基于Oncomine数据库探究COL1A1基因在胰腺癌中的表达及意义

[目的]探究COL1A1基因在胰腺癌中的表达及临床意义。[方法]收集Oncomine和NCBI/GEO Profiles数据库中关于COL1A1的信息,对目前数据库中资料再次进行分析,并对其在胰腺癌组织和正常胰腺组织中的表达进行荟萃分析,使用Kaplan-Meier Plotter在线数据库分析该基因是否与胰腺癌患者的预后相关。[结果]Oncomine数据库中共收集了400项不同类型的研究。其中COL1A1高表达有86项研究,低表达有6项研究。共有8项研究涉及COL1A1在胰腺癌组织与正常组织中的表达,包括209例样本,与正常组织相比,COL1A1在胰腺癌组织中高表达(P<0.05)。NCBI/GEO Profiles数据库分析发现TGF-β处理48 h后COL1A1表达升高。Kaplan-Meier Plotter数据库分析表明COL1A1高、低表达组胰腺癌患者的总体生存率(OS)无统计学差异(HR=1.4,95%CI:0.92~2.12,P=0.11),但高表达组胰腺癌患者的无复发生存(RFS)明显差于低表达组(HR=5.05,95%CI:1.48~17.24,P=0.0044)。[结论]COL1A1基因在胰腺癌组织中的表达明显高于正常组织,低表达患者的RFS延长。可见靶向COL1A1的药物有望改善胰腺癌患者的预后。     

HPX基因在肝癌中表达及与肿瘤细胞增殖的关系

[目的]探究HPX基因在肝细胞癌中的表达水平,阐述其表达水平与患者预后的关系以及其表达对肝癌细胞增殖的影响.[方法]利用Oncomine数据集探索HPX基因在肝癌肿瘤组织及癌旁正常组织的表达差异;用Kaplan-Meier法分析HPX表达水平对肝癌患者总生存期及无复发生存期的影响;实时荧光定量PCR法检测正常肝细胞和肝...     

基于Oncomine数据库分析COL5A2基因在胰腺癌中的表达及其临床意义

目的:探讨COL5A2基因在胰腺癌中的表达及临床意义。方法:收集Oncomine和NCBI/GEO Profiles数据库中关于COL5A2的信息,对目前数据库中的资料进行二次分析,并对其在胰腺癌组织和正常胰腺组织中的表达进行荟萃分析,利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析COL5A2与胰腺癌患者预后的关系。结果:Oncomine数据库中共收集了417项不同类型的研究,其中COL5A2高表达有75项研究,低表达有3项研究。共有7项研究涉及COL5A2在胰腺癌组织与正常组织中的表达,包括178例样本,与正常组织相比,COL5A2在胰腺癌组织中高表达(P0.05)。NCBI/GEO Profiles数据库分析同样发现COL5A2在胰腺癌组织中高表达(P0.05),与达沙替尼(dasatinib)敏感细胞株相比,达沙替尼耐药细胞株中COL5A2表达升高,进一步分析发现TGF-β处理48 h后COL5A2表达升高。Kaplan-Meier Plotter数据库分析表明COL5A2高、低表达组胰腺癌患者的总体生存率(OS)无统计学差异(HR=1.45,95%CI:0.96～2.18,P=0.077),但高表达组胰腺癌患者的无复发生存率(RFS)明显差于低表达组(HR=4.13,95%CI:1.46～11.72,P=0.0045)。结论:基于Oncomine和NCBI/GEO Profiles数据库分析发现COL5A2在胰腺癌组织高表达,且与胰腺癌患者的无复发生存及达沙替尼耐药性密切相关,有望成为胰腺癌诊断和治疗的重要靶标。     

