嗜麦芽窄食单胞菌OUC_Est10全基因组测序及脂类水解酶多样性分析（英文）

【目的】本研究的目的是研究嗜麦芽窄食单胞菌OUC_Est10中脂类水解酶的多样性。【方法】使用离子交换层析、全基因组测序和异源表达三种方法研究嗜麦芽窄食单胞菌OUC_Est10中脂类水解酶的多样性。【结果】离子交换层析结果显示嗜麦芽窄食单胞菌OUC_Est10可以分泌多种脂类水解酶。通过全基因组测序,我们给出了该菌的全基因组序列,该基因组大小为4668743 bp,GC含量为66.25%。通过详细的基因组序列分析,我们从该基因组中找到33个可能具有脂类水解酶活性的假定基因。通过异源表达OUC_Est10中的5个假定脂类水解酶基因,来研究其催化特性的多样性,结果显示这些脂类水解酶具有不同的催化特性。【结论】我们证明了嗜麦芽窄食单胞菌OUC_Est10拥有多样的脂类水解酶,这暗示了它在不同领域中的应用潜力。     

一株嗜麦芽窄食单胞菌裂解性噬菌体的分离及生物学特性

【背景】嗜麦芽窄食单胞菌是一种广泛存在于医院和自然环境中的条件致病菌,其分离率与耐药率逐年增加。噬菌体是一类能特异性感染并杀灭细菌的病毒。【目的】分离一株新型嗜麦芽窄食单胞菌噬菌体,为临床嗜麦芽窄食单胞菌感染及防控提供补充手段。【方法】以临床分离的嗜麦芽窄食单胞菌为宿主菌,用点板法从医院污水中分离鉴定噬菌体;用双层平板法测定噬菌体效价及一步生长曲线等生物学特性;用透射电镜观察噬菌体形态;提取噬菌体基因组DNA进行全基因组测序,拼接噬菌体基因组并进行注释。【结果】分离到一株嗜麦芽窄食单胞菌裂解性噬菌体,命名为v B＿Sma S＿P11。该噬菌体感染宿主菌的潜伏期小于5 min,快速增殖60 min后达到平稳期,暴发量为100 PFU/cell。透射电镜观察该噬菌体为长尾噬菌体,具有典型的二十面体头和不可收缩的尾部。基因组测序结果表明,该噬菌体基因组全长44 600 bp,GC含量为63.7%,无抗生素耐受基因、毒力基因和t RNA,与NCBI数据库中所有已知嗜麦芽窄食单胞菌噬菌体相比同源性很低。基因组注释显示该噬菌体含有66个开放阅读框(open reading frame,ORF),其...     

2005年至2008年嗜麦芽窄食单胞菌的耐药性变迁

调查2005年至2008年嗜麦芽窄食单胞菌的耐药情况,为临床有效治疗嗜麦芽窄食单胞菌感染提供依据。从各类标本中分离出嗜麦芽窄食单胞菌株并利用API系统鉴定。采用Kirby-Bauer法和微量肉汤稀释法进行药敏试验。2005年至2008年共分离出嗜麦芽窄食单胞菌株337株。嗜麦芽窄食单胞菌对碳氢酶烯类药物、氨基糖苷类、三代头孢菌素、氨曲南和β-内酰胺酶抑制剂复方制剂高度耐药,复方新诺明和米诺环素对嗜麦芽窄食单胞菌的敏感率在90%以上。嗜麦芽窄食单胞菌对临床上常用的大多数抗菌药物高度耐药,可首选复方新诺明和米诺环素治疗嗜麦芽窄食单胞菌感染。     

