黄牛、水牛体内人肉孢子虫18S rRNA基因研究及虫种鉴定

本文对自然感染的水牛源的人肉孢子虫以及黄牛源人孢子虫ＤＮＡ的１８Ｓ ｒＲＮＡ基因的ＰＣＲ扩增产物进行了测序。对年获的８６３ｂｐ的１８Ｓ ｒＲＮＡ基因分析比较表明,二者有较高的同源性,因此认为二者可能同是一种肉孢子虫－－人肉孢子虫（Ｓａｒｃｏｃｙｓｔｉｓ ｈｏｍｉｎｉｓ Ｒａｉｌｌｉｅｔ ａｎｄ Ｌｕｃｅｔ,１８９１）。由此推断,不仅黄牛可作为人肉孢子虫的中间宿主,水牛也可作为人肉孢子虫的中间宿主。     

牛源隐孢子虫分离株的分子鉴定

目的对安徽4个牛源隐孢子虫分离株进行鉴定,旨在阐明感染牛隐孢子虫主要虫种。方法采用PCR和Nested-PCR方法分别对4个分离株18S rRNA、HSP70基因进行扩增和测序,所测定的序列经生物信息学分析它们同源性和构建种系发育进化树,以确定各分离株与其他隐孢子虫虫种之间的亲缘关系。结果 （1）它们的18S rRNA基因和HSP70基因与安氏隐孢子虫（C.andersoni）AY954887相似性可达88.3%和98.3%;（2）在遗传进化树方面,它们与AY954892（河南株）亲缘关系接近。结论此次分离的4个牛源隐孢子虫分离株均为安氏隐孢子虫（Cryptosporidium andersoni）。     

藏羊肖氏隐孢子虫的分离鉴定

为了解隐孢子虫在藏羊中的感染情况,采用饱和蔗糖漂浮法检查34份藏羊新鲜粪便。通过巢式PCR扩增阳性分离株的18S rRNA、HSP70和CpA135位点基因,并采用限制性内切酶Ssp I和Vsp I对18S rRNA产物进行酶切分析。同时构建系统发育树,分析藏羊感染隐孢子虫类别。结果显示仅1只藏羊感染隐孢子虫,18S rRNA与Cryptosporidium xiaoi山羊分离株(GU553016)相似率为99.9%;HSP70与C.xiaoi绵羊分离株(FJ896041)相似率为98.7%;CpA135与C.ubiquitum人源分离株(HM358023)相似率为99.3%。18S rRNA产物经Ssp I酶切后获得3条条带493 bp、262 bp和103 bp,经Vsp I酶切后获得3条条带508 bp、181 bp和104 bp,与C.bovis酶切条带相似。基于18S rRNA和HSP70的系统发育分析显示,该分离株与C.xiaoi亲缘性最近。这是首次在藏羊体内发现肖氏隐孢子虫。     

齿肋赤藓中半定量RT-PCR方法的探讨

目的:建立一种半定量RT-PCR方法,用于齿肋赤藓(Syntrichia caninervis)基因表达研究。方法:比较常用的几种内参照基因actin、tubulin及18S rRNA在齿肋赤藓中的表达情况,以确定表达稳定的内参基因;分析PCR扩增动力学,确定内参和靶基因的PCR体系。结果:琼脂糖凝胶电泳检测分析表明:18S rRNA作为齿肋赤藓的内参基因更稳定;同管扩增试验表明:18SrRNA的引物滞后6个循环加入PCR扩增体系中,至第26个循环,二者同时处于指数扩增期,且靶基因RT-A的扩增效率不受影响。结论:18S rRNA与RT-A可以同管扩增,18S rRNA可以作为半定量RT-PCR的内参照,为齿肋赤藓基因表达研究奠定基础。     

用S1核酸酶作图法测定蓖麻蚕18S rRNA基因的5′端位置

测定基因5′端位置是研究基因转录调控的一个重要前提。本文将蓖麻蚕18S rRNA基因DNA的5′端用~(32)P标记,然后与18S rRNA杂交,再用S1核酸酶水解掉非杂交区的DNA和RNA。分析放射自显影的结果,测出18S rRNA基因5′端的位置。在18S rRNA基因的BglⅡ_2位点向EcoRⅠ,方向延伸约220bp处,从这一结果,可知道蓖麻蚕rRNA基因的转录方向是5′EcoRⅠ_2→BglⅡ_23′。     

蜜蜂及熊蜂微孢子虫rRNA基因研究

核糖体RNA(rRNA)是一种理想的进化计时器,已广泛地应用于研究微生物的系统发育和进化关系。蜜蜂和熊蜂都被微孢子虫感染,关于蜜蜂和熊蜂微孢子虫rRNA基因研究主要有rRNA基因序列的测定分析、二级结构的研究和用rRNA基因检测诊断微孢子虫等。这些对蜜蜂和熊蜂微孢子虫系统发育的研究和微孢子虫的防治等具有重要的推动作用。     

