黄芪根瘤菌的分类研究

采用数值分类方法研究了分离自不同地区的黄氏属根瘤菌36株,发现在80％的相似性水平上,8株菌形成了亚群8,7株菌形成了亚群9。DNA同源性测定结果表明,这两个亚群是不同于已知根瘤菌种的新的DNA同源群。其中心菌株CA8561和JL84的部分16S rRNA基因序列分析发现,CA8561菌株与所有已知根瘤菌远缘,形成了一个独立的系统发育分支。JL84菌株在快生型根瘤菌属(Rhizobium)和土壤杆菌属(Agrobacterium)形成的系统发育分支中占据了一个独立的系统发育地位。     

花生根瘤菌的数值分类

从我国 １１个省、 １６种土壤类型、 ２０多个花生（Ａｒａｃｈｉｓ ｈｙｐｏｇａｅａ Ｌ．）品种上分离到的花生根瘤菌［Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．（Ａｒａｃｈｉｓ）］中选取５０个代表菌株、并与从津巴布韦引进的４株花生根瘤菌及７株慢生根瘤菌常用的参比菌株共６１株菌进行了１２８项表型特征的测定。数值分类的结果表明,全部菌株在７５％水平上相聚,并在７６％和７７％的水平上分别聚成两大群（群Ⅰ、群Ⅱ）,每大群以较高的相似性（８５％- ９４％）各聚成６个亚群。所用数值分类方法不能将花生根瘤菌和大豆根瘤菌在属的水平上分开,但亚群和未归入亚群的菌株可能暗示亚种或种存在,同时本文结果还表现出花生根瘤菌的地域分布差异及其多样性。     

胡枝了属根瘤菌的多相分类研究

采用数值分类,全细胞可溶性蛋白电泳分析,ＤＮＡ,Ｇ＋Ｃｍｏｌ％和ＤＮＡ相关性的测定以及１６ＳｒＤＮＡＰＣＲ－ＲＦＬ分析等多相分类技术对来源于不同地区的１６种寄主的胡枝子根瘤菌进行了系统的分类研究,数值分类的结果表明,在６７％的相似性水平上,全部供试菌可以为快生型根瘤菌和慢性型根瘤菌两大群,在８０％的相似性水平上又可分为两个亚群。在此基础上,对各亚群的胡枝子根瘤菌进行了ＤＮＡ相关性的测定,以进一步证     

内蒙古根瘤菌的数值分类

对63株新分离的内蒙古根瘤菌与6株来自Rhizobiumleguminosarum及Sinorhizobiummililoti的参比菌株一起进行了数值分类。结果表明：所有测试菌株在67％的相似性水平上分为三个表观群,群Ⅰ包括3株Sinorhizobiummeliloti的参比菌和9株新分离的内蒙古根瘤菌;群Ⅱ包括3株RhizobiumLoguminosarum参比菌和37株新分离的内蒙古根瘤菌;群Ⅲ全部由20株新分离的内蒙古根瘤菌组成。在78％的相似     

胡枝子属根瘤菌的多相分类研究

采用了数值分类、全细胞可溶性蛋白电泳分析、ＤＮＡＧ＋Ｃｍｏｌ％和ＤＮＡ相关性的测定以及１６ＳｒＤＮＡＰＣＲＲＦＬＰ分析等多相分类技术对来源于不同地区的１６种寄主的胡枝子根瘤菌进行了系统的分类研究。数值分类的结果表明,在６７％的相似性水平上,全部供试菌可以分为快生型根瘤菌和慢性型根瘤菌两大群,在８０％的相似性水平上又可分为四个亚群。在此基础上,对各亚群的胡枝子根瘤菌进行了ＤＮＡ相关性的测定,以进一步证实和确定它们的分类地位,并通过１６ＳｒＤＮＡＰＣＲＲＦＬＰ分析对各亚群的系统发育关系进行了初步研究。     

