生物信息学分析包膜与非包膜病毒的受体蛋白差异

病毒与受体相互作用对于病毒感染宿主细胞至关重要.为了深入理解病毒对于受体蛋白的选择机制,本研究从结构、功能、宿主蛋白相互作用网络以及组织表达量等四个方面系统性地分析和比较了哺乳动物中包膜与非包膜病毒的受体蛋白差异.结果表明,包膜病毒和非包膜病毒的受体蛋白具有相似的结构域组成和功能,但是非包膜病毒的受体蛋白相对于包膜病毒具有更多的结构域数目、更高的N-糖基化水平、在宿主蛋白相互作用网络中有更高的连接度和节点介数、以及在宿主中有更高的表达.本研究有助于加深我们对于哺乳动物中包膜与非包膜病毒受体选择机制的理解,同时也对病毒受体的鉴定具有一定的参考价值.     

哺乳动物病毒共受体的特征研究

为了探究哺乳动物病毒共受体间的共性特征,本研究基于ViralReceptor数据库中收集的哺乳动物病毒-受体相互作用关系,共收集277对病毒共受体组合,从结构、功能、进化和组织表达等方面对这些病毒共受体进行系统分析,并与来源于不同哺乳动物的病毒受体组合以及随机挑选的人类蛋白组合进行比较。结果显示,哺乳动物病毒共受体相较于其他蛋白组合,彼此间有更高的功能相似性,在宿主蛋白相互作用网络中相互作用的比例更高,在人体常见组织中的共表达水平更高。研究表明,哺乳动物病毒共受体具有功能、表达和互作等共性特征。期望此结果能为病毒受体的发现和鉴定等研究提供参考。     

哺乳动物正呼肠孤病毒反向遗传学研究进展

呼肠孤病毒科是分布最广的病毒类群之一,其中哺乳动物正呼肠孤病毒(Mammalian Orthoreovirus,MRV)属于正呼肠孤病毒属,主要感染哺乳动物的呼吸道和肠道。近年来,MRV的反向遗传学操作技术取得了长足进步,运用该技术,在MRV基因组组装、基因功能及致病机制等方面都获得了较大突破。综述了MRV反向遗传学操作技术的建立过程及运用该技术取得的最新成果,并展望了该技术在呼肠孤病毒科其他病毒中的应用。     

慢病毒与哺乳动物宿主的协同进化

选取部分哺乳动物代表类群为例,构建病毒及宿主因子基因树并与宿主物种树进行拓扑结构比较,探讨感染哺乳动物的慢病毒与宿主的协同进化.结果表明慢病毒Pol酶基因以及部分宿主因子的进化与宿主的进化历史相同,提示慢病毒可能随哺乳动物的基因组垂直进化,或其首次感染哺乳动物是一次较古老的事件.     

慢病毒介导的mTOR敲低肝癌细胞株HepG2的构建及初步功能检测

目的:建立高效稳定的哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)小干扰RNA(siRNA)细胞导入方法,并对mTOR敲低的HepG2肝癌细胞株的功能进行初步检测。方法:构建了2条不同的人mTOR慢病毒siRNA载体pLenti-H1/mTOR siRNA,与3个包装质粒共转染293T细胞,包装成慢病毒后感染HepG2细胞;经嘌呤霉素筛选2周后,收集细胞进行Western印迹,检测mTOR敲减效果及其下游基因c-myc、周期蛋白D1(cyclinD1)表达水平及4E-BP1、S6K1磷酸化水平的变化。结果:RT-PCR和Western印迹结果显示,构建的pLenti-H1/mTOR siRNA能有效抑制mTOR基因的表达,敲低了mTOR蛋白水平,且沉默mTOR后其下游基因c-myc、CyclinD1的表达水平及4E-BP1、S6K1磷酸化水平降低。结论:构建了慢病毒介导RNA干扰mTOR表达载体,为进一步研究mTOR通路奠定了实验基础。     

