杂交鲟海豚链球菌的分离、鉴定及药物敏感性

【目的】2012年7月,北京市怀柔区一家养殖场的杂交鲟爆发疾病,陆续死鱼。为确定病原,【方法】从具有典型症状的患病鱼的肝、肾和脾中分离获得3株分离菌,编号HRS12718L、HRS12718K和HRS12718S。采用形态特征、理化特性、16S rDNA和海豚链球菌特异性基因逐步鉴定病原菌的种类。取HRS12718K分离株进行人工感染实验,确认病原菌的致病性。开展药物敏感性实验筛选分离株的敏感药物。【结果】结果显示3株分离菌的形态特征和理化特性与从中国其它鱼类分离的海豚链球菌一致。采用16S rDNA序列构建的进化树与海豚链球菌聚为一支,与海豚链球菌的同源性在99.1%以上。HRS12718K分离株对杂交鲟的半致死量LD50为4.42×105CFU/mL,试验感染鱼出现与自然发病鱼相似临床症状。分离株对诺氟沙星、嗯诺沙星、硫酸新霉素、盐酸多西环素和盐酸四环素敏感,尤其对嗯诺沙星敏感。【结论】最终确认引起该养殖场杂交鲟发病的病原为海豚链球菌,建议使用嗯诺沙星进行治疗。     

中华鳖源致病性产吲哚金黄杆菌分离、鉴定及药敏特性分析

对患病中华鳖(Pelodiscus sinensis)进行病原分离、鉴定及药敏实验, 从患病中华鳖皮肤、肝肾脾重要器官分离纯化病原菌, 经理化特性测定及16S rRNA序列分析对其进行鉴定及人工感染试验, 并利用K-B及二倍稀释法进行药敏特性分析。结果表明分离株J22是为中华鳖腐皮病病原, 其对中华鳖的LD₅₀为3.30×104 CFU/g。J22株理化特性与产吲哚金黄杆菌(Chryseobacterium indologenes)一致, 16S rRNA序列与产吲哚金黄杆菌同源性为99%, 综合判定J22株是产吲哚金黄杆菌。分离株对新霉素、庆大霉素及阿莫西林等12种抗生素高度敏感, 对氟苯尼考及多西环素等抗生素耐药; 二氧化氯、漂白粉及高铁酸钾对分离株消毒效果较好。分离菌株J22是中华鳖病原菌, 养殖时可选用庆大霉素、新霉素或者阿莫西林内服, 配合使用二氧化氯、漂白粉及高铁酸钾等外用进行防控。     

一种新的异育银鲫病原———腐败希瓦氏菌

【目的】江苏盐城一家养殖场的异育银鲫暴发疾病,通过对病原进行研究,旨在为该病的防治提供理论依据和参考。【方法】从病鱼体表病灶和内脏中分离出优势菌株,经人工感染试验证实为病原菌。采用传统的形态、生理生化表型鉴定与16S rDNA序列分析相结合的方法确定菌株的分类地位。运用K-B琼脂法对病原菌株进行药物敏感性测定。【结果】综合菌株形态、生理生化表型以及16S rDNA序列分析的结果,确定该分离株为腐败希瓦氏菌(Shewanella putrefaciens)。回接感染试验证实腐败希瓦氏菌即是导致此次异育银鲫发病死亡的致病原,其半数致死量(LD50)为2.1×103cfu/g。该株腐败希瓦氏菌对吡哌酸、萘啶酸、氟哌酸、氟啶酸、氟苯尼考、利福平、美满霉素、氟罗沙星、恩诺沙星、复达欣、菌必治、先锋Ⅳ、罗红霉素和左氟沙星等抗生素敏感。【结论】首次报道了异育银鲫一种新的病原,说明腐败希瓦氏菌作为一种潜在的新病原也可能会对异育银鲫的养殖造成威胁。     