嗜麦芽窄食单胞菌在环保和农业生产上的应用

嗜麦芽窄食单胞菌广泛分布于大自然各种环境中,它的氧化代谢系统能够有效降解烷烃及多环芳香烃污染物并将其降解,同时该菌还具有吸附重金属的能力。嗜麦芽窄食单胞菌是典型的植物促生菌,能够分泌多种酶类、抗菌素和生长素等代谢产物,促进植物生长,防控真菌病害,抑制线虫生长。嗜麦芽窄食单胞菌的这些特性在环境污染治理、农林生产方面都有较大应用价值。通过综述嗜麦芽窄食单胞菌生物除污和植物促生的作用及机理,为嗜麦芽窄食单胞菌的进一步研究和应用提供参考依据。     

嗜麦芽窄食单胞菌感染危险因素与其耐药特征的研究

目的　研究嗜麦芽窄食单胞菌感染危险因素及其耐药特征,以提高临床对嗜麦芽窄食单胞菌防治水平。方法　对6 8例嗜麦芽窄食单胞菌感染者的临床资料进行统计分析,并用K- B法测其耐药情况。结果　嗜麦芽窄食单胞菌占非发酵革兰阴性杆菌的9.5 2 % ,居铜绿假单胞菌与不动杆菌之后,列第3位。药敏试验表明,该菌广泛耐药,敏感率>5 0 %者仅有复方新诺明、替卡西林-克拉维酸与头孢哌酮-舒巴坦,在感染者中,有85 .3%患者有基础病,98.5 %使用过广谱抗生素,70 .6 %曾接受侵入性检查和治疗。结论　嗜麦芽窄食单胞菌已成为医院感染重要致病菌,多发生在免疫功能低下的老人,慢性疾病、长期疾病、长期接受激素及使用抗菌药物、施行各种侵入性检查和治疗的患者。嗜麦芽窄食单胞菌对多种抗生素耐药,一旦感染,治疗颇为困难     

下呼吸道标本中嗜麦芽窄食单胞菌临床分离株耐药性分析

目的探讨嗜麦芽窄食单胞菌的耐药情况,为临床医师在按指南和结合临床选择抗菌药物时提供药敏监测资料。方法对我院2001年1月～2007年1月间从我院住院患者下呼吸道标本中分离的嗜麦芽窄食单胞菌临床菌株进行药物敏感性分析。结果2001年1月～2007年1月从我院住院患者下呼吸道标本中共分离出嗜麦芽窄食单胞菌133株。其中,60.2%(80/133)来源于咳痰标本,41株(30.8%)从经气管插管吸引物中分离得到。青霉素类对嗜麦芽窄食单胞菌抗菌活性较差;头孢菌素类药物中,以头孢吡肟的抗菌活性最强,敏感率达88.0%;嗜麦芽窄食单胞菌对各种氨基糖苷类药物的敏感性水平较为接近;氟喹诺酮类药物中,环丙沙星和左旋氧氟沙星敏感度较高,分别为52.6%和63.9%;嗜麦芽窄食单胞菌对亚胺培南耐药性高达91.0%;复方磺胺甲(口恶)唑对嗜麦芽窄食单胞菌具有较强的抗菌活性,敏感度为92.5%。结论下呼吸道标本中嗜麦芽窄食单胞菌对各种药物的耐药性较高,临床医师须参考实验室检验结果及药物敏感试验选择合理的抗菌药物治疗,提高疗效,避免耐药菌的进一步产生。     

113株嗜麦芽窄食单胞菌的临床分布及耐药性分析

目的了解绍兴市人民医院2010年1月到2011年6月嗜麦芽窄食单胞菌的临床分布情况及耐药性分析,为临床合理用药提供依据。方法从近年来该院各感染标本中分离出嗜麦芽窄食单胞菌,用法国梅里埃全自动微生物鉴定仪对细菌进行鉴定,并做临床常用抗生素耐药性分析,用WHONET 5.4软件进行统计学分析。结果 113株分离的嗜麦芽窄食单胞菌主要来自于ICU,标本主要来源于呼吸道感染的痰标本中;药敏结果显示,复方新诺明、米诺环素和左旋氧氟沙星等对嗜麦芽窄食单胞菌有较好的抗菌活性,敏感率依次为96.46%、96.46%和92.92%;对亚胺培南100%耐药;对氨苄西林/舒巴坦、美洛培南和氨曲南的耐药率依次为91.07%、90.27%和89.38%。结论该院临床分离的嗜麦芽窄食单胞菌主要来源于呼吸道感染患者的痰液标本中,以ICU患者感染居多,耐药现象比较严重,应加强耐药性监测,以指导临床合理用药,控制院内感染。     

