精神分裂症相关miRNA筛选及miR-320a调控ITGB1机制研究

该文研究了精神分裂症(schizophrenia,Sz)患者血清中微小RNA(micro RNA,mi RNA)水平的变化,寻找其作用靶点并进行机制探索。通过mi RNA基因芯片分析4例患者、3例治愈患者及3例健康成年人血清中mi RNA表达的差异。使用荧光定量PCR对59例患者及60例对照血清进行验证。通过生物信息学分析寻找靶点,并在血清样本中检测;最后,在细胞水平进行mi RNA调控靶点的功能研究。芯片筛选发现,mi R-320a及mi R-320b在初诊患者中呈低表达,较治愈患者和健康人有显著性差异,并在59例初诊患者和60例健康人对照血清中得到验证。生物信息学分析发现,整合素β1(integrinβ1,ITGB1)可能是mi R-320a的作用靶点。ELISA结果发现,患者血清中ITGB1的浓度比健康成年人血清中的浓度呈显著升高。细胞水平的研究发现,mi R-320a模拟物可以下调ITGB1表达,mi R-320a抑制剂可以上调ITGB1表达。荧光素酶实验证实,mi R-320a可能通过结合于ITGB1m RNA 3′UTR的特异性位点,促使m RNA降解,从而调控其表达。结果表明,mi R-320a调控ITGB1的表达可能是Sz发病过程中的重要机制,这一发现有可能为Sz的早期诊断和治疗提供新的候选靶点。     

干燥综合征合并特发性肺纤维化miRNA表达谱的变化及生物标志物的研究*

目的: 探究干燥综合征合并特发性肺纤维化患者血清中miRNA表达谱之间的差异关系。方法: 选择在云南省第一人民医院确诊为干燥综合征的3例患者作为对照组,平均年龄为(55.67±4.78) 岁,病程为(10.67±1.70)月;3例干燥综合征合并特发性肺纤维化患者作为观察组,平均年龄为(57.67±3.68) 岁,病程为(11.00±2.45) 月;6例患者均为女性。两组基本资料没有差异(P＞0.05)。利用芯片检测两组患者血清中miRNA表达谱的差异。通过GO富集分析,筛选出13个免疫细胞功能相关的聚类;表达差异明显的基因集中于免疫调节的信号通路。采用qRT-PCR验证其中5个表达有差异的miRNA。结果: 芯片检测结果共筛选出差异表达基因13个,其中6个miRNA上调:hsa-miR-6740-5p,hsa-miR-4507,hsa-miR-6775-5p,hsa-miR-4281,hsa-miR-4459,hsa-miR-6089,7个miRNA下调:hsa-miR-6873-3p,hsa-miR-4290,hsa-miR-6858-3p,hsa-miR-574-3p,hsa-miR-92b-3p,hsa-miR-3151-3p,hsa-miR-6886-3p。qRT-PCR结果验证了5个最明显的差异miRNA,结果和芯片趋势一致,差异显著,具有统计学意义。结论: 干燥综合征与干燥综合征合并特发性肺纤维化血清中miRNA表达存在差异,其中miR-6886-3p,miR-6873-3p,miR-574-3p,miR-6740-5p和miR-4507特异性和敏感度较高,可能作为干燥综合征特发性肺纤维化区别于原发性干燥综合征的生物标志物。     

