横断山区复杂地形与气候对川西白腹鼠种群地理分化的影响

横断山区地质地貌复杂,历史上经历了剧烈的抬升和循环的冰期,这些地质和气候变化对物种的分化产生了重要的影响.川西白腹鼠Niviventer excelsior是广泛分布于横断山区的鼠类物种.本研究基于线粒体cyt b基因探讨来自四川、云南和西藏三地川西白腹鼠的种群分化.利用最大简约法(Maximum Parsimony)、最大似然法(Maximum Likelihood)和贝叶斯推断(Bayesian Inference)构建系统发育树.系统发育树显示川西白腹鼠和安氏白腹鼠Niviventer andersoni没有形成交互单系,二者可能有不完全谱系分拣或基因渐渗现象.川西白腹鼠种群存在亲缘地理结构,大体按理塘-稻城一线分为两个进化支Clade A和Clade B.sub-clade A1来自川西地区(包括九龙、康定、丹巴和二郎山)和云南泸水;sub-clade A2来自滇西地区的哀牢山.在Clade B中,sub-clade B1全都是来自西藏察瓦龙;sub-clade B2则来自川西北地区,包括炉霍卡沙湖、雅江和巴塘.支持滇西亚种N. e. tengchongnsis和指名亚种N. e. excelsior的分化.川西白腹鼠的种群分化可能与横断山区地形的复杂性和在历史上该地区多次的抬升和气候的波动有关.     

基于线粒体Cyt b 和核基因ZFY 探讨羊族物种之间的系统发生关系

为了阐明羊族物种之间的系统发生关系并解决岩羊属中矮岩羊物种的有效性问题,本文测定了来自金沙江河谷地区栖息于林线以上岩羊和林线以下矮岩羊共226 份粪便DNA 样品的线粒体Cyt b 基因全序列(1 140 bp)和核基因ZFY 部分序列(612 bp),结合从GenBank 中检索到的羊族物种同源DNA 序列进行比较,利用最大简约法和最大似然法构建分子系统发育树,根据获得的拓扑结构初步探讨它们的系统进化关系。结果表明,绵羊属的绵羊与山羊属、塔尔羊属、岩羊属各物种亲缘关系最远,喜马拉雅塔尔羊和岩羊属、山羊属的亲缘关系最近。在进化树的岩羊属这一分支中,金沙江河谷地带岩羊和矮岩羊与内蒙古、青海、四川其它地理种群的岩羊聚为一支,同时分布在这一区域的部分岩羊和矮岩羊在Cyt b 基因和ZFY 基因单倍型上存在共享现象。历史上的气候事件可能造成金沙江河谷地带岩羊和矮岩羊种群之间相互迁移,偏雄性扩散促进了各地理种群之间的基因交流。因此不支持矮岩羊为独立的物种,建议将金沙江河谷地带的岩羊和矮岩羊都划分到岩羊四川亚种(Pseudois nayaur szechuanensis)。由于它们的形态和生态上存在一定的分化,建议将林线以下矮岩羊作为一个独立的管理单元进行保护与管理。     

亚洲土著类群硅藻鼠科的演化

硅藻鼠科是仅分布于亚洲的啮齿类类群,头骨具豪猪型咬肌结构,下颌则为松鼠型。该类群代表了一个从梳趾鼠类分化出的区域性支系,虽与豪猪次目相近,但并不是它的成员。最早的硅藻鼠化石记录发现于Baluchistan渐新世陆相地层中,稍晚的记录发现于南业晚渐新世。印度次大陆连续的地层为该科的演化历史提供了主要的化石依据。早中新世晚期至中中新世,硅藻科化石也发现了泰国、中国以及日本。其后的硅藻鼠种类少且鲜有化石记录。晚中新世早期在巴基斯坦有一个种,中国南部晚中新世也可能有一个种。尽管在最早的化石地点发现的标本较多,但其后的时段内除泰国李盆地外化石并不丰富,这指示了其特殊的生活习性或其生活区域化石保存的偏差。已知的化石记录并没有指示出该类群的多样性,也可能是缺少石化作用的结果。硅藻鼠类在水系外围区域延续生存与最近在老挝中部多岩石地带发现的现生Laonastes也是一个硅藻鼠的假设相一致。     

