基于ITS 序列探讨沙棘属植物的系统发育关系

对分布于青海境内的中国沙棘、肋果沙棘和西藏沙棘的ITS区进行扩增和序列分析,并以胡颓子科胡颓子属沙枣为外类群,对胡颓子科沙棘属15种植物的ITS序列进行聚类分析, 探讨沙棘属各植物的亲缘关系.结果表明： 3种沙棘属植物的ITS区长度为600～605 bp,其中,ITS-1区为201～203 bp,5.8S为166～167 bp,ITS-2区为232～236 bp.核苷酸分析显示,3种沙棘属植物的ITS区存在丰富的变异位点.聚类分析表明,棱果沙棘种的2个亚种——棱果沙棘和理塘沙棘为2个不同种,江孜沙棘与柳叶沙棘之间的亲缘关系较近,而与中国沙棘亲缘关系较远;沙棘种下9个亚种间的聚类结果与形态学分类差异较大.
     

樟属植物ITS序列多态性分析

对樟科樟属(Cinnamomum Schaeffer) 17个代表样本的核糖体DNA内转录间隔区(nrDNA ITS)进行克隆测序。对获得的87条不同ITS序列的长度变异、GC含量、5.8S区二级结构的稳定性、遗传距离、进化模式以及系统发育关系进行了相关分析。研究结果显示, ITS序列在樟属植物内存在明显的多态性, 87条序列中的22条序列被鉴定为假基因序列, 其余65条序列为功能基因序列; 假基因序列采用中性进化模式, 变异明显大于功能序列。ITS序列在樟属植物中出现一致性进化不完全和假基因现象也可能发生在樟科其它类群中, 这可能是导致樟科植物ITS序列直接测序方式成功率低的重要原因。     

云南真藓和细叶真藓的核糖体DNA ITS序列分析

从形态特征和地理分布特征比较分析云南真藓和细叶真藓的区别,通过对核糖体DNA的内转录间隔区序列分析研究,对二者进行分子水平鉴定.对包括真藓属及相关属的6种植物的ITS序列进行扩增和测序,使用DNAMAN和MEGA3.0软件对获得的ITS序列数据进行分析.结果表明,云南真藓和细叶真藓的ITS-1和ITS-2区在序列长度,...     

铁破锣属的系统位置——ITS(nrDNA)序列证据

对Beesia calthifolia等5种金莲花亚科植物的核糖体DNA中的内转录间隔区(ITS)序列及5．8S rRNA基因的3′端序列进行了测定。这几种金莲花亚科植物的ITS-1的长度范围为225～232 bp,ITS-2 的长度范围为201～217 bp。B．calthifolia的ITS-1(227 bp)和ITS-2(215 bp)的长度及序列均与升麻 属及类叶升麻属植物相近,其5.8S rRNA基因的3′端序列也近乎与升麻属及类叶升麻属植物完全一致 (仅一个碱基缺失的差异),但其在上述几方面均与金莲花属植物相差甚远。以Ranunculus enysii作为 外类群,运用PAUP软件进行的系统发育分析表明:B．calthifolia,Cimicifuga acerina,C．brachycarpa 和Actaea asiatica形成一个单系群,并得到bootstrap分析的极强支持,B．calthifolia位于这一单系群的 基部。这一DNA序列分析结果与来自植物化学、孢粉学和细胞学的研究结果相吻合,更进一步支持铁破锣属是升麻族的自然成员,并可能是升麻族中一个最原始的类群。     

基于ITS序列探讨忍冬属的系统发育关系

以七子花(Heptacodium miconioides)为外类群,运用MEGA软件对20种忍冬属植物进行系统发育分析,采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建系统发育树,从分子系统学角度探讨忍冬属下的亲缘关系.结果表明:(1)在NJ和MP系统树中,没有形成系统树的基部分支,忍冬亚属(Subg.Chamaecerasus)和轮花亚属(Subg.Lonicera)没有形成姐妹群关系.(2)在各系统树中,囊管组内的各种没有聚为一支,故认为对囊管组的划分应进一步探讨.(3)忍冬属ITS区(ITS1+ITS2)的信息位点达到11.0%,信息位点比较丰富,证明ITS序列可以为解决忍冬属植物的系统发育问题提供较强的证据.     