肝细胞癌患者血清外泌体microRNA表达鉴定

目的:探讨肝癌细胞外泌体中差异表达的microRNAs(miRNAs)在肝细胞癌(HCC)诊断中的应用价值。方法:通过高通量测序筛选肝癌细胞外泌体中差异表达的miRNAs。实时定量PCR验证差异表达分子;检测差异表达的miRNAs在健康人(Health)、慢性乙型肝炎患者(CHB)、肝硬化患者(LC)及乙型肝炎病毒阳性的肝细胞癌患者(HCC)血清外泌体中的表达。结果:高通量测序筛选到肝癌细胞外泌体中差异表达的miRNA共88种,其中58种表达上调,30种表达下调。选择其中8种差异表达的miRNAs进行q RT-PCR验证,结果显示,此8种miRNAs在细胞上清外泌体、细胞内、癌与癌旁组织中的表达趋势与测序结果一致。miR-221-3p和miR-224-5p在HCC组外泌体中的表达水平显著高于Health组、CHB组和LC组(P0.01),miR-124-3p和let-7a-5p在HCC组外泌体中的表达水平显著低于其他各组(P0.05)。四个组中,miR-21-5p、miR-191-5p、miR-34a-5p和miR-122-5p的表达水平不存在显著性差异(P0.05)。结论:血清外泌体中的miR-221-3p、miR-224-5p、miR-124-3p和let-7a-5p可能成为肝细胞癌的候选标志物。     

大鼠运动性肌损伤特征microRNA表达及其膜损伤调控靶点的预测

本文旨在筛选大鼠运动性肌损伤(exercise-induced muscle damage,EIMD)的特征microRNA(miRNA),并预测分析特征miRNA调控膜损伤的靶点。将24只健康雄性Sprague-Dawley(SD)大鼠平均分为安静对照(C)组、运动后24 h(E24)组、运动后48 h(E48)组,采取一次间歇性离心运动(-16°下坡跑台跑)复制EIMD模型,用伊文氏蓝荧光染色法鉴定EIMD特征,用基因芯片进行差异性miRNA筛选,用RT-q PCR验证芯片检测结果后获得EIMD差异性miRNA表达谱,RT-qPCR检测EIMD膜损伤相关特征蛋白和相关通路核心分子的m RNA表达水平并预测特征miRNA的靶基因。本研究筛选出并验证了2条EIMD特征miRNA:miR-206-3p和miR-139-3p。骨架蛋白dystrophin(r=-0.68)、utrophin(r=-0.64)和MAPK信号通路核心分子JNK(r=-0.62)、ERK1(r=-0.68)均与miR206-3p呈中度负相关(P0.001),而均与miR-139-3p无显著相关。以上研究结果提示,EIMD可诱导成年大鼠腓肠肌miRNA表达谱明显改变,miR-206-3p和miR-139-3p是EIMD特征miRNA,miR-206-3p可能通过调控骨架蛋白dystrophin、utrophin和MAPK信号通路分子JNK、ERK1调控膜损伤。     

MiR-338-3p靶向调控B3GNT3抑制肺腺癌的侵袭和转移

肺腺癌是目前肺癌最常见的组织学亚型,约占肺肿瘤的一半。MicroRNAs(miRNAs)是非常短(20～24个核苷酸)的非编码RNA,miRNA的异常表达与多种人类肿瘤的进展和转移有关。本研究通过GEO数据集GSE19945查询获得肺癌中降低最显著的miRNA即miR-338-3p,并通过Kaplan-Meier Plotter(Kmplot)网站查得低表达水平的miR-338与肺腺癌病人的不良预后有关。利用qRT-PCR检测发现,miR-338-3p在肺腺癌细胞中表达降低(P0.05)。利用GV369-miR-338过表达慢病毒上调A549细胞中的miR-338,利用qRT-PCR检测过表达效率。Transwell细胞侵袭实验发现,miR-338的上调可抑制肺腺癌细胞的侵袭能力(P=0.0007)。基因预测网站分析获得miR-338-3p的靶基因-B3GNT3(β1,3-N-acetylglucosaminyltransferase-3),生物信息学数据库分析发现,B3GNT3在肺腺癌组织中升高。双荧光素酶分析验证miR-338和B3GNT3可靶向结合(P0.05)。Western印迹结果证明,过表达miR-338后B3GNT3蛋白的表达下降,且差距具有统计学意义(P0.05)。Transwell实验证明,miR-338-3p可通过靶向调控B3GNT3抑制肺腺癌细胞的侵袭和转移(P0.05)。综上,miR-338-3p在肺腺癌组织和细胞中表达降低,且miR-338-3p可靶向调控B3GNT3抑制肺腺癌的侵袭和转移。     

