、AC092279.1、AC046143.1、LINC02454、DOCK9-DT、AC008063.1。Kaplan-Meier生存分析表明高风险组预后较差。单因素和多因素Cox分析表明风险评分可以作为独立预后因子。KEGG通路富集分析发现,差异基因可能与嘧啶代谢、核苷酸切除修复、NOTCH_信号通路等通路有关。结论:通过生物信息学方法筛选出10个与甲状腺癌预后的铁死亡相关LncRNAs,并成功构建预后风险模型。  相似文献   

17.
刘阳  王丽茹  张岩 《生物信息学》2021,19(4):240-248
为了通过分析DNA甲基化谱识别出与预后相关的结肠腺癌亚型。从TCGA数据库获取了结肠腺癌患者的甲基化数据,通过差异甲基化分析和构建COX比例风险回归模型筛得与预后显著相关的CpG位点,并通过一致性聚类识别出7个亚型。生存分析和临床特征检验显示7个亚型间预后差异显著且亚型特征可由多种临床特征反映。此外,用7个亚型间识别出的差异甲基化位点构建的基于SMO(序列最小最优化)的预测模型在各亚型上都有较高的AUC值,并用检验集进行了验证。综上,本研究利用生物信息学算法识别了7个预后差异的结肠腺癌亚型并挖掘了它们的特异性甲基化标记。该研究结果或可使得结肠腺癌预后被更精准地评估,为早期诊断及治疗方案提供新思路。  相似文献   

18.
为探讨自噬相关基因(ARGs)在MM发生发展中的作用机制并建立相关的预后模型。基于MMRF与HADb数据库,通过R语言确定多发性骨髓瘤中自噬相关基因的差异表达,GO和KEGG分析自噬相关基因与多发性骨髓瘤发生发展的关系,使用COX回归算法建立多基因预后模型,Kaplan-Meier方法绘制生存曲线,ROC曲线评价预后模型的可靠性。最终从764例多发性骨髓瘤患者骨髓样本及4例正常骨髓样本中共发现104个基因的表达在多发性骨髓瘤样本中具有显著差异,其中上调基因46个,下调基因58个。GO富集主要集中在巨自噬、自噬调节、细胞对外部刺激的反应等本体学注释。KEGG富集主要集中在自噬、细胞凋亡、NOD样受体信号通路、PI3K-Akt信号通路。单因素COX分析发现33个自噬相关基因与多发性骨髓瘤患者整体生存明显相关。多因素COX回归筛选出13个预后相关自噬相关基因(NKX2-3、NCKAP1、BIRC5、PEX3、HGS、RUBCN、PARP1、ARSA、DNAJB9、HSP90AB1、EEF2、FKBP1B和CD46)建立多发性骨髓瘤自噬相关基因预后模型。Kaplan-Meier生存曲线分析显示...  相似文献   

19.
目的:分析程序性死亡因子-1(PD-1)、程序性死亡1-配体(PD-L1)的表达与肺癌临床病理特征及预后的相关性。方法:回顾性分析我院2015年3月~2016年6月收治的73例肺癌患者的临床资料,取距离切除肿瘤边缘3cm内的非癌组织作为癌旁组织。比较两组PD-1、PD-L1的表达,分析其和肺癌患者临床病理特征和预后的关系,采用COX比例回归分析肺癌患者预后的影响因素。结果:肺癌组织PD-1、PD-L1阳性表达率均显著高于癌旁组织(P0.05)。不同性别、年龄、病理类型、吸烟情况、EGFR表达、肿瘤大小肺癌患者PD-1、PD-L1的阳性表达率比较差异无统计学意义(P0.05);低分化程度、临床分期Ⅲ及Ⅳ期、有淋巴结转移肺癌患者PD-1、PD-L1阳性表达率分别高于中分化程度、临床分期Ⅲ期、无淋巴结转移患者,差异有统计学意义(P0.05)。PD-1、PD-L1阳性表达及阴性表达组无疾病进展生存期比较均有统计学差异(P0.05)。COX比例风险回归模型显示分化程度、临床分期、淋巴结转移、PD-1、PD-L1的表达是影响肺癌患者预后的危险因素(P0.05)。结论:肺癌组织PD-1、PD-L1呈高表达,可能参与肺癌的发生发展,有助于病情严重程度的评价和预后预测。  相似文献   

20.

Introduction

Uterine cancer was the most rapidly increasing malignancy and the second most common gynecologic malignancy in Taiwan.

Methods

We analyzed the secular trend of uterine cancer incidence and compare the survival of women with uterine carcinomas and uterine sarcomas in Taiwan. Data on women diagnosed with uterine cancer between 1979 and 2008 were obtained from the Taiwan cancer registry. Survival data were analyzed by using Kaplan-Meier and Cox proportional hazards regression methods.

Results

Records of 11,558 women with uterine carcinomas and 1,226 women with uterine sarcomas were analyzed. The age-adjusted incidence rate of endometrioid adenocarcinoma increased from 0.83 per 100,000 women per year between 1979 and 1983 to 7.50 per 100,000 women per year between 2004 and 2008. The 5-year survival rate of women with endometrioid adenocarcinoma (83.2%) was higher than that for women with clear cell carcinoma (58.3%), serous carcinoma (54.4%), and carcinosarcoma (35.2%) (p<0.0001, log-rank test). The 5-year survival rates of women with low grade endometrial stromal sarcoma, endometrial stromal sarcoma, leiomyosarcoma (LMS), and adenosarcoma were 97.5%, 73.5%, 60.1%, and 77.2%, respectively (p<0.0001, log rank test). The histologic type of endometrioid adenocarcinoma, young age, and treatment period after 2000 were independent, favorable prognostic factors in women with uterine carcinomas by multivariate analysis. The histologic type of LMS, old age, and treatment period after 2000 were independent, poor prognostic factors in women with uterine sarcomas by multivariate analysis.

Conclusions

An increase over time in the number of patients with endometrioid adenocarcinomas was noted in this 30-year, nationwide, population-based study. Histologic type, age and treatment period were survival factors for uterine cancers. A more comprehensive assessment of uterine cancers and patient care should be undertaken on this increasingly common type of cancer.  相似文献   

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