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1.
基于高通量测序的辐射污染区细菌群落特征分析   总被引:1,自引:0,他引:1       下载免费PDF全文
【目的】为了更加全面地揭示辐射污染区细菌种群多样性,了解辐射污染对辐射区土壤中细菌群落结构的影响。【方法】运用高通量测序方法,分别进行了土样细菌16S r RNA基因的V3可变区测序,进而对无辐射污染对照和不同辐射污染程度的土样中细菌群落组成和多样性进行分析。【结果】研究共获得110 348条有效序列,17 604个OTUs,共涉及细菌域的19个门和6个潜在菌门和其它未分类菌群的726个属。多样性分析表明,辐射污染会引起土壤样品中微生物群落的分布显著差异化,显著提高细菌群落种群多样性和微生物丰度。微生物群落组成分析发现,在辐射污染胁迫下,辐射污染区样品中变形杆菌门分布比例显著下降;随着辐射污染程度的提高,放线菌门所占比例逐步提高,未分类菌门、厚壁菌门和酸杆菌门也有明显的提高。同时,研究发现辐射污染区中存在着大量未分类菌属。【结论】研究揭示了辐射污染区极为丰富的细菌多样性,大量微生物新物种资源有待发掘。  相似文献   

2.
滴灌对苜蓿根际土壤细菌多样性和群落结构的影响   总被引:1,自引:1,他引:1       下载免费PDF全文
【背景】细菌作为土壤微生物中的重要类群,能够有效促进土壤物质循环和能量流动,细菌多样性以及群落结构能够反映土壤的质量状况。【目的】了解滴灌条件下苜蓿根际土壤细菌群落结构及多样性变化,探讨土壤环境因子对细菌群落结构的影响。【方法】基于细菌16Sr RNAV3-V4区高通量测序技术,分析比较滴灌与自然降雨两种模式下生长的苜蓿根际与非根际土壤中细菌多样性和群落分布规律,然后采用冗余分析(Redundancy analysis,RDA)探讨土壤环境因子与细菌多样性的关系。【结果】苜蓿根际土壤中细菌多样性丰富,滴灌根际土壤中细菌多样性显著高于自然降雨根际土壤;土壤样品中共检测到细菌46门53纲116目220科469属,主要的优势菌门为变形菌门(Proteobacteria,25.27%-34.42%),其中α-变形菌纲(Alphaproteobacteria,11.41%-18.97%)为优势亚群,鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas,1.00%-4.54%)为优势属。相较于自然降雨,滴灌条件下苜蓿根际土壤细菌的6个门和16个属的群落结构发生显著变化;此外,RDA分析表明,不同环境因子对微生物群落的影响不同,滴灌根际土壤中9个细菌属的丰度与全磷、全钾、有效磷、碱解氮、有机质、土壤中性磷酸酶以及土壤脲酶的含量显著正相关。【结论】滴灌作为新型节水技术,在促进植物生长、提高产量、节约成本的基础上增加了植物根际土壤中细菌多样性和丰度,该结果为新型灌溉体制的改革以及土壤微生物资源的开发利用提供科学数据。  相似文献   

3.
[背景]根肿病是一种世界性土传病害,鄂西高山不少田块大白菜发病率高达60%,严重制约了当地蔬菜产业的发展。[目的]揭示Streptomyces alfalfae XY25^T防治过程中土壤理化性质的变化规律及其对根际土壤微生物群落的影响。[方法]大白菜幼苗移栽至病区土壤盆栽中,处理组施用S.alfalfae XY25^T,并设置对照组。移栽后第7、14、21、28、35天采集土壤样本,测定根际土壤酶活力和土壤肥力;第35天提取土壤DNA,采用高通量测序技术,结合生物信息学分析,解析大白菜根际土壤细菌和真菌群落结构组成及多样性。[结果]施用S.alfalfae XY25^T提高了土壤pH值、有机质、碱解氮、速效钾和速效磷的含量,比例分别为10.0%、13.7%、12.0%、41.1%和8.71%;增加了蔗糖酶、脲酶、过氧化氢酶和碱性磷酸酶活力,比例分别是333%、204%、36.1%和142%;提高了Ascomycota、Zygomycyota及Actinobacteria菌门的相对丰度,比例分别为54.1%、22.8%和10.7%;降低了Acidobacteria的相对丰度,比例是7.59%;提高了Penicillium、Mortierella、Mucor和Streptomyces等菌属的相对丰度,比例分别为25.5%、14.6%、8.20%和7.24%。[结论]施用S.alfalfae XY25^T改善了土壤理化性质,改变了根际土壤微生物群落结构和多样性。  相似文献   