鳖源铜绿假单胞菌的分离鉴定及多位点序列与全基因组分析

【目的】查明引起湖北仙桃某中华鳖养殖场中华鳖发病死亡的病原及其特征。【方法】本研究分离患病中华鳖的病原,并结合形态特征、生理生化试验、16SrRNA基因鉴定,鉴定分离菌株;通过人工回归感染试验、药敏试验、全基因组测序与分析对分离菌株的致病性和耐药性进行研究;通过多位点序列分型(multilocus sequence type,MLST)分析,对分离菌株的流行情况进行探究。【结果】从患病中华鳖肝脏等部分分离到3株优势菌株HX8、FG10和GC20,16SrRNA基因同源性和生化特征分析鉴定为铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)。回归感染试验证实该菌株是引起本次中华鳖患病的病原菌。3株分离株的药敏实验结果基本一致,均对诺氟沙星、恩诺沙星等8种抗生素敏感,对氟苯尼考、多西环素、磺胺异恶唑等6种抗生素耐药。MLST鉴定表明,3株分离株均属于序列型(sequencetype,ST)252型,eBURST分析进一步显示ST252型与一些ST共同构成了克隆复合体(clonal complexes,CC) CC252,且ST252是CC252的原始序列型(founder ST)...     

湛江卵形鲳鲹致病链球菌的分离、鉴定及药敏实验

为了确定2017年6月至2017年9月湛江市太平镇网箱养殖卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)疑似发生鱼链球菌病的病原菌及其毒力特性,取病鱼的脑、肝脏、脾脏和肾脏在血平板上进行分离培养,将分离培养的病原菌对卵形鲳鲹进行人工回归感染实验,试验鱼呈现自然发病症状:游泳异常、眼球突出且浑浊、鳍条基部充血,证明分离菌为卵形鲳鲹爆发性流行病的致病菌。通过形态学观察、生化鉴定、16S rRNA序列分析,结果表明,分离的致病菌为海豚链球菌(Streptococcus iniae),暂定为中国湛江株GHZ007 (GenBank:KX788919),其对卵形鲳鲹的LD_(50)为2.42×10~6CFU/mL。药敏实验结果表明,分离菌株对四环素类和氨基糖苷类药物等17种试验药物敏感,对青霉素、复方新诺明等8种试验药物有耐药性。本研究将有助于为海豚链球菌病的防治提供理论基础。     

水霉拮抗放线菌的分离、筛选与鉴定

目的:以珍珠健康养殖水体底泥为材料分离放线菌,筛选对水产动物水霉病病原菌有抗菌活性的放线菌。方法:采用稀释涂布法,选用萘啶酮酸和放线菌酮双抗平板分离获得放线菌;以黄颡鱼和湘云鲫鱼卵水霉病原菌为靶标菌,采用琼脂块法测试所分离菌株抗水霉菌活性及其稳定性;对拮抗活性强的放线菌采用形态观察和16S r DNA序列分析进行分类鉴定。结果:从分离获得的27株放线菌中筛选出3株对水霉病原菌有拮抗活性的菌株QF1、DNC17和QHV2,其中QHV2抗菌活性与稳定性最好;形态学观察与16S r DNA序列分析结果表明QF1、DNC17和QHV2均属于链霉菌属(Streptomycete sp.),分别鉴定为Streptomyces diastatochromogenes、Streptomyces variabilis和Streptomyces collinus。结论:3株放线菌对水霉病原菌具有较好的拮抗活性,具有开发成抗水霉药物的潜在价值。     

四川盆地核桃黑斑病病原菌的分离、鉴定与核桃抗病性评价

为鉴定引起四川盆地地区核桃黑斑病的病原菌,采用组织分离法对病原菌进行分离,利用柯赫氏法则验证其致病性,依据菌株形态学和基于16S rDNA基因序列分析对病原菌进行鉴定;同时,利用分离的菌株对18个栽培品种(无性系)进行抗病性评价。结果表明,分离菌株的菌落形态与黄单胞杆菌属(Xanthomonas)相似,其16S rDNA序列与树生黄单胞杆菌(X. arboricola)的(登录号为KP340804.1)同源性高达99%,因此,将引起四川盆地地区核桃黑斑病的病原菌鉴定为树生黄单胞杆菌。18个核桃栽培品种(无性系)的田间侵染发病率和病情指数分别为35.07%～78.57%和17.71%～51.96%,变异系数分别为17.62%和28.78%,并以此为基础评价出5个高抗病品种(无性系)。这为核桃黑斑病致病机理研究和抗病新品种的选育奠定基础。     