miR-487b在改善慢性心力衰竭中的作用机制

为了考察miR-487b在慢性心力衰竭发病过程中的作用及机制,本研究检测了miR-487b在慢性心力衰竭患者中的表达情况,通过冠状动脉左前降支结扎建立大鼠心力衰竭模型,并通过转染miR-487b模拟物和miR-487b抑制剂来调控其表达。研究发现,慢性心力衰竭患者心肌组织中mir-487b的表达水平显著低于健康人(p0.05)。此外,慢性心力衰竭模型大鼠心肌组织中miR-487b的表达也显著下调(p0.05)。上调miR-487b则有效抑制了慢性心力衰竭大鼠心肌细胞肥大,减少了胶原纤维和炎症细胞浸润程度(p0.05)。上调miR-487b还有效减少了心肌细胞凋亡(p0.05)。上调miR-487b则可显著升高大鼠心肌组织中SOD水平并降低MDA水平。采用ELISA法检测慢性心力衰竭患者和健康人血清中IL-33和ST2的水平,发现慢性心力衰竭患者和大鼠中的IL-33和ST2的水平均显著升高。此外,上调miR-487b可显著抑制IL-33和ST2mRNA和蛋白的表达。本研究表明miR-487b在慢性心力衰竭患者和大鼠中均显著下调;上调miR-487b的表达可显著改善慢性心力衰竭大鼠的心脏功能,抑制心肌纤维化和细胞凋亡,提高抗氧化能力;miR-487b可能通过抑制IL-33/ST2信号通路来发挥心脏保护作用。     

miR-138-5p靶向缺氧诱导因子1α对胰腺癌PANC-1细胞生长和转移的调节作用

目的探索miR-138-5p对胰腺癌细胞PANC-1生长、转移的影响及其相关机制。方法应用荧光实时定量PCR (real-time quantitative PCR, RT-PCR)检测miR-138-5p及其缺氧诱导因子1α(hypoxia inducible factor 1 alpha, HIF-1α)在PANC-1细胞中的表达。应用荧光素酶报告检测验证miR-138-5p与HIF-1α之间的生物学关系。通过体外试验研究miR-138-5p、HIF-1α在PANC-1细胞中的生物学功能,Western blot检测蛋白表达情况;CCK-8检测PANC-1细胞增殖能力;Transwell试验检测PANC-1细胞侵袭能力;划痕试验检测PANC-1细胞迁移能力。结果 miR-138-5p表达明显下调HIF-1α表达水平(P<0.01),生物信息学预测和荧光素酶报告试验证明miR-138-5p通过直接结合HIF-1α 3′-未翻译区域(3′-UTR)抑制HIF-1α。在PANC-1细胞中,miR-138-5p过表达可抑制HIF-1α表达及细胞增殖、侵袭、迁移,且差异有统计学意义(P<0.01)。结论 miR-138-5p结合HIF-1α 3′-UTR的沉默HIF-1α;miR-138-5p通过打靶HIF-1α而抑制胰腺癌细胞PANC-1增殖和转移。HIF-1α可能是胰腺癌的治疗靶点。     

人卵巢癌OVCAR3细胞FOXM1相关差异miRNA表达谱分析鉴定

为探究人卵巢癌OVCAR3细胞FOXM1基因敲减前后miRNA表达差异,并建立FOXM1相关miRNA差异表达谱,我们应用感染复数为20的靶向FOXM1 shRNA慢病毒颗粒及阴性对照慢病毒感染人卵巢癌OVCAR3细胞96 h,此后提取并鉴定细胞总RNA,纯化分离miRNA,应用高通量miRNA芯片技术分析2组miRNA的表达差异,并对5倍以上差异表达的miRNA进行RT-PCR验证。通过实验我们共发现34个miRNA发生表达变化,其中上调超过5倍的miRNA 4个:miR-327、miR-505、miR-1297、miR-122;下调超过5倍3个:miR-21、miR-409-3p、miR-200a,其中miR-122、miR-1297、miR-21、miR-200a等4个miRNA经RT-PCR验证为真实差异表达。这表明我们成功建立人卵巢癌OVCAR3细胞FOXM1相关miRNA差异表达谱,所筛选出的差异表达miRNA可能与FOXM1具有密切调控关系。     