4.
【背景】紫花苜蓿是优良的豆科牧草,可以与丛枝菌根(Arbuscular mycorrhizae,AM)真菌和根瘤菌形成共生关系,接种AM真菌和根瘤菌可以促进土壤氮、磷循环以及提高苜蓿产量。【目的】探究接种AM真菌和根瘤菌对苜蓿根际细菌群落结构和功能的影响。【方法】采集6个不同处理组苜蓿根际、非根际土壤样品,基于细菌16S rRNA基因V3?V4区进行高通量测序,分析比较不同处理组苜蓿根际、非根际土壤中细菌群落分布的规律,并采用PICRUSt软件对不同处理组间菌群功能进行预测。【结果】36个土壤样品中共检测到3 849个OTU,分属于50门59纲132目249科595属398种。其中主要的优势菌门为Proteobacteria (52.81%?81.46%)、Bacteroidetes (7.83%?19.68%)及Actinobacteria (2.21%?16.4%)。与不接种相比,接种根内球囊霉和摩西球囊霉分别提高了Gammaproteobacteria和Bacteroidia有益菌的丰度,接种根瘤菌提高了固氮菌(Alphaproteobacteria)的丰度。PICRUSt功能预测表明,细菌菌群共有35个子功能,菌群功能丰富,代谢为最主要的功能,并且接种根瘤菌可增加氨基酸代谢,从而有利于植株N素循环,而接种AM真菌可能对于N循环有一定的抑制作用,相比于单接种AM真菌,双接种AM真菌和根瘤菌处理组碳水化合物代谢更强,从而更有益于植株的氮、磷循环。【结论】接种AM真菌和根瘤菌可分别提高苜蓿根系与氮、磷循环有关的不同有益菌的丰度,从而更有益于植株的氮、磷循环,该结果为提高植株养分吸收、提高苜蓿产量以及菌肥开发利用提供了科学依据。  相似文献   

5.
摘要 目的:探究四种不同功能水体--水库、南水北调东线水、海水浴场和海水养殖区域--的水质现状及其微生物群落结构组成。方法:对四个水体功能区分别进行采样。通过16S rRNA高通量测序技术,结合水质理化指标,分析比较了不同功能水体的水质现状以及微生物群落结构组成差异。结果:海水浴场的水质较其他三个水体功能区水质最好,水库中TN偏高,南水北调东线水COD、TN均较高,海水养殖区域中活性磷酸盐的浓度略高。四个水体功能区中海水浴场的物种丰富度以及物种多样性最高,水库、海水养殖区域的物种丰富度和多样性均较低。细菌群落组成差异主要表现在属水平。水库、南水北调东线水组成较其他两个功能区相似,主要是由于棘洪滩水库的冬季供水仅来源于南水北调东线水。此外海水浴场与海水养殖区域的细菌组成存在差异,水产养殖以及因此导致水质理化因子的改变对两地细菌群落组成差异的影响较大。总氮、总磷为影响细菌群落组成的主要环境因子。结论:海水浴场的水质最符合标准,水库、南水北调东线水中TN偏高增加水体富营养化的风险需重点关注。蓄水来源、TN、COD与活性磷酸盐浓度偏高对造成四种功能水体细菌群落组成差异影响较大。  相似文献   