新疆块根芍药(Paeonia anomala)内生细菌XJU-PA-1的鉴定及特性分析

目的:从新疆块根芍药(Paeonia anomala)内生菌中筛选出1株对植物病原菌有抑菌活性的内生菌并对其进行鉴定及特性分析.方法:采用琼脂扩散法进行抑菌实验,基于形态特征,生理生化特性,16S rDNA序列分析并G+C mol%含量对XJU-PA-1进行鉴定.结果:XJU-PA-1对玉米小班病菌和苹果半点落叶病菌有抑菌活性,抑菌圈直径都超过20mm.XJU-PA-1与DQ010109 Bacillus subtilis的16S rDNA序列的同源性达到100%,G+Cmol%含量为54.5%.结论:XJU-PA-1对两种致病菌有较强的抑菌能力,被鉴定为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis) ,在GenBank数据库的注册号为EU741698.     

陕西定边盐湖嗜盐菌A393的分离及其种属鉴定

采用高盐选择性培养基和稀释平板法,从陕西定边盐湖土壤样本中,分离筛选获得嗜盐菌株A393,通过形态学观察、生理生化特征和系统发育学16S rDNA序列分析鉴定嗜盐菌株A393分类学地位。获得的A393最适生产盐浓度在8%～20%。表型特征和16S rDNA序列分析结果初步鉴定其为中度嗜盐菌,属于海球菌属(Marinococcus sp.)菌株。     

两株不同宿主源化脓隐秘杆菌分离鉴定及其plo基因生物信息学分析

【背景】化脓隐秘杆菌是一种能够感染人类及多种动物的条件致病菌,常引起动物的各种非特异性化脓性感染。【目的】探究不同宿主疑似化脓隐秘杆菌感染的菌属种类和病原特性。【方法】对林麝皮下脓肿和鸭跗关节脓肿进行细菌分离,通过革兰氏染色、细菌16S rRNA基因分析等方法对病原菌进行鉴定,通过生长曲线测定、药敏试验和毒力基因检测分析2株病原菌的生物学特性,对溶血素plo基因进行序列分析和结构预测。【结果】分离鉴定到林麝源和鸭源化脓隐秘杆菌各1株,分别命名为FTP-1和DTP-1;生长曲线测定发现,2株病原菌的生长繁殖速度差异较大;药敏试验表明,2株病原菌对β-内酰胺类、磺胺类和利福霉素类抗生素耐药,对氨基糖苷类、喹诺酮类抗生素敏感;毒力基因检测显示,2株病原菌均携带plo、nanH、nanP、fimA和fimE基因,鸭源分离株还携带有fimC基因;生物信息学分析软件预测显示,2株病原菌溶血素plo基因核苷酸序列存在宿主特异性差异,但二者氨基酸序列相同,蛋白结构预测发现化脓隐秘杆菌溶血素(pyolysin, PLO)与胆固醇依赖性溶细胞素家族其他成员之间相似性较高。【结论】在云南宜良地区分离到林麝源和鸭源化脓隐秘杆菌各1株,二者plo基因亲缘关系较近,相关生物学特性分析可为推进该病原菌的研究和防控提供参考。     

