发刊词

《菌物研究》是发表有关菌物各领域科学论文的新刊物。所谓“菌物”通常是指由真菌学家进行研究的那些生物。这些生物曾被统统划归惠特克生物五界系统中的真菌界(Fungi) ,从而与惠特克五界系统中的其他四界:原核生物界(Monera)、植物界(Plantae)、动物界(Animalia)及原生生物界(Protista)并列。然而,近年来,根据超微结构和生物化学,尤其是分子生物学证据,整个生物被重新划归原核的古菌(Archaea)和细菌(Bacteria)以及真核生物(Eucarya)共三大超界。惠特克系统中的“真菌界”被证明为一复系类群,即其全部成员来自不同祖先,从而已被重新划…     

肌动蛋白与真核生物的进化

以肌动蛋白氨基酸取代与真核生物进化年代呈线性关系为依据，收集原生生物界，真菌界，植物界和动物界等四界７４种生物的１２８个肌动蛋白序列，通过对其氨基酸序列同源性进行比较，制作出肌动蛋白的分子进化树，并依此进化树从分子水平对真核生物的进化进行一些探讨，从总体上看，肌动蛋白分子进化树较地地反映了真核生物间的进化关系，为确定某些生物的进化位置及进化关系提供了分子证据。     

中国新发现物种的时空分布

本文通过文献计量法,统计了Web of Science、中国知网、维普等数据库中所有关于中国新发现物种的文章。整理文章发表时间信息,以及文章中新发现物种的分类信息和发现地点信息,试图简要阐明这些新物种在中国地区的时空分布现状。结果表明:1958—2014年,共计整理得到新发现物种3707种,隶属于细菌界、蓝藻界、真菌界、植物界和动物界;其中动物界节肢动物门昆虫纲物种数量最多,占总数量的48%;时间分布上呈现整体增加趋势,同时伴随6个不同的高峰,尤其是2012年,新发现物种数量达到了369种的最高值;空间分布上,除细菌界和蓝藻界外,真菌界、植物界、动物界新发现物种数量最多的地区均是西南地区;植物界与动物界新发现物种的空间分布格局极为相似。     

真菌共祖起源的分子证据

以真菌界、动物界和植物界中的19种各类生物作为代表,从具有进化速率不同区段结构的核糖体核酸基因大亚基全序列的C3、C9及C11三个高度保守区段中鉴定出了4条真菌所共有的核苷酸序列,亦即真菌界所特有的核苷酸序列。从其保守区段C5中鉴定出了1条子囊菌门所特有的保守序列;从保守区段C7中鉴定出了1条担子菌门所特有的保守序列。研究结果为各类真菌起源于一个共同祖先提供了分子证据。用于研究的美味石耳的核糖体核酸基因大亚基全序列是由本实验室所提供;其他18种核糖体核酸基因大亚基全序列来自GenBank。     

真菌共祖起源的分子证据

以真菌界、动物界和植物界中的19种各类生物作为代表,从具有进化速率不同区段结构的核糖体核酸基因大亚基全序列的C3、C9及C11三个高度保守区段中鉴定出了4条真菌所共有的核苷酸序列,亦即真菌界所特有的核苷酸序列。从其保守区段C5中鉴定出了1条子囊菌门所特有的保守序列;从保守区段C7中鉴定出了1条担子菌门所特有的保守序列。研究结果为各类真菌起源于一个共同祖先提供了分子证据。用于研究的美味石耳的核糖体核酸基因大亚基全序列是由本实验室所提供;其他18种核糖体核酸基因大亚基全序列来自GenBank。     

微生物在生物系统中的地位

现在生物的分类是由瑞典植物学家Carolus Linnaeus(1707—1778)于十八世纪建立的。他将生物分为二界即植物界和动物界。但由于微生物的不断发现,其中有些微生物不适于此二界中,有些微生物类似植物,但其某些     

细菌系统发育

系统发育（Phylogeny）指生物种族的进化历史［1］。19世纪末到20世纪初,微生物学家与其它生物学家一样承认进化,认定检测细菌之间的进化关系非常重要．从Beijerinck、kluyver至VanNiel,在研究细菌的自然关系方面尽了很大努力,但其结果是光依靠表型特征达不到自然分类的目的．VanMel和他以前的学生StainierRY不得不放弃这个想法,并认为“微生物进化的主要途径可能是永远不得而知的”［2］。后来有人提出原核生物与真核生物两分叉的看法。1969年W：lllttakerPd’］提出生物的五界分类系统,即原核界、原生界、植物界、真菌界和动物…     

真菌共祖起源的分子证据

以真菌界、动物界和植物界中的19种各类生物作为代表,从具有进化速率不同区段结构的核糖体核酸基因大亚基全序列的C3、C9及C11三个高度保守区段中鉴定出了4条真菌所共有的核苷酸序列,亦即真菌界所特有的核苷酸序列.从其保守区段C5中鉴定出了1条子囊菌门所特有的保守序列;从保守区段C7中鉴定出了1条担子菌门所特有的保守序列.研究结果为各类真菌起源于一个共同祖先提供了分子证据.用于研究的美味石耳的核糖体核酸基因大亚基全序列是由本实验室所提供;其他18种核糖体核酸基因大亚基全序列来自GenBank.     

