大血藤的rDNA ITS序列分析

采用PCR直接测序法,对大血藤科植物大血藤9个样品和单叶血藤1个样品进行nrDNA ITS序列测定和分析。研究结果发现大血藤和单叶血藤ITS的长度为634～635bp;其中ITS1为233bp,5.8S为163bp,ITS2的长度为238～239bp。以串果藤为外类群构建最大简约树,大血藤和单叶血藤的10个样品构成一个单系类群,并且得到了自展值100%的支持。根据大血藤在中国的分布情况,单叶血藤在陕西的出现,以及分子数据的分析结果,华中区系可能是大血藤的现代分布中心,而且大血藤分布呈华中区系、华东区系、西南区系地带性的分化。这种地带性分化,更多的跟其地理、气候、环境等协同进化有关。陕西宁陕县的大血藤和单叶血藤这两个样品,ITS长度均为635bp,核苷酸差异值只有0.0032。与其他样品相比,单叶血藤与大血藤(陕西)在ITS2的一个信息位点同时发生了颠换,并且都有碱基插入现象,表现出地理特异性。单叶血藤与大血藤其它9个样品的核苷酸差异值仅在0.32%～2.31%之间,远小于大多数被子植物属下种间的核苷酸差异值1.2%～10.2%。分子数据支持将单叶血藤合并到大血藤中去。     

基于rbcL-a和ITS的枸杞鉴别、遗传关系分析及ITS假基因的发现

利用rbcL-a及ITS序列作为分子标记,对14个枸杞种或品种及1个伪品白刺进行了真伪鉴别及遗传关系分析。CTAB法提取总DNA,用通用引物对rbcL-a和ITS序列扩增、克隆、测序及分析,T克隆解决部分样品ITS无法成功测序问题。rbcL-a和ITS序列通用引物可在所有样品中成功扩增,rbcL-a序列全长643 bp,在14个枸杞种或品种中完全一致,与白刺具有45bp(7%)的碱基变异。ITS序列在14个枸杞种或品种中长度变异范围为513-692 bp。采用UPGMA法构建系统树,可区分白刺与枸杞,黑果枸杞和宁夏枸杞各品种分别聚为两支,云南枸杞、韩国枸杞及黄果枸杞则聚在宁夏枸杞大分支内。rbcL-a序列可有效进行枸杞真伪鉴别,ITS序列可用于枸杞品种鉴定及遗传关系分析。此外,本研究首次揭示了枸杞品种及个体内的ITS多态性,发现在枸杞中存在ITS假基因这一现象,为未来利用ITS序列进行枸杞系统进化研究提供一些新的参考。     

ITS1: a DNA barcode better than ITS2 in eukaryotes?

A DNA barcode is a short piece of DNA sequence used for species determination and discovery. The internal transcribed spacer (ITS/ITS2) region has been proposed as the standard DNA barcode for fungi and seed plants and has been widely used in DNA barcoding analyses for other biological groups, for example algae, protists and animals. The ITS region consists of both ITS1 and ITS2 regions. Here, a large‐scale meta‐analysis was carried out to compare ITS1 and ITS2 from three aspects: PCR amplification, DNA sequencing and species discrimination, in terms of the presence of DNA barcoding gaps, species discrimination efficiency, sequence length distribution, GC content distribution and primer universality. In total, 85 345 sequence pairs in 10 major groups of eukaryotes, including ascomycetes, basidiomycetes, liverworts, mosses, ferns, gymnosperms, monocotyledons, eudicotyledons, insects and fishes, covering 611 families, 3694 genera, and 19 060 species, were analysed. Using similarity‐based methods, we calculated species discrimination efficiencies for ITS1 and ITS2 in all major groups, families and genera. Using Fisher's exact test, we found that ITS1 has significantly higher efficiencies than ITS2 in 17 of the 47 families and 20 of the 49 genera, which are sample‐rich. By in silico PCR amplification evaluation, primer universality of the extensively applied ITS1 primers was found superior to that of ITS2 primers. Additionally, shorter length of amplification product and lower GC content was discovered to be two other advantages of ITS1 for sequencing. In summary, ITS1 represents a better DNA barcode than ITS2 for eukaryotic species.     