一株新的胡萝卜软腐欧文氏菌的分离和鉴定

从大白菜软腐组织中分离出一株软腐病细菌BC1,经过形态观察、生理生化特性分析、致病性检测和16S rDNA序列分析,该分离物被鉴定为胡萝卜软腐欧文氏菌胡萝卜亚种（Erwinia carotovora subsp. carotovora, Ecc）的一个新菌株,编号为BC1。这是首次从16S rDNA序列水平上对在我国分布的软腐欧文氏菌进行鉴定。Ecc BC1的16S rDNA序列与其它软腐欧文氏菌株的16S rDNA序列之间同源性达987%～993%,而且在系统发育树中独立于Ecc其它菌株。序列分析结果表明,Ecc BC1具有至少2种不同的16S rDNA序列,它们都在第459位和473位（相对于大肠杆菌16S rDNA序列）发生碱基突变,同一基因中两个突变位点之间彼此互补,处于16S rRNA螺旋H17颈部,而且这两处碱基变异只存在于BC1菌株中。通过与其它软腐欧文氏菌亚种和菌株16S rDNA序列进行比对分析,还进一步鉴定出一些BC1菌株特异的16S rDNA碱基突变位点。本文报道的Ecc BC1两个16S rDNA序列在GenBank中的登录号分别为AY309068和AY309069。     

低温氨氮降解菌的筛选及降解能力研究

目的:筛选低温高效氨氮降解菌株,探讨其脱氮能力。方法:采用富集培养和纳氏试剂平板显色法分离筛选低温高效氨氮降解菌株;通过形态与生理生化特性、16S rDNA序列分析以及BIOFOSUN微生物鉴定分析系统鉴定菌株,采用液体培养研究菌株的氨氮降解能力和反硝化能力。结果:获得1株低温高效氨氮降解菌株WSW-1001,经形态、生理生化特性、16S rDNA序列以及BIOFOSUN微生物鉴定分析系统鉴定为荧光假单胞杆菌(Pseudomonas fluorescens)。该菌株具有较强硝化和反硝化能力,初始氨氮浓度为5 mg/L,8℃培养24 h,氨氮降解率71.7%,无亚硝酸盐积累。结论:菌株WSW-1001低温氨氮降解能力较强,具有潜在应用价值。     

1株虎源致病性肠球菌的分离鉴定及序列分析

从病死老虎肺脏中分离到1株肠球菌,并对该菌做了生理生化鉴定、药敏试验,致病性试验。本菌对多种抗生素高度耐药,对小白鼠有强致病性,其LD50为2.7×109.2cfu。并用PCR方法扩增分离菌株16S rDNA基因,获得1 415 bp片段,该片段核苷酸序列提交GenBank,登陆号为HM346186,将分离株的16S rDNA核苷酸序列与GenBank上其他肠球菌进行同源性分析。结果表明,分离株的16S rDNA核苷酸序列与肠球菌(EU285587)的同源性为100%,因此该分离菌株被鉴定为致病性肠球菌,命名为YN-1株(云南-1株)。     

几种分子生物学方法在菌种鉴定中的应用

REP-PCR指纹法、PCR-RFLP分析法、16S rDNA序列分析法在生物多样性研究、菌种鉴定、及微生物资源的开发应用中得到了广泛的应用,但最高分辩能力及适用性各不相同。该文采用上述方法对从厦门温泉分离刊的嗜热菌进行了鉴定分析,并对GeneBank数据库中的同源性较近的细菌16S rDNA序列进行比较,结果发现：在这三种鉴定方法中,REP-PCR法最简单,分辨能力最强,可鉴别16S rDNA序列同源性大于99.5％甚至完全相同的不同菌株;16S rDNA分析能快速准确地对微生物进行分类鉴定,它在分类学中的核心地位不可替代,但当16S rDNA序列同源性大干99.5％时难以获得准确的鉴定结果;PCR-RFLP法分辨力弱,可用于种到属水平的研究,16S rDNA序列相似性在96％以上,酶切图谱就难以区分了,但在不经过微生物分离培养的原位微生物多样性的研究中仍具有重要的作用。     

16S和23S rDNA基因序列分析分类鉴定中国衣原体流行株

通过分析比较部分16S/23S rDNA序列,对现有保存的9株国内衣原体流行株进行了分子遗传学鉴定。虽然这些分离株分离自不同的动物,但它们的16S/23S扩增部分完全相同,经16S/23S rDNA序列同源性比较可以一致鉴定国内流行株为鹦鹉热嗜衣原体。     