miR-252-5p通过靶向调控保幼激素酸甲基转移酶基因JHAMT的表达而影响果蝇变态发育

【目的】保幼激素酸甲基转移酶(juvenile hormone acid methyl transferase, JHAMT)是保幼激素(juvenile hormone, JH)合成通路中的关键限速酶。本研究旨在筛选并验证靶向调控黑腹果蝇Drosophila melanogaster JHAMT转录表达的miRNA,揭示miRNA在JH生物合成中的作用机理。【方法】首先通过miRanda, TargetScan和microT-CDS在线网站对靶向黑腹果蝇JHAMT的miRNA进行预测,取3个网站均能预测到的miRNA作为候选靶向JHAMT的miRNA;利用双荧光素酶系统对候选miRNA与JHAMT的靶向关系进行验证;qRT-PCR检测候选miRNA与JHAMT在黑腹果蝇生长发育中的表达模式;利用qRT-PCR和果蝇GAL4-UAS系统分别检测黑腹果蝇咽侧体中超表达miRNA对JHAMT的表达以及对黑腹果蝇变态发育的影响。【结果】 miRanda, TargetScan和microT-CDS分别预测到5, 18和16个靶向JHAMT的miRNA,共同预测到4个miRNA,分别是miR-252-5p, miR-277-3p, miR-1002-5p和miR-987-5p。双荧光素酶检测结果表明,miR-252-5p mimics可显著降低野生型JHAMT 3′UTR荧光素酶报告基因载体所表达的荧光素酶活性,而JHAMT 3′UTR区中miR-252-5p结合位点突变后,该抑制作用被解除。qRT-PCR检测结果表明,miR-252-5p与JHAMT在黑腹果蝇卵、幼虫及预蛹期的转录表达模式相反。咽侧体中超表达miR-252后,可显著降低JHAMT和JH初级反应基因Kr-h1的表达水平;且表现出类似JH缺失的表型,如化蛹时间推迟、体重变轻以及蛹期死亡增加。【结论】miR-252-5p可通过靶向作用于JHAMT参与JH生物合成调控,从而影响果蝇变态发育。     

miR-30a-3p靶向ANXA1调控EB病毒阳性皮肌炎患者炎症反应的实验研究

皮肌炎(Dermatomyositis,DM)是一种主要影响皮肤和肌肉的自身免疫性疾病,EB病毒(Epstein-Barr virus,EBV)感染可能在皮肌炎的发生扮演着重要的角色。为了探讨miR-30a-3p通过靶向膜联蛋白A1(Annexin A1,ANXA1)调控EBV阳性皮肌炎患者炎症反应的机制,本研究通过qRT-PCR检测外周血样本和外周血单核细胞(Peripheral blood mononuclear cells,PBMCs)中miR-30a-3p和ANXA1 mRNA的表达;通过ELISA分析外周血样本和PBMCs中相关炎症因子(IL-1β、IL-17、TNF-α)的表达;通过生物信息学软件预测miR-30a-3p的靶基因并通过双荧光素酶报告实验确定二者之间的结合作用。结果显示:与对照组相比,在皮肌炎患者外周血样本中miR-30a-3p、IL-1β、IL-17、TNF-α表达显著上调(P0.05);与对照组相比,EBV组中miR-30a-3p、IL-1β、IL-17、TNF-α表达显著上调(P0.05);与对照组相比,miRNA mimics组中miR-30a-3p、IL-1β、IL-17、TNF-α表达显著上调(P0.05);生物信息学分析显示ANXA1是miR-30a-3p的靶标,与对照组相比,miRNA mimics组miR-30a-3p可以与ANXA1 3'UTR区域结合并特异性抑制ANXA1的表达;与oe-NC+miRNA mimics组相比,在oe-ANXA1+miRNA mimics组中ANXA1的表达是可以挽救miR-30a-3p所抑制的ANXA1表达,进而抑制PBMCs中相关炎症因子的表达。从而得出结论:miR-30a-3p通过靶向抑制ANXA1表达,进而促进PBMCs中相关炎症因子的表达以及皮肌炎炎症反应的发生。     