基于线粒体12S rRNA基因鉴别混合牛肉及制品的牛种来源

线粒体基因组具有种内高度保守性。它的12S rRNA基因同时具有抗腐蚀、耐高温的特点, 而被用于饲料、鲜肉及肉制品的来源追踪和物种成分鉴别等研究。利用牦牛、普通牛、水牛作为研究材料, 在牛线粒体12S rRNA基因通用引物扩增片段区域发现3种特异的酶切位点, 可用于混合鲜牛肉及制品的牛种来源的鉴别。结果显示: 牦牛12S rRNA扩增片段被酶切为203 bp和250 bp, 普通牛为134 bp和318 bp, 水牛为86 bp和367 bp, 通过测序验证了特异性位点和酶切的正确性; 对样品经过不同温度(100℃、120℃、140℃、160℃和180℃)处理均能扩增到目的条带, 但条带从120℃开始变淡。该方法在鲜牛肉及制品的牛种来源鉴别上具有简单、快速、廉价等优点。     

蓖麻蚕核糖体核糖核酸基因上18S、28S和5.8S核糖体核糖核酸基因的定位

蓖麻蚕的核糖体核糖核酸(rRNA)的基因(rDNA)是多拷贝基因,其重复单位成线性方向排列。在每一重复单位中含有18S、28S和5.8S rRNA基因各一个。了解它们的排列状况是认识rDNA结构的基础。本文将无性繁殖的该rDNA用各种限制性内切酶水解后,制成Southern转移膜与放射性同位素标记的18S、28S和5.8S rRNA杂交;又将18S和28S rRNA制成Northern转移膜与放射性同位素标记的rDNA片段杂交,从而排出18S、28S和5.8S rRNA基因在rDNA上面的相对位置。     

免疫抑制沙鼠源肺孢子菌的分类地位

肺孢子菌能够感染多种哺乳动物的肺脏, 并在免疫受抑制的个体引起肺孢子菌肺炎. 研究表明, 肺孢子菌分离株在系统进化树上分为两大枝, 二者所含菌株分别来源于灵长类和啮齿类. 基于宿主特异性以及DNA序列和形态学差异, 每一分枝内的菌株又可分为不同的种. 本研究采用地塞米松免疫抑制法, 导致沙鼠(28/35)肺组织感染. 对18S, 5.8S rRNA和rRNA内转录间隔区基因序列, 以及线粒体核糖体大亚基基因的部分序列分析表明, 本实验沙鼠源肺孢子菌与啮齿类动物来源的同属一枝, 但明显区别于其他啮齿类动物来源的菌株, 应考虑是一个独立的菌种.     

黑木耳实时荧光定量PCR内参基因的筛选

黑木耳Auricularia heimuer是我国主要栽培的食用菌之一,具有较高的经济价值和生态价值。本研究以黑木耳不同菌株（A14、A137和A12）和不同生育期的样品（菌丝体、原基和子实体）为实验材料,提取RNA,反转录成cDNA,在全基因组注释结果的基础上,选择12个候选内参基因（APRTase、β-TUB、RPL2、EF-1a、EF-2、PGI、PGM、H ⁺-ATPase、Tspd、TUB-1a、18S rRNA和28S rRNA）并设计跨内含子的引物,采用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）技术进行扩增,利用geNorm、NormFinder、BestKeeper和ΔCt算法以及综合评价软件RefFinder,筛选适宜的内参基因。结果表明18S rRNA、β-TUB、EF1-a和28S rRNA适宜作为不同菌株的内参基因,APRTase、18S rRNA和28S rRNA适宜作为不同生育期的内参基因。     

枯氏住肉孢子虫在黄牛与水牛之间的交叉感染研究

试验选用7日龄黑白花奶牛4头和4—5月龄水牛4头。用从犬获得的水牛源孢子囊人工感染2头奶牛和2头水牛,用黄牛源孢子囊人工感染1头水牛,2头奶牛和1头水牛不感染留作对照。在试验期间,1头感染奶牛和1头对照奶牛因急性肠炎死亡,2头感染水牛因急性住肉孢子虫病死亡,从感染奶牛和感染水牛的内脏器官查出裂殖体。1头感染奶牛、1头感染水牛和2头对照牛在第98—115天剖检,从感染水牛源孢子囊的1头奶牛和感染黄牛源孢子囊的1头水牛肌肉查出大量包囊,1头对照奶牛和1头对照水牛均未查出任何虫体。对奶牛和水牛肌肉包囊超薄切片的电镜观察显示,所有包囊的超微结构均与文献对枯氏住肉孢子虫的报道一致。这一试验性研究证明:水牛与黄牛同是枯氏住肉孢于虫的中间宿主。     

