茶园土壤微生物总DNA不同提取方法的比较

传统的微生物分离培养方法,在反映茶园土壤微生物基因信息上有很大的局限性,因此,目前逐步被分子生态学的方法替代,而获得高质量、大片段、无偏好的土壤微生物总DNA则是茶园土壤微生物分子生态学研究的基础.本文采用SDS高盐法、变性剂加SDS高盐法、脱腐SDS高盐法、CTAB法和Krsek改进法5种土壤微生物DNA提取方法分别从茶园土壤微生物中提取总DNA,并对5种方法提取的DNA的片段大小、质量和产量进行了综合评价.结果表明,Krsek改进法提取到的DNA片段最大(>23 kb)、纯度最高(OD260/OD280>1.70;OD260/OD230>1.35)、产量较高(>34.50μg/g dry soil)且不需纯化就可以用于PCR扩增和RFLP分析.因此,Krsek改进法是一种高效、可靠且适合于茶园土壤微生物分子生态学研究的DNA提取方法.     

用于分子生态学研究的土壤微生物DNA提取方法

利用SDS高盐法和变性剂加SDS高盐法对土壤微生物总DNA进行了提取,然后通过电泳加树脂柱回收和连续2次树脂柱回收方法进行了纯化.结果表明,变性剂加SDS高盐法的DNA提取效率明显高于前者,电泳加树脂柱法的纯化效果更好.通过PCR扩增表明,经过纯化后的DNA,都可以进行16SrDNA扩增和nirK、nosZ、nifH等功能基因的扩增.因此,变性剂加SDS高盐法是一种更为高效、可靠且适合于环境微生物分子生态学研究的DNA提取方法.     

一种简单有效且适于土壤微生物多样性分析的DNA提取方法

参照Zhou[11]的方法进行了改进,获得了一种简单、有效的DNA提取方法.此方法操作简单、从大量样品改为小量样品的提取,利用高浓度的PEG沉淀,不作回收纯化,所提DNA片段较大,在23 kb以上,每克土的DNA提取量从3.74～15.28 μg,OD260/OD230比值在0.89～1.21范围内,用真菌和细菌核糖体特异性引物进行PCR扩增,均获得较好的结果,DGGE图谱显示丰富性较高,可用于细菌多样性和真菌多样性的分析.此方法能够从4种不同性质土壤中提取出DNA,但提取盐渍土壤和碱性土壤的效果更好一些,为土壤微生物群落结构的多样性分析奠定良好的基础.     

三种土壤微生物总DNA提取方法的比较

本文对3种常用的土壤微生物总DNA提取方法Martin法、高盐改进法及试剂盒法进行了比较,并通过DNA得率、纯度及16S rDNA V3可变区的PCR扩增结合DGGE法(denaturing gradient gel electrophoresis),分别对3种方法进行评价.结果表明,3种方法提取的DNA均能满足土壤微生物多样性分析的要求.其中试剂盒方法操作简单,提取的DNA质量较高,但DNA得率较低且成本昂贵.Martin法和高盐改进法用时较长,DNA得率较高,纯度较低,但对后续PCR扩增和DGGE分析没有明显影响,且成本低廉.     

松科植物基因组总DNA提取方法的比较

目的:研究对比了用不同方法提取红松、樟子松和红皮云杉等3种松科植物叶片基因组DNA的效果,以寻找适合提取松科植物叶片基因组DNA的方法。方法:分别比较了用传统的CTAB法、SDS法以及3种改良的CTAB法提取的上述3种松科植物叶片基因组DNA的电泳、纯度和酶切效果。结果:采用不同方法提取的3种松科植物叶片基因组DNA的质量差异较大。结论:常规CTAB法和SDS法无法提取出高质量松科植物基因组DNA,而改良后的CTAB法的提取效果较好。     

从土壤中提取DNA方法比较

设计并比较了3种直接从土壤中提取DNA的方法。试验结果表明:3种方法都可以从土壤中提取到分子量大于23.13 kb的DNA的片段,每克干土DNA的提取量为2.5~31μg,不同方法间在DNA产量、纯度等方面存在较大差异。     

蚧虫基因组DNA不同提取方法的比较

实验以日本龟蜡蚧CeroplastesjaponicusGreen,白蜡绵粉蚧PhenacoccusfraxinusTang ,朝鲜球蚧DidesmococcuskoreanusBorchseniush和瘤大球坚蚧EulecaniumgiganteaShinji等 4种蚧虫为材料 ,分别用十二烷基硫酸钠 (SDS)法、十六烷基三乙基溴化铵 (CTAB)法、醋酸钾 (KAc)法和氯化钠 (NaCl)法等 4种方法 ,对单只蚧虫进行基因组DNA提取 ,用 0 8%琼脂糖凝胶电泳检测所提DNA。结果表明 ,4种方法都可以提取到基因组DNA ,但是比较而言 ,CTAB法和NaCl法所提取的DNA质量明显优于SDS法和KAc法 ,并适用于PCR。因此认为 ,CTAB法和NaCl法是实验室提取单只蚧虫基因组DNA更有效而实用的方法。     

五种提取马尾松基因组DNA方法的比较

对于含有大量多糖如酚、酯、萜等其它二次代谢产物的松科和杉科等针叶植物,要从其组织中提取高质量的基因组ＤＮＡ一般都比较困难。本文以马尾松（ｐｉｎｕｓ ｍａｓｓｏｎｉａｎａ）针叶为材料,分别采取了简易提取法、高盐沉淀法、ＣＴＡＢ沉淀法、Ｚｉｅｇｅｎｈａｇｅｎ法和ＱＬＡＧＥＮ公司ＤＮｅａｓｙ Ｐｌａｎｔ Ｍｉｎｉ Ｋｉｔｓ５种方法提取基因组ＤＮＡ;并通过琼脂糖凝胶电泳、限制性内切酶自理和ＲＡＰＤ３种方法对     

