来自地衣的2个新化合物及其抗氧化活性

药用地衣长松萝(Usnea longissimaAch.)是藏、蒙、维、傣等多个民族以各自的传统医药理论为依据,应用于医疗实践中的传统药材之一,其次生代谢产物有二苯骈呋喃类、缩酚酸类、单环苯酚类、甾醇类、三萜类、脂肪酸类及多糖等,具有抗菌、抗肿瘤、抗氧化、抗病毒、抗血栓活性、抗血小板、免疫调节、抗辐射生物活性等。该研究采用ABTS和DPPH 2种方法对长松萝干燥枝状地衣体中提取分离纯化得到的2个新化合物(4aR,9bS)-2,6-二乙酰基-3,4a,7,9-四羟基-8,9b-二甲基-1-氧代-1,4,4a,9b-四氢二苯骈呋喃酮(1)、4-[3-(7-乙酰基-4,6-二羟基-3,5-二甲基-2-氧代-2,3-二氢苯骈呋喃基)]-4-[2-(7-乙酰基-4,6-二羟基-3,5-二甲基苯骈呋喃基)]-3-氧代丁酸乙酯(2)进行抗氧化活性测定。结果2个化合物均表现不同程度的抗氧化能力,并显示浓度依赖性。2种方法测定结果:化合物(1)的ABTS法测试总抗氧化能力为3.53 mmol/LTrolox;DPPH自由基半数清除浓度(IC50)为0.31 mmol/L,化合物(2)的ABTS法测试总抗氧化能力为12.39 mmol/LTrolox;DPPH自由基半数清除浓度(IC50)为0.01 mmol/L,标准品2,6-二叔丁基-4-甲基苯酚(BHT)半数清除浓度(IC50)为0.16 mmol/L。     

小儿脓毒症休克相关基因的筛选及网络构建

为探究脓毒症休克与SIRS的差异表达基因及网络的构建,筛选潜在的核心基因,从GEO数据库下载相关基因表达谱GSE26378,数据分为脓毒症休克与SIRS各29个样本,通过在线软件GCBI对其进行标准化及差异基因筛选;对差异基因进行GO分析;基于KEGG进行功能通路分析以及基因信号网络分析;差异基因共表达网络分析。结果表明:两组中总共有1 456个基因被识别为差异基因(P0.05),与SIRS组相比,脓毒症休克组中有条859条下调基因,597条上调基因。GO功能富集分析显示差异基因主要参与了细胞周期、细胞免疫、细胞代谢。KEGG功能通路分析显示差异基因主要参与了MAPK信号通路、P53信号通路、wnt信号通路、细胞凋亡信号通路,细胞周期受体信号通路等。共表达分析发现基因CCNB1、NUSAP1、OIP5、SHCBP1、ZWINT、TOP2A、DLGAP5等位于网络中央部位,而基因信号网络分析发现基因PLCB1、PIK3CA、STAT3、CAMK2D、PRKCB、CREB1位于网络核心。基因芯片分析有助于发现脓毒症休克与SIRS患儿外周血单核细胞在转录组学上的改变,而生物信息学网络分析有助于发现潜在的靶点。     

基于转录组的八角挥发油合成相关基因挖掘与分析

为更好地挖掘八角(Illicium verum)挥发油合成相关基因，该文对挥发油性状差异显著的优良无性系桂角69号及普通品种砧01号叶片进行了转录组测序及组装注释，并对差异表达基因进行了GO分类和KEGG通路分析。结果表明：(1)转录本经组装后获得84 182条序列，使用NR、NT、Swiss-Prot、KEGG、KOG、GO和Pfam数据库进行序列比对，共注释了59 161条序列，筛选出30 572个差异表达基因。与砧01号相比，桂角69号叶片中上调基因有15 025个，下调基因有15 547个。(2)GO分类结果显示共有20 287个差异基因被注释。KEGG分析结果表明，有21 600个差异基因被注释到133条KEGG通路上，其中挥发油合成相关的单萜生物合成通路、萜类骨架生物合成通路、苯丙素合成通路中的芳樟醇合酶、月桂烯合酶、香叶基香叶基焦磷酸合酶、肉桂酰辅酶A还原酶、咖啡酸3-O-甲基转移酶、肉桂醇脱氢酶等关键酶基因呈差异表达。(3)转录因子分析发现差异表达基因分布于31个转录因子家族，其中MYB家族序列数量最多。该文利用转录组测序技术分析八角优良无性系与普通品种叶片的差异基因及...     

