水稻条纹病毒中国分离物和日本分离物RNA2节段序列比较

测定了来源于我国水稻条纹叶枯病常年流行区的云南楚雄(CX)及病害暴发区的江苏洪泽(HZ)的水稻条纹病毒(RSV)2个分离物RNA2全长序列,其长度分别为3506bp和3514bp。与已报道的日本T和O分离物RNA2序列进行比较的结果表明,这4个分离物可分为两组,其中,HZ、T和O分离物为一组,组内分离物之间,RNA2的毒义链(vRNA2)及RNA2的毒义互补链(vcRNA2)上的ORF的核苷酸一致性分别为97．2％～98．0％和96．8％～97．1％,5′端和3′端非编码区的序列则完全一致。但：HZ分离物与T分离物的亲缘关系更为密切,其基因间隔区(IR)与T和O分离物的等长。另一组为我国CX分离物,组与组之间,vRNA2及vcRNA2上的ORF的核苷酸一致性分别为95．0％～95．7％和93．9％～94．4％。CX分离物的IR与HZ分离物相比缺失了一段8nt的片段。5′端非编码区的序列完全一致,但3′末端非编码区有一个碱基的差异。这些结果表明,RSV在自然界的分子变异与其地理分布具有密切的关系。此外,非编码区序列的高度保守性暗示着它们在病毒基因转录和复制的调控方面具有重要的功能。本文还讨论了RSV的分子流行病学。     

我国水稻条纹病毒一个强致病性分离物的RNA4序列测定与分析

对我国水稻条纹病毒(Rice Stripe Virus,RSV)一个强致病性分离物(辽宁PJ分离物)的RNA4区段进行扩增、克隆和测序,其核苷酸序列全长2157bp。与已报道的日本T和M分离物及我国云南CX分离物的RNA4序列进行比较分析,结果表明,这4个分离物可分为两组,其中,PJ、T和M分离物为一组,组内分离物之间,RNA4的毒义链(vRNA4)及RNA4的毒义互补链(vcRNA4)上的ORF的核苷酸一致性分别为970%和970%～975%,5′末端和3′末端非编码区的序列则完全一致。但PJ分离物与T分离物的亲缘关系更为密切,其基因间隔区(IR)与T分离物的等长,核苷酸一致性为930%,比M分离物的IR多了一段长19bp的插入序列,核苷酸一致性仅为850%。另一组为我国CX分离物,组与组之间,vRNA4及vcRNA4上的ORF的核苷酸一致性分别为940%和925%～935%,但在氨基酸水平上则没有明显的差异。CX分离物的IR与PJ分离物相比有一段长84bp的插入序列,组间,IR的核苷酸一致性仅为720%～750%,5′末端非编码区的序列完全一致,但3′末端非编码区有两个碱基的差异。这些结果表明,RSV在自然界的分子变异与其地理分布具有密切的关系。此外,非编码区序列的高度保守性暗示着它们在病毒基因转录和复制的调控方面具有重要的功能。本文还讨论了RSV的分子流行学。     

我国水稻条纹病毒RNA3片段序列分析—纤细病毒属重配的又一证据

测定了来源于我国水稻条纹叶枯病常年流行区的辽宁盘锦 (PJ)、云南昆明 (KM)、云南宜良 (YL)及病害暴发区的江苏洪泽 (HZ)的水稻条纹病毒 (RSV) 4个分离物RNA3全长序列 ,其长度分别为 2 480bp、2 5 0 9bp、2 489bp和 2 497bp。与已报道的RSV云南Y、日本T和M分离物RNA3序列进行比较的结果表明 ,这 7个分离物可分为两组 ,其中 ,KM、YL分离物为一组 ,PJ、HZ、Y、T和M分离物为另一组。组与组之间 ,RNA3的毒义链 (vRNA3)及RNA3的毒义互补链 (vcRNA3)上的ORF的核苷酸同源性分别为 97%～ 98%和 93%～ 94% ,但在氨基酸水平上则没有明显差异。结合上述RSV分离物RNA4的核苷酸全序列比较结果 ,推测认为RSV自然种群中存在两个与地理因素相关的不同类型的亚群 ,Y分离物不同片段具有不同来源可能是由重配引起的。     