新疆土著大豆根瘤菌的表型多样性

选用分离自新疆昌吉市郊土壤的大豆根瘤菌61株和参比菌5株,对它们进行唯一碳氮源、抗生素抗性和抗逆性等表型性状分析,结果表明所有菌株在70.1％相似水平上分为快生大豆根瘤菌和慢生大豆根瘤菌2群,其中快生大豆根瘤菌在81.4％相似水平上又分为2个亚群,40株供试的新疆快生大豆根瘤菌与新疆中华根瘤菌聚为一群;7株供试菌聚为一小群,抗逆性强。所有供试快生菌株都与费氏中华根瘤菌相似性低,所以新疆快生大豆根瘤菌可能是与费氏中华根瘤菌相独立的一个种。     

分离自补骨脂等宿主根瘤的24株菌的数值分类和16S rDNA PCR-RFLP 研究

采用数值分类和16S rDNA PCR-RFLP对分离自云南省豆科植物补骨脂(Psoralea corylifolia)、葛藤(Pueraria lobata)、杭子梢(Campylotropis macrocarpa)等宿主的24株菌及10株根瘤菌参比菌株进行了研究。数值分类结果表明, 在84%相似性水平上, 所有的菌株可分为3群：群Ⅲ为未知菌群, 群Ⅰ为慢生菌群, 群Ⅱ为快生和中慢生菌群。从依据16S rDNA PCR-RFLP分析建立的树状图来看, 在70%相似性水平上, 所有的菌株可分为5个系统发育分支：分支Ⅰ和Ⅴ没有参比菌株, 为未知分支; 分支Ⅱ为Agrobacterium-Sinorhizobium-Rhizobium, 分支Ⅲ为Mesorhizo- bium, 分支Ⅳ为Bradyrhizobium。数值分类和16S rDNA PCR-RFLP的结果部分一致, 有2株菌与A. tumefaciens IAM13129T聚在一起。     

分离自补骨脂等宿主根瘤的24株菌的数值分类和16S rDNA PCR-RFLP 研究

采用数值分类和16S rDNA PCR-RFLP对分离自云南省豆科植物补骨脂(Psoralea corylifolia)、葛藤(Pueraria lobata)、杭子梢(Campylotropis macrocarpa)等宿主的24株菌及10株根瘤菌参比菌株进行了研究.数值分类结果表明,在84%相似性水平上,所有的菌株可分为3群:群Ⅲ为未知菌群,群Ⅰ为慢生菌群,群Ⅱ为快生和中慢生菌群.从依据16S rDNA PCR-RFLP分析建立的树状图来看,在70%相似性水平上,所有的菌株可分为5个系统发育分支:分支Ⅰ和Ⅴ没有参比菌株,为未知分支;分支Ⅱ为Agrobacterium-Sinorhizobium-Rhizobium,分支Ⅲ为Mesorhizobium,分支Ⅳ为Bradyrhizobium.数值分类和16S rDNA PCR-RFLP的结果部分一致,有2株茵与A.tumefaciens IAM13129T聚在一起.     

花生根瘤菌的数值分类*

从我国 １１个省、 １６种土壤类型、 ２０多个花生（Ａｒａｃｈｉｓ ｈｙｐｏｇａｅａ Ｌ．）品种上分离到的花生根瘤菌［Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．（Ａｒａｃｈｉｓ）］中选取５０个代表菌株、并与从津巴布韦引进的４株花生根瘤菌及７株慢生根瘤菌常用的参比菌株共６１株菌进行了１２８项表型特征的测定。数值分类的结果表明,全部菌株在７５％水平上相聚,并在７６％和７７％的水平上分别聚成两大群（群Ⅰ、群Ⅱ）,每大群以较高的相似性（８５％- ９４％）各聚成６个亚群。所用数值     

海南省根瘤菌资源考察及分类

对海南省各地区的豆科植物进行了根瘤菌共生情况调查和根瘤样品采集。经分离、纯化和回接试验后,选取了其中38株菌与Rhizobium、Bradyrhizobium、Sinoorhizobium和Agra-btcterium四属的18株参比菌进行了193个生理生化性状分析,使用简单匹配系数(ssm)和平均连锁法(UPGMA)进行了聚类分析,同时对部分菌株做了DNA—DNA杂交分析及交叉结瘤试验。结果表明,海南省根瘤菌被分为快慢两群,自同一寄主植物属既分离出快生根瘤菌又分离出慢生根瘤菌。海南省慢生根瘤菌全属于Bradyrhizobium群,该群在88％相似性水平分为三个亚群,相当于亚种水平。慢生菌在亚群中的分布与原寄主无相关性,即同一寄主的菌分布在不同亚群中。海南快生菌却独立成群,在碳氮源利用、抗生素抗性及其它生理生化特性上与海南慢生菌群和快生参比菌群均显著不同,值得进一步研究,以确定其分类地位。     