东北地区中鼩鼱遗传多样性与分子系统地理学

本研究对我国东北地区3个种群（大兴安岭、小兴安岭和长白山山脉）的中鼩鼱（99个样本）Cyt b基因全序列进行分析,共获得81个单倍型。整体单倍型多态性为0.9940,显示东北地区中鼩鼱整体遗传多样性较高,3个种群的遗传多样性无明显差异。分子变异方差分析显示3个种群之间的分化占总分化的2.48%,种群内采样地的分化占总分化的0.34%,采样地内部遗传分化占总分化的97.19%。遗传分化结果显示中鼩鼱遗传分化与地理距离存在非正相关关系。结合GenBank下载欧亚其他地区中鼩鼱Cyt b基因全序列构建系统发生树,分化为3个分支：日本北海道分布的中鼩鼱构成1个小分支;韩国济州岛的中鼩鼱构成1个小分支;我国东北地区和其他欧亚大陆的中鼩鼱构成1个大分支,在这个大支上未显现进一步的遗传分化结构。中介网络分析也暗示除日本北海道和韩国济州岛外,欧亚大陆分布的中鼩鼱没有明显的地理系统分化,表现出遗传分化与地理关联性较弱。种群历史分析显示东北地区中鼩鼱经历过种群扩张。     

基于核型和分子系统学方法对中国猪尾鼠分类与分布的讨论

猪尾鼠属（Typhlomys）是啮齿类中的孑遗类群,片段化分布于我国南方和越南最北部的山地森林。前期我们基于形态和分子系统学的方法将猪尾鼠属现生类群划分为4个物种。但该分类系统仍存在争议和有待于解决的问题：一方面,有学者对大娄山猪尾鼠等是否应属于种级分类单元抱有疑问;另一方面,秦岭、南岭和广西周边的猪尾鼠种群的分类地位仍未有定论。因此,本研究采用核型分析以及分子系统学分析的方法,对我国猪尾鼠的分类及分布进行进一步梳理。本研究首次报道了中华猪尾鼠和大娄山猪尾鼠的G带核型和Ag-NORs的数目和分布,其中中华猪尾鼠2n=36,核型为14(M, SM) + 20 (A),XY (SM, A),Ag-NORs 6个;大娄山猪尾鼠2n=56,核型为2 (SM) + 52 (A),XX (SM, SM ),Ag-NORs 4个。上述核型与已报道的沙巴猪尾鼠核型（2n=38）存在显著差异,支持上述类群均为独立物种。基于线粒体Cyt b,ND2和COⅠ基因的进化关系分析,秦岭种群应属于大娄山猪尾鼠、南岭种群应属于中华猪尾鼠。而来自红河以东的云南南部的种群以及贵州南部的种群情况复杂,暗示云南、贵州和广西的喀斯特地区可能还存在未知的分类单元。     

利安德水鼩在中国地理分布范围的讨论与修订

利安德水鼩很长时间被认为是喜马拉雅水鼩的亚种，但近年来的研究发现利安德水鼩是进化关系上与日本水鼩更加接近的独立物种。而喜马拉雅水鼩一直被认为是分布区横跨古北界和东洋界广域分布的物种，但基于Cyt b基因序列测定和系统进化关系的构建，我们确定最近在四川、浙江和湖南等地采集的水鼩标本均为利安德水鼩。基于基因序列和对馆藏标本的比对，我们修订喜马拉雅水鼩和利安德水鼩在中国的分布。四川、湖北、湖南、陕西、贵州、广西、福建、台湾、浙江等地区都是利安德水鼩的分布区，而喜马拉雅水鼩在中国确定的分布区仅在云南。这一分布格局很可能是由于在地形地貌的影响下产生隔离分化的结果。     

试论长臂猿的中国起源

本文通过中国长臂猿的地理地史分布, 尤其是亚洲新第三纪(Neogene Period) 中新世(Miocene) 的上猿(Pliop ithecus)、醉猿(Diony sopithecus shuang ouensis)、池猿(L accop ithecusrobustus)、滇猿(Dianopithecus progressus) 及第四纪(Quaternary Period) 更新世(Pleistocene Epoch) 丰富的黑长臂猿(Hylobates concolor) 等化石的发现, 结合现生类群的分布和黑长臂猿的行为生态研究结果等有关资料综合论述了现生长臂猿的亚洲中国起源; 黑长臂猿则是解决这一问题的关键物种。     

