基于RAPD数据探讨中华蓑藓(Macromitrium cavaleriei Card.& Thér.)形态变异的遗传基础

中华蓑藓(Macromitrium cavaleriei Card.&;Thér.)的形态变异强烈,为了解形态变异是否具有遗传学背景,本研究以采自浙南凤阳山、浙中金华北山、浙西北的天目山和江西庐山4个种群的中华蓑藓为材料,运用随机扩增多态性DNA(RAPD)探讨了中华蓑藓的遗传多样性。从100条随机引物中筛选出了15条有效引物,利用它们共获得183个条带,其中多态性条带占79.69%,中华蓑藓各种群间的Dice遗传距离为0.0732~0.1514。POPGENE32软件分析得到种的Nei基因多样性指数(H)为0.3378,Shannon指数(I)为0.5126,遗传分化系数(G_st)为0.1670;基因流(N_m)为2.4947;种群内遗传多样性指数为0.4055,占种群总的遗传多样性的79.11%,反映出研究区域内的中华蓑藓遗传变异大多数存在于种群内,中华蓑藓形态变异并没有多少遗传背景,很可能是生态环境因素引起的可塑性变异。聚类分析表明,中华蓑藓种群遗传距离与地理距离之间无直接相关关系,遗传多样性水平与物种特性和所处不同群落有关。虽然4个种群内的形态变异丰富,但是属于同一物种的范围。     

中华结缕草遗传分化的RAPD分析

中华结缕草 (ZoysiasinicaHance.)在我国是分布于东部沿海地区的一个受威胁禾草 ,形态上还有一个分布在海边的变种 ,长花中华结缕草 (Z .sinicavar.nipponicaOhwri)。采用 1 0条随机引物对采自我国不同地区 7个居群的 1 0 5个个体进行了RAPD扩增 ,对结果的AMOVA分析表明 ,中华结缕草组间遗传分化不显著 ,遗传变异只占总变异的 4.84% ,居群间遗传变异占总遗传变异的 2 4.71 % ,出现了显著的遗传分化 ,大部分变异存在于居群内部 ,占总变异的 70 .44%。不同数据处理方法得到了类似的结果 ,都支持哈迪 -温伯格平衡的假设。其中宁国汪溪居群和射阳海边居群变异最大 ,歙县新安江居群遗传变异最小。考虑到中华结缕草遗传结构和变异的这些特性 ,在取样策略、保护和育种方法上 ,都应该以群居为主 ,同时兼顾主要的异地居群     

高大山羊草(Aegilops longissima Schweinf.and Muschl.)遗传多样性的RAPD分析

通过70个 RAPD 引物对高大山羊草15份材料进行扩增,共扩增出766条带,其中无多态性(即相同带)的带115条,占总带数的15%,有多态性的带651条,占总带数的85%。通过分析,发现高大山羊草的 Y315、Y316、Y317与其它12份材料差异很大,这3份材料的特异带有253条,占整个多态性带数的38.9%。经 NTSYS 系统聚类表明,高大山羊草 Y315、Y316、Y317这3份材料为一个类群,而其余12份材料为另一类群;这2个类群中任何一份山羊草与另一类群中任何一份山羊草的遗传距离均很大,变幅为1.38～1.58,是它们各自类群内遗传距离的3倍以上。鉴于这两类材料在分子水平的 RAPD 扩增产物上差异很大,并考虑到这两个类群在形态上也确实存在明显差异,因而建议将高大山羊草分为两个亚种,当然这一观点还有待收集更多的材料做进一步的研究。     

羊草种群遗传分化的RAPD分析Ⅱ.RAPD数据的统计分析

对松嫩草原上分布的灰绿型和黄绿型羊草9个种群进行了15个引物的RAPD分析,统计结果表明,两类种群的扩增片段数和多态位点比率明显不同,黄绿型种群低于灰绿型,其值分别＜90与＞100,＜50％与＞70％,比较了7种不同统计方法据RAPD表型或基因型频率估算的种群遗传多样性,几种统计结果都揭示,黄绿型种群低于灰绿型种群,用F1s值矫正种群对Hardy-Weinberg平衡的偏离后,估算等位基因频率,通过Shannon指数和Nei指数估计羊草种群间分化分别为37．6％和35．7％,高于等位酶的分析,讨论比较了等位酶和RAPD分析结果的异同。     