杨桃叶的化学成分研究

为阐明酢浆草科植物杨桃(Averrhoa carambola)的化学成分,运用有机溶剂提取、萃取及多种色谱分离技术,从其叶中分离得到11个化合物。经光波谱分析,分别鉴定为苯基β-D-葡萄糖苷(1)、3,4,5-三甲氧基苯基β-D-葡萄糖苷(2)、苄基β-D-葡萄糖苷(3)、2-苯乙基芸香糖苷(4)、1-O-(3,5-二甲氧基-4-羟基苯甲酰)-β-D-葡萄糖(5)、5-羟基麦芽酚(6)、麦芽酚苷(7)、麦芽酚3-O-[6-O-(3-羟基-3-甲基-5-丁基戊二酰)]-β-D-葡萄糖苷(8)、乙基β-D-呋喃果糖苷(9)、丁基β-D-呋喃果糖苷(10)和鲨烯(11)。化合物8是1个新的人工产物,除化合物2和3外均为首次从杨桃属植物中得到。部分化合物与杨桃叶的抗炎、抗氧化和抗肿瘤作用相关。     

柽柳花乙醇提取物化学成分的GC-MS分析

目的:用GC-MS法对柽柳花乙醇提取物的化学成分进行分析。方法:采用微波提取法从柽柳花中提取化学物质,用GC-MS法对化学成分进行鉴定。结果:鉴定出了48种化合物,所鉴定化合物的含量占提取物的87.23%。结论:柽柳花乙醇提取物的主要化学成分为邻苯二甲酸二(2-甲氧基丙基)酯(24.94%),邻苯二甲酸二丁酯(15.65%),5-羟甲基-2-呋喃甲醛(8.63%),十六碳酸(6.65%),邻苯二甲酸-6-乙基-3-辛烷基丁基酯(3.67%),三十六烷(1.85%),3,6-二氧代-1-甲基-8-异丙基三环[6.2.2.0(2.7)]十二烷-4,6-二烯(1.78%),2-呋喃甲醛(1.46%),2,3-二氢-6-甲基-3,5-二羟基-4H-吡喃-4-酮(1.39%),二十七烷(1.30%),O-苯基甲基-L-丝氨酸(1.29%),2,3-二氢苯并呋喃(1.23%),二十一烷(1.21%),二十四烷(1.11%),1,1-二乙氧基己烷(1.03%),以上十五种化合物占总提取物的73.22%。     

三棱内酯B调控人冠状动脉内皮细胞基因表达谱的生物信息学分析

目的:分析三棱内酯B在人冠状动脉内皮细胞中的表达谱数据集,寻找三棱内酯B调控血管内皮功能的关键作用靶点。方法:基于GEO公共数据库,下载原始表达谱数据集(GSE44598),经过差异基因筛选,功能注释,通路富集,信号通路网络以及基因互作网络分析,找出三棱内酯B对人冠状动脉内皮细胞基因表达谱产生影响的关键基因和信号通路。结果:同对照组相比,三棱内酯B给药组共有5224个基因有显著性差异,包括2628个上调基因和2596个下调基因。基因功能注释和信号通路富集分析表明,差异基因主要参与了细胞周期过程。网络分析显示,MAPK信号通路、细胞周期通路以及PLCG2,PRKACA和ADCY4等为关键信号通路和基因。结论:三棱内酯B通过影响PLCG2,PRKACA,ADCY4等基因的表达,参与MAPK和细胞周期等信号通路,从而调节人冠状内皮细胞的功能。这些关键基因和信号通路是三棱内酯B在心血管疾病治疗应用中潜在的作用靶点。     

秃叶黄皮树叶子的化学成分研究(英文)

从秃叶黄皮树叶子(Phellodendron chinensevar.glabriusculumSchneid)分离到7个化合物,经波谱解析鉴定为6-O-乙酰基黄柏苷(1),6-O-乙酰基二氢黄柏苷(2),(2R)-4′,5-二羟基-7-O-β-D-吡喃葡萄糖基-8-异戊烯基-二氢黄酮(3),黄柏苷(4),2-O-β-D-吡喃葡萄糖基-6-羟基-苯甲酸苄酯(5),柑橘素C(6),3-羰基齐墩果烷(7),其中化合物1～3,5～7为首次从秃叶黄皮树叶子中分离得到。     

