大粉瘤菌小亚基rDNA片段的克隆测序

对大粉瘤菌Lycogalaflavofuscum的19SrDNA片段进行了克隆测序,序列长度为1443bp。同时将之与多头绒泡菌的相应序列进行了比较,其序列同源性为58.16%。     

大粉瘤菌小亚基rDNA片段的克隆测序

对大粉瘤菌Lycogala flavofuscum的19S rDNA片段进行了克隆测序,序列长度为1443bp。同时将之与多头绒泡菌的相应序列进行了比较,其序列同源性为58．16％。     

稻瘟菌突变体T-DNA插入位点的精细定位和插入模式的研究

随机挑取已构建的37个稻瘟菌T-DNA突变株,利用TAIL-PCR技术扩增出T-DNA插入位点的侧翼序列,测序并进行比对分析。结果显示:成功获得扩增产物并测序的序列共有39条,T-DNA边界序列为稻瘟菌序列的有19条,其余20条为载体主干序列。在这有效扩增为稻瘟菌序列的19条中,有10条是T-DNA右侧翼序列与稻瘟菌序列,9条为左侧翼序列加稻瘟菌序列。分析T-DNA剪切位点,10条右侧翼序列中有9条的剪切位点相同,这与农杆菌介导T-DNA转化植物一样。而左边界的剪切位点就没有这种规律性。研究也精细确定了17个不同突变株的T-DNA插入位置,为后续的基因功能研究奠定基础。     

一种褐飞虱病原真菌的分子生物学鉴定

从田间褐飞虱Nilaparvata lugens( St(a)l)罹病虫体分离得到一株绿僵菌,以该菌为供试菌体,采用氯化苄法、CTAB法以及裂解液法分别提取了该菌的基因组DNA;以ITS1和ITS4为绿僵菌通用引物,对供试菌株的rDNA ITS序列进行PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳检测和序列分析,并在核酸序列数据库中进行同...     

黑发菌核糖体DNA小亚基片段的序列测定

用Rusketal 于 1995年设计的引物SMNUR10 1和Whiteetal 1990年设计的引物NS4对黑发菌 (Co matrichanigra)的rDNA小亚基片段进行了PCR扩增 ,并将扩增产物克隆到大肠杆菌JM10 9中进行测序 ,测得的序列长度为 115 4bp。同时将其与多头绒泡菌的相应序列进行了比较 ,其序列同源性为 6 6 %。     

球毛壳菌60S核糖体蛋白L10a基因克隆与特性分析

用粗糙脉孢菌（Neurospora crassa）XP_322380和赤霉菌（Gibberella zeag）PH-1（EAA76971）的60S核糖体蛋白L10a基因（60S ribosomal protein L10a,RPL10a）蛋白序列对球毛壳菌（Chaetomium globosum）ESTs序列数据库进行tBlastn检索,获得了球毛壳菌RPL10a cDNA序列。cDNA序列长765bp,开放阅读框654bp,编码217个氨基酸组成的多肽,蛋白分了量为23．9kD。BlastP分析表明该基因氨基酸序列与粗糙脉胞菌相似最高为89％;与玉蜀黍黑粉菌（Ustilago maydis）相似性最低为78％。cDNA序列及推测的氨基酸序列在GenBank登录（登录号分别为AY669070,AAT74578）。     

黄翅大白蚁后肠优势菌大白蚁营发酵菌的全基因组序列分析

【目的】营发酵单胞菌属Dysgonomonas是黄翅大白蚁后肠的第二优势微生物。前期研究中,我们从黄翅大白蚁后肠分离出一种命名为大白蚁营发酵菌的新菌。为深入了解大白蚁营发酵菌在宿主白蚁体内发挥的作用和功能,有必要解析大白蚁营发酵菌的基因组序列信息。【方法】使用Illumina Miseq测序平台获取该菌的全基因组序列,将其全基因组序列经过注释的基因蛋白质序列提交COG和KEGG数据库进行BLASTp比对分析,确定该菌潜在的重要酶类和代谢途径,并对个别纤维素酶活进行检测。【结果】大白蚁营发酵菌整个基因组大小为4655756 bp,GC含量为38.54%,DDBJ数据库登录号为BBXL01000001–BBXL01000078。生物信息学分析结果表明菌株大白蚁营发酵菌具有多个木质纤维素降解酶基因,且具备完整的木质纤维素降解和乙酸、乳酸生成通路。此外发现该菌株中存在与氮源代谢和抵御病原体相关的基因。【结论】本研究首次解析大白蚁营发酵菌的全基因组序列,了解其基因组基本特征,初步探讨了该菌降解木质纤维素的过程,为细菌协助宿主白蚁降解木质纤维素提供了理论基础,同时为该菌可能参与宿主白蚁氮源代谢和抵御病原体入侵提供了依据。     