缺齿蓑藓(Macromitrium gymnostomum)的形态和遗传变异及其地理因素分析

缺齿蓑藓(Macromitrium gymnostomum Sull.Lesq.)广布于我国东南部,形态变异较大,与近缘种关系模糊。为了正确鉴定缺齿蓑藓形态变异范围,以及形态、遗传和地理因素三者的关系,对缺齿蓑藓11个地理居群106个样本配子体的13个形态性状进行了测定。结果显示,根据形态数据可将106份样本聚类成8个形态组。用13对ISSR引物获得了150个位点,其中148个为多态位点,多态位点百分率为98.67%; Nei's基因多样性在居群内占62.22%,在居群间占37.78%;居群间基因流(Nm)为0.8235,遗传分化指数(Gst)为0.3778。11个地理居群的遗传距离在0.0873～0.2363之间,平均为0.1508。基于148个多态位点可将106份样本聚成8个遗传组。缺齿蓑藓的形态变异有一定的遗传背景(r=0.159,n=106,P 0.2),地理因素对形态(r=0.309,n=106,P 0.01)和遗传(r=0.251,n=106,P 0.01)分化产生了极显著影响。     

采用RAPD技术探讨花椒的遗传多样性及其与环境的关系

采用RAPD分子标记方法分析11个花椒品种的遗传多样性,以及遗传多样性与环境因素的相关性。从60条随机引物中筛选出10条引物,共扩增出67条带,平均每个引物扩增出6．7条,其中56条具有多态性,多态比例为84％。根据品种间的遗传距离构建的聚类分析树状图,11个花椒品种的相似系数在0．08-0．92之间,可分为2个类群,这种分类与花椒的叶的外形分类结果一致。不同地域种植的同一品种材料遗传距离较大,显示花椒的遗传多样性与地域分布有关系。     

应用RAPD技术探讨木兰科10属17种植物的遗传多样性

目的:采用RAPD技术对木兰科10属17种植物进行遗传多样性分析.方法:采用改良CTAB法提取基因组DNA,用筛选的9个引物的RAPD结果进行聚类分析,得出17种木兰科植物的聚合树状图.结果:9条RAPD引物共扩增出346条清晰稳定的条带,其中有295个多态性位点,多态百分比为85.3％,聚类分析表明,在遗传距离为0.728处17个供试品种分为3个类群.结论:中国木兰科植物品种有丰富的遗传多样性,RAPD技术可以用于木兰科植物的种间鉴别和遗传学研究.     

基于RAPD的群体标记法分析苜蓿种质遗传多样性

苜蓿种质资源的分子遗传多样性分析对于种质资源保存和育种利用具有重要指导意义。本研究选用群体标记法对来自甘肃省的16个苜蓿品种的DNA进行RAPD扩增,旨在研究其遗传多样性,并在此基础上筛选品种特异性引物用于进一步的品种鉴定。依据16个苜蓿品种间的Roger’s遗传距离进行UPGMA聚类分析结果显示,品种间亲缘关系与其选育背景紧密相关,供试的16个品种被划为4个类群,其中,匍匐型品种Jindera与其他直立型品种差异显著,自成1个类群,引进品种和甘肃省内具有国外种质来源的育成品种被划为同1类群,而甘肃地方品种聚为2个类群。10个RAPD引物中有4个引物OPE4、OPE5、OPE6和OPE7分别检测到5个品种甘农3号、甘杂27、Jindera、陇东和Algonuin的特异性条带,可进一步用于开发设计特异性引物进行品种鉴定工作。以上结果进一步证实,利用RAPD标记研究苜蓿系谱发育关系和选择杂交亲本应采用群体标记法。     