何首乌炮制后化学成分的研究

为探讨何首乌炮制前后功效改变的物质基础,对何首乌炮制品的化学成分进行了研究.经提取分离,从中得到14个化合物,通过波谱数据分析分别鉴定为2,3-二氢-3,5-二羟基-6-甲基-4氢-吡喃-4-酮(1),3,5-二羟基-2-甲基-4氢-吡喃-4-酮(2),5-羟甲基糠醛(3),琥珀酸(4),对苯二酚(5),对羟基苯甲醛(6),没食子酸(7),2,3,5,4′-四羟基二苯乙烯-2-O-β-D-葡萄糖苷(8),ω-羟基大黄素(9),大黄素-8-甲醚(10),ω-羟基大黄素-8-甲醚(11),2-甲氧基-6-乙酰基-7-甲基胡桃醌(12),大黄素(13),大黄素甲醚(14),其中化合物1～5为首次从该植物中分离得到,化合物1～4为炮制过程中产生的糖的麦拉德反应(Maillard Reaction)产物.     

三丫苦的化学成分研究

采用硅胶柱层析从三丫苦的乙酸乙酯萃取物中分离得到6种化合物,经波谱分析鉴定为4,7-二甲氧基呋喃喹啉生物碱(1)、顺式-3,4,5-三羟基-6-乙酰基-7-甲氧基-2,2-二甲基色烷(2)、3-羟基-4-乙氧基-5,7-二甲氧基-6-乙酰-2,2-二甲基色烷(3)、3,5-二羟基-4-乙氧基-6-乙酰基-7-甲氧基-2,2-二甲基色烷(4)、异吴茱萸酮酚(5)和异吴茱萸酮酚甲醚(6)。所有化合物均首次从该植物的根部分离得到。     

京海黄鸡柔嫩艾美耳球虫感染后盲肠转录组分析

为了探究京海黄鸡感染柔嫩艾美尔球虫(E. tenella)后盲肠组织差异表达基因,以及球虫感染分子应答过程和免疫应答机制,试验采用RNA-seq技术对E. tenella感染和非感染组第7天的盲肠组织进行转录组测序,筛选差异表达基因,并进行差异基因的功能、通路富集分析。结果表明,在感染和非感染组中有显著差异的表达基因2 830个(P0.05),其中1 419个基因上调,1 411个基因下调。随机选取10个差异基因进行qRT-PCR验证,结果显示差异基因的表达倍数与RNA-seq检测结果显著相关(r=0.988,P0.000),决定系数达0.975。GO分析表明,有2 356个差异基因获得GO功能注释,显著富集的前30个GO terms主要涉及细胞交流、信号转导、血管生成、氧化还原酶活性等。KEGG分析发现差异基因显著富集的信号通路有黏着斑、细胞外基质-受体相互作用、过氧化物酶体增殖物激活受体等。这些通路中的差异基因有ANGPTL4、ACSL5、VEGFC、CD44和MAKP10等,提示这些基因在宿主柔嫩艾美耳球虫感染过程中发挥重要作用。     

miR-29a靶基因预测及其相关生物信息学分析

目的:通过对miR-29a进行靶基因预测及相关生物信息学分析,为miR-29a靶基因的实验验证提供数据支持,以期为深入研究miR-29a的生物学功能和调控机制提供理论指导。方法:利用PubMed检索miR-29a相关文章,通过miRBase在线工具分析miR-29a序列。应用TargetScan及miRNAda两种计算方法预测miR-29a靶基因并取其交集作为分析的基因集合,分别进行基因本体(gene ontology,GO)中的分子功能和生物学过程以及KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)生物通路富集分析。结果:(1)miR-29a序列在多物种间具有高度保守性。(2)两种方法预测miR-29a靶基因交集共191个。(3)miR-29a靶基因GO分子功能集中于转录因子活性、DNA结合和钙离子结合等(P0.05);miR-29a靶基因GO生物学过程集中于调控转录、细胞粘附、细胞增殖与凋亡等(P0.05);KEGG生物通路主要富集于PI3K-AKT信号通路、JAK-STAT信号通路、T细胞受体信号通路和胰岛素信号通路等信号转导通路,以及肺小细胞癌和子宫内膜癌等疾病通路(P0.05)。结论:miR-29a可能通过参与多个靶基因信号通路的调控,在机体的多种生理病理过程中发挥重要作用,是一个颇有研究价值的生物学靶标。     