环氧化物水解酶2在肝细胞癌中的表达水平与功能作用

本研究通过公共数据和实验数据,全面分析环氧化物水解酶2(epoxide hydrolase 2, EPHX2)在肝细胞癌中的表达情况、功能作用以及预后意义。利用GEO和MitoCarta数据集,筛选肝细胞癌中呈差异表达的线粒体相关基因;利用TCGA数据库分析EPHX2及其相关基因在肝细胞癌中的表达水平;运行R包绘制Kaplan-Meier生存曲线和功能富集分析;基于STRING和GSEA构建蛋白质互作网络和基因集富集分析;荧光定量PCR和GEO数据集验证EPHX2在肝细胞癌中的表达水平。本研究共筛选得到15个在肝细胞癌中呈差异表达的线粒体相关基因。EPHX2在肝细胞癌组织中的表达水平显著降低(P<0.01)。EPHX2表达水平与肝癌患者性别、分期和级别有关,而与年龄、T分期等因素无关。与EPHX2低表达组肝癌患者相比,EPHX2高表达组肝癌患者预后较好。功能富集结果显示,EPHX2与补体途径、脂肪酸降解等信号通路有关。蛋白质互作网络结果显示,EPHX2与HAO1、AGXT、ACOX1、GSTκ1、SCP-2、CAT、CYP2C8,CYP2C9,CYP2B6,和CYP2J2等密切相关。GSEA结果显示,EPHX2低表达组与肝癌细胞增殖、肝癌复发等基因集正相关。荧光定量PCR和GEO数据集验证结果显示,EPHX2在肝细胞癌组织和肝癌细胞株中呈显著低表达。EPHX2在肝细胞癌中呈显著低表达,提示其可能在肝细胞癌发生发展过程中发挥抑癌基因作用,但具体作用机制还需进一步验证。     

基于数据挖掘分析ATP1A1基因在肾透明细胞癌中的表达及意义

目的:通过数据挖掘分析ATP1A1在肾透明细胞癌中的表达及意义。方法:通过Oncomine数据库检索关于ATP1A1的mRNA信息,采用The Human Protein Atlas分析ATP1A1蛋白在正常肾组织和肾透明细胞癌中表达情况,GEPIA网站中TCGA数据对ATP1A1低表达的肾透明细胞癌患者进行生存分析,Meth HC数据库分析ATP1A1甲基化水平和蛋白相互作用,利用String-DB数据分析ATP1A1与上下游蛋白的相互作用。结果:肾透明细胞癌(Clear cell Renal Cell Carcinoma,cc RCC)组织中ATP1A1的mRNA表达水平较正常对照组明显降低。免疫组化结果证实ATP1A1蛋白质表达变化与mRNA相似。TCGA数据中得出ATP1A1低表达患者的总体生存期明显短于高表达组患者。此外,ATP1A1基因启动子区在肾透明细胞癌中的甲基化水平明显高于正常肾组织中。同时,ATP1A1与ATP1B1、FXYD2、ATP1B2等蛋白可能存在相互作用。结论:大数据分析结果表明ATP1A1在肾透明细胞癌中低表达,并与其发生发展相关,可能作为其潜在的治疗靶点。     

基于ONCOMINE数据库荟萃分析BRCA1基因在肺癌中的表达及意义

为探讨BRCA1基因在肺癌中的表达及对肺癌患者预后生存意义,本研究利用(BioGPS, Oncomine,Kaplan-Meier Plotter)基因数据库和癌症细胞系百科全书(CCLE),分析BRCA1基因在正常人体组织中的表达以及差异表达情况,并对符合条件的研究进行Meta分析,同时分析BRCA1基因在肺癌组织细胞系中的表达和对肺癌患者预后生存意义。研究发现,BioGPS数据库显示BRCA1在正常肺癌组织中低表达(3.65±0.035);同时Oncomine数据库检索BRCA1基因有453项不同种类结果,35项结果表达有统计学差异意义,其中28项显示表达增高,7项显示表达降低,共有研究样本量229例;并对符合条件的5项研究进行Meta分析,发现BRCA1基因差异表达中位数值排名为34.0,p=2.51×10~(-5);与CCLE检索BRCA1基因在肺癌组织细胞系中高表达的结果一致;Kaplan-Meier Plotter数据库检索结果表明BRCA1表达水平与患者的总生存预后周期相关(p=9.5×10~(-6));并且BRCA1高表达组相对于低表达组的肺癌患者总体生存周期明显降低(p0.05)。因此,通过深入挖掘Oncomine等数据库中BRCA1基因芯片信息,证实BRCA1基因在肺癌组织中呈现高表达状态,且与肺癌患者预后生存周期相关,为临床肺癌的治疗及基因靶向药物的研制提供重要依据。     