水稻条纹病毒两个分离物RNA4基因间隔区的序列比较

通过RT-PCR扩增了我国水稻条纹病毒(RSV)山东济宁(JN)、云南宜良(YL)两个分离物RNA4基因间隔区(intergenic region,IR)序列,并克隆于pGEM-T easy载体上.序列分析结果表明:JN、YL两分离物RNA4 IR均由654个核苷酸组成,两者之间的同源率为92%.JN、YL两个分离物RNA4 IR在AU碱基富集处可形成两个明显的发夹结构,其中一个序列比较保守,形成的发夹结构稳定;但另一个由于碱基变异导致所形成的发夹结构的稳定性在各个分离物中差异较大.这些结果说明了我国水稻条纹病毒存在明显的分子变异.     

小西葫芦黄化花叶病毒分离物的3′末端序列多态性研究

研究了来自中国大陆9个小西葫芦黄化花叶病毒（ZYMV）分离物的基因组3′末端核苷酸序列及所推导的外壳蛋白（CP）氨基酸序列以及3′末端非编码区（UTR）序列,并与其它地区所报道的16个ZMYV分离物进行了同源性比较。ZYMV CP基因核苷酸序列具有一定的寄主相关性和地域相关性,但总体上其关联程度不明显;同时,CP氨基酸序列的寄主适应性程度明显高于地域相关性。25个ZYMV分离物的CP氨基酸序列根据其变异程度分为2个区： N端约41个氨基酸为高度变异区,CP核心区和C端氨基酸序列为保守区。研究结果初步揭示了ZYMV作为单链RNA病毒通过与寄主相互作用而表现寄主适应性变异的趋势。     

甜菜黑色焦枯病毒新疆分离物基因组RNA的序列分析及侵染性cDNA克隆构建

甜菜黑色焦枯病毒(Beet black scorch virus,BBSV)新疆分离物(BBSV-X)和宁夏分离物(BBSV-N)分别来自生态环境不同的新疆和宁夏的甜菜产区,自然条件下,BBSV-X含有卫星RNA,BBSV-N不含有卫星RNA。为明确二者的分子差异,以BBSV-X基因组RNA为模板,通过RT-PCR扩增获得了全长cDNA克隆。序列分析显示,BBSV-X基因组RNA全长为3 644个核苷酸,与以往报道的BBSV-N相同,且核苷酸序列一致性高达99.45%。除5′和3′非翻译区各有一个核苷酸发生变异外,核苷酸序列差异主要存在于ORF1通读区和ORF6,氨基酸序列差异仅存在于ORF1的通读区。构建获得了BBSV-X的侵染性cDNA克隆,用体外转录物定量接种了苋色藜(Chenopodiumamaranticolor)和豇豆(Vigna sinensis),结果显示BBSV-X与BBSV-N之间在致病性上存在一定的差异。     

花椰菜花叶病毒(新疆分离物)基因组DNA的全部核苷酸序列

用Maxam-Gilbert化学切断法,从含全长病毒DNA的克隆pCaMV C17中,测定了CaMV-XJ基因组的全部核苷酸序列。CaMV-XJ DNA含有8,060个碱基对。在不同的译读相位中,CaMV基因组含有6个主要ORF或可能的基因,与其他巳作全序列测定的三个CaMV分离物比较,有三个显著的差别;(1)ORFⅥ编码的氨基酸变化达16％,显著高于其他区域的变化和其他三个分离物之间的差别,(2)在ORFⅣ的近氨基末端有39bp的插入,它与被插入区的序列几乎是直接重复;(3)由于核苷酸置换而引入了终止信号,所以T.Hohn[2]推测,可能存在的ORFⅦ不可能编码有功能的蛋白。     