Hsa-miR-125b在人胃癌耐药细胞株中的表达及其靶基因的功能分析

研究表明, Hsa-miR-125b在人胃癌耐氟尿嘧啶细胞株BGC823/Fu中表达下降。为进一步探讨hsa-miR-125b在获得性耐药中所起的作用, 文章应用miRbase、靶基因预测软件、Gene Ontology数据库及KEGG数据库对hsa-miR-125b的序列特征、进化保守性、靶基因及功能以及靶基因所参与的信号通路等进行了深入的生物信息学分析。结果显示：has-miR-125b在多个物种之间具有高度序列保守性; 通过软件预测获得hsa-miR- 125b 靶基因79个, 其分子功能包括转录调节、蛋白质结合和肽酶类活性等(P<0.001), 其所参与的生物学过程主要有细胞周期、细胞增殖、细胞凋亡的正性或负性调控以及细胞因子刺激反应性、药物反应性、DNA损伤反应性等(P<0.001), 调控包括MAPK、Wnt、p53等多条信号转导通路(P<0.01)。上述结果表明hsa-miR-125b可能参与调控多个生物学过程和信号转导通路, 而其中细胞增殖、细胞凋亡、细胞周期等生物学过程以及MAPK、Wnt、p53等信号通路已被证实与肿瘤耐药的发生有关。因此, hsa-miR-125b可能通过调控上述环节中的靶基因来影响肿瘤细胞对药物的敏感性, 从而为hsa-miR-125b在肿瘤耐药中的作用机制提供新的研究线索。     

Expression profiles of microRNAs in oxidized low-density lipoprotein-stimulated RAW 264.7 cells

Macrophage-derived foam cells were one of the hallmarks of atherosclerosis, and microRNAs played an important role in the formation of foam cells. In order to explore the roles of miRNA in the formation of foam cells, we investigated miRNA expression profiles in foam cells through high-throughput sequencing technology. A total of 84 miRNAs were differentially expressed between RAW 264.7 macrophages and foam cells induced by ox-LDL. Thirty miRNAs were upregulated and 54 miRNAs were downregulated. GO terms and KEGG pathways analysis revealed that the target genes of most of DE miRNAs were mainly enriched in “cell differentiation,” “endocytosis,” “MAPK signaling pathway,” and “FoxO signaling pathway.” The target genes of some DE miRNAs were enriched in “Insulin signaling pathway,” “Hippo signaling pathway,” “TNF signaling pathway,” “NF-kappa B signaling pathway,” and “cell death.” Using bioinformatics analyses and dual-luciferase reporter assays, we found that miR-28a-5p and miR-30c-1-3p directly inhibited LRAD3 and LOX-1 mRNA expression through targeting the 3’UTR of LRAD3 and LOX-1 mRNA, respectively. Our study indicates that miRNAs are extensively involved in the formation of foam cells, and provides a valuable resource for further study the role of miRNAs in atherosclerosis.     

KEGG: kyoto encyclopedia of genes and genomes

KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) is a knowledge base for systematic analysis of gene functions, linking genomic information with higher order functional information. The genomic information is stored in the GENES database, which is a collection of gene catalogs for all the completely sequenced genomes and some partial genomes with up-to-date annotation of gene functions. The higher order functional information is stored in the PATHWAY database, which contains graphical representations of cellular processes, such as metabolism, membrane transport, signal transduction and cell cycle. The PATHWAY database is supplemented by a set of ortholog group tables for the information about conserved subpathways (pathway motifs), which are often encoded by positionally coupled genes on the chromosome and which are especially useful in predicting gene functions. A third database in KEGG is LIGAND for the information about chemical compounds, enzyme molecules and enzymatic reactions. KEGG provides Java graphics tools for browsing genome maps, comparing two genome maps and manipulating expression maps, as well as computational tools for sequence comparison, graph comparison and path computation. The KEGG databases are daily updated and made freely available (http://www. genome.ad.jp/kegg/).     