地衣的ITS序列系统发育分析和DNA条形码的初探

目的:构建出地衣植物核糖体rDNA(nrDNA)的ITS序列的系统发育树并探讨地衣植物的DNA条形码.方法:以黑龙江五大连池风景区的地衣植物为材料,采用特异性引物对地衣植物的ITS序列进行Pcr扩增,直接对其Pcr产物进行测序,利用MEGA4.0软件建立地衣植物的ITS序列的系统发育树.结果:根据系统发育分析得出一致性指数CI和维持性指数RI分别为0 5356和0.6602,相同属地衣的样本间即种内的遗传距离 和不同属的样本间即种间的遗传距离(K-2-P)平均值分别为0.030和0.600,种间距离大于种内距离.结论:根据地衣植物样本间的遗传距离(K-2-P)的分析,得出核糖体rDNA的ITS基因对地衣近缘属的分类鉴定上具有一定的参考价值,建议作为地衣分类鉴定的条形码的测试片段.     

丝瓜藓属(Pohlia Hedw.)的系统位置及属内种间关系探讨

丝瓜藓属的系统地位及属内种间关系存在争议。本研究首次利用核糖体DNA内转录间区(ITS)序列数据对丝瓜藓属及相关科属植物进行系统发育分析。最大简约法,最大似然法及贝叶斯推论法构建的系统树均表明,ITS序列数据不支持将丝瓜藓属划归提灯藓科。丝瓜藓属植物与缺齿藓属植物构成一个单系分支。Brotherus(1903),Ochi(1959),Shaw(1984)及Hill等(2006)等学者提出的丝瓜藓属属下分类均不是单系类群。     

据叶绿体trnL_F序列分析"高等"金缕梅类植物的系统发育关系

研究对"高等"金缕梅类的8科24属25种植物和外类群Hamamelis两种植物的叶绿体DNA trnL-F区进行了测序,并根据DNA序列对该类植物的系统发育关系进行了分析.结果表明: 所有"高等"金缕梅类植物的科结合成一支, bootstrap 分析支持率为100%,各科之间的关系得到很好分辨.Nothofagus是最基部的一支;山毛榉科(Fagaceae)作为姐妹群与"核心"金缕梅类的科(桦木科Betulaceae,胡桃科Juglandaceae, 木麻黄科Casuarinaceae, 杨梅科Myricaceae, Ticodendraceae 和马尾树科Rhoipteleaceae)组成一支,并得到很强的支持."核心"金缕梅类构成三支,关系如下:(1) Casuarina (Ticodendron, (Betulaceae)), (2) Juglandaceae-Rhoipteleaceae, (3) Myricaceae.本研究显示叶绿体DNA trnL-F区对分辨"高等"金缕梅类科间关系及部分科内的属间关系十分有效.     

新疆盐生植物的钙调蛋白基因克隆与序列分析

采用RT-PCR扩增的方法,从新疆盐生植物花花柴(Karelinia caspica)、盐爪爪(Kalidium foliadum)和盐桦(Betula halophila)中分别克隆获得了450bp的cDNA片段.基因测序和序列同源性分析的结果表明,所克隆的基因片段均包含了钙调蛋白基因完整的读码框架.新疆花花柴钙调蛋白基因与盐爪爪钙调蛋白基因同源性达86%,盐爪爪与盐桦同源性达86.77%,花花柴与盐桦同源性达85.11%.新疆盐生植物钙调蛋白基因与其它已发表的植物钙调蛋白基因同源性均在80%以上,显示植物钙调蛋白基因具有高度保守性.     

山茶属植物ITS的扩增及其序列特征分析

以山茶属(Camellia)植物为实验材料,通过在PCR反应液中加入二甲基亚砜(DMSO)来改进ITS区的扩增效果,并对获得的序列进行了相关的比较分析以及系统发育分析。分析结果表明:(1)PCR反应液中添加4%的DMSO能明显提高ITS的扩增效率,并能有效防止ITS假基因的扩增;(2)与功能拷贝相比,ITS假基因序列的ITS1和ITS2区存在多处碱基缺失,GC含量明显偏低,5.8S区二级结构稳定性降低;(3)应用ITS假基因进行种水平的系统发育分析会对其真实的系统关系造成影响,提示进行系统进化研究时应警惕假基因的干扰。