胆囊结石患者血清microRNA表达谱及其意义

目的:建立胆囊结石患者与健康人的血清microRNA(miRNA)表达谱,并分析其差异miRNA功能。方法:收集解放军总医院诊治的胆囊结石患者的血清(试验组)及健康人的血清(对照组),采用miRNA测序技术,建立胆囊结石患者的miRNA表达谱,并通过qPCR技术验证其差异miRNA,利用生物信息学技术预测其差异miRNA的生物功能。定量资料以x±s描述,两组数据间比较采用t检验。结果:试验组与对照组miRNA表达谱序列分别为14 899 245和11 783 121个,miRNA种类分别为686和633个,其差异表达miRNA为16个,均为下调。GO分析显示差异miRNA的靶基因在细胞过程上富集于细胞转化、生物调节和代谢过程等,在细胞组成上富集于细胞成分和细胞器成分等,在分子功能上富集于结合和活性催化等;KEGG功能分析显示差异miRNA的靶基因主要参与环腺苷酸、催产素、生物节律等代谢通路。利用qPCR方法验证miR-1228、miR-1249、miR-3614和miR-766在2组间差异趋势与测序结果基本一致,其中miR-1228、miR-3614和miR-766在2组间存在统计学差异,而miR-1249无统计学差异。结论:血清中的差异miRNA在胆囊结石的形成中可能发挥重要作用,其对胆囊结石疾病的防治具有重要意义。     

MicroRNA与变应性鼻炎

在变应性鼻炎(allergic rhinitis,AR)发病的免疫细胞分化及免疫应答过程中,micro RNA(miRNA)发挥着非常重要的调控作用。本文旨在对AR中miRNA研究进行回顾,以期为AR的有效治疗提供新的视角。首先,变应性鼻炎患者鼻粘膜中miR-7和miRPlus-E1194等差异表达。其次,在T辅助细胞发育、分化与活化过程中,miR-181a、miR-155、miR-21、miR-1、miR-31、miR-223、miR-139-3p、miR-126、Let-7家族成员会发生显著上调或下降,而且某些miRNA的相关作用靶点也得到验证。再次,嗜酸粒细胞定向分化祖细胞向成熟嗜酸粒细胞的分化过程中,miR-21和miR-223都有所上调。最后,在肥大细胞激活和脱颗粒过程中,miR-221和miR-222以及其他miRNA显著上调。以上miRNA参与了T辅助细胞分化与活化、嗜酸粒细胞发育、肥大细胞脱颗粒等AR病理进程的各个环节,而且,miRNA还会参与前期的抗原提呈等环节。可见miRNA对AR调控呈现出复杂性和多重性。     