米尔顿姬小蜂rDNA ITS1和ITS2的序列分析及其分子鉴定

本研究测定了米尔顿姬小蜂Anselmella miltoni Girault的rDNA ITS1和ITS2序列,以探讨其分子鉴定方法。米尔顿姬小蜂的ITS1和ITS2侧翼区（18S和5.8S）序列相对稳定,ITS1和ITS2序列存在种间差异。根据18S rDNA部分序列,利用DNAMAN的Maximum Likelihood方法构建了与膜翅目其它科的系统发育树。根据米尔顿姬小蜂ITS1和ITS2序列设计了特异性引物,应用特异性引物对样品进行了PCR扩增,扩增效果理想,采用上述特异性引物可从单头米尔顿姬小蜂稳定地扩增出明显的目的DNA条带。因此,可以采用ITS1和ITS2区的特异性对米尔顿姬小蜂进行快速的分子鉴定。     

药用野生稻复合体ITS1和ITS2序列变异及其系统进化分析

通过PCR扩增并测序分析稻属药用野生稻复合体5个野生稻种基因组完整的ITS区及5.8S区,并与栽培稻ITS序列进行比较,构建分子系统进化树,探讨了稻属药用野生稻复合体内不同种间的亲缘关系和系统进化.结果表明,ITS1和ITS2均有较高的G/C含量,ITS1序列的长度多态性相对较高,ITS2序列的碱基突变频率较高.药用野生稻和高秆野生稻亲缘关系很近,而与栽培稻亲缘关系较远;短药野生稻、斑点野生稻、澳洲野生稻与药用野生稻亲缘关系渐近.处于进化的过渡阶段.     

天麻rDNA ITS区的PCR-RFLP分析

对来源于贵州大方（DF）、黎平（LP）、台江（TJ）、雷山（LS）、乌当（WD）及云南（YN）的鲜品天麻进行核糖体DNA内转录间隔区（ITS）的PCR扩增,并用限制性内切酶BamHI、HincⅡ,HeaⅢ进行酶切分析的结果显示,天麻ITS区长度约为750bp,PCR产物经HeaⅢ酶切后YN、DF和WD株的RFLP图谱基上一致,TJ2、LP和Ls株的RFLP图谱基本上一致,而TJ1株则显著不同;经BamHI酶切后,LP、TJ和LS株的RFLP图谱相同,除DF3外,YN、DF1、DF2和WD株的RFLP图谱基本上一致;经HincⅡ酶切后,除DF3和TJ1 RFLP的图谱显著不同外,其余样本RFLP图谱均表现一致。表明天麻的遗传变异特征与其地域分布有一定的联系。     

水稻籼粳亚种间rDNA的ITS(internal transcribed spacer,ITS)序列分析

为探讨水稻亚种间的遗传背景及亲缘关系,运用PCR技术扩增并测序了水稻籼亚种的南京11号,9311、广陆矮4号三个品种和粳亚种的秋光、日本晴、爪哇稻三个品种的完整ITS区（包括5.8S区）。供试材料的5.8S rDNA的长度和G/C含量完全一致。ITSI的长度为193-195bp、G/C含量为72.31%-74.38;ITS2的长度为224-232bp,G/C含量为74.46%-76.86%。序列的相似性为94.4%-99.3%。CLUSTAL.W软件排序及分析表明;1）存在4个信息位点把6个品种分为籼粳两大类群;2）籼稻之间的ITS序列的同源性小于粳稻之间的同源性,由此可见,水稻核糖体DNA的ITS序列的变化规律与其传统的分类具有高度的一致性。     

ITS序列比较和核型分析

下面每个组内的酵母菌：Ⅰ)Candida aaseri和Candida butyri;Ⅱ)Candida boleticola,Candida laureliae和Candida ralunensis;Ⅲ)Candida zeylanoides和Candida krissii以及Ⅳ)Pichia farinosa和Candida cacaoi因具有相同或只有一个碱基差异的大亚基(26S)rRNA基因D1／D2区序列,而被认为属于同一个种。本研究对其ITS序列和电泳核型进行了比较分析。结果表明前3个组内的种具有完全相同的ITS序列,第Ⅳ组的两个种只有1个碱基差异,但是各组内的核型并不完全一致。第Ⅳ组内的两个种具有完全相同的核型,证实他们属于同一个种。第Ⅱ组内的C.laureliae和C.ralunensis也具有完全相同的核型,可以肯定二者也属于同一个种,该组内的C.boleticola的核型与前二者不完全一样,但染色体分子量范围相似,也可能与前二者属于同一个种。第Ⅰ和Ⅲ组内各种的核型具有明显差异,对组内种间的同物异名关系未提供支持。     