6.
目的

探究东帕米尔高原土壤不同生境下细菌群落结构。

方法

选取高寒盐碱土、高寒草甸和高寒湿地3种生境,采用Illumina NovaSeq高通量测序技术分析土壤细菌群落结构及多样性。

结果

共检测到细菌36个门、94个纲、211个目、330个科、569个属、611个种。细菌群落alpha多样性呈现高寒草甸>高寒湿地>高寒盐碱土。3种生境中的主要细菌门为变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteriota)。高寒盐碱土生境中优势细菌属为无色杆菌属(Achromobacter)和罗尔斯顿菌属(Ralstonia)。高寒草甸主要细菌属为放线菌属(Actinomarinales)、Geminicoccaceae、考克菌属(Kocuria)、芽单胞菌属(Gemmatimonadaceae)和鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonadacea)。高寒湿地主要细菌属为NB1-j和Geminicoccaceae。细菌群落KEEG代谢功能预测分析结果以氨基酸代谢为主。

结论

不同生境类型对东帕米尔高原高寒土壤细菌群落具有一定影响。

  相似文献   

7.
小龙虾肠道产木聚糖酶细菌的分离与鉴定   总被引:1,自引:0,他引:1       下载免费PDF全文
【背景】小龙虾肠道微生物是小龙虾降解纤维素和半纤维素的主要驱动力。【目的】研究肠道内细菌的相对丰度,为揭示肠道微生物在小龙虾纤维素降解过程中的作用提供理论支撑。【方法】采用纯培养法从小龙虾肠道筛选产木聚糖酶细菌,并且对小龙虾肠道细菌进行16S高通量测序。【结果】形态学和16SrRNA基因分子鉴定表明,筛选到的4株产木聚糖酶细菌均属于芽孢杆菌科芽孢杆菌属;结合进一步的生理生化特征鉴定,结果为:菌株Z-3为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis),菌株Z-4为贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis),菌株Z-29为蜡状芽孢杆菌(Bacillus cereus),菌株Z-30为高地芽孢杆菌(Bacillus altitudinis);16S rRNA基因高通量测序结果表明:在属水平上,小龙虾肠道细菌主要是Candidatus Bacilloplasma、拟杆菌属、弧菌属、不动杆菌属、Dysgonomonas、Tyzzerella3、气单胞菌属和希瓦氏菌属细菌。【结论】小龙虾肠道内细菌资源丰富,且芽孢杆菌属细菌在木质纤维素降解过程中发挥一定功能。  相似文献   

8.
【目的】探索白云边酒不同窖龄窖泥细菌群落结构及其多样性,分析窖泥细菌群落特征对兼香型白酒风格形成的影响。【方法】分别提取2年和23年窖泥样品总DNA,采用PCR-DGGE、基因克隆以及高通量测序技术,研究窖泥细菌的分布情况。【结果】白云边窖泥细菌归属于变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)4个菌门。2、23年窖泥共同的优势菌属(≥1.0%)包括棒状杆菌属(Corynebacterium)、香味菌属(Myroides)、鞘氨醇杆菌属(Sphingobacterium)、乳杆菌属(Lactobacillus)、梭菌属(Clostridium)、醋杆菌属(Acetobacter)、产碱杆菌属(Alcaligenes)、肠杆菌属(Enterobacter)和不动杆菌属(Acinetobacter)。2年窖泥特有优势菌属为Dysgonomonas、Fluviicola、变形杆菌属(Proteus)和Wohlfahrtiimonas,而23年窖泥特有优势菌属为葡萄球菌属(Staphylococcus)、Hazenella、魏斯氏菌属(Weissella)、葡糖醋杆菌属(Gluconacetobacter)和摩根氏菌属(Morganella)。【结论】2年窖泥细菌群落多样性高于23年窖泥。比较了白云边两种窖龄窖泥主要细菌组成情况,为研究微生物对白云边酒浓酱兼香型独特风味形成的影响提供依据。  相似文献   