Oncomine数据库在肿瘤研究中的应用

Oncomine 是目前世界上最大的癌基因芯片数据库和综合数据挖掘平台之一,该数据库整合了GEO、TCGA和已发表文献来源的RNA和DNA-seq数据。数据库目前含有715个基因表达数据集（datasheet）、86 733个人体肿瘤组织和正常组织样本的信息,且有新的数据不断更新。Oncomine 数据库囊括的肿瘤类型有19种,包括：膀胱癌、脑/中枢神经系统肿瘤、乳腺癌、宫颈癌、结直肠癌、食管癌、胃癌、头/颈肿瘤、肾癌、白血病、肝癌、肺癌、淋巴瘤、黑色素瘤、骨髓瘤、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌、肉瘤。本文就如何利用Oncomine数据库,进行肿瘤组织中癌基因表达差异性分析以及基因共表达分析、癌基因在肿瘤组织中的表达及拷贝数分析、多组研究数据集的荟萃分析（meta analysis）、以及癌基因表达与患者生存率关系等进行分析。通过该数据库可以对肿瘤癌基因进行研究前的筛查,有利于发现新的肿瘤生物标记物或治疗靶点,为临床科学研究奠定一定的理论基础。     

幽门螺杆菌感染与胃癌相关基因的筛选及预后分析

目的通过分析幽门螺杆菌感染胃黏膜组织和胃癌细胞系后的差异基因变化,并在癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库和肿瘤基因芯片(Oncomine)数据库进行验证,探究幽门螺杆菌导致胃癌发生、发展的分子机制。方法分析基因表达汇编(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库幽门螺杆菌感染相关芯片集GSE5081与GSE70394,绘制维恩图查找幽门螺杆菌感染后共同上调的差异基因。对共同上调的差异基因进行功能富集分析。通过TCGA和Oncomine数据库验证差异基因在胃癌中的表达。利用Kaplan-Meier Plotter数据库和GEPIA数据库分析差异基因表达高低与胃癌患者预后是否存在相关性。结果通过差异基因筛选和维恩分析,两个芯片集共有21个共同上调差异基因。GO分析发现共同上调差异基因主要富集在对细菌来源分子的反应、趋化因子CXCR受体结合、中性粒细胞趋化作用等相关的基因功能上;KEGG通路主要富集在癌症通路、TNF信号通路、趋化因子信号通路等。STRING以及PPI数据库分析发现21个基因中PRDM1、IL10、NRP1、BIRC3、GNG13、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8基因存在有网络关系,属于关键枢纽基因。通过TCGA和Oncomine数据库筛选及验证,发现在胃癌组织中NRP1、CXCL1、CXCL8基因明显上调,结果差异有统计学意义(TCGA数据库中,三者P值均小于0.05,Oncomine数据库中,NRP1:t=4.607,P0.01;CXCL1:t=5.854,P0.01;CXCL8:t=5.316,P0.01)。在Kaplan-Meier Plotter数据库(210615-at芯片:P0.01;210510-s-at芯片:P0.01;212298-at芯片:P0.01)以及GEPIA数据库(P0.01)两个数据库中,NRP1的高表达均与胃癌的预后负相关。结论不同的数据库均显示NRP1、CXCL1、CXCL8三个基因与幽门螺杆菌感染相关,同时在胃癌中高表达,并且NRP1的高表达与胃癌的不良预后相关,这些结果为进一步探究幽门螺杆菌导致胃癌发生、发展的分子机制提供了重要基础。     

APRO家族基因在胃癌中的表达及预后意义

目的:基于大数据挖掘分析BTG/Tob抗增殖蛋白家族(anti-proliferativeprotein family,APRO)基因在胃癌组织的表达及其对胃癌患者预后的影响。方法:采用Oncomine数据库分析APRO家族6个成员在胃癌组织中的m RNA表达情况,通过Kaplan-Meier Plotter数据库进行胃癌患者总生存期的分析。结果:相比正常胃组织,BTG2在胃癌组织中呈低表达;BTG3在肠型胃癌组织中呈高表达,而在总体胃癌组织中呈低表达。BTG3低表达的患者总生存期较短;对5-氟尿嘧啶辅助化疗的胃癌患者,低表达BTG2的预后较差。结论:BTG2、BTG3的m RNA表达在胃癌和正常胃组织中有明显差异。BTG3低表达的胃癌患者预后较差;BTG2可能参与调节胃癌患者5-氟尿嘧啶治疗的敏感性。     