草莓轻型黄边病毒中国分离物全基因组序列测定和分析

草莓轻型黄边病毒（Strawberry mild yellow edge virus,SMYEV）是引起我国草莓病毒病害的重要病毒之一,我们测定了共侵染草莓植株的2个SMYEV中国分离物FJ1和FJ2的全基因组序列。FJ1和FJ2分离物基因组全长均为5 971 nt,包含5个开放阅读框（ORF）,其中,FJ2分离物ORF4编码蛋白C端缺乏7 aa。SMYEV分离物FJ1和FJ2的基因组核苷酸序列一致性为89.8%,两者和其他SMYEV分离物的基因组核苷酸序列一致性分别为83.7%～89.8%和84.1%～90.0%;基于CP基因的系统进化分析表明,SMYEV分离物分为2个大组群4个亚群,FJ1和FJ2分别归属不同的组,两者具有较远的亲缘关系,其中FJ1与中国分离物sy01和sy04、日本分离物T1以及韩国分离物KNS1亲缘关系最近,FJ2与中国分离物sy02、加拿大一株分离物PEI113＿12以及日本分离物T2亲缘关系最近。RDP4重组分析表明,FJ1和FJ2均存在潜在的重组事件。本研究首次报道了我国SMYEV基因组全长序列,为该病毒在我国的侵染流行、检测和防控提供了理论基础。     

我国大蒜潜隐病毒的基因组结构及3′端序列的变异

从我国6个省市12个大蒜样品上共检出10个不同的香石竹潜隐病毒属(Carlavirus)分离物, 测定了浙江分离物ZJ1的基因组全序列和其他9个分离物的基因组3′端序列. ZJ1分离物RNA基因组全长8363个核苷酸, 3′端具polyA尾, 含6个可读 框(ORF), 分别编码复制酶, TGB1, TGB2, TGB3, CP和NABP, 基因组结构和其他Carlavirus属成员相似. 序列分析表明, 10个分离物均为大蒜潜隐病毒(GarLV), 不同分离物TGB2, TGB3和NABP的差异大于CP的差异, 且这些分离物和葱潜隐病毒(ShLV)也具有很高的同源性. 系统进化树分析表明, 大蒜来源的GarLV分离物可以分成4个类群, 我国分离物分别属于4个不同类群.     

水稻条纹病毒RNA4基因间隔区的分子变异

应用反转录－聚合酶链式反应（RT－PCR）和单链构象多态性（single-strand conformation polymorphism,SSCP)技术快速检测我国水稻条纹病毒（RSV）RNA4基因间隔区（intergenic region,IR)的分子变异,结果表明,我国RSV RNA4 IR存在分子变异。供试的7个分离物共有4种泳动带型,其中YL、BS、JD、LY分离物完全一致,而YL、BS、YL及JD4个分离物序列完全一致;JN、PJ、SQ3个分离各不一样,序列之间的同源性均在92％－94％之间.IR序列内部具有两个重要的结构特征：（1）有两处反向重复序列,可形成两个明显的发夹结构,其中一个序列比较保守,形成的发夹结构稳定;但中一个发夹结构由于碱基变异导致其稳定性在各个分离物中差异较大;（2）具有插入序列,相对于日本M分离物,我国7个分离物都有一段长19bp的插入序列,这段插入序列比较保守,各分离物之间仅有1－2个碱基的差异。     

水稻条叶枯病毒(RStV)基因组组分4的克隆与序列分析

利用RTPCR技术合成并扩增了水稻条叶枯病毒(RStV)中国云南分离物基因组组分4的全长cDNA,将PCR产物克隆在载体pCRII上,并进行全序列测定,所得核苷酸序列及推测的氨基酸序列与日本分离物T进行比较。结果表明,在核苷酸水平,两分离物的vORF、vcORF及基因间非编码区序列的同源性分别为94.9%、94.1%、86.1%,5’端非编码区序列相同,而3’非编码区同源性为96.1%,仅有两个核苷酸不同;在氨基酸水平,vORF及vcORF编码蛋白的同源性分别为99.4%和98.3%。可见,编码区的大小及其氨基酸序列和两末端序列都是很保守的。因此,中国云南分离物Y与日本分离物T可能有很近的亲缘关系。     