黄土高原根瘤菌数值分类及DNA-DNA杂交

黄土高原位于我国内陆,气候比较干旱,生长的植被较少,水土流失严重,而有些豆科植物如锦鸡儿(Caragana sinica)、苦豆子(Sophora alopecuroides)、甘草(Glycyrrhiza uralensis)、苦马豆(Swainsoniasalsula)、洋槐(Robinia pseudoacacia)等却能很好生长.这些豆科植物的生长,在防风固沙、保持水土、绿化环境、作为饲用牧草等方面起着很重要的作用.但人们对于黄土高原野生豆科植物根瘤菌的研究尚很少.为此,作者在地处黄土高原的陕西、宁夏及甘肃的部分地区进行了广泛的根瘤菌资源调查.在此基础上,对分离的部分菌株进行了数值分类和DNA同源性分析.     

Recharacterization of Pseudomonas fulva Iizuka and Komagata 1963, and proposals of Pseudomonas parafulva sp. nov. and Pseudomonas cremoricolorata sp. nov

Seven Pseudomonas fulva strains obtained from culture collections were taxonomically studied. The seven strains were separated into three clusters (Clusters I to III) on the basis of 16S rRNA gene sequences, and located phylogenetically in the genus Pseudomonas sensu stricto. Further, the strains were classified into 4 groups (Groups I to IV) on the basis of DNA-DNA similarity. As a result, Cluster I was split into Groups I and II. Group I included the type strain of P. fulva and two strains, and levels of DNA-DNA similarity ranged from 88 to 100% among the strains. Group II contained two strains, and the level between the two strains ranged from 91 to 100%. Group III consisted of one strain. Group IV included one strain, and this strain showed a high level of DNA-DNA similarity with the type strain of Pseudomonas straminea NRIC 0164(T). Clusters II and III corresponded to Groups III and IV, respectively. The four groups were separated from one another and from related Pseudomonas species at the level from 3 to 45% of DNA-DNA similarity. The strains of Groups I, II, and III had ubiquinone 9 as the major quinone. According to numerical analysis by the use of 133 phenotypic characteristics, the seven P. fulva strains were split into four phenons (Phenons I to IV). The groups by DNA-DNA similarity corresponded well with the phenons produced by numerical taxonomy, and differential characteristics were recognized. Consequently, Group I was regarded as P. fulva because the type strain (NRIC 0180(T)) of this species was included in this group. Strains in Group II were identified as a new species, Pseudomonas parafulva sp. nov., and the type strain is AJ 2129 (=IFO 16636=JCM 11244=NRIC 0501). NRIC 0181 in Group III was identified as a new species, Pseudomonas cremoricolorata sp. nov., and the type strain is NRIC 0181 (=IFO 16634=JCM 11246). NRIC 0182 in Group IV was identified as P. straminea on the basis of the high level of DNA-DNA similarity with the type strain of this species.     

西北地区甘草根瘤菌的表型多样性研究*

选用分离自西北干旱、半干旱地区的甘草根瘤菌68株和34株参比菌株,进行了113项表型性状测定,结果表明：不同地理来源、同一地理来源、甚至同一植株不同根瘤菌株在碳氮源利用、抗生素敏感性、抗逆性等方面存在着差异。部分菌株具有较强的耐盐耐碱能力,其中有5株和1株菌分别能耐受50g／L、60g／L的NaCl2有43％的菌株能在初始DH12的YMA培养基上生长。从数值分类树状图谱发现,在85．5％的相似水平上供试菌株构成了3个表观群。群I有27株菌,除4株来自陕西外,其余均来自新疆。群Ⅱ有4株菌,皆来自陕西。群Ⅲ有8株菌,6株来自陕西,2株来自宁夏,它们与R．hainanense聚在一起。而群I、群Ⅱ没有与参比菌株聚在一起,可能是新的表观群,其分类地位需进一步确定。     

