纤维单胞菌属放线菌的研究进展

纤维单胞菌属(Cellulomonas)的一些菌株能够产生多种纤维素酶,在纤维素降解方面显示出明显优势。1923年Bergey等以产黄纤维单胞菌为模式菌建立了纤维单胞菌属。1991年Stackebrand和Prauser又以纤维单胞菌属为模式属建立了纤维单胞菌科(Cellulomonadaceae)。目前,纤维单胞菌属包含有从多种环境中分离培养得到的26个有效描述种。纤维单胞菌属菌株在分类学上的典型特征是:细胞壁的肽聚糖成分主要含有Orn和Glu/Asp,以MK-9(H4)为主要的甲基萘醌,主要的脂肪酸成分为anteiso-C15:0和C16:0,极性脂成分主要包括双磷脂酰甘油(DPG)和磷脂酰肌醇甘露糖甙(PIM)。基因组DNA的G+C含量为(68.5–76.0)mol%。最近,本实验室分离到2株纤维单胞菌,应用多相分类研究手段确定了他们的分类学地位。本文将结合我们的研究,对纤维单胞菌属的建立、分类学特征及其在生态和酶资源应用方面进行综述。     

伦茨菌属放线菌的研究进展

伦茨菌属(Lentzea)由Yassin等于1995年建立,是一个经典的丝状稀有放线菌类群,目前共包含23个有效描述种。伦茨菌的细胞壁含有meso-二氨基庚二酸,优势甲基萘醌成分为MK-9(H_4),磷酸类脂主要包括磷脂酰乙醇胺、双磷脂酸甘油、磷脂酰甘油和磷脂酰肌醇,基因组DNA的(G+C)含量为68.6mol%–79.6mol%。伦茨菌代谢产物具有显著的生物活性多样性,包括I型人体免疫缺损病毒整合酶的抑制活性、抗肿瘤活性、抗结核活性等,在生物医药研究领域逐步显示出潜在的应用价值。本课题组在研究贵州石灰岩风化壳放线菌多样性时分离获得若干株伦茨菌,采用多相分类方法研究Lentzea xinjiangensis DHS C013~T和Lentzea pudingi DHS C021~T两株菌的分类学地位,证实均为伦茨菌属的新物种。在此研究基础上,引用有关文献和最新研究成果,对伦茨菌属的建立、分类学特征、生态位和物种分布、功能基因组、天然活性产物应用开发等方面的研究进展进行了综述。     

嗜盐嗜碱杆菌属的一个新种

从内蒙古自治区哈马台碱湖分离到一株多形态嗜盐嗜碱菌(编号HAM—2),其生长的NaCI浓度范围为12％～30％,最适17.5％;生长的pH范围为7.8～10.4,最适pH9.0～9.5。革兰氏染色阴性。细胞为不规则杆状、椭圆形、三角形等多形态,细胞大小为1.0～2.0×2.0～5.Oμm。该菌株主要极性脂是磷脂酰甘油磷酯(PGP)和磷脂酰甘油(PG),还含有一种未知的次要磷脂成分(PL4)。DNA中G+C含量为59.5mol％。根据这些特征,菌株可归入嗜盐嗜碱杆菌属,又根据细胞形态和极性脂组份不同于该属正式承认的三个种,因此,鉴定此菌株为嗜盐嗜碱杆菌属(Natronobacterium)的—个新种,定名为内蒙古嗜盐嗜碱菌(Natronobacterium innermongoliae Sp.nov.)。     

拟孢囊菌属放线菌的研究进展

拟孢囊菌属(Kibdelosporangium)是一个经典的丝状放线菌类群。自Shearer等于1986年建立该属以来,不断有新的菌株从不同生境中被纯培养分离得到,目前已有效发表8个种、2个亚种。拟孢囊菌属作为稀有放线菌属,是获得新型抗生素类次生代谢产物的重要资源。本文结合我们分离到的一株该属菌株的功能研究、基因组分析和相关文献资料,系统综述了拟孢囊菌属放线菌的建立、分类学特征、属内种的分布、活性次级代谢产物的发现以及其他功能应用和开发前景,以期为该属其他新分离菌株的分类鉴定、新颖次级代谢产物的发现、功能基因资源的挖掘与开发提供借鉴。     

