人脑胶质瘤细胞中GDNF 基因启动子1 区甲基化状态的研究

目的:观察GDNF启动子1区在人脑胶质瘤细胞中的甲基化修饰状态,以期探讨其对于GDNF在胶质瘤中高表达的影响。方法:基因测序检测10例胶质瘤与5例正常脑组织中GDNF基因序列,比较其基因是否有突变发生;重亚硫酸盐修饰后基因测序检测20例胶质瘤(10例低级别和10例高级别)与5例正常脑组织中GDNF启动子1区甲基化修饰状态。结果:GDNF启动子1区基因在胶质瘤中没有发生突变;GDNF启动子1区甲基化修饰在正常脑组织、低级别、高级别中发生率分别为72.25%、86.25%、86.75%。在胶质瘤中的甲基化修饰水平比正常脑组织明显增高(P<0.05),而高低级别之间无显著性差异。结论:在胶质瘤细胞中,GDNF启动子1区发生了高甲基化修饰,这种修饰很可能会影响GDNF基因的表达。     

Differential SELEX in Human Glioma Cell Lines

The hope of success of therapeutic interventions largely relies on the possibility to distinguish between even close tumor types with high accuracy. Indeed, in the last ten years a major challenge to predict the responsiveness to a given therapeutic plan has been the identification of tumor specific signatures, with the aim to reduce the frequency of unwanted side effects on oncologic patients not responding to therapy. Here, we developed an in vitro evolution-based approach, named differential whole cell SELEX, to generate a panel of high affinity nucleic acid ligands for cell surface epitopes. The ligands, named aptamers, were obtained through the iterative evolution of a random pool of sequences using as target human U87MG glioma cells. The selection was designed so as to distinguish U87MG from the less malignant cell line T98G. We isolated molecules that generate unique binding patterns sufficient to unequivocally identify any of the tested human glioma cell lines analyzed and to distinguish high from low or non-tumorigenic cell lines. Five of such aptamers act as inhibitors of specific intracellular pathways thus indicating that the putative target might be important surface signaling molecules. Differential whole cell SELEX reveals an exciting strategy widely applicable to cancer cells that permits generation of highly specific ligands for cancer biomarkers.     

喉鳞癌Apaf-1基因表达及启动子区甲基化研究

喉鳞癌细胞存在多种癌基因和抑癌基因异常,Apaf-1(apoptotic protease activating factor-1)基因是诱导细胞凋亡的肿瘤抑制基因。为探讨Apaf-1基因在喉鳞癌发生中的作用,应用半定量PCR方法分析Apaf-1的表达,用比较基因组杂交(Comparative Genomic Hybrodization,CGH)和杂合性丢失(Loss of Heterozygosity,LOH)分析方法对喉鳞癌病人Apaf-1基因所在的12q22—23区域缺失情况进行研究．并用甲基化特异PCR对该基因启动子区甲基化情况进行了分析。结果表明：11例喉鳞癌组织出现Apaf-1 mRNA表达明显下调,占40．7％(11／27),而6例良性喉肿瘤未发现缺失或下调;CGH分析发现,18例喉鳞癌仅发现2例存在12q22-23区域缺失,未发现扩增;LOH分析发现,72例喉癌组织Apaf-1基因的5个多态位点LOH发生频率低,分别为18．2％(D12S346)、13．9％(D12S1706)、18．2％(D12S327)、22．2％(D12S1657)和16．6％(D12S393),11例出现Apaf-1 mRNA下调的喉癌组织均检测到启动子区甲基化,而16例Apaf-1 mRNA表达未下调者仅1例有甲基化,两者有显著差异(x^2检验,P=0．0001)。通过以上结果,首次证实Apaf-1基因与喉鳞癌相关,在喉鳞癌中Apaf-1基因缺失发生率低．提示启动子区甲基化是该基因失活的首要机制。     

人HTR1E基因在不同细胞系和多种组织中的表达及其功能

人的HTR1E基因是五羟色胺受体（HTR）家族中的一员．这个家族里面的基因都和精神分裂症、抑郁症以及人的自杀活动有关．但是对于其具体的作用机制目前研究不多．采用实时定量PCR方法分析了HTR1E基因在各个组织和不同细胞系中的表达情况．亚细胞定位发现HTR1E位于细胞膜上,萤光素酶实验分析确定HTR1E可以抑制原癌基因erbB2启动子的转录活性．这些研究结果为进一步研究HTR1E基因在疾病发生中的作用奠定了一定的基础．     