基于数据挖掘分析ONECUT2基因在胃癌的表达及与幽门螺杆菌感染的相关性

目的分析ONECUT2基因在胃癌中的表达及其与幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H.pylori)感染的相关性。方法 (1)利用Oncomine数据库、TCGA数据库分析ONECUT2基因在胃癌中的表达,R软件包进行基因的共聚类微阵列数据分析。(2)利用Kaplan-Meier Plotter数据库和GEPIA数据库分析ONECUT2差异表达与胃癌患者预后的关系。(3)利用生物信息学功能注释数据平台DAVID对胃癌中与ONECUT2基因表达正相关的前200个基因进行功能富集分析。(4)利用GEO数据库中的数据分析H.pylori感染与ONECUT2表达的相关性。结果 (1)Oncomine数据库中的数据在胃癌、膀胱癌等8种肿瘤中共有14项研究显示ONECUT2基因在肿瘤组织中的高表达;其中胃癌相关的有两项(t=6.064,P0.000 1;t=4.335,P0.000 1);TCGA数据库的数据也证实胃癌中ONECUT2高表达(t=6.680,P0.001)。(2)胃癌中ONECUT2与EHF、FUT6、TNFRSF11A、RSAEF、EPCAM等20个基因有较高的共表达。(3)GO分析发现胃癌中ONECUT2富集在分子结构活性等相关的基因功能上;而KEGG富集分析发现ONECUT2富集于紧密连接功能等6个通路。(4)Kaplan-Meier Plotter数据库中207676-at芯片结果显示ONECUT2高表达组患者远期生存率下降(P0.001);GEPIA数据库中的分析结果同样显示ONECUT2高表达组患者其总体生存率(P0.05)和无病生存率(P0.01)下降。GEO数据库中GSE74577(P=0.005)、GSE70394(P=0.034)和GSE25146(P=0.036)三个数据集均显示H.pylori感染AGS和GES-1细胞系后ONECUT2表达上调。结论 ONECUT2在胃癌中高表达,且与胃癌一类致癌原H.pylori感染相关。ONECUT2高表达组患者远期生存率下降,表明其与胃癌发生发展密切相关,可能成为胃癌治疗的新靶点。     

基于数据挖掘分析POLR2A基因在脑胶质瘤的表达及意义

目的:基于数据挖掘分析POLR2A基因在低级别脑胶质瘤及正常脑组织中的表达情况,进一步探讨POLR2A基因对低级别脑胶质瘤患者的预后意义。方法:利用Oncomine和GEPIA数据库对POLR2A基因mRNA在正常脑组织和低级别脑胶质瘤组织中的表达进行分析;通过cBioportal分析POLR2A基因在低级别脑胶质瘤组织中的突变情况;利用Onco Lnc数据库对POLR2A基因的表达水平与低级别脑胶质瘤患者生存率做Kaplan-Meier生存分析;使用String-DB数据库探索真核生物表达调控过程中的POLR2A相关蛋白。结果:与正常脑组织相比,低级别脑胶质瘤组织中的POLR2A基因mRNA水平呈显著高表达(P≤0.05);POLR2A基因的表达水平与低级别脑胶质瘤患者的总生存时间无明显相关性;POLR2A基因在低级别脑胶质瘤组织中存在高突变率;真核生物RNA聚合酶POLR2E、POLR2F、POLR2G、POLR2K、POLR2L等与POLR2A有明显的相互作用。结论:数据库中荟萃了POLR2A基因在低级别脑胶质瘤组织中表达的相关信息,证实POLR2A基因在低级别脑胶质瘤组织中呈高表达。     