海滨盐薄片菌——分离自海洋盐田的一个嗜盐古菌新种（英文）

【目的】研究分离自我国华南地区阳江盐田的一株嗜盐古菌菌株YJ-41~T,探究其分类学地位。【方法】运用多相分类学方法即通过表型和遗传型特征鉴定,研究菌株YJ-41T的分类学地位。【结果】菌株YJ-41~T的细胞为杆状、革兰氏染色阴性、菌落呈红色。菌株YJ-41T的生长温度范围20–50°C(最适为37°C)、Na Cl浓度范围2.1–4.8 mol/L(最适为3.1 mol/L)、MgCl_2浓度范围0–1.0 mol/L(最适为0.05 mol/L)、pH范围5.0–9.0(最适为pH 7.0)。细胞在蒸馏水中会裂解,维持细胞形态的最低Na Cl浓度为10%(质量体积比)。菌株YJ-41~T的极性脂为磷脂酸(Phosphatidic acid,PA)、磷脂酰甘油(Phosphatidyl glycerol,PG)、磷脂酰甘油磷酸甲基酯(Phosphatidyl glycerol phosphate methyl ester,PGP-Me)、磷脂酰甘油硫酸酯(Phosphatidyl glycerol sulphate,PGS)和8种糖脂;其中3种糖脂为硫酸甘露糖苷葡萄糖二醚(Sulfated mannosyl glucosyl diether,S-DGD-1)、半乳糖苷甘露糖苷葡萄糖二醚(Galactosyl mannosy glucosyl diether,TGD-1)和甘露糖苷葡萄糖二醚(Mannosyl glucosyl diether,DGD-1),其余为未知糖脂。菌株YJ-41~T的16S rRNA基因和rpo B′基因与盐薄片菌属(Halolamina)的成员相关基因相似性分别为97.5%–98.4%和93.1%–94.4%。菌株YJ-41T的G+C mol%为61.4 mol%。【结论】表型、化学分类和系统发育的特性表明,菌株YJ-41T(=CGMCC 1.12859T=JCM 30237T)代表Halolamina属的一个新种,建议命名为海滨盐薄片菌(Halolamina litorea)。     

可可西里土壤样品中细菌多样性的分析

本实验采用纯培养和免培养相结合的方法对来源于可可西里的一份土壤样品中的细菌多样性进行了初步研究。纯培养实验使用了6种分离培养基, 共得到细菌19株, 其中放线菌7株, 非放线菌细菌12株。这些菌株分别属于叶杆菌属(Phyllobacterium)、贪食菌属(Variovorax)、假单胞菌属(Pseudomonas)、链霉菌属(Streptomyces)、小月菌属(Microlunatus)、原小单胞菌属(Promicromonospora)、韩国生工菌属(Kribbella)和芽孢杆菌属(Bacillus) 8个属。免培养分析采用基于通用引物PCR 扩增的细菌16S rRNA 基因文库的方法以及变性梯度凝胶电泳(DGGE)。16S rRNA基因文库分析结果表明, 该土壤样品细菌群落可划分为19个OTUs, 分属于5个不同纲, 优势顺序为β-Proteobacteria (75%), α-Proteobacteria (9%), γ-Proteobacteria (7%), Actinobacteria (7%), Firmicutes (2%)。变性梯度凝胶电泳分析表明, 该样品细菌多样性指数Shannon-wiener index为2.68, 表明其中微生物多样性较低, 这可能和其所处的极端环境有一定关系。比较纯培养和免培养的实验结果发现, 土壤中的一些优势细菌并没有被有效地分离, 需要在针对特定微生物设计特定培养基及培养条件进行选择性分离上做更多的探索研究。     