锁阳ITS序列遗传多样性分析

为阐明锁阳(Cynomorium songaricum)的遗传结构与遗传多样性, 以甘肃省河西走廊地区及青海省共18个居群的188个锁阳个体为研究对象, 利用现代分子生物学技术, 采用序列分析方法从核-质基因方面对遗传结构进行了分析。结果显示, 锁阳ITS序列总长度为687 bp, 含有7个变异位点, 定义9个单倍型, 整体单倍型多态性H_d=0.294 20, 核苷酸多样性π=0.000 49。在整个单倍型网络中介图中, 单倍型H1位于中心位置, 并在所有的居群中均有分布, 为核心的古老单倍型。分子方差分析结果显示, 锁阳种群变异主要来源于种群内。根据ITS序列得到的群体间遗传分化系数以及Mantel检验结果, 锁阳种群间的遗传距离与地理距离之间不存在相关性, 表明现存的锁阳居群是相对近期发生生境片段化的产物。中性检验结果表明, 锁阳拒绝中性进化, 群体历经扩张或者基因座位受到负选择作用, 其中性零假说不能被排除。该研究为锁阳的系统分类、资源鉴定以及保护措施的制定提供了分子证据。     

荔枝nrDNA ITS序列多态性分析

为了解荔枝nrDNA ITS序列多态性,对荔枝4个品种的nrDNA ITS序列进行克隆测序,分析其序列特征、核苷酸多态性、遗传距离、5.8S保守基序、二级结构最小自由能、系统发育树及rRNA二级结构等。结果表明,荔枝nrDNA ITS序列在品种间、品种内均存在多态性,同时包含假基因序列,表明其ITS序列逃离了致同进化。分子方差分析（AMOVA）显示,荔枝nrDNA ITS序列遗传变异主要来源于品种内。自然杂交可能是荔枝ITS序列产生多态性的主要原因。     

杂草稻nrDNA ITS序列的测序分析

杂草稻nrDNAITS序列的直接测序和克隆测序比较结果表明直接测序和克隆测序均能得到准确的杂草稻nrD-NAITS序列。尽管直接测序方便和经济,但它的峰图差,有叠峰出现。杂草稻的ITS序列在587-589bp之间,其中ITS1长度为193-194bp,ITS2的长度为230-232bp,而5.8S均为164bp。与已公布的部分稻属的ITS进行多重比较,该序列蕴含了大量的系统学信息,可在分子水平为杂草稻的发生机理提供证据。     

杂交稻亲本核糖体DNA的ITS序列比较

以典型粳稻(O．sativa ssp．japonicn)秋光作为外类群,典型籼稻(O．sativa ssp．indica)南京11号作为对照,对两优培9、培两优288、汕优63三个籼型组合的6个亲本的核糖体基因(nrDNA)内转录间隔区(ITS)的全序列进行了比较分析,结果表明：供试材料的ITS序列有较丰富的遗传差异,以ITS序列信息构建的系统树能反映出品种间的亲缘关系,3个组合亲本间遗传距离以超级稻两优培九的亲本9311与培矮64S遗传距离最远．     

阪崎克罗诺杆菌的ITS序列分析

摘 要：以分离自不同来源（不同地区乳制品及某一企业婴儿配方乳粉加工生产环境）、经API20E鉴定为阪崎克罗诺杆菌的37株分离株为研究对象,采用ITS序列对其进行鉴定分析。结果表明,ITS序列分析在阪崎克罗诺杆菌鉴定中具有一定的优越性,且研究发现,ITS序列中含有两种功能基因tRNAgul和tRNAile+ala,这为今后阪崎克罗诺杆菌的鉴定及ITS基因的进一步分析提供了可供参考的理论依据。     

石耳属ITS条形码物种的快速鉴定

生物DNA条码是利用一个短的DNA标记进行生物的快速鉴定。以真菌界的石耳目、石耳科中的石耳属地衣的部分种类为材料,应用地衣共生菌的rDNA-ITS序列,对29种石耳属地衣进行鉴定,并初步探究其中部分种类特异的微型条码,为石耳属地衣的快速鉴定提供依据。     

