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西方蜜蜂表皮蛋白基因apd-like转录起始位点的定位及cDNA序列的分析 总被引:1,自引:0,他引:1
Apidermin蛋白家族是根据蜜蜂表皮蛋白apidermin 1-3(APD 1-3)而命名的一个新型的昆虫结构性表皮蛋白家族。为了鉴定西方蜜蜂Apis mellifera基因组序列上毗邻基因簇apd 1-3的一个预测基因座LOC727145是否为一个新的apd基因,本研究在用5′LongSAGE标签定位该基因的转录起始位点(TSS)的基础上,利用其中的3条5′LongSAGE标签序列作为上游引物,通过RT-PCR方法克隆了该基因的cDNA序列(GenBank登录号: GU358197, GU358199, GU358198)。生物信息学分析发现,基因座LOC727145含有2个外显子和1个“GT-AG”型内含子,其cDNA序列富含GC(70%),可编码一条长152 aa残基的高度疏水性多肽。此多肽序列的氨基酸组成与蜜蜂APD 1-3表皮蛋白类似, 富含Ala, Gly, Pro, Leu 和Val 5种氨基酸(占77%), 其中Ala残基含量最高(29%)。该多肽序列与蜜蜂APD-1表皮蛋白序列的相似性为50%, 且其N末端的预测信号肽序列与APD 蛋白的信号肽序列类似。5′LongSAGE标签的基因组定位结果显示,基因座LOC727145在雄蜂头部中表达丰度很高,RNA PolⅡ可从6个不同的TSS上以不同效率起始转录,其中由一个优势TSS上起始了90%的转录。本研究为apidermin表皮蛋白家族增添了一个新成员, 命名为apidermin-like (apd-like)。 相似文献
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Identification of Arabidopsis genic and non‐genic promoters by paired‐end sequencing of TSS tags
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Mutsutomo Tokizawa Kazutaka Kusunoki Hiroyuki Koyama Atsushi Kurotani Tetsuya Sakurai Yutaka Suzuki Tomoaki Sakamoto Tetsuya Kurata Yoshiharu Y. Yamamoto 《The Plant journal : for cell and molecular biology》2017,90(3):587-605
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