海滨盐薄片菌——分离自海洋盐田的一个嗜盐古菌新种

【目的】研究分离自我国华南地区阳江盐田的一株嗜盐古菌菌株YJ-41^T,探究其分类学地位。【方法】运用多相分类学方法即通过表型和遗传型特征鉴定,研究菌株YJ-41^T 的分类学地位。【结果】菌株YJ-41^T 的细胞为杆状、革兰氏染色阴性、菌落呈红色。菌株YJ-41^T 的生长温度范围20–50 ℃ (最适为37 ℃)、NaCl 浓度范围2.1–4.8 mol/L (最适为3.1 mol/L)、MgCl₂浓度范围0–1.0 mol/L (最适为0.05 mol/L)、pH 范围5.0–9.0 (最适为pH 7.0)。细胞在蒸馏水中会裂解,维持细胞形态的最低NaCl 浓度为10% (质量体积比)。菌株YJ-41^T 的极性脂为磷脂酸(Phosphatidic acid,PA)、磷脂酰甘油(Phosphatidyl glycerol,PG)、磷脂酰甘油磷酸甲基酯(Phosphatidyl glycerol phosphate methyl ester,PGP-Me)、磷脂酰甘油硫酸酯(Phosphatidylglycerol sulphate,PGS)和8 种糖脂;其中3 种糖脂为硫酸甘露糖苷葡萄糖二醚(Sulfated mannosylglucosyl diether,S-DGD-1)、半乳糖苷甘露糖苷葡萄糖二醚(Galactosyl mannosy glucosyl diether,TGD-1)和甘露糖苷葡萄糖二醚(Mannosyl glucosyl diether,DGD-1),其余为未知糖脂。菌株YJ-41^T 的16S rRNA 基因和rpoB''基因与盐薄片菌属(Halolamina)的成员相关基因相似性分别为97.5%–98.4%和93.1%–94.4%。菌株YJ-41^T 的G+C mol%为61.4 mol%。【结论】表型、化学分类和系统发育的特性表明,菌株YJ-41^T (=CGMCC 1.12859^T=JCM 30237^T)代表Halolamina 属的一个新种,建议命名为海滨盐薄片菌(Halolamina litorea)。     

秦岭地区子囊菌酵母物种多样性研究

从陕西秦岭地区的果实和叶等不同基物上分离得到子囊菌酵母262株,利用26SrDNA的D1/D2区域序列分析并结合形态学特征对这些菌株进行了分类学研究,探讨了该地区子囊菌酵母的物种多样性及其分布。共鉴定出10属31种,其中优势属为假丝酵母属Candida,12种,(其中新种2个,另文发表)、酿酒酵母属Saccharomyces,5种、毕赤酵母属Pichia,5种和有孢汉逊酵母属Hanseniaspora,3种。对分离自陕西秦岭不同地区与海拔的同一个种的不同菌株进行了D1/D2序列分析比较,以探讨子囊菌酵母种内序列稳定性和变异幅度。     

地嗜皮菌科放线菌的研究进展北大核心CSCD

地嗜皮菌科(Geodermatophilaceae)是放线菌中一个年轻的分类单元。早在1996年Normand曾提出过地嗜皮菌科,但一直未能得到公认;直到2006年,Normand综合了地嗜皮菌属(Geodermatophilus)、芽生球菌属(Blastococcus)和贫养杆菌属(Modestobacter)等3个属的共同特征,全面概括了地嗜皮菌科的典型特征,终于使地嗜皮菌科被正式编入放线菌的一个科。到目前为止,地嗜皮菌科涵盖了地嗜皮菌属、芽生球菌属和贫养杆菌属等3个属共25个有效描述种。地嗜皮菌科菌株被视为极端环境的先锋生物之一,在抗逆机制研究、沙漠治理、环境修复等方面初现优势。本文就地嗜皮菌科的建立、分类学特征、科内各属的研究现状、以及它们在生态学与应用研究方面的进展和前景进行了综述。     

地嗜皮菌科放线菌的研究进展

摘要:地嗜皮菌科(Geodermatophilaceae)是放线菌中一个年轻的分类单元。早在1996年Normand曾提出过地嗜皮菌科,但一直未能得到公认;直到2006年,Normand综合了地嗜皮菌属(Geodermatophilus)、芽生球菌属(Blastococcus)和贫养杆菌属(Modestobacter)等3个属的共同特征,全面概括了地嗜皮菌科的典型特征,终于使地嗜皮菌科被正式编入放线菌的一个科。到目前为止,地嗜皮菌科涵盖了地嗜皮菌属、芽生球菌属和贫养杆菌属等3个属共25个有效描述种。地嗜皮菌科菌株被视为极端环境的先锋生物之一,在抗逆机制研究、沙漠治理、环境修复等方面初现优势。本文就地嗜皮菌科的建立、分类学特征、科内各属的研究现状、以及它们在生态学与应用研究方面的进展和前景进行了综述。     

拟诺卡氏菌属放线菌研究进展

拟诺卡氏菌属是一个经典的丝状放线菌类群,在近十余年来获得了快速发展,目前已合格发表42个种、2个亚种。该菌群在土壤环境,尤其是天然高盐碱土样生境中广泛分布,同时从海洋、人居环境、临床样本、堆肥等生境中也能分离到。拟诺卡氏菌不仅能合成抗生素、酶抑制剂、生物表面活性剂等多种结构新颖的活性物质,而且还能产生多种具有潜在工业用途的酶,因此近年来引起了国内外学者的广泛关注。本文综述了拟诺卡氏菌分类学、生态分布与适应机制、代谢产物及遗传转化的研究进展,并对其研究趋势做了分析。     