临床常见镰刀菌的鉴别

目的从分子生物学角度寻找一种快速准确鉴定临床常见镰刀菌的方法。方法将受试镰刀菌接种于PDA培养基,观察其菌落及镜下形态,在此基础上PCR扩增受试镰刀菌的rDNA ITS并测其序列,在GenBank核酸序列数据库进行同源序列搜索及分析。选择限制性内切酶Dra Ⅱ和Cfr13 Ⅰ进行RFLP。设计了茄病镰刀菌的种特异性引物Sol1、Sol2,初步验证其特异性。结果形态学鉴定结果显示,茄病镰刀菌所占比例最高,除2株串珠镰刀菌外,其余镰刀菌ITS序列分析的结果与形态学鉴定结果一致。茄病、层生和串珠镰刀菌的Dra Ⅱ、Cfr13 I酶切带形互不相同。用Sol1、Sol2扩增受试菌的rDNA ITS,只有茄病镰刀菌为阳性。结论rDNA ITS序列测定及其PCR-RFLP可用于初步鉴别几种临床常见镰刀菌,合适的种特异性引物可以初步快速鉴定茄病镰刀菌。     

一株具有广谱抗菌活性炭样小单孢菌的全基因组序列测定

【目的】炭样小单孢菌JXNU-1是一株具有广谱抗菌活性的放线菌,研究揭示该菌的基因组序列信息。【方法】采用高通量测序技术对炭样小单孢菌JXNU-1的基因组DNA测序,利用SOAPdenovo软件组装,人工PCR修补基因组部分缺口,然后进行生物信息学分析。【结果】对炭样小单孢菌JXNU-1的全基因组序列进行了测定和注释,得到基因组精细图,相关序列已提交GenBank,获得登录号为JXSX00000000。【结论】研究为揭示炭样小单孢菌JXNU-1抗生素产生机制及其抗菌机理提供了基础数据,对进一步研发其抗生素具有重要的理论意义和巨大的应用价值。     

基于形态特征和ITS序列对7个鹅膏菌属菌株的分类鉴定

以采自浙江省丽水地区的7个鹅膏菌属菌株作为研究材料,在基于形态特征进行初步鉴定的基础上,对7种鹅膏菌的rDNAITS区段进行克隆测序和序列特征比较分析。进一步对ITS序列进行核酸序列数据库GenBank同源性检索比对,将从GenBank检索获得的9个最相似物种的ITS序列连同7种鹅膏菌的ITS序列一起作系统发育分析。结果表明:基于ITS序列对f6、f9和f493个菌株的分子鉴定支持了基于形态特征的鉴定结果,对f5的分子鉴定不支持形态鉴定的结果,f8为鹅膏菌属内某种,f66为鹅膏菌属内某种,并与Amanitafulva,A.atrofusca,A.orientifulva3种鹅膏菌的亲缘关系较近,f7与另外6种鹅膏菌的亲缘关系相差甚远。研究结果提示基于分子水平上的ITS序列分析不能单方面作为大型真菌分类鉴定的可靠依据,可以作为基于传统形态学分类鉴定的辅助参考依据。     

猪水泡病病毒强致病性毒株主要保护性抗原蛋白基因cDNA的序列测定与分析

从猪水泡病病毒（ＳＶＤＶ）细胞培养物的ＰＥＧ浓缩毒中提取病毒ＲＮＡ,经ＲＴ－ＰＣＲ和套式ＰＣＲ扩增病毒主要保护性抗原蛋白基因,将扩增产物１．６ｋｂ插入ｐＵＣ１８载体中,经亚克隆后用双脱氧链终止法测定其序列,与已发表的ＳＶＤＶ分离物该区序列作比较,核苷酸同源性为９６％－９７％,氨基酸同源性为９８％,参与构成ＳＶＤＶ中和性抗原位点的几个氨基酸残基均很保守;与已发表的柯萨奇Ｂ５病毒的对应序列比较,两者核苷酸序列同源性为７７％,而推导的氨基酸顺序同源性竞高达９２％。本文结果有助于ＳＶＤＶ的分子流行病学研究,并为其和柯萨奇Ｂ５病毒的相互关系提供参考数据,为ＳＶＤＶ新型疫苗研究提供了基础材料     

中国水仙查尔酮合酶cDNA的克隆及序列分析(简报)