445株嗜麦芽窄食单胞菌的分布及耐药性分析

目的了解某医院嗜麦芽窄食单胞菌在临床标本及临床科室中的检出及耐药现状,为防治嗜麦芽窄食单胞菌感染提供依据。方法回顾性分析该院2011-2013年临床各科送检标本分离的445株嗜麦芽窄食单胞菌的临床和实验室资料。结果 445株嗜麦芽窄食单胞菌分离居前3位的科室依次为呼吸内科(123株,占27.64%),重症医学科(82株,占18.43%)和急诊科(81株,占18.20%)。以口痰样本分离菌数最多(380株,占85.39%),其次为体液(33株,占7.42%),第三位为血液(16株,占3.60%)。嗜麦芽窄食单胞菌对复方新诺明、米诺环素和左氧氟沙星的耐药率均有所降低,各组间比较差异有统计学意义(P<0.05或0.01),对头孢哌酮/舒巴坦耐药率有所上升,差异有统计学意义(P<0.01)。结论嗜麦芽窄食单胞菌主要引起下呼吸道感染,临床应重视监测药敏结果,根据药敏结果合理应用抗菌药物。     

SARS患者痰液嗜麦芽窄食单胞菌的动态监测与意义

目的探讨嗜麦芽窄食单胞菌的动态检测对严重急性呼吸综合征（SARS）的临床意义.方法仪器和手工法动态监测3例重症和1例轻症患者痰液中嗜麦芽窄食单胞菌的定量变化和耐药性,同时观察K-B法药敏试验中L型的诱导情况及变异趋势.结果3例重症SARS患者共42次痰液和1次胸腔引流液培养中,35份分离出来嗜麦芽窄食单胞菌L型,形态以长丝体为主.结论动态监测重症SARS患者痰液中嗜麦芽窄食单胞菌有重要意义,多种抗生素可诱导其发生L型变异,应随时注意其变异趋势.     

一株从红藻中分离出的产芳基硫酸酯酶的海单胞菌FW-1的全基因组测序及结果分析（英文）

【目的】海单胞菌Marinomonas sp. FW-1是1株经验证可以获得高活性芳基硫酸酯酶的菌株。为深入研究FW-1菌株产芳基硫酸酯酶机制,进一步筛选高活性的芳基硫酸酯酶基因片段,有必要解析FW-1菌株的全基因组序列信息。【方法】本研究采用高通量测序技术对FW-1进行全基因组测序,使用相关软件对测序数据进行基因组装、基因预测与功能注释、COG聚类分析等。结合异源表达的方法对其不同基因片段所产生的芳基硫酸酯酶活性进行分析。【结果】全基因组测序结果表明该基因组大小为3964876 bp,GC含量为44.03%,编码3590个蛋白基因,含有78个tRNA和25个rRNA操纵子。从全基因组测序结果中找到22个可能具有芳基硫酸酯酶活性的基因,对其中4个进一步异源表达后发现FW-1中至少含有的3个具有芳基硫酸酯酶活性的基因,其均含有芳基硫酸酯酶的特异性氨基酸基团C-X-P-X-R基团。【结论】本研究首次报道了1株含有多个芳基硫酸酯酶基因序列的菌株FW-1的全基因组序列,分析了基因组的基本特征,为芳基硫酸酯酶的进一步应用提供了思路。     