DNA甲基化抑制鼻咽癌细胞系膜联蛋白A1基因表达

为了研究不同分化程度和转移潜能鼻咽癌(NPC)细胞系膜联蛋白A1(ANXA1)mRNA和蛋白质表达情况及其与基因甲基化的关系．培养NPC细胞系CNE1、CNE2、5-8F、6-10B和永生化非癌性人鼻咽黏膜上皮细胞NP69细胞用于实验,用甲基化特异性聚合酶链反应(MSP)方法检测ANXA1基因甲基化状态,同时利用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法检测ANXA1基因的mRNA表达水平．然后用不同浓度的5-杂氮-2′-脱氧胞苷(5-aza-2dC)对NPC细胞进行去甲基化处理,MSP和RT-PCR方法检测处理组和对照组细胞ANXA1基因甲基化状况和mRNA表达水平,并用Western-blotting方法检测ANXA1基因蛋白质表达水平．结果发现,NP69细胞ANXA1基因无甲基化,4株NPC细胞系ANXA1基因都存在不同程度的甲基化,甲基化程度与细胞的分化程度和转移潜能相关．NPC细胞ANXA1基因mRNA表达水平降低,低于NP69细胞,其降低的程度与基因的甲基化程度相关．5-aza-2dC能够剂量依赖性地引起ANXA1基因去甲基化,经去甲基化处理后,NPC细胞系ANXA1基因的mRNA和蛋白质的表达水平相应提高．研究证明,NPC细胞系ANXA1基因的mRNA和蛋白质表达水平出现下调,甲基化是导致表达下调的主要原因,5-aza-2dC去甲基化处理能够恢复ANXA1基因的表达水平．     

人TNFAIP1 基因在常见细胞系中的表达

TNFAIP1蛋白是第一个被鉴定受肿瘤坏死因子α诱导的蛋白,TNFAIP1 蛋白可能参与DNA复制、合成、细胞凋亡以及人类各种疾病的发生等重要过程,但对该基因确切功能和作用机制研究不多.该文利用实时定量PCR的方法检测该基因在几种常见细胞系的表达情况,发现在COS7以及NIH3T3细胞系中高表达,而在HeLa、HepG2、SW480、PanC1、MCF7等癌细胞系中低表达.由此推测TNFAIP1可能在癌症的发生中起到一定的作用.如果把TNFAIP1 基因克隆到真核表达载体pCMV-Myc中,转染到HeLa细胞系中,发现过表达TNFAIP1 可促进HeLa细胞的凋亡.     

hSef基因在不同人组织和细胞系的表达分布

将人源Sef蛋白胞内区编码序列与GST融合构建原核表达质粒进行重组蛋白的表达与纯化并制备多抗 .在COS 7细胞中转染表达hSef显示 ,其分子量分别为 80kD ,10 0kD ,比体外翻译的分子量偏大 ,提示可能有糖基化存在 .Northern印迹的结果表明 ,hSefmRNA主要分布在人肾和睾丸组织 .RT PCR检测到hSefmRNA在众多细胞系有广泛存在 .免疫组化的结果显示 ,hSef蛋白在人肾和睾丸及相应癌组织表达水平较高 .     

5-Aza-CdR对胶质瘤细胞生长及LRRC4基因异常甲基化的影响

LRRC4是一个新发现的胶质瘤抑瘤基因,它在多种胶质瘤细胞系和胶质瘤组织表达缺失或下调,前期研究结果表明胶质瘤细胞和组织中LRRC4的编码区未发生突变、缺失或重排.为了获得LRRC4作为胶质瘤抑瘤基因的进一步证据,采用去甲基化制剂5-Aza-CdR处理LRRC4表达缺失的SF126和SF767胶质瘤细胞,MSP和RT-PCR检测表明,LRRC4的启动子在表达缺失的SF126和SF767细胞存在完全的甲基化,而5-Aza-CdR能逆转LRRC4启动子的甲基化状态,恢复LRRC4的表达.MTf法测定显示,5-Aza-CdR使SF126和SF767胶质瘤细胞增殖受到明显抑制,并呈时间和剂量的依赖性.同时流式细胞仪检测显示,5-Aza-CdR使SF126和SF767胶质瘤细胞周期阻滞于G0/G1期.因此,5-Aza-CdR能抑制胶质瘤细胞SF126和SF767增殖并干扰其细胞周期,LRRC4启动子异常甲基化足其在胶质瘤细胞中表达缺失的重要机制,5-Aza-CdR能逆转LRRC4基因的甲基化,恢复LRRC4的表达,为LRRC4作为胶质瘤去甲基化治疗的靶标提供了科学依据.     