miR-615-3p是胃癌诊断和预后的潜在标志物

miR-615-3p是miRNA家族的一员。为了探讨miR-615-3p在胃癌诊断和预后中的作用,我们应用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法检测了35例胃癌组织(13例低分化,22例中高分化)及良性胃病组织,以及此35例患者的治疗前血清及35例健康体检者血清中miR-615-3p的相对表达情况,分析了其和胃癌的临床病理因素之间的关系,计算其用于区分胃癌和健康人群的灵敏度、特异度。检测数据显示,低分化胃癌组中miR-615-3p的水平显著高于良性病变组及中高分化胃癌组(p0.01),而在中高分化胃癌组的表达水平与良性病变组比较差异无统计学意义(p0.05)。低分化和中高分化胃癌患者血清中miR-615-3p的水平均显著高于健康组(p0.01),低分化胃癌患者血清中miR-615-3p的水平显著高于中高分化胃癌血清组(p0.01)。miR-615-3p的表达水平与胃癌患者的性别、年龄无关(p0.05),与病理类型、TNM分期相关(p0.05)。miR-615-3p受试者的工作特征曲线下面积为0.803(95%CI(0.707,0.906)),与A=0.5比较,差异有统计学意义。以上结论表明,miR-615-3p的表达水平与胃癌组织的分化和分期呈正相关,检测组织和血清中miR-615-3p的水平对胃癌有较高的诊断价值。miR-615-3p可作为胃癌诊断、预后的潜在标志物。     

miR-305-3p和miR-71-5p通过调控谷胱甘肽代谢途径参与斜纹夜蛾应对植物次生物质

昆虫和植物在长期进化过程中形成相互作用的关系。其中植物次生物质是植物防御昆虫的主要机制,而昆虫则以解毒酶来应对。为了发现可用于害虫防治的miRNA,通过对农业害虫斜纹夜蛾Spodoptera litura进食芥菜Brassica juncea后中肠的测序分析,获得了一系列差异表达的miRNA。通过生物信息学分析,发现斜纹夜蛾miR-305-3p靶向了谷胱甘肽代谢中的谷氨酸半胱氨酸连接酶的催化亚基(Slgclc),这是一个谷胱甘肽从头合成的限速酶;而miR-71-5p靶向调控gclc和解毒酶表达的转录因子SlNrf2。用芥菜的次生物质吲哚-3-甲醇处理斜纹夜蛾Spli-221细胞株后,实时荧光定量PCR证明Slgclc和SlNrf2表达上调,miR-305-3p和miR-71-5p表达下调。分别在斜纹夜蛾Spli-221细胞中超表达miR-305-3p及miR-71-5p mimics,Slgclc或SlNrf2转录水平下调,并且miR-71-5p mimic处理抑制了SlNrf2下游基因Slgclc和解毒酶谷胱甘肽S-转移酶(GSTs)的表达。结果表明:miR-305-3p和miR-71-5p响应植物次生物质而分别促进Slgclc和SlNrf2表达。然而双荧光素酶实验显示miR-305-3p并不与Slgclc直接结合,miR-71-5p也不与SlNrf2直接结合,推测miR-305-3p和miR-71-5p可能间接调控Slgclc和SlNrf2的表达。研究结果表明,斜纹夜蛾miR-305-3p和miR-71-5p通过调控解毒酶GSTs表达及其底物谷胱甘肽的生成,而参与昆虫抵抗植物次生物质。     

探究靶向FTO下调的miRNA及其对乳腺癌细胞生物学行为的调节

该文筛选了靶向抑制FTO的miRNA并探究其乳腺癌细胞生物学行为的影响。通过生物信息学的方法筛选出了影响乳腺癌患者生存的m6A去甲基化酶FTO后,再通过CCK-8实验验证了FTO的下调能够抑制乳腺癌细胞的增殖,随后预测出靶向FTO的miRNA—miR-504-5p,RT-qPCR和Western blot实验检测了乳腺癌细胞MCF-7和MDA-MB-231中miRNA-504-5p对FTO表达水平的影响,双荧光素酶报告基因实验验证了miRNA-504-5p与FTO的结合关系,采用CCK-8、Transwell小室实验、流式细胞术等探究了miRNA-504-5p mimic(类似物)通过调控FTO对乳腺癌细胞增殖、迁移、凋亡和细胞周期的影响。实验结果表明,低表达FTO的乳腺癌患者相较于高表达FTO的乳腺癌患者具有更高的生存概率,miRNA-504-5p作为潜在的靶向FTO的miRNA,能够在mRNA与蛋白水平抑制FTO的表达,并且miR-504-5p在FTO 3'-UTR的5 927–5 933位点处与FTO靶向结合,miR-504-5p能通过下调FTO抑制乳腺癌细胞的增殖与迁移并促进乳腺癌细胞的凋亡,使细胞阻滞在G_0/G_1期。综上所述,该研究发现了miR-504-5p能下调FTO的表达,抑制乳腺癌细胞的增殖与迁移,促进乳腺癌细胞的凋亡,使乳腺癌细胞的细胞周期阻滞。这可以为乳腺癌的分子机制探究与治疗提供潜在的参考价值。     