基于TCGA与Oncomine数据库挖掘MKL-1基因在KIRC中的临床意义

[目的]阐明MKL-1基因在肾透明细胞癌中的表达情况与临床意义。[方法]从TCGA与Oncomine数据库中收集与MKL-1的表达相关的数据,对收集到的数据进行荟萃分析,同时使用Kaplan–Meier方法分析MKL-1的表达量与生存的相关性。[结果]从Oncemine数据库中共收集到154项与MKL-1有关的研究,分析表明在MKL-1在9种癌症中表达上升,且在肾透明细胞癌中的表达显著性上升(P 0. 05)。进一步分析发现MKL-1与癌症患者的特征无显著性关系,但与预后成负相关性。最后通过蛋白质网络预测MKL-1相互作用的蛋白。[结论]基于不同数据库深度挖掘提示MKL-1基因在肾透明细胞癌中高表达,并与肾透明细胞癌的预后有显著相关性,有望被用作肾透明细胞癌的治疗的新靶点。     

RHBDF1在ccRCC中的临床意义及其免疫浸润情况

[目的]探讨RNBDH1在肾透明细胞癌(ccRCC)中的临床意义及RHBDF1在ccRCC中免疫浸润的情况.[方法]从TCGA数据库下载ccRCC病人的mRNA表达及相关临床信息.然后提取出ccRCC病人的RHBDF1的单基因矩阵.评估了肿瘤与非肿瘤组织中的RHBDF1的差异表达.Kaplan-Meier生存分析RHB...     

MDM2在原发性肝细胞癌中的表达

目的检测MDM2蛋白及其mRNA在原发性肝细胞癌中的表达,探讨MDM2在原发性肝细胞癌发生发展中作用及意义.方法采用免疫组织化学、原位分子杂交和细胞图像分析技术,检测肝细胞癌组织及其对应癌旁肝组织(各20例),正常肝组织(5例)中MDM2蛋白及其mRNA 表达情况.结果在肝细胞癌组织、癌旁肝组织和正常肝组织中,MDM2蛋白免疫组织化学阳性反应颗粒的平均光密度分别为:0.404±0.105, 0.302±0.067, 0.087±0.034.肝细胞癌组织与癌旁肝组织、正常肝组织相比,差异均有显著性意义(P<0.05).MDM2 mRNA在肝细胞癌组织中呈阳性表达,而癌旁肝组织及正常肝组织均呈阴性.结论 MDM2过度表达在原发性肝细胞癌的发生发展过程中可能发挥了重要作用.     

基于TCGA数据分析研究TMEM206在HCC中的表达及其与预后的相关性

[目的]探讨TMEM206表达在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)诊断和预后中的价值。[方法]从肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载肝细胞癌数据集表达谱及临床病理特征资料。采用KaplanMeier和Cox分析,观察TMEM206表达对肝细胞癌患者生存和预后的影响。使用TCGA数据集进行基因集富集分析(GSEA)。[结果]TMEM206在HCC肿瘤组织中的表达高于癌旁组织(P 0.000 1),并且TMEM206的表达与HCC的肿瘤分级、肿瘤分期都有显著相关。生存分析结果表明TMEM206表达越高,HCC患者的总体生存时间越短。单因素和多因素Cox分析表明,TMEM206 mRNA的表达可能是判断HCC预后的有效生物标志物。GSEA鉴定了TMEM206在HCC中的高表达可能与泛素介导的蛋白质水解、胞吞作用、RNA降解、小细胞肺癌、癌症通路、胰腺癌、胞质DNA传感途径、慢性粒细胞白血病、自然杀伤细胞介导的细胞毒性、细胞周期等反应有关。[结论]TMEM206 mRNA高表达是肝细胞癌的诊断和预后中的有效生物标志物。     