骨肉瘤中RASSF1A基因的甲基化状态研究

目的:分析骨肉瘤组织中RASSF1A基因甲基化状况。方法:运用甲基化特异性PCR(MSP)分别检测44例骨肉瘤组织及相应的癌旁组织中RASSF1A基因启动子甲基化状态并分析其临床病理意义。结果:骨肉瘤组织中RASSF1A基因异常甲基化率(61.4%)显著高于癌旁正常骨组织中RASSF1A基因的异常甲基化率(20.5%),二者之间差异具有统计学意义(P<0.05)。RASSF1A基因异常甲基化导致组织中RASSF1A基因mRNA和蛋白表达水平均显著降低。另外,RASSF1A基因异常甲基化和肿瘤组织分化程度及全身有无转移情况有相关性(P值分别为0.022和0.016),而与患者年龄、性别、肿瘤位置及大小等临床特征无关(P值分别为0.6944,0.977,0.786和0.831)。结论:RASSF1A基因启动子高甲基化可能是导致其在骨肉瘤中表达水平降低的分子机制之一,有望成为骨肉瘤早期辅助诊断的一个重要分子标志物。     

骨肉瘤中RASSF1A基因的甲基化状态研究

目的：分析骨肉瘤组织中RASSF1A基因甲基化状况。方法：运用甲基化特异性PCR（MSP）分别检测44例骨肉瘤组织及相应的癌旁组织中RASSF1A基因启动子甲基化状态并分析其临床病理意义。结果：骨肉瘤组织中RASSF1A基因异常甲基化率（61.4%）显著高于癌旁正常骨组织中RASSF1A基因的异常甲基化率（20.5%）,二者之间差异具有统计学意义（P〈0.05）。RASSF1A基因异常甲基化导致组织中RASSF1A基因mRNA和蛋白表达水平均显著降低。另外,RASSF1A基因异常甲基化和肿瘤组织分化程度及全身有无转移情况有相关性（P值分别为0.022和0.016）,而与患者年龄、性别、肿瘤位置及大小等临床特征无关（P值分别为0.6944,0.977,0.786和0.831）。结论：RASSF1A基因启动子高甲基化可能是导致其在骨肉瘤中表达水平降低的分子机制之一,有望成为骨肉瘤早期辅助诊断的一个重要分子标志物。     

宫颈癌患者血浆中E-钙黏着蛋白基因启动子区的甲基化状态

肿瘤细胞可以释放DNA进入患者的血浆/血清中,并可作为无创伤性诊断肿瘤的标记物。采用甲基化特异性聚合酶链式反应(MS-PCR)结合亚硫酸盐测序法对151例宫颈癌患者血浆和对应的30例组织中E-钙黏着蛋白基因启动子区甲基化状态进行检测,并与化学发光法检测患者血清的鳞状上皮癌抗原(SCC)相比较,发现此方法的灵敏度为40.39%,特异性为100%,正确性为49.72%,血浆和组织的符合率为76.67%。宫颈炎、子宫肌瘤和正常人的血浆中均未检测到甲基化状态的存在。随着临床分期和组织学分级的增加,E-钙黏着蛋白基因甲基化的检出率也在逐渐增加,与SCC结果相比,MS-PCR方法在早期和恶性度高的宫颈癌中的诊断效果良好。使用E-钙黏着蛋白基因作为分子标记可以对宫颈癌患者进行无创伤性早期诊断和预后的评估。     