关于miR-223在慢性乙型肝炎患者外周血中的表达及其生物学作用的研究

观察CHB患者与健康人群外周血microRNA(miRNA)差异表达谱,寻找具有抗HBV能力的miRNA.用高通量测序对CHB患者(C组)和健康对照人群(N组)各3例外周血样本进行检测,筛选差异表达的miRNA后进行qRT-PCR验证,并在细胞模型中转染miRNA mimic后,ELISA实验观察对HBsAg和HBeAg水平的影响.测序结果共1028个基因,其中上调的基因有27个,下调的基因有20个,无明显差异的基因981个(log2FC＜-0.585且P＜0.05为标准),取FC改变最显著的5个miRNAs进行扩大样本量qRT-PCR验证,发现只有miR-223表达水平下降83％,与芯片结果保持一致.与未转染相比,在HepG2.2.15细胞中转染miR-223 mimic后,miR-223表达水平上升5.81倍,而HBsAg和HBeAg分泌分别下降了 42％和34％,P＜0.05;而转染阴性对照的miR-223表达水平及HBsAg和HBeAg分泌无明显改变,P＞0.05.miR-223在CHB患者外周血中的表达显著下降,基于miR-223高表达的新型药物有可能对HBV有较好的抗病毒作用.     

miRNA调控恶性黑色素瘤细胞上皮-间充质转化的分子网络及机制

黑色素瘤是一种极易发生转移的恶性皮肤肿瘤,具有高度的致死性。上皮-间充质细胞转化(Epithelial-mesenchymal transition, EMT)在胚胎发育过程中起到非常重要的作用,同时在肿瘤的发生和恶化过程中也扮演着重要的角色。miRNA具有广谱的调节能力,对于肿瘤发生和EMT形成都能产生不同程度的影响。本文整合黑色素瘤细胞系转录组和miRNA组测序数据,在转录组数据中筛选得到参与肿瘤EMT过程的基因,通过Mirsystem软件预测并从miRNA组数据中筛选出与之负相关的11个miRNA,包括miR-130a-3p、miR-130b-3p、miR-125a-5p、miR-30a-3p、miR-195-5p、miR-345-5p、miR-509-3-5p、miR-374a-5p、miR-509-5p、miR-148a-3p和miR-330-3p。经过生物信息学分析miRNA靶基因富集的分子网络和信号途径,发现了两个与细胞发育和细胞间相互作用密切相关的网络,以及多个参与调控EMT过程的信号通路。对11个miRNA进行分子生物学验证,发现miR-195-5p、miR-130a-3p、miR-509-5p和miR-509-3-5p共4个可以调节重要肿瘤基因的miRNA。本研究运用mRNA和miRNA两种转录组的测序数据筛选EMT相关miRNA的方法,为肿瘤多组学数据整合分析提供了新的研究思路,并以期能为肿瘤精准基因组学的发展发挥重要的推进作用。     