继往开来 实事实载--“中国医学真菌保藏中心”的建立和成长纪实

真菌是一种古老的生物,显微镜问世后,许兰黄癣菌就是最早发现的致病真菌,但由于真菌在自然界位置未定,直到上世纪中叶才明确它是与动物界,植物界并列的真菌（菌物）界。解放前,我国虽然也有几个兼职医学真菌学元老,但多为临床学家兼任,当从患者分离出并认定为真菌所致病,明确诊断,定下疗法,治疗患者,最后总结报告,极少有菌种保藏的研究。我国真菌界元老如杨国亮、曹松年、郭可大、张柏英等教授虽然也从国外带回一些模式菌种,但多用来作观摩对比,谈不上成立保藏中心。当一些模式菌种发生变异,即失去其保藏价值。在食品工业真菌方面尤其如此,损失更大,如众所周知的味精产生菌,最早是由我国专家学者分离出,但不幸被日本人拿走,生产出所谓“味之素（即今味精）”,反而倾销到我国,还保有专利。另外一种红曲,亦为我国独创,既是食物天然添加剂,还能发酵生产酱腐乳等,品味精美,市场价值不菲。其他如茅台,五粮液等酒曲,更是价值连城,非常宝贵。     

生物多样性数据论文发表趋势分析

近年来有关科学数据共享的呼声越来越高, 基于同行评审的生物多样性数据论文也受到越来越多的关注, 并出现了一些专门发表数据论文的数据期刊。本文总结了近年来生物多样性数据发表方面的进展, 选择两本代表性数据期刊(Biodiversity Data Journal和Scientific Data), 分析了它们自创刊以来的发文数量、涉及生物类群、文章浏览量和被引次数等指标。结果显示两本数据期刊的发文量都呈稳步增长趋势, 其生物多样性数据论文覆盖了包括动物界、植物界、真菌界在内的众多生物类群, 文章浏览量和被引次数方面也有可喜的表现, 说明数据论文正在被越来越多的研究者所接受。对文章作者国别的分析则显示了不同地区的研究者在发表生物多样性数据论文或数据共享方面的不均衡。建议相关领域的中国研究者和期刊关注生物多样性数据论文和数据共享政策, 更多地践行数据共享。     

亿年陆地先锋

<正>人们常把生长在阴湿河沟边、树干、岩石以及建筑物表面的矮小绿色植物统称为"青苔"。其实,"青苔"包含了数千种生物,仔细观察这些生物群体,会发现它们中有一大部分没有真正的根、茎、叶和五彩斑斓的花朵。这部分生物群体是低等生物,具有顽强的生命力和各不相同的独特生活形式,地衣就是其中的一个特殊生物群。地衣植物,就是真菌和藻类共生的一类特殊植物,无根、茎、叶的分化,能生活在各种环境中,被称为"植物界的拓荒先锋"。共生的真菌大多     

浅谈中国真菌研究

真菌是真核生物中一个独立的界,它们种类繁多,生活习性多样,与人类息息相关。我国真菌资源丰富,利用真菌的历史悠久。从习性、分类及物种多样性、系统进化、DNA条形码探索、对现代生物学发展的促进作用、价值与利用等方面对我国已开展的研究进行了概述。继续发现新物种,发掘并有效利用我国丰富的真菌资源,保护资源,进而实现资源的可持续利用,任重道远。     

微生物的分类

最初,科学家根据生物的形态和生理特征把地球上的生物分为动物界和植物界两类,20世纪60年代又根据细胞核的结构把生物分为原核生物和真核生物两类。微生物根据其是否有细胞可分为两大类:一大类是无细胞结构的病毒、亚病毒因子(类病毒、卫星病毒、卫星RNA、朊病毒);第二大类是细菌、放线菌、蓝细菌、支原体、衣原体、立克次氏体、螺旋体等原核生物和包括酵母菌、霉荫、蕈菌等真菌及单细胞藻类、原生动物等原生生物的真核生物。     