中国大陆白腹鼠属的分支系统发育研究

运用Hennig的分支系统学原理和方法,对分布于中国大陆的白腹鼠属7个种的部分外部及头骨形态学特征进行性状数据分析,结合应用Paup和Hennig 86两种分支系统学软件对它们之间的系统发育关系进行研究.结果表明:安氏白腹鼠N.andersoni和川西白腹鼠N.excelsior亲缘关系较近,二者聚在一起,组成了Musser(1981)的安氏白腹鼠种组N.andersoni-Division;另外刺毛鼠N.fulvescens和褐尾鼠N.cremoriuenter的亲缘关系最近,二者先聚在一起,再与社鼠N.confucianus聚在一起,形成了安氏白腹鼠种组的姐妹群;而梵鼠N.brahma是上述5种白腹鼠组成类群的姐妹群,灰腹鼠N.eha则与前6种白腹鼠组成类群互为姐妹群.     

地理因素对箭竹复合体遗传多样性与遗传分化的影响

地理因素对植物天然居群的物种分布和种内分化具有重要影响。该研究通过对箭竹复合体内39个居群的14对SSR数据进行深入分析,旨在揭示重要地理因素(如海拔、纬度、地理距离)对该复合体内遗传多样性和遗传分化式样的影响。结果表明:(1)糙花箭竹亚支系遗传多样性最高(H_e=0.50),而团竹亚支系的遗传多样性最低(H_e=0.33)。(2)遗传多样性与纬度、海拔在A、B两个支系水平呈显著正相关关系,但在亚支系水平,遗传多样性的变化趋势呈现出更为复杂的局面,部分支系表现为负相关关系,推测纬度和海拔对箭竹复合体内遗传多样性水平具有一定影响,但也需重视其他进化因素的作用。(3)Mantel检验显示,仅在团竹亚支系中检测出较弱的正相关关系,表明地理距离不是影响箭竹复合体内遗传分化的主导因素,后续需结合基因流检测推断杂交事件对其遗传分化的影响。     

间颅鼠兔的种群遗传结构和历史演化动态

本研究基于多个线粒体基因（包括COI、Cyt b、tRNA-Thr、tRNA-Pro、D-loop控制区部分序列共计2417bp）对间颅鼠兔（Ochotona cansus）的种群遗传结构和历史演化动态进行了研究。基于线粒体基因联合数据构建的贝叶斯树显示,间颅鼠兔分为两大支系：来自岷山山系东部的甘肃白水江和四川唐家河的种群组成了支系一;其余采样点的种群组成了支系二。基于以上基因所构建的单倍型网络图显示的遗传结构与贝叶斯树一致。贝叶斯聚类分析（BAPS）将间颅鼠兔分为4个地理种群。A种群包括甘肃白水江（BSJ）和四川唐家河（TJH）的样本;B种群仅包括四川卧龙（WL）的样本;C种群包括青海北部种群（GC、MY、QL）、青海南部-四川北部种群（JW、JZ、ZK、RE）、四川康定（KD）和陕西太白山（TB）的样本;D种群包括山西娄烦（LF）以及陕西吴起（WQ）的样本。基于线粒体基因构建的物种树进行支系分化时间的推测,结果显示4个地理种群的分化时间约为0.72 Ma、0.32 Ma、0.12 Ma, 这与造成青藏高原剧烈隆起的昆黄运动（1.10-0.60Ma）和共和运动（0.15Ma）发生时间基本吻合。采用中性检验、错配分布、扩展贝叶斯天际线（EBSPs）3种方法对间颅鼠兔的种群历史动态进行预测,分析结果显示间颅鼠兔在历史上并没有经历过显著的种群扩张,而且在末次盛冰期后开始衰减。生态位模型（ENM）预测结果表明：末次盛冰期时间颅鼠兔的潜在分布区比其现今分布区小,末次盛冰期比末次间冰期潜在分布区略大,表明间颅鼠兔受末次盛冰期影响较大。气候因子分析显示降水比温度对间颅鼠兔种群影响更大,推测降水对植被的演化影响显著,从而影响间颅鼠兔的食物来源和栖息环境。     