原发性肝癌ATM基因启动子甲基化及其与放疗疗效的相关性

为探究原发性肝癌(hepatocellular carcinoma, HCC)共济失调-毛细血管扩张突变基因(ataxia-telangiectasia mutated gene, ATM)启动子甲基化情况,分析其与临床特征的关系及与放疗疗效的相关性,采用甲基化特异性PCR法(methylation-specific PCR, MSP)检测50对肝癌手术标本及相应的癌旁肝组织标本、20例正常肝组织、38例局部中晚期肝癌肝穿刺标本的ATM基因启动子甲基化状态,并采用BSP (bisulfite sequencing PCR)测序法对样本的甲基化状态进行验证,分析ATM基因启动子甲基化状态与患者临床特征的关系及与放疗疗效的相关性。结果发现, 88例肝癌组织中ATM基因启动子甲基化率为39.8%(35/88),其中38例肝癌肝穿刺标本有42.1%(16/38)存在ATM基因启动子甲基化, 50例肝癌手术标本有38%(19/50)存在ATM基因启动子甲基化,相应癌旁肝组织只有8.0%(4/50)存在ATM基因启动子甲基化;正常肝组织未发现有ATM基因启动子甲基化, ATM基因启动子甲基化在肝癌组织中的发生率与癌旁肝组织、正常肝组织相比差异具有统计学意义(χ2=24.818,P0.05)。此外,存在ATM基因启动子甲基化的局部中晚期肝癌患者的放疗疗效显著优于无甲基化的病例(χ2=5.955,P=0.015), ATM基因启动子甲基化状态与肝癌放疗疗效呈显著正相关关系(r=0.396, P=0.014)。实验结果表明原发性肝癌ATM基因启动子存在异常甲基化, ATM基因启动子甲基化状态与肝癌放疗疗效关系密切,可为筛选放射敏感差异病人提供新的思路。     

白血病患者骨髓中RASSFlA基因启动子甲基化状态及其临床意义

目的：通过检测各类型白血病骨髓中RASSFlA基因启动子区甲基化水平,探讨其对白血病分型的临床检测意义。方法：抽选93例不同类型白血病患者（观察组）予以甲基化特异性PCP（MSP）方法进行骨髓RASSFlA基因甲基化状态检测,研究不同类型白血病甲基化状态差异,同期抽选93例非白血病者为对照研究（对照组）。结果：观察组中有13例（13．98％）检测到RASSFlA基因甲基化,而对照组中RASSFlA基因甲基化率为0％,比较差异显著（P〈0．05）。不同类型白血病RASSFlA甲基化率比较：淋巴系显著高于髓系（P〈O．05）,急性与慢性白血病比较差异无显著性（P〉0．05）。结论：白血病骨髓中MSP法检测存在RASSFlA甲基化;而RASSFlA基因在淋巴系白血病中的甲基化概率明显增高,因此,对RASSFlA进行甲基化检测有可能作为白血病临床诊断分型的生物学指标之一。     

Cysteine Dioxygenase 1 Is a Tumor Suppressor Gene Silenced by Promoter Methylation in Multiple Human Cancers

The human cysteine dioxygenase 1 (CDO1) gene is a non-heme structured, iron-containing metalloenzyme involved in the conversion of cysteine to cysteine sulfinate, and plays a key role in taurine biosynthesis. In our search for novel methylated gene promoters, we have analyzed differential RNA expression profiles of colorectal cancer (CRC) cell lines with or without treatment of 5-aza-2′-deoxycytidine. Among the genes identified, the CDO1 promoter was found to be differentially methylated in primary CRC tissues with high frequency compared to normal colon tissues. In addition, a statistically significant difference in the frequency of CDO1 promoter methylation was observed between primary normal and tumor tissues derived from breast, esophagus, lung, bladder and stomach. Downregulation of CDO1 mRNA and protein levels were observed in cancer cell lines and tumors derived from these tissue types. Expression of CDO1 was tightly controlled by promoter methylation, suggesting that promoter methylation and silencing of CDO1 may be a common event in human carcinogenesis. Moreover, forced expression of full-length CDO1 in human cancer cells markedly decreased the tumor cell growth in an in vitro cell culture and/or an in vivo mouse model, whereas knockdown of CDO1 increased cell growth in culture. Our data implicate CDO1 as a novel tumor suppressor gene and a potentially valuable molecular marker for human cancer.     