基于ISSR数据探讨卷叶凤尾藓(Fissidens dubius P.Beauv.)遗传多样性

卷叶凤尾藓(Fissidens dubius P.Beauv.)是凤尾藓科凤尾藓属植物,该种分布广泛,形态变异强烈。为了解其遗传多样性及种群遗传结构特点,本研究利用ISSR分子标记对采集于浙江、福建、广西、四川、辽宁5个省区的卷叶凤尾藓14个自然种群的遗传多样性进行了评价。结果显示:筛选出的12对引物共扩增出259条清晰、重复性高的条带,其中多态性位点有248个,多态位点百分率为95.75%;种群总的Nei's基因多样性指数为0.2327,Shannon's信息指数为0.3701,说明卷叶凤尾藓遗传多样性水平较高;14个种群的遗传分化系数(Gst)为0.7078,种群间的基因流(Nm)为0.1864,表明大部分遗传变异(72.01%)存在于种群间,27.99%的遗传变异存在于种群内,即卷叶凤尾藓种群间遗传分化明显。基于ISSR数据的聚类分析表明,在遗传距离50为分组阈值处,14个种群可被分为6组(G1~G6):G1为来自于浙江省不同采集地点的8个种群(JHBS除外);G2由浙江金华北山种群(JHBS)组成;G3包括福建武夷山(WYS)和天宝岩种群(TBY);G4、G5、G6分别由广西龙胜县花坪种群(GX)、四川龙池种群(LC)、辽宁白石砬子保护区种群(BSLZ)组成,表明卷叶凤尾藓种群间的遗传分化主要由地理距离造成,种群内的遗传分化可能与其生境的异质性有关。     

基于RAPD标记的南苍术居群遗传多样性分析

采用RAPD标记技术对分布于江苏小九华山、小汤山和湖山,安徽金寨和芜湖以及湖北保康和英山的7个南苍术〔Atractylodes lancea(Thunb.)DC.〕野生居群的28个单株基因组总DNA进行PCR扩增,在此基础上分析居群的遗传多样性及遗传分化,并采用聚类分析法对居群的遗传关系进行分析。结果表明:用18条RAPD引物共扩增出193条带,其中多态性条带111条,多态性条带百分率(PPB)为57.51%;平均每条引物扩增出10.72条带,其中多态性条带6.17条。从省级水平看,安徽居群的PPB、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)均最低,而湖北居群的Ne、H和I均最高,但江苏居群的PPB最高;从居群水平看,湖北保康居群的PPB、Ne、H和I均最高,而安徽金寨居群均最低。7个居群的基因分化系数和基因流分别为0.206 5和1.921 5,说明7个居群总遗传变异的20.65%存在于居群间、79.35%存在于居群内。7个居群间的遗传距离为0.150 7～0.252 1,其中,安徽金寨和芜湖居群间最小(0.150 7),江苏湖山和安徽芜湖居群间最大(0.252 1)。基于遗传距离的聚类分析结果表明:7个居群可分为2组,湖北保康居群单独成组,其他6个居群聚为另一组;来自同一居群的单株均聚在一起。研究结果提示:南苍术居群间的遗传多样性较低,居群间无明显的遗传分化。     

基于RAPD标记的丽江云杉遗传多样性及谱系地理

由于青藏高于独特的地理环境,第四纪冰期反复的退缩和扩展对目前该地区生物物种的地理分布及居群结构产生重要的影响。本文对这一地区特有分布物种丽江云杉(Picea likiangnsis)3个变种丽江云杉变种(var. likiangensis)、川西云杉变种(var. rubescens)和林芝云杉变种(var. linzhiensis)共11个种群228个个体进行RAPD分析,研究其遗传多样性及谱系地理。结果表明,该种具有较高的总体遗传多样性,多态位点达85.42%;然而在群体水平上却保持了相对低的多态性,种群间差异不显著,种群平均多态条带百分率为62.31%,Nei’s平均遗传多样性指数(H_E)为0.250,Shannon’s多样性指数(H_pop)从0.267到0.421 1。Nei’s基因多样性(G_ST=0.256)和AMOVE分析(Phi_st=0.236)表明,群体间有较高的遗传分化,群体间基因流有限(N_m=1.453 2),远远低于已报道的其它松科植物。UPGMA聚类分析表明3个形态上分离的变种没有单个聚成一枝,形成单系群。本研究认为,在第四纪冰期丽江云杉这一种在南部可能存在至少3个不同的避难所,北边和西边的居群应该是南方避难所里的居群经过不同的回迁路线而产生的,有可能是由于种内亚种间的反复杂交造成了目前的种群分布模式。     