9.
生物炭对猪粪堆肥过程中细菌群落结构的影响   总被引:4,自引:0,他引:4       下载免费PDF全文
【背景】细菌群落多样性影响堆肥过程,生物炭影响细菌的生长,但生物炭对猪粪堆肥细菌群落结构的影响尚未见报道。【目的】根据细菌群落结构和堆肥温度的变化规律,添加适量的生物炭到猪粪堆肥,以提高堆肥主要细菌的占比和堆肥效率,为推广生物炭和猪粪堆肥的联合应用提供参考。【方法】设计0%、3%、6%和9%的生物炭添加量,在堆肥的高温期和温度稳定期分别取样,总共8个样品。根据IlluminaMiSeq对细菌16SrRNA基因的高通量测序结果,分析生物炭添加量和堆肥温度对猪粪堆肥细菌群落结构的影响。【结果】在细菌门水平上,猪粪堆肥主要的细菌有Proteobacteria、Actinobacteria、Bacteroidetes、Chloroflexi、Gemmatimonadetes、Firmicutes、Acidobacteria和Deinococcus-Thermus;在细菌属水平上,猪粪堆肥主要的细菌有Chryseolinea、Subgroup_6_norank、Steroidobacter、Anaerolineaceae、Nonomuraea、Longispora、Bacillus、Sporacetigenium、Luteimonas、Phyllobacteriaceae、Truepera、Rhodothermacea和Aquamicrobium。生物炭添加量对猪粪堆肥主要细菌的生长既有促进作用,也有抑制作用。随着生物炭添加量的增加,Bacillus、Streptomyces、Rhodothermaceae和Firmicutes的丰度随之增加,而Chryseolinea、Longispora和Steroidobacter的丰度却随之减少。Firmicutes、Bacillus和Streptomyces的丰度在堆肥高温期要大于堆肥温度稳定期,而Chloroflexi、Anaerolineaceae和Longispora则相反。猪粪堆肥高温期的细菌多样性要明显大于堆肥温度稳定期。堆肥高温期的细菌群落达到70个,远多于堆肥温度稳定期的15个;其中对猪粪堆肥起主要作用的细菌,堆肥高温期时达到7个(Rhizobiales、Incertae_Sedis、Proteobacteria、Alphaproteobacteria、Xanthomonadales、Gammaproteobacteria和Steroidobacter),而堆肥温度稳定期只有3个(Micromonosporales、Longispora和Micromonosporaceae)。猪粪堆肥添加生物碳后,环境因子(电导率、含水量、温度和pH)对堆肥主要的细菌不能产生显著的影响。β-Proteobacteria、Rhodothermaceae、Phyllobacteriaceae和Bacterium是含水量、温度和pH影响最大的细菌。【结论】生物碳添加量和堆肥温度能改变猪粪堆肥的细菌群落结构,在猪粪堆肥高温期能显著增加细菌的数量和多样性。猪粪堆肥的电导率、含水率、温度和pH能影响堆肥细菌的生长,但对堆肥主要细菌的影响不显著。  相似文献   

10.
芦笋皂苷的提取纯化及其糖基组成   总被引:4,自引:0,他引:4       下载免费PDF全文
方幼兰   《生物工程学报》2005,21(3):446-450
芦笋皂苷是以芦笋下脚料为原料提取出来的一种糖甙化合物。目的是充分利用再生资源,变废为宝,同时解决芦笋下脚料废弃物所造成的环境污染问题。实验探讨了乙醇浓度、液料比、温度、时间等工艺条件对芦笋皂苷提取率的影响,筛选出最佳提取工艺:乙醇浓度95 %、液料比(V/W)为6∶1、温度90℃、时间4h。从新鲜芦笋下脚料、芦笋干品提取皂苷的平均得率分别为1.70 %、4.01%。芦笋皂苷经氧化铝柱层析分离,以40%乙醇的溶液为洗脱剂,洗出曲线为单一对称峰。采用UV、IR、HPLC等色谱对芦笋皂苷的结构特点、糖基组成进行初步分析。结果显示芦笋皂苷具有呋喃甾烷的结构特征,其糖基由木糖(Xyl)、岩藻糖(Fuc)、阿拉伯糖(Ara)组成,摩尔比为Xyl∶Fuc∶Ara =1 0∶0 13∶19 4 2 ,平均分子质量(Mw)为185 0 0。  相似文献   