miR-32在非小细胞肺癌中的表达

目的:基于芯片数据库分析的基础上,探讨miR-32在非小细胞肺癌患者中的表达水平。方法:在GEO和Array Expression数据库中搜索关键词"microRNA和肺癌"检索出两个样本量最大的芯片数据,分别是GEO数据库中编码为GSE61741和Array Expression数据库中编码为E-TABM-22的芯片数据,对两组数据进行分析找出有差异的microRNA。另外收集2010.02-2012.09期间在吉林大学附属中日联谊医院胸外科进行肺癌手术切除的32名患者的肺癌组织及配对的癌旁正常肺组织标本,检测标本中miR-32的表达水平。结果:综合分析GSE61741和E-TABM-22的芯片数据发现有共同差异的microRNA共有8个,其中上调的有2个,分别是hsa-miR-192与hsa-miR-197,下调的有6个,分别是hsa-miR-126、hsa-miR-199b-3p、hsa-miR-219-1-3p、hsa-miR-26a、hsa-miR-32与hsa-miR-9。为了进一步探讨miR-32在癌症中的作用,我们对GSE61741中其他癌症患者及健康者血浆中miR-32的芯片数据进行分析,发现miR-32在结肠癌、神经胶质瘤、肾癌、前列腺癌、Wilm's瘤中的表达水平均显著低于健康者(P0.01)。对32例及E-TABM-22芯片数据中65例NSCLC患者癌及配对的癌旁正常肺组织中miR-32的表达水平分析发现癌组织中miR-32的表达水平显著下调(P0.001)。结论:miR-32在非小细胞肺癌组织中低表达,提示miR-32可能为新的NSCLC诊断标记分子。     

miR-486-3p靶向调控BMPR2影响BMP信号通路增加室间隔缺损的患病风险

该研究发现在正常心脏发育窗口期和人胚胎干细胞向心肌细胞分化的早期,miR-486-3p低表达。但在室间隔缺损(ventricular septal defect,VSD)流产胎儿的心脏组织中对比匹配的对照心脏组织显著高表达。miR-486-3p在C57BL/6小鼠的心肌、室间隔组织中高表达。过表达miR-486-3p显著抑制细胞增殖,下调上皮细胞标志物表达,上调间充质细胞标志物表达,促进细胞迁移。借助生物信息学分析和小鼠模型,鉴定了43个候选靶基因。qRT-PCR、蛋白免疫印迹和双荧光素酶报告基因实验验证了靶基因BMPR2。miR-486-3p抑制BMP信号通路活性,下调BMP信号通路下游靶基因mRNA水平。综上,该研究表明,miR-486-3p通过靶向下游基因BMPR2,抑制BMP信号通路信号,从而促进VSD发生,该研究为VSD的诊疗新方案提供了理论依据。     

miR-506-3p通过上调SDAD1促进结直肠癌细胞HT-29的凋亡

[目的]探讨miR-506-3p是否靶向SDAD1并调控结直肠癌细胞HT-29凋亡的发生。[方法]通过TargetScan在线分析miR-506-3p与SDAD1的匹配度,利用双荧光素酶报告系统检测miR-506-3p与SDAD1的结合。进一步过表达与干扰miR-506-3p,通过Western Blot法检测SDAD1及凋亡标志蛋白的表达情况,通过Annexin-V染色检测结直肠癌细胞HT-29的凋亡水平。[结果]miR-506-3p可以与SDAD1的3′端非编码689-692区域靶向结合。过表达miR-506-3p后,SDAD1与凋亡标志蛋白Cleaved-caspase 3和Cleaved-caspase 9的表达量上升,结直肠癌细胞HT-29的凋亡水平显著上升。干扰miR-506-3p后,SDAD1、凋亡标志蛋白Cleaved-caspase 3和Cleaved-caspase 9的表达量下降,结直肠癌细胞HT-29的凋亡水平显著下降。[结论]miR-506-3p可以靶向结合SDAD1从而上调其表达,而SDAD1是结直肠增殖、凋亡相关基因,miR-506-3p通过上调SDAD1促进结直肠癌细胞HT-29的凋亡。提示miR-506-3p的表达可能作为SDAD1靶向RNA反映结直肠癌的增殖,与结直肠癌的发生、进展相关,进一步探究miR-506-3p抑制剂在结直肠癌患者治疗方面的应用具有良好的临床应用前景。