一株从红藻中分离出的产芳基硫酸酯酶的海单胞菌FW-1的全基因组测序及结果分析

【目的】海单胞菌Marinomonas sp. FW-1是1株经验证可以获得高活性芳基硫酸酯酶的菌株。为深入研究FW-1菌株产芳基硫酸酯酶机制,进一步筛选高活性的芳基硫酸酯酶基因片段,有必要解析FW-1菌株的全基因组序列信息。【方法】本研究采用高通量测序技术对FW-1进行全基因组测序,使用相关软件对测序数据进行基因组装、基因预测与功能注释、COG聚类分析等。结合异源表达的方法对其不同基因片段所产生的芳基硫酸酯酶活性进行分析。【结果】全基因组测序结果表明该基因组大小为3964876 bp,GC含量为44.03%,编码3590个蛋白基因,含有78个tRNA和25个rRNA操纵子。从全基因组测序结果中找到22个可能具有芳基硫酸酯酶活性的基因,对其中4个进一步异源表达后发现FW-1中至少含有的3个具有芳基硫酸酯酶活性的基因,其均含有芳基硫酸酯酶的特异性氨基酸基团C-X-P-X-R基团。【结论】本研究首次报道了1株含有多个芳基硫酸酯酶基因序列的菌株FW-1的全基因组序列,分析了基因组的基本特征,为芳基硫酸酯酶的进一步应用提供了思路。     

纤维素降解菌烟曲霉HZ1的基因组测序及生物信息学分析

【目的】烟曲霉Aspergillus fumigatus作为一类具有纤维素降解能力的真菌,对其基因组的研究,将有利于从A. fumigatus中挖掘和开发利用与纤维素降解相关的酶资源。【方法】利用CMC选择培养基和刚果红染色法从长足大竹象肠道中分离和筛选出纤维素降解菌A. fumigatus HZ1,同时采用Illumina PE150平台进行基因组测序,随后进行了相关的生物信息学分析,此外还利用了DNS法测定了其纤维素酶活。【结果】纤维素降解菌A. fumigatus HZ1基因组大小为27.45 Mb,GC含量为49.43%;通过NR、KOG、GO、Swissprot、eggNOG、KEGG和Pfam数据库注释结果表明基因组包含9473个基因;同时碳水化合物活性酶(CAZyme)注释结果表明基因组含有534个CAZyme基因,并与其他4种A. fumigatus基因组CAZyme分布无显著差异;本研究还鉴定出多种与木质纤维素降解相关的纤维素酶基因、半纤维素酶基因和木质素酶基因;此外纤维素酶活结果表明,在CMC培养基中其酶活呈上升趋势且具有较高活性。【结论】本研究首次对A. fumigatus HZ1基因组进行了测序和分析,探讨了其纤维素降解的遗传基础,并通过酶活验证了其纤维素降解潜力,为该菌的实际应用提供了理论基础。     

基因组分析揭示拟茎点霉XP-8产松脂醇及其糖苷等多种次级代谢产物的合成途径

【目的】通过解析拟茎点霉属XP-8的基因组序列信息,揭示该菌株潜在的代谢途径,并分析松脂醇及其糖苷化合物等次级代谢产物生物合成相关的关键基因。【方法】使用Illumina Hi Seq 2500高通量测序平台对拟茎点霉XP-8菌株进行全基因组测序,并通过不同软件对测序数据进行序列拼接,基因预测与功能注释。【结果】组装后的拟茎点霉XP-8基因组大小为55.2 Mb,GC含量53.5%,含有17094个蛋白编码基因和310个非编码基因。获得了松脂醇及其糖苷化合物等次级代谢产物生物合成相关的基因。系统发育分析揭示出拟茎点霉XP-8与5种子囊菌共有12635个同源基因和5626个基因家族。【结论】拟茎点霉XP-8具有用于合成松脂醇及其糖苷化合物等多种次级代谢物的基因组基础,为下一步的代谢工程改造提供依据。     