中国兽类一新纪录白尾高山䶄及西藏、湖北和四川兽类各一省级新纪录

在最近几年开展的小型兽类调查和研究中,通过形态学和分子鉴定的方法,证实在新疆发现的白尾高山䶄（Alticola albicauda True, 1894）是中国新纪录。该种尾全白色,末端有白色毛束;身体背部淡红褐色,腹部纯白。在基于Cyt b构建的系统树中和GenBank中的白尾高山䶄聚在一起,并与银色高山䶄（Alticola argentatus Severtzov,1879）形成姊妹群,两者间遗传距离为5%;在西藏发现小毛足鼠（Phodopus roborovskii Satunin,1902）,其特征和我国其他区域分布的小毛足鼠一致,两者之间Cyt b基因遗传距离（K2P）为0.6%,是西藏新纪录;在四川发现丽江绒鼠（Eothenomys fidelis Hinton, 1923）,牙齿特征,尾长和体长之比和地模标本基本一致,但个体较小,在基于Cyt b构建的系统发育树显示,四川标本为独立分支,表明形态和分子上均存在一定的分化,但和地模标本的遗传 距离只有1.1%,应为同一种,为四川省新纪录;在湖北发现循化鼠兔（Ochotona xunhuaensis Sou and Feng, 1984）,有异耳屏,头骨较扁平,符合循化鼠兔的鉴定特征,与模式产地的循化鼠兔Cyt b基因的遗传距离为1.9%,为湖北新纪录。     

颈槽蛇的地理变异

地理变异是蛇类中较为常见的现象。颈槽蛇Rhabdophis nuchalis在中国具有广泛的地理分布,是研究地理变异的理想物种。统计分析采自中国各地的61号颈槽蛇标本外部形态特征,对其地理变异模式进行了研究。结果表明:来自云南省高黎贡山的种群与其他种群在眶后鳞数、腹鳞数、上唇鳞黑纹的数量和后颔片间是否有小鳞等形态特征上的差异有统计学意义。     

青藏高原东部地区田鼠物种的分子鉴定

以线粒体细胞色素b基因序列（Cyt b）为分子标记,结合系统发育分析（最大似然法和贝叶斯法）和遗传距离统计（JC遗传距离模型）等方法,分析青藏高原东部地区田鼠类动物的物种组成和地理分布特征。从16个样点共采集到189个田鼠样品,成功获得所有个体的Cyt b全序列,长度为1 143 bp,共检测到248个变异位点和65个单倍型。系统发育分析显示,最大似然树和贝叶斯树的结构基本一致,将65个单倍型分为三组（G1-G3）,分别与已知的柴达木根田鼠（Microtus limnophilus）、青海松田鼠（Neodon fuscus）和高原松田鼠（N. irene）聚为单系群,支持率都为100%。遗传距离统计显示,G1、G2、G3组内两两单倍型之间的遗传距离范围分别为0.09%~3.04%、0.09%~0.70%、0.18%~1.95%;同时,G1与柴达木根田鼠参考序列之间、G2与青海松田鼠参考序列之间、G3与高原松田鼠参考序列之间遗传距离范围分别为0.61%-2.49%、0.53%-0.97%、1.77%-2.22%。结合系统发育和遗传距离分析结果,本研究中采集到的田鼠个体可以鉴定为3个物种：柴达木根田鼠（n = 135）、青海松田鼠（n = 30）和高原松田鼠（n = 24）。其中,柴达木根田鼠分布最广（10个地点）,青海松田鼠（4个地点）和高原松田鼠（3个地点）的分布区则相对狭小;3种动物在分布区上重叠度很小,仅河南县同时发现有柴达木根田鼠和青海松田鼠分布。研究表明,青藏高原东部地区至少有3种田鼠分布,种间遗传界限清晰,空间分布具有一定规律性。研究结果为了解青藏高原东部地区田鼠类动物的物种分布提供可靠的基础资料,同时,为这一地区的田鼠类动物的分子鉴定方法提供参考。     