中国水仙系石蒜科水仙属多年生草本植物。其花枝多,花香浓郁,素有“凌波仙子”的美称。但水仙花色单一,影响其观赏价值。花色形成与植物体内的一类次级代谢产物类黄酮有关。查尔酮合酶(Chalcone synthase,CHS)是类黄酮合成途径中的一个关键酶,在植物体内它催化丙二酰基辅酶A的三个乙酸基和对羟苯丙烯酰辅酶A的一个乙酸基的缩合,产生柚配基查尔酮(naringenin)。此中心中     

流行性出血热家鼠型病毒R22株基因组M片段3''''端核苷酸序列分析

流行于世界各地的汉坦属病毒,在抗原性、临床及流行病学特点上存在着差异。从我国家鼠型出血热流行区褐家鼠分离的R1、R22及R27株病毒,可能代表一种新的血清类型。但迄今国内外尚未见有关汉坦病毒属株间核苷酸水平比较的报道。近来我们分析了流行性出血热家鼠型病毒R22株基因组M片段的核苷酸序列。现将其部分核苷酸序列的分析结果及其     

香蕉束顶病毒基因克隆和序列分析

对香蕉束顶病毒（ＢＢＴＶ）中国分离株ＤＮＡ组份Ｉ（ＤＮＡ－１）、外壳蛋白（ＣＰ）和运转蛋白（ＭＰ）基因进行了克隆和序列分析。ＢＢＴＶＤＮＡ－１含有１１０３个核苷酸,与南太平洋和亚洲分离株分别有８７％－８８％ ９６．９－９８％的核苷酸序列同源性。由ＤＮＡ－１编码的复制酶含有１８６个在酸残基。与南太平洋和亚洲分离株分别有８４．４％－９５．８％和９７．６％、９８．０％的氨基酸序列同源性。外壳蛋白基因由５     

酿酒酵母HAL1基因的克隆及植物表达载体的构建

HAL1基因是酵母中重要的耐盐基因。以酿酒酵母AS2.375菌株的DNA为模板,根据已发表的序列设计引物,经PCR扩增得到约900 bp的HAL1基因片段,连接到pMD18-T载体上,转化大肠杆菌JM109,筛选重组质粒进行酶切分析和序列测定,结果显示已克隆到完整的可读框,该基因的序列与已知序列同源性达99%。将HAL1基因从T-载体上切下连接到pAM194载体上构建了HAL 1基因的植物表达载体,用于烟草的转化获得了耐盐性提高的转化植株。     

玉米粗缩病毒基因组第七组份的cDNA克隆及序列分析

从采自中国河北滦城感病的玉米材料中提取玉米粗缩病毒(MRDV)的双链RNA。根据已知MRDV的部分序列设计引物,反转录、PCR扩增,克隆并测序分析了MRDV的第七片段(S7)cDNA序列。结果表明,S7 cDNA序列全长为1936bp,与国外所测的MRDV S7的序列长度相等,而且S7包含的两个阅读框(ORF1和ORF2)位置无变化。它们的核苷酸和最大开放阅读框(ORF1)同源性分别为877%和91.6%,然而,MRDV S7的片段与水稻黑条矮缩病毒(RBSDV)S8片段的核苷酸和最大开放阅读框(ORF1)有更高的同源性,分别为95.5%和93.5%。     

柞蚕核型多角体病毒多角体蛋白基因上游5''''端核苷酸序列分析

核型多角体病毒(Nuclear Polyhedrosis Virus,简称NPV)的核多角体蛋白(Polyhedrin)基因具有一个非常强的启动子和基因调控序列。目前利用这一基因的上述序列已组建了多种表达载体,高效地表达了十几种外源基因产物,成为当前最有前途的新的表达系统。但是,在组建这一病毒载体过程中,为了使插入的外源基因靠近病毒启动子序列,各     

基于非线性方法的DNA序列分析

以人类DNA序列为原始数据,对其进行数字编码。在利用功率谱分析编码DNA序列的基础上,利用Hurst指数进一步分析序列的自相似性。从分析结果看出,DNA序列中的确存在长程相关现象,而且这种长程相关现象与DNA的组成结构有关,表现为它的结构基团的Hurst指数大于其功能基团的Hurst指数。同时,从内含子含量的角度分析序列的长程相关程度,结果表明,同一序列中,内含子含量与不同的化学基团具有不同的关系。这表明不同的化学结构对DNA序列特征具有不同的贡献。这些结论从非线性方法的角度对DNA序列的分析提供了新的思路。