水稻条叶枯病毒基因组组分3的克隆与序列分析

利用ＲＴ－ＰＣＲ技术,合成并扩增了水稻条叶枯病毒（ＲＳｔＶ）中国云南分离 物基因组组分３的全长ｃＤＮＡ。将ＰＣＲ产物克隆在载体ｐＣＲⅡ上,进行全序列测定。将所得核苷酸序列及其所推导的氨基酸序列与日本分离物Ｔ进行同源性比较,结果表明,在核苷酸水平上,两分离物的５’端非编码区序列相同,ｖＯＲＦ、ｖｃＯＲＦ及基因间非编码区序列的同源性分别为９７．６％、９６．８％及８７．６％,而３’端非编码区同源性为９８     

Molecular Analysis of Zucchini yellow mosaic virus Isolates from Hangzhou, China

Isolates of Zucchini yellow mosaic virus were obtained from different cucurbit crops in Hangzhou city, China. The complete nucleotide sequences of four isolates and the 3′‐terminal sequences, including the coat protein coding region, of four others were determined and then compared with other available sequences. Phylogenetic analysis of the coat protein nucleotide sequences showed that these isolates fell into three significant groups, one of which (designated group III) consisted exclusively of Chinese isolates and is reported for the first time. Comparisons over the completely sequenced genomes showed that, typically for potyviruses, the 5′‐end of the genome was usually the most variable but that the group III isolate differed from the others most significantly in the N‐terminal part of the coat protein. Partially sequenced group III isolates also varied from other isolates in this region. Group III isolates appear to differ biologically from the other isolates because they do not cause symptoms in watermelon fruit but induce more severe symptoms on the watermelon leaves.     

水稻条纹病毒两个分离物RNA4基因间隔区的序列比较

通过ＲＴ－ＰＣＲ扩增了我国水稻秫纹病毒（ＲＳＶ）山东济宁（ＪＮ）、云南宜良（ＹＬ）两个分离物ＲＮＡ４基因间隔区（ｉｎｔｅｒｇｅｎｉｃ ｒｅｇｉｏｎ,ＩＲ）序列,并克隆于ｐＧＥＭ－Ｔ ｅａｓｙ载体上。序列分析结果表明：ＪＮ、ＹＬ两分离物ＲＮＡ４ ＩＲ均由６５４个核苷酸组成,两者之间的同源率为９２％。ＪＮ、ＹＬ两个分离物ＲＮＡ４ ＩＲ在ＡＵ碱基富集处可形成上明显的结构,其中一个序列比较保守,形成的发夹     

水稻条纹病毒RNA4基因间隔区序列分析——混合侵染及基因组变异证据

克隆和测定了我国水稻条纹病毒（RSV）22个分离物 RNA4基因间隔区（Intergenic region,IR）序列,序列比较结果表明,我国RSV RNA4 IR在长度上存在634bp、654bp及732bp 3种不同的类型,其中3种不同类型的序列在云南省均有存在,而在其它省份仅存在654bp 类型的序列,云南省还存在不同片段类型序列在同一分离物中混合侵染的现象。序列内部具有两个重要的结构特征,一是具有插入序列;二是有两处反向重复序列,可形成两个明显的发夹结构,其中一个序列比较保守,形成的发夹结构稳定;但另一个发夹结构由于碱基变异导致其稳定性在各个分离物中差异较大。本论文还讨论了插入片段特性、不稳定的发夹结构的形成最低自由能及病毒致病性分化的关系。     