Specific Levels of DNA Methylation in Various Tissues, Cell Lines, and Cell Types of Daucus carota

The level of DNA methylation in Daucus carota was found to be tissue specific, but no simple correlation between developmental stage or age of tissue and the level of DNA methylation was found. Among three different suspension culture lines from the same variety grown under identical conditions, large differences in the level of DNA methylation were observed. The highest and lowest levels were found in two embryogenic cell lines originating from the same clone. Suspension cells from one of the embryogenic cell lines were fractionated into three morphologically defined cell types using Percoll gradient density centrifugation, and the uniformity of these fractions was evaluated by image analysis. The three cell types showed different levels of DNA methylation. The lowest level was found in the fraction containing the precursor cells of somatic embryos.     

白血病患者骨髓中RASSF1A基因启动子甲基化状态及其临床意义

目的:通过检测各类型白血病骨髓中RASSF1A基因启动子区甲基化水平,探讨其对白血病分型的临床检测意义。方法:抽选93例不同类型白血病患者(观察组)予以甲基化特异性PCP(MSP)方法进行骨髓RASSF1A基因甲基化状态检测,研究不同类型白血病甲基化状态差异,同期抽选93例非白血病者为对照研究(对照组)。结果:观察组中有13例(13.98%)检测到RASSF1A基因甲基化,而对照组中RASSF1A基因甲基化率为0%,比较差异显著(P0.05)。不同类型白血病RASSF1A甲基化率比较:淋巴系显著高于髓系(P0.05),急性与慢性白血病比较差异无显著性(P0.05)。结论:白血病骨髓中MSP法检测存在RASSF1A甲基化;而RASSF1A基因在淋巴系白血病中的甲基化概率明显增高,因此,对RASSF1A进行甲基化检测有可能作为白血病临床诊断分型的生物学指标之一。     

Calmodulin-Binding Proteins in Human Y-79 Retinoblastoma and HTB-14 Glioma Cell Lines

The Y-79 human retinoblastoma cell line has been used as a model system for studying differentiation of primitive neuroectodermal cells into either glial-like (glial fibrillary acidic protein positive) or neuron-like (neuron-specific enolase-positive) cells. To determine whether Y-79 retinoblastoma cells express neuronotypic calmodulin-binding proteins, Y-79 cells were either treated with butyrate or dibutyryl cyclic AMP (dbcAMP) in serum-containing medium or were maintained in serum-free media. Using a biotinylated calmodulin blot overlay technique, we found that Y-79 cells treated with dbcAMP or butyrate expressed low levels of membrane-bound calmodulin-binding proteins of 150, 147, 127, and 126 kilodaltons (kDa); butyrate-treated cells also expressed a calmodulin-binding peptide of 135 kDa. Since butyrate treatment of Y-79 cells induces the expression and the secretion of interphotoreceptor retinoid-binding protein (IRBP, 140 kDa), we tested the hypothesis that the calmodulin-binding protein of 135 kDa induced by butyrate treatment was IRBP. Purified bovine IRBP did not bind calmodulin; further, the 135-kDa calmodulin binding protein was not immunoreactive with antisera directed against IRBP. Since dbcAMP and butyrate induce some glial-like characteristics in Y-79 cells, we compared the calmodulin-binding protein pattern in these cells with that seen in human HTB-14 glioma cells. The HTB-14 line did not express calmodulin-binding proteins, even after treatments with agents that induce morphologic change in these cells. Thus, we conclude that Y-79 cells express membrane-bound calmodulin-binding proteins, but in a pattern different from that seen with adult, differentiated neurons or from human HTB-14 glioma cells.     

一种新的与细胞分化相关的基因在不同组织及细胞系中表达与定位

目的　研究一种新的可能与细胞分化相关的基因在正常组织、肿瘤组织及细胞系中的表达与定位 ,初步探讨该基因的作用机制。方法　利用Northern杂交方法检测 10种人胎儿组织、6种人肿瘤细胞系、4种人的肿瘤组织及癌旁组织中该基因的表达。利用免疫荧光实验检测该基因在细胞中定位。结果　该基因在人的胎儿组织及肿瘤组织和肿瘤细胞中均有高表达 ,在正常组织及癌旁组织中表达明显减弱。癌旁组织和癌组织中的表达差异有显著性 (P <0 0 5 )。该基因在K56 2 细胞中主要定位在膜上。结论　该基因可能在细胞分化及肿瘤发生中起着重要作用