茶尺蠖小RNA病毒5′端非编码区的克隆和测序及与哺乳动物小RNA病毒的比较分析

用Trizol从纯化的茶尺蠖Ectropis oblique 小RNA病毒(EoPV)中提取病毒基因组RNA,逆转录后加poly(dT),然后进行两步PCR扩增基因组5′端.克隆测序后,对其5′端非编码区的核苷酸序列进行分析,发现具有哺乳动物小RNA病毒的5′端非编码区的一些特征:A/T含量丰富、起始密码子上游AUG和小顺反子多.利用mfold预测了EoPV 5′端非编码区的二级结构,存在4个茎环结构,有哺乳动物内部核糖体进入位点(IRES)的保守区域,即含保守基序GNRA的茎环A和A/C丰富的环B及多聚嘧啶区域.据此推测EoPV基因组翻译采用IRES起始机制.     

西尼罗病毒及其所致疾病的研究现状

西尼罗病毒是一种蚊媒病毒,原发于非洲,后传播至欧洲以及西亚,主要在鸟类中传播,也可以感染其他一些哺乳动物(如马、人等)引发脑炎及脑膜炎等症,重者可致死亡.1999年传入北美,在美国纽约地区首次流行,2004年以来被感染的人及动物数量不断增加,分布范围不断扩大,形成了迄今为止西半球最大的虫媒病毒性脑炎的流行.     

基因操作原理(续)——第八章 在哺乳动物细胞中克隆

前面几章表明,有很多质粒和噬菌体可作为载体在原核细胞(特别是大肠杆菌)中克隆。然而,明显对比的是,现今只有唯一的一类载体被用于哺乳动物细胞克隆。这类载体是从猿猴病毒40(SV40)衍生而来的。SV40是致瘤的乳多泡病毒(papovavirus);     

小鼠、大鼠、豚鼠和沙鼠对禽流感病毒致病敏感性的比较初报

目的比较不同物种和品系的哺乳类实验动物对H5N1禽流感病毒(AIV)致病的敏感性。方法对不同动物经鼻腔接毒,然后通过体温、体重、临床症状、病理变化、病毒分离和抗体测定进行比较分析。结果在实验的4个不同物种共7个品系的哺乳动物中,小鼠对AIV较豚鼠、沙鼠和大鼠敏感。结论ICR和NIH小鼠适宜用来制作AIV感染的动物模型。     

杆状病毒介导外源基因在哺乳动物细胞中表达的研究进展

杆状病毒(Baculovirus)是一种以昆虫为唯一宿主的病毒, 可用做生物杀虫剂或作为表达载体在昆虫细胞中大量表达外源蛋白, 制备疫苗。研究发现, 在哺乳动物细胞中携带哺乳动物启动子的重组杆状病毒能启动下游外源基因的表达但病毒不能在哺乳动物细胞中增值, 对细胞毒性小, 转导成功的细胞可以稳定传代并有效表达外源基因, 哺乳动物细胞比昆虫细胞对蛋白质具有更好的翻译后修饰, 表达出的蛋白结构更接近天然蛋白。因此, 杆状病毒可作为一种新型的哺乳动物细胞基因转移载体, 用于表达外源基因及作为一种基因治疗载体, 具有巨大潜力, 日益受到人们的关注。本文对杆状病毒作为一种表达载体在哺乳动物细胞中表达的研究进展进行了综述。     

不同杆状病毒诱导哺乳动物细胞抗病毒效果比较分析

杆状病毒常常包埋在由蛋白质组成的包含体中, 根据包含体的形态及其他理化性质, 将杆状病毒划分为核多角体病毒属和颗粒体病毒属两个属, 分子进化分析将核多角体病毒进一步划分为GroupⅠ和GroupⅡ两组. 研究发现, GroupⅠ的AcMNPV能刺激SMMC-7721和WISH细胞产生抗病毒的活性, 获得抵抗水疱口膜炎病毒(vesicular stomatitis virus, VSV)感染的能力, 但在BHK细胞和L929细胞中不能诱导抗病毒作用; 而GroupⅡ的HaSNPV和SeMNPV对实验的哺乳动物细胞均不能诱导其产生抗病毒作用. AcMNPV诱导哺乳动物细胞抗病毒作用是诱导干扰素α/β的产生. 转导分析表明, AcMNPV并不能介导哺乳动物启动子控制的报告基因在SMMC-7721细胞中表达, 但在WISH, BHK和L929细胞中能介导转基因的表达, 说明AcMNPV诱导抗病毒状态与介导转基因的表达不是相关的.     