基于ISSR与RAPD标记分析内蒙古赤芍的遗传多样性

采用ISSR和RAPD分子标记技术对28个赤芍种群进行遗传变异和亲缘关系分析,为准确地评价赤芍种质的遗传特征、资源保护及新品种选育提供理论依据.结果 显示:(1)利用分别筛选的14条ISSR和RAPD引物扩增出257条和215条条带,其中多态性条带分别为251条和209条,多态性条带百分率分别为97.8％和97.2％;...     

皱大球蚧(Eulecanium kuwanai)和瘤坚大球蚧(Eulecanium gigantean)地理种群的RAPD遗传分化

采用RAPD技术测定分析了河北省皱大球蚧和瘤坚大球蚧8个地理种群的遗传结构。结果表明：5种引物在8个种群中共产生了65条RAPD标记,各地理种群之间没有产生各自的特征标记;不同种群间的遗传相似程度与其地理间距呈反比;种群内的遗传相似程度比种间高。Shannon信息指数表明,皱大球蚧的平均遗传多样性高于瘤坚大球蚧,分别为0.3456和0.3225,说明物种不同,其变异程度也不同。     

基于改良RAPD标记的花梅与果梅品种的遗传关系分析

为了探讨梅(Prunus mume Sieb.et Zucc.)的2种类型--花梅与果梅的遗传多样性,利用23条长度为11bp的随机引物以及严格筛选退火温度的改良RAPD-PCR优化体系对25个花梅和21个果梅品种的基因组总DNA进行了分析,并在此基础上采用UPGMA聚类方法对46个花梅与果梅品种间的遗传关系进行了分析.结果显示:使用重复性好、条带清晰且多态性强的23条随机引物,共从46个花梅和果梅品种基因组总DNA中扩增出131条带,其中多态性条带107条,多态性条带百分率达81.7%,说明花梅和果梅各品种间具有丰富的遗传多样性.聚类分析结果显示:46个花梅和果梅品种的遗传相似系数为0.63～0.83;在遗传相似系数0.66处,供试的46个品种被分为5组.A组包含6个果梅品种和11个花梅品种;B组仅包含4个花梅品种;C组包含16个品种,其中15个品种为果梅;D组仅包含4个花梅品种;E组也仅包含5个花梅品种.研究结果表明:花梅和果梅具有相近的亲缘关系,遗传背景相似.     

内蒙古地区刺叶柄棘豆(Oxytropis aciphylla Ledeb.)种群遗传多样性分析

用ISSR分子标记对内蒙古地区刺叶柄棘豆(Oxytorpis aciphylla Ledeb.) 5个地理种群进行了种群遗传多样性分析。结果表明：刺叶柄棘豆种群具有较高的遗传多样性,11个ISSR引物扩增出215条带,总的多态位点百分率为98.14%,Shannon多样性指数I=0.2108,Nei基因多样性指数 H=0.341 6,种内总基因多样性(H_t) 为0.2108,种群内基因多样性(H_s)为0.160 4, 大部分遗传变异(76.11%)的遗传变异存在于种群内, 23.89%的遗传变异存在于种群间。遗传分化系数(Gst)为0.238 9,基因流(Nm)为1.592 9。5个居群间已有遗传分化趋势,遗传漂变不会引起遗传分化。UPGMA遗传距离聚类结果表明, 5个地理种群中,植被类型为荒漠草原的4个种群之间遗传距离较近,与1个荒漠种群距离较远。     