草鱼MYH mRNA表达量分析中采用的内参基因稳定性比较

本研究分别以β-actin、18S rRNA和GAPDH为内参基因,采用实时荧光定量PCR对草鱼早期发育时期肌球蛋白重链(myosin heavy light,MYH)基因的mRNA表达量进行分析,并比较不同内参基因对MYH基因mRNA表达水平检测结果的准确性.研究结果表明,以β-actin和GAPDH作为内参,MYH基因mRNA表达水平完全一致,其表达量从原肠到仔鱼阶段逐次递增,仔鱼与原肠期阶段相比表达量差异显著;当采用18S rRNA作为内参时,MYH基因mRNA在发育阶段的表达量呈不稳定状态.因此,β-actin和GAPDH均可作为内参基因,用于草鱼早期发育中MYH基因mRNA的相对定量研究:而18S rRNA作为内参时,可能会对检测结果造成偏差.本研究不仅准确的揭示了草鱼MYH基因mRNA的表达特征,并且为荧光定量PCR技术在鱼类基因表达研究方面提供了有价值的参考.     

实时定量PCR构建法夫酵母内参基因β-actin、 gpd、18S rRNA标准品质粒和标准曲线

为建立检测法夫酵母JMU-MVP14中虾青素合成相关基因在不同生长时期表达水平的实时定量PCR方法,构建法夫酵母JMU-MVP14的管家基因β-actin、gpd、18S rRNA的标准质粒,进行实时定量PCR,制作标准曲线及回归方程.β-actin基因标准曲线相关系数（R2）=0.9956,扩增效率（E） =96.93％;gpd基因标准曲线相关系数（R2） =0.9901,扩增效率（E） =93.78％;18S rRNA基因标准曲线相关系数（R2） =0.9981,扩增效率（E）=98.76％.3个基因片段的熔解曲线均呈单峰;扩增曲线呈典型的S型动力学曲线,指数期和平台期明显,为理想的熔解曲线和扩增曲线.用geNorm软件对三个管家基因的稳定性进行分析,三个基因的稳定性排序为β-actin＞ 18S rRNA＞ gpd,故β-actin和18S rRNA较适合作为研究法夫酵母JMU-MVP14定量实验的内参基因.     

蓖麻蚕18S rRNA基因3′末端的顺序特征

本文测定了蓖麻蚕18S rRNA基因(rDNA) 3′末端及其外侧的DNA顺序。将这一顺序与家蚕、果蝇、大鼠 18S rDNA 3′末端顺序以及大肠杆菌16 S rDNA 3′末端顺序作了比较,发现它们间有惊人的同源性。不仅如此,这些基因的3′末端所形成的茎环结构也十分相似,在3′末端还有保守的EcoRI切点。这些研究结果对了解18S rRNA 3′末端在蛋白质合成中的功能及在rRNA前体加工成熟中的作用;对于了解rRNA基因的进化打下了基础。     

一种雷氏放射孢子虫的鉴定及其特征描述

放射孢子虫(Actinosporean)是黏体动物在其中间宿主水生无脊椎动物体内的一个生活阶段。研究鉴定并描述了一种雷氏放射孢子虫的形态和分子特征。该放射孢子虫的主要形态结构是: 由三个极囊、内含孢原质的孢子体和三个尾突组成, 无孢柄。极囊位于孢子体顶端, 呈梨形, 长5.2 μm, 宽2.9 μm; 孢子体侧面观呈长椭圆形, 长16.4 μm, 宽9.5 μm; 三个尾突基本等长, 呈锚状, 平均长度102.6 μm, 宽9.54 μm, 尾突末端轻微的上翘。每个尾突远侧端表面有许多形状不规则的棘状小刺。18S rDNA序列比对表明, 该雷氏放射孢子虫与国外已报道的Myxobolus cultus 18S rDNA序列一致性最高, 达98.41%, 由此推测该雷氏放射孢子虫可能为M. cultus的对应放射孢子虫阶段。研究丰富了国内放射孢子虫的基础研究。     

从rRNA基因序列探讨云斑蛛属Cyrtophora的系统发生地位

由于云斑蛛属Cyrtophora蜘蛛所织的网形态上较为特殊,所以该属分类地位长期以来有异议.为从分子水平探讨该属系统发生地位,本文对相关的11种蜘蛛线粒体12S rRNA基因和核18S rRNA基因部分序列进行了测定.基于12S rRNA和18S rRNA基因序列联合数据进行的分子系统发生分析结果表明云斑蛛属属于园蛛科,该结果提示在园蛛总科分类实践中以蛛网形态特征为分类依据时要慎重考虑其可靠性.     