11.
为探究水产养殖中养殖不同物种对水体和沉积物中细菌群落的影响,以养殖克氏原螯虾(Procambarus clarkii, PC)和中华鳖(Pelodiscus sinensis, PS)的水体和沉积物样品为研究对象,利用基于16S rRNA基因的高通量测序技术,对细菌群落多样性和群落组成进行分析,并结合环境因子,探究水产养殖对细菌群落的影响。结果显示,水体和沉积物中细菌群落的α多样性均呈现PS>PC的显著差异(P<0.05)。非度量多维尺度分析的结果显示,PC和PS区的水体和沉积物细菌群落结构均呈现明显差异。冗余分析(RDA)的结果表明,水体氨氮(NH~+4-N)和硝酸盐氮(NO~-3-N)是影响水体细菌群落结构的最主要环境因子,沉积物总氮(TN)、总磷(TP)和有机碳(OC)均对沉积物细菌群落结构有显著影响(P<0.05)。PC和PS区中的细菌隶属于34门、114纲、258目、504科和955属,水体中共筛选出了11个优势菌门(相对丰度>0.5%),沉积物中筛选出了13个。2个养殖区域的水体样品中共筛选出了15个优势(...  相似文献   

12.
【目的】利用新疆伊犁州新源县过度放牧导致的退化草原土壤样品,揭示其细菌的菌群多样性。【方法】通过Illumina Hi Seq 2500测序技术,分析6个退化草原土壤细菌的菌群结构及多样性。【结果】细菌群落Chao1指数平均值为2 118.28,Shannon指数平均值为8.84。细菌群落主要属于Actinobacteria、Proteobacteria、Firmicutes、Gemmatimonadetes等35个门,Phingomonadaceae、Gemmatimonadaceae等220个科,Sphingomonas、Rubrobacter等329个属,在科属水平上未知菌类分别占31%和56.1%。固氮细菌共有9个属,自生固氮菌中Arthrobacter和Methylobacterium的丰度最高,而根瘤菌中Bradyrhizobium和Rhizobacter的丰度较高。【结论】虽然6个退化草原土壤样品中细菌类群具有丰富的多样性,但很多种类丰度特别低,可能正趋向灭绝。  相似文献   

13.
    
Zhang Wei  Du Yu 《Fungal biology》2019,123(1):42-50
The large-scale long-term plantation of cotton in the Xinjiang region has been accompanied by a regular and wide outbreak of soil-borne fungal diseases such as verticillium wilt, which significantly damaged the local cotton industry. High-throughput sequencing data showed that the cotton field cultivation management measures pose a significant influence upon the original ecological soil fungal community structure. During long-term continuous cropping of cotton, a new soil fungal community structure emerges after several repeated adjustments over five years. The number of verticillium wilt pathogens in the soil increased rapidly with prolonged continuous cropping time, reaching a maximum at around the 10th y; moreover, the abundance of the verticillium wilt pathogen only serves as one of numerous essential factors for disease occurrence. The fungal community structure and the abundance of verticillium wilt pathogens in local cotton fields are gradually formed under joint effects of year-long continuous cropping and supporting cultivation management measures.  相似文献   