利用木质纤维素类生物质产微生物絮凝剂Pseudomonas boreopolis GO2的全基因组测序及比较基因组学分析

【目的】Pseudomonas boreopolis GO2可以利用木质纤维素类生物质为唯一碳源发酵产微生物絮凝剂。解析菌株GO2的全基因组特征可为利用木质纤维素类生物质定向合成多糖型微生物絮凝剂提供分子基础。【方法】利用Illumina NovaSeq测序平台对菌株GO2进行测序,用SMRT等软件进行基因组组装、系统发育分析、基因预测和功能注释,并与4株近缘模式株进行了比较基因组分析。【结果】菌株GO2基因组大小为4 498 896 bp,GC含量为69.5%,共编码3 906个基因。菌株GO2与Pseudomonas boreopolis JCM 13306的16S r RNA基因相似性、平均核苷酸一致性(average nucleotide identity, ANI)、DNA-DNA杂交(DNA-DNA hybridization, DDH)值最高,分别为99.93%、98.36%和88.00%,将菌株GO2命名为Pseudomonas boreopolis GO2。比较基因组分析发现,GO2与4个近缘模式菌株共有2 348个直系同源核心基因,主要参与碳水化合物代谢、氨基酸代谢...     

枯草芽孢杆菌N2-10的基因组测序和比较基因组分析

【背景】枯草芽孢杆菌N2-10是一株具有较强抑菌能力且能产纤维素酶等多种水解酶的革兰氏阳性菌,在发酵饲料中具有较大的应用潜力。【目的】通过获得枯草芽孢杆菌N2-10的全基因组序列信息,进一步解析菌株次级代谢产物合成基因信息,并通过比较基因组学分析菌株N2-10与模式菌株的差异性,为阐明N2-10抑菌和益生机制提供理论基础。【方法】通过二代Illumina NovaSeq联合三代PacBio Sequel测序平台,对菌株N2-10进行全基因组测序,将测序数据进行基因组组装、基因预测与功能注释,并利用比较基因组学分析N2-10与其他菌株的差异。【结果】菌株N2-10基因组大小为4 036 899 bp,GC含量为43.88%;共编码4 163个编码基因,所有编码基因总长度为3594369bp,编码区总长度占基因组总长度的89.04%;含有85个tRNA、10个5S rRNA、10个16S rRNA、10个23S rRNA,以及2个CRISPR-Cas、1个前噬菌体和6个基因岛;在GO (gene ontolog)、COG (clusters of orthologous groups of...     

鸡源暹罗芽孢杆菌CML548的益生特性及全基因组分析

【背景】芽孢杆菌是用于动物微生态制剂的重要菌株之一。暹罗芽孢杆菌因具有较强的抑菌活性,近年来受到广泛关注。【目的】对实验室前期分离的鸡源暹罗芽孢杆菌CML548的益生特性进行评价,通过全基因组测序及生物信息学分析,探究其抑菌及潜在的益生机制。【方法】通过牛津杯法、稀释涂布平板法分别对菌株CML548的抑菌和产酶特性、酸和胆盐的耐受性进行研究。使用IlluminaHiSeq2500测序平台进行全基因组测序,并通过多种生物信息学工具和数据库对基因组进行注释和分析。【结果】体外实验表明该菌株具有优良的益生性状：能够有效抑制致病性大肠杆菌、鼠伤寒沙门氏菌、产气荚膜梭菌的生长;能够同时产生蛋白酶、淀粉酶和纤维素酶;具有较高的酸和胆盐耐受性。全基因组测序分析表明菌株CML548的基因组大小为4061741bp,GC含量为46.07%,预测到3 961个编码基因。分别有1 693、2 704、3 413、186、67、1、5个基因被GO、KEGG、COG、CAZy、DBAASP、CARD、VFDB数据库注释;通过antiSMASH预测到16个与次级代谢产物合成相关的基因簇。此外,还发现其含有抗菌活性...     