基于ISSR和RAPD标记的4个夏蜡梅种群的遗传多样性研究

利用ISSR和RAPD技术对4个夏蜡梅种群25个单株的遗传多样性进行研究。从60条简单重复序列引物中筛选出了10条引物在25个个体中共检测到62个可重复的位点,其中多态位点为41个,总的多态位点百分率为65.60%;从60条寡居核苷酸引物中筛选出了10条引物共扩增出52个位点,其中多态性位点31个,多态性位点的百分率为57.50%。Shannon指数估算的夏蜡梅群体总遗传多样性为0.3737,各群体平均遗传多样性为0.1645。Nei’s指数估算的夏蜡梅群体总遗传多样性为0.2528,各群体平均遗传多样性为01117;物种水平的有效等位基因数为1.4473,平均值为1.1972。4个自然群体的基因分化系数Gst=05297,即总的变异中有52.97%的变异存在于群体间,而群体内的遗传变异占总变异的47.03%,群体间遗传距离平均值0.2187。也表明了夏蜡梅4个群体间出现了遗传分化。夏蜡梅群体间的基因流较低,Nm=04450。聚类分析将4个种群聚为2支,且聚类结果表现出明显的地域性特征。作为狭域分布种,夏蜡梅各群体间存在遗传分化和多样性程度不高,对夏蜡梅种群多样性的就地和迁地保护势在必行。     

茶园黑刺粉虱(Aleurocanthus spiniferus)种群的RAPD多样性

用RAPD技术对华东地区7个茶园的黑刺粉虱种群进行遗传结构分析。从40个随机引物中筛选出9条具特异性的引物,扩增出248条长度约为200~2000 bp的DNA条带,其中199条多态性条带,多态性为80.24 %。经Popgene软件分析,黑刺粉虱种群平均水平的多态位点百分比 (PPL) 为48.33 %, Nei’s 基因多样性 (HE) 为0.2910, Shannon’s多态性信息指数 (H) 为0.4442,表明黑刺粉虱种群遗传多样性丰富;各种群间遗传分化程度 (Gst) 较高,达0.3749,其中PPL以福建武夷山区的九龙山种群 (JLS) 最高,达77.42 %,其次为安徽九华山种群 (JHS) 的65.73 %;而且两种群的HE, H 等遗传指标均较高。以NTSYSpc软件包,基于Nei’s遗传距离对昆虫个体进行UPGMA和NJ法聚类分析,构建分子系统树,并进行多维标度分析 (MDS) 。系统树显示：同一种群的个体优先聚类,遗传相似度高的种群依次聚类。多维标度分析也显示：浙江杭州、富阳和绍兴3种群集中分布,安徽宣城种群靠近该3种群;而九华山种群则与武夷山区的九龙山种群聚拢;福建金山种群独立成簇。多维标度分析与聚类分析结果一致。认为粉虱种群间的遗传距离与地理距离之间存在相关性;两个山地种群的多样性有别于其它种群,是因为山地环境和气候引起粉虱适应性的生态地理分化。     

基于RAPD标记的5个南京椴居群遗传多样性分析

采用RAPD标记技术,对分布于江苏省(紫金山、牛首山和宝华山)及安徽省(皇藏峪和琅琊山)的5个南京椴(Tilia miqueliana Maxim.)居群的遗传多样性进行了分析,并采用UPGMA聚类方法研究了5个居群的遗传关系.结果表明:使用10条多态性引物从5个居群的总DNA中扩增出169条带,其中多态性条带151条,多态性条带百分率达89.34％.各居群的多态性条带百分率(PPB)、有效等位基因数(Ⅳe)、Nei's基因多样度(h)和Shannon's多样性指数(I)均有明显差异,其中,宝华山居群的各项指标均最高,紫金山和牛首山居群的PPB值最低,琅琊山居群的Ne值最低,紫金山居群的h和I值均最低.5个居群的I、h和Ⅳe值分别为0.2430～ 0.335 1、0.1544 ～0.218 2和1.248 9～1.362 7;在种水平上的I、h和Ne值分别为0.359 4、0.223 6和1.352 9.居群内变异占总变异的75.95％,居群间变异占总变异的24.05％.居群内和居群间的基因多样度分别为0.218 5和0.173 2,物种水平上的基因分化系数为0.207 5,居群间的基因流为1.909 3.各居群间的遗传距离差异较大;其中,皇藏峪与牛首山居群的遗传距离最近,仅为0.026 5;宝华山与紫金山居群的遗传距离最远,为0.134 4.通过聚类分析可将5个南京椴居群分为3支,宝华山和琅琊山居群各自独立为2支,皇藏峪、紫金山和牛首山居群聚为1支,且可进一步分为2个亚支,皇藏峪居群为1个亚支、紫金山和牛首山居群聚为1个亚支.研究结果表明:南京椴居群内的遗传多样性较高,但居群内的变异占主导地位,居群间存在明显的遗传分化.     