14.
柑橘黄龙病赣南脐橙内生菌种群结构分析   总被引:2,自引:0,他引:2       下载免费PDF全文
【目的】分析赣南脐橙黄龙病植株和健康植株叶片内生菌,对比不同培养条件下培养出的内生菌,为筛选出对柑橘黄龙病原菌有影响的伴生菌奠定理论基础。【方法】通过PCR方法对脐橙中黄龙病菌进行验证,并基于16S r RNA基因高通量测序技术对患病与健康赣南脐橙叶片内生菌以及不同培养基富集培养后的内生菌进行多样性分析。【结果】所采集样品中有5株患病株,5株健康株。5株病株中共同含有的细菌属有13个,其中7个在5株健株中也共同存在。Defluviicoccus属和Granulicella属在病健株植物中都是优势菌属,且在健株中的平均含量高于病株。病株与健株的样品相似度存在明显界线。富集培养后不同样本和不同培养基中菌属分布不同。肠杆菌属(Enterobacter)、短小杆菌属(Curtobacterium)、假单胞菌属(Pseudomonas)和泛菌属(Pantoea)得到了大量富集,不动杆菌属和沙雷氏菌属等9个菌属富集量较少。另外,培养和未培养各样本间未分类菌(Unclassified)含量差异也较大。【结论】赣南脐橙患病植株和健康植株叶片内生菌有着明显差异,黄龙病菌的存在改变了脐橙叶片原有内生细菌的菌群结构。从活体植物组织内直接检测才能得到真正的植物内生菌群落分布情况。通过分析菌群的差异,有望找到与柑橘黄龙病菌生长相关的伴生菌。  相似文献   

15.
植物内生固氮菌系统发育进化新进展   总被引:3,自引:0,他引:3       下载免费PDF全文
在植物内生固氮菌系统发育进化关系研究中,常用的方法有形态学与蛋白质水平法、数值分类和自动化鉴定法、化学分类法、分子遗传学方法等。本文简要介绍了常用方法的关键技术,并归纳了它们的优缺点。生物学的研究进入基因组时代后,随着高通量DNA测序技术在微生物学领域应用的迅速发展,全基因组测序被应用到微生物系统发育进化研究中,然而目前并未发现对已测全基因组序列的植物内生固氮菌进行系统总结。本文在对已测序植物内生固氮菌进行归纳的基础上,又详细研究了基于基因组数据的几种具有代表性的新方法(ANI分析法、最大唯一匹配指数法、核心基因组分析、组分矢量法、基因流动性分析),并结合目前系统发育进化研究常用方法,对植物内生固氮菌系统发育进化研究趋势进行总结和展望,旨在使植物内生固氮菌的系统发育进化关系研究在精确度、可靠性等方面有所突破。  相似文献   

16.
对番茄内生细菌数量动态及其对青枯病的生物防治研究结果表明:番茄内生细菌可来源于种子内部。番茄不同生育期,内生细菌数量最多在成株期,其中抗病品种根、茎分别为24.3×104CFU/g鲜重和22.9×104CFU/g鲜重,感病品种根、茎分别为9.8×104CFU/g鲜重和13.4×104CFU/g鲜重。抗病品种中具有拮抗青枯菌的内生细菌菌株为17个,感病品种中7个。部分内生细菌具促进番茄种子萌发和防治番茄青枯病的作用,其中5R和3R内生菌株的防病效果分别达91.7%和81.3%。  相似文献   

17.
    
Large-scale blooms formed by pico-sized phytoplankton, which strongly inhibited feeding activity and growth of cultured scallops, have been recorded along the coast of Qinhuangdao in the Bohai Sea since 2009. Based on pigment profiles and clone library analysis of phytoplankton samples during the blooms, the major bloom-forming species was primarily identified as pelagophyte Aureococcus anophagefferens Hargraves et Sieburth, the causative species of intensive brown tides in the United States and South Africa. Due to the indistinct morphological features of the bloom-forming microalgae and limited knowledge on the composition of phytoplankton communities, there were still disputes concerning the causative species of the blooms. In this study, the method of high-throughput sequencing targeted 18S rDNA V4 region was used to study the composition of pico- and nano-sized phytoplankton communities in 2013 and 2014. A total of 18 groups of eukaryotic microalgae at the class level and more than 2000 operational taxonomic units (OTUs) were identified in phytoplankton samples collected from the brown-tide zone in the Qinhuangdao coastal waters. For both years, A. anophagefferens was the most dominant species during the bloom period and its maximum relative abundance exceeded 60 percent. Along with other evidence, the results further confirm that A. anophagefferens is the major causative species of the pico-sized phytoplankton blooms in the Bohai Sea. The outbreak of brown tide exhibited a strong inter-annual variation between 2013 and 2014, and an increasing dominance of dinoflagellates could be observed in the Qinhuangdao coastal waters.  相似文献   