广东鼎湖山自然保护区生物主模式标本内容分析

为了解鼎湖山物种分类学研究的历史,采用内容分析法对采自广东鼎湖山自然保护区的生物主模式标本信息进行了分析。结果表明,鼎湖山自然保护区的生物主模式标本共含202种生物(亚种或变种),分属3界10门20纲54目104科146属,其中植物界63种、动物界68种、菌物界71种。有194份标本(另8份无采集人信息)涉及77位采集人(或其团队),有67家机构的147人参与新种命名, 67种期刊的140条文献参与新种发表, 38个国内外机构保存了200种的标本,物种在30%的科、目、采集人、第1命名人、期刊和存放地各分配了约70%的数量,呈现类似"二八定律"所述的不平衡现象。1978至1997年是标本采集并命名的高峰期,标本采集率为55.45%、标本命名率为58.91%;植物标本的采集和命名早于动物和真菌。鼎湖山物种的橱柜时间(标本采集到命名间隔的时间)平均为7.56 a,且植物的长于动物和菌物。鼎湖山主模式标本生物的物种密度比邻近保护区的要高。     

介绍“植物界的发生与发展”

现在生存在地球上的多种多样的植物是植物界历史发展的结果。我们要认识植物和改造植物,那么就必须了解植物界的发展历史,才能掌握生物发展的规律,使它们更好地满足人类生活上的需要。因此,植物界的进化问题,是每一个生物学工作者及农林业工作者最     

《菌物学报》“菌根真菌专刊”征稿通知

<正>真菌与植物关系密切、共同发展、协同进化,在自然界长期演化过程中,真菌与植物逐渐建立了共生关系。业已证实,菌根真菌与植物根系建立的共生体是生物圈内典型的互惠共生关系。菌根真菌几乎涉及真菌界所有门类。其中,丛枝菌根真菌(AMF)属于专性活体营养的共生真菌,已分离鉴定近300种,隶属球囊菌门1纲4目11科25属;外生菌根真菌隶属担子菌门、子囊菌门、接合菌门和无性态真菌,全球约5 000~6 000种,     

AM真菌生活史、遗传特性与纯培养的生物学基础

<正>丛枝菌根(AM)真菌可能是地球上最古老的通过无性繁殖后代的多核生物,属于单元类群。基于AM真菌分子特征的研究进展,Schü?ler等在真菌界(Fungi)建立一个新门——球囊菌门Glomeromycota,并提出了AM真菌最新分类系统:包括1个纲,4个目,7个科,9个属,200余种。虽然该类真菌的分类地位越来越高,但对其生活史和遗传特性了解甚微,而且目前尚未获得纯培养。     

AM真菌遗传多样性研究进展

丛枝菌根（arbuscular mycorrhiza,AM）真菌是一类专性共生多核生物,至今尚未获得纯培养,与植物根系共生后才能完成其生活史。该类真菌无性繁殖,具有独特的遗传特性,属于真菌界球囊菌门（Glomeromycota）,共有200余种。研究发现AM真菌种群间以及种群内,甚至单一孢子内都存在大量基因变异,表明该类真菌具有丰富的遗传多样性。本文总结了近年来有关AM真菌遗传多样性方面的研究进展,并讨论了存在的问题。     

庐山外生菌根真菌的分布

早在一个世纪以前,人们就发现自然界中许多高等植物与真菌存在共生关系,并把这种共生体叫做菌根（Ｍｙｃｏｒｒｈｉｚａ）,最常见的菌根分为内生菌根（Ｅｎｄｏｔｒｏｐｈｉｃｍｙｃｏｒｒｈｉｚａ）和外生菌根（Ｅｎｔｏｔｒｏｐｈｉｃｍｙｃｏｒｒｈｉｚａ）。据Ｔｒｐｐｅ的调查［１］,能够形成菌根的真菌很多,与木本植物形成外生菌根的真菌多属于伞菌、多孔菌、腹菌等计有１１目３０科９０多个属;在植物界除了水生植物和极少数陆生植物种属外都能形成菌根。我国已报道能形成外生菌根的真菌约２８个科６３个属［２．４］。庐山是…     

石耳属ITS条形码物种的快速鉴定

生物DNA条码是利用一个短的DNA标记进行生物的快速鉴定。以真菌界的石耳目、石耳科中的石耳属地衣的部分种类为材料,应用地衣共生菌的rDNA-ITS序列,对29种石耳属地衣进行鉴定,并初步探究其中部分种类特异的微型条码,为石耳属地衣的快速鉴定提供依据。