基于比较基因组学解析耐酸乳杆菌G10的多碳源利用特征

【背景】耐酸乳杆菌（Lactobacillus acetotolerans）是白酒发酵过程中的优势乳酸菌,对白酒发酵具有重要作用。L. acetotolerans G10是分离自芝麻香型白酒发酵酒醅的一株能够利用多种碳源的菌株。【目的】基于全基因组测序,解析菌株G10多碳源利用机制。【方法】通过三代测序平台Oxford Nanopore完成菌株G10全基因组测序,分别利用Circlator和Prodigal对测序数据进行组装和基因预测;通过细菌基因组分析工具（bacterial pan genome analysis tool,BPGA）进行泛基因组分析。【结果】G10能够利用22种糖类及糖类衍生物,其全基因组大小为1 627 828 bp,含有1 878个编码基因;基于Koyto Encyclopedia of Genes and Genomes （KEGG）数据库注释获得292个碳源代谢相关基因,基于Carbohydrate-Active Enzymes （CAZy）数据库注释获得44个CAZy家族的编码基因。与其他发酵食品来源的耐酸乳杆菌相比,G10基因组最小,但其总基因数量以及...     

沙门氏菌泛耐药基因组特征分析

【目的】分析沙门氏菌的泛耐药基因组特征。【方法】以EnteroBase数据库中16365株沙门氏菌为对象,利用课题组自主研发的泛耐药基因组分析软件(PRAP),进行泛耐药基因组结构的鉴定,通过曼-惠特尼秩和检验和皮尔逊检验,来分析耐药基因与血清型、序列型(sequence type,ST)及分离株样本来源信息间的相关性。【结果】沙门氏菌共有104种耐药基因,其中核心耐药基因18种,附属耐药基因86种,且沙门氏菌拥有一个开放型的泛耐药基因组;相同的血清型(或ST型)有相似的耐药基因谱,不同血清型(或ST型)间耐药基因的分布差异显著(P0.05),耐药基因与样本来源、分离国家及年份间也存在一定的相关性;在测试的23种获得性耐药基因中,43.48%(10/23)的占比逐年升高,73.91%(17/23)以单一亚型为优势。【结论】利用PRAP软件分析获得的这些结果揭示了近年来沙门氏菌耐药基因的时空分布规律,为沙门氏菌等食源性致病菌耐药性的研究提供了新思路。     

两种黄素蛋白对奴卡霉素化合物的催化

【背景】2,4-二酮吡咯烷类化合物奴卡霉素和替达霉素都含有C-10酮基结构,但是该结构是由两种不同的酶短链脱氢酶NcmD和黄素腺嘌呤二核苷酸(flavine adenine dinucleotide, FAD)依赖的脱氢酶TrdL分别催化形成的。然而奴卡霉素生物合成基因簇中的FAD依赖的酶NcmL是否能回补NcmD的功能,以及TrdL能否催化奴卡霉素C-10酮基的形成,尚无相关的实验证据。【目的】通过体外酶催化实验研究NcmL和TrdL对奴卡霉素II和奴卡霉素F的C-10位羟基的催化作用。【方法】通过克隆ncmL和trdL至pET-28a(+)中,然后于大肠杆菌中进行诱导表达。诱导后的蛋白经纯化后,考察了纯化的NcmL和TrdL对奴卡霉素II和奴卡霉素F的催化作用,利用高效液相色谱与高分辨质谱联用技术鉴定了酶反应产物。【结果】NcmL不能催化奴卡霉素II和奴卡霉素F的C-10位羟基的脱氢反应,TrdL能催化奴卡霉素II和奴卡霉素F的C-10位羟基脱氢,分别得到奴卡霉素I和奴卡霉素G。【结论】体外生化研究表明,NcmL不参与奴卡霉素C-10酮基的生物合成反应,TrdL具有较广的底物谱,能催化多种奴卡霉素的C-10位羟基转化为酮基。