哺乳动物胚胎滞育及其调控机制研究进展

胚胎滞育(Embryonic diapause)是存在于部分哺乳动物中的一种生存策略和繁殖状态.其具体过程为:胚胎在着床前停止或减缓发育形成胚胎滞育期,滞育期结束后胚胎再次活化,且滞育过程不会对随后的胚胎发育产生任何不良影响.胚胎滞育主要分为两种类型:兼性滞育(Facultative diapause)和专性滞育(Ob...     

核衣壳蛋白VP39融合TAT转导肽对杆状病毒转导哺乳动物细胞的影响

为了提高昆虫杆状病毒在哺乳动物细胞中转导基因的效率,构建了重组杆状病毒AcRed-tat和AcRed。两者都能在哺乳动物细胞内表达红色荧光蛋白作为报告基因。同时,AcRed-tat带有HIV-1Tat转导肽、病毒主要衣壳蛋白基因vp39及增强型绿色荧光蛋白(egfp)三者的融合基因,并由杆状病毒多角体启动子表达,能够在昆虫细胞中表达该Tat融合蛋白,并掺入子代病毒粒子。而AcRed作为相应的对照病毒,带有多角体启动子表达vp39和egfp的融合基因。2株病毒分别转导哺乳动物细胞后,利用流式细胞仪检测报告基因的表达水平,发现在CHO和Vero细胞中AcRed-Tat介导的报告基因表达水平明显高于AcRed,而在HEK293细胞中2株病毒介导的报告基因表达水平差异不显著。结果表明Tat转导肽可以提高杆状病毒对一部分哺乳动物细胞的转导效率,为改进杆状病毒-哺乳动物细胞转导载体提供了新的思路。     

BST-2抑制HIV-1病毒样颗粒释放的研究

BST-2是最近发现的可以抑制成熟HIV-1(human immunodeficiency virus,HIV)病毒颗粒从哺乳动物细胞表面释放的宿主因子,随之发现其也可以抑制多种包膜病毒的释放。本研究采用密码子优化的表达HIV-1 gag和gag-pol蛋白的质粒所形成的病毒样颗粒作为研究对象,观测BST-2对这两种病毒样颗粒(Virus-like particle,VLP)的释放抑制情况及其作用机制。结果发现,瞬时表达和稳定表达的BST-2均可以显著抑制病毒样颗粒从哺乳动物细胞释放,同时发现这两种病毒样颗粒(gag/gag-pol)的释放都可以被BST-2抑制;而且,HIV-1中Vpu蛋白可以拮抗BST-2抑制HIV病毒样颗粒释放的作用,另外,通过化学试剂和酶学方法处理,确证BST-2可以被包装进病毒样颗粒中。     

新书推介

科学出版社新书推介(2011年9、10月)田波病毒学文选田波著;978-7-03-032260-9;定价:288;开本:A4内容简介:本书由迄今为止田波院士发表的两百多篇论文中选取一百二十七篇集结出版,收载了田波院士在亚病毒、植物病毒、医学与动物病毒     

茶尺蠖小RNA病毒5'端非编码区的克隆和测序及与哺乳动物小RNA病毒的比较分析

用Trizol从纯化的茶尺蠖Ectropis oblique小RNA病毒（EoPV）中提取病毒基因组RNA,逆转录后加poly(dT),然后进行两步PCR扩增基因组5′端。克隆测序后,对其5′端非编码区的核苷酸序列进行分析,发现具有哺乳动物小RNA病毒的5′端非编码区的一些特征：A/T含量丰富、起始密码子上游AUG和小顺反子多。利用mfold预测了EoPV 5′端非编码区的二级结构,存在4个茎环结构,有哺乳动物内部核糖体进入位点（IRES）的保守区域,即含保守基序GNRA的茎环A和A/C丰富的环B及多聚嘧啶区域。据此推测EoPV基因组翻译采用IRES起始机制。     