中国东北地区鼩鼱科动物分类与分布

在大兴安岭山脉呼中地区、塔河地区和呼伦湖地区,小兴安岭山脉萝北地区,长白山山脉横道河子地区、三道关地区、牡丹峰地区、凤凰山地区和新宾地区,对我国东北地区鼩鼱科动物进行调查。共获得686号标本,首先利用形态特征描述和形态测量进行形态学物种鉴定,然后利用mt DNA Cyt b基因全序列构建系统发生树,使用ABGD软件进行分子生物学物种鉴定,形态学和分子生物学物种鉴定结果一致。证实东北地区鼩鼱科动物包括麝鼩属2种:大麝鼩(Crocidura lasiura)和山东小麝鼩(C. shantungensis);鼩鼱属9种:大鼩鼱(Sorex mirabilis)、中鼩鼱(S. caecutiens)、远东鼩鼱(S. isodon)、苔原鼩鼱(S. tundrensis)、长爪鼩鼱(S. unguiculatus)、栗齿鼩鼱(S. daphaenodon)、细鼩鼱(S. gracillimus)、扁颅鼩鼱(S. roboratus)和姬鼩鼱(S. minutissimus)。调查发现大麝鼩和山东小麝鼩同域分布,且更临近人类生活区。在我国东北地区,中鼩鼱、细鼩鼱和远东鼩鼱种群数量与分布范围较大,其它物种种群数量明显小于这3个物种;大鼩鼱和扁颅鼩鼱分布数量较小,苔原鼩鼱仅在呼伦湖地区被采集到,在此地与姬鼩鼱同域分布。栗齿鼩鼱仅在大兴安岭地区捕获到。文中测量各物种标本的外形(体重、头体长、尾长、尾长/头体长、后足长、耳长),及头骨(颅全长、颅基长、基长、脑颅宽、脑颅高、眶间宽、上齿列长、下齿列长、腭前部宽、腭后部宽),通过照片展示了鼩鼱属9个物种的颅骨形态特征,并给出每一物种的鉴别特征,作为东北地区鼩鼱科物种形态分类依据。     

中国浙江麝鼩属(劳亚食虫目:鼩鼱科)一新种描记

2017年8月,在浙江省拟建淳安磨心尖省级自然保护区和拟建东阳市东江源省级自然保护区捕获麝鼩属（Crocidura）共5号标本。基于线粒体细胞色素b基因构建的系统发育树显示采集于浙江的麝鼩属样本与大麝鼩（Crocidura lasiura）和日本麝鼩（Crocidura dsinezumi）构成姊妹群,遗传距离最近,而与中国西南部分布的小体型印支小麝鼩（Crocidura indochinensis）、五指山小麝鼩（Crocidura wuchihensis）及东北部分布的山东小麝鼩（Crocidua shantungensis）、北小麝鼩（Crocidua suaveolens）亲缘关系较远,其遗传距离分别为0.114、0.124、0.139和0.144。这些样本与麝鼩属其他物种之间的遗传距离在0.101~0.155之间,最小遗传距离出现在来自浙江的样本和大麝鼩之间,最大遗传距离在浙江样本与中麝鼩之间。形态上,采集于浙江的麝鼩属标本个体小,体长48~61mm（平均：55.60mm）,尾长35~49mm（平均：43.14mm）;尾长与体长之比72.92%~80.36%;尾近乎裸露,尾基1/3~1/2着生稀疏长毛;尾上下双色,背部黑褐色,腹部较淡;颅较短,颅全长15.60~17.16mm（平均：16.46mm）,与中国东北部分布的山东小麝鼩和北小麝鼩相近又有区别,与已知其它麝鼩属物种形态差异较大;综合形态和系统发育关系证实采集于浙江的麝鼩属物种为一新物种,命名为东阳江麝鼩（Crocidura dongyangjiangensis Liu Y, Chen SD, and Liu SY sp. nov.）。本文对其形态、栖息环境和与近缘种的区别进行了详细记述。     

The roles of climate,geography and natural selection as drivers of genetic and phenotypic differentiation in a widespread amphibian Hyla annectans (Anura: Hylidae)