基于Oncomine和TCGA数据挖掘分析MTERF2在胰腺癌中的表达及临床意义

目的:探究人线粒体转录终止因子2(MTERF2)在胰腺癌中的表达及临床意义。方法:检索Oncomine数据库中的MTERF2信息,对其在胰腺癌组织和正常胰腺组织中的表达进行荟萃分析;从美国癌症基因组图谱(TCGA)中下载胰腺癌数据集MTERF2 RNA Seq V2数据及临床病理资料;利用R 2.15.3软件分析MTERF2表达量与临床病理参数的相关性及预后;利用Kaplan-Meier生存函数分析MTERF2表达量和胰腺癌患者预后的关联。结果:Oncomine数据库中共收集了586个不同类型的研究结果,其中关于MTERF2表达有统计学差异的研究有58个,MTERF2表达增高的研究有26个,表达减低的研究有32个。共有9项研究涉及MTERF2在胰腺癌组织和正常组织中的表达,包括226例临床样本,与对照组相比,MTERF2在胰腺癌中低表达(P=7.34×10-6)。TCGA胰腺癌数据集中共收集179例具有临床病理参数的病例及其对应的MTERF2 mRNA表达量。剔除病理参数不详或不完整的病例,利用R 2.15.3软件分析发现,MTERF2 mRNA表达量与胰腺癌患者T分期、M分期、癌症类型及原发部位存在显著相关(均P<0.05),而与患者的年龄、性别、N分期、AJCC病理分期、等级、组织学类型及饮酒史无显著相关(均P>0.05)。Kaplan-Meier生存分析发现,胰腺癌患者MTERF2的表达水平与总生存率(OS)无显著相关性(P>0.05),而与无病生存率(DFS)显著相关(P<0.001)。结论:Oncomine和TCGA数据挖掘显示,人MTERF2在胰腺癌组织中低表达,且MTERF2表达量与胰腺癌患者总生存率无显著相关性,与无病生存率有显著相关性。     

去泛素化酶JOSD2促进肝癌细胞的存活和转移

蛋白质泛素化是一种可逆的蛋白质翻译后修饰,在信号转导和蛋白质稳定性调控中发挥关键作用。去泛素化酶调控在许多种肿瘤中的作用机制尚不清楚。本文对63种去泛素化酶在肝细胞癌病人的生存和预后进行分析,发现去泛素化酶JOSD2(josephin domain containing 2)在肝细胞癌组织中表达显著高于癌旁(P<0.0001),且与总生存期相关(P<0.05)。JOSD2属于去泛素化酶MJD(machado josephin domain)亚家族成员,该家族其它成员与肝细胞癌发生无显著的相关性。对TCGA(The Cancer Genome Atlas)数据中JOSD2高表达样本和低表达样本的差异基因进行功能富集分析,显示JOSD2高表达样本中与细胞增殖相关通路显著富集(FDR<0.05)。在肝癌细胞系中过表达JOSD2,发现其能促进肝癌细胞的存活、迁移和侵袭(P<0.01)。综上所述,本文发现去泛素化酶JOSD2在肝细胞癌组织中高表达,高表达JOSD2的肝细胞癌病人总生存期显著降低(P=0.041),过表达JOSD2能促进肝癌细胞的存活和转移,提示JOSD2可能促进肝细胞癌的转移。     

COTE1在肝细胞癌中的表达及其与临床病理参数及预后的相关性

目的:探究重组人序列相似性家族189成员B(FAM189B,别名COTE1)在肝细胞癌组织中的表达及与肝细胞癌患者预后的相关性。方法:收集59例行肝细胞癌根治术的患者,取其肝细胞癌组织及癌旁组织,采用免疫组织化学法检测COTE1表达,分析COTE1表达与临床病理参数的关系,采用Kaplan-Meier生存曲线分析COTE1表达与患者预后的关系,并采用COX比例风险回归模型分析预后的影响因素。结果:免疫组织化学法检测结果显示,肝细胞癌组织中37例COTE 1高表达,癌旁组织中24例COTE1高表达,肝细胞癌组织中COTE1的表达率明显高于癌旁组织(P<0.05);COTE1表达与甲胎蛋白(AFP)值及肿瘤复发情况存在相关性(P<0.05),而与年龄、性别、肿瘤大小无关(P>0.05)。Kaplan-Meier曲线分析发现,COTE1高表达的肝细胞癌患者术后生存期较短(P<0.05)。COX比例风险回归分析发现COTE1表达可以作为影响肝细胞癌患者预后的一个独立危险因素(P<0.05)。结论:COTE1在肝细胞癌组织中表达高于癌旁组织,COTE1表达可以作为一个独立因素来预测肝细胞癌患者的预后。