木棉基因组DNA提取方法的比较研究

木棉组织细胞含有多酚类、糖类、萜类化合物和其他次生代谢物质,很难得到高质量的基因组DNA。为了获得高质量的木棉基因组DNA,本实验以两个不同地方采集的木棉成熟叶片为材料,采用CTAB法、SDS法、普通试剂盒、磁珠法试剂盒以及对以上4种方法进行改良后的4种方法,提取总的木棉DNA。通过微量紫外-分光光度计、琼脂糖电泳对所提取DNA的纯度、得率,毒害及耗时等方面进行了比较。结果表明:经改良后提取的DNA质量都有所提高,且改良的磁珠法试剂盒效果最佳,可直接用于下游分子生物学实验。     

木棉基因组DNA提取方法的比较研究

木棉组织细胞含有多酚类、糖类、萜类化合物和其他次生代谢物质,很难得到高质量的基因组DNA。为了获得高质量的木棉基因组DNA,本实验以两个不同地方采集的木棉成熟叶片为材料,采用CTAB法、SDS法、普通试剂盒、磁珠法试剂盒以及对以上4种方法进行改良后的4种方法,提取总的木棉DNA。通过微量紫外-分光光度计、琼脂糖电泳对所提取DNA的纯度、得率,毒害及耗时等方面进行了比较。结果表明:经改良后提取的DNA质量都有所提高,且改良的磁珠法试剂盒效果最佳,可直接用于下游分子生物学实验。     

土壤样品中DNA提取方法的比较

对土壤样品中提取DNA方法的有效性进行了比较研究。如果以细胞有效裂解和DNA产率为标准,用冻融进行预处理再结合SDS和溶菌酶的化学裂解方法,是效果最佳的DNA抽提方法,细胞裂解率为82%,DNA产率达20.8μg/g。为了去除PCR抑制物,将DNA样品进一步用柱纯化,回收率为80%。纯化后的DNA样品可用于16SrDNA扩增及其他分子操作。     

重楼属植物DNA提取的方法研究

为了获得重楼属植物高质量的DNA,以研磨、冻融和细胞溶胀破膜的原理设计了一种DNA提取的方法并与CTAB法和高盐法比较。结果显示该方法提取的重楼属植物DNA纯度（A260/A280=1.792-1.852;A260/A230=2.052-2.267）,产率（6.12-12.84mg/g）较其他两种方法高,降解少,节省药品。所提出的DNA能用于RAPD分析和ITS测序。     

獐不同组织材料DNA提取的有效方法

根据野外采集的獐肌肉、皮张、毛发、血迹、骨骼和粪便等不同样本的特点采用相适合的DNA提取方法,并对肌肉、皮张、毛发、骨骼的提取进行了改进,通过对线粒体细胞色素b和控制区基因PCR扩增反应以及测序结果证实,这几种DNA抽提方法及相应改进的可靠性,并可以提高野外非损伤性取材在保护遗传学中的应用。     

坂崎肠杆菌DNA提取方法比较和增菌研究

利用坂崎肠杆菌对婴儿配方奶粉进行人工污染,增菌培养,在不同的增菌时间用FTA滤膜法[1]、热裂解法、试剂法、试剂盒法4种不同的方法提取坂崎肠杆菌DNA,进行PCR检测,检出限为分别为1.5、2.5、2.0、2.0 cfu/100 g;由于4种方法的灵敏度不同,所以4种方法能检测出该菌的增菌时间也不一样,实验结果显示FTA滤膜法、热裂解法、试剂法、试剂盒法分别增菌2、6、4、4 h后分别达到15、2.5×105、2.0×104、2.0×104cfu/mL能检出。     

甘草属植物DNA提取方法研究

甘草属植物黄酮类、多糖等次生代谢产物高,严重影响了的DNA提取质量和产量。本研究通过对甘草属植物DNA不同提取材料和4种DNA提取方法的比较研究,筛选出一种适合甘草属植物的DNA提取方法,该方法可有效去除次生代谢产物对DNA的干扰,能较好的应用于RAPD扩增和遗传多样性分析。     

不同方法保存的蜜蜂基因组DNA提取的比较

目的:找出适合DNA提取的昆虫标本保存方法。方法:用几种常用的昆虫标本保存方法对蜜蜂处理不同时间后,用蛋白酶K法对其基因组DNA进行提取和纯化,然后对提取产物做琼脂糖凝胶电泳及紫外吸收分析。结果:75%乙醇及冻存处理材料的基因组DNA得率较高,为7.13～8.85μg/g,电泳条带较亮;甲醛处理材料的基因组DNA得率较低,为1.50～3.21μg/g。结论:用75%乙醇及冻存处理蜜蜂较适合于其基因组DNA的提取,不宜用甲醛。     

土壤细菌DNA提取及多样性分析的T-RFLP方法

获得高质量的土壤总DNA是土壤细菌生态学的关键步骤之一.实验通过综合应用两个试剂盒(Soilmaster kit和DNA IQTM系统)的优点进行土壤样品总DNA的提取,结果证明该方法是一种快速、有效、灵敏、稳定的土壤DNA提取方法.另外尝试将16S rDNA序列和T-RFLP(Terminal restriction fragment 1ength polymorphism)技术引入土壤细菌DNA群落多样性的研究中,证明T-RFLP是一种有力的土壤细菌多样性分析工具.