Begomoviruses Associated with Yellow Leaf Curl Disease of Tomato in Iran*

The occurrence of Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV; genus Begomovirus, family Geminiviridae) in the major tomato‐growing areas of Iran was determined using TAS‐ELISA and PCR. The nucleotide sequences of the coat protein (CP) gene and intergenic region (IR) of eight Iranian isolates were determined. CP nucleotide identities among the Iranian isolates were 96–98%, and showed 94–96% identity with TYLCV‐IR [IR:Ira:98] and TYLCV‐IL [IL:Reo:86]. However, they showed low identity (68–69%) with ToLCIRV‐[IR:Ira]. Sequence analyses of IR indicated that seven Iranian isolates had sequence identity of 93–100% with each other, and 76% identity with the Jiroft isolate; identities of 75–79% with TYLCV‐IR[IR:Ira:98] were observed in every case, and 59–62% identity with ToLCIRV‐[IR:Ira]. The IR nucleotide sequences of Iranian isolates showed 92–93% identity with TYLCV‐IL[IL:Reo:86], except the Jiroft isolate (75%). The CP and IR sequence analyses suggested that eight Iranian TYLCV isolates probably differ from ToLCIRV‐[IR:Ira]. Based on IR sequence comparisons and phylogenetic analyses, the Iranian isolates were divided into two groups. The first major group (A), consists of seven virus isolates, was most closely related to TYLCV‐IL[IL:Reo:86], and relatively divergent from TYLCV‐IR [IR:Ira:98] and ToLCIRV‐[IR:Ira]. However, the Jiroft isolate from group B did not show high similarity with TYLCV‐IR[IR:Ira:98], ToLCIRV‐[IR:Ira], and TYLCV‐IL[IL:Reo:86], suggesting that the isolate may be a divergent variant. The differences are in a range that suggests different strains or species from TYLCV‐IR[IR:Ira:98] and ToLCIRV‐[IR:Ira] are probably associated with tomato yellow leaf curl disease in Iran.     

Molecular and Biological Analysis of Potato virus M (PVM) Isolates from the Czech Republic

The sequences of the 3′‐terminal region of four Czech Potato virus M isolates VIRUBRA 4/007, VIRUBRA 4/009, VIRUBRA 4/016 and VIRUBRA 4/035 were determined and compared with sequences of PVM isolates available in GenBank. Among the Czech isolates, VIRUBRA 4/007 and 4/016 as well as VIRUBRA 4/016 and 4/035 showed the highest nucleotide identity (93%). Isolates VIRUBRA 4/007, 4/016 and 4/035 were most similar to the PV0273 isolate from Germany and to the wild isolate from Russia. Interestingly, isolate VIRUBRA 4/009 significantly differed from the other three Czech isolates and was the only European isolate that showed the highest nucleotide identity with American isolates. Moreover, the PVM isolates from the Czech Republic and Germany differed in their host range. Phylogenetic analysis based on ORF5 coding for coat protein showed that the Czech isolates could be classified in two of the three groupings of the phylogenetic tree obtained. This is the first report on molecular and biological analysis of the genome sequences of PVM isolates from the Czech Republic.     

Variation between Turnip mosaic virus Isolates in Zhejiang Province,China and Evidence for Recombination

The 3′‐terminal sequences (c. 1700 nt) of the RNA genome of 10 Turnip mosaic virus (TuMV) isolates from different hosts in Zhejiang province, China, were determined. Phylogenetic analysis of the coat protein nucleotide sequences revealed that most TuMV sequences fell into two distinct clusters. The Chinese isolates B1‐B4 (from Brassica spp.) were similar and placed in the largest group (Group 1), while the isolates R1‐R6 (from Raphanus) were usually placed in a distinct but smaller group (Group 2). There were only approximately 90% identical nucleotides between the two groups. However, one isolate (R5) showed evidence of recombination in that the region between nucleotides 430 and 450, from the start of the coat protein gene and its 3′‐terminus, was a Group 1 type.