泡沫病毒Tas蛋白的研究进展

泡沫病毒(Foamy virus,FV)在自然界分布广泛,可以从多种哺乳动物中分离出来,如非人灵长类动物、牛、马、猫等。虽然泡沫病毒能够引起独特的泡沫样细胞病变效应,并且在培养的细胞中形成合胞体,但是其对宿主的致病性尚不明确,在天然或实     

哺乳动物雌性生殖细胞及早期胚胎基因敲除或敲减的方法

哺乳动物雌性生殖细胞为胚胎的形成和发育提供了大量母源性遗传物质。受精一旦实现,所形成的早期胚胎通过细胞分裂与分化逐渐形成具有复杂结构的全新个体。针对雌性生殖细胞(主要是卵母细胞)的相关研究既能解析其独有的生理学特性,又能为其他类型细胞的相关研究提供借鉴作用。然而,哺乳动物卵母细胞数量稀少,且不能在体外进行扩增培养,导致针对卵母细胞的相关研究难度极大。哺乳动物早期胚胎的研究也同样面临材料短缺的问题。在以卵母细胞和早期胚胎为材料的研究中,针对特定基因功能的失活或干扰是最常用的方法之一。本文将结合他人和本研究组在哺乳动物雌性生殖细胞及早期胚胎中进行的基因功能敲除或敲减实验,对条件性基因敲除、RNA干扰、Morpholino、Trim-Away和抗体介导的蛋白功能干扰这几类技术的主要方法原理、案例、优缺点和使用注意事项进行总结分析,并提出未来相关技术可能的改进方向,以期为从事卵母细胞及早期胚胎发育研究的科技工作者提供参考。     

贵州省哺乳动物名录更新

在《贵州兽类志》的基础上,参照最新的哺乳动物分类学和分子系统学研究成果,梳理2019年12月31日以前与贵州省哺乳动物相关的研究资料,变更了一些贵州省原记录的哺乳动物物种名称和分类地位,更新了贵州省哺乳动物名录。更新后的贵州省哺乳动物名录共记录哺乳纲9目29科84属153种。其中,翼手目56种、啮齿目38种、食肉目24种、劳亚食虫目19种、偶蹄目7种、灵长目4种、兔形目3种、鳞甲目和攀鼩目各1种。与《贵州兽类志》相比,共计新增哺乳动物36种,包括近年来在贵州发现的5个新种,水甫管鼻蝠(Murinashuipuensis)、梵净山管鼻蝠(M.fanjingshanensis)、榕江管鼻蝠(M.rongjiangensis)、荔波管鼻蝠(M.liboensis)和黑姬鼠(Apodemus nigrus);1个中国新记录种,即2011年发表的艾氏管鼻蝠(M.eleryi);14个贵州分布新记录种,以及近年来有研究证据支持分布于贵州的17个种;此外,由于标本鉴定有误,或同物异名,或被研究证实不分布于贵州等原因,删除了23个物种。贵州省境内目前记录到的重点保护野生动物有19种,其中,国家Ⅰ和Ⅱ级...     

中国烟草曲叶病毒广西株的初步研究

双生病毒(Geminivirus)是一种具有孪生颗粒形态的单链环状DNA植物病毒[1].根 据基因组结构特征及传播介体,双生病毒可分为三个亚组[1]:亚组Ⅰ双生病毒全 部为叶蝉传播的单组份基因组病毒,基因组大小在2.6～2.8kb之间,其代表病毒是玉米条纹病毒(MSV);亚组Ⅱ双生病毒是单组份基因组病毒,基因组大小在2.7～3.0kb之间;亚组Ⅲ双生病毒全部为粉虱(Bemisiatabaci)传播,基因组大小为2.5～2.8kb,除番茄曲叶病毒TLCV -AUS [2]等几个病毒为单组份基因组外,大多数亚组Ⅲ双生病病毒均为双组份基因组,稍大的组份叫DNA A,一般编码四个基因,稍小的组份叫DNA B,编码二个基因.烟草曲叶病 毒(TbLCV)和番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)都属于双生病毒亚组Ⅲ[3,4].