基于nrDNA GapC基因内含子序列的资源冷杉遗传多样性研究

通过nrDNA GapC基因内含子序列的测序和分析,揭示资源冷杉遗传多样性水平和种群分化的强弱并推断其进化历史。资源冷杉3个种群的34个个体共获得70条GapC基因内含子序列,有8个核苷酸变异位点,鉴别出12种单倍型。银竹老山、大院和舜黄山种群分别有10种、6种和7种单倍型;有7个个体得到了2种以上的单倍型。资源冷杉物种水平的单倍型多样性（h）为0.817 0,种群的在0.683 3～0.883 1之间;物种水平的核苷酸多样性（π）为0.003 90,种群的在0.002 63～0.003 82之间。种群遗传分化研究结果（G_st=0.103,p<0.05）说明种群间存在显著的遗传分化,分子方差分析（AMOVA）结果也证明虽然大多数的核苷酸多态性（88.64％,p<0.001）来源于种群内个体间的变异,但是仍有显著性比例存在种群间（11.36%,p<0.05）。Tajima’s D、Fu &; Li’s D、Fu &; Li’s Fs中性检验结果都表明资源冷杉在物种和种群水平上都不拒绝中性进化。资源冷杉单倍型的谱系没有出现地区特异性谱系分支,核苷酸不配对分析（mismatch analysis）结果表明没有发生近期的群体扩张,资源冷杉的N_st（0.131）与G_st（0.103）没有显著性差异（p>0.05）,表明种群没有明显的地理结构。推测现存资源冷杉是相对较近的时间内片断化的产物。     

基于RAPD标记的薄荷属(Mentha L.)植物亲缘关系分析

应用RAPD标记方法分析了薄荷属(Mentha L. )7个种38个种源间的遗传多样性,并采用UPGMA聚类分析方法探讨了38个种源间的亲缘关系.结果表明,用20条随机引物从38个种源的总DNA中共扩增出111条带,其中多态性条带91条,多态性条带百分率达81.98%,表明薄荷属植物种间和种内存在丰富的遗传多样性.聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.43 处,供试的38个种源被分为2大类,其中第1大类包含日本薄荷(M. arvensis L. )、灰薄荷(M. vagans Boriss. )、留兰香(M. spicata L. )、皱叶留兰香(M. crispata Schrad. ex Willd. )、椒样薄荷(M.×piperita L. )和薄荷(M. haplocalyx Briq. )的37个种源,第2大类仅包含唇萼薄荷(M. pulegium L. )1个种源.在遗传相似系数0.74处,38个种源被分为6组:A组仅包含日本薄荷1个种源;B组包含灰薄荷的4个种源;C组包含留兰香的2个种源和皱叶留兰香的6个种源;D组包含椒样薄荷的5个种源和留兰香的2个种源;E组包含薄荷的17个种源;F组仅包含唇萼薄荷1个种源.在遗传相似系数0.83处,B组、C组、D组和E组可各自进一步划分为不同的亚组.研究结果显示,基于RAPD标记分析的聚类分析结果与传统形态学分类结果基本相吻合;同一种类来源相同或相近的种源聚在一起,说明薄荷属植物种内的遗传关系与地理分布和环境差异有一定的相关性.