小鼠单个卵母细胞中18S rRNA基因表达研究

目的:探讨小鼠卵母细胞发育成熟与18S rRNA基因表达的关系。方法:根据Genbank中公布的小鼠18S rRNA保守区序列(363bp),用DNAclub软件设计两对特异性引物,RT-PCR检测单个GV、MⅠ期卵母细胞18S rRNA的表达;取单个MⅠ期卵母细胞二次PCR产物连接至pTG19-T载体、转化大肠杆菌感受态细胞,取阳性克隆进行测序。结果:RT-PCR检测显示18S rRNA基因在小鼠单个GV期、MⅠ期卵母细胞中均有表达,且在未成熟卵母细胞中,MⅠ期的表达明显强于GV期的表达。测序结果表明小鼠单个卵母细胞表达的18S rRNA基因与参考序列(Genbank NR_003278)完全一致。结论:小鼠MⅠ期之后的卵母细胞发育需要蛋白质的合成,卵母细胞的成熟可能与核糖体18S基因表达有关。     

菜粉蝶微孢子虫核糖体RNA(rRNA)编码基因的研究

用PCR方法扩增、克隆了菜粉蝶微孢子虫核糖体小亚单位RNA(SSUrRNA)编码基因的核心序列 1 2 0 5bp后 ,进一步克隆到菜粉蝶微孢子虫SSUrRNA基因 3′端至LSUrRNA基因 5′端 (580R区 ) 657bp长的序列。与GenBank中对应序列比较后 ,在 657bp这段序列鉴定出菜粉蝶微孢子虫SSUrRNA基因 3′末端、rRNA基因内转录间隔区 (ITS)及LSUrRNA基因 5′端 (580R区 ) ,它们分别位于该序列中 1 45位、1 46 1 86位及 1 87位。与SSUrRNA基因核心序列拼接后SSUrRNA全基因长为 1 2 4 5bp ,rRNA基因内转录间隔区为 41bp及核糖体大亚单位RNA(LSUr RNA)编码基因 580R区为 470bp。同时还构建了菜粉蝶微孢子虫SSUrRNA的完整二级结构。关于微孢子虫rRNA基因的克隆及SSUrRNA的二级结构在国内尚属首次报道 ,它为进一步利用核糖体RNA编码基因及SSUrRNA的二级结构对不同微孢子虫的分类及亲缘关系的确定奠定了基础     

利用12S rRNA、COI基因分子标记鉴定少棘巨蜈蚣干燥体

本研究旨在利用线粒体DNA上的12S rRNA基因、COI基因分子标记鉴定少棘巨蜈蚣(Scolopendra subspinipes mutilans L. Koch)干燥体。通过提取少棘巨蜈蚣干燥体样本DNA,PCR扩增线粒体DNA上的12S r RNA基因、COI基因片段,对PCR产物进行电泳检测及测序分析,测序结果在GenBank上进行BLAST搜索,同源性分析,并用MEGA7.0软件对所有实验样品及少棘巨蜈蚣的近缘物种进行遗传距离分析、构建邻接(NJ)树以验证序列比对结果。结果表明,从少棘巨蜈蚣(Scolopendra subspinipes mutilans L. Koch)干燥体中成功地提取到了基因组总DNA,并成功扩增出了用于动物种属鉴定的12S rRNA、COI基因片段。但所得蜈蚣样本12S rRNA基因片段序列与NCBI的GenBank中的物种的同源性无90%以上的。通过文献调研发现尚无蜈蚣12S rRNA基因片段的相关报道,将该序列作为新的基因序列注册到NCBI基因数据库中,该基因片段序列的GenBank登录号为JN558832.1。这说明利用线粒体DNA上的12S rRNA、COI基因DNA分子标记皆可准确鉴定动物种属。本研究得到的12S rRNA基因片段序列可作为后续准确鉴定少棘巨蜈蚣药材的分子标记参考。     

岩白菜实时荧光定量PCR分析的内参基因的筛选

本研究为筛选在岩白菜中稳定表达的内参基因,以用于岩白菜实时荧光定量PCR研究,以岩白菜的幼叶、成熟叶、叶柄、根、一年生根状茎和二年生根状茎为材料,采用实时荧光定量PCR技术比较了GAPDH、18S rRNA、β-actin、TUA、UBQ5和TUB等6个候选内参基因的表达情况,并经Ge Norm、Norm Finder和Best Keeper等3种软件分析,分析表明6个候选内参基因在岩白菜不同器官中的表达情况存在差异,其中GAPDH和18S rRNA的表达都较为稳定,可作为岩白菜实时荧光定量PCR分析的内参基因。