经程序化冷冻的小鼠休眠胚胎的基因表达谱差异分析

目的探讨小鼠休眠胚胎经程序化冷冻后基因表达谱的变化及相关信号通路的改变趋势。方法采用Affymetrix基因芯片检测小鼠正常休眠胚胎和经程序化冷冻后的休眠胚胎的差异表达基因;采用GO分析和Pathway分析等生物信息学方法进一步了解相关信号通路的改变。结果经程序化冷冻后的小鼠休眠胚胎与正常休眠胚胎相比,存在228个差异表达基因,其中50个基因表达上调,178个基因表达下调。Pathway分析显示黏着斑通路、细胞外基质受体相互作用通路、肌动蛋白细胞骨架调节通路、细胞凋亡通路、细胞通讯通路、泛素介导的蛋白质水解通路、甘油磷脂代谢通路、小细胞肺癌通路、TGF-β信号通路、MAPK信号通路等基因差异表达变化趋势明显。结论小鼠休眠胚胎经程序化冷冻后会导致一系列基因调控变化,并可能影响多条信号通路的协同变化。     

急性髓系白血病mRNA与非编码RNA差异表达谱及CeRNA调控网络分析

利用GEO数据库(gene expression omnibus database)通过生物信息学分析方法探讨急性髓系白血病(acute myelogenous leukemia,AML)的发病机制。检索GEO数据库中AML相关芯片数据集GSE142698、GSE142699和GSE96535。利用GEO2R分析得到差异mRNAs、miRNAs以及差异lncRNAs。利用在线生物信息学分析工具DAVID对差异mRNAs进行GO富集分析和KEGG通路分析。利用miRWalk数据库预测AML相关miRNAs的靶向mRNAs,利用Spongescan数据库预测AML相关miRNAs的靶向lncRNAs,构建lncRNA-miRNA-mRNA竞争性内源RNA （competing endogenous RNA,ceRNA）调控网络。共筛选出29个显著差异mRNAs、70个显著差异miRNAs和20 005个显著差异lncRNAs。GO富集分析和KEGG通路分析显示,差异表达基因主要涉及蛋白磷酸化、细胞分裂、细胞增殖的负调控、基因表达的正向调节、周期蛋白依赖的丝氨酸/苏氨酸激酶活性的调节等生物过程以及细胞周期、细胞衰老、癌症通路、PI3K-Akt通路等信号通路。将miRWalk数据库预测的靶向mRNAs与差异mRNAs取交集,Spongescan数据库预测的靶向lncRNAs与差异lncRNAs取交集,分别确定了25个mRNAs、6个lncRNAs参与AML相关ceRNA调控网络的构建。结果表明,lncRNAs可能作为关键的ceRNA,通过调控miRNA和相关靶基因参与AML的发生与发展,研究结果为AML诊断和治疗的分子生物学研究提供了新的依据。     

基于蛋白互作网络识别非小细胞肺癌相关基因功能模块

本研究对非小细胞肺癌(non-small cell lung carcinoma,NSCLC)基因表达数据进行差异表达分析,并与蛋白质相互作用网络(PPIN)数据进行整合,进一步利用Heinz搜索算法识别NSCLC相关的基因功能模块,并对模块中的基因进行功能(GO term)和通路(KEGG)富集分析,旨在探究肺癌发病分子机制。蛋白互作网络分析得到一个包含96个基因和117个相互作用的功能模块,以及8个对NSCLC的发生和发展起到关键作用候选基因标志物。富集分析结果表明,这些基因主要富集于基因转录催化及染色质调控等生物学过程,并在基础转录因子、黏着连接、细胞周期、Wnt信号通路及HTLV-Ⅰ感染等生物学通路中发挥重要作用。本研究对非小细胞肺癌相关的基因和生物学通路进行预测,可用于肺癌的早期诊断和早期治疗,以降低肺癌死亡率。     

利用来自多技术平台数据的候选基因挖掘食物抗氧化剂共同影响基因或通路

抗氧化剂通过调节机体基因表达发挥广泛的功能,基于多种技术平台的研究文献中蕴藏大量抗氧化剂可调控的基因.探索这些基因间的关系有助于阐明抗氧剂的共同作用机理,也有助于开发新的生物标记用于抗氧化剂筛选.选择维生素C、维生素E和视黄酸等3种典型抗氧化剂为研究对象,从highwire数据库检索文献提取与它们功能相关主要基因,利用DAVID在线GO分析工具和pathway express分析工具分析其相关的GO生物过程定义及基因通路.结果表明,这3种抗氧化剂共同可调控的基因有14个,每种抗氧化剂显著相关的GO生理过程定义及基因通路具有很多相似性,涉及细胞通讯、免疫、细胞凋亡、细胞周期和多种典型信号传导通路.粘着斑是这3种抗氧化剂共同影响的基因网络,说明这3种抗氧化剂可能通过这一信号通路系统调节细胞周期调控、细胞骨架组装、粘附、迁徙、运动能力、生长调节、生存、血管生成等多方面发挥了重要作用,并以此通路为靶标抑制肿瘤发生、发展及侵袭转移.