18.
【背景】高通量测序分析作为深入了解环境微生物群落组成的重要方法,已成为植物内生真菌多样性研究的有效手段,然而由于引物的扩增差异,采用不同引物可对实验结果分析造成影响。同时,盐角草作为世界上最耐盐的植物之一,存在着多种功能性的内生真菌,而较为全面介绍其内生真菌组成和多样性的报道鲜见。【目的】为了揭示盐角草内生真菌的多样性,解析不同扩增引物对内生菌多样性分析的影响。【方法】分别采用真菌高通量测序常用引物对ITS1-5F、ITS1-1F、ITS2对采自乌鲁木齐达坂城盐湖的盐角草内生真菌进行扩增,开展其内生真菌OTU的分析。【结果】通过不同引物对扩增并测序共获得102个盐角草内生真菌OTU,涉及真菌界8个门和未分类菌群,其中子囊菌门(Ascomycota)占绝对优势,其次为担子菌门(Basidiomycota);在属层次上,盐角草内生真菌共涉及64个属及20个未分类属,其中Alternaria、Cladosporium、Podospora等3个属为盐角草内生真菌优势菌群。对不同引物对扩增测序结果分析表明,不同引物对扩增对分析内生真菌OTU数量和种类具有明显的影响,在全部所得的102个OTU中,...  相似文献   

19.
20.

为探讨峡山水库水体与沉积物中微生物组成, 以深入理解其生态系统功能, 并为制定有效管理策略提供科学依据, 于2023年5月通过细菌16S rRNA编码基因的高通量测序, 获得了该水库水体和沉积物中的微生物组成特征。结果显示, 沉积物中的微生物Sobs、Chao1、Ace和Shannon指数都显著高于水体中的相应α多样性指数, 说明沉积物中微生物的丰富度和多样性比水体中的更高。β多样性分析也显示水体和沉积物中的微生物组成存在显著差异。峡山水库水体中丰度最高的3个菌门依次为放线菌门(57.65%)、变形菌门(34.9%)和拟杆菌门(6.22%); 属水平丰度最高的4个类群依次是hgcI_clade (29.98%)、Limnohabitans (17.06%)、CL500-29_marine_group (11.97%)和unclassified_f__Sporichthyaceae (7.12%)。沉积物中丰度最高的优势菌门分别是变形菌门(39.63%)、拟杆菌门(12.70%)、Desulfobacterota (9.88%)、绿弯菌门(6.79%)、硝化螺旋菌门(5.56%)和酸杆菌门(Acidobacteriota, 3.52%)等; 属水平上丰度最高的是Steroidobacteraceae (6.98%)、Thermodesulfovibrionia (4.97%)、Thiobacillus (4.33%)、Sutterellaceae (4.07%)和SC-I-84 (3.48%)等中的某些属。峡山水库优势细菌类群的种类与国内有些水库类似, 同时也具有盐碱地区域水库的特征。此外, 黄杆菌属和气单胞菌属等潜在鱼类致病菌在峡山水库中也存在一定的丰度, 这与水库中经常发生相关疾病的事实相吻合。微生物功能预测显示, 峡山水体和沉积物中微生物的功能类似, 在level 3预测的功能无论是水体还是沉积物中最主要的代谢通路为Metabolic pathways、biosynthesis of secondary metabolites、microbial metabolism in diverse environments、biosynthesis of amino acids及carbon metabolism等, 唯有immune diseases这个功能在水体中的丰度明显高于沉积物中。研究结果有利于认识该水库的生态学功能, 也为后续水库生态治理的效果评估提供必要的背景资料。

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