我国主要生态区域绿豆慢生根瘤菌的遗传多样性和系统发育研究

利用16SrRNAPCR-RFLP、16SrRNA序列分析以及16S-23SrRNAIGS(IntergeneticSpacer)PCR-RFLP技术对分离自中国主要生态区域的44株慢生型绿豆根瘤菌和5株参比菌株进行了遗传多样性和系统发育研究。16SrRNAPCR-RFLP分析表明:在76%的相似水平上,所有供试菌株可分为三大类群:群I由LYG1等13株慢生根瘤菌组成,该群在系统发育上与B.japonicum和B.liaoningense的参比菌株存在一定的差异;群Ⅱ由XJ1等21株供试菌株、B.japonicum和B.liaoningense的代表菌株组成;群Ⅲ由10株来自广东和广西的菌株和B.elkanii的代表菌株组成。16S-23SrRNAIGSPCR-RFLP分析将供试菌株分为A、B两大群。群A由34株供试菌株、B.japonicum和B.liaoningense的代表菌株组成。在85%的相似性水平上,可再分为AⅠ、AⅡ和AⅢ3个亚群。群B由10株分离自广西和广东的菌株和B.elkanii的代表菌株组成。在85%的相似性水平上,可再分为BI和BⅡ两亚群,表现出一定的多样性。与16SrRNAPCR-RFLP相比,16S-23SrRNAIGSPCR-RFLP具有更高的解析度,供试菌株表现出更加丰富的遗传多样性。分离自中国新疆、广东和广西等地的菌株在分群上具有较为明显的地域特征。     

我国蚕豆根瘤菌的数值分类及其16S rDNA PCR-RFLP研究*

对分离自我国11个省24个地区49株蚕豆根瘤菌及11株参比菌株进行了唯一碳源、氮源、抗生素、耐逆性和酶活性等138个表型性状测定,并用M INTS软件进行聚类分析。结果表明,全部供试菌株在59%的相似水平上聚在一起,在80%的相似水平上可分为6个群。其中群4与参比菌株聚在一起,而其他5个群均由未知菌组成。进一步对36株菌进行了16S rDNA PCR-RFLP分析,在85%相似水平上供试菌可分为4个群和1个独立的分支,其聚群结果与数值分类结果有较好的一致性。表型及遗传型分析结果表明,我国蚕豆根瘤菌具有极大的多样性。     

我国蚕豆根瘤菌的数值分类及其16SrDNA PCR-RFLP研究

对分离自我国11个省24个地区49株蚕豆根瘤菌及11株参比菌株进行了唯一碳源、氮源、抗生素、耐逆性和酶活性等138个表型性状测定,并用MINTS软件进行聚类分析。结果表明,全部供试菌株在59％的相似水平上聚在一起,在80％的相似水平上可分为6个群。其中群4与参比菌株聚在一起,而其他5个群均由未知菌组成。进一步对36株菌进行了16S rDNA PCR—RFLP分析,在85％相似水平上供试菌可分为4个群和1个独立的分支,其聚群结果与数值分类结果有较好的一致性。表型及遗传型分析结果表明,我国蚕豆根瘤菌具有极大的多样性。     

Partial 16S rRNA gene sequence diversity and numerical taxonomy of slow growing pigeonpea (Cajanus cajan L Millsp) nodulating rhizobia

An investigation was carried out to determine the diversity of 30 isolates of slow growing pigeonpea nodulating rhizobia based on variations in partial sequences of the 16S rRNA gene and numerical analysis of 80 phenotypic traits. Phylogenetic analysis using molecular sequences of 23 isolates showed that ARPE1 separated from the other isolates at an average distance of >14% divergence level. The other isolates were all within 5% divergence from each other but separated into four main groups, with group 1 containing 16 of the 23 isolates. Comparisons to sequences of reference strains revealed that the group 1 isolates were phylogenetically closely related to the slow growing soybean nodulating rhizobia belonging to Bradyrhizobium elkanii, although only three of these isolates were able to nodulate soybean. Numerical analysis of phenotypic data of 19 isolates showed that 14 isolates clustered together in one branch of the phenogram, which included the group 1, group 2 and group 4 isolates from the phylogenetic analysis. The group 3 isolates were highly variable in the phenogram with similarity levels lower than 50% among these isolates.