山茱萸不同栽培品种的rDNA ITS序列分析

为测定山茱萸(Cornus officinalis Sieb.et.Zucc.)核糖体DNA的ITS序列,对山茱萸不同栽培品种进行了ITS序列分析。通过实验筛选出一对引物,进行PCR扩增,对扩增产物提取纯化,双脱氧链终止法DNA测序。然后,利用DNAssist Version 2.0软件加手工校正确定ITS1-5.8S-ITS2序列,并进行ITS序列分析。获得了山茱萸的ITS1-5.8S-ITS2完全序列,ITS1为253bp,5.8S为156bp,ITS2为273bp,总共682bp。7种果型的山茱萸其5.8S基因序列显示高度的一致性,圆柱形果型、长梨形果型、椭圆形果型和纺锤形果型的ITS区序列完全一致,短圆柱形果型在ITS1区3′端及ITS2区5′端各有1个变异位点;短梨形果型在ITS1区5′端有3个变异位点;长圆柱形果型在ITS1区有5个变异位点。结果表明,ITS序列在山茱萸种内比较保守,有的栽培品种之间有较小的差异,此研究为中药山茱萸分子鉴定提供了科学依据。     

山茱萸不同栽培品种的 rDNA ITS 序列分析

为测定山茱萸（Cornus officinalis Sieb.et.Zucc.）核糖体DNA的ITS序列,对山茱萸不同栽培品种进行了ITS序列分析。通过实验筛选出一对引物,进行PCR扩增,对扩增产物提取纯化,双脱氧链终止法DNA测序。然后,利用DNAssist Version 2.0软件加手工校正确定ITS1-5.8S-ITS2序列,并进行ITS序列分析。获得了山茱萸的ITS1-5.8S-ITS2完全序列,ITS1为253bp,5.8S为156bp,ITS2为273bp,总共682bp。7种果型的山茱萸其5.8S基因序列显示高度的一致性,圆柱形果型、长梨形果型、椭圆形果型和纺锤形果型的ITS区序列完全一致,短圆柱形果型在ITS1区3′端及ITS2区5′端各有1个变异位点;短梨形果型在ITS1区5′端有3个变异位点;长圆柱形果型在ITS1区有5个变异位点。结果表明,ITS序列在山茱萸种内比较保守,有的栽培品种之间有较小的差异,此研究为中药山茱萸分子鉴定提供了科学依据。     

基于ITS2序列的川贝母中成药的鉴定

润肺圣药川贝母资源匮乏,为国家三级保护植物.近年雾霾天气频发使得其资源需求加大,导致以川贝母入药的中成药掺假现象严重.中成药成分复杂,单利用普通的DNA条形码鉴定流程无法对其一次性完成鉴定,因此需结合单克隆分析逐一鉴定.本研究首先建立了包含贝母属208条ITS2序列的数据库;收集了市售20份川贝中成药,其中包含15份蛇胆川贝胶囊,4份川贝末胶囊和1份蛇胆川贝散.扩增其ITS2序列,对PCR产物进行克隆测序,对测序结果进行BLAST比对;同时本实验还选取了3份蛇胆川贝胶囊进行高通量测序,利用单克隆和二代测序相结合的混合测序方法对该3份中成药中川贝母再次鉴定.基于二代测序数据对中成药组分解析存在数据冗余现象,而单克隆结果与选取的克隆数量有关,二者结合可相互弥补缺陷.单克隆结果数据表明,15份蛇胆川贝胶囊中3份含有平贝母,10份含有伊贝母及14份含有黄花贝母等非标签成分,4份川贝末胶囊中有2份检测到川贝母,2份检测到平贝母,但同时3份中还检测到黄花贝母;1份蛇胆川贝散中仅检测到伊贝母与黄花贝母.二代测序结果表明,3份蛇胆川贝胶囊中主要检测出平贝母、伊贝母等非标签成分.通过比对二者序列,发现无论克隆还是二代测序数据均表明混合测序的3份蛇胆川贝胶囊中均不含川贝母;本研究表明,基于单克隆和二代测序辅助的方法可以准确对川贝母中成药进行鉴定.目前川贝母中成药掺假现象严重,平贝母和伊贝母是川贝母中成药的主要掺伪品,应加强对中成药市场的监管.     

云南美味牛肝菌ITS区域结构特点

利用ITS的通用引物（ITS5-ITS4）对云南的美味牛肝菌（Boletus edulis）子实体的DNA进行PCR扩增,扩增产物回收后直接测序。序列的聚类分析表明,在ITS1—5．8S rDNA-ITS2区域,云南的美味牛肝菌与欧洲的夏牛肝菌（B．aestivalis）和铜色牛肝菌（B．aereus）同源性较高,但在ITS2区域夏牛肝菌和铜色牛肝菌分别有一段美味牛肝菌没有的大小分别为73bp和26bp的特征序列。