The role of geological events and Pleistocene climatic fluctuations as drivers of current patterns of genetic variation in extant species has been a topic of continued interest among evolutionary biologists. Nevertheless, comprehensive studies of widely distributed species are still rare, especially from Asia. Using geographically extensive sampling of many individuals and a large number of nuclear single nucleotide polymorphisms (SNPs), we studied the phylogeography and historical demography of Hyla annectans populations in southern China. Thirty‐five sampled populations were grouped into seven clearly defined genetic clusters that closely match phenotype‐based subspecies classification. These lineages diverged 2.32–5.23 million years ago (Ma), a timing that closely aligns with the rapid and drastic uplifting of the Qinghai‐Tibet Plateau and adjacent southwest China. Demographic analyses and species distribution models indicate that different populations of this species have responded differently to past climatic changes. In the Hengduan Mountains, most populations experienced a bottleneck, whereas the populations located outside of the Hengduan Mountains have gradually declined in size since the end of the last glaciation. In addition, the levels of phenotypic and genetic divergence were strongly correlated across major clades. These results highlight the combined effects of geological events and past climatic fluctuations, as well as natural selection, as drivers of contemporary patterns of genetic and phenotypic variation in a widely distributed anuran in Asia.     

扁颅鼩鼱 (Sorex roboratus) 在中国分布的证实

正扁颅鼩鼱(Sorex roboratus)隶属于食虫目(INSECTIVORA)鼩鼱科(Soricidae)鼩鼱属(Sorex),又称阿尔泰鼩鼱或西伯利亚鼩鼱,从前称S.vir,但是S.roboratus有优先权(Hoffmann,1985)。Wilson和Reeder(2005)认为其分布区域从俄罗斯东部的鄂毕河到乌苏里江,南部到阿尔泰山脉、蒙古北部和krai滨海边疆区。Hoffmann(1987)把扁颅鼩鼱作为可能分布于中国的两个鼩鼱类物种之一列于文中,王应祥(2003)在《中     

鼩鼹亚科(Talpidae:Uropsilinae)一新种

2006 年至2009 年,在四川西南地区开展小型兽类区系调查时,在普格县、美姑县、泸定县、九龙县采获了11 号鼩鼹类标本。其外形和头骨形态与其他鼩鼹类一致,但牙齿数量和齿式与已知鼩鼹类不同。这批标本上、下颌牙齿均为9 枚,齿式为i2/2,c1 /1,pm3 /3,m3 /3 =36,与少齿鼩鼹上颌9 枚、下颌8 枚(齿式:i2 /1,c1/1,pm3 /3,m3 /3 =34)不同,也不同于长吻鼩鼹与贡山鼩鼹(齿式:i2 /1,c1 /1,pm4/4,m3 /3 = 38)及峨眉鼩鼹(齿式:i2/2,c1 /1,pm4 /3,m3 /3 = 38)上颌10 枚、下颌9 枚,而不能归类于现有任何已知鼩鼹类物种。通过线粒体细胞色素b 基因构建的系统发育关系显示未归类标本形成一单系群,且与峨眉鼩鼹关系最近,构成姊妹关系。为此,我们认为采自于四川普格县、美姑县、泸定县、九龙县的鼩鼹类标本为鼩鼹亚科一新物种。根据新种上、下颌牙齿数量相等命名为等齿鼩鼹(Uropsilus aequodonenia)。     

围栏条件下中华姬鼠和北社鼠对完好和虫蛀锐齿槲栎种子的取食和贮藏行为差异

正种子贮藏是啮齿动物利用食物资源的一种适应性行为(Vander Wall,1990)。经过长期的进化,啮齿动物形成了两种主要的贮藏食物行为:一是集中贮藏,即把收集的大量食物集中在其洞穴或临时栖息场所贮藏,通常有少量贮藏点,每个贮藏点有大量种子;二是分散贮藏,即把收集的种子分散贮藏在相对较大范围或其巢域周围,通常有大量贮藏点,但每个贮藏点仅贮藏约1～3粒种子。与集中贮藏相比,分散贮藏扩展了植物种子的分布范围,降低了种子被动物取食的概率。由于被分散贮藏的