1株血红蛋白分解菌的分离鉴定及其蛋白酶活力测定

为了获得能够有效降解利用屠宰场废弃血液的功能菌株,以日喀则地区屠宰场废弃血液堆积土壤样品为材料,将样品稀释涂布接种在血平板上进行分离,挑取水解圈最大的菌落进行平板划线纯化。对分离菌株进行形态学、生化反应试验、16S rDNA序列鉴定并测定其蛋白酶活性。筛选出1株能够高效降解血红蛋白的菌株命名为NwMCC01910042,该分离菌株为革兰阳性杆菌,V-P(Voges-Proskauer)试验阳性,枸橼酸盐利用、淀粉水解、明胶液化、16S rDNA序列系统进化分析显示NwMCC01910042菌株与Bacillus licheniformis ATCC 14580株的序列相似性为99.79%,与Bacillus licheniformis MSL3076株的序列相似性为99.30%,为地衣芽胞杆菌(Bacillus licheniformis),该菌株的16S rDNA序列已提交至GenBank,准入编号为MN 176417,其蛋白酶活力为188.63 U/mL。利用微生物降解生产氨基酸有机肥的关键是筛选蛋白酶的高产菌株,NwMCC01910042株菌有望作为将废弃血污降解为氨基酸的候选功能菌株。     

一株引起马来甜龙竹组培污染内生菌的分离与鉴定

【目的】对一株引起马来甜龙竹组培污染内生菌的分离与鉴定。【方法】采用改良的NA培养基分离纯化菌株,并通过菌体的形态结构观察、生理生化试验及其16SrDNA序列同源性分析对其进行鉴定。【结果】菌株SWFU01的形态特征及生理生化试验结果与解淀粉芽孢杆菌[Bacillus amyloliquefaciens(Fukumoto)Priest et al.]的描述基本相同;16S rDNA序列分析表明,该菌株与解淀粉芽孢杆菌JS在同一系统发育分支,其同源性为99.28%。【结论】综合形态学特征、生理生化特征以及16S rDNA序列分析的研究结果,菌株SWFU01被鉴定为解淀粉芽孢杆菌。     

泥河湾大长梁遗址和马圈沟Ⅰ文化层放线菌的分离及系统发育分析

为分析泥河湾盆地大长梁遗址和马圈沟Ⅰ文化层中可培养放线菌的物种多样性,本实验通过平板稀释涂布法对该区域土样进行放线菌的物种分离,得到197株放线菌纯培养物。采用链霉菌属特异引物对放线菌纯培养物进行初步鉴定,确定143株放线菌归属于链霉菌属。对未被鉴定的54株放线菌进行16S rDNA全序列测定并分析其系统发育关系。最终,将197株放线菌归属于放线菌纲下的5个亚目,6个科,10个属。其中,马圈沟Ⅰ文化层的分离菌株12-9与Nocardioides albus KCTC 9186T之间的16S rDNA序列相似性是93.73%,可能是一个潜在新属;大长梁遗址的分离菌株18-64与Haloglycomyces albus YIM 92370T的16S rDNA序列相似性是93.64%,可能是一个潜在新属。     

内蒙古碱湖中紫色非硫光合细菌的分离和鉴定

从内蒙古碱湖水样中分离得到一株紫色非硫光合细菌,命名为JH1-6.对该菌株进行了形态学观察、生理生化鉴定、活细胞吸收光谱以及16S rDNA序列分析.16S rDNA序列分析结果表明该菌株与沼泽红假单胞菌的16S rDNA序列同源性高达99%,结合形态特征和生理生化特性以及活细胞吸收光谱特征等,确定菌株JH1- 6在分类地位上属于沼泽红假单胞菌(Rhodopseudomonas palustris).     

中药中耐辐射微生物的分离与鉴定

从中成药(金锁丸)中分离获得一种耐辐射的细菌。经过形态观察、生理生化特征分析及16 S rDNA碱基序列测定和同源性分析,鉴定该菌株为弯曲芽孢杆菌(Bacillus flexus),该菌株的16 S rDNA序列已在Gen-Bank中注册,登录号为AB021185.1。