赖草属植物的分类现状及主要存在的问题

赖草属(Leymus Hochst.)为禾本科(Poaceae)小麦族(Triticeae)中的一个有重要经济价值的属,属内多数种类是优良牧草,有些种类具有耐寒、耐旱、耐碱等特性,是农业良种繁育、畜牧业牧草改良利用的重要基因资源。该属在分类学上是一个疑难属,在属的界限、属下组系的划分,以及类群间演化关系上问题较多。对赖草属分类学问题进行了综述,为赖草属植物资源的开发利用和保护提供资料。     

Coenzyme Q systems in ascomycetous black yeasts

72 Strains belonging to 44 species of ascomycetous black yeasts were analyzed for their coenzyme Q systems. Prevalent were Q-10 and dihydrogenated Q-10 systems. Members of the Dothidealean suborder Dothideineae have Q-10 (H₂), while those belonging to the suborder Pseudosphaeriineae mostly have Q-10. The anamorph genus Exophiala Carmichael and the teleomorph genus Capronia Sacc. seem to be heterogenous.     

Trichosporon insectorum sp. nov., a new anamorphic basidiomycetous killer yeast

Three killer yeasts, isolated from the gut of insects in Panama and artisanal cheese in Brazil, were shown to be related to the Ovoides clade of the genus Trichosporon. Sequencing of the D1/D2 region of the LSU rDNA and physiological characterization revealed a distinct taxonomic position in relation to known species of the genus. Conspecificity of the three killer isolates was reinforced by similar M13 fingerprinting and killer profiles. We propose a new species in this genus: Trichosporon insectorum. The type strain is CBS 10422^T (syn. NRRL Y-48120). This anamorphic species produces arthroconidia but not appressoria, and its killer character seems to be associated with dsRNA.     

Evaluation of the taxonomic diversity of prosthecate bacteria belonging to the genera <Emphasis Type="Italic">Brevundimonas</Emphasis> and <Emphasis Type="Italic">Caulobacter</Emphasis> isolated from various eurasian ecosystems by analysis of the 16S rRNA genes

A taxonomic study of 35 cultures of prosthecate bacteria of the genera Brevundimonas and Caulobacter isolated from various soil and aquatic ecosystems of Eurasia was performed by amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA) and 16S rRNA gene sequencing. The most widespread groups of prosthecate bacteria belonging to these genera were revealed; at least two new species belonging to the genus Brevundimonas were found. The genus Brevundimonas includes both prosthecate and non-prosthecate species; however, it is quite possible that some Brevundimonas species may exhibit heterogeneity in such an important taxonomic characteristics as the ability to form prosthecae.     

Microlunatus cavernae sp. nov., a novel actinobacterium isolated from Alu ancient cave, Yunnan, south-west China

A Gram-positive, coccoid, non-endospore-forming actinobacterium, designated YIM C01117^T, was isolated from a soil sample collected from Alu ancient cave, Yunnan province, south-west China. Based on the 16S rRNA gene sequence analysis, strain YIM C01117^T was shown to belong to the genus Microlunatus, with highest sequence similarity of 97.4 % to Microlunatus soli DSM 21800^T. The whole genomic DNA relatedness as shown by the DNA–DNA hybridization study between YIM C01117^T and M. soli DSM 21800^T had a low value (47 ± 2 %). Strain YIM C01117^T was determined to contain LL-diaminopimelic acid with Gly, Glu and Ala amino acids (A3γ′ type) in the cell wall. Whole-cell hydrolysates were found to contain glucose, galactose, mannose and ribose. The major polar lipids were determined to be phosphatidylglycerol and diphosphatidylglycerol. The predominant menaquinone system present is MK-9(H₄), while the major fatty acids were identified to be anteiso-C_15:0 (24.1 %), iso-C_16:0 (22.3 %) and iso-C_15:0 (11.4 %). The G+C content of the genomic DNA was determined to be 65.9 mol%. The chemotaxonomic and genotypic data support the affiliation of the strain YIM C01117^T to the genus Microlunatus. The results of physiological and biochemical tests allow strain YIM C01117^T to be differentiated phenotypically from recognized Microlunatus species. Strain YIM C01117^T is therefore considered to represent a novel species of the genus Microlunatus, for which the name Microlunatus cavernae sp. nov. is proposed. The type strain is YIM C01117^T (